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ニュース 2000 No.12
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今年度の計算機利用申請(新規・追加)の受付は、3月1日(木)で締め切ります。今年度内に計算機利用を予定されている方は早めに手続きをしてください。
今年度京都大学を第二センターとして利用される方も、3月1日(木)までにセンターに届くように所属センターへ手続きをしてください。
他センターの今年度利用申請受付締め切りは各センターごとに異なりますので、各センターのニュース等に注意してください(各センターの締切日の前日までに「APPLY」コマンドで手続きしてください)。
なお、平成12年度の変更・取消につきましては、いずれの場合も平成12年度最終運用日まで受付けます。
平成13年度の計算機利用申請の受付を次のとおり行います。
新規利用申請 : 平成13年3月1日(木)〜 継続利用申請 : 平成13年2月1日(木)〜3月21日(水)
【継続利用申請について】
- 京都大学を所属センターとしている方
- 利用期限が平成13年3月31日を超えて複数年承認されている方は、2月初旬ごろ「平成13年度用利用承認書」を送付します。
- 平成13年度に向け承認書の内容「所属、支払責任者、支払見込額」の項目に変更のある方、あるいは次年度は利用を取消される方は、同封の計算機利用申請書(複)の提出が必要です。
- 連絡および書類の提出のない場合は、承認書の内容のまま翌年度へ自動継続いたします。
- 利用期限が平成13年3月31日の方で継続利用が見こまれる方には、1月下旬に「継続申請書」を送付します。継続利用申請期間中に、印字事項を確認し、必要事項を記入、押印の後返送してください。
- 第二センターの継続をされる方は、本センターの次年度への手続きが終了ししだい「APPLY」コマンドで第二センター継続申請を行ってください。受付は2月1日(木)〜3月21日(水)までです。
- 京都大学を第二センターとしている方
所属センターでの継続手続き終了後、所属センターの申請コマンドで京大の継続申請を行ってください。受付は2月1日(木)〜3月21日(水)です。
不明な点は、共同利用掛までお問い合わせください。
Tel : 075-753-7424、7407 e-mail : kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp
平成13年1月21日(日)は空調設備の定期保守のため、下記の時間計算機サービスを休止いたします。
記 日時: 平成13年1月21日(日) 午前7:00〜17:00 休止する計算機サービス:全て なお、空調設備の定期保守終了後、計算機サービスを再開いたします。
Gaussian98の並列版のサービスを12月6日(水)より開始しています。
並列版をご利用になる前に、必ず、下記の本センターのホームページをご覧ください。
http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Supercomputer/VPP800_Application/Gaussian98/
[1] 並列版向きのジョブ
- Hartree-Fock法および密度汎関数法(DFT、すなわちB3LYPなど)で巨大な分子の振動解析やNMR解析やNMR計算を行う場合。
安定な有機分子であれば、6-31G*基底関数を用いるなら第二周期原子を20原子以上、全体で60原子以上を含む系(これより小さくても並列化自体は有効であると考えられる)。または、基底関数の数が400を越える系。- Hartree-Fock法および密度汎関数法で巨大な分子の構造最適化を行う場合。
- CASSCF計算でエネルギー計算や構造最適化、振動解析を行う場合
収束の悪い分子や大きい分子では特に必要になる。- SCF収束が悪い(特にラジカル、開殻)系で、QCを用いる場合。
振動解析のない通常の構造最適化やエネルギー計算に対して有効である。- MP2による振動解析のない通常の構造最適化やエネルギー計算。
[2] 並列版に向いていないジョブ
- MP2による振動解析を行う場合。
[3] 利用法
VPP800のバッチジョブで実行します。
並列実行の指定は、LINK 0コマンドの %nprocまたは%nproclでプロセッサ数を指定します。
- バッチジョブ依頼のコマンド
subg98p ジョブキュー 入力 [scratch file用ディレクトリ] [qsubオプション ..]
- ジョブキュー:
- 並列ジョブキューの f または g
- 入力:
- Gaussian98入力ファイル
- scratch file用ディレクトリ:
- rwfファイルなどのスクラッチファイルが使用するディレクトリ。
/tmpはエラーが発生し、使用できません。
ホームディレクトリ配下あるいは/LARGEを使用すること。
省略時は$HOME- qsubオプション:
- -lT: CPU時間の指定。
-lM: メモリサイズの指定。
平成12年12月20日(水)よりMSPシステムの共用ファイルの最大許可容量を2,000MBから20,000MBに拡大します。
共用ファイルの追加申請は、APPLYコマンドで行ってください。なお、申請容量は、追加後の総量をMB単位で入力してください。最大許可容量を越えて入力された場合は、最大許可容量を申請量として処理します。減量する場合、現在の使用量以下の申請はできません。
標準 最大 ファイル容量 200MB 20,000MB ファイル個数 100個 1,000個
本センター主催の研究セミナーを、下記により開催致します。聴講無料ですので、奮ってご参加ください。
記
テーマ: 「最新の計算科学・技術の動向について」(仮題) 日時: 平成13年1月16日(火)13:00 〜 16:00 場所: 京都大学大型計算機センター講習室(3階) 講演者: 矢川元基(東京大学大学院工学系研究科システム量子工学専攻教授)
土肥俊(NEC システムデバイス・基礎研究本部バイオシステムズ研究部長)
今年度の科学研究費補助金・産学連携等研究費による利用期限は次のとおりです。
- 科学研究費補助金 : 2月15日(木)
- 産学連携等研究費 : 2月25日(日)
「科研費」又は「産学連携等研究費」だけの利用の場合、利用期限が切れた後はデータセットのアクセスもできませんので十分注意してご利用ください。ファイルのデータを必要とする方は利用期限までに「校費」等の支払費目で追加申請をするか、ファイルのバックアップを行ってください。
2月分の利用負担金請求は、科研費とそれ以外とに分けて行います。2月分の科研費に係る利用負担金通知書及び納入告知書は、2月22日以降に各経理責任者へ発送予定です。
また、産学連携等研究費については従来どおりの請求となり、3月12日以降に各経理責任者へ発送予定となりますので、ご了承願います。
なお、科研費以外の支払い費目のある場合、月額課金である共用ファイル及びPPP(ダイアルアップIP接続)に係る負担金は、2月末日までの月額計算を行い、科研費以外の費目で負担していただくことになりますのでご了承願います。
平成12年11月より、火曜日の定期保守を除き24時間運転を行っています。
今年の年末・年始は下記のとおりサービスを行いますので、ご利用ください。
項目 館外 館内 プロ相 12月27日(水) 通常サービス 12月28日(木) 通常サービス サービス休止 12月29日(金)〜 1月3日(水) 休 館 1月4日(木) サービス休止 1月5日(金) 通常サービス 注)トラブル等で計算機が停止した場合、当該計算機のサービス再開は1月4日以降となりますので、ご了承ください。
京都大学本部構内が自家用電気工作物保安規程に基づく定期点検のため、12月24日(日)に停電となります。それに伴い、本センターも下記の時間帯は全てのサービスを休止いたします。
また、点検終了後速やかにサービスを再開いたしますので、ご利用ください。
記 日時: 平成12年12月24日(日) 午前7時〜午後7時 対象: メールを含む全サービス