News No. 4(4月20日発行)で予告しましたように、6月から本格サービスに移行します。ここでは、6月からのVPP800のサービスと利用方法について解説します。ただし、今後のテストによりサービスや時期が変更される事もありますので、ご注意ください。詳細な使い方や制限については、下記のURLを参照ください。
http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Supercomputer/
1) UNIXでの利用形態について4月からのサービスは、会話型ベクトル計算機(abacus)からのジョブ投入という形でサービスをしていましたが、6月からはVPP800に直接ログインできます。 なお、5月末をもって、abacusからのジョブ投入という形態でのサービスは廃止しますので、ご留意ください。
a. ホスト名: vpp.kudpc.kyoto-u.ac.jp
b. ログイン名およびパスワード: 他のUNIXシステムと同じ。
c. 会話型利用での許可量
VPP800に直接ログインして、コンパイル、リンクおよびTSS会話モードでのベクトル実行する場合の許可量は、次のようになっています。
unlimitを入力するとメモリが2GBまで使えるようになります。
CPU時間
メモリ量
1時間
標準
最大
1GB
2GB
2) 利用者のためのファイルシステムについてa. VPP800の利用者ホームディレクトリ
現在、センターのUNIXシステムの利用者ホームディレクトリ(以下、ホームと略す。)は、汎用UNIXシステム(sakura)のディスクにおかれ、他のUNIXシステムからはNFS(Network File System)で共有して使って頂いていますが、新たにVPP800のディスクを用いたホームを設けます。ここにVPP800利用のためのプログラムやデータなどが保存でき、高速なアクセスが可能になります。
VPP800のホームのパス名はsakuraと同じ、/home/ログイン名の先頭英字/ログイン名(例えば、/home/a/a59999)です。なお、VPP800で利用するプログラム、データなどは利用者がsakura側からVPP800側へ移行して頂く必要があります。
b. 大容量ファイルのための/LARGEを用意しました。
大容量ファイルを置くスペースとして、/LARGEを用意しました。演算結果の書出し等で大きなスペースが必要な場合は、/LARGE配下にディレトリを作成して利用ください。
なお、abacusの短期ボリューム/WORKと異なり課金されますので、ご留意ください。
c. 利用者当りの許可量とファイルシステムの特徴と注意
利用者ホームディレクトリおよび大容量ファイルスペース/LARGEの利用者当りの標準の許可量と各ファイルシステムのブロックサイズを下記の表に示します。
許 可 量
ブロックサイズ
容 量
個 数
ホーム
20GB
1500個
64KB
/LARGE
100GB
20個
640KB
この標準の許可量を越えて容量、個数が必要な場合は、別途ご相談ください。
また、ブロックサイズとはファイルを作成した場合に確保されるスペース量です。アクセスの効率を考えてこのような値にしています。しかし、小さなファイルを作ると未使用スペースが増えスペース効率が悪くなります。したがって、不要なオブジェクトはこまめに消すとか、当面利用しないプログラムやデータは、tarコマンドでまとめるといった処置を行ってください。
3) sakuraのホームの参照とプログラム、データの移行について前にVPP800で利用するプログラム、データは、sakuraから移行して頂くと述べましたが、ここでは移行の簡単な方法について解説します。
VPP800では、sakuraのホームを/sakura/ホームディレクトリのパス名(例えば、/sakura/home/a/a59999)で参照で可能にしています。したがって、VPP800にログインし、次のような操作でコピーしてください(vpp%は、VPP800のプロンプトを示す)。
a. sakuraのホーム配下のファイルfort.f90をコピーする。
vpp% cp -p /sakura/$HOME/fort.f90 fort.f90
b. sakuraのホーム配下のディレクトリVPP800をコピーする。
vpp% cp -rp /sakura/$HOME/VPP800 ./
4) 1PE(非並列)で利用可能なコンパイラについて1PEで実行させる場合には、次のコンパイラが利用できます。
