オープンソースソフトウェア・ライブラリ

Linuxディストリビューションで提供されるソフトウェア以外の著名なパッケージやライブラリのインストールを進めています.各種パッケージをMakeするノウハウの提供を目的に,ソフトウェアのソースおよびconfigure, make環境も併せて公開しています.利用頂きお気づきになった点や,他に移植希望のあるソフトウェアがあれば, オンラインプログラミング相談室 までご連絡ください.なお,利用条件等は各ソフトウェアの条件に従います.

移植したソフトウェアの使い方については,それぞれのソフトのマニュアルなどを参照してください.

+ : すべてのユーザが利用可能
― : 利用不可

ABINIT

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
8.10.1 abinit/8.10.1_intel-17.0 +
8.10.1 abinit/8.10.1_intel-17.0-impi-2017.4 +
8.6.3 abinit/8.6.3_intel-17.0 +
8.6.3 abinit/8.6.3_intel-17.0-impi-2017.2 +

/opt/app/abinit

RSS21

ご利用を希望される場合はご相談ください.

ABINIT-MPを利用した成果を公表する場合には、

“Electron-correlated fragment-molecular-orbital 
calculations for biomolecular and nano systems”, S. 
Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama, K. 
Fukuzawa, Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) 10310-10344.

を引用してください。

Anaconda

  • anaconda2 はPython2に対応しており,anaconda3 はPython3にそれぞれ対応しています.
  • 「-intel」付きのmoduleは,Intel提供のパッケージに置き換わった環境(Intel distribution for Pythonに類似した環境) となります.
anacondaバージョン Pythonバージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2/4.2.0 2.7.12 anaconda2/4.2.0 + +
2/5.1.0 2.7.14 anaconda2/5.1.0 + +
2/5.1.0-intel 2.7.14 anaconda2/5.1.0-intel + +
3/4.2.0 3.5.2 anaconda3/4.2.0 + +
3/5.0.1 3.6.3 anaconda3/5.0.1 + +
3/5.0.1-intel 3.6.2 anaconda3/5.0.1-intel + +
3/5.1.0 3.6.4 anaconda3/5.1.0 + +
3/5.1.0-intel 3.6.3 anaconda3/5.1.0-intel + +
3/5.3.1 3.6.7 anaconda3/5.3.1 + +
3/2019.10 3.7.4 anaconda3/2019.10 + +
3/2020.11 3.8.5 anaconda3/2020.11 + +

/opt/app/anaconda2
/opt/app/anaconda3

HDF5,NumPy,GMP,mpc,mpfr,Boost,Caffe,Chainer,OpenCV,TensorFlow,Theano,Cython,pandas,scikit-learn,scipy,zlib,pip など

TensorflowをシステムAで使用する際は CPUコアのバインディングに問題があるため,1プロセス,1コア,1スレッドとして実行される不具合を確認しています.
本事象の回避策として,aprun コマンドオプションに -cc none を追加し,CPUバインディングを無効化する必要があります.
無効化については,下記のサンプルジョブスクリプトをご参照下さい.
※システムB/Cでは,当該事象は発生しておりません.

■サンプルジョブスクリプト

#!/bin/bash
#============ PBS Options ============
#QSUB -q gr19999a
#QSUB -ug gr19999
#QSUB -W 336:00
#QSUB -A p=1:t=68:c=68:m=90G
#============ Shell Script ============
aprun -cc none -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN python {Pythonスクリプトファイル}

ARPACK - Arnoldi Package

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
96 arpack/96_cray-8.5 + +
arpack/96_intel-16.0 + +
arpack/96_gnu-6.1 +

/opt/app/arpack

BoltzTraP

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.2.5 boltztrap/1.2.5_intel-17.0  +
1.2.5 boltztrap/1.2.5_intel-17.0-impi-2017.4 +

/opt/app/boltztrap

BoltzTraP2

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
18.5.1 boltztrap2/18.5.1_gnu-7.1-cray-python-17.06.1 +
18.5.1 boltztrap2/18.5.1_intel-17.0-intel-python-3.5.3 +

/opt/app/boltztrap2

本ソフトはpythonのsite packageです. 本モジュールはロード時に,システムAはcray python 17.06.1,システムB/Cはintel disribution python 3.5.3のモジュールを同時に読み込むようになっております.

