Gaussian09

バージョン システムA システムB システムC
Revision E.01(default) + + +

バージョン システムA システムB システムC
Revision 5.0.9(default) + +

+ : すべてのユーザが利用可能
AU : 学術研究機関限定で利用可能
KU : 京都大学構成員限定で利用可能
― : 利用不可

システムAではノード間並列(LINDA並列)に対応しておりません.

Gaussianをご利用いただくには, 利用者ポータル から利用登録が必要です.

Modulesソフトウェアパッケージは,アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで,動的に切り替えて設定することができます.また,異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に,簡単に環境設定を変更することができます.詳細は Modules をご覧ください.

バージョン モジュールファイル名
Revision E.01(default) gaussian09/e01

module avail コマンドにて,利用できるモジュールファイル一覧が確認できます.

電子構造モデリング・プログラムであるGaussianは,量子力学の基本法則から,さまざまな条件における分子や反応の特性を研究・予測することが可能です.実験による観測が困難や不可能な特性の研究に利用できます.

Gaussian 09ではONIOM法の機能拡張,溶媒和モデルの機能拡張,新しい汎関数の追加など多くの新機能が追加され,また,並列計算機能の強化などがはかられています.詳しくは,以下のOfficial Gaussian Web Siteの情報を参照ください.

  • シングルポイントエネルギー計算

    • 分子系のエネルギー計算,分子軌道の計算,多極子モーメントと原子電荷の予測
  • 構造最適化

    • ポテンシャルエネルギー,最適化と収斂条件,最小化,遷移構造の探索
  • 振動数計算

    • 振動数の計算,基準振動の解釈,停留点のキャラクタリゼーション
  • ONIOMに関する機能

    • 高精度のレイヤーでのモデリングプロセス
    • 分子力学力場のカスタマイズ及び,効率的なONIOM計算
    • 電気特性,電磁特性のONIOM計算

  • 化学
  • 化学工学
  • 生物化学
  • 物理学など

moduleコマンドを実行し,環境設定を行います.(利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします)

$ module load gaussian09

tssrun g09  input_file

例:

$ tssrun g09  water.com

tssrun コマンドの詳細は 会話型処理 をご覧ください.

バッチジョブスクリプトの例です.

  • システムA

    #!/bin/bash
    #QSUB -q gr19999a
    #QSUB -ug gr19999
    #QSUB -A p=1:t=4:c=4:m=90G
    
    aprun -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN g09  test0000.com
  • システムB

    #!/bin/bash
    #QSUB -q gr19999b
    #QSUB -ug gr19999
    #QSUB -A p=1:t=4:c=4:m=120G
    
    g09  test0000.com    

ノード内並列実行する場合は,入力ファイルにも %NprocShared= を記述し,並列数を明示する必要があります.また,使用するメモリ量は入力ファイルにも %Mem= で明示する必要があります.なお,Gaussianのメモリ使用量は,%Memを厳密に守らずオーバーすることがあるため,%Memはジョブスクリプトで指定したメモリ量より若干少なめに指定して下さい.

  • 例:4並列,メモリ12GB使用したい場合
    %NprocShared=4
    %Mem=12GB

subg09コマンドは,キュー名,入力ファイルなどを指定し,バッチジョブを投入するコマンドです.ノード内並列のCPUコア数は,入力ファイルに%NProcSharedが指定されている場合,その値が設定されます.メモリ容量は,%NProcSharedで指定されているCPUコア数に応じた値(1コアあたり,システムAで1355M,システムB/Cは調整中)を設定します.CPUコア数分を超えるメモリ容量を指定する場合は,qsubコマンドの -A オプションを使用してください.なお, -A オプションを指定する場合は, -A p=1:t=4:c=4:m=24G のように,%NProcSharedの値に合わせて並列のCPUコア数も指定してください.

subg09 queue_name input_file  [-scrdir dir] [qsub_command_option ...]

$ subg09  eb water.com

$ subg09  gr19999b water.com -A p=1:t=4:c=4:m=30G

※現在システムBのE01版のみ対応しています

(E01の場合)
入力ファイルの先頭に,%NProcLinda を追加しノード数を指定します.
またノード内の共有メモリ並列処理と合わせて実行する場合は, %NProcShared でプロセッサ数を指定します.

例:2ノード、各ノード16並列(計32コア並列計算)

%NprocShared=16
%NProcLinda=2

LindaによるGaussian実行を行う際は, subg09コマンド を使用してジョブ投入してください.

subg09 queue_name input_file  [-scrdir dir] [qsub_command_option ...]

$ subg09  gr19999b water.com -A p=2:t=16:c=16

$ xrun gview

なお,GaussViewはGUIアプリケーションのため,Exceed onDemandを利用してスパコンに接続する必要があります.インストール方法や使い方については, Exceed onDemandでの接続 をご確認ください.

GaussView の起動時に -soft オプションを加えて実行すると,正常に動作することがあります.

$ xrun gview -soft

提供なし

プログラム講習会 を定期的に開催しています.講習会資料を配布していますので,ご利用ください.


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