--- title: 'HPCI User''s Guide' media_order: 'hpci_statistics.png,portal_password_02.png,portal_password_01.png,portal_password_new_02.png,hpci_statistics_new.png,portal_password_new_01.png' published: true taxonomy: category: - docs external_links: process: true no_follow: true target: _blank mode: active --- [toc] This page explains how to use Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University (ACCMS) for HPCI. ## Procedure to Start the Service{#usage_approval} For those who have completed registration for use of our supercomputer, we will send a Notification of the Registration Completion by email. Once you receive the Notification of the Registration Completion, please follow [the Procedure to Start the Service](/misc/portal_init). ### Usage of User ID{#usage_usernum} The user ID notified in the “Notification of the Registration Completion” is used for the purposes shown in the table below. It may fall into both categories. You can confirm the primary center and computing resources from [HPCI online application system](https://www.hpci-office.jp/entry/) . | Category | Usage of user ID | |------------------------|---------------------------------------------------------------| | Those who designate Kyoto University as the primary center | Use this user ID as a **HPCI account** when WEB authentication is required, such as issuing a certificate. | <!-- | 京都大学の計算資源を利用の方 | 京都大学の計算資源内でのみ有効なログインIDです。HPCIの利用において意識する必要性は低いですが、直接SSH接続することも可能です。| --> ## How to use the system{#use_system} ### How to log in to the system{#system_login} Please refer to the [Manual provided by HPCI](https://www.hpci-office.jp/en/for_users/hpci_info_manuals) for how to issue client certificates and log in. <!-- 京都大学の計算資源を使用する場合のホスト名は、以下の通りです。 なお、電子証明書発行後にログインを許可する登録処理を行いますので、15分程度時間を空けてログインしてください。 | システム名 | ホスト名 | |-------------------------------|-----------------------------------------| | システムA(Cray XC40) | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | --> HPCI uses client certificates to log in to resource providers via SSH (GSI-SSH) with GSI authentication (Grid Security Infrastructure). <!-- ### 京都大学の計算資源経由でHPCIを利用する場合{#hpci_via_kuresources} 京都大学の計算資源には、GSI-SSHに必要となる gsissh コマンドおよび myproxy-logon コマンドを用意してあります。 京都大学の計算資源を利用可能な方は [こちら](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/login) のページを参考にログインいただくと、 HPCI用の環境構築を行わなくとも、京都大学の計算資源経由で他のシステム構成機関にログインすることが可能です。 その場合は、以下のように myproxy-logon(代理証明書の取得)および gsissh コマンドを利用してください。 ```nohighlight ## 代理証明書の取得 (hpci00XXXX は 自身のHPCI-IDに置き換え) $ myproxy-logon -s portal.hpci.nii.ac.jp -l hpci00XXXX ## 他の資源提供機関へのログイン{#login_of_other_facility} $ gsissh host01.example.jp ``` ### システムの利用方法{#using_system} システムの利用方法は、[システムへの接続方法](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/login) などをご覧ください。 HPCIで利用できるシステムはシステムA(Cray XC40)となっています。 #### 計算資源の利用{#using_computing} HPCIの計算資源を利用するには、バッチでのジョブ投入時に以下のキュー名を指定する必要があります。 バッチシステムの詳しい利用方法は、[バッチ処理(システムA)](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/run/systema) をご覧ください。 **キュー名に含まれるHPCI課題IDは初回採択時課題IDが利用されます。** | 分類 | システム | 種別 | キュー名 | ノード数(2022年度) | 備考| |-----------|---------------|-----------------|-----------------|-------------------|---------------------| | HPCI | A | 通期利用 | hpa | 200 ノード | HPCIの利用者で共有します。複数の課題で共有して使用しますので、長期間の占有利用は控えてください。| | HPCI-JHPCN | A | 通期利用 | jha | 52 ノード | HPCI-JHPCNの利用者で共有します。複数の課題で共有して使用しますので、長期間の占有利用は控えてください。| | HPCI-JHPCN | A | 集中利用 | jhXXXXXXa | 64 ノード | 「jhXXXXXX」は課題IDに置き換えてください。利用期間は課題代表者に個別に通知します。| #### 課題ID(グループ)の指定{#group_assign} 京都大学では、HPCIで複数課題に採択された場合でも同じのログインID(利用者番号)を使用します。 バッチでのジョブ投入時に、キュー名およびグループ名を明示的に指定することで課題を切り替えてください。 下の例はバッチジョブの投入に必要となるジョブスクリプトのシステムAでのサンプルです。 「#QSUB -ug 」でグループ名にhp189999を指定しています。グループ名のHPCI課題IDには初回採択時課題IDが利用されます。 ```nohighlight $ cat sample.sh #!/bin/bash #============ PBS Options ============ #QSUB -q hpa #QSUB -ug hp189999 #QSUB -W 2:00 #QSUB -A p=4:t=8:c=8:m=1800M #============ Shell Script ============ aprun -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN ./a.out ``` ### ストレージの利用{#use_storage} #### 京都大学のストレージ{#ku_storage} HPCIの課題で利用できる京都大学のストレージのパスは以下の通りです。 /LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 のどちらかの組み合わせを利用いただけます。 利用可能なLARGE領域は課題代表者及び連絡責任者の方にメールで通知しています。 課題あたりに利用可能な容量は以下の通りです。 | 課題 | 利用可能な容量 | |--------------------|------------------------------------------------| |HPCIのシステムA利用課題| 資源提供通知の大容量ディスク欄に記載 (/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 に半分ずつ割当)| |HPCI-JHPCNのシステムA利用課題| 資源提供通知の大容量ディスク欄に記載 (/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 に半分ずつ割当)| /LARGE1および/LARGE3は、初期状態で/LARGE0 ならびに /LARGE2のバックアップ先となっています。 /LARGE1および3はバックアップを解除することで利用可能になります。 バックアップ設定の変更は、[お問い合わせフォーム](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult) よりご依頼ください。 この他にホームディレクトリが、100GBまで利用できます。 ストレージの詳しい利用方法は、[ファイルシステムの利用](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/filesystem) をご覧ください。 #### 共用ストレージ{#shared_storage} HPCI共用ストレージの利用が可能な課題の利用者向けのマウントポイントは以下の通りです。 詳しい利用方法は、[HPCI共用ストレージ利用マニュアル](https://www.hpci-office.jp/pages/hpci_info_manuals) をご覧ください。 | マウントポイント | | ----------------------- | | /gfarm/課題ID/利用者番号 | #### 利用状況の確認{#check_using_status} [利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) にログインし、 上部メニューの統計情報から、左メニューのHPCI統計をクリックすると利用状況が確認できます。 ![](hpci_statistics_new.png) コア経過時間(秒)の値を3600で割って単位を「時間」にし、68(システムAのノード当たりコア数) で割っていただければ、 利用可能枠のノード時間に対する利用実績を算出することができます。 なお、このページではキューを利用可能な全ユーザの情報が表示されますので、それらを合計した値と課題割当時間を比較していただく必要があります。 --> #### Information Sharing CMS{#info_cms} For HPCI users, we are operating a management system for disseminating information to users from each system component organization and for sharing documents within the projects. * [Information Sharing CMS](https://www.hpci-office.jp/pages/info_cms)