a. Fortranコンパイラ
JIS X3001-1:1998規格(通称、Fortran95)に準拠したコンパイラ(コマンド名は、frt)です。デフォルトでベクトルコンパイルされます。詳細は、マニュアル「UXP/V Fortran使用手引書 V20用(J2U5-0410)」、「UXP/V Fortranメッセージ説明書(J2U5-0460)」を参照ください。
使用例: matmul.f90をベクトルコンパイルし、実行モジュールmatmul.exeを作る。
vpp% frt -o matmul.exe matmul.f90
b. C言語コンパイラ
ANSI X3.159-1989規格およびK&Rの言語仕様の両方に準拠したC言語コンパイラ(コマンド名は、cc)です。オプション(-Kvp)を指定するとベクトルコンパイルされます。詳細は、マニュアル「UXP/V C言語使用手引書 V20用(J2U5-0121)」を参照ください。
使用例: matmul.cをベクトルコンパイルし、実行モジュールmatmul.exeを作る。
vpp% cc -o matmul.exe -Kvp matmul.c
c. C++コンパイラ
USLリリース3.0の仕様を包括し、ARMに準拠し、さらにANSIドラフトの主な機能をサポートしたC++のコンパイラ(コマンド名は、CC)です。 デフォルトでベクトルコンパイルされます。C++コンパイラは、.C,.cpp,.cc,.cxx,.cをソースファイルとして識別します。詳細は、マニュアル「UXP/V C++使用手引書 V20用(J2U5-0311)」を参照ください。
使用例: matmul.Cをベクトルコンパイルし、実行モジュールmatmul.exeを作る。
vpp% CC -o matmul.exe matmul.C
5) ベクトル実行のためにFortranで開発された数学ライブラリa. 数値計算ライブラリSSLII/VP
VP2600,VPP500などでサービスして来た数値計算ライブラリです。ライブラリ名は、ssl2vpです。詳細は、マニュアル「富士通SSLII使用手引書(99SP-4020)」、「FUJITSU SSLII拡張機能使用書(99SP-4070)」、「FUJITSU SSLII拡張機能使用手引書(J2X0-1360)」を参照ください。
使用例: ssl2vpを呼出すssl.f90をコンパイルし、実行モジュールssl.exeを作る。
vpp% frt -o ssl.exe ssl.f90 -lssl2vp
b. BLAS/VP(基本線形代数サブルーチン)およびLAPACK/VP(線形代数パッケージ)
Netlibで公開されるライブラリをVPP800向けにベクトルチューニングして移植されたのもです。ライブラリ名は、それぞれblasvp,lapckvpです。詳細は、マニュアル「UXP/V BLAS/VP LAPACK/VP ScaLAPACK使用手引書(J2U5-0480)」を参照ください。
使用例: lapackを呼出すlapack.f90をコンパイルし、実行モジュールlapack.exeを作る。
vpp% frt -o lapack.exe lapack.f90 -llapackvp -lblasvp
6) CおよびC++のための数値計算ライブラリ(C-SSLII/VP)CおよびC++言語からもデータ型の対応や配列のメモリ割付け順序および引数渡しの違いを意識したコーディングすれば、Fortranで開発されたライブラリを呼出すことは可能ですが、容易ではありません。
C-SSLII/VPは、Fortranで開発されたSSLII/VPの中で利用頻度の高いサブルーチンをCやC++のプログラムから容易に呼出せるようにしたもので、インクルードファイルcssl.hおよびインターフェースライブラリcssl2vpから構成されます。ただし、ライブラリ本体は、Fortran用のssl2vpを呼出しますので、プログラムは、Fortranとの結合を意識したコーディングに修正する必要があります。具体的な使用方法については、マニュアル「FUJITSU C-SSLII使用手引書(J2X0-330)を参照してください。
7) 1PE(非並列)のためのツール1PEで実行するプログラムのチューニングおよびデバッグ・ツールとしては、アナライザがあり、次のような機能がFortran,C,C++で利用できます。
具体的な使用方法については、マニュアル「UXP/V アナライザ使用手引書 V20用(J2X0-3330)」を参照してください。