CMAKE

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.13.2 cmake/3.13.2 +
3.7.1 cmake/3.7.1 +

/opt/app/cmake

システムAでは,最初から cmake 3.5.2 が使えます.

CP2K

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
8.1 cp2k/8.1.0_gnu-8.1.0-impi-2018.4 - +
8.1 cp2k/8.1.0_intel-18.0.5-impi-2018.4 - +

/opt/app/cp2k

  • python2
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.7.15.3 cray-python/2.7.15.3 +
2.7.13.1 cray-python/2.7.13.1 +
  • python3
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.6.5.3 cray-python/3.6.5.3 +
3.6.1.1 cray-python/3.6.1.1 +
  • python2,3 共通 (過去のバージョン)
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
17.06.1 cray-python/17.06.1 +
17.09.1 cray-python/17.09.1 +

/opt/python

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.4.2 cray-R/3.4.2 +
3.3.3 cray-R/3.3.3 +

/opt/R

FDS

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.7.1 fds/6.7.1-18.0-impi-2018.4 +
6.5.3 fds/6.5.3-18.0-impi-2018.4 +

/opt/app/fds

FFTE: A Fast Fourier Transform Package

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.0 ffte/6.0_cray-8.5
ffte/6.0_intel-17.0
+
6.0 ffte/6.0_intel-17.0-impi-2017.2 +

/opt/app/ffte

FFTW Home Page

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.1.5.9 fftw/2.1.5.9 +

FFTW Home Page

  • 64bit精度
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.3.8.3 cray-fftw/3.3.8.3 +
3.3.8.2 cray-fftw/3.3.8.2 +
3.3.8.1 cray-fftw/3.3.8.1 +
3.3.6.3 cray-fftw/3.3.6.3 +
3.3.6.2 cray-fftw/3.3.6.2 +
3.3.5 fftw/3.3.5_intel-17.0-impi-2017.1 +
3.3.4.11 fftw/3.3.4.11 +
3.3.4.10 fftw/3.3.4.10 +
3.3.4.9 fftw/3.3.4.9 +
3.3.4.7 fftw/3.3.4.7 +
3.3.4 fftw/3.3.4_intel-17.0-impi-2017.1 +
  • 80bit精度
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.3.4 fftwl/3.3.4_intel-17.0
fftwl/3.3.4_gnu-6.3
+

システムA

/opt/cray/pe/fftw

システムB,C

/opt/app/fftw

インクルードファイルのパスは,環境変数 FFTW_INC に設定されます. echo コマンドでパスを確認できます.

例:

$ echo $FFTW_INC
/opt/cray/pe/fftw/3.3.6.2/mic_knl/include

RSS21

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
8.1 frontflow_blue/8.1_intel-18.0 +

/opt/app/frontflow_blue

本ソフトウェアの使用,論文への謝辞掲載等,必ず下記に従ってください.

http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/dl/download/permission.php?group_id=7

RSS21

ご利用を希望される場合はご相談ください.

本ソフトウェアの使用,論文への謝辞掲載等,必ず下記に従ってください.

http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/dl/download/permission.php?group_id=7

FrontISTR

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.1.1 frontistr/5.1.1_intel-18.0 +
5.0b frontistr/5.0b_intel-18.0 +

/opt/app/frontistr

Gordon Group / GAMESS Homepage

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2016_r1 gamess/2016R1_intel-17.0-impi-2017.1 +
2014_r1 gamess/2014R1_cray-8.5
gamess/2014R1_intel-16.0
+
2014_r1 gamess/2014R1_intel-16.0-impi-5.1 +

/opt/app/gamess

GDAL

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.0.3 gdal/3.0.3_gnu-8.1 +
2.4.4 gdal/2.4.4_gnu-8.1 +

/opt/app/gdal

システムAも /opt/app/gdal にあります

GENESIS

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.5.1 genesis/1.5.1_intel-18.0 +
1.3.0 genesis/1.3.0_intel-18.0 +

/opt/app/genesis

Git

$ git

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.27 git/2.27_gnu-4.8 +

/opt/app/git

システムAではモジュールをロードしなくても比較的新しい git が使えます. システムBCでは,OS標準の git が古いため,センターで上記の新しい git を提供しています.

