京都大学大型計算機センターでは毎月20日にセンターニュースを、紙面版、オンラインニュース版(jccs.kyoto.news)
、WWW版(http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/News)
の３つの形態で発行してきましたが、1997年3月20日号をもって紙面版を廃止させていただきます。オンラインニュース版、
WWW版、および広報へのニュース再録については従来通りです。ますますのご愛顧をよろしくお願いいたします。
本センターでは既に汎用計算機 Fujitsu
M-1800/30E において、Gaussian90
の運用を行なってきました。今回、Gaussian94
Version D.4 をアプリケーション・サーバ ( SGI
PowerChallenge 10000XL, 8 CPU, 2GB ) で運用開始しました。
なお、アプリケーション・サーバは UNIX
マシンです。
Gaussian94 の特徴は、Gaussian シリーズの中でも、飛躍的に物理・化学の実際的な問題へアプローチできる手段となった点です。主な機能は、
などです。
なお、本センターのGaussian94は最大8CPUまでのParallel processorの指定が可能となっています。この指定はある程度大きな問題に対して効果があります。ただし、課金は指定したCPUの使用時間に対して課されますので注意してください。
[利用方法]
telnet などでアプリケーション・サーバ
(apps.kudpc.kyoto-u.ac.jp, 130.54.9.15) に入ります。
通常 Gaussian94 の計算は時間を要しますので、
% nohup g94 g94入力 [ g94出力 ] ＆
として、バックグラウンド・ジョブにして一旦セッションを終了して、適当な時分に再びアプリケーション・サーバにログインして結果を確認してください。
例えば、
% nohup g94 test.dat &
としますと、結果はカレント・ディレクトリの
test.log に出力されます。
% nohup g94 test.dat result &
としますと、結果はカレント・ディレクトリの
result に出力されます。
たとえ、実行中でも出力ファイルの内容は逐次見ることができます。
[利用上の注意]
Gaussian94 はある程度の CPU 時間およびメモリを要します。アプリケーション・サーバの CPU 時間とメモリサイズの制限値は、
| 標準値 ( ログインした時の値 ) | --- 30 分 および 100MB |
| 最大値 | --- 1200 分 および 2000MB |
です。
現在の制限値は limit
コマンドで表示できます。これらの制限値を最大値にするには、
% limit cputime unlimit
% limit memoryuse unlimit
です。unlimit
のところに、具体的な値を指定することができます。このとき、cputime
は秒単位、memoryuse は KB 単位になります。
[参考文献]
[1] M Frisch, A Frisch, J Foresman: Gaussian 94 User's
Reference,p.296, Gaussian, Inc., 1996.
[2] J Foresman, A Frisch: Exploring Chemistry with Electronic
Structure Methods, p.302, Gaussian, Inc., 1996.
[3] S shaik, H Schlegel, S Wolfe: Theortical aspects of physical
organic chemistry, p.285, 1992.
これらの文献は本センター図書資料室で閲覧できます。また、[1]
の Gaussian 94 User's Reference は貸し出しもしています。この本には具体的なキイワードの指定法が書かれており、参考になります。
[予告]
Gaussian94特別講習会を5月13日（火）に本センターで開催する予定です。詳細については改めてニュース（オンラインニュース版(jccs.kyoto.news)、www版(http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/News/)）でお知らせします。
アプリケーション・サーバ ( SGI PowerChallenge
10000XL, 8 CPU, 2GB ) で運用中の MapleV リリース 3
を、4 月 1 日 (火) より MapleV リリース 4
にリリース・アップします。
MSPシステムのPFD/PFDEの変更を平成９年２月２５日(火)に行ないました。
| 変更内容 | PFDEのメンバ一覧メニューのメンバ名表示行にTSSコマンドを入力した時，TSSコマンドに渡すデータセット名の形式(完全修飾名または部分名)を，データセット一覧メニューでのデータセット名の形式と同一とする。なお，この修正により以前のPFD/PFDEとの非互換があります。 | ||
| 非互換 |
|
||
| 例 | 区分データセット'userid.a' にあるFORTRANプログラムを実行する場合，MLISTコマンド(PFDEのメンバ一覧メニュー)でメンバ一覧を表示させ，該当メンバのコマンド入力行にFORTコマンドを入力すると 'データセット名userid.a.fort/fort77 がカタログにない' のメッセージが出力される。 | ||
| 回避方法 | コマンド入力行にE またはB を入力して(編集画面またはBROWSE画面にする)，FORTコマンドを入力する。 | ||
|
|||
| 回避方法 | 1. PFDE 'userid' と入力する。 2. PFDEのデータセット一覧メニュー画面で， コマンド ==> dlist 'userid' を入力する。 により，TSSコマンドに渡すデータセット名が完全修飾名となります。 |
||
データベースCNMRPは高分子Carbon-13核磁気共鳴データに関する文献情報(実験データなどを含む)です。今回のデータ更新では1,917件追加し，合計5,635件となりました。ご利用ください。データ更新は1997年3月3日に実施しました。
また，データ項目FRAG(FRG)の新設と項目SECTNOおよびHEADのデータ入力形式の変更を行いました。新設項目FRAGの表記でご意見がありましたら，システム開発掛までお知らせください。これらの変更の概要は次の通りです。
| 項目名(別名) | 属性 | 概要 | |