a. サンプラ/カウンタ
実行時の負荷分布、ベクトル化情報や実行回数、IF文の真率などのチューニング情報が得られます。
b. パフォーマンスアナライザ(pa)
実行時のPE(Processor Element)のハード的な稼働状況を調べるツールです。情報は、プログラム、手続き、指定した実行文単位で収集することができます。
c. デバッガ(fdb)
ソースデバッガが会話型およびバッチで使えます。
8) 並列化コンパイラ(Fortran/VPP)とライブラリおよびツールa. コンパイラ(Fortan/VPP)
Fortranプログラムを用いたデータ並列処理コンパイラには、Fortran/VPPが使えます。コマンド名は、frtでオプション(-Wx)を指定することで並列コンパイラが呼出されます。詳細は、マニュアル「UXP/V Fortran/VPP使用手引書V20用(J2U5-0430)」を参照ください。
使用例: 並列化指示子を含むparallel.f90をコンパイルし、実行モジュールparallel.exeを作る。
vpp% frt -o parallel.exe -Wx parallel.f90
b. 並列版数値計算ライブラリ(SSLII/VPP)
SSLII/VPPは、Fortran/VPPで開発された並列版の数値計算ライブラリであり、複数のプロセッサのメモリにまたがって配列を割付けでることで、大規模な問題を解くことができます。使用可能なルーチンには、連立一次方程式の解、固有値、固有値ベクトル、線形最小二乗解、フーリエ変換などがあります。ライブラリ名は、ssl2vppです。詳細は、マニュアル「FUJITSU SSLII/VPP 使用手引書(J2X0-1372)」を参照ください。
使用例: ssl2vppを呼出すpara.f90をコンパイルし、実行モジュールpara.exeを作る。
vpp% frt -o para.exe para.f90 -lssl2vpp
c. デバックおよびチューニングツール
並列デバッガ(コマンド名は、pfdb)のバッチ版およびチューニングのツールとしては、サンプラが利用できます。 具体的な使用方法については、マニュアル「UXP/V アナライザ使用手引書 V20用(J2X0-3330)」を参照してください。
9) メッセージパッシングライブラリMPIを用いた並列処理メッセージパッシングライブラリとしては、MPIがあり、FortranおよびCで使うことができます。
a. MPI
VPP800のMPIは、MPIフォーラムのMPI2.0に準拠しています。具体的な使用方法については、マニュアル「UXP/V MPI使用手引書 V20用(J2U5-0271)」を参照ください。
b. MPIで使える数学ライブラリ(ScaLAPACK)
MPIを元に移植された並列版線形計算ライブラリScaLAPACKが利用できます。ScaLAPACKは、LAPACKの並列版として開発されたもので、複数PEのメモリに配列を分散配置し、大規模な連立一次方程式、線形最小二乗問題、固有値、特異値問題を解くことが可能です。詳細は、マニュアル「UXP/V BLAS/VP LAPACK/VPScaLAPACK使用手引書(J2U5-0480)」を参照ください。
10) VPP800からのNQSバッチ利用についてプロダクションランやTSS会話ではCPU時間やメモリが足りない場合には、NQSを用いてジョブ依頼します。NQSの使い方は、基本的に変わっていませんが、VPP800に直接ログインする形態なのでqstatコマンドなどでホスト名を指定する必要が無くなり、操作が簡単になっています。また、色々と機能改善され、使い勝手も良くなっています。具体的な使い方や使用例は、上記URLの解説を参考にしてください。
a. NQSのキュー名と許可量
キュー
PE数
演算時間
演算時間
備 考
cl
1
-
-
コンパイル専用
d
1
1時間
7GB
非並列ジョブ
e
1
6時間
7GB
f
10
1時間
7GB×10
並列ジョブ
g
10
6時間
7GB×10
h
40
6時間
7GB×40
z
41以上
-
-
要申請ジョブ
※ キュー名zは、41以上のPEを使用するジョブ、必要とする資源が上記許可量を超えるジョブ用であり、別途、申請手続きが必要となります。
11) MSPからの利用MSPのバッチジョブと同様な操作で、M-VPP連携機能を用いてVPP800にジョブ依頼できます。
