GitList
Browse code

20230403: Public version of the web manual for the system(System B/C/G/Cloud) installed in 2022.

root authored on2022-11-16 14:37:13 • root committed on2023-05-15 14:42:28
Showing252 changed files
user/pages/01.overview/docs.en.md
History View file @452be89
1 1 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,31 @@
1 
+---
2 
+title: ' Supercomputer System User''s Guide'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+content:
7 
+    items: '@root.pages'
8 
+process:
9 
+    markdown: true
10 
+    twig: true
11 
+twig_first: true
12 
+---
13 
+
14 
+<center>Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University</center>
15 
+***
16 
+This site provides information on how to use the supercomputer systems at the Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University.
17 
+
18 
+If you have any questions or concerns, please contact us using the [Inquiry Form](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/inquiry/?q=consult).
19 
+
20 
+For information on system maintenance, failures, etc., please refer to [Information on IIMC](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/whatsnew/).
21 
+
22 
+### Notice（Apr. 04, 2023）
23 
+Changes due to maintenance work at the end of March 2023
24 
+* Removed System D/E manuals
25 
+* Moved Cloud System manuals from "Other" to "Job Execution
26 
+* Expansion of English-enabled pages
27 
+
28 
+### Table of Contents
29 
+{% for p in page.collection %}
30 
+* [{{ p.menu|e }}](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp{{p.link}})
31 
+{% endfor %}
user/pages/01.overview/docs.ja.md
History View file @452be89
0 32 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,35 @@
1 
+---
2 
+title: スーパーコンピュータシステムの使い方
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+content:
7 
+    items: '@root.pages'
8 
+process:
9 
+    markdown: true
10 
+    twig: true
11 
+twig_first: true
12 
+menu: システムの使い方
13 
+---
14 
+
15 
+<center>京都大学学術情報メディアセンター</center>
16 
+---
17 
+
18 
+このサイトでは、京都大学 学術情報メディアセンターのスーパーコンピュータシステムの使い方を掲載しています。
19 
+
20 
+ご不明な点やご質問がありましたら、[問い合わせフォーム](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult)より、ご連絡をお願いいたします。
21 
+
22 
+システムのメンテナンス情報、障害情報等は、[情報環境機構のお知らせ](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/whatsnew/)をご参照ください。
23 
+
24 
+### お知らせ（2023/04/04）
25 
+
26 
+2023年3月末の保守作業に伴う変更点
27 
+- システムD/Eのマニュアルを削除
28 
+- クラウドシステムのマニュアルを「その他」から「ジョブ実行」に移動
29 
+- 英語化ページの拡大
30 
+
31 
+### 目次
32 
+{% for p in page.collection %}
33 
+* [{{ p.menu|e }}](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp{{p.link}})
34 
+{% endfor %}
35 
+
user/pages/02.quick/docs.en.md
History View file @452be89
0 36 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,80 @@
1 
+---
2 
+title: 'Quick Start'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+---
7 
+
8 
+[toc]
9 
+
10 
+## Activation of Login Account
11 
+First-time users of the system are required to complete the User Portal start-up procedures after completing the application process.
12 
+
13 
+For details, please refer to the [Procedure to Start the Service](/misc/portal_init).
14 
+
15 
+## How to access to the system{#login}
16 
+
17 
+Login to the supercomputer is limited to SSH (Secure SHell) key authentication.
18 
+
19 
+* Access method: SSH public key authentication
20 
+* SSH public key ：Please register from [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
21 
+If you have registered the key in the previous system, it has been taken over and you do not need to register it.
22 
+* Access point：
23 
+  * File transfer server：hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp
24 
+  * SysB/Cloud:laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
25 
+  * SysC: cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp
26 
+  * SysG: gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp
27 
+
28 
+!! * Please be sure to attach a passphrase to the private key. If a private key with no passphrase is placed on the login node, it will be deleted automatically.
29 
+!! * It is strictly prohibited to share the same account (user ID) with more than one person.
30 
+
31 
+For details, please refer to [Access](/login).
32 
+
33 
+## Login Environment{#login}
34 
+Each login node has a different module environment that is automatically loaded. The batch processing and compiler environments shown in the table are loaded, respectively. Switching the system environment from any login node makes it possible to submit batch jobs to each other.
35 
+
36 
+Note that the table below is information for the year 2023.
37 
+
38 
+| Login Node | System | Batch Processing | compile environment |
39 
+| ---------- | ------ | ---------------- | ------------------- |
40 
+|laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp|SysB|Slurm|intel,intelmpi,PrgEnvIntel|
41 
+|cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp|SysC|Slurm|intel,intelmpi,PrgEnvIntel|
42 
+|gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp|SysG|Slurm|nvhpc,openmpi,PrgEnvNvidia|
43 
+
44 
+If you want to switch to the cloud system environment, you can do so with the following command.
45 
+```nohighlight
46 
+$ module switch SysCL
47 
+```
48 
+
49 
+See [Modules](/config/modules) for more information on the module command.
50 
+
51 
+## Use of Storage{#filesystem}
52 
+
53 
+The home directory is available to all users for data storage.
54 
+Large volume storage is available for users of Personal Course, Group Course, and Private Cluster Course.
55 
+Both storage areas can be accessed by all login nodes and computing nodes with the same PATH.
56 
+
57 
+* Home directory (/home）：100G
58 
+* Large volume storage (/LARGE0, /LARGE1)：Several TB～several hundred TB （depending on the amount of resources applied for）
59 
+
60 
+For details, please refer to [Use of Storage](/filesystem).
61 
+
62 
+## Compiling of the Program{#compiler}
63 
+
64 
+The Intel compiler is set by default on the cloud system.
65 
+
66 
+For details, please refer to [Compilers・Libraries](/compilers).
67 
+
68 
+## Execution of the Program{#run}
69 
+
70 
+We provide a program execution environment using the Slurm job scheduler.
71 
+
72 
+For details, please refer to [Execution of the Program](/run).
73 
+
74 
+## Available Software
75 
+
76 
+The list is available from [Software / Libraries](/software).
77 
+
78 
+## Contact Information{#inquiry}
79 
+
80 
+If you have any inquiries, please contact us from [Inquiry form](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/inquiry/?q=consult).
user/pages/02.quick/docs.ja.md
History View file @452be89
0 81 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,94 @@
1 
+---
2 
+title: クイックスタート
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## ログインアカウントの有効化{#init}
18 
+
19 
+初めてシステムを利用する方は、利用申請手続きの完了後に、利用者ポータルで利用開始手続きの実施が必要です。
20 
+
21 
+詳しくは[利用開始手続き](/misc/portal_init)をご覧ください。
22 
+
23 
+
24 
+## システムへの接続方法{#login}
25 
+
26 
+スーパーコンピュータへのログインは、SSH (Secure SHell) の鍵認証に限定しています。
27 
+
28 
+* 接続方法：SSHの公開鍵認証
29 
+* SSH公開鍵：[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)から登録してください。前システムで鍵を登録されていた方は、引き継がれていますので登録作業は必要ありません。
30 
+* 接続先：
31 
+  * ファイル転送サーバ：hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp
32 
+  * システムB/クラウド：laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
33 
+  * システムC：cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp
34 
+  * システムG：gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp
35 
+
36 
+!! * 秘密鍵には必ずパスフレーズを付けてください。ログインノード上にパスフレーズ未設定の秘密鍵が置かれていた場合は自動で削除されます。
37 
+!! * 複数人でのアカウント（利用者番号）の使いまわしは厳禁です。
38 
+
39 
+詳しくは[システムへの接続方法](/login)をご覧ください。
40 
+
41 
+## ログイン環境{#env}
42 
+
43 
+ログインノードごとに、自動でロードされるモジュール環境が異なります。
44 
+それぞれ次の表のバッチ処理の環境と、コンパイラの環境がロードされます。
45 
+どのログインノードからもシステム環境を切り替えることで、相互にバッチジョブの投入も可能です。
46 
+
47 
+なお、下記表は2023年度の情報となります。
48 
+
49 
+| ログインノード               | システム環境     | バッチ処理環境 | コンパイル環境
50 
+|----------                    | ---------------- | -------------  | ---------------
51 
+| laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp    |  SysB            | slurm          | intel,   intelmpi,   PrgEnvIntel
52 
+| cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp |  SysC            | slurm          | intel,   intelmpi,   PrgEnvIntel
53 
+| gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp |  SysG            | slurm          | nvhpc,   openmpi,    PrgEnvNvidia
54 
+
55 
+
56 
+クラウドシステムの環境に切り替えたい場合は次のコマンドで切り替えることができます。
57 
+```bash
58 
+$ module switch SysCL
59 
+```
60 
+
61 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
62 
+
63 
+
64 
+
65 
+## ストレージの利用{#filesystem}
66 
+
67 
+データの保存のために、全てのユーザがホームディレクトリを利用できます。
68 
+パーソナルコース、グループコース、専用クラスタコースをお申し込みの場合は、大容量ストレージを利用することができます。
69 
+いずれの保存領域も、全てのログインノードおよび計算ノードから同じPATHでアクセスすることが可能です。
70 
+
71 
+* ホームディレクトリ (/home）：100G
72 
+* 大容量ストレージ (/LARGE0, /LARGE1)：数TB～数百TB （申請資源量に応じて設定）
73 
+
74 
+詳しくは[ストレージの利用](/filesystem)をご覧ください。
75 
+
76 
+## プログラムのコンパイル{#compiler}
77 
+
78 
+クラウドシステムでは、Intelコンパイラがデフォルトで設定されています。
79 
+
80 
+詳しくは[コンパイラ・ライブラリ](/compilers)をご覧ください。
81 
+
82 
+## プログラムの実行{#run}
83 
+
84 
+Slurm ジョブスケジューラを用いたプログラム実行環境を提供しています。
85 
+
86 
+詳しくは[プログラムの実行](/run)をご覧ください。
87 
+
88 
+## 利用可能なソフトウェア
89 
+
90 
+[ソフトウェア / ライブラリ](/software) に一覧を掲載しています。
91 
+
92 
+## 問い合わせ先{#inquiry}
93 
+
94 
+ご不明な点やご質問がありましたら、[問い合わせフォーム](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult)より、ご連絡をお願いします。
user/pages/03.login/01.pubkey/docs.en.md
History View file @452be89
0 95 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,89 @@
1 
+---
2 
+title: 'Generating Key Pair and Registering Public Key'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+---
7 
+
8 
+[toc]
9 
+
10 
+## What is Key Authentication?{#key}
11 
+
12 
+Key Authentication is an alternative means to authenticate using a pair of the generated public key and the private key saved on your computer  instead of password authentication. Password-based authentication can be misused by a third person through cracking such as dictionary attacks. All you have to do is to keep in your mind that the private key should be strictly managed, and then there is no concern of such attacks.
13 
+A private key can be protected by setting up the passphrase (passwords with longer strings of characters), and it protects your private key from being misused in case if your computer or laptop was stolen and the private key leaks.
14 
+
15 
+!! **The use of private keys without a passphrase is prohibited** and must be set. If a private key without a passphrase is placed on the login node, it will be automatically deleted.
16 
+
17 
+## Generating a Key Pair {#keygen}
18 
+
19 
+### Procedure{#procedure}
20 
+
21 
+Generate the key pair using the ssh-keygen command in the 'Command Prompt' on Windows or in the 'Terminal' on Mac.
22 
+On Windows, it is also possible to generate keys with [MobaXterm](/login/mobaxterm#pubkey).
23 
+```nohighlight
24 
+$ ssh-keygen -t rsa -b 3072 -m pem  #(1)
25 
+Generating public/private rsa key pair.
26 
+Enter file in which to save the key (/home/taro/.ssh/id_rsa): #(2)
27 
+Enter passphrase (empty for no passphrase):  #(3)
28 
+Enter same passphrase again:  #(4)
29 
+Your identification has been saved in /home/taro/.ssh/id_rsa.
30 
+Your public key has been saved in /home/taro/.ssh/id_rsa.pub.
