8月13日（金）〜8月16日（月）の間、機器点検整備のため、sakura、mbox、apps以外の計算機サービスを休止いたします。なお、この期間中、プログラム相談室は閉室、オフライン機器についてもサービスを休止いたします。
7月19（月）〜9月10日（金）の夏休み期間中、一階端末室の利用時間は午後6時30分で終了します。なお、9月13日（月）以降の月・水・木・金は午後9時までの利用時間に戻ります。
7月1日（木）より、VPP800で実行中のジョブの使用CPU時間などの情報を表示するコマンドqsを公開しました。
コマンド形式、機能、オプションは、つぎのようになっています。
- (1) コマンド形式
- qs [-a] [-p]
- (2) 機能
- VPP800の実行中のジョブのCPU時間などを調べる。
- (3) オプションの説明
-a : 実行中の全てのジョブの情報を表示する。 -p : 並列実行中の各プロセッサに関する詳細な情報を追加表示する。 すべてを省略すると、自分のジョブに関する情報を表示する。- (4) 使用例
vpp% qs -a Que User Request Id Proc CPU VU % Elapse Mem IO d mvpp 9240.vpp00 1/1 3:35 2:47 77 3:37 96M 44M e a59999 9201.vpp00 1/1 2:20:12 2:19:48 99 2:20:28 672M 31M f c58888 9223.vpp00 10/10 26:33 2:19:48 98 26:38 672M 25M- (5) 情報の意味
Que ： キュー名 User ： 利用者番号 Proc ： プロセッサ数（使用プロセッサ/割付けプロセッサ） CPU ： CPU時間（hh:mm:ssの形式、並列の場合は最大プロセッサの値） VU ： VU時間（hh:mm:ssの形式、並列の場合は最大プロセッサの値） % ： ベクトル化率（VU時間/CPU時間） Elapse ： 経過時間 Mem ： 実メモリ（並列の場合は最大プロセッサの値） IO ： IOデータ量（並列の場合合計値）
7月1日（木）より、VPP800で利用可能なPVM（Parallel Virtual Machine）ライブラリ（以下、VPP PVMという）を公開しました。PVMは、ネットワークで接続された計算機群をメッセージパッシングの手法により、単一の並列計算機として利用可能にしたソフトウェアです。今回公開するVPP PVMは、VPP800のPE（Processing Element）間でクロスバー通信機構を用いた高速な通信により、分散、並列処理を実現するための必要なライブラリがサブセットとして提供されています。これによりVPP800でC言語およびFortranを用いたメッセージパッシング手法を用いた並列実行プログラムが作成できます。なお、VPP PVMはPVM Version3.3に準拠しています。
使用方法の詳細については、マニュアル UVP/V PVM 使用手引書 V20用 (J2U5-0141-01) をご覧下さい。
新スーパコンピュータ VPP800 で7月1日より、分子軌道法計算プログラムGaussian98の運用を開始しました。
Gaussian98は非経験的分子軌道法計算、半経験的分子軌道計算が可能です。これらの計算方法を用いて、物性計算、エネルギ計算、エネルギ勾配、構造最適化、振動計算などが可能です。
Gaussian98の実行はVPP800へログインし、バッチジョブとして実行依頼します。実行依頼コマンドは subg98 です。
詳細は次の URL を参照して下さい。
http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Supercomputer/VPP800_Application/
【コマンドの形式】
subg98 ジョブクラス 入力ファイル名
ジョブクラスは非並列クラスのd（CPU時間１時間）またはe（CPU時間６時間）を指定します。
以下のマニュアルは本センター図書資料室で閲覧および借り出しできます。
Gaussian98 User's Reference Second Edition, Gaussian, Inc.
- 電子構造論による化学の探求 第二版, ガウシアン社.
VPP800用アプリケーションプログラムのプリ・ポスト処理用ワークステーション（Fujitsu S-7/420Uモデル2360 ホスト名：front）の運用を7月21日から開始します。設置場所は１階ＭＴステーション奥です。装置の利用はオープン利用ですが予約はしておりません。
なお、遠隔地利用者がこの機器を利用される場合は、あらかじめ共同利用掛にご連絡下さい.Tel：075-753-7407
e-mail：kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp利用の際には「利用者旅費の制度」を利用することもできます（ニュース’99、No.5参照）。
スーパーコンピュータVPP800で稼動するアプリケーションプログラムMSC/NASTRAN（有限要素法を用いた汎用構造解析プログラム、バージョン70.5）とNASTRAN連携の構造解析可視化アプリケーションPATRAN（バージョン8.0）を7月21日（水）より運用します。
- (1) NASTRANの起動と実行
- NASTRANの起動はVPP800のプロンプトで
VPP% subnastran ex1.dat
とタイプインします。ここで、ex1.datはNASTRAN入力ファイル名です。ジョブキューはn（PE数：1PE、CPU時間：6時間）で実行されます。
NASTRANを実行すると中間ファイルが多数、自動的に作成されるので、標準オプションは、これらを抑止す scr=y に設定しています｡
NASTRANの実行で、生成される主要な出力ファイルは次の通りです。
**.f04 実行要約ファイル
実行モジュールとサブルーチンから得られる、DAYTIME、CPUTIMEおよびI/O TIMEのメッセージを含んだファイル。**.log ログファイル
解析の計算環境のデータが出力される。