利用可能なコンパイラは、ベクトルのためのFortranと並列化FortranコンパイラFortran/VPPで、ライブラリは、SSLII/VPおよびSSLII/VPPが利用できます。
また、ツールとしては、サンプラを利用する事ができます。具体的な使い方や使用例は、上記URLの解説を参考にしてください。
a. MSPからVPP800を使う場合のクラスと許可量
クラス
PE数
演算時間
メモリ量
備 考
D
1
1時間
7GB
非並列ジョブ
E
1
6時間 7GB
F
10
1時間
7GB×10
並列ジョブ
G
10
6時間
7GB×10
H
40
6時間
7GB×40
12) マニュアルについてVPP800のマニュアルは、上記URLで全て参照できます。基本的にHTMLで記述されていますが、一部PDF(Public Document Format)形式で提供されています。したがって、Abobe社のAcrobat Readerを入手(フリーソフト)、インストールする必要があります。インストール方法は、センター広報Vol.31,No.2「Windowsパソコン活用ガイド(6)」を参考にしてください。
また、製本マニュアルは、センターの図書資料室で貸し出しています。なお、同じような名前で会話型ベクトル計算機(abacus)用のマニュアルもありますので注意してください。VPP800用のマニュアルは、タイトルにV20用と記述されています。
表1 アプリケーションプログラム一覧(VPP800)
アプリケーション
プログラム概 要 MSC/NASTRAN
有限要素法を用いた汎用構造解析プログラム
POPLAS/FEM5
有限要素法による構造解析プログラムで、熱応力解析、振動解析などを含む
Gaussian
分子軌道計算プログラム
MOPAC
半経験的分子軌道プログラムパッケージ
AVS
可視化プログラムパッケージ
LS-DYNA
非線型動的構造解析ソフトウェア。衝突安全解析や塑性加工解析など
FSPICE
SPICEを拡張した汎用電子回路解析プログラム
MASPHYC
材料の物性・構造を原子･分子レベルのミクロな情報から、分子動力学法を用いて予測するシステム。計算材料設計システム
新スパコンVPP800は、6月1日(火)の移行作業後、会話型利用を含むサービスを開始する予定です。このサービスに先立って6月2日(水)から下記の要項でテスト運用を実施し、6月7日(月)から正式サービスとします。
記
1) テスト期間
6月2日(水)から6月4日(金)までの三日間で、テストは基本的に9:00から17:00までとします。
なお、この期間内であっても、やむを得ずシステムの停止などが起る場合もありますので、ご了承願います。
2) テストサービスの内容
VPP800で行う全てのサービス。ただし、NQSのキュー、MVPP連携のジョブクラスは、次のものに限ります。
・ VPP800からのNQS利用
キュー PE数 演算時間 メモリ量 備 考 cl 1 - - コンパイル専用 d 1 1時間 7GB 非並列ジョブ f 10 1時間 7GB×10 並 列ジョブ ・ MSPからのNQS利用
キュー
PE数
演算時間
メモリ量
備 考
D 1 1時間 7GB 非並列ジョブ F 10 1時間 7GB×10 並 列ジョブ 3) 演算経費の免除
テスト運用期間中のVPP800に係わる、ジョブ、セッションの演算経費は免除されます。
4) テスト終了後の処置
サービス期間内に処理されなかったジョブについては、6月4日(金)17:00をもってキャンセルします。なお、MSPからMVPP連携機能で依頼されたジョブについても、消去致しますので、演算結果はデータセットなどに出力をお願いします。
新スパコンVPP800は6月より会話型利用を含む本格サービスに移行します。この移行作業のためにVPP800、MSP(kuma)、UXP/M(uxp)の各システムは、下記の要項で停止し、6月1日(火)はサービスを休止します。大変ご迷惑をおかけしますが、ご協力お願いします。
なお、sakura,apps,mboxについては、通常どおりサービスを行います。
記
1) VPP800
6月1日(火)の朝8:00の時点で処理できなかったジョブは、キャンセルしますので、ご留意ください。
2) MSP(kuma)、会話型ベクトル計算機(abacus)、UXP/M(uxp)
5月31日(月)24:00までのサービスです。