31 
+The key fingerprint is:
32 
+8c:13:10:d2:c0:12:c5:0b:53:d4:3f:b6:9c:16:f6:ca taro@test.kyoto-u.ac.jp
33 
+```
34 
+
35 
+### Checking the Generated Key Pair{#check}
36 
+
37 
+If you have generated a key pair with the default storage location, check %HOMEPATH%\.ssh (on Windows) and ~/.ssh (on Mac/Linux) and you will find the keys generated as follows. **id_rsa** is the private key and **id_rsa.pub** is the public key. Before logging in to the supercomputer, you need to register your public key by following the procedure in [Registering a public key via the user portal](#regist).
38 
+
39 
+- On Windows
40 
+
41 
+```nohighlight
42 
+>dir %HOMEPATH%\.ssh
43 
+2022/10/01  01:23             1,675 id_rsa
44 
+2022/10/01  01:23               410 id_rsa.pub
45 
+>type %HOMEPATH%\.ssh\id_rsa.pub
46 
+ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABIwAAAQEAsotK4PbdadfhbXbTPIsxvwKFIg+8Lmp0pXKckAOuSnoaaT516ddj9rnIJlE/JaJf0cltp+087R6Ov8LPY+QeQvzzUfGiAQQVdwBiMrVQVqXylIoidU86uz/w8GITXltu1m+fXO+O26dEESQWsAgiNfVOzB57OCadGX1iCy6/2CxvNEB3mnHkvmC+H3azP27tTARHXqTBThuxjwR9iZBkx2iYSW3tVg0cDdzuLP3ULVrJXHrrLCr1HGaAzQEs0M+vtrV+G8gLlkeqbKy4YKWKUY/xkM8c/20jnSKP36SeU4fezbRQREkYqRjx4a3kx97K1sfch/WKwzuHWqhYYMtvEw== taro@test.kyoto-u.ac.jp
47 
+```
48 
+
49 
+- On Mac/Linux
50 
+
51 
+```nohighlight
52 
+$ ls ~/.ssh/
53 
+id_rsa id_rsa.pub
54 
+$ cat ~/.ssh/id_rsa.pub
55 
+ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABIwAAAQEAsotK4PbdadfhbXbTPIsxvwKFIg+8Lmp0pXKckAOuSnoaaT516ddj9rnIJlE/JaJf0cltp+087R6Ov8LPY+QeQvzzUfGiAQQVdwBiMrVQVqXylIoidU86uz/w8GITXltu1m+fXO+O26dEESQWsAgiNfVOzB57OCadGX1iCy6/2CxvNEB3mnHkvmC+H3azP27tTARHXqTBThuxjwR9iZBkx2iYSW3tVg0cDdzuLP3ULVrJXHrrLCr1HGaAzQEs0M+vtrV+G8gLlkeqbKy4YKWKUY/xkM8c/20jnSKP36SeU4fezbRQREkYqRjx4a3kx97K1sfch/WKwzuHWqhYYMtvEw== taro@test.kyoto-u.ac.jp
56 
+```
57 
+
58 
+## Registering a public key via the user portal{#regist}
59 
+1. Go to the [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) , and enter your User ID and Password to log in.
60 
+![](portal_new_01.png?lightbox=100%&resize=600)
61 
+2. Select the **SSH Public Key** in the left menu.
62 
+![](portal_new_02.png?lightbox=100%&resize=600)
63 
+3. In the **Add SSH Public Key** page, enter a  **title** (any title you like), copy and paste the created public key to the **Public Key** . After confirming **set passphrase of the private key** , and then click the **Add**  to complete the registration process.
64 
+![](portal_new_03.png?lightbox=100%&resize=600)
65 
+4. After registration is completed, you can log in to the system using the private key and passphrase. For how to log in, please refer to  [Logging In on Windows](/login/windows) or [Logging In on Mac and Linux](/login/mac_linux).
66 
+
67 
+## Handling of the Keys{#note}
68 
+
69 
+### Maintaining the Confidentiality of Keys{#manage}
70 
+A leakage of its private key poses a serious security threat to the system. Please make sure that you maintain the confidentiality of your private key. If there is any implication that your private key may leak out, contact us by Email at portal \* kudpc.kyoto-u.ac.jp (please replace  \* with @ ).
71 
+
72 
+
73 
+### Handling of the Keys When Logging-In to the System Using Multiple PCs{#multi}
74 
+When you log in to the system using multiple PCs such as a desktop PC and a laptop, the different key pairs are required for each PC.
75 
+
76 
+### Adding and Deleting a Public Key{#kanri}
77 
+Please add or delete the public key with reference to [Registering a public key via the user portal](#regist).
78 
+
79 
+### When You Lost Private Key or Forgot Passphrase{#key_loss}
80 
+Registering a public key via the [Use Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) becomes invalid after you successfully logged in to the systems and a certain period of time has elapsed. When you lost your private key or forgot your passphrase, please send us an email detailing the following information using your registered email address:
81 
+
82 
+- To：consult \* kudpc.kyoto-u.ac.jp ( please replace  \* with @)
83 
+- From：your registered email address
84 
+- Subject：Requesting for the approval to re-register the public key
85 
+- Text：
86 
+  -   Your user ID：
87 
+  -   Organization where you belong：
88 
+  -   Your name：
89 
+  -   Details and reasons for losing your private key or forgetting your passphras
user/pages/03.login/01.pubkey/docs.ja.md
History View file @452be89
0 90 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,94 @@
1 
+---
2 
+title: 鍵ペアの作成と公開鍵の登録
3 
+media_order: 'photo-win10.png,portal_01.png,portal_01_en.png,portal_02.png,portal_02_en.png,portal_04.png,portal_04_en.png,puttygen01b.png,puttygen01b_en.png,puttygen02.png,puttygen02_en.png,puttygen03.png,puttygen03_en.png,puttygen04.png,puttygen04_en.png,portal_new_01.png,portal_new_01_en.png,portal_new_02.png,portal_new_02_en.png,portal_new_03.png,portal_new_03_en.png,puttygen04.png'
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 鍵認証とは{#key}
17 
+
18 
+鍵認証とは、パスワード認証と異なり、予め登録した公開鍵とPCに保存した秘密鍵のペアをログイン時の認証に使用する認証方法です。従来の、パスワードでの認証は、辞書攻撃などによりパスワードが悪意の第三者に使用されてしまう可能性がありますが、鍵認証では秘密鍵の管理さえしっかりしていれば、そのような心配はありません。
19 
+また、秘密鍵はパスフレーズ（長い文字列を使用したパスワード）による保護が可能であり、PCの紛失等で秘密鍵が漏洩した場合でも第三者による秘密鍵の悪用を防ぐことができます。
20 
+
21 
+!! **パスフレーズなし秘密鍵の利用は禁止**していますので必ず設定してください。ログインノード上にパスフレーズなし秘密鍵が置かれている場合、自動で削除処理が行われます。
22 
+
23 
+## 鍵ペアの作成{#keygen}
24 
+
25 
+### 手順{#procedure}
26 
+
27 
+Windowsの場合は「コマンドプロンプト」、Macの場合は「ターミナル」でssh-keygenコマンドを使用して鍵ペアを作成します。
28 
+Windowsでは、[MobaXterm](/login/mobaxterm#pubkey)で鍵を生成することも可能です。
29 
+```nohighlight
30 
+$ ssh-keygen -t rsa -b 3072 -m pem  #(1)
31 
+Generating public/private rsa key pair.
32 
+Enter file in which to save the key (/home/taro/.ssh/id_rsa): #(2)
33 
+Enter passphrase (empty for no passphrase):  #(3)
34 
+Enter same passphrase again:  #(4)
35 
+Your identification has been saved in /home/taro/.ssh/id_rsa.
36 
+Your public key has been saved in /home/taro/.ssh/id_rsa.pub.
37 
+The key fingerprint is:
38 
+8c:13:10:d2:c0:12:c5:0b:53:d4:3f:b6:9c:16:f6:ca taro@test.kyoto-u.ac.jp
39 
+```
40 
+
41 
+### 作成した鍵ペアの確認{#check}
42 
+
43 
+デフォルトの保存先で鍵ペアを作成した場合、 %HOMEPATH%\.ssh (Windowsの場合)、~/.ssh (Mac/Linuxの場合)を確認すると以下のように鍵が作成されています。 **id_rsa** が秘密鍵、 **id_rsa.pub** が公開鍵です。スパコンへのログインの前に、 [利用者ポータルでの公開鍵の登録](#regist) の手順で、公開鍵を登録していただく必要があります。
44 
+
45 
+- Windowsの場合
46 
+
47 
+```nohighlight
48 
+>dir %HOMEPATH%\.ssh
49 
+2022/10/01  01:23             1,675 id_rsa
50 
+2022/10/01  01:23               410 id_rsa.pub
51 
+>type %HOMEPATH%\.ssh\id_rsa.pub
52 
+ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABIwAAAQEAsotK4PbdadfhbXbTPIsxvwKFIg+8Lmp0pXKckAOuSnoaaT516ddj9rnIJlE/JaJf0cltp+087R6Ov8LPY+QeQvzzUfGiAQQVdwBiMrVQVqXylIoidU86uz/w8GITXltu1m+fXO+O26dEESQWsAgiNfVOzB57OCadGX1iCy6/2CxvNEB3mnHkvmC+H3azP27tTARHXqTBThuxjwR9iZBkx2iYSW3tVg0cDdzuLP3ULVrJXHrrLCr1HGaAzQEs0M+vtrV+G8gLlkeqbKy4YKWKUY/xkM8c/20jnSKP36SeU4fezbRQREkYqRjx4a3kx97K1sfch/WKwzuHWqhYYMtvEw== taro@test.kyoto-u.ac.jp
53 
+```
54 
+
55 
+- Mac/Linuxの場合
56 
+
57 
+```nohighlight
58 
+$ ls ~/.ssh/
59 
+id_rsa id_rsa.pub
60 
+$ cat ~/.ssh/id_rsa.pub
61 
+ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABIwAAAQEAsotK4PbdadfhbXbTPIsxvwKFIg+8Lmp0pXKckAOuSnoaaT516ddj9rnIJlE/JaJf0cltp+087R6Ov8LPY+QeQvzzUfGiAQQVdwBiMrVQVqXylIoidU86uz/w8GITXltu1m+fXO+O26dEESQWsAgiNfVOzB57OCadGX1iCy6/2CxvNEB3mnHkvmC+H3azP27tTARHXqTBThuxjwR9iZBkx2iYSW3tVg0cDdzuLP3ULVrJXHrrLCr1HGaAzQEs0M+vtrV+G8gLlkeqbKy4YKWKUY/xkM8c/20jnSKP36SeU4fezbRQREkYqRjx4a3kx97K1sfch/WKwzuHWqhYYMtvEw== taro@test.kyoto-u.ac.jp
62 
+```
63 
+
64 
+## 利用者ポータルでの公開鍵の登録{#regist}
65 
+1. [利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) へアクセスし、利用者番号（ユーザ名）とパスワードを入力してください。
66 
+![](portal_new_01.png?lightbox=100%&resize=600)
67 
+2. 左メニューの **SSH公開鍵** を選択してください。
68 
+![](portal_new_02.png?lightbox=100%&resize=600)
69 
+3. **SSH用公開鍵の追加**で **タイトル**(任意)を入力し、 **公開鍵** に作成した公開鍵をコピー＆ペーストし、 **秘密鍵のパスフレーズ設定** を遵守していることを確認した上で、 **追加** を押すと登録が完了します。
70 
+![](portal_new_03.png?lightbox=100%&resize=600)
71 
+4. 登録の完了後、作成した秘密鍵とパスフレーズを使用して、スーパーコンピュータにログインできます。ログインの具体的な手順は、 こちら をご覧ください。
72 
+
73 
+## 鍵の取り扱いについて{#note}
74 
+
75 
+### 鍵の管理{#manage}
76 
+秘密鍵が流出すると、スーパーコンピュータシステムのセキュリティに対して重大な脅威になります。秘密鍵が他人に漏れることのないよう適切に管理してください。なお、他人に漏れた恐れがある場合には、portal \* kudpc.kyoto-u.ac.jp ( \* は @ に変えてください) にご連絡いただき適切な処置についてご相談ください。
77 
+
78 
+### 複数PCからスパコンにログインする場合の鍵の取扱い{#multi}
79 
+デスクトップPCとノートPCなど、複数PCからスーパーコンピュータシステムにログインする場合など、複数PCからログインする場合、鍵ペアはそれぞれ別のものを使用してください。
80 
+
81 
+### 公開鍵の追加、削除{#kanri}
82 
+[利用者ポータルでの公開鍵の登録](#regist)を参考に追加/削除を実施してください。
83 
+
84 
+### 秘密鍵の紛失、パスフレーズ忘れなどの場合{#key_loss}
85 
+[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) での公開鍵登録は、スーパーコンピュータへのログイン成功後一定時間が経過すると停止します。秘密鍵の紛失、パスフレーズ忘れの場合は、登録いただいているメールアドレスから。以下の事項を記載の上、お申し出ください。
86 
+
87 
+- 宛先：consult \* kudpc.kyoto-u.ac.jp ( \* は @ に変えてください)
88 
+- 差出人：登録いただいているメールアドレス
89 
+- 件名：公開鍵登録の再開希望
90 
+- 本文：
91 
+  -   利用者番号：
92 
+  -   所属機関・部局：
93 
+  -   氏名：
94 
+  -   秘密鍵の紛失、パスフレーズ忘れの状況、理由
user/pages/03.login/01.pubkey/photo-win10.png
History View file @452be89
0 95 
new file mode 100644
1 96 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/photo-win10.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_01.png
History View file @452be89
2 97 
new file mode 100644
3 98 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_01.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_01_en.png
History View file @452be89
4 99 
new file mode 100644
5 100 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_01_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_02.png
History View file @452be89
6 101 
new file mode 100644
7 102 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_02.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_02_en.png
History View file @452be89
8 103 
new file mode 100644
9 104 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_02_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_04.png
History View file @452be89
10 105 
new file mode 100644
11 106 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_04.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_04_en.png
History View file @452be89
12 107 
new file mode 100644
13 108 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_04_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_01.png
History View file @452be89
14 109 
new file mode 100644
15 110 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_01.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_01_en.png
History View file @452be89
16 111 
new file mode 100644
17 112 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_01_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_02.png
History View file @452be89
18 113 
new file mode 100644
19 114 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_02.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_02_en.png