| 新設項目 | FRAG(FRG) | INDEX | 項目REFCODの内容を分かりやすくするためにコロン(:)，ハイフン(-)，ピリオド(.)を用いて分かち書きしたもの。 コロンはREFCODの頭字と後の部分を分けるもの。 ハイフンは共重合体のモノマー単位を区切るもの。 ピリオドは修飾句の場合に用いる。 (注:CANOの124巻以降のデータから適用) (例) C:MMA-ST |
| 形式変更項目 | SECTNO | SECTION番号とSUBSECTION番号をハイフンで結合する形式に 変更 (注:CANOの120巻以降のデータから適用) (例) 35-2 |
|
| HEAD | CASの巻・号の表記のうち，号数(2桁)を空欄とする (注:CANOの120巻以降のデータから適用) (例) 120/ /004132 |
データベースＱＣＬＤＢは、量子化学計算に関する文献データベースです。今回のデータ更新では3,506件が追加され，合計件数が32,851件となりました。ご利用ください。データ更新は1997年3月3日に実施しました。
＜データベースの呼出し方法＞
＜ＵＸＰシステム＞
uxp% dls qcldb
IDEAS データベースはDNA,核酸関係のデータベースです。この度，データベースの保守を実施して頂いていた京大化学研究所からの申し出により，本データベースの運用を来る1997年4月末をもって停止いたします。
| (1) 運用停止予定日 | 1997年4月30日(水) |
| (2) 代替措置 | 京大化学研究所などで運用されているゲノムネットワークからの利用。 |
| www からの利用の場合は URLは http://www.genome.ad.jp/ です。 | |
| 電子メールからも検索依頼ができますが，詳しくは広報の解説記事を参照してください。 | |
| (3) 広報での解説記事 | 1997年4月21日(月)に発行予定の広報にて解説記事を掲載予定。 |
INSPEC関連データベースは物理学、電気工学、電子工学、計算機、制御工学関係の文献情報です。データベースの運用上、最近10年分のデータは分野単位にINSPECA,INSPECB,INSPECCと別けて運用し、それ以前の遡及データはOLDINSPA,OLDINSPB,OLDINSPCというデータベースで運用しています。
したがって、1997年のデータを入手しだい、INSPEC(A,B,C)データベースの最も古いデータ(1987年のサブファイル、A87,B87,C87)をOLDINSP(A,B,C)データベースへ移行します。移行は4月1日に行う予定です。新しいサブファイル構成での検索利用は4月2日から行えます。サブファイル構成の情報はRS>モードにおいてSHOW
DBコマンドで確認することができます。ご利用ください。
＜データベースの呼出し方法(INSPECAの場合)＞ ＜MSPシステム＞
# IRS INSPECA
＜サブファイル情報の確認方法(INSPECAの場合)＞
RS> SHOW DB(INSPECA)
平成9年度も、前期CPU定額利用申請の受付を行います。
これは、計算機システムの比較的すいている4月〜9月までの間演算経費(CPU利用金額)に限り、申請額(10万円)の負担により、その10倍(100万円)まで利用できるものです。
申請及び利用要領は下記のとおりです。多数ご利用ください。
記
<申請について>
| 申請受付期間 | 平成9年3月1日(土)〜平成9年4月10日(金) | |
| 申請方法 | TSSコマンドまたはe-mailによる | |
| TSSコマンドの場合 コマンド名 teigaku | ||
| e-mailの場合 アドレス teigaku@kudpc.kyoto-u.ac.jp | ||
| (詳細については「前期CPU定額利用の申請コマンド及びメールについて」を参照) | ||
| 申請額 | 一つの支払いコードにつき10万円。ただし、今年度は前期CPU定額利用のできる支払コードは校費のみですのでご注意ください。 | |
| 申請の承認 | 申請が承認された場合は、4月上旬までに承認書を送付します。 | |
| 申請の取消 | 申請受付期間内であれば取消ができます。 | |
| 申請受付期間終了後の取消はできません。 | ||
| 申請条件 | 1. 平成9年度の計算機利用申請手続きが完了していること。 | |
| 2. 計算機利用申請時の利用負担金支払見込額が10万円以上であり、かつ校費の支払コードであること。 | ||
* 実際の利用負担金の請求額は、演算経費(CPU利用金額)のほか共用ファイルに関わる額、出力に関わる額等が加算されますので10万円を超える額が必要となります。ご注意ください。
<前期CPU定額利用の利用要領>
本定額利用は、定額申請額の10倍の計算を保証するものではなく、定額利用申請者が、4月〜9月の期間において、10万円を超えて利用した演算経費について、100万円までの部分は請求しないということです。
また、演算経費以外については規程どおりの負担金とし、定額利用の対象とはなりません。
ジョブの負担金は、ジョブを投入した時点ではなく、ジョブが終了した時点(出力を含む。)で確定します。
したがって、9月に投入したジョブを10月まで持ち越した場合は、10月分の負担金として通常の負担金計算がされますので注意してください。
定額利用申請は、申請が承認された4月以降において、取消の申し出があっても受理できないので、十分留意のうえ申請してください。
*
不明な点は、共同利用掛までお問い合わせください。
Tel. 075-753-7407,7424
前期CPU定額利用の申請は、TSSコマンド又はe-mailで平成9年3月1日〜4月10日の間に行なってください。
1. TSSコマンド名は teigaku です。
コマンドを実行し,入力促進に従い,処理の種類,支払コードを入力し,申請内容を確認後申請するを選択すると申請用データがセンター側に送付されます。
但し, 指定した支払コードの予算額の残が10万円未満の場合や,校費以外の支払コードが指定された場合は,受付られません。
実行例 :
# teigaku
<<<<<<<<<< 定額利用申請 >>>>>>>>>>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
+ 利用者番号 ===> A99999 +
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
支払コード ====> A
総利用見込額 ====> 200000 円
第2センター利用見込額計 ====> 30000 円
(1)処理の選択
**************************************************
* 1: 新規 2: 訂正 *
* 3: 取消 9: 終了 *
**************************************************
処理は? : 1
(2)支払コードは?