The GMT Home Page

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.4.1 gmt5/5.4.1_intel-17.0 +
5.4.1 gmt5/5.4.1_intel-17.0-impi-2017.2 +
4.5.13 gmt4/4.5.13_gnu-5.3 +

/opt/app/gmt

システムAでバッチジョブ実行で利用する場合,aprun コマンドに -q オプションをつけてください. -q が無い場合,GMTが標準出力に出すポストスクリプトデータにシステムメッセージが入り込み,ビューワがポストスクリプトデータを正しく読めなくなります.

ジョブスクリプトの例:

#!/bin/bash
#QSUB -q gr19999a
#QSUB -ug gr19999
#QSUB -A p=1:t=1:c=1:m=1355M

aprun -q -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN gmt psbasemap -R0/6.5/0/7.5 -Jx1i -B0 -P -K > out.ps

gnuplot homepage

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.0.4 gnuplot/5.0.4 + +

/opt/app/gnuplot

Grace HOME

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.1.25 grace/5.1.25_gnu-4.8 +

/opt/app/grace

GrADS Home Page

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.2.0 grads/2.2.0_intel-18.0-impi-2018.0 +
2.2.0 grads/2.2.0 +
2.0.2 grads/2.0.2_intel-17.0-impi-2017.2 +
2.0.2 grads/2.0.2_gnu-5.3 +

/opt/app/grads

Gromacs

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2016.4 gromacs/2016.4_intel-17.0-impi-2017.2 +
2016.4 gromacs/2016.4_intel-17.0 +

/opt/app/gromacs

HDF Group

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
4.2.13 hdf4/4.2.13 +

/opt/app/hdf4

HDF Group -HDF5

  • シングル版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.10.5.1 cray-hdf5/1.10.5.1 +
1.10.2.0 cray-hdf5/1.10.2.0 +
1.10.1.1 cray-hdf5/1.10.1.1 +
1.10.0.3 cray-hdf5/1.10.0.3 +
1.10.0.1 cray-hdf5/1.10.0.1 +
1.10.0 cray-hdf5/1.10.0 +
1.10.0 hdf5/1.10.0_intel-17.0
hdf5/1.10.0_gnu-4.8
+
1.8.17 hdf5/1.8.17_intel-16.0
hdf5/1.8.17_cray-8.5
hdf5/1.8.17_gnu-4.8
+
1.8.16 cray-hdf5/1.8.16 +
  • 並列実行版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.10.5.1 parallel cray-hdf5-parallel/1.10.5.1 +
1.10.2.0 parallel cray-hdf5-parallel/1.10.2.0 +
1.10.1.1 parallel cray-hdf5-parallel/1.10.1.1 +
1.10.0.3 parallel cray-hdf5-parallel/1.10.0.3 +
1.10.0.1 parallel cray-hdf5-parallel/1.10.0.1 +
1.10.0 parallel cray-hdf5-parallel/1.10.0 +
1.10.0 parallel hdf5-parallel/1.10.0_intel-17.0-impi-2017.1 +
1.8.17 parallel hdf5-parallel/1.8.17_intel-17.0-impi-2017.1
hdf5-parallel/1.8.17_cray-8.5-impi-5.1
+
1.8.16 parallel cray-hdf5-parallel/1.8.16 +

システムA

/opt/cray/pe/hdf5
/opt/cray/pe/hdf5-parallel

システムB,C

/opt/app/hdf5
/opt/app/hdf5-parallel

HYPRE: Scalable Linear Solvers and Multigrid Methods

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.14 cray-tpsl/19.06.1 +
2.11 cray-tpsl/18.06.1 +
cray-tpsl/17.11.1 +
cray-tpsl/16.12.1 +
2.11.1 hypre/2.11.1_intel-17.0-impi-2017.2 +

システムA

/opt/cray/pe/tpsl

システムB,C

/opt/app/hypre

Hφ: Quantum Lattice Model Simulator Package

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.4.0 hphi/3.4.0_intel-18.0 +
3.1.2 hphi/3.1.2_intel-17.0 +

システムA

/opt/app/hphi

Intel Distribution for Python

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.5.3 intel-python/3.5.3_2017.3 +
2.7.13 intel-python/2.7.13_2017.3 +

/opt/app/intel/intelpython

OpenJDK

※ モジュールのロードは不要です.

