ニュース '99 No.4

目次

1. ゴールデンウィークの計算機サービスについて
2. スパコンVPP800のジョブキュー(クラス)の追加
3. 5月のスパコンVPP800のサービス時間の短縮について
4. 6月からのVPP800のサービスについて(予告)
5. センターニュース自動配信サービスの開始について(再掲)
6. 公募型の開発計画の募集について(再掲)
7. プログラム講習会開催の案内
8. データベースQCLDBのデータ更新について
9. ケンブリッジ結晶学データベース(CSD)の利用条件「同意書」の提出について

1. ゴールデンウィークの計算機サービスについて

ゴールデンウィーク期間中は、下の表のとおり計算機サービスを行います。

システム名	4/28 (水)	4/29 (木)	4/30 (金)	5/1 (土)	5/2 (日)	5/3 (月)	5/4 (火)	5/5 (水)	5/6 (木)
VPP800	通 常 運 用	12:00 | 20:00	通 常 運 用	12:00 | 20:00	運 用 休 止	運 用 休 止			通 常 運 用
MSP(kuma) abacus UXP/M(uxp)						12:00 〜 20:00
sakura apps mbox	終   日   運   用

2. スパコンVPP800のジョブキュー(クラス)の追加

4月14日(水)より、VPP800のジョブキューにe、fを、MVPP連携ジョブクラスにE、Fを追加しました。40PE並列クラスは6月からの運用予定です。詳しくは項番4をご覧ください。

                                      記

1) 会話型ベクトル計算機(abacus)からNQSでの利用

キュー	PE数	演算時間	メモリ量	備 考
cl	1	-	-	コンパイル専用
d	1	1時間	7GB	非並列
e	1	6時間	7GB
f	10	1時間	7GB×10	並 列
g	10	6時間	7GB×10

※ ジョブ、プロセスの作成できるファイルの大きさは、いずれのキューも2000MBです。

2) MSPからMVPP連携ジョブでの利用

クラス	PE数	演算時間	メモリ量	備 考
D	1	1時間	7GB	非並列
E	1	6時間	7GB
F	10	1時間	7GB×10	並 列
G	10	6時間	7GB×10

3. 5月のスパコンVPP800のサービス時間の短縮について

6月初旬からのVPP800の本格稼動に向けての準備作業等のために、VPP800については、5月6日、13日、20日、27日の木曜日は17時でサービスを休止しますので、ご注意ください。

なお、終日運用となっているシステム(sakura,apps,mbox)およびMSP(kuma)、会話型ベクトル計算機(abacus)、UXP/M(uxp)については、変更はありません。

4. 6月からのVPP800サービスについて(予告)

スパコンVPP800は、この4月からサービスを開始していますが、今回のスパコンリプレースに伴って、新規に導入したHPFコンパイラやメッセージパッシングライブラリMPIや各種ツールおよびアプリケーションなどのソフトウエアおよび大規模ファイルシステムなどは、現在、センター内でのテスト、評価中であり、VPP800に直接ログインしての会話型利用、40PE並列のサービスも含め6月初旬に移行、サービスを開始する予定です。

ここでは、本格稼働後のVPP800のサービスおよび許可量について紹介します。ただし、今後のテスト、評価の結果、変更される事もありますので、ご注意ください。正式にはニュース No.5あるいは下記のURLでアナウンスする予定です。

http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Supercomputer/

    1) VPP800に直接ログインして利用できます。

4月からのサービスでは、会話型ベクトル計算機(abacus)からのジョブ投入という形態ですが、abacusと同様にVPP800に直接ログインしてコンパイル、リンク、会話型でのプログラム実行が可能になります。

    2) VPP800専用のホームディレクトリが利用できます。

現在、センターのUNIXシステムは、sakuraのディスクを用いたホームディレクトリ(以下,ホームと略す。)を共有してお使い頂いておりますが、新たにVPP800利用のために専用のホームを作成し、プログラムやデータファイルなどを保存できるようになります。

sakuraのホームディレクトリも参照可能ですが、VPP800で使用するプログラム等は移行していただくことが必要です。

  3)サービス形態と許可量

a. 会話型利用の場合

VPP800に直接ログインして、コンパイル、リンクおよびTSS会話モードでのベクトル実行する場合の許可量です。limitコマンドで変更することができます。

CPU時間	メモリ量
1時間	標準	最大
	1GB	2GB

b. 会話型並列利用の場合

新規のサービスです。会話型での並列プログラムが実行およびデバッグが可能です。

PE数	CPU時間	メモリ量
10	1時間	2GB×10

c. VPP800からのNQSバッチ利用

キュー	PE数	演算時間	メモリ量	備 考
cl	1	-	-	コンパイル専用
d	1	1時間	7GB	非並列ジョブ
e	1	6時間	7GB
f	10	1時間	7GB×10	並列ジョブ
g	10	6時間	7GB×10
h	40	6時間	7GB×40
z	41以上	-	-	要申請ジョブ

※ キュー名zは、41以上のPEを使用するジョブ、必要とする資源が上記許可量を超えるジョブ用であり、別途、申請手続きが必要となります。

d. MSPからの利用

クラス	PE数	演算時間	メモリ量	備 考
D	1	1時間	7GB	非並列ジョブ
E	1	6時間	7GB
F	10	1時間	7GB×10	並列ジョブ
G	10	6時間	7GB×10
H	40	6時間	7GB×40

5. センターニュース自動配信サービスの開始について(再掲)

