5月21日(水)より数式処理システムMapleをバージョン8にバージョンアップします。実行コマンドは、従来通りxmapleおよびmapleです。これまで運用しておりました、バージョン6は当分の間並行運用いたします。実行コマンド名はxmaple6およびmaple6です。昨年、更新予定のバージョン7は、障害が発生していたため、今回、バージョン6からバージョン8へのバージョンアップとなりました。
主な新機能は以下のとおりです。
・ 微分方程式が大幅に改良され、より高精度な解析、かつ完全解の解が拡張されています。
・ 数式の記号処理やODEおよびODE系の解析解等多くの手法について、追加および機能強化されています。
Maple8の新機能の詳細については、サイバネット社の下記のURLをごらんください。
http://www.cybernet.co.jp/products/maple/maple8
Gaussian98が計算サーバ(SPP)で利用できるようになりました。課金額がVPP800の2/5と低額ですのでお試し下さい。
但し、並列実行はできませんのでご注意下さい。
Gaussian98に添付のテストセットを50件テストした結果、STO-3Gおよび6-31G系を除いた32件をVPP800と比較すると平均で1.7倍のCPU時間を要しましたが、課金額ではSPPが有利になります。
また、6-31g系統の計算(5件と少ないですが)では、平均0.6倍のCPU時間でSPPが有利でした。
ただし、STO-3Gについて7件のテストをした結果、平均で約5倍(最大5.4倍、最小1.9倍)のCPU時間でした。
また、Trimethylsilylacetylene(C5H10Si)をMP2/6-311gで計算(1件)したものは7倍のCPU時間でした。
テストセットのテストを続け、その結果をセンターホームページ(トップページの「アプリケーション」から)で公開しますので、SPPとVPP800の使い分けの参考にしてください。
SPPではNQSによるバッチ処理に加えて、会話型処理(バックグラウンド処理となります)も可能にしています。
利用法は次の通りです。
(1) 会話型処理
spp% g98 Gaussian98入力
(2) バッチ処理
spp% subg98 ジョブキュー Gaussian98入力 [ qsubオプション ]
ジョブキュー : p (CPU時間
標準 8時間、最大 160時間、メモリサイズ最大 8GB)
qsubオプション : -lT CPU時間の指定
例: 9時間の場合 -lT 9:00:00
(-lTは小文字のエルと大文字のティ)
Gaussian98入力 : 入力ファイル名は、xxxxxxxx.dat または xxxxxxxx.comのように、サフィクスにdatあるいはcomを付けます。
Gaussian98出力 : 実行結果が出力されます。ファイル名はGaussian98入力ファイル名のサフィクスにlogが付きます。
例えば、入力ファイル名が Benzene.dat の場合はBenzene.log となります。
利用者の効率のよい利用や、プログラム技術向上のために、ベクトル・プロセッサ、UNIX、各種アプリケーションなどについてのプログラム講習会が定期的に開催されています。
・受講者定員 原則として20名
・講習時間 10:30〜16:00(特に講習時間を指定してある場合を除く)
・会場 京都大学学術情報メディアセンター北館
(旧大型計算機センター)3階講習室
・申込方法 TEL:075-753-7424または7407
e-mail: zenkoku-kyo@media.kyoto-u.ac.jp
直接受付場所:学術情報メディアセンター北館
1階
全国共同利用掛受付カウンター
ホームページ: http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/Course/
【6回】Gaussian
開
催
日
:平成15年5月23日(金) 9:30〜
受付期間 :平成15年5月7日(水)〜5月21日(水)
内 容 :分子軌道計算プログラムGaussianの解説と実習
【7回】オブジェクト指向とC++言語基礎
開
催
日
:平成15年5月28日(水)
受付期間 :平成15月12日(月)〜5月26日(月)
内 容 :プログラミングの経験を持っている方を対象に、オブジェクト指向言語C++の基礎を講習する
【8回】ベクトル並列プログラミングの基礎
開
催
日
:平成15年5月30日(金)
受付期間 :平成15年5月14日(水)〜5月28日(水)
内 容 :ベクトル並列化プログラミングと並列化手法について講習する
【9回】MPI
開
催
日
:平成15年6月5日(木)
受付期間 :平成15年5月20日(火)〜6月3日(火)
内 容 :MPIを用いたプログラミング基礎について講習する
【10回】MATLAB基礎
開
催
日
:平成15年6月12日(木)