バージョン システムA システムB,C
1.8 + +

## コンパイル
$ javac xxxx.java

## 実行
# java xxxx

/usr/bin/java
/usr/bin/javac

The Julia Language

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.2.0 julia/1.2.0 + +
1.0.1 julia/1.0.1 + +

Juliaはログインノードでも実行できますが,重い処理は計算ノードでご利用ください.

システムAで計算ノードで実行する場合は,バッチジョブ実行でご利用ください. その際,下記の例のように,aprun でシェルスクリプトを実行し,そのシェルスクリプトの中で julia を実行してください. また,ソースコードは入力リダイレクトで入力して下さい.

  • ジョブスクリプトの例
$ cat jobscript.sh

#!/bin/bash
#QSUB -q gr19999a
#QSUB -ug gr19999

aprun -b sh source.sh
$ cat source.sh

#!/bin/bash
julia < hello-world.jl
  • バッチジョブ実行
$ qsub jobscript.sh

/opt/app/julia

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
7Aug19 lammps/7Aug19_intel-18.0 + +
22Aug18 lammps/22Aug18_intel-17.0 + +
11Aug17 lammps/11Aug17_intel-18.0 + +
17Nov16 lammps/17Nov16_intel-17.0 +

システムAで使う場合,module switchコマンドでインテル環境(PrgEnv-intel)へスイッチする必要があります.

/opt/app/lammps

Lis: Library of Iterative Solvers for Linear Systems

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.0.4 lis/2.0.4_intel-18.0 +
2.0.4 lis/2.0.4_intel-18.0-impi-2018.0 +
1.7.27 lis/1.7.27_intel-17.0
lis/1.7.27_cray-8.5
+
1.7.27 lis/1.7.27_intel-17.0-impi-2017.2 +

/opt/app/lis

Meep-AbInitio

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.3 meep/1.3_intel-17.0 +
meep/1.3_intel-16.0 +
meep/1.3_gnu-6.1 +
meep/1.3_gnu-4.8 +

/opt/app/meep

Meson

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
0.44 meson/0.44.0 +

/opt/app/meson

システムAのログインノードで meson を実行すると,下記のメッセージが出てエラーとなります.

Meson encountered an error in file meson.build, line 1, column 0:
Executables created by c compiler cc are not runnable.

これを回避するためには,meson コマンドの前に tssrun をつけるなどで,計算ノードで meson を実行してください。

METIS - Serial Graph Partitioning and Fill-reducing Matrix Ordering

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.1.0 cray-tpsl/18.06.1 +
cray-tpsl/17.11.1 +
cray-tpsl/16.12.1 +
5.1.0 metis/5.1.0_intel-17.0-impi-2017.2 +

システムA

/opt/cray/pe/tpsl

システムB,C

/opt/app/metis

Microsoft R Open

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.3.2 MRO/3.3.2_gnu-4.8 +

/opt/app/mro

MODYLAS: MOlecular DYnamics software for LArge System

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.1.0b modylas/1.1.0b_intel-18.0 +
1.0.4 modylas/1.0.4_intel-17.0 +

システムA

/opt/app/modylas

必ず利用規約に従ってください.

http://www.modylas.org/system/files/MODYLAS_ReferenceManual_v1.0.2_Japanese.pdf

MUMPS : a parallel sparse direct solver

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.2.0 cray-tpsl/19.06.1 +
5.1.1 cray-tpsl/18.06.1 +
cray-tpsl/17.11.1 +
cray-tpsl/16.12.1 +
5.0.2 mumps/5.0.2_intel-17.0-impi-2017.2 +

