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ニュース (全国共同利用版)

          2004年4月号
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目次



1.   スーパーコンピュータの運転計画について
2.   ゴールデンウィーク中の計算機サービスの休止について
3.   スーパーコンピュータのジョブキューの変更について
4.   利用者ポータルのお知らせ
5.   SPPの時間制限の緩和について
6.   大型計算機システム利用負担金の通知について
7.   データベースJAFOVのデータ追加について
8.   INSPECデータベースの新サービスについて
9.   Gaussian03のサービスについて(再掲一部修正)
10. AVSのライセンス登録について
11.平成16年度大口定額利用について(再掲)
12.平成16年度個人定額利用について(再掲)
13.プログラム講習会開催の案内


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1. スーパーコンピュータの運転計画について
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 2004
3月に導入しましたHPC2500は、128CPU、メモリ512MBの計算ノード11台から構成され、総ピーク演算性能は8,785GFLOPSであり、更新前のVPP800(63PE, メモリ504GB)と比較すると、ピーク演算性能で17倍、メモリ量も11倍になっています。
 
一方、運転にかかる経費(計算機および空調にかかる電力料金)も試算では、ピーク時にVPP800の約3倍となっています。
 大型計算機システムでは、計算機サービスに関わる経費の一部を負担金として利用者の方々にご負担いただいておりますので、計算需要に応じて稼動ノード数を調整する事により、運転経費を極力抑える事が必要となります。このため、現在、常に全ノードを稼動するのではなく、混み具合に応じて縮退運転を実施いたしております。今後、利用者からの研究スケジュールなどを伺うことで調整し、より需要に即した運転を行なう予定ですので、ご理解、ご協力をお願い申し上げます。
 なお、スーパーコンピュータに関するご要望がございましたら、コンピューティング掛075-753-7431あるいは、 consult@kudpc.kyoto-u.ac.jp にご相談ください。

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2. ゴールデンウィーク中の計算機サービスの休止について
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 430()から56()までの期間、省エネルギー、及び保守作業のためメールとホスティングを除く全ての計算機サービスを休止します。
 430()AM9:00をもって、実行中のジョブはキャンセルされます。
 サービス再開は、
56() AM9:00の予定です。
 ご迷惑をおかけしますが、ご理解のほどよろしくお願い申し上げます。
 なお、8月中旬にも同様のサービス休止を予定しております。詳細は決まり次第お知らせ致します。

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3. スーパーコンピュータのジョブキューの変更について
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 新スーパーコンピュータは、41日(木)より本運用を開始しています。
 NQSジョブのキュー名と許可量は、テスト運用時のジョブキューを見直して、次のように変更しています。
1) CPU
時間を無制限としました。また、336時間(2週間)の経過時間を設定しています。利用に際しては、プロセスあたりのCPU時間(-lT)指定してご利用ください。
2)
要望のありました実行時間の短いキューss8を新設しました。デバッグ等でご利用ください。
3)
プロセス数(-lP)の制限を拡張しました。

ジョブ
キュー
最大
CPU数
プロセス数
(-lP)
プロセスあたりの
CPU数
(-lp)
プロセスあたりの
ラージページメモリ
(-lM)
プロセスあたりの
CPU時間
(-lT)
経過時間
(-cp)
標準 最大
ss8 8 8 8 20GB 200時間 無制限 2時間
s8 8 8 8 20GB 200時間 無制限 336時間
(2週間)
s128 128 8 128 400GB 200時間 無制限 336時間
(2週間)
d32 32 32 32 100GB 200時間 無制限 336時間
(2週間)
d128 128 128 32 100GB 200時間 無制限 336時間
(2週間)
d512 512 512 32 100GB 200時間 無制限 336時間
(2週間)

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4  利用者ポータルのお知らせ
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 センター利用に関連した種々のサービスをわかりやすいユーザインターフェイスで提供するために、センターホームページで「利用者ポータル」の運用を開始しました。現在提供している機能は、UNIXシステムのパスワード変更です。今後、課金に関連するサービスなどを提供する予定です。新しいサービスを開始する際は、その都度同ページにてご連絡致します。     
      https://kps.kudpc.kyoto-u.ac.jp/user-portal