History View file @452be89
20 115 
new file mode 100644
21 116 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_02_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_03.png
History View file @452be89
22 117 
new file mode 100644
23 118 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_03.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_03_en.png
History View file @452be89
24 119 
new file mode 100644
25 120 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/portal_new_03_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen01b.png
History View file @452be89
26 121 
new file mode 100644
27 122 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen01b.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen01b_en.png
History View file @452be89
28 123 
new file mode 100644
29 124 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen01b_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen02.png
History View file @452be89
30 125 
new file mode 100644
31 126 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen02.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen02_en.png
History View file @452be89
32 127 
new file mode 100644
33 128 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen02_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen03.png
History View file @452be89
34 129 
new file mode 100644
35 130 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen03.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen03_en.png
History View file @452be89
36 131 
new file mode 100644
37 132 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen03_en.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen04.png
History View file @452be89
38 133 
new file mode 100644
39 134 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen04.png differ
user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen04_en.png
History View file @452be89
40 135 
new file mode 100644
41 136 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/01.pubkey/puttygen04_en.png differ
user/pages/03.login/02.login/docs.en.md
History View file @452be89
42 137 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,55 @@
1 
+---
2 
+title: 'Logging in with SSH'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## Prerequisites{#before}
16 
+
17 
+Generate a public/private key pair by following [Generating Key Pair and Registering Public Key](/login/pubkey), and register the public key via [the User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
18 
+
19 
+## How to Log In{#procedure}
20 
+1. Start 'Command Prompt' for Windows or 'Terminal' for Mac.<br>
21 
+On Windows, you can also log in using [MobaXterm](/login/mobaxterm). MobaXterm is a handy toolbox for x11 servers, SSH clients, file transfers, etc.
22 
+2. Connect to the login node using the ssh command.
23 
+```nohighlight
24 
+$ ssh username@hostname
25 
+```
26 
+3.  If a prompt of the form [username@hostname ~] is displayed, the login is successful.
27 
+
28 
+### Access{#access}
29 
+
30 
+The host names for each system are as follows.
31 
+
32 
+| System Name | Host Name   | Note |
33 
+| --- | --- | --- |
34 
+| System B/Cloud | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
35 
+| System C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
36 
+| System G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two login nodes. |
37 
+<!--
38 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Load-balanced with two login nodes. Only users of System A can log in. |
39 
+| B | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Load-balanced with three login nodes. |
40 
+| C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Connect to the laurel login node with the Cinnamon environment loaded. |
41 
+| G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Load-balanced with four login nodes. |
42 
+-->
43 
+
44 
+### Example{#example}
45 
+
46 
+* Log in to the System A with the user ID b59999.
47 
+```nohighlight
48 
+$ ssh b59999@camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
49 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
50 
+```
51 
+* Specify the private key and log in to the System B with the user ID b59999.
52 
+```nohighlight
53 
+$ ssh -i ~/.ssh/id_rsa_kudpc b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
54 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
55 
+```
user/pages/03.login/02.login/docs.ja.md
History View file @452be89
0 56 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,55 @@
1 
+---
2 
+title: SSHでのログイン
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## 前提条件{#before}
16 
+
17 
+[鍵ペアの作成と公開鍵の登録](/login/pubkey) の手順で鍵ペアを作成し、 [利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)から公開鍵を登録していること。
18 
+
19 
+## 接続方法{#procedure}
20 
+1. Windowsの場合は「コマンドプロンプト」、Macの場合は「ターミナル」を起動します。<br>
21 
+Windowsでは、[MobaXterm](/login/mobaxterm)で接続することも可能です。MobaXtermはx11サーバ、SSHクライアント、ファイル転送等を行うことができる便利なツールボックスです。
22 
+2. sshコマンドでログインノードに接続します。
23 
+```nohighlight
24 
+$ ssh ユーザ名@ホスト名
25 
+```
26 
+3. [ユーザ名@ホスト名 ~] の形式のプロンプトが表示されればログイン成功です。
27 
+
28 
+### 接続先{#access}
29 
+
30 
+システムごとのホスト名は以下の通りです。
31 
+
32 
+| システム名 | ホスト名 | 備考 |
33 
+| --- | --- | --- |
34 
+| システムB/クラウド | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
35 
+| システムC | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
36 
+| システムG | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで構成。 |
37 
+<!--
38 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで負荷分散しています。システムAを利用の方のみログインできます。 |
39 
+| B | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで負荷分散しています。 |
40 
+| C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | laurelのログインノードに、Cinnamonの環境をロードした状態で接続します。 |
41 
+| G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 4台のログインノードで負荷分散しています。 |
42 
+-->
43 
+
44 
+### 実行例{#example}
45 
+
46 
+* b59999の利用者番号でシステムAにログインする
47 
+```nohighlight
48 
+$ ssh b59999@camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
49 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
50 
+```
51 
+* 秘密鍵を指定して、b59999の利用者番号でシステムBにログインする
52 
+```nohighlight
53 
+$ ssh -i ~/.ssh/id_rsa_kudpc b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
54 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
55 
+```
user/pages/03.login/03.fastx/01_pubkey_management.png
History View file @452be89
0 56 
new file mode 100644
1 57 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/01_pubkey_management.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/02_add_pubkey.png
History View file @452be89
2 58 
new file mode 100644
3 59 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/02_add_pubkey.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/03_select_pubkey.png
History View file @452be89
4 60 
new file mode 100644
5 61 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/03_select_pubkey.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/04_login.png
History View file @452be89
6 62 
new file mode 100644
7 63 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/04_login.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/05_login_input_password.png
History View file @452be89
8 64 
new file mode 100644
9 65 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/05_login_input_password.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/06_new_session.png
History View file @452be89
10 66 
new file mode 100644
11 67 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/06_new_session.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/07_choose_app.png
History View file @452be89
12 68 
new file mode 100644
13 69 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/07_choose_app.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/08_gnome_desktop.png
History View file @452be89
14 70 
new file mode 100644
15 71 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/08_gnome_desktop.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/08_logout.png
History View file @452be89
16 72 
new file mode 100644
17 73 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/08_logout.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/09_gnome_terminal.png
History View file @452be89
18 74 
new file mode 100644
19 75 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/09_gnome_terminal.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/10_select_keyboard.png
History View file @452be89
20 76 
new file mode 100644
21 77 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/10_select_keyboard.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/11_change_keyboard.png
History View file @452be89
22 78 
new file mode 100644
23 79 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/03.fastx/11_change_keyboard.png differ
user/pages/03.login/03.fastx/docs.ja.md
History View file @452be89
24 80 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,172 @@
1 
+---
2 
+title: FastXでのログイン
3 
+media_order: 'fastx_login_200.png,fastx_login_1022.png,fastx_login_101.png,fastx_login_102.png,fastx_login_103.png,fastx_login_104.png,fastx_login_105.png,fastx_login_106.png,fastx_login_107.png,fastx_login_108.png,fastx_login_109.png,fastx_login_110.png,fastx_login_201.png,fastx_login_202.png,fastx_login_203.png,fastx_login_204.png,fastx_login_205.png,fastx_login_301.png,fastx_login_206.png,fastx_login_207.png,fastx_login_208.png,fastx_login_209.png,fastx_login_210.png'
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+visible: true
8 
+sitemap: {  }
9 
+published: true
10 
+---
11 
+
12 
+[toc]
13 
+
14 
+## FastXとは{#fastx}
15 
+
16 
+FastXは、HTTPS(443/TCP)を用いて、スーパーコンピュータシステムに
17 
+接続することが可能な X Window Systemです。
18 
+データ圧縮技術により通信トラフィックが抑えられており、GUIベースの
19 
+アプリケーションの操作などを遠隔地からも快適に実行いただく事が可能です。
20 
+
21 
+FastXによるリモートアクセスサービスをご利用いただく際には、Google ChromeやFirefoxなどのWebブラウザが必要です。
22 
+専用のクライアントソフトのインストールやWebブラウザに別途プラグインをインストール
23 
+する必要ありません。
24 
+<!--
25 
+専用のクライアントソフト（Windows版）からの利用のほか、ブラウザから利用することも可能です。この場合はクライアントソフトのインストール不要でご利用できます。
26 
+-->
27 
+
28 
+## 前提条件{#before}
29 
+
30 
+* [鍵ペアの作成と公開鍵の登録](/login/pubkey) の手順で鍵ペアを作成し、 [利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) から公開鍵を登録していること。また、**秘密鍵はRSAのOpenSSH形式(7.7以前のPEM形式)でも保存してあること。**
31 
+* 動作確認の取れているブラウザ：Edge, Firefox, Chrome
32 
+        * 双方向のコピーペーストはChromeのみサポートします。他のブラウザの場合、サーバ側からユーザ側への片方向のみ有効です。
33 
+
34 
+### 秘密鍵のフォーマットについて{#format}
35 
+
36 
+FastXはECDSA形式およびED25519形式の鍵が利用できませんので、RSA形式の鍵をご利用ください。
37 
+また、OpenSSH 7.8 以降のフォーマットの秘密鍵が読み込めません。
38 
+OpenSSH 7.8 以降のフォーマットでは、秘密鍵は下記の内容となります。
39 
+
40 
+```nohighlight
41 
+-----BEGIN OPENSSH PRIVATE KEY-----
42 
+*************************************
43 
+*************************************
44 
+*************************************
45 
+-----END OPENSSH PRIVATE KEY-----
46 
+```
47 
+
48 
+ssh-keygen コマンドで OpenSSH 7.8 以前のフォーマットで秘密鍵を作成するには、下記のように `-m pem` オプションをつけてください。
49 
+
50 
+```nohighlight
51 
+$ ssh-keygen -t rsa -b 3072 -m pem
52 
+```
53 
+
54 