システムA

/opt/cray/pe/tpsl

システムB,C

/opt/app/mumps

NAMD

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.14 beta2 namd/2.14b2_intel-18.0-impi-2018.4 +
2.11 namd/2.11_intel-16.0 + +

/opt/app/namd

CISL's NCAR Command Language

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.4.0 ncl/6.4.0 +

/opt/app/ncl

Unidata | NetCDF

  • シングル版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
4.6.3.1 cray-netcdf/4.6.3.1 +
4.6.1.3 cray-netcdf/4.6.1.3 +
4.4.1.1.6 cray-netcdf/4.4.1.1.6 +
4.4.1.1.3 cray-netcdf/4.4.1.1.3 +
4.4.1.1 cray-netcdf/4.4.1.1 +
4.4.1 cray-netcdf/4.4.1 +
4.4.0 cray-netcdf/4.4.0 +
4.4.0 netcdf/4.4.0_intel-17.0
netcdf/4.4.0_gnu-4.8
+
4.1.3 netcdf/4.1.3_intel-16.0
netcdf/4.1.3_cray-8.5
netcdf/4.1.3_gnu-4.8
+
  • 並列実行版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
4.6.3.1 cray-netcdf-hdf5parallel/4.6.3.1 +
4.6.1.3 cray-netcdf-hdf5parallel/4.6.1.3 +
4.4.1.1.6 cray-netcdf-hdf5parallel/4.4.1.1.6 +
4.4.1.1.3 cray-netcdf-hdf5parallel/4.4.1.1.3 +
4.4.1.1 cray-netcdf-hdf5parallel/4.4.1.1 +
4.4.1 cray-netcdf-hdf5parallel/4.4.1 +
4.4.0 cray-netcdf-hdf5parallel/4.4.0 +
4.1.3 netcdf-parallel/4.1.3_intel-17.0
netcdf-parallel/4.1.3_cray-8.5
+

システムA

/opt/cray/pe/netcdf
/opt/cray/pe/netcdf-hdf5parallel

システムB,C

/opt/app/netcdf
/opt/app/netcdf-parallel

Ninja

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.8.2 ninja/1.8.2 +

/opt/app/ninja

NTChem

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2013-12.1 ntchem/2013-12.1_intel-19.3 +
2013-11.1 ntchem/2013-11.1_intel-18.0 +
2013-10.1 ntchem/2013-10.1_intel-17.0 +

/opt/app/ntchem

必ず利用規約に従ってください.

http://molsc.riken.jp/ntchem2013_manual.pdf

NWChem

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.6 nwchem/6.6_intel-17.0 +
6.5 nwchem/6.5_intel-17.0-impi-2017.1 +

/opt/app/nwchem

Open Computer Vision Library

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.1.0 opencv/3.1.0_gnu-5.3 +
2.4.13 opencv/2.4.13_intel-16.0 +
2.4.13 opencv/2.4.13_gnu-4.8 +

/opt/app/opencv

OpenFOAM Foundation

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.0 openfoam/5.0_intel-17.0-impi-2017.4 +
4.0 openfoam/4.0_intel-16.0-impi-5.1 +
4.0 openfoam/4.0_gnu-6.1 +
2.3 openfoam/2.3.1_gnu-4.8-openmpi-2.0 +

※システムAではparaviewはお使いいただけません

/opt/app/openfoam

チュートリアル用のサンプルプログラムを利用して,付属の実行スクリプトAllrunをそのまま動作させる場合,MPIを利用するものについては以下に示す修正を行ってください.

会話型で実行する場合
Allrunスクリプトを次のように修正し,直接 ./Allrun を実行してください.

(修正前)
# Source tutorial run functions
. $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions
(修正後)
# Source tutorial run functions
. $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions.tssrun

バッチジョブ形式で実行する場合
Allrunスクリプトを次のように修正し,ジョブスクリプト中で ./Allrun を実行するようにしてください.