センターニュース(毎月20日発行)をメールで配信するサービスを開始しました。

ご希望の利用者は

http://www.users.kudpc.kyoto-u.ac.jp/cgi-bin/user-only/center-news 

からお申し込みください。

6. 公募型の開発計画の募集について(再掲)

4月から、新しいスーパーコンピュータVPP800による運用を開始しています。

今回は、8個のアプリケーションプログラムが導入されています。これらを一般の利用者も簡単に利用できるように、カストマイズしたり、利用の手引きを作成したりすることが、アプリケーションプログラムを使いこなしていただくには重要だと考えています。

利用者の研究分野の専門知識と、センター側のスーパーコンピュータ利用技術とが協力すれば、円滑に開発計画を遂行できると考えています。このようなことから、 利用者と本センターのスタッフが協力して、迅速に作業を進めるため、公募型の開発計画を企画し、募集することになりました。

なお、今回導入するアプリケーションプログラムは、表1のとおりです。

詳しくは、ホームページ

http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Supercomputer/replace/appli.html

をご覧ください。是非、ご協力の程をお願いします。

応募される方は、4月末日までに所定の申請書を共同利用掛に提出してください。
(TEL: 075-753-7424、7407      e-mail: kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp )

表1 VPP800に導入されるアプリケーションプログラム

MSC/NASTRAN	有限要素法を用いた汎用構造解析プログラム
POPLAS/FEM5	有限要素法による構造解析プログラムで、熱応力解析、振動解析などを含む
Gaussian	分子軌道計算プログラム
MOPAC	半経験的分子軌道プログラムパッケージ
AVS	可視化プログラムパッケージ
LS-DYNA3D	非線型動的構造解析ソフトウェア。衝突安全解析や塑性加工解析など
FSPICE	SPICEを拡張した汎用電子回路解析プログラム
MASPHYC	材料の物性・構造を原子･分子レベルのミクロな情報から、分子動力学法を用いて予測するシステム。計算材料設計システム

7. プログラム講習会開催の案内

受講者定員	原則として30名
講習時間	特に記載の無い場合は   10:30 〜 16:00 (早目に終了することもあります)
会 場	京都大学大型計算機センター 3階 講習室
申 込	同上 3階 事務室 共同利用受付カウンター
	電 話 : 075-753-7424、又は 7407 e-mail: kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp センターホームページの講習会案内からも申し込めます。 http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Services/Cource/

【499回】 Windows/パソコンによるセンター利用

開 催 日	平成11年5月11日(火)
受付期間	平成11年4月20日(火)〜平成11年5月6日(木)
内 容	Windows 95パソコンを使ってセンターへ接続する方法を解説します。電子メール、ネットニュース、WWWの利用について、基本的な操作方法を解説します。

【500回】 UNIX入門

開 催 日	平成11年5月12(水)
受付期間	平成11年4月21(水)〜平成11年5月7(金)
内 容	大型計算機センターでサービスしているUNIXシステムをはじめて 利用される方を対象に、セッションの開始と終了、ファイルシステム の基礎とエディタの使い方、オンラインマニュアルの使い方など、 UNIXの基礎的な説明と実習をします。

【501回】   Gaussian

開 催 日	平成11年5月13日(木) 9:30 〜16:00
受付期間	平成11年4月22日(木)〜平成11年5月10日(月)
内 容	非経験的分子軌道法計算プログラムGaussian94では、分子の構造最適化や、振動解析等の計算を通じて、化学での基本的な知見が得られます。また、電子相関効果を考慮したMP2やMP4などの摂動法計算、QCISD(T)などの配置間相互作用計算、Coupled Cluster計算なども可能で、精度良く、エネルギーが求められます。 今回の講習会では、利用の多い方法の一つである分子構造の最適化計算、最適化された分子構造での基準振動解析計算などについて、水分子を用いて実習し、数値結果の化学的解釈の方法を説明します。また、この水分子の基準振動の様子を図示するプログラムMOLCATの利用についても実習し、数値データの可視化の方法を解説します。

【502回】  SAS利用者のためのMSP入門

開 催 日	平成11年5月19日(水)
受付期間	平成11年4月28日(水)〜平成11年5月14日(金)
内 容	PFDを利用した基本的なSASプログラムの作成および実行

【503回】  Maple V

開 催 日	平成11年5月25日(火)
受付期間	平成11年5月10日(月)〜平成11年5月20日(木)
内 容	優れた数式処理ソフトであるMaple Vの基本操作を紹介する. MapleVは電卓,グラフソフト,プログラミング言語の代わりに,簡単に数式やデータを処理し視覚化する環境を提供してくれる.午前は講義,午後は実習を予定.

【504回】  ホームページ作成(初心者向き)

開 催 日	平成11年5月26日(水)
受付期間	平成11年5月11日(火)〜平成11年5月21日(金)
内 容	Windowパソコンの使用経験のある方を対象とし,wwwの仕組みとHTML言語についての基本的な解説をし,ホームページの作成について簡単な実習を行います.

【505回】 Fortran (基礎)

開 催 日	平成11年6月3日(木) 10:30〜12:00
受付期間	平成11年5月19日(水)〜平成11年5月31日(月)
内 容	Fortran90 の言語仕様をもとに、基本的な Fortranプログラムの作成方法について解説します。

【506回】  ベクトルプログラミング

開 催 日	平成11年6月3日(木) 13:30〜16:00
受付期間	平成11年5月19日(水)〜平成11年5月31日(月)
内 容	Fortranプログラミングにおけるベクトル化の基本、及びチューニングの手法についての解説