+OpenSSH 7.8 以前のフォーマット（PEM形式）の秘密鍵は、以下の内容となります。
55 
+
56 
+```nohighlight
57 
+-----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----
58 
+Proc-Type: 4,ENCRYPTED
59 
+DEK-Info: AES-128-CBC,7A30F993641D4093A373703A3F644D2D
60 
+
61 
+*************************************
62 
+*************************************
63 
+*************************************
64 
+-----END RSA PRIVATE KEY-----
65 
+```
66 
+
67 
+## 接続手順{#procedure}
68 
+<!--
69 
+### ブラウザの場合{#procedure_browser}
70 
+-->
71 
+1. ブラウザを起動し、以下のいずれかのアドレスに移動します。
72 
+
73 
+    接続先 | アドレス
74 
+    ---------- | ------------
75 
+    システムB/C  | [https://laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
76 
+    システムG  | [https://gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
77 
+<!--
78 
+    camphor31  | [https://camphor31.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://camphor31.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
79 
+    camphor32  | [https://camphor32.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://camphor32.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
80 
+    lauerl31  | [https://laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
81 
+    lauerl32  | [https://laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
82 
+    lauerl33  | [https://laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
83 
+    gardenia11 | [https://gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
84 
+    gardenia12 | [https://gardenia12.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://gardenia12.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
85 
+    gardenia13 | [https://gardenia13.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://gardenia13.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
86 
+    gardenia14 | [https://gardenia14.kudpc.kyoto-u.ac.jp/](https://gardenia14.kudpc.kyoto-u.ac.jp/)
87 
+
88 
+    なお、https://laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp/ や https://camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp/ 、https://gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp/ （DNSラウンドロビンアドレス）にアクセスしても接続できますが、ブラウザのDNSキャッシュの更新タイミングで接続が切れる可能性があります。
89 
+-->
90 
+
91 
+2.  **（初回のみ）**「Manage Private Keys」をクリックします。秘密鍵のアップロードを促す小窓が開きますので、「＋」をクリックし、**OpenSSH形式**の秘密鍵を選択します。
92 
+    ![](01_pubkey_management.png?lightbox=100%&resize=600)
93 
+    ![](02_add_pubkey.png?lightbox=100%&resize=600)
94 
+
95 
+3.  **（初回のみ）**青色の枠の部分にアップロードした秘密鍵の名前が表示されていることを確認して，「Done」をクリックします．
96 
+    ![](03_select_pubkey.png?lightbox=100%&resize=600)
97 
+
98 
+4. 青色の枠の部分に利用者番号を入力して「SSH Login」をクリックします。
99 
+    ![](04_login.png?lightbox=100%&resize=600)
100 
+
101 
+5. 青色の枠の部分にパスフレーズを入力して「Submit」をクリックします。
102 
+    ![](05_login_input_password.png?lightbox=100%&resize=600)
103 
+
104 
+6. 新しくデスクトップ画面やターミナルを立ち上げる場合は「＋」をクリックします。
105 
+    ![](06_new_session.png?lightbox=100%&resize=600)
106 
+
107 
+7. デスクトップ画面を使う場合は、青色の枠に囲まれた「GNOME」をダブルクリック、ターミナルを使う場合は、緑色の枠に囲まれた「GNOME terminal」をダブルクリックします。
108 
+    ![](07_choose_app.png?lightbox=100%&resize=600)
109 
+
110 
+8. 新しいタブが開き、デスクトップ画面またはターミナルが表示されればログイン成功です。
111 
+なお、GNOME Desktop のスクリーンロック時のパスワードは、利用者ポータルのパスワードです（秘密鍵のパスフレーズではありません）
112 
+    ![](08_gnome_desktop.png?lightbox=100%&resize=600)
113 
+    ![](09_gnome_terminal.png?lightbox=100%&resize=600)
114 
+
115 
+9. デフォルトではキーボードレイアウトは「Japanese」に設定しております。他言語に設定する場合は、画面上のタブを引き出し、キーボードマークをクリックします。
116 
+    ![](10_select_keyboard.png?lightbox=100%&resize=600)
117 
+
118 
+10. Layoutを所望の言語に変更ください。
119 
+    ![](11_change_keyboard.png?lightbox=100%&resize=600)
120 
+
121 
+<!--
122 
+### クライアントソフトの場合(Windows){#procedure_clientsoft}
123 
+
124 
+1. Windowsの場合は[Pageant](/install/pageant)を起動し、秘密鍵を登録しておきます。
125 
+2. FastX アイコンをクリックして、FastX を起動します。
126 
+3. FastX の起動ウィンドウが開いたら、左上の「＋」アイコンをクリックします。
127 
+    ![](fastx_login_206.png)
128 
+4. Edit Connection ウインドウで、`ssh`を選択し、「Host」に `laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp` , 「User」に利用者番号、「Name」に`laurel` を入力し、「OK」をクリックします。
129 
+    ![](fastx_login_207.png)
130 
+5. 登録された`laurel`をダブルクリックします。
131 
+    ![](fastx_login_208.png)
132 
+6. laurelに接続成功すると、以下の画面が現れますので、左上の「＋」アイコンをクリックします。
133 
+    ![](fastx_login_209.png)
134 
+7. デスクトップを使う場合は「GNOME Desktop」をダブルクリック、ターミナルを使う場合は「GNOME terminal」をダブルクリックします。
135 
+    ![](fastx_login_210.png)
136 
+8. desktopまたはターミナルが表示されればログイン成功です。
137 
+
138 
+### クライアントソフトの場合(Mac){#procedure_clientsoft_mac}
139 
+
140 
+ログインの操作はWindows版と同様です。
141 
+なお、起動時に下記の表示が出た場合は、FastXアイコンをFinderで表示し、Controlキーを押しながらアイコンをクリックして、ショートカットメニューから「開く」を選択してください。
142 
+![](fastx_login_200.png?lightbox=100%&resize=600)
143 
+参考情報：[https://support.apple.com/ja-jp/guide/mac-help/mh40616/mac](https://support.apple.com/ja-jp/guide/mac-help/mh40616/mac)
144 
+-->
145 
+
146 
+## 注意事項{#notice}
147 
+
148 
+### 同時接続数について{#max_num_session}
149 
+
150 
+一人のユーザが同時に複数のセッションを利用する（デスクトップやターミナルを開く）場合、同じログインノード上ではライセンスは1つしか消費しませんが、別々のログインノードからセッションを開くと、その分のライセンスが消費されます。なお、1ユーザの利用可能なライセンス数は3に設定しております。それ以上のセッションを開こうとした場合、ライセンス不足の旨のnoticeが表示されます。
151 
+
152 
+### セッションのタイムアウトについて{#timeout}
153 
+
154 
+FastXでは、切断してもセッションは維持され、ユーザによる再接続が可能ですが、切断後に再接続しないまま2日経過すると、セッションが自動で削除されますのでご注意ください。
155 
+
156 
+<!--
157 
+### GNOME Desktopからのログアウトについて{#desktop}
158 
+
159 
+GNOME Desktopからのログアウトは、画面右上の電源マークを押し、出てきたメニューの中からユーザ名を押して、「Log Out」からログアウトしてください。セッションが不要になった場合は、なるべくログアウトをお願いします。なお、電源オプションからのログアウトはできません。
160 
+
161 
+![](fastx_login_301.png?lightbox=100%&resize=600)
162 
+-->
163 
+
164 
+## 参考情報{#fyi}
165 
+### クライアントソフトウェアについて{#client}
166 
+クライアントソフトは、[開発元の公式Webサイト](https://www.starnet.com/download/fastx-client)にて配布されています。
167 
+必要に応じてご利用ください。
168 
+
169 
+クライアントから接続する際の通信プロトコルは、**SSH** としてください。
170 
+また、パスワード認証はご利用いただけませんので、SSHエージェント(Windowsの場合は、Puttyに内包されている
171 
+[Pageant](https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html) 、macOSやLinuxはssh-agentなど)が、
172 
+必要です。
user/pages/03.login/04.nice-dcv/01_dcv_connect_ja.png
History View file @452be89
0 173 
new file mode 100644
1 174 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/01_dcv_connect_ja.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/01_top_toolbar.png
History View file @452be89
2 175 
new file mode 100644
3 176 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/01_top_toolbar.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/02_createtunnel.png
History View file @452be89
4 177 
new file mode 100644
5 178 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/02_createtunnel.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/02_dcv_checksha1.png
History View file @452be89
6 179 
new file mode 100644
7 180 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/02_dcv_checksha1.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/03_dcv_login_ja.png
History View file @452be89
8 181 
new file mode 100644
9 182 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/03_dcv_login_ja.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/03_tunnel_settings.png
History View file @452be89
10 183 
new file mode 100644
11 184 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/03_tunnel_settings.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/04_dcv_desktop.png
History View file @452be89
12 185 
new file mode 100644
13 186 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/04_dcv_desktop.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/04_tunnel_start.png
History View file @452be89
14 187 
new file mode 100644
15 188 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/04_tunnel_start.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/05_dcv_desktop.png
History View file @452be89
16 189 
new file mode 100644
17 190 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/04.nice-dcv/05_dcv_desktop.png differ
user/pages/03.login/04.nice-dcv/docs.en.md
History View file @452be89
18 191 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,153 @@
1 
+---
2 
+title: 'Logging In with NiceDCV'
3 
+media_order: 'dcv_login_101.png,dcv_login_102.png,dcv_login_104.png,dcv_connect_104.png,dcv_connect_101.png,dcv_connect_103.png,dcv_login_103.png,dcv_connect_102.png,dcv_connect_1012.png,dcv_logout_101.png,dcv_connect_error2.png,eodlogin101.png,dcv_login101.png,dcv_login102en.png,dcv_login103en.png,dcv_login104en.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## What is Nice DCV?{#nicedcv}
18 
+
19 
+Nice DCV is remote desktop software which can draw 2D/3D graphics such as visualization applications at high speed using the GPU on the server side.
20 
+Since communication traffic is suppressed by data compression technology, GUI-based applications can be used comfortably even in remote areas.
21 
+You can use it from dedicated client software (Windows, Mac, Linux).
22 
+
23 
+## Prerequisite{#prerequisite}
24 
+
25 
+* Please download and install the client software from the following site. <br>[https://download.nice-dcv.com/](https://download.nice-dcv.com/)
26 
+* Generate a key pair by following the procedure in [Generating key pair and registering public key](/login/pubkey), and register a public key via [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
27 
+* Log in to the application server  by following the procedure in [logging in with SSH](/login/login).
28 
+ * On Windows, you can also connect with [MobaXterm](/login/mobaxterm). MobaXterm is a handy toolbox that can be used as an x11 server, SSH client, file transfer etc.
29 
+
30 
+
31 
+## How to Log in{#procedure}
32 
+
33 
+NiceDCV can be used with the following application servers.
34 
+
35 
+Access Point | Address
36 
+---------- | ------------
37 
+Application Server| app.kudpc.kyoto-u.ac.jp
38 
+
39 
+As NiceDCV cannot be used directly from the outside, it is necessary to connect to the application server using the SSH port forwarding function.
40 
+Please refer to one of the following procedures to connect.
41 
+
42 
+### Setting of the Port forwarding{#forward}
43 
+#### When using a command prompt or terminal{#cui}
44 
+
45 
+1. Log in to the application server using the ssh command. At that time, port forwarding to **localhost:5901** is performed.
46 
+    ```nohighlight
47 
+    $ ssh {Use ID}@app.kudpc.kyoto-u.ac.jp -L 5901:localhost:5901
48 
+
49 
+    Example：When logging in as a b59999 user
50 
+    $ ssh b59999@app.kudpc.kyoto-u.ac.jp -L 5901:localhost:5901
51 
+    ```
52 
+2.  **Do not close the command prompt or terminal** and proceed to [Setting of the Nice DCV client](#connect_nicedcv).
53 
+
54 
+#### When using MobaXterm (Windows only){#guiconnection}
55 
+1. Start MobaXterm by referring to [How to use MobaXterm](/login/mobaxterm).
56 
+2. Click on 'Tunneling' from the toolbar.
57 
+![](01_top_toolbar.png?lightbox=100%&resize=450)
58 
+3. Click on 'New SSH tunnnel'.
59 
+![](02_createtunnel.png?lightbox=100%&resize=450)
60 
+4. Check 'Local port forwarding' and enter the following values.