(修正前)
# Source tutorial run functions
. $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions
(修正後)
# Source tutorial run functions
. $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions.impi

OpenFOAM The open source CFD toolbox

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
v2006 openfoam.com/v2006_gnu-4.8-impi-2018.4 +
v1812 openfoam.com/v1812_intel-17.0 +
v1812 openfoam.com/v1812_intel-17.0-impi-2017.4 +
v1712 openfoam.com/v1712_intel-17.0 +
v1712 openfoam.com/v1712_intel-17.0-impi-2017.4 +

※システムAではparaviewはお使いいただけません
※v1812では付属のparaviewはお使いいただけません

/opt/app/openfoam.com

OpenMX

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.9.2 openmx/3.9.2_intel-18.0 +
3.8.5 openmx/3.8.5_intel-17.0 +
3.8 openmx/3.8_intel-17.0-impi-2017.4 +

/opt/app/openmx

Paraview - Open Source Scientific Visualization

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.9.0 paraview/5.9.0 +
5.5.2 paraview/5.5.2 +
5.1.2 paraview/5.1.2 +

/opt/app/paraview

ParMETIS - Parallel Graph Partitioning and Fill-reducing Matrix Ordering

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
4.0.2 cray-tpsl/18.06.1 +
cray-tpsl/17.11.1 +
cray-tpsl/16.12.1 +
4.0.3 parmetis/4.0.3_intel-17.0-impi-2017.2 +

システムA

/opt/cray/pe/tpsl

システムB,C

/opt/app/parmetis

PETSc Home Page

  • 実数版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.11.2.0 cray-petsc/3.11.2.0 +
3.9.3.0 cray-petsc/3.9.3.0 +
3.8.4.0 cray-petsc/3.8.4.0 +
3.7.6.2 cray-petsc/3.7.6.2 +
3.7.6.0 cray-petsc/3.7.6.0 +
3.7.4.0 cray-petsc/3.7.4.0 +
3.7.4 petsc/3.7.4_intel-17.0-impi-2017.1
petsc/3.7.4_gnu-4.8
+
3.7.2.1 cray-petsc/3.7.2.1 +
3.7.2.0 cray-petsc/3.7.2.0 +
3.7.2 petsc/3.7.2_intel-16.0
petsc/3.7.2_gnu-4.8
+
3.6.3.0 cray-petsc/3.6.3.0 +
  • 64bit実数版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.11.2.0 cray-petsc-64/3.11.2.0 +
3.9.3.0 cray-petsc-64/3.9.3.0 +
3.8.4.0 cray-petsc-64/3.8.4.0 +
3.7.6.2 cray-petsc-64/3.7.6.2 +
3.7.6.0 cray-petsc-64/3.7.6.0 +
3.7.4.0 cray-petsc-64/3.7.4.0 +
3.7.2.1 cray-petsc-64/3.7.2.1 +
3.7.2.0 cray-petsc-64/3.7.2.0 +
3.6.3.0 cray-petsc-64/3.6.3.0 +
  • 複素数版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.11.2.0 cray-petsc-complex/3.11.2.0 +
3.9.3.0 cray-petsc-complex/3.9.3.0 +
3.8.4.0 cray-petsc-complex/3.8.4.0 +
3.7.6.2 cray-petsc-complex/3.7.6.2 +
3.7.6.0 cray-petsc-complex/3.7.6.0 +
3.7.4.0 cray-petsc-complex/3.7.4.0 +
3.7.4 petsc-complex/3.7.4_intel-17.0-impi-2017.1 +
3.7.2.1 cray-petsc-complex/3.7.2.1 +
3.7.2.0 cray-petsc-complex/3.7.2.0 +
3.7.2 petsc-complex/3.7.2_intel-17.0-impi-2017.1 +
3.6.3.0 cray-petsc-complex/3.6.3.0 +
  • 64bit複素数版
バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.11.2.0 cray-petsc-complex-64/3.11.2.0 +
3.9.3.0 cray-petsc-complex-64/3.9.3.0 +
3.8.4.0 cray-petsc-complex-64/3.8.4.0 +
3.7.6.2 cray-petsc-complex-64/3.7.6.2 +
3.7.6.0 cray-petsc-complex-64/3.7.6.0 +
3.7.4.0 cray-petsc-complex-64/3.7.4.0 +
3.7.2.1 cray-petsc-complex-64/3.7.2.1 +
3.7.2.0 cray-petsc-complex-64/3.7.2.0 +
3.6.3.0 cray-petsc-complex-64/3.6.3.0 +

  • システムA

    /opt/cray/pe/petsc
    /opt/cray/pe/petsc-complex
  • システムB,C

    /opt/app/petsc
    /opt/app/petsc-complex

RSS21

ご利用を希望される場合はご相談ください.