**************************************************
* A - F : 国立大学校費 *
* G - J : 公/私立学校校費 9: 終了 *
**************************************************
支払コード入力 : A
定額申請の確認
利用者番号 ====> A99999
支払コード ====> A
定額の額 ====> 100000 円
1: 申請する 2: 申請しない ? : 1
**************************************************
* 定額申請受付終了 *
* 審議の上承認された場合は後日承認書を *
* 送付いたします。 *
**************************************************
2.メールによる申請
メールアドレスは teigaku@kudpc.kyoto-u.ac.jp です。
本文が申請区分,利用番号と申請の支払コードのみのメールを送ってください。
申請区分は teigaku: です。申請取消は cancel-teigaku:
です。
{メール例}
(1) 申請の場合
teigaku:j55555a
(2) 申請取消メールの場合
cancel-teigaku:j55555a
3.前期CPU定額利用承認について
4月上旬に,前期CPU定額利用承認書を送付します。
4.留意事項
4月10日以降は申請の取消はできません。
平成9年4月1日から消費税法が一部改正になり、それに伴い、平成9年4月利用分から京都大学大型計算機センター利用負担金規程が一部改正されますのでお知らせします。
1. 利用負担金算定方法利用区分の5.各利用区分共通負担額の欄
| 改正前 | 「利用区分に従い算出した利用負担の額を月ごとに集計した合計額に100分の3を乗じて得た額」 |
| 改正後 | 「利用区分に従い算出した利用負担の額を月ごとに集計した合計額に100分の5を乗じて得た額」 |
2. 利用負担金算定方法備考5の欄
| 改正前 | 「各利用区分共通負担額を加算し103円とする」 |
| 改正後 | 「各利用区分共通負担額を加算し105円とする」 |
（別表）
| 利用区分 | 算定方法 | ||||||||||||||||
| 1.演算経費 | バッチ型処理 | 1件の演算時間のうち VP2600利用の場合
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VP2600以外の利用の場合
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| 会話型処理 | VP2600利用の場合
|
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VP2600以外の利用の場合
|
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| 2.出力処理 | 出力処理 |
|
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| 3.共用ファイルを使用する場合 |
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| 4.特殊機器を使用する場合 |
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PPP（ダイヤルアップIP接続）を利用する場合
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| 5.各利用区分共通負担額 | 利用区分に従い算出した利用負担金の額を月ごとに集計した合計額に100分の5を乗じて得た額 | ||||||||||||||||
備考
下記の利用の手引きを発行しました。３階受付と図書資料室で配布していますのでご利用ください。
４月から運用時間は下表のとおりです。
後期の運用時間として、木曜日の館内利用時間を２１時まで延長しておりましたが、４月より前期の時間帯になり、１６時３０分までとなります。木曜日の館外利用時間はシステムテストなどの作業のため運用終了時間を繰り上げる場合があります。ログオン時のメッセージにご注意ください。
| 曜日 | 館内 | 館外 |
| 月 | 9:00〜21:00 | 8:45〜翌日へ |
| 火 | 9:00〜16:30 | 前日〜17:00 |
| 水 | 9:00〜21:00 | 8:45〜翌日へ |
| 木 | 9:00〜16:30 | 前日〜24:00 |
| 金 | 9:00〜21:00 | 8:45〜翌日へ |
| 土 | 閉館 | 前日〜24:00 |
年度末および年度始めの運用日程は下記のとおりです。
＜年度末＞
1. 計算機システムの利用
2. その他の利用
＜年度始め＞
4月 1日（火）から、平常どおり運用します。