このファイルには、解析が中断された場合のエラーメッセージと追跡情報が出力されるので、エラー診断調査の際に役立つ。**.f06 解析結果ファイル
**.f06ファイルにはNASTRANの解析結果と特定の診断結果出力も自動的に生成される。
- (2) 出力ファイルの印刷
- NASTRANの実行で生成されたファイルの出力にはnastranlpコマンドを利用する。
nastranlp [-d 出力先] [-p] ファイル名
出力先を省略した場合は、PRINTER環境変数の出力先､環境変数がなければ､lwが出力先となる｡
-p:NASTRANの標準出力フォーマットで出力する。
省略時はべた打ち出力となる。
- (3) MSC/PATRANを用いた結果の表示
- MSC/PATRANを用いてNASTRANの解析結果を表示するためには、NASTRANのケースコントロールセクションまたはバルクデータセクションにPARAM、POST、-1を挿入して、NASTRANを実行する｡
**.op2ファイルが生成されたのを確認する｡
このファイルが生成されていないと、NASTRANでエラーが発生している可能性があるので、NASTRANの**.f06ファイルで確認する必要がある｡
PATRANはセンター１階設置のワークステーション（ホスト名front）において利用できます｡
7月1日より、汎用分子動力学シミュレーション・ソフトウェアであるMASPHYCを運用・サービスを開始しています。これは富士通(株)により独自に開発された計算材料設計システムで、プリ・ポストプロセッサであるMASPHYC/WBとシミュレーション本体で並列スーパーコンピューターVPP800上で動くMASPHYC/MDに分かれています。
またこの他、結晶成長・表面吸着・薄膜形成、スパッタリングなどの表面損傷現象など材料表面における様々な現象をシミュレーションできるMASPHYC-SP/WB,MASPHYC-SP/MDもご利用できます。詳しくは
http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Supercomputer/VPP800_Application/
を御覧ください。
本センターで運用しているOnyxは、画像処理を高速に行うためのグラフィックスアクセラレータRealityEngine2を持つグラフィックスワークステーションです。
この度、このワークステーションを2階から1階の奥の部屋へ移設し、8月2日から運用を開始します。
なお、このワークステーション上では汎用可視化システム AVS、数値計算・制御解析システム MATLAB、数学計算システム Maple を使用することができます。本センターのIDをお持ちの方は自由に利用することができます。
7月1日（木）より汎用UNIXシステム（sakura）で、SSH（Secure SHell）のサービスを開始しました。
SSHは、ネットワークに接続された2つのホスト間に安全な通信路を提供するプログラムです。強力な認証機能でIPアドレスの偽装などを防ぎ、また、通信を暗号化することで内容が盗聴されないようにすることができます。この他にも任意のTCP接続のポートをフォワードする機能があり、ネットワーク経由のいろいろな通信を安全に行なうことができます。
SSHは、クライアントサーバ形式のプログラムで、ご利用の端末から sakura をSSHで利用するためには、各自でSSHのクライアントを用意して頂く必要があります。
SSHの使い方は、センター広報（Vol.32 No.4 1999年8月発行予定）に掲載する予定ですので、そちらをご覧下さい。
また、次のURLでも紹介していますので、合わせてご覧下さい。
なお、SSHには、SSH1 と SSH2 の二種類がありますが、sakura にインストールしたものは、SSH1 （ssh-1.2.27）です。
SSH2 からは利用できませんのでご注意下さい。
データベースCSDは主に有機金属化合物の結晶構造解析に関する文献情報および結晶構造データを蓄積したデータベースです。
今回、バージョンをV5.16からV5.17にアップしました。蓄積されたデータ件数は7,174件の追加があり，合計197,481件となりました。
バージョンアップは1999年6月29日に行いました。
【 データベース環境の呼出し方法 】 ＜appsシステム＞
alba% csd
CSD>
（注： CSD> の促進文字に続けてCSDのプログラム（quest、pluto、gstat、vista、pdbget）が利用できます。また，unixコマンドも利用できます。）
【 データベースの終了方法 】
CSD> exit
【 参考資料 】
解説資料は以下のWWWのURLの内容も参考にしてください。
なお，ブラウザにはjavaを有効にしてご覧ください。
7月21日(水）より、windows95対応のOCR（東芝製：Express Reader Pro）の運用を開始いたします。設置場所は2階端末室です。使用法等の詳細は運用 掛にお尋ね下さい。
今年度の開発計画後期分を下記のとおリ募集します。
開発計画は、比較的短期間に成果が多数の利用者に還元されるプログラム・ライブラリまたは、共用データベースの開発・作成を目的としています。したがって、その開発計画に汎用性のあることが必要となります。本計画のための利用負担金は、原則としてセンター負担となっています。
詳細は、 http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Kaihatsu/をご参照ください。
記
- 応募資格 本センターの有資格者
- 受付期間 平成11年7月21日（水）〜 平成11年8月20日（金）
- 汎用性の基準
- 開発の成果が複数の異なる研究分野において利用され得ること。
- 開発計画がセンターのプログラム・ライブラリ及び共用データベースに登録されて相当多数の利用者に使用されるか、または、センターの運用・業務等を通じて間接的に利用者の利益として還元され得るもの。
- 申請方法 所定の申請書を共同利用掛まで提出してください。
- 申請書 共同利用掛（Tel：075-753-7407、7424)または
- e-mail： kaihatsu@kudpc.kyoto-u.ac.jpへ請求してください。