61 
+* <Forwarded port\>：5901
62 
+* <SSH server\>：app.kudpc.kyoto-u.ac.jp
63 
+* <SSH login\>：Supercomputer system user number (ID)
64 
+* <SSH port\>：22
65 
+* <Remote server\>：localhost
66 
+* <Remote port\>：5901
67 
+5. Click on 'Save'.
68 
+![](03_tunnel_settings.png?lightbox=100%&resize=450)
69 
+6. Click on the key symbol and select the private key registered in 'Generating Key Pair and Registering Public Key'.
70 
+7. Click on the Start button.
71 
+![](04_tunnel_start.png?lightbox=100%&resize=450)
72 
+8. Log in to the application server.
73 
+9.  **Do not close the **MobaXterm page** * and proceed to [Setting of the Nice DCV client](#connect_nicedcv).
74 
+
75 
+### Setting of the Nice DCV client{#connect_nicedcv}
76 
+
77 
+1. Execute the following commands on the console connected by [Setting of the Port forwarding](#forward) to register the session.
78 
+
79 
+    ```nohighlight
80 
+    $ dcv create-session {user ID}
81 
+
82 
+    (例)
83 
+    $ dcv create-session b59999
84 
+    ```
85 
+
86 
+2. After starting the Nice DCV client software, enter **localhost:5901#User ID** in the input field and click Connect.
87 
+       ![](01_dcv_connect_ja.png?lightbox=100%&resize=450)
88 
+
89 
+3. When connecting for the first time, the following warning screen will be displayed because there is a difference between the domain name in the approval notice and the domain name (localhost) when connecting.
90 
+If the [fingerprint](#fingerprint) displayed matches any of the following, click on 'Trust&Connect' to proceed.
91 
+
92 
+![](02_dcv_checksha1.png?lightbox=100%&resize=450)
93 
+
94 
+#### Fingerprint used by app.kudpc.kyoto-u.ac.jp {#fingerprint}
95 
+| fingerprint |
96 
+| ----------- |
97 
+| 8E-EA-71-67-C7-99-0B-C1-BF-34-3A-F8-23-B0-6D-0E-62-B1-4B-2B |
98 
+
99 
+　　
100 
+3. Enter the user number in "UserName" and the password used to log in to the "User Portal" in "Password" and click on Login.
101 
+    ![](03_dcv_login_ja.png?lightbox=100%&resize=450)
102 
+3. If the connection is successful, GNOME Desktop will be displayed. Please note that the password used to lock the GNOME Desktop screen is the password used to log in to the 'User Portal' (not the passphrase for the private key).
103 
+    ![](04_dcv_desktop.png?lightbox=100%&resize=450)
104 
+4. Start Terminal by clicking on 'Applications', then 'System Tools', then 'Terminal'.
105 
+    ![05_dcv_desktop](05_dcv_desktop.png?lightbox=100%&resize=450)
106 
+
107 
+## How to End
108 
+1. Execute the following commands on the console connected by [Setting of the Port forwarding](#forward) to end the session.
109 
+    ```nohighlight
110 
+    $ dcv close-session {User ID}
111 
+
112 
+    (例)
113 
+    $ dcv close-session b59999
114 
+    ```
115 
+
116 
+## Notes{#notes}
117 
+
118 
+### The number of Simultaneous Sessions{#max_connection}
119 
+
120 
+A user can only register for one session at a time.
121 
+There is no limit to the number of simultaneous connections to the same session.
122 
+
123 
+### Limit of the Resource{#shigen}
124 
+
125 
+* The application server is in the form of a node shared by all users.
126 
+* The number of CPU cores a user can use simultaneously is **8 cores** and cannot be changed.
127 
+* The amount of memory a user can use simultaneously is **64 GB** and cannot be changed.
128 
+* If the elapsed time since the session was registered exceeds 24 hours, the session is forced to terminate.
129 
+  Please note that the session will be reset at the end of the session and will not be resumed.
130 
+
131 
+### DCV Command{#kudcv}
132 
+
133 
+The dcv command supports registration, confirmation  and termination of the sessions.
134 
+Please replace the "b59999" with **your use ID of the large-scale computer system**.
135 
+
136 
+* Registration of the session
137 
+    ```nohighlight
138 
+    $ dcv create-session b59999
139 
+```
140 
+* Confirmation of the session details
141 
+```nohighlight
142 
+  $ dcv describe-session b59999
143 
+      Session:
144 
+	id: b59999
145 
+	owner: b59999
146 
+	X display: :1
147 
+	X authority: /run/user/59999/dcv/b59999.xauth
148 
+	display layout: 800x600+0+0
149 
+```
150 
+*  Termination of the sessions
151 
+```nohighlight
152 
+    $ dcv close-session b59999
153 
+```
user/pages/03.login/04.nice-dcv/docs.ja.md
History View file @452be89
0 154 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,155 @@
1 
+---
2 
+title: 'Nice DCVでのログイン'
3 
+media_order: '02_dcv_checksha1.png,03_dcv_login_ja.png,01_top_toolbar.png,02_createtunnel.png,01_dcv_connect_ja.png,04_dcv_desktop.png,03_tunnel_settings.png,04_tunnel_start.png,05_dcv_desktop.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## Nice DCVとは{#nicedcv}
18 
+
19 
+Nice DCVは、サーバ側のGPUを利用し、可視化アプリケーション等の2D/3Dグラフィックを高速に描画可能なリモートデスクトップソフトウェアです。
20 
+データ圧縮技術により通信トラフィックを抑えているため、遠隔地でも快適にGUIベースのアプリケーションをご利用いただけます。
21 
+専用のクライアントソフト（Windows, Mac, Linux)からご利用頂けます。
22 
+
23 
+## 前提条件{#prerequisite}
24 
+
25 
+* 下記のサイトからクライアントソフトをダウンロードし、インストールして下さい。<br>[https://download.nice-dcv.com/](https://download.nice-dcv.com/)
26 
+* [鍵ペアの作成と公開鍵の登録](/login/pubkey) の手順で鍵ペアを作成し、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) から公開鍵を登録していること。
27 
+* [SSHでのログイン](/login/login) で、アプリケーションサーバへのログインができること。
28 
+ * Windowsでは、[MobaXterm](/login/mobaxterm)で接続することも可能です。MobaXtermはx11サーバ、SSHクライアント、ファイル転送等を行うことができる便利なツールボックスです。
29 
+
30 
+## 接続手順{#procedure}
31 
+
32 
+NiceDCVは、以下のアプリケーションサーバでご利用いただくことが可能です。
33 
+
34 
+接続先 | アドレス
35 
+---------- | ------------
36 
+アプリケーションサーバ  | app.kudpc.kyoto-u.ac.jp
37 
+
38 
+NiceDCVは、外部から直接利用いただくことができないため、SSHのポートフォワーディング機能を用いて
39 
+アプリケーションサーバに接続いただく必要があります。
40 
+以下の何れかの手順を参考に接続をお願いします。
41 
+
42 
+### ポートフォワーディングの設定{#forward}
43 
+#### コマンドプロンプトやターミナルなどを用いる場合{#cui}
44 
+
45 
+1. sshコマンドでアプリケーションサーバへログインします。その際、**localhost:5901** へのポートフォワーディングを行います。
46 
+    ```nohighlight
47 
+    $ ssh {利用者番号}@app.kudpc.kyoto-u.ac.jp -L 5901:localhost:5901
48 
+
49 
+    例：b59999 ユーザでログインする場合
50 
+    $ ssh b59999@app.kudpc.kyoto-u.ac.jp -L 5901:localhost:5901
51 
+    ```
52 
+2. **コマンドプロンプトやターミナルを閉じずに**、[Nice DCVクライアントの設定](#connect_nicedcv) へお進み下さい。
53 
+
54 
+#### MobaXtermを用いる場合(Windowsのみ){#guiconnection}
55 
+1. [MobaXtermの利用方法](/login/mobaxterm)を参考に、MobaXtermを起動します。
56 
+1. ツールバーから「Tunneling」をクリックします。
57 
+![](01_top_toolbar.png?lightbox=100%&resize=450)
58 
+2. 「New SSH tunnnel」をクリックします。
59 
+![](02_createtunnel.png?lightbox=100%&resize=450)
60 
+3. 「Local port forwarding」にチェックを入れ、下記の値を入力します。
61 
+* <Forwarded port\>：5901
62 
+* <SSH server\>：app.kudpc.kyoto-u.ac.jp
63 
+* <SSH login\>：スーパーコンピュータシステムの利用者番号(ID)
64 
+* <SSH port\>：22
65 
+* <Remote server\>：localhost
66 
+* <Remote port\>：5901
67 
+4. 「Save」をクリックします。
68 
+![](03_tunnel_settings.png?lightbox=100%&resize=450)
69 
+5. 鍵のマークをクリックし、鍵ペアの作成と公開鍵の登録で作成した秘密鍵を選択します。
70 
+6. Startボタンをクリックします。
71 
+![](04_tunnel_start.png?lightbox=100%&resize=450)
72 
+7. アプリケーションサーバへログインします。
73 
+8. **MobaXtermの画面を閉じずに**、[Nice DCVクライアントの設定](#connect_nicedcv) へお進み下さい。
74 
+
75 
+### Nice DCVクライアントの設定{#connect_nicedcv}
76 
+
77 
+1. [ポートフォワーディングの設定](#forward) で接続したコンソール上で、以下のコマンドを実行し
78 
+セッションの登録を行って下さい．
79 
+    ```nohighlight
80 
+    $ dcv create-session {利用者番号}
81 
+
82 
+    (例)
83 
+    $ dcv create-session b59999
84 
+    ```
85 
+
86 
+1. Nice DCVのクライアントソフトを起動後、入力欄に **localhost:5901#利用者番号** と入力し、Connect をクリックします。
87 
+       ![](01_dcv_connect_ja.png?lightbox=100%&resize=450)
88 
+
89 
+2. 初回接続時は、ポートフォワーディングで接続いただく都合上、証明書のドメイン名と接続時のドメイン名(localhost)に
90 
+差分があるため，以下のような警告画面が表示されます。
91 
+表示される[fingerprint](#fingerprint)が、以下の何れかに一致している場合は、「Trust&Connect」を押下して、進んでください。
92 
+
93 
+![](02_dcv_checksha1.png?lightbox=100%&resize=450)
94 
+
95 
+#### app.kudpc.kyoto-u.ac.jp で使用する証明書のfingerprint{#fingerprint}
96 
+| fingerprint |
97 
+| ----------- |
98 
+| 8E-EA-71-67-C7-99-0B-C1-BF-34-3A-F8-23-B0-6D-0E-62-B1-4B-2B |
99 
+
100 
+　　
101 
+3. "UserName" に利用者番号、"Password" に「利用者ポータル」にログインする際に使用するパスワードを入力し、Login をクリックします。
102 
+    ![](03_dcv_login_ja.png?lightbox=100%&resize=450)
103 
+3. 接続に成功すると、GNOME Desktopが表示されます。なお、GNOME Desktop のスクリーンロック時のパスワードは、「利用者ポータル」にログインする際に使用するパスワードです（秘密鍵のパスフレーズではありません）
104 
+    ![](04_dcv_desktop.png?lightbox=100%&resize=450)
105 
+4. 「Applications」、「System Tools」、「Terminal」の順にクリックし、Terminalを起動します。
106 
+    ![05_dcv_desktop](05_dcv_desktop.png?lightbox=100%&resize=450)
107 
+
108 
+## 利用終了手順
109 
+1. [ポートフォワーディングの設定](#forward) で接続したコンソール上で、以下のコマンドを実行し
110 
+セッションの終了処理を行って下さい．
111 
+    ```nohighlight
112 
+    $ dcv close-session {利用者番号}
113 
+
114 
+    (例)
115 
+    $ dcv close-session b59999
116 
+    ```
117 
+
118 
+## 補足事項{#notes}
119 
+
120 
+### 同時セッション数について{#max_connection}
121 
+
122 
+1ユーザが同時に登録できるセッションは1つまでとさせて頂きます。
123 
+なお、同一のセッションへの同時接続には制限はありません。
124 
+
125 
+### 資源の制限{#shigen}
126 
+
127 
+* アプリケーションサーバは、すべてのユーザがノードを共有して利用する形態となっております。
128 
+* 1ユーザが同時に利用できるCPUコア数は、**8コア** となっており変更することはできません。
129 
+* 1ユーザが同時に利用できるメモリ量は、**64GB** となっており変更することはできません。
130 
+* セッションを登録してからの経過時間が24時間を超えると、セッションは強制終了されます。
131 
+  終了時にセッションはリセットされ、レジュームは行われませんので、ご注意ください。
132 
+
133 
+### dcvコマンドについて{#kudcv}
134 
+
135 
+dcv コマンドは、セッションの登録、詳細の確認、終了に対応しています。
136 
+「b59999」の部分は、**ご自身の大型計算機システム利用者番号に置き換えて**ご利用ください。
137 
+
138 
+* セッションの登録
139 
+    ```nohighlight
140 
+    $ dcv create-session b59999
141 
+```
142 
+* セッションの詳細の確認
143 
+```nohighlight
144 
+  $ dcv describe-session b59999
145 
+      Session:
146 
+	id: b59999
147 
+	owner: b59999
148 
+	X display: :1
149 
+	X authority: /run/user/59999/dcv/b59999.xauth
150 
+	display layout: 800x600+0+0
151 
+```
152 
+* セッションの終了
153 
+```nohighlight
154 
+    $ dcv close-session b59999
155 
+```
user/pages/03.login/20.transfer/docs.en.md
History View file @452be89
0 156 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,83 @@
1 
+---
2 
+title: 'File transfer with SSH'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+## Prerequisite
15 
+Generate a public/private key pair by following [Generating Key Pair and Registering Public Key](/login/pubkey), and register the public key via [the User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
16 
+
17 
+## How to transfer files{#transfer}
18 
+We provide instructions for connecting using scp and sftp commands. On Windows, you can also connect using [MobaXterm](/login/mobaxterm). MobaXterm allows file transfers via GUI.
