ニュース 2001 No.3

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ニュース 2001 No.3

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年度末作業に伴うサービス時間の変更について(再掲、一部変更)
利用負担金の改定について(再掲)
計算サーバ(spp)の新しい運用について
Secure SHellサービスの変更について
最小二乗法標準プログラムSALSのサービス開始について
ライブラリ・プログラム(GREG)の新規登録について
データベースCSDの新機能cqのサービス開始
データベースJAFOVのデータ更新について
INSPEC関連データベースのサブファイルの再構成について
VPP800コンパイラの障害について
空調機定期保守による計算機サービスの休止について
ホームページサービスの試行について
平成12年度計算機利用結果報告のお願い(再掲)
平成13年度CPU定額利用申請 (再掲)
平成13年度プログラム講習会内容の案内について
第67回研究セミナー開催の案内

1. 年度末作業に伴うサービス時間の変更について(再掲、一部変更)

年度末作業に伴い、各システムのサービス時間を下記のように変更しますので、ご注意ください。

なお、3月31日(土)の9:00までに処理できなかったvpp及びMSPのバッチジョブはキャンセルしますのでご注意ください。また、出力待ちのジョブ結果は、センターで強制出力し、課金処理します。不要なジョブ結果は、事前に消去してください。

計算サーバ(SPP)およびDBサーバ(DB)はバージョンアップおよび機能強化のために、3月27日(火)17:00でサービスを休止します。

メールサービス、DB、翻訳サービス、ダイアルアップ接続

サービス終了 3月31日(土) 8時30分

サービス開始 4月 1 日(日) 0時00分

VPP、汎用サーバ

サービス終了 3月31日(土) 8時30分

サービス開始 4月 2 日(月) 8時30分

計算サーバおよびDBサーバ

サービス終了 3月27日(火)17時00分

サービス開始 4月 2 日(月) 8 時30分

3/28
(水) 3/29
(木) 3/30
(金) 3/31
(土) 4/1
(日) 4/2
(月)

メールサービス
(sakura,mbox) サービス
休止

サービス

サービス

翻訳サーバ

ダイアルアップ

汎用サーバ
休止

VPP

計算、DBサーバ
休止

2. 利用負担金の改定について(再掲)

センターでは、4月に負担金改定を予定しています。概要は以下のとおりです。

スーパーコンピュータのバッチ型処理で900秒以上利用された部分1秒について、CPU時間のポイント算定方法が従来の半額(0.25)となります。

スーパーコンピュータ以外の利用の場合、CPU時間のポイント算定方法が従来の5分の1(0.1)となります。

基本経費に含まれるファイル容量を5MBまでとします。

ファイルを500MB以上使用された場合、ファイル経費を1MB当たり2円/月とします。

詳細については、広報Vol.34、No.2(2001年4月号)に掲載を予定していますのでご参照ください。

3. 計算サーバ(spp)の新しい運用について

すでに、2月ニュースで案内しておりますが、計算サーバ(SPP)は3月27日(火)17:00からサービスを休止し、バージョンアップおよび機能強化作業を行ないます。この機能強化に伴い4月2日(月)から計算サーバのサービスを以下のように変更します。なお、このバージョンアップに伴う機能強化およびサービスの詳細な内容については、下記のURLを参照してください。

http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/SPP/

1)NQSバッチのCPU数を8から16に拡張します。

新しいプロセス当たりの制限値と許可量を次表に示します。

種別キュー最大
CPU数 CPU時間メモリサイズ

標準最大標準最大

会話型 - - 1時間 20時間 500MB 8GB

NQSジョブ p 16 8時間 160時間 1GB 8GB

2)NQSバッチの並列実行した場合の課金がVPP800と同様の算定方式になります。

これまで並列実行した場合もジョブが使った総CPU時間で課金していましたが、これをNQSバッチを利用した場合に限り、VPP800と同様に使用した各CPU毎のCPU時間を求め、最大のCPU時間と使ったCPU数(並列度)に応じて倍率かけた課金となります。なお、会話型で並列実行した場合は、これまで通り総CPU時間での課金です。ご注意ください。

4. Secure SHellサービスの変更について

4月2日(月)よりUNIX系システム(sakura,spp,vpp)でサービスしていたSSH(Secure SHell)をOpenSSHに変更します。

OpenSSH は、これまでサービスしていたSSH1(SSH Protocol Version 1)を含め、より強度の高い暗号を用いるSSH2(SSH Protocol Version 2)での利用が可能となり、また、新たに安全な通信経路でのファイル転送をサポートするsftpがサポートされます。

