@@ -1,5 +1,5 @@

 ---

-title: 'File Transfer with Archaea (Former HCP Tools)'

+title: 'File Transfer with Archaea'

 published: true

 ---

@@ -192,7 +192,7 @@ Please refer to  [Online Documents](#manuals) for details on the exit codes (com

 In the current version (Archaea dialog 1.0), there is no function to specify and move a directory path directly. The function will be implemented in the future.

 ## Online Documents{#manuals}

-* [Archea tools Online Documents](https://support.bytix.tech/docs/archaea/tools/1.4/)

+* [Archaea tools Online Documents](https://support.bytix.tech/docs/archaea/tools/1.4/)

 ## Links{#link}

@@ -1,5 +1,5 @@

 ---

-title: 'Archaea(旧HCP Tools)によるファイル転送'

+title: Archaeaによるファイル転送

 published: true

 media_order: 'dialog_1.png,dialog_2.png,dialog_3.png,dialog_4.png,dialog_5.png,dialog_6.png,dialog_7.png,dialog_8.png'

 ---

@@ -7,9 +7,9 @@ media_order: 'dialog_1.png,dialog_2.png,dialog_3.png,dialog_4.png,dialog_5.png,d

 [toc]

 ## Archaea(旧HCP Tools)とは{#hcp_tools}

-高速なファイル転送ツールとして、Archea(旧HCP Tools)を提供しています。

+高速なファイル転送ツールとして、Archaea(旧HCP Tools)を提供しています。

-Archea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用しているため、高速なファイル転送が可能です。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。

+Archaea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用しているため、高速なファイル転送が可能です。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。

 ## 前提条件{#prerequisite}

 * [Archaea(HCP Tools)クライアントのインストール](/install/hcp_tools)の手順でArchaea(旧HCP Tools)クライアントのインストールが完了していること。

@@ -190,7 +190,7 @@ EXIT 72 REASON 9008

 現在のバージョン(Archaea dialog 1.0)では、ディレクトリパスを直接指定して移動する機能はありません。将来的には機能が実装される予定です。

 ## マニュアル{#manuals}

-* [Archea tools オンラインドキュメント](https://support.bytix.tech/docs/archaea/tools/1.4/)

+* [Archaea tools オンラインドキュメント](https://support.bytix.tech/docs/archaea/tools/1.4/)

 ## リンク{#link}

@@ -57,6 +57,8 @@ moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください

 |-ip |Optimize processing between procedures within a single file. |

 |-ipo |Optimize processing between procedures among multiple files.|

 |-qopt-report |Displays information about the performed optimization.|

+|-xHost|Generates the code corresponded to the most significant instruction set which available in a processor.|

+|-xCORE-AVX512/-xCORE-AVX2/-xSSE4.2/-xSSE3|IntelGenerates the optimized code corresponded to the specified instruction set, for Intel processor. |

 ####      Options for using more than 2 GB of memory

@@ -57,6 +57,8 @@ moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください

 |-ip |単一ファイル内で、手続き間の処理を最適化します。 |

 |-ipo |複数ファイル間で、手続き間の処理を最適化します。|

 |-qopt-report |実施した最適化についての情報を表示します。|

+|-xHost|プロセッサで利用可能な最上位の命令セット向けのコードを生成します。|

+|-xCORE-AVX512/-xCORE-AVX2/-xSSE4.2/-xSSE3|Intelプロセッサ向けに，指定した命令セットに対応した最適化コードを生成します。|

 ####     2GB以上のメモリを使う場合のオプション

@@ -20,7 +20,8 @@ external_links:

 Version|  Module file Name | System B/C  | System G  | Cloud System| Notes

 --- | --- | --- | --- | --- | ---

-4.0.5 | openmpi/4.0.5 | - | + | - | Introduced in November 2022

+4.0.5 | openmpi/4.0.5_intel-2022.3 | + | - | + | Introduced in June 2023

+4.0.5 | openmpi/4.0.5_gnu-8.5.0 | + | + | + | Introduced in November 2022

 \+ ： Available for all users  

 \- ： Not available

@@ -28,7 +29,6 @@ Version|  Module file Name | System B/C  | System G  | Cloud System| Notes

 <!--

 OpenMPIは[NVIDIA HPC SDKコンパイラ](/compilers/nvidia)、[GNUコンパイラ](/compilers/gnu)で利用できます。

 -->

-OpenMPI is available in [NVIDIA HPC SDK compiler](/compilers/nvidia).