19 
+
20 
+### Access
21 
+The host names for each system are as follows.
22 
+
23 
+| System Name | Host Name | Note |
24 
+| --- | --- | --- |
25 
+| File Transfer Server | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | **recommended**<br>Consists of two servers. Dedicated SFTP and RSYNC servers with no time limits. |
26 
+| System B/Cloud | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp |Consists of three login nodes. |
27 
+| System C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
28 
+| System G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two login nodes. |
29 
+<!--
30 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two login nodes. |
31 
+| B | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
32 
+| C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Connect to the laurel login node with the Cinnamon environment loaded. |
33 
+| G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of four login nodes. |
34 
+-->
35 
+
36 
+### File transfers using the scp command{#scp}
37 
+```nohighlight
38 
+$ scp [options] [source path] [destination path]
39 
+```
40 
+#### Example
41 
+The remote machine is system B and the user ID is b59999.
42 
+* Transfer file1.txt on the local machine to the home directory of the remote machine.
43 
+```nohighlight
44 
+$ scp file1.txt b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:
45 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
46 
+```
47 
+* Transfer file1.txt of the remote machine to the local machine as file2.txt.
48 
+```nohighlight
49 
+$ scp b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:file1.txt file2.txt
50 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
51 
+```
52 
+* Transfer the directory dir1 of the local machine to the remote machine.
53 
+```nohighlight
54 
+$ scp -r dir1 b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:
55 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
56 
+```
57 
+* Transfer file1.txt of the local machine to the remote machine after specifying the private key.
58 
+```nohighlight
59 
+$ scp -i id_rsa file1.txt b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:
60 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
61 
+```
62 
+
63 
+### File transfers using the sftp command{#sftp}
64 
+```nohighlight
65 
+$ sftp [Option] [Destination]
66 
+```
67 
+
68 
+#### Example
69 
+The remote machine is system B and the user ID is b59999.
70 
+```nohighlight
71 
+$ sftp b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
72 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
73 
+Connected to laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp.
74 
+sftp> put file1.txt
75 
+Uploading file1.txt to /home/b/b59999/file1.txt
76 
+file1.txt                                                                             100%   31     9.8KB/s   00:00
77 
+sftp> ls
78 
+file1.txt
79 
+sftp> get file2.txt
80 
+Fetching /home/b/b59999/file2.txt to file2.txt
81 
+/home/b/b59999/file2.txt                                                           100%   31     4.2KB/s   00:00
82 
+sftp> quit
83 
+```
user/pages/03.login/20.transfer/docs.ja.md
History View file @452be89
0 84 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,83 @@
1 
+---
2 
+title: SSHによるファイル転送
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## 前提条件
16 
+[鍵ペアの作成と公開鍵の登録の手順](/login/pubkey)で鍵ペアを作成し、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)から公開鍵を登録していること。
17 
+## ファイルの転送方法{#transfer}
18 
+scp コマンドおよび sftp コマンドを利用して接続する手順を紹介します。Windowsでは、[MobaXterm](/login/mobaxterm)で接続することも可能です。MobaXtermでは、GUIでファイル転送が可能です。
19 
+
20 
+### 接続先
21 
+システムごとのホスト名は以下の通りです。
22 
+
23 
+| システム名 | ホスト名 | 備考 |
24 
+| --- | --- | --- |
25 
+| ファイル転送サーバ | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | **推奨**<br>2台のサーバで構成。時間制限のないSFTP、RSYNC専用のサーバ。 |
26 
+| システムB/クラウド | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
27 
+| システムC | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
28 
+| システムG | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで構成。 |
29 
+<!--
30 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで構成。 |
31 
+| B | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
32 
+| C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | laurelのログインノードに、Cinnamonの環境をロードした状態で接続します。 |
33 
+| G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 4台のログインノードで構成。 |
34 
+-->
35 
+
36 
+### scpコマンドによるファイル転送{#scp}
37 
+```nohighlight
38 
+$ scp [オプション] [転送元のパス] [転送先のパス]
39 
+```
40 
+#### 使用例
41 
+リモートマシンはシステムB、利用者番号はb59999とします。
42 
+* ローカルマシンのfile1.txtをリモートマシンのホームディレクトリに転送する
43 
+```nohighlight
44 
+$ scp file1.txt b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:
45 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
46 
+```
47 
+* リモートマシンのfile1.txtをfile2.txtとしてローカルマシンに転送する
48 
+```nohighlight
49 
+$ scp b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:file1.txt file2.txt
50 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
51 
+```
52 
+* ローカルマシンのディレクトリdir1をリモートマシンに転送する
53 
+```nohighlight
54 
+$ scp -r dir1 b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:
55 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
56 
+```
57 
+* 秘密鍵を指定したうえで、ローカルマシンのfile1.txtをリモートマシンに転送する
58 
+```nohighlight
59 
+$ scp -i id_rsa file1.txt b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp:
60 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
61 
+```
62 
+
63 
+### sftpコマンドによるファイル転送{#sftp}
64 
+```nohighlight
65 
+$ sftp [オプション] [接続先]
66 
+```
67 
+
68 
+#### 使用例
69 
+リモートマシンはシステムB、利用者番号はb59999とします。
70 
+```nohighlight
71 
+$ sftp b59999@laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
72 
+Enter passphrase for key 'id_rsa':
73 
+Connected to laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp.
74 
+sftp> put file1.txt
75 
+Uploading file1.txt to /home/b/b59999/file1.txt
76 
+file1.txt                                                                             100%   31     9.8KB/s   00:00
77 
+sftp> ls
78 
+file1.txt
79 
+sftp> get file2.txt
80 
+Fetching /home/b/b59999/file2.txt to file2.txt
81 
+/home/b/b59999/file2.txt                                                           100%   31     4.2KB/s   00:00
82 
+sftp> quit
83 
+```
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_1.png
History View file @452be89
0 84 
new file mode 100644
1 85 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_1.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_2.png
History View file @452be89
2 86 
new file mode 100644
3 87 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_2.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_3.png
History View file @452be89
4 88 
new file mode 100644
5 89 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_3.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_4.png
History View file @452be89
6 90 
new file mode 100644
7 91 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_4.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_5.png
History View file @452be89
8 92 
new file mode 100644
9 93 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_5.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_6.png
History View file @452be89
10 94 
new file mode 100644
11 95 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_6.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_7.png
History View file @452be89
12 96 
new file mode 100644
13 97 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_7.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_8.png
History View file @452be89
14 98 
new file mode 100644
15 99 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/21.hcp_tools/dialog_8.png differ
user/pages/03.login/21.hcp_tools/docs.en.md
History View file @452be89
16 100 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,193 @@
1 
+---
2 
+title: 'File Transfer with Archaea (Former HCP Tools)'
3 
+published: true
4 
+---
5 
+
6 
+[toc]
7 
+
8 
+## What is Archaea (Former HCP Tools){#hcp_tools}
9 
+We are providing Archaea (Former HCP Tools) as a high-speed file transfer tool.
10 
+
11 
+Archaea (Former HCP Tools) uses the HpFP protocol, which enables fast file transfer. You can use it by installing the dedicated package.
12 
+
13 
+## Prerequisite{#prerequisite}
14 
+* The installation of Archaea (Former HCP Tools) must be completed by following the procedure in  [Installing Archaea(HCP Tools) client](/install/hcp_tools).
15 
+* Generate a key pair by following the procedure in [Generating key pair and registering public key](/login/pubkey), and register a public key via [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
16 
+* The private key in RSA format created in the above procedure must be placed on the following path.<br>
17 
+```nohighlight
18 
+・When using Windows as a client：
19 
+　　~/_hcp/id_rsa
20 
+・When using Linux as a client：
21 
+　　~/.hcp/id_rsa
22 
+```
23 
+The private key storage location can be changed in the configuration file. Please refer to the[Online Documents](#manuals) for details.
24 
+
25 
+
26 
+## How to Transfer Files{#procedure}
27 
+### File transfer with Archaea tools{#tools}
28 
+This section explains how to log in to the supercomputer systems using the hcp command.
29 
+The hcp command uses the command prompt (terminal).
30 
+
31 
+#### How to use{#how_to_use}
32 
+```nohighlight
33 
+Upload  : hcp [OPTION]... SOURCE [SOURCE]... [USER@]HOST[:PORT]:DEST
34 
+Download : hcp [OPTION]... [USER@]HOST[:PORT]:SOURCE [:SOURCE]... DEST
35 
+```
36 
+#### Options{#options}
37 
+Short options  | Long options | Description
38 
+-- | -- | --
39 
+-p | --permission | Preserve permissions of the transfer source.
40 
+-R | --recursive | Copy all files under each directory recursively.
41 
+　 | --hpfp | Use HpFP protocol.
42 
+　 | --user=<username> | Specify user name.
43 
+　 | --mcd=<number of multiple connections> | Specify the number of multiple connections.
44 
+-h | --help | Display help.
45 
+####  Example of Using the hcp command{#example}
46 
+In the following examples, user ID will be 'b59999'.<br>
47 
+Please open a command prompt (terminal) on your PC to perform the following operations.
48 
+* Making a copy of “file1.txt” to a remote machine.
49 
+```nohighlight
50 
+```nohighlight
51 
+$ hcp file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
52 
+Login as:   ←Entering your user ID
53 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
54 
+```
55 
+* Specifying user ID, and making a copy of “file1.txt” to a remote machine.
56 
+```nohighlight
57 
+$ hcp --user=b59999 file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
58 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
59 
+or
60 
+$ hcp file1.txt b59999@hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
61 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
62 
+```
63 
+* Making a copy of “file1.txt” on a remote machine as “file2.txt.” to a local machine.
64 
+```nohighlight
65 
+$ hcp hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:file1.dat file2.dat
66 
+Login as:   ←Entering your user ID.
67 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
68 
+```
69 
+* Making a copy of a directory “dir1” to a remote machine.
70 
+```nohighlight
71 
+$ hcp -R dir1 hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
72 
+Login as:   ←Entering your user ID.
73 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
74 
+```
75 
+* Using HpFP protocol to make a copy of “file1.txt” to a remote machine.
76 
+```nohighlight
77 
+$ hcp --hpfp file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
78 
+Login as:   ←Entering your user ID.
79 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
80 
+```
81 
+* Specifying a number of multiple connections, and making a copy of “file1.txt” to a remote machine.