GDSはサービス中のデータベースの概要や検索方法を紹介するシステムです。本システムは来る5月末をもってサービスを廃止します。なお、GDSで提供している情報は、本センターのホームページにて提供していますので参照してください。URLは以下のとおりです。
パケット交換網接続(NTTのDDX-P、学術情報ネットワーク、KUINS)におけるN-1(大学間コンピュータ・ネットワーク)および、PAD(第二種パケット相当、NTTのDDX-TP)による端末等接続利用を、平成11年10月30日(土)で運用停止します。
上記に関する質問は、ネットワーク掛へご相談ください。
電 話: 075-753-7432 E-mail: network@kudpc.kyoto-u.ac.jp
長らくご利用くださりありがとうございました。
汎用計算機の更新に伴い、画像処理システム(FIVIS)に関する以下のハードウェア及びソフトウェアを11月末をもって運用を停止いたします。
12月以降にシステムの使用を予定されておられる方につきましては、繰り上げて11月末までにご使用頂きますようお願いいたします。
なお、将来はパソコンレベル(Windows95、98、NT)での運用再開を考えておりますので、FIVISのソフトウェアに代わる有効なソフトウェアをご存知の方は、システム運用掛(system-unyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp)までご一報くださいますようお願いいたします。
記
1.運用停止予定日 11月30日(火)
2.ハードウェア
(1) FIVIS
・ 画像処理/表示系
・ 画像記録/フレーム系
3.ソフトウェア
(1) IPEX
(2) VIPL
(3) CGMS
データベースAFLORAを来る5月20日(木)より、運用を開始いたします。
AFLORAは京都大学を中心とするアフリカ研究者によって採録された,アフリカ諸民族の伝統的な植物利用・認知のデータに関するデータベースです。
本データベースを利用することによって,ある植物種が各民族でどのように利用されているか,ある民族で各植物がどのように利用されているかといったさまざまな比較研究が可能になります。データ件数は現在約4,000件ですが,今後拡充される予定です。解説記事は広報Vol.32,No.3(1999年6月20日発行予定)に掲載の予定です。ご利用ください。
運用システム
:
MSPシステム
検索システム
:
FAIRS-I
データベース名
:
AFLORA
サブファイル名
:
AFLORA1
:
AFLORA2
特 徴
:
アフリカ諸民族の伝統的な植物利用・認知に関するデータベースです。植物利用知に関するデータベースです。植物利用に関する比較研究が可能になります。
利用条件
:
特にありません。
データベースの提供機関
:
京都大学アフリカ地域研究資料センター
(代表者: 田中二郎 氏)
<データベースの呼出し方法および検索例>
# IRS AFLORA ・・・ データベースの呼出し
RS> SEA AREA ZAIRE ・・・ ZAIRE地域に関するデータを検索する。
受講者定員
原則として30名
講習時間
特に記載の無い場合は 10:30 〜 16:00
(早目に終了することもあります)会 場
京都大学大型計算機センター 3階 講習室
申 込
同上 3階 事務室 共同利用受付カウンター
電 話 : 075-753-7424、又は 7407
e-mail: kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp
センターホームページの講習会案内からも申し込めます。
http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Services/Cource/【505回】 Fortran (基礎)
開 催 日
平成11年6月3日(木) 10:30〜12:00
受付期間
平成11年5月19日(水)〜平成11年5月31日(月)
内 容
Fortran90 の言語仕様をもとに、基本的な Fortranプログラムの作成方法について解説します。
【506回】 ベクトルプログラミング
開 催 日
平成11年6月3日(木) 13:30〜16:00
受付期間
平成11年5月19日(水)〜平成11年5月31日(月)
内 容
Fortranプログラミングにおけるベクトル化の基本、及びチューニングの手法についての解説
【507回】 AVS(基礎)
開 催 日
平成11年6月10日(木)