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5  SPPの時間制限の緩和について
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 4
14日(水)から、計算サーバsppCPU時間制限を次のように変更しています。
1) TSSでは標準20時間、最大160時間
 CPU時間は、limitコマンド、unlimitコマンドで次のように設定します。
   [1] 2時間(7200)を指定
      % limit cputime 7200
   [2] 最大値に設定
      % unlimit cputime
2) NQS
では標準200時間、最大は無制限
 1週間の経過時間を設定しています。ご利用に際しては、プロセスあたりのCPU時間(-lT)を指定してご利用ください。

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6  大型計算機システム利用負担金の通知について
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 大型計算機システム利用負担金の通知について、公私立学校の経費及び委任経理金等でご利用の場合毎月の利用分を翌月に通知していましたが、平成164月から、国立学校の校費等の通知と同様に、四半期毎にその翌月に通知することに変更となりますのでお知らせします。

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7. データベースJAFOVのデータ追加について
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 データベースJAFOVは日本に収蔵されている脊椎動物の化石の標本情報です。今回、606件のデータ追加があり、合計15,688件になりました。データ追加は2004322()に行いました。
<Webからの検索の場合>
   http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Service/DataBase/

<コマンドでの検索の場合> <MSPシステム>               

  # IRS JAFOV

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8. INSPECデータベースの新サービスについて

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 FAIRS
検索(IRSコマンド)でのINSPECデータベースサービスは2004331日(水)をもって終了しました。新たに200441日(木)から、SilverPlatterERL OnlineINSPECサービスを開始しました。検索利用はブラウザからの利用になっています。
 なお、INSPECの新サービスの概要は次の通りです。
<新INSPECサービスの概要>
 ・利用者の範囲    : 京都大学所属の方
 ・データベースアクセス: 学内限定
 ・データ収録範囲   : 1969年〜現在
 ・データ更新頻度   : 毎週更新
<検索のURL:学術データベースサービス>
      http://www.media.kyoto-u.ac.jp/database/
           
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9. Gaussian03のサービスについて(再掲一部修正)
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 非経験的分子軌道計算プログラムGaussian03をスーパーコンピュータ(HPC2500)に導入していますが、Gaussian03では、利用者グループに登録された利用者でなければ実行できない仕様となっています。
 この度、Gaussian03の利用者グループを作成し、グループ登録を行っていますので、Gaussian03を利用される方は、お手数ですが本センター大型計算機システムのホームページより登録申請を行って下さい。
    http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Service/Application/Gaussian03/

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10AVSのライセンス登録について
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 平成16年度より、本センター大型計算機システムの利用者に対して、年度ごとに経費(ライセンス毎に年額 20,000)を負担することにより、利用者の計算機端末にAVSをインストールして利用できるライセンスを発行するサービスを行っています。
 本サービスは、ホームページより登録申請ができます。
    http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Service/Application/AVS/License/

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11.平成16年度大口定額利用について(再掲)
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 大口定額制とは、支払責任者が当該年度の利用負担金として100万円以上(複数費目:校費、科研費など)の額で申請することにより、基本経費、演算経費、ファイル経費、出力経費およびこの4つの経費にかかる共通負担額に限り、申請額の5倍まで当該年度内での利用を認めるものです。
 なお、科研費など年度途中で確定する費目との合算で、本制度の申請を検討される場合、50万円以上を負担いただくことで、先行予約申請を認めます。この制度を利用できる利用者は、支払責任者が支払を管理する利用者です。ただし、個人定額利用との併用は認められません。
)利用要項
(1)
申請額は100万円以上です。複数費目(校費、科研費等)の合算でも可能です。
(2)
利用負担額には、基本経費、演算経費、ファイル経費、出力経費および4つの経費についてかかる共通負担額を含みます。
(3)大口定額制利用者が使用する基本経費、演算経費、ファイル経費、出力経費および4つの経費についてかかる共通負担額の総計が申請額の5倍まで利用できます。
(4)利用期間は、承認日より当該年度末までとします。申請承認後の取消は認められません。十分、留意して申請してください。
)申請について
(1)
 受付期間 :平成1631日(月)から平成161130日(火)まで
(2)
 申請方法 :「大口定額利用申請書」に必要事項を記入のうえ全国共同利用掛に提出。詳細は下記URLをご覧下さい。
         http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/teigaku/