82 
+```nohighlight
83 
+$ hcp --mcd=1 file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
84 
+Login as:   ←Entering your user ID.
85 
+Passphrase for the key:   ←Entering your passphrase.
86 
+```
87 
+	※The mcd (number of multiple connections) is set to 8 by default.
88 
+
89 
+For detailed options and descriptions of options for other commands (hcp-ls, hmv, etc.), please check the --help option or refer to  the [Online Documents](#manuals).
90 
+
91 
+### File transfer with Archaea dialog{#dialog}
92 
+#### How to Connect{#how_to_connect}
93 
+1. Start the Arcaea dialog.
94 
+2. Double-click 'New site'.
95 
+![dialog_1](dialog_1.png?resize=50%)
96 
+3. Enter the following information and click 'Private key management'.
97 
+FQDN or IP address：hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp
98 
+User name: User number (ID)
99 
+Authentication method: public key authentication
100 
+Protocol and security: TCP or HpFP
101 
+![dialog_2](dialog_2.png?resize=80%)
102 
+4. Enter the passphrase and click on OK.
103 
+![dialog_3](dialog_3.png?resize=80%)
104 
+5. Click on 'OK' when the message 'The import of the private key was successful' appears.
105 
+![dialog_4](dialog_4.png?resize=80%)
106 
+6. Confirm that the key that you have just registered appears in the list of registered keys and close the screen.
107 
+![dialog_5](dialog_5.png?resize=50%)
108 
+7. From the list of sites, select the site you have just set up and click on 'Connect'. (From the second time onwards, start from here).
109 
+![dialog_6](dialog_6.png?resize=50%)
110 
+8. Enter the passphrase of the registered key and click on 'OK'. If successful, the file list screen will be displayed and file transfer wil be enabled.
111 
+![dialog_7](dialog_7.png?resize=80%)
112 
+![dialog_8](dialog_8.png?resize=50%)
113 
+
114 
+## Notes{#notes}
115 
+### HpFP protocol{#HpFP_protocol}
116 
+HpFP is a UDP-based protocol. In the environments where delay/packet loss occurs, HpFP (--hpfp option) can be used to speed up the process.
117 
+If HpFP (--hpfp option) is not used, the connection is made via TCP. It is somewhat faster than scp or sftp transfers due to session multiplexing.
118 
+
119 
+### WebSocket protocol{#WebSocket_protocol}
120 
+Communication via the WebSocket protocol is not permitted.
121 
+
122 
+### Port to be used{#port}
123 
+For communication with HCP tools, 874/tcp and 65520/udp (with the --hpfp option) is used.
124 
+Depending on your environment, the port may not be open. In this case, communication is not possible.
125 
+
126 
+### Number of connections per user{#connections_pre_user}
127 
+ To ensure fair use of the file transfer server, the number of connections to the server per user is limited to '16'.
128 
+ An example of the number of simultaneous connections when the number of connections is specified using the -mcd option is as follows.
129 
+* If the --mcd option is not specified<br>
130 
+ The number of connections is deemed to be 8 and the maximum number of simultaneous connections will be 2.
131 
+*If 8 is specified in the  --mcd option<br>
132 
+The number of connections is deemed to be 8 and the maximum number of simultaneous connections will be 2.
133 
+* If 1 is specified in the  --mcd option<br>
134 
+The number of connections is deemed to be 1 and the maximum number of simultaneous connections will be 16.
135 
+
136 
+### Example for Error{#error}
137 
+* In case key or passphrase is wrong
138 
+```nohighlight
139 
+Authentication failed since performing it with a challenge and the user inputs is not successful.
140 
+Authentication was failed.
141 
+```
142 
+Make sure that the key or passphrase is correct.
143 
+* In case some of the multiple connections fail
144 
+```nohighlight
145 
+CH[12, primary=0] setup failed.
146 
+Error code (9, Bad file descriptor)
147 
+```
148 
+The connection that has been successfully negotiated will be used for communication.
149 
+Please wait until communication is completed.
150 
+* In case referring to an no permission directory
151 
+```nohighlight
152 
+A signal message was received from the remote host. The session will abort in a reason specified by the message (reason=0xA003).
153 
+Could not offer a request @ _hcp::proto::HcppSessionInitiator_:L177.
154 
+```
155 
+Make sure that the path to the directory is correct.
156 
+
157 
+### Record of command execution{#out}
158 
+A record of the execution of an HCP Tools command is recorded in the following file in the execution directory if the -hcp-out option does not specify a file to output.
159 
+```nohighlight
160 
+・When Windows is used as a client：
161 
+　　.hcp.out
162 
+・When Linux is used as a client：
163 
+　　_hcp.out
164 
+```
165 
+#### Examples of execution records１{#out_example1}
166 
+```nohighlight
167 
+SRC test.txt
168 
+DST hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:65520:/home/b/b59999/
169 
+OK 0000 FT 00000001 /home/b/b59999/test.txt
170 
+EXIT 0 REASON 0000
171 
+```
172 
+The command has terminated successfully (EXIT 0).
173 
+#### Examples of execution records２{#out_example2}
174 
+```nohighlight
175 
+SRC test.txt
176 
+DST hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:65520:/home/b/b59999/
177 
+OK 0000 FT 00000001 /home/b/b59999/test.txt
178 
+EXIT 72 REASON 9008
179 
+```
180 
+The command has terminated with an authentication failure (EXIT 72).
181 
+
182 
+Please refer to  [Online Documents](#manuals) for details on the exit codes (command exit status).
183 
+
184 
+### Moving directories of the Archaea dialog{#archaea_directory}
185 
+In the current version (Archaea dialog 1.0), there is no function to specify and move a directory path directly. The function will be implemented in the future.
186 
+
187 
+## Online Documents{#manuals}
188 
+* [Archea tools Online Documents](https://support.bytix.tech/docs/archaea/tools/1.4/)
189 
+
190 
+
191 
+## Links{#link}
192 
+### External Links{#ex_link}
193 
+* [HCP tools 高速ファイル転送](https://clealink.jp/hcp/)
user/pages/03.login/21.hcp_tools/docs.ja.md
History View file @452be89
0 194 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,191 @@
1 
+---
2 
+title: 'Archaea(旧HCP Tools)によるファイル転送'
3 
+published: true
4 
+media_order: 'dialog_1.png,dialog_2.png,dialog_3.png,dialog_4.png,dialog_5.png,dialog_6.png,dialog_7.png,dialog_8.png'
5 
+---
6 
+
7 
+[toc]
8 
+
9 
+## Archaea(旧HCP Tools)とは{#hcp_tools}
10 
+高速なファイル転送ツールとして、Archea(旧HCP Tools)を提供しています。
11 
+
12 
+Archea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用しているため、高速なファイル転送が可能です。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。
13 
+
14 
+## 前提条件{#prerequisite}
15 
+* [Archaea(HCP Tools)クライアントのインストール](/install/hcp_tools)の手順でArchaea(旧HCP Tools)クライアントのインストールが完了していること。
16 
+* [鍵ペアの作成と公開鍵の手順](/login/pubkey)で鍵ペアを作成し、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)から公開鍵を登録していること。
17 
+* 上記手順で作成した、**RSA形式** の秘密鍵を以下のパスに配置していること。<br>
18 
+```nohighlight
19 
+・Windowsをクライアントとして利用する場合：
20 
+　　~/_hcp/id_rsa
21 
+・Linuxをクライアントとして利用する場合：
22 
+　　~/.hcp/id_rsa
23 
+```
24 
+秘密鍵の保管場所は設定ファイルで変更可能です。詳しい設定方法は[オンラインドキュメント](#manuals)をご覧ください。
25 
+
26 
+## ファイル転送の方法{#procedure}
27 
+### Archaea toolsによるファイル転送{#tools}
28 
+hcpコマンドを利用して接続する手順を紹介します。
29 
+hcpコマンドはコマンドプロンプト(ターミナル)を使用します。
30 
+#### 使い方{#how_to_use}
31 
+```nohighlight
32 
+アップロード : hcp [OPTION]... SOURCE [SOURCE]... [USER@]HOST[:PORT]:DEST
33 
+ダウンロード : hcp [OPTION]... [USER@]HOST[:PORT]:SOURCE [:SOURCE]... DEST
34 
+```
35 
+#### オプション{#options}
36 
+ショートオプション | ロングオプション | 説明
37 
+-- | -- | --
38 
+-p | --permission | 転送元のパーミッションを保持します。
39 
+-R | --recursive | ディレクトリごと再帰的にコピーします。
40 
+　 | --hpfp | HpFPプロトコルを使用します。
41 
+　 | --user=<ユーザ名> | ユーザ名を指定します。
42 
+　 | --mcd=<多重接続数> | 多重接続数を指定します。
43 
+-h | --help | ヘルプを表示します。
44 
+####  hcpコマンドの実行例{#example}
45 
+利用者番号はb59999とします。<br>
46 
+以下の操作はPCでコマンドプロンプト(ターミナル)を開いて行ってください。
47 
+* file1.txtをリモートマシンにコピーする
48 
+```nohighlight
49 
+$ hcp file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
50 
+Login as:   ←ユーザ名を入力
51 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
52 
+```
53 
+* ユーザ名を指定した上で、file1.txtをリモートマシンにコピーする
54 
+```nohighlight
55 
+$ hcp --user=b59999 file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
56 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
57 
+or
58 
+$ hcp file1.txt b59999@hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
59 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
60 
+```
61 
+* リモートマシンのfile1.txtをローカルマシンにfile2.txtとしてコピーする
62 
+```nohighlight
63 
+$ hcp hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:file1.dat file2.dat
64 
+Login as:   ←ユーザ名を入力
65 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
66 
+```
67 
+* ディレクトリ(dir1)をリモートマシンにコピーする
68 
+```nohighlight
69 
+$ hcp -R dir1 hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
70 
+Login as:   ←ユーザ名を入力
71 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
72 
+```
73 
+* HpFPプロトコルを使用してfile1.txtをリモートマシンにコピーする
74 
+```nohighlight
75 
+$ hcp --hpfp file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
76 
+Login as:   ←ユーザ名を入力
77 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
78 
+```
79 
+* 多重接続数を指定してfile1.txtをリモートマシンにコピーする
80 
+```nohighlight
81 
+$ hcp --mcd=1 file1.txt hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:~/
82 
+Login as:   ←ユーザ名を入力
83 
+Passphrase for the key:   ←パスフレーズを入力
84 
+```
85 
+	※mcd(多重接続数)はデフォルトで8に設定しています。
86 
+
87 
+詳細なオプション、他のコマンド(hcp-ls, hmv等)のオプションの説明は--helpオプションで確認するか、[オンラインドキュメント](#manuals)をご覧ください。
88 
+
89 
+### Archaea dialogによるファイル転送{#dialog}
90 
+#### 接続方法{#how_to_connect}
91 
+1. Arcaea dialogを起動します。
92 
+2. 「新規サイト」をダブルクリックします。
93 
+![dialog_1](dialog_1.png?resize=50%)
94 
+3. 以下の情報を入力し、「秘密鍵管理」をクリックします。<br>
95 
+FQDNもしくはIPアドレス：hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>
96 
+ユーザ名：利用者番号(ID)<br>
97 
+認証方式：公開鍵認証<br>
98 
+プロトコルとセキュリティ：TCP もしくは HpFP
99 
+![dialog_2](dialog_2.png?resize=80%)
100 
+4. パスフレーズを入力し、「OK」をクリックします。
101 
+![dialog_3](dialog_3.png?resize=80%)
102 
+5. 「秘密鍵のインポートは成功しました。」と表示されたら「OK」をクリックします。
103 
+![dialog_4](dialog_4.png?resize=80%)
104 
+6. 登録済みの鍵一覧に先ほど登録した鍵が表示されていることを確認し、画面を閉じます。
105 
+![dialog_5](dialog_5.png?resize=50%)
106 
+7. サイト一覧から、先ほど設定したサイトを選択し、「接続」をクリックします。(2回目以降はこの手順から行います。)
107 
+![dialog_6](dialog_6.png?resize=50%)
108 
+8. 登録した鍵のパスフレーズを入力し、「OK」をクリックします。成功するとファイル一覧の画面が表示され、ファイル転送が可能になります。
109 
+![dialog_7](dialog_7.png?resize=80%)
110 
+![dialog_8](dialog_8.png?resize=50%)
111 
+
112 
+## 補足事項{#notes}
113 
+### HpFPプロトコル{#HpFP_protocol}
114 
+HpFPはUDPベースのプロトコルです。遅延・パケットロスが発生している環境の場合、HpFP(--hpfpオプション)を使用することで、高速化が期待できます。
115 
+HpFP(--hpfpオプション)を使用しない場合、TCPで接続します。セッション多重化により、scpやsftpでの転送より多少高速です。
116 
+
117 
+### WebSocketプロトコル{#WebSocket_protocol}
118 
+WebSocketプロトコルでの通信は許可していません。
119 
+
120 
+### 使用するポート{#port}
121 
+HCP toolsでの通信には、874/tcp,65520/udp(--hpfpオプション使用時)を使用します。
122 
+ご利用の環境によってはポートが開いていない可能性があります。その場合は、通信できません。
123 
+
124 
+### ユーザあたりの接続数{#connections_pre_user}
125 
+ファイル転送サーバを公平にご利用いただくために、ユーザあたりのサーバへの接続数を「16」に制限しています。
126 
+--mcdオプションを用いて接続数を指定した場合の同時接続数の例は以下の通りです。
127 
+* --mcdオプションを指定しない場合<br>
128 
+接続数は8使用したものとみなされ、最大同時接続数は2となります。
129 
+* --mcdオプションで8を指定した場合<br>
130 
+接続数は8使用したものとみなされ、最大同時接続数は2となります。
131 
+* --mcdオプションで1を指定した場合<br>
132 
+接続数は1使用したものとみなされ、最大同時接続数は16となります。
133 
+
134 
+### エラー例{#error}
135 
+* 鍵、パスフレーズが異なる場合
136 
+```nohighlight
137 
+Authentication failed since performing it with a challenge and the user inputs is not successful.