受付期間
平成11年5月26日(水)〜平成11年6月7日(月)
内 容
AVSは汎用データ可視化システムの一つです。本講習ではAVS最新バージョンである Viz/Expressの使用方法、基本的操作、ならびに簡単なデータの作成等の解説,実習を行います。
実習を希望される方は,申し込み時にその旨お申し出ください。【508回】 AVS(応用)
開 催 日
平成11年6月11日(金)
受付期間
平成11年5月27日(木)〜平成11年6月8日(火)
内 容
AVSを使用する上での応用的なテクニックの解説等を行います。
受講条件としてAVSのデータフォーマット、ネットワークエディタを理解している方を対象とします。【509回】 SAS(応用)
開 催 日
平成11年6月15日(火)
受付期間
平成11年5月31日(月)〜平成11年6月10日(木)
内 容
SASでデータ解析をするうえで、比較的よく利用されるプロシジャを中心にプログラムを通して解説します。
午後からは実習を行います。【510回】 UNIX入門
開 催 日
平成11年6月17(木)
受付期間
平成11年6月2(水)〜平成11年6月14日(月)
内 容
大型計算機センターでサービスしているUNIXシステムをはじめて 利用される方を対象に、セッションの開始と終了、ファイルシステム の基礎とエディタの使い方、オンラインマニュアルの使い方など、 UNIXの基礎的な説明と実習をします。
【511回】 MATLAB(基礎)
開 催 日
平成11年6月25日(金)
受付期間
平成11年6月10日(木)〜平成11年6月22日(火)
内 容
MATLABの基本操作,ベクトル・行列の扱い方,MATLABのプログラムにあたるM-fileの作成および実行,データの入出力,ライブラリにあたるToolboxの利用法,およびグラフィックス機能の使用法など,MATLABの基礎的な使用法について,実習を行いながら解説する. 【512回】 UNIXシェルプログラミング
開 催 日
平成11年6月30日(水)
受付期間
平成11年6月15日(火)〜平成11年6月25日(金)
内 容
UNIX上での簡単なインタプリタ言語である、シェル(sh)についての講習です。UNIXコマンドを組み合わせたプログラミングをおこないたい人向けです。
下記要領により夏期限定講習会を開催しますので、応募くださるようご案内いたします。
記
1.講習内容
利用者の希望内容により行なう小グループ講習会
基本的には、「平成11年度プログラム講習会計画表」から 選んでください.ただし、その他の講習会についても相談 に応じます。
講習会計画表は、広報(Vol.32 表紙裏)又はセンターホームページhttp://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Cources/を参照してください。2.開催日時
平成11年8月2日(月)〜平成11年9月17日(金)の希望日
原則として午前中、半日
なお、希望日は申込み時に第3希望まで記入してください。
後日、日程調整の上、代表者へ連絡します。3.講習会場
京都大学大型計算機センター3階講習室
4.申込み条件等
センターID所有の利用者10名程度のグループで、共同利用掛備付の用紙に記入の上、代表者が申込んでください。
講習日の決定等、センターからの連絡事項は代表者の方のみにお知らせします。グループの受講予定者への連絡は、代表者が行ってください。
講習会IDは発行しません。5.受付期間
平成11年6月1日(火)〜同年6月30日(水)
6. 申込み先
及び申込み用紙請求先京都大学大型計算機センター共同利用掛
TEL 075-753-7424、7407 FAX 075-753-7450
下記の利用の手引きを発行しました。3階受付と図書資料室およびプログラム相談室で配布していますのでご利用ください。
従来の運用編は「手続き編」、「システム利用編」に分冊されました。
*「利用の手引き―手続き編―」(1999年度版)
*「利用の手引き―システム利用編―」(1999年度版)
遠隔地の利用者で,本センターへの出張利用(科学研究費等による利用は除く)をされる方のために「利用者旅費の制度」があります。旅費の支給を希望される方は,所定の申請書に必要事項を記入(出張利用を必要とする理由を明記してください)の上,出張希望日の2週間前までに共同利用掛宛お送りください。
混雑期(11月〜3月)を避け,できるだけ早い時期にご利用ください。