 <!--

 コンパイラは、

@@ -20,7 +20,8 @@ external_links:

 バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考

 --- | --- | --- | --- | --- | ---

-4.0.5 | openmpi/4.0.5 | - | + | - | 2022年11月導入

+4.0.5 | openmpi/4.0.5_intel-2022.3 | + | - | + | 2023年6月導入

+4.0.5 | openmpi/4.0.5_gnu-8.5.0 | + | + | + | 2022年11月導入

 \+ ： すべてのユーザが利用可能  

 \- ： 利用不可

@@ -28,7 +29,6 @@ external_links:

 <!--

 OpenMPIは[NVIDIA HPC SDKコンパイラ](/compilers/nvidia)、[GNUコンパイラ](/compilers/gnu)で利用できます。

 -->

-OpenMPIは[NVIDIA HPC SDKコンパイラ](/compilers/nvidia)で利用できます。

 <!--

 コンパイラは、

@@ -27,8 +27,7 @@ You can check a list of available module files with the module avail command.

 Version                | Module File Name | System B/C/G   | Cloud System

 --------------------  | -------------------- | -----          | ----- 

- 2023a                | matlab/R2023a        | KU             | -

- 2022b (default)      | matlab/R2022b        | KU             | -

+ 2023a (default)      | matlab/R2023a        | KU             | -

 KU ： Available for Kyoto University members only  

@@ -26,8 +26,7 @@ module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一

 バージョン            | モジュールファイル名 | システムB/C/G  | クラウドシステム

 --------------------  | -------------------- | -----          | ----- 

- 2023a                | matlab/R2023a        | KU             | -

- 2022b (default)      | matlab/R2022b        | KU             | -

+ 2023a (default)      | matlab/R2023a        | KU             | -

 KU ： 京都大学構成員限定で利用可能<br>

@@ -141,3 +141,118 @@ INFO:    Build complete: lolcow.sif

 $ ls lolcow.sif

 lolcow.sif

 ```

+

+

+### DockerHub の openfoam コンテナイメージを使用した例

+

+DockerHubで公開されているopenfoam を使用した動作例です。

+実行の際には、openfoamに付属するデータを用いています。

+あくまで動作確認をした一例ですので、実施したい内容に応じて必要な準備をや読み替えを行ってください。

+

+1. Apptainerのコンテナイメージを保存するディレクトリへ移動する

+```nohighlight

+$ cd container_image

+```

+

+2. DockerHubからコンテナイメージをダウンロードし，ビルドする

+```nohighlight

+$ apptainer build openfoam10-paraview510.sif docker://openfoam/openfoam10-paraview510

+(略)

+INFO:    Creating SIF file...

+INFO:    Build complete: openfoam10-paraview510.sif

+```

+

+3. テストデータのコピー

+```nohighlight

+$ cp -a /opt/system/app/openfoam/10/intel-2022.3-impi-2022.3/OpenFOAM-10/tutorials/basic/scalarTransportFoam/pitzDaily . 

+$ cd pitzDaily

+$ mkdir -p resources/blockMesh

+$ cp -a /opt/system/app/openfoam/10/intel-2022.3-impi-2022.3/OpenFOAM-10/tutorials/resources/blockMesh/pitzDaily resources/blockMes/

+```

+

+4. MPI並列のために system/decomposeParDict ファイルを以下の内容で新規保存する。

+

+```nohighlight

+/*--------------------------------*- C++ -*----------------------------------*\

+  =========                 |

+  \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox

+   \\    /   O peration     | Website:  https://openfoam.org

+    \\  /    A nd           | Version:  10

+     \\/     M anipulation  |

+\*---------------------------------------------------------------------------*/

+FoamFile

+{

+    format      ascii;

+    class       dictionary;

+    note        "mesh decomposition control dictionary";

+    object      decomposeParDict;

+}

+

+numberOfSubdomains  2;

+method          scotch;

+```

+

+5. ジョブスクリプトを作成する

+

+```bash

+#!/bin/bash

+#============ SBATCH Directives =======

+#SBATCH -p gr19999b       # ご利用可能なキューを指定してください

+#SBATCH -t 1:00:00        # 経過時間の制限を1時間に指定

+#SBATCH --rsc p=2:c=1     # 2プロセス分の資源要求(2プロセス×1コア)

+#SBATCH -o %x.%A.out      # 標準出力の出力先

+

+#============ Shell Script ============

+

+# 概要:

+#   ホスト側にインストールされているopenmpi をコンテナ側でも参照できるようにすることで、

+#   infiniband および slurm に対応したmpi 実装を用いて、コンテナを介したopenfoam を並列実行する。

+# 

+#

+# apptainer のオプションの補足

+#   --bind :

+#     /opt/system/app             # ホスト側に導入されているopenmpi を使うために、コンテナ側でマウントする。