138 
+Authentication was failed.
139 
+```
140 
+鍵、パスフレーズが正しいか確認してください。
141 
+* 多重接続の一部で失敗した場合
142 
+```nohighlight
143 
+CH[12, primary=0] setup failed.
144 
+Error code (9, Bad file descriptor)
145 
+```
146 
+ネゴシエーションに成功した接続で通信を行います。
147 
+通信終了までそのままお待ちください。
148 
+* 権限のないディレクトリを参照した場合
149 
+```nohighlight
150 
+A signal message was received from the remote host. The session will abort in a reason specified by the message (reason=0xA003).
151 
+Could not offer a request @ _hcp::proto::HcppSessionInitiator_:L177.
152 
+```
153 
+ディレクトリのパスが正しいか確認してください。
154 
+
155 
+### コマンドの実行記録{#out}
156 
+HCP Toolsのコマンドを実行した記録は、-hcp-outオプションで出力するファイルを指定しない場合、実行ディレクトリの次のファイルに記録されます。
157 
+```nohighlight
158 
+・Windowsをクライアントとして利用する場合：
159 
+　　.hcp.out
160 
+・Linuxをクライアントとして利用する場合：
161 
+　　_hcp.out
162 
+```
163 
+#### 実行記録の例１{#out_example1}
164 
+```nohighlight
165 
+SRC test.txt
166 
+DST hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:65520:/home/b/b59999/
167 
+OK 0000 FT 00000001 /home/b/b59999/test.txt
168 
+EXIT 0 REASON 0000
169 
+```
170 
+コマンドは正常（EXIT 0）に終了しています。
171 
+#### 実行記録の例２{#out_example2}
172 
+```nohighlight
173 
+SRC test.txt
174 
+DST hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp:65520:/home/b/b59999/
175 
+OK 0000 FT 00000001 /home/b/b59999/test.txt
176 
+EXIT 72 REASON 9008
177 
+```
178 
+コマンドは認証失敗（EXIT 72）で終了しています。
179 
+
180 
+終了コード（コマンド終了ステータス）の詳細は、[オンラインドキュメント](#manuals)を参照してください。
181 
+
182 
+### Archaea dialogのディレクトリ移動について{#archaea_directory}
183 
+現在のバージョン(Archaea dialog 1.0)では、ディレクトリパスを直接指定して移動する機能はありません。将来的には機能が実装される予定です。
184 
+
185 
+## マニュアル{#manuals}
186 
+* [Archea tools オンラインドキュメント](https://support.bytix.tech/docs/archaea/tools/1.4/)
187 
+
188 
+
189 
+## リンク{#link}
190 
+### 外部リンク{#ex_link}
191 
+* [HCP tools 高速ファイル転送](https://clealink.jp/hcp/)
user/pages/03.login/30.mobaxterm/docs.en.md
History View file @452be89
0 192 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,84 @@
1 
+---
2 
+title: 'How to use MobaXterm'
3 
+media_order: 'keygen_1.png,keygen_2.png,keygen_3.png,keygen_4.png,ssh_1.png,ssh_2.png,sftp_1.png,sftp_2.png,sshadd_1.png,sshadd_2.png,portfowarding_1.png,portfowarding_3.png,portfowarding_2.png'
4 
+---
5 
+
6 
+[toc]
7 
+
8 
+##  What is MobaXterm?{#mobaxterm}
9 
+MobaXterm is an extended terminal for Windows with SSH client, X11 server, network tools, etc.
10 
+
11 
+## Prerequisite{#before}
12 
+1. The installation of MobaXterm must have been completed according to the procedure [Installing MobaXterm](/install/mobaxterm).
13 
+
14 
+## How to generate a key pair{#keygen}
15 
+1. After clicking on the "Tools" icon, click on "MobaKeyGen (SSH key generator)".
16 
+![keygen_1](keygen_1.png?lightbox=80%&resize=500)
17 
+2. Specify the Type of key to generate as RSA and Number of bits a generated key as 3072.
18 
+3. Click on 'Generate'.
19 
+![keygen_2](keygen_2.png?lightbox=80%&resize=500)
20 
+4. The instruction shows to move the mouse over a blank area, follow the instructions.The mouse must be moved for about ten seconds before the displayed indicator advances to the right-hand edge.
21 
+![keygen_3](keygen_3.png?lightbox=80%&resize=500)
22 
+5. When the key pair has been generated, the screen will change and you will need to enter your passphrase in two places (Key passphrase, Confirm).
23 
+6. Click on the 'Save private key' button to save the private key. Keep the private key under strict control to ensure that it is not passed on to anyone else.
24 
+7. Copy the public key and register it via the [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/). The public key is on one line, but  it is shown wrapped due to the long character length. You need to copy and register everything, including what is hidden by scrolling.![keygen_4](keygen_4.png?lightbox=80%&resize=500)
25 
+
26 
+## How to register a private key with MobaXterm{#pubkey}
27 
+1. Start MobaXterm.
28 
+2. After clicking on 'Setting', click on 'SSH'.
29 
+![sshadd_1](sshadd_1.png?lightbox=80%&resize=500)
30 
+3. Under SSH Agents, check 'Use internal SSH agent "MobAgent"'.
31 
+4. Click on the '+' on the right-hand side of Load following keys at MobAgent startup and select the private key generated in Generating Key Pair and Registering Public Key.
32 
+5. Click 'OK' and restart MobaXterm.
33 
+![sshadd_2](sshadd_2.png?lightbox=80%&resize=500)
34 
+6. Enter the passphrase for the private key on start-up and click OK.<br>※Thereafter, the passphrase for the private key is entered when starting MobaXterm.
35 
+
36 
+## How to Access{#login}
37 
+1. After clicking on the 'Sessions' icon, click on 'SSH'.
38 
+2.  Enter the host name according to the system you are logging in to in the Remote host field.
39 
+3.  Check 'Specify username' and enter the supercomputer system user number (ID) in the box.
40 
+4. Click on 'OK'.
41 
+![ssh_1](ssh_1.png?lightbox=80%&resize=500)
42 
+5.The login is successful if a prompt of the form \[username@hostname ~\] is displayed.
43 
+![ssh_2](ssh_2.png?lightbox=80%&resize=500)
44 
+
45 
+### When you use X (GUI) {#gui}
46 
+Log in to the system as described in [How to Access](#login). No special configuration is required.
47 
+
48 
+<!--
49 
+## ポートフォワーディング設定方法{#portfowarding}
50 
+1. 「Tunneling」をクリックします。
51 
+2. 「New SSH tunnnel」をクリックします。
52 
+![portfowarding_1](portfowarding_1.png?lightbox=80%&resize=500)
53 
+3. 「Local port fowarding」にチェックを入れ、下記の値を入力します。
54 
+* <Fowarded port\>：5901
55 
+* <SSH server\>：app.kudpc.kyoto-u.ac.jp
56 
+* <SSH login\>：スーパーコンピュータシステムの利用者番号(ID)
57 
+* <SSH port\>：22
58 
+* <Remote server\>：localhost
59 
+* <Remote port\>：5901
60 
+4. 「Save」をクリックします。
61 
+![portfowarding_2](portfowarding_2.png?lightbox=80%&resize=500)
62 
+5. 鍵のマークをクリックし、鍵ペアの作成と公開鍵の登録で作成した秘密鍵を選択します。
63 
+6. Startボタンをクリックします。
64 
+![portfowarding_3](portfowarding_3.png?lightbox=60%&resize=500)
65 
+-->
66 
+
67 
+## How to transfer files{#sftp}
68 
+1. Click on the 'Sessions' icon, then click on the 'SFTP' icon.
69 
+2. Enter the host name according to the system you are logging in in the Remote host field.
70 
+3. Enter the supercomputer system user number (ID) in 'Username'.
71 
+4. Click on 'OK'.
72 
+![sftp_1](sftp_1.png?lightbox=80%&resize=500)
73 
+5. If successful, your home directory on the supercomputer will be displayed. You can upload on the supercomputer with the up arrow and download to your local machine with the down arrow.
74 
+![sftp_2](sftp_2.png?lightbox=80%&resize=500)
75 
+
76 
+## Access Point{#access}
77 
+The host names for each system are as follows.
78 
+
79 
+| System Name | Host Name | Note |
80 
+| --- | --- | --- |
81 
+| File Transfer Server | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two servers. Dedicated SFTP and RSYNC servers with no time limits. |
82 
+| System B/Cloud  | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
83 
+| System C  | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
84 
+| System G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two login nodes. |
user/pages/03.login/30.mobaxterm/docs.ja.md
History View file @452be89
0 85 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,85 @@
1 
+---
2 
+title: MobaXtermの利用方法
3 
+media_order: 'keygen_1.png,keygen_2.png,keygen_3.png,keygen_4.png,ssh_1.png,ssh_2.png,sftp_1.png,sftp_2.png,sshadd_1.png,sshadd_2.png,portfowarding_1.png,portfowarding_3.png,portfowarding_2.png'
4 
+---
5 
+
6 
+[toc]
7 
+
8 
+## MobaXtermとは{#mobaxterm}
9 
+MobaXtermはSSHクライアント、X11サーバ、ネットワークツール等を備えたWindows用拡張ターミナルです。
10 
+
11 
+## 前提条件{#before}
12 
+1. [MobaXtermのインストール](/install/mobaxterm)の手順でMobaXtermのインストールが完了していること。
13 
+
14 
+## 鍵ペアの作成方法{#keygen}
15 
+1. 「Tools」アイコンをクリックの後、「MobaKeyGen (SSH key generator)」をクリックします。
16 
+![keygen_1](keygen_1.png?lightbox=80%&resize=500)
17 
+2. Type of key to generateをRSA、Number of bits a generated keyを3072に指定します。
18 
+3. 「Generate」をクリックします。
19 
+![keygen_2](keygen_2.png?lightbox=80%&resize=500)
20 
+4. 空白のエリアでマウスを動かすよう表示されますので、指示にしたがってください。表示されているインジケータが右端まで進むまでの十数秒間マウスを動かす必要があります。
21 
+![keygen_3](keygen_3.png?lightbox=80%&resize=500)
22 
+5. 鍵ペアの作成ができると画面が切り替わりますので、 パスフレーズを2か所 (Key passphrase, Confirm)入