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12.平成16年度個人定額利用について(再掲)
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  (平成16年度よりCPU定額制が個人定額制に名称が変わました。)
 平成16年度個人定額利用申請の受付を下記のとおり行います。
 個人定額制は、演算経費、ファイル経費、出力経費およびこの三つの経費についてかかる共通負担額に限り、申請額(110万円)の負担により、その申請額の5倍(50万円)まで利用できるものです。
 利用期間は4月〜11月までの期間を、第1期(41日〜731日)、第2期(81日〜1130日)に分けて受付けます。なお、科研費などとの合算で、今年度の利用を検討される場合、5万円以上で先行予約申請もできます。ただし大口定額制との併用は認められません。多数ご利用ください。


               記
[
第1期]
 申請受付:平成1631日(月)〜平成16531日(月)
 利用期間:平成1641日(木)〜平成16731日(土)
[
第2期]
 申請受付:平成1671日(木)〜平成16 930日(木)
 利用期間:平成1681日(日)〜平成161130日(火)
申請方法 受付期間内に、本センターのホームページから申請できます。
     詳細は下記URLをご覧下さい。
         http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/teigaku/

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13.プログラム講習会開催の案内
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 利用者の効率のよい利用や、プログラム技術向上のために、プログラム講習会を定期的に開催しております。
 なお、都合により、第22回Mapleの開催日を、5月12日(水)から5月27日(木)に変更し、受付期間も5月11日(火)〜5月25日(火)としましたのでご注意下さい。
・受講者定員  原則として20
・講習時間   10:3016:00(特に講習時間を指定してある場合を除く)
・会場     京都大学学術情報メディアセンター北館(旧大型計算機センター)
        3階講習室
・申込方法   TEL           :  075-753-7424または7407
        e-mail         :  zenkoku-kyo@media.kyoto-u.ac.jp
        直接受付場所   : 学術情報メディアセンター北館
                 1階 全国共同利用掛受付カウンター
        ホームページ :http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/Course/
20回】並列プログラミング入門
  開  日     :平成16420日(火)、21日(水)
  受付期間  :平成1642日(金)〜416日(金)
  内  容  :スーパーコンピュータHPC2500における並列化プログラミングの
            基礎とチューニングについての講習
21回】UNIX入門
  開 日   :平成1656日(木)
  受付期間    :平成16416日(金)〜430日(金)
  内  容   :UNIXの基礎的な利用方法について講習および実習
22回】Maple (開催日ならびに受付期間を変更していますのでご注意下さい)
  開 日   :平成16527日(木)
  受付期間  :平成16511日(火)〜525日(火)
  内  容  :数式処理システムMapleの利用方法について講習および実習
23回】UnixにおけるC言語
  開 日   :平成16514日(金)
  受付期間  :平成16428日(水)〜512日(水)
  内  容  :UNIXの基礎知識を既に習得している人を対象にUNIXC言語の基本的文法についての講習および実習
24回】Fortranプログラミング入門
  開 日   :平成16519日(水)
  受付期間  :平成16430日(金)〜517日(月)
  内  容  :Fortranプログラミングとチューニングについての講習
25回】Gaussian03入門
  開
日   :平成16520日(木)
  受付期間  :平成16430日(金)〜518日(火)
  内  容  :非経験的分子軌道計算プログラムGaussianの利用に関する講習および実習
26回】MOPAC2002入門
   開 日  :平成16521日(金)
  受付期間  :平成16430日(金)〜519日(水)
  内  容  :半経験的分子軌道計算プログラムMOPACの利用に関する講習および実習
27回】オブジェクト指向とC++言語基礎
      日   :平成16525日(火)
  受付期間  :平成1657日(金)〜521日(金)
  内  容  :プログラミングの経験を持っている人を対象に、オブジェクト指向言語C++の基礎についての講習