+#     /usr/lib64:/usr/lib64/host  # ホスト側のアプリ(今回はopenmpi)を動作させるための必須ライブラリがあるディレクトリをコンテナ側でマウントする。

+#                                 # コンテナ内のローカルライブラリと競合を避けるためにマウント先を /usr/lib64/host を指定してマウントする。

+#   --env 

+#     LD_LIBRARY_PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/lib:/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib64/host 

+#     # openfoam のコンテナ内に openmpi が同梱されているため、ホスト側のmpiを優先するために、/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/lib を先頭に設定している。

+#     # 2,3番目に、コンテナ内のアプリを正常に動作させるために、ubuntu のローカルライブラリをこの位置に設定する。

+#     # 4番目に、openmpiが依存するinfiniband 関係のライブラリを認識させるために、/usr/lib64/host を最後に設定する。

+#     # ホストとコンテナの状況に応じてライブラリの競合が発生しないように考慮が必要。

+#

+#     PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/bin:/opt/openfoam10/bin:/usr/bin:/bin \

+#     # コマンドラインで認識させたいコマンドのあるPATH を追加している。絶対PATHで利用するなら設定不要。

+#     # この例では、ホスト側の openmpi をPATHの先頭に追加し最優先させた上で、コンテナ内の openfoam および/usr/bin, /bin を設定している。

+#

+

+# blockMesh を1並列で実行

+srun -n 1 apptainer exec  \

+   --bind /opt/system/app,/usr/lib64:/usr/lib64/host  \

+   --env LD_LIBRARY_PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/lib:/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib64/host \

+   --env PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/bin:/opt/openfoam10/bin:/usr/bin:/bin \

+   ../openfoam10-paraview510.sif  \

+   foamExec  blockMesh -dict resources/blockMesh/pitzDaily

+

+# cecomposePar を1並列で実行

+srun -n 1 apptainer exec  \

+   --bind /opt/system/app,/usr/lib64:/usr/lib64/host  \

+   --env LD_LIBRARY_PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/lib:/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib64/host \

+   --env PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/bin:/opt/openfoam10/bin:/usr/bin:/bin \

+   ../openfoam10-paraview510.sif  \

+   foamExec  decomposePar

+

+# scalarTransportFoam を実行(slurm の --rsc で指定した並列数で起動)

+srun apptainer exec  \

+   --bind /opt/system/app,/usr/lib64:/usr/lib64/host  \

+   --env LD_LIBRARY_PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/lib:/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib64/host \

+   --env PATH=/opt/system/app/openmpi/4.0.5/gnu-8.5.0/bin:/opt/openfoam10/bin:/usr/bin:/bin \

+   ../openfoam10-paraview510.sif  \

+   foamExec  scalarTransportFoam -parallel

+```

+

+6. ジョブ投入する

+

+```

+$ sbatch jobscript.sh

+```

@@ -1,5 +1,5 @@

 ---

-title: 'Installation of MobaXterm'

+title: MobaXterm

 ---

 [toc]

@@ -1,5 +1,5 @@

 ---

-title: MobaXtermのインストール

+title: MobaXterm

 ---

 [toc]

@@ -1,5 +1,5 @@

 ---

-title: 'Installation of Archaea (Former HCP Tools)'

+title: Archaea

 ---

 [toc]

@@ -13,7 +13,7 @@ You can use it by installing dedicated package.

 ## Client Software{#client}

 ### Version{#current_version}

-Archea tools ver.1.4 is installed on the server. When installing the client software, please install **Archaea tools ver.1.4** or **Archaea dialog ver.1.0**.

+Archaea tools ver.1.4 is installed on the server. When installing the client software, please install **Archaea tools ver.1.4** or **Archaea dialog ver.1.0**.

 ### Supported OS{#os}

 * Windows：10

@@ -33,7 +33,7 @@ For how to install, please refer to [Download【Latest Version】（CLEALINK TEC

 For how to use Archaea (former HCP Tools), please refer to [File Transfer with Archaea (former HCP Tools)](/login/hcp_tools).

 <!--

-### Archea tools{#tools}

+### Archaea tools{#tools}

 #### インストール(Windows){#install_windows}

 1. ダウンロードした BytixArchaeaToolsInstaller.msi を実行します.

@@ -54,9 +54,9 @@ For how to use Archaea (former HCP Tools), please refer to [File Transfer with A

 # sudo dpkg -i bytix-archaea-tools_1.4.2-13_armhf.deb