本ソフトウェアの使用,論文への謝辞掲載等,必ず下記に従ってください. https://azuma.nims.go.jp/cms1/downloads/software

PLplot Home Page

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
5.13.0 plplot/5.13.0_intel-17.0 +
5.11.1 plplot/5.11.1_gnu-4.8 +

/opt/app/plplot

PSI4 - OpenSource Quantum Chemistry

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.1 psi4/1.1 +

/opt/app/psi4

本センターのスーパーコンピュータでは

の,4種類から選択して利用いただくことができます.

Anaconda を御覧ください.

$ python

Cray Python を御覧ください.

$ python

Intel Distribution Python を御覧ください.

$ python

バージョン システムA システムB,C
2.7.13 + -
2.7.5 - +

$ python

/usr/bin/python

京大スパコンでは,Pythonのパッケージ管理ツールである pipを用いて 利用者の皆様に任意のパッケージをインストールいただけます.

# インストール方法
pip install {Package名} --user

e.g. tensorflowをインストールする場合
pip install tensorflow --user
# インストール方法
pip uninstall {Package名} --user

e.g. tensorflowをアンインストールする場合
pip uninstall tensorflow --user
pip search {検索したい語句}

e.g. tensorflowを検索する場合
pip search tensorflow
pip list

Quantum ESPRESSO

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.3 qe/6.3_intel-17.0-impi-2017.4 +
6.3 qe/6.3_intel-17.0 +
6.1 qe/6.1_intel-18.0-impi-2018.0 +
6.1 qe/6.1_intel-17.0 +

/opt/app/qe

The R Project for Statistical Computing

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
4.1.0 R/4.1.0_intel-18.0 + +
4.0.2 R/4.0.2_gnu-4.8 +
3.6.2 R/3.6.2_intel-18.0 +
3.6.2 R/3.6.2_gnu-4.8 +
3.5.3 R/3.5.3_intel-18.0 +
3.4.1 R/3.4.1_gnu-4.8 +
3.3.1 R/3.3.1_intel-16.0 +
3.3.1 R/3.3.1_gnu-4.8 +

/opt/app/R

RStudio – Open source and enterprise-ready professional software for R

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
1.0 rstudio/1.0.136 +
0.98 rstudio/0.98.1091 +

※現在,バージョン1.0をExceed onDemandで起動すると,キーボードマップがおかしくなる問題が発生しています. 0.98では問題は発生しません.また,XmingやLinuxのターミナルなど他の環境では問題は確認されておりません.

/opt/app/rstudio

SALMON (Scalable Ab-initio Light-Matter simulator for Optics and Nanoscience)

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.0.0 salmon/2.0.0_intel-18.0 +
1.2.1 salmon/1.2.1_intel-18.0 +
1.2.0 salmon/1.2.0_intel-17.0 +

システムA

/opt/app/salmon

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.5 sals/2.5_cray-8.5 +
sals/2.5_intel-16.0 + +
sals/2.5_gnu-6.1 +
sals/2.5_gnu-4.8 +

/opt/app/sals

$ ifort main.f $SALS_SLIB_D (倍精度ライブラリをスタティックリンクする場合)
$ ifort main.f $SALS_SLIB_S (単精度ライブラリをスタティックリンクする場合)
$ ifort main.f $SALS_DLIB_D (倍精度ライブラリをダイナミックリンクする場合)
$ ifort main.f $SALS_DLIB_S (単精度ライブラリをダイナミックリンクする場合)

SALSを利用した研究成果を印刷発表するときには,プログラム名SALSおよび作成者名を明記してください.
またインストールされているSALSをコピーして第三者に提供することは禁止されています.