受付期間 :平成15年5月27日(火)〜6月10日(火)
内 容 :数値計算・制御解析システムMatlabの基礎を講習する
【11回】MATLAB応用
開
催
日
:平成15年6月13日(金)
受付期間 :平成15年5月28日(水)〜6月11日(水)
内 容 :MatlabのSimulinkを中心に行う利用方法について講習する
【12回】OpenMP入門
開
催
日
:平成15年6月19日(木)
受付期間 :平成15年6月3日(火)〜6月17日(火)
内 容 :OpenMP仕様の基礎と並列化手法について講習する
【13回】Java入門
開
催
日
:平成15年6月27日(金)
受付期間 :平成15年6月11日(水)〜6月25日(水)
内 容 :C言語の基礎知識を持つ人を対象にJavaアプレットで
WWW上のグラフィックインターフェースを作成するところまでを講習する
下記要領により、リクエスト講習会を開催しますので、応募くださるようご案内いたします。
「平成15年度プログラム講習会開催案内」をご参照ください。
記
1.講習内容
利用者の希望により行う小グループ講習会
講習会メニューは相談に応じます。
2.開催期間
平成15年7月〜9月の希望日
なお、希望日は申込み時に第3希望まで記入してください。後日、日程調整のうえ、代表者へ連絡します。
3.講習会場
原則として京都大学学術情報メディアセンター(北館)内ですが、利用者の所属機関の施設を利用しての実施も考慮します。
4.申込み条件等
全国共同利用掛備え付けの用紙で申し込んでください。
センターID所有の利用者もしくは申請の有資格者5名以上のグループで、代表者が申込んでください。
講習日の決定等、センターからの連絡事項は代表者の方のみにお知らせします。グループの受講予定者への連絡は、代表者が行ってください。
講習会IDは発行しません。
5.申込み先
京都大学学術情報メディアセンター(北館)全国共同利用掛(1階)
TEL:075-753-7424,7407 E-mail: kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp
FAX:075-753-7449
本センターでは、プログラム指導員を募集しています。詳しくは、ここ
( http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Information/shido.htm )
をクリックしてください。
遠隔地の利用者で、本センターへの出張利用をする方のために「利用者旅費の制度」があります(科学研究費補助金、産学連携等研究費及び委任経理金による利用は除く)。
利用できるのは 1)大学又は高等専門学校の教員及びこれに準ずるもの、2)文部科学省所轄機関(国立学校を除く)の研究職員です。
この制度による旅費の支給を希望される方は、所定の利用者旅費申請書に必要事項を記入(出張利用を必要とする理由を明記してください)の上、出張希望日の2週間前までに全国共同利用掛宛お送りください。
問合わせ先:全国共同利用掛
(Tel:075-753-7407 E-mail: kyodoriyo@kudpc.kyoto-u.ac.jp )
データベースCSDは主に有機金属化合物の結晶構造解析に関する文献情報および結晶構造データを蓄積したデータベースであり、検索および検索結果データの3D表示などの機能が利用できます。今回英国CCDCより、データ追加のアナウンスがあり,Apr03版のデータを8,385件追加しました。(追加は2003年5月2日に実施)
<データベースの呼出し方法> <SPPシステム>
SPP> csd <--- データベースCSDの呼出し
CSD> cq <--- ConQuestプログラムの呼出し
<ConQuestの終了>
(
画面のメニューバーのfileからEXITを選択する
)
CSD> exit <--- CSDの終了
<参考資料>
本センターでのCSDの利用は次のURLを参照してください。
http://www.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Service/DataBase/CSD/
なお、ケンブリッジ結晶学データベース(CSD)の利用に当たっては、利用条件が記述された「同意書」(英文)の提出が新規の利用者のみ必要になっています。書類に必要事項を記入の上、日本の窓口となっている大阪大学蛋白質研究所に直接書類を送付してくださるようお願いいたします。用紙は本センター(北館)1階受付の全国共同利用掛(075-753-7424)にありますのでご請求ください。ただし、「同意書」を一度でも提出されている場合は不要です。
<「同意書」の送付先
>
〒 565-0871
大阪府吹田市山田丘3-2
大阪大学
蛋白質研究所
プロテオミクス総合研究センター
蛋白質情報科学研究系
CSDデータベース担当 御中