 ```

-### Archea dialog{#dialog}

+### Archaea dialog{#dialog}

 #### インストール(Windows){#dialog_windows}

 1. ダウンロードした BytixArchaeaDialogInstaller.msi を実行します。

 2. セットアップ画面が開きますので、使用許諾契約書の内容を確認し、"使用許諾契約書に同意します"にチェックを入れ、インストール をクリックします。![](dialog_install_1.png?resize=500)

 3. インストールするが終了すると完了画面が出ますので、完了 を押してください。インストールはこれで完了です。![](dialog_install_2.png?resize=500)

\ No newline at end of file

+-->

@@ -1,5 +1,5 @@

 ---

-title: 'Archaea(旧HCP Tools)のインストール'

+title: Archaea

 media_order: 'hcp_client_install_1.png,hcp_client_install_2.png,dialog_install_1.png,dialog_install_2.png'

 published: true

 ---

@@ -14,7 +14,7 @@ Archaea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用しているた

 ## クライアントソフトについて{#client}

 ### バージョン{#current_version}

-サーバにはArchea tools ver1.4がインストールされています。クライアントソフトをインストールする際は **Archaea tools ver.1.4** もしくは **Archaea dialog ver.1.0** をインストールしてください。

+サーバにはArchaea tools ver1.4がインストールされています。クライアントソフトをインストールする際は **Archaea tools ver.1.4** もしくは **Archaea dialog ver.1.0** をインストールしてください。

 ### 対応OS{#os}

 * Windows：10

@@ -34,7 +34,7 @@ Archaea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用しているた

 Archaea(旧HCP Tools)の使い方は、[Archaea(旧HCP Tools)によるファイル転送](/login/hcp_tools)をご覧ください。

 <!--

-### Archea tools{#tools}

+### Archaea tools{#tools}

 #### インストール(Windows){#install_windows}

 1. ダウンロードした BytixArchaeaToolsInstaller.msi を実行します.

@@ -55,9 +55,9 @@ Archaea(旧HCP Tools)の使い方は、[Archaea(旧HCP Tools)によるファイ

 # sudo dpkg -i bytix-archaea-tools_1.4.2-13_armhf.deb

 ```

-### Archea dialog{#dialog}

+### Archaea dialog{#dialog}

 #### インストール(Windows){#dialog_windows}

 1. ダウンロードした BytixArchaeaDialogInstaller.msi を実行します。

 2. セットアップ画面が開きますので、使用許諾契約書の内容を確認し、"使用許諾契約書に同意します"にチェックを入れ、インストール をクリックします。![](dialog_install_1.png?resize=500)

 3. インストールするが終了すると完了画面が出ますので、完了 を押してください。インストールはこれで完了です。![](dialog_install_2.png?resize=500)

\ No newline at end of file

+-->

@@ -12,7 +12,11 @@ MobaXterm is an extended terminal for Windows with SSH client, X11 server, netwo

 You can download it from [MobaXterm's website](https://mobaxterm.mobatek.net/). <br>

 For how to install, please refer to [Installation of MobaXterm](/install/mobaxterm).

-## HCP Tools{#hcptools}

-HCP Tools is a file transfer tool using HpFP protocol. 

+## FastX{#fastx}

+FastX is a X Window System that can connect to supercomputer systems using HTTPS (443/TCP). <br>

+For how to install, please refer to [Installation of FastX](/install/fastx).

+

+## Archaea{#hcptools}

+Archaea (former HCP Tools) is a file transfer tool using HpFP protocol. 

 You can use it by installing a dedicated package. <br>

-For how to install, please refer to [Installation of HCP Tools](/install/hcp_tools).

+For how to install, please refer to [Installation of Archaea](/install/hcp_tools).

@@ -17,6 +17,9 @@ external_links:

 MobaXtermはSSHクライアント、X11サーバ、ネットワークツール等を備えたWindows用拡張ターミナルです。[MobaXtermのホームページ](https://mobaxterm.mobatek.net/)からダウンロードすることができます。<br>

 インストール方法については、[MobaXtermのインストール](/install/mobaxterm)をご覧ください。

-## HCP Tools{#hcptools}

-HCP Toolsは、HpFPというプロトコルを使用したファイル転送ツールです。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。<br>

-インストール方法については、[HCP Toolsクライアントソフトのインストール](/install/hcp_tools)をご覧ください。

+## FastX{#fastx}

+FastXは、HTTPS(443/TCP)を用いて、スーパーコンピュータシステムに 接続することが可能な X Window Systemです。<br>インストール方法については、[FastXのインストール](/install/fastx)をご覧ください。

+

+## Archaea{#hcptools}

+Archaea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用したファイル転送ツールです。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。<br>

+インストール方法については、[Archaeaのインストール](/install/hcp_tools)をご覧ください。