これまで通りSSH1での接続も可能ですが、SSH1は既にセキュリティ上の問題が指摘されていますので、今後はより強度の高い暗号を用いるSSH2での利用を推奨します。

SSH2の使い方は、センター広報(Vol.34 No.2 2001年4月発行予定)に掲載する予定ですので、そちらをご覧ください。

また、次のURLでも随時紹介していきますので、合わせてご覧ください。

http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Services/SSH/

5. 最小二乗法標準プログラムSALSのサービス開始について

4月2日(月)よりスーパーコンピュータvppおよび計算サーバsppで、最小二乗プログラムSALSのサービスを開始します。SALSは測定データを最小二乗法およびその改良法をもちいて解析するための汎用プログラムライブラリです。

SALSライブラリの使用は、frtコマンドを使って次のように指定します。
% frt -o sals.exe main.f -lsals -zmuldefs
main.fはサブルーチンSALSをCALLする主プログラムと利用者が定義するモデルサブルーチンのFortranプログラムで、そのあとに-lsals -zmuldefsを指定します。

また、倍精度版を使用する場合には、-lsalsのかわりに-lsalsdを指定します。

プログラムの実行は、入力データが格納されたファイルがin.data、また、解析結果をout.dataに格納するのであれば、
% ./sals.exe < in.data > out.data
のようにします。

なお、SALSを利用して得られた研究成果を発表するときには、プログラム名SALSおよび著作者名を明記することが求められています。

詳細については、4月号広報および以下の参考文献をご覧ください。

小柳義夫、中川徹: SALS入門 -実験データの解析、東京大学出版会(ISBN:4-13-062107-6)

中川徹、小柳義夫: 最小二乗法による実験データ解析、東京大学出版会(ISBN:4-13-064067-4)

6. ライブラリ・プログラム(GREG)の新規登録について

平成13年3月14日(水)よりspp(計算サーバ)で下記の新規ライブラリ・プログラムGREG(Gaussian Regional Integral)を運用しています。

記

登録番号分類コード/
プログラム名プログラム内容開発者備考

219 Y7/GREG
非経験的量子化学計算プログラムGaussian94,Gaussian98の出力結果を用いて領域密度汎関数理論に基づく領域電子数・領域電子エネルギーの計算
立花明知
(代表者)
(注)を
参照

このライブラリ・プログラムは、京大開発計画のもとで開発・作成されたものです。

利用方法等の手引き書は、図書資料室およびプログラム相談室に備付けてあります。

なお、開発者による解説記事がセンター広報4月号(4月20日発行)に掲載される予定です。また、ソース・プログラムは利用者に公開されます。
/usr/local/KLIB/src/greg
なお、ドキュメント(広報記事)は4月5日(木)から
/usr/local/KLIB/doc/greg
で公開される予定です。

(注)このライブラリ・プログラムは会話型・NQS(バッチ処理)で利用できますが開発者が紹介されているサンプルプログラムでもCPUが1時間を超過しますので、特に会話型で実行される場合にはlimitコマンドでCPU時間の制限を変更してください。

7. データベースCSDの新機能cqのサービス開始

データベースCSDは主に有機金属化合物の結晶構造解析に関する文献情報および結晶構造データを蓄積したデータベースです。

今回,検索プログラムquestと構造表示を組み合わせた、より機能が向上した検索プログラムConQuest(cq)のサービスを開始いたします。サービスシステムはSPPシステムです。なお,プログラムの利用はX-Windows環境が必要ですのでご注意ください。

<サービス開始予定日>

2001年4月2日(月)

<データベースの呼出し方法>

(1) Xサーバがインストールされたパソコンから接続する場合

それぞれのXサーバの方法に従い,spp.kudpc.kyoto-u.ac.jpに接続する。

(2) ワークステーションなどから接続する場合
ローカルホストから
> xhost spp.kudpc.kyoto-u.ac.jp
> telnet spp.kudpc.kyoto-u.ac.jp
と入力し,login nameとpasswordを入力してsppにログインする。
SPP> setenv DISPLAY :0.0
< local host name >に自分の利用するマシンのホスト名を入力する。
SPP> csd <--- データベースCSDの呼出し
CSD> cq <--- ConQuestの呼出し
(オープニング画面を表示)
(数秒後,検索画面が表示される)
(画面のメニューバーのfileからEXITを選択する)
CSD> exit <--- CSDの終了
<参考資料>

(1) 本センターでのCSDの利用は次のURLを参照してください。

http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Services/DataBase/CSD/

(2) 2001年4月発行の広報解説記事(掲載予定)を参照してください。

1994年からCSDシステムのアカデミックユーザの使用取り決めが厳格になりました。1994年以降,一度も「利用条件の同意書」を提出されていない方,または,新規にCSDをご利用になられる方は必ず次の機関まで提出してください。

なお,「利用条件の同意書」の用紙は本センター2階事務室共同利用掛にあります。過去に一度提出されている方は不要です。

(送付先)

〒 565-0871 大阪府吹田市山田丘3-2

大阪大学蛋白質研究所蛋白質立体構造データ解析系藤原仁子様

8. データベースJAFOVのデータ更新について

データベースJAFOVは日本に収蔵されている脊椎動物の化石の標本情報です。今回の更新で1,221件追加され、合計12,836件になりました。データ更新は3月8日(木)に実施しました。

<データベースの呼出し方法>
 # IRSJAFOV

9. INSPEC関連データベースのサブファイルの再構成について

INSPEC関連データベースは物理学、電気工学、電子工学、計算機、制御工学関係の文献情報です。データベースの運用上、最近10年分のデータは分野単位にINSPECA,INSPECB,INSPECCと別けて運用し、それ以前の遡及データはOLDINSPA,OLDINSPB,OLDINSPCというデータベースで運用しています。

今回、INSPEC(A,B,C)データベース内の1990年のサブファイル(A1990,B1990,C1990)をOLDINSP(A,B,C)データベースへ移行します。移行作業は4月2日のデータベース保守日に行う予定です。サブファイル構成の情報はRS>モードにおいてSHOW DBコマンドで確認することができます。

<サブファイルの変更予定日>

2001年4月2日(月)データベース保守日

<データベースの呼出し方法(INSPECAの場合)>
  # IRS INSPECA
<サブファイル情報の確認方法(INSPECAの場合)>
  RS> SHOW DB(INSPECA)

10. VPP800コンパイラの障害について

(1)UXP/Vコンパイラ,Fortran,C,C++において、実行結果異常となる障害が判明しました。

障害発生条件および障害期間は下記のとおりです。

なお、障害に該当するプログラムで障害期間に作成したロード・モジュールは再作成してください。

記

[障害条件]

翻訳時オプションが各コンパイラ(frt、cc、CC)の省略時オプションである。

内側がベクトル化された多重ループが存在している。

2.の内側ループには、配列要素に代入する負の符合のついた括弧付きの演算が存在している。

3.の演算には、2つ以上の乗算と1つ以上の加算が存在している。

4.の乗算と加算の対象は、単純変数である。

Fortran プログラムのサンプル
     INTEGER,PARAMETER :: LM=3,KM=3
     REAL(KIND(1D0)) :: A(-LM:LM,-KM:KM)
     DO K= -KM,KM
      DO L= -LM,LM
       A(L,K)=-(K*K+L*L)
      END DO
     END DO
C,C++プログラムのサンプル
     #include
     main()
     {
        double a[5][5];
        int    i, j;

        for(j=0; j<5; j++){
           for(i=0; i<5; i++){
              a[j][i] = -(i*i + j*j);
           }
        }
     }
[障害のあった期間]

Fortran 1999.4.1-2001.2.20

C 1999.4.1-2001.2.27

C++ 1999.4.1-2001.3.6

(2)UXP/Vコンパイラ,Fortran,C,C++において、実行結果異常となる障害が判明しました。

障害発生条件および障害期間は下記のとおりです。

なお、障害に該当するプログラムで障害期間に作成したロード・モジュールは再作成してください。

記

[障害条件]

翻訳時オプションが各コンパイラ(frt、cc、CC)の省略時オプションである。

多重ループがある。

2.の内部に、同じネストレベルのループが複数存在している。

3.のループは、ベクトル化されている。

3.のループは、同じ繰り返し回数を持つループである。

3.のループとループの間に、代入文が存在している。

6.の代入文の直後のループには、総和演算または最大値/最小値検索演算が含まれている。

7.の総和演算または最大値/最小値検索演算の結果を表す変数は、6.の代入文で参照されている。

6.の代入文の定義要素は、その直後のループでは参照されずに、ループをまたいで参照されている。

翻訳時オプション-Wv,-m3を指定した場合、5.のループにおいて以下のメッセージが出力されている。

和文:ループが融合されました。
英文:The two loops are fused.

Fortran プログラムのサンプル
      integer a(100),b(100),c(10),d(10)
      integer res,no
      data b/1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,90*90/
      data c/10,9,8,7,6,5,4,3,2,1/
      data d/11,12,13,14,15,16,17,18,19,20/

      do j=1,10
        do i=1,100
         a(i)=b(j)*2
        end do
        no=res
        do i=1,100
           res=res+a(i)
        end do
      end do
      print *,no,res
      end
C,C++プログラムのサンプル
#include <stdio.h>

main () {

        int a[100],b[100],c[10],d[10],res[10],answer,i,j ;

        for(i=0;i<100;i++) b[i] = i ;

        for(i=0;i<10;i++) {
          res[i] = i ;
          c[i] = i + 10 ;
          d[i] = i + 10 ;
        }

        for(j=0;j<10;j++) {
          for(i=0;i<100;i++) {
            a[i] = b[i] * 2 ;
          }

          answer = res[j] ;

          for(i=0;i<100;i++) {
            res[j]=res[j]+a[i] ;
          }
        }
}
[障害のあった期間]

Fortran 1999.4.1-2001.3.13

C 1999.4.1-2001.3.27(予定)

C++ 1999.4.1-2001.3.27(予定)

11. 空調機定期保守による計算機サービスの休止について

平成13年4月22日(日)は空調設備の定期保守のため、下記の時間計算機サービスを休止いたします。

記

日時: 平成13年4月22日(日) 午前7:00～17:00

休止する計算機サービス: 全て

なお、空調設備の定期保守終了後、計算機サービスを再開いたします。

12. ホームページサービスの試行について

サービスの概要
本サービスは、利用者が管理するホームページを京都大学大型計算機センター(以下「本センターという。」)の計算機システムに設置し、仮想ホスト機能を用いて公開するサービスです。これにより、専用の計算機を用意することなく研究室などのドメイン名でホームページを公開することができます。

サービスの内容

仮想ホスト機能により設定するドメイン名は、ac.jpを持つものに限ります。なお、1申請につき1ドメイン名とします。
注)申請者は、所属部局等のDNS管理者へ仮想ホスト名にIPアドレスを対応づけるように承認を得ておいてください。また、DNS設定などの申請に関する手続きについても申請者が行ってください。

本サービスではCGI(Common Gateway Interface)については利用できません。ただし、アクセスカウンター及びログ参照機能についてはセンターから提供します。

ホームページのディスク容量は、500MB以内です。

申請資格
本サービスを利用できる人は、本センターの利用者です。

申請方法
申請は、Webページからの申し込みとします。

サービスに関わる経費
月額9,000円です。なお、本サービスのみを利用する場合においても基本経費の月額1,000円が加算されます。継続性の観点から校費の支払いとなります。

コンテンツの作成

本ホームページの作成・管理については、利用者の責任で行ってください。

ホームページの更新の具体的な方法については、申請許可後に、ご相談します。

ホームページの掲載記事については、研究・教育活動を支援する学術情報ネットワークの目的に沿ったものに限ります。なお、目的外であるとセンターが判断した場合は、サービスを停止することがあります。

メールに関する扱い
仮想ホスト名宛のメールは全て、利用者番号@sakura.kudpc.kyoto-u.ac.jpへ転送します。

試行開始予定日
平成13年4月2日

13. 平成12年度計算機利用結果報告のお願い(再掲)

計算機を利用された研究成果のうち、本年度に発表された論文(学会発表講演要旨を含む)などについて、次のいずれかの方法により、報告してください。

web (URL: http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/cgi-bin-user-only/user-report-start ) からの入力

文書(様式自由ですが、webからプリントできる方はそれに記入して下さい。) URL: http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/user-report/

e-mail ( kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp )

いずれの方法による場合でも『利用者番号・研究分野コード・所属・職名・氏名・連絡先(電話番号/e-mail)、著者名、論文名、掲載誌(巻号頁)、発表年』を明記してください。

◎ 期限 : 平成13年4月30日(月) (未発表のものは、掲載され次第、報告して下さい。)

報告された研究成果は「広報Vol.34 No.5」に掲載予定ですので、巻号頁等の報告内容に記載漏れのないようお願いします。

14. 平成13年度CPU定額利用申請(再掲)

平成13年度、CPU定額利用申請の受付を下記のとおり行います。

これは、演算経費(CPU利用金額)に限り、申請額(1口:10万円)の負担により、その申請額の5倍(50万円)まで利用できるものです。

今年度は4月～11月までの期間を、第1期(4月1日～7月31日)、第2期(8月1日～11月30日)に分けて受付けます。ただし、第1期、第2期はそれぞれに申請が必要です。

多数ご利用ください。

なお、「平成13年度CPU定額利用申請」の詳細は、ホームページ( http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/teiga13.html )をご覧ください。

15. 平成13年度プログラム講習会内容の案内について

センターでは、平成13年度のプログラム講習会計画をホームページ( http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Services/Course/ )で案内しております。

計画的な受講をお願いします。

より詳しい講習内容(前提とする知識・経験,講習の具体的な項目、演習の有無、参考文献など)は、講習会開催案内一覧表の中の下線が引かれた名称をクリックしてください。

16. 第67回研究セミナー開催の案内

京都大学大型計算機センター第67回研究セミナーを、下記の予定で開催いたします。奮ってご参加下さい。

記

テーマ: 東洋学へのコンピュータ利用

日時: 平成13年3月23日(金)13:00～17:00

場所: 京都大学大型計算機センター3F講習室

13:00～13:05 開会挨拶

高田時雄(多言語情報研究委員会委員長)

13:05～13:40 「フォント埋め込みによる外字手法」

安岡孝一(京都大学)

13:40～14:15 「日下部表の話―JIS漢字前史―」

池田証寿(北海道大学)

14:15～14:50 「流通漢字と文字生活―字体の流通から接触・意識・使用へ―」

笹原宏之(国立国語研究所)

15:10～15:45 「情報科学的浮世絵研究の試み」

山田奨治(国際日本文化研究センター)

15:45～16:20 「証文類古文書標題の文字認識辞書構築とその利用について
―正規化の問題点と文字認識プロセスの検討―」

柴山守(大阪市立大学)

16:20～16:55 「インターネット文化の国際比較
―主として日本とイギリスの場合―」

星野聰(京都大学名誉教授)

16:55～17:00 閉会挨拶

	3/28 (水)	3/29 (木)	3/30 (金)	3/31 (土)	4/1 (日)	4/2 (月)
メールサービス (sakura,mbox)	サービス			休止	サービス	サービス
翻訳サーバ
ダイアルアップ
汎用サーバ					休止
VPP
計算、DBサーバ	休止

種別	キュー	最大 CPU数	CPU時間		メモリサイズ
種別	キュー	最大 CPU数	標準	最大	標準	最大
会話型	-	-	1時間	20時間	500MB	8GB
NQSジョブ	p	16	8時間	160時間	1GB	8GB

登録番号	分類コード/ プログラム名	プログラム内容	開発者	備考
219	Y7/GREG	非経験的量子化学計算プログラムGaussian94,Gaussian98の出力結果を用いて領域密度汎関数理論に基づく領域電子数・領域電子エネルギーの計算	立花明知 (代表者)	(注)を参照

Fortran	1999.4.1-2001.2.20
C	1999.4.1-2001.2.27
C++	1999.4.1-2001.3.6

Fortran	1999.4.1-2001.3.13
C	1999.4.1-2001.3.27(予定)
C++	1999.4.1-2001.3.27(予定)

記
日時:	平成13年4月22日(日) 午前7:00～17:00
休止する計算機サービス:	全て

テーマ:	東洋学へのコンピュータ利用
日時:	平成13年3月23日(金)13:00～17:00
場所:	京都大学大型計算機センター3F講習室

13:00～13:05	開会挨拶
	高田時雄(多言語情報研究委員会委員長)
13:05～13:40	「フォント埋め込みによる外字手法」
	安岡孝一(京都大学)
13:40～14:15	「日下部表の話―JIS漢字前史―」
	池田証寿(北海道大学)
14:15～14:50	「流通漢字と文字生活―字体の流通から接触・意識・使用へ―」
	笹原宏之(国立国語研究所)
15:10～15:45	「情報科学的浮世絵研究の試み」
	山田奨治(国際日本文化研究センター)
15:45～16:20	「証文類古文書標題の文字認識辞書構築とその利用について ―正規化の問題点と文字認識プロセスの検討―」
	柴山守(大阪市立大学)
16:20～16:55	「インターネット文化の国際比較 ―主として日本とイギリスの場合―」
	星野聰(京都大学名誉教授)
16:55～17:00	閉会挨拶

ニュース 2001 No.3

目 次

1. 年度末作業に伴うサービス時間の変更について(再掲、一部変更)

2. 利用負担金の改定について(再掲)

3. 計算サーバ(spp)の新しい運用について

4. Secure SHellサービスの変更について

5. 最小二乗法標準プログラムSALSのサービス開始について

6. ライブラリ・プログラム(GREG)の新規登録について

7. データベースCSDの新機能cqのサービス開始

8. データベースJAFOVのデータ更新について

9. INSPEC関連データベースのサブファイルの再構成について

10. VPP800コンパイラの障害について

11. 空調機定期保守による計算機サービスの休止について

12. ホームページサービスの試行について

13. 平成12年度計算機利用結果報告のお願い(再掲)

14. 平成13年度CPU定額利用申請(再掲)

15. 平成13年度プログラム講習会内容の案内について

16. 第67回研究セミナー開催の案内

目次