SCOTCH

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.0.6 cray-tpsl/19.06.1 +
6.0.4 cray-tpsl/18.06.1 +
cray-tpsl/17.11.1 +
cray-tpsl/16.12.1 +
6.0.4 scotch/6.0.4_intel-17.0-impi-2017.2 +

システムA

/opt/cray/pe/tpsl

システムB,C

/opt/app/scotch

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.6.2 singularity/3.6.2 +

/opt/app/singurality

SLEPc Home Page

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.7.4 slepc/3.7.4_intel-17.0 +
3.7.4 slepc/3.7.4_intel-17.0-impi-2017.2 +
3.7.4-complex slepc-complex/3.7.4_intel-17.0 +
3.7.4-complex slepc-complex/3.7.4_intel-17.0-impi-2017.2 +

/opt/app/slepc
/opt/app/slepc-complex

SMASH

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.2.0 smash/2.2.0_intel-17.0 +

システムA

/opt/app/smash

SmokeView

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.7.14 smokeview/6.7.14_intel-18.0 +

/opt/app/smokeview

SuperLU

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
6.1 cray-tpsl/19.06.1 +
5.2 cray-tpsl/18.06.1 +
cray-tpsl/17.11.1 +
cray-tpsl/16.12.1 +
5.2.1 superlu/5.2.1 +

システムA

/opt/cray/pe/tpsl

システムB,C

/opt/app/superlu

The Trilinos Project

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
12.14.1.0 cray-trilinos/12.14.1.0 +
12.14.0 trilinos/12.14.0_intel-18.0-impi-2018.3 +
12.12.1.1 cray-trilinos/12.12.1.1 +
12.10.1.2 cray-trilinos/12.10.1.2 +
12.10.1.1 cray-trilinos/12.10.1.1 +
12.10.1 trilinos/12.10.1_intel-17.0-impi-2017.2 +
12.8.1.0 cray-trilinos/12.8.1.0 +
12.6.3.3 cray-trilinos/12.6.3.3 +
12.6.3.1 cray-trilinos/12.6.3.1 +
12.2.1.0 cray-trilinos/12.2.1.0 +

システムA

/opt/cray/pe/trilinos

システムB,C

/opt/app/trilinos

WRF Model UsersSite

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
3.8.1 wrf/3.8.1_cray-8.5
wrf/3.8.1_intel-16.0
+
3.8.1 wrf/3.8.1_intel-16.0-impi-5.1 +

WRFには複数のシミュレーションモデルがありますので,サンプルとしてコンパイルした環境のmoduleファイルを提供していますが,利用するシミュレーションモデルに応じて,サンプルのコンパイル環境設定ファイルをコピーして,ユーザ自身のローカル環境にてコンパイルを実行してください.

システムAでコンパイルする際の例を示します.

  1. 環境設定を行います.
    $ module switch PrgEnv-cray PrgEnv-intel
    $ module load cray-netcdf
    $ export NETCDF=/opt/cray/pe/netcdf/4.4.0/intel/150
  2. WRFのサイトからソースをダウンロードして解凍した後,WRFV3/arch/ ディレクトリにある configure_new.defaults ファイルを,以下のディレクトリにあるファイルで上書きします.
    /opt/app/wrf/3.8.1/intel-16.0/arch/configure_new.defaults
  3. WRFV3ディレクトリの ./configure を実行した際に,各コンパイラ向けの項目が表示されます.serial, smpar, dmpar, dm+smのうち,お使いになる種類を選択してください.
  4. ./compile コマンドのメニューに従って,必要なモデルでコンパイルしてください.

/opt/app/wrf

Vim

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
8.2 vim/8.2 + +

/opt/app/vim

VisIt

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
2.11.0 visit/2.11.0 +

/opt/app/visit

VTK - The Visualization Toolkit

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB,C
8.2.0 vtk/8.2.0_gnu-6.1 +
8.2.0 vtk/8.2.0_gnu-8.2 +
7.1.1 vtk/7.1.1_intel-18.0 +

/opt/app/vtk

システムAでは,OpenGLを使う映像表示系の関数は,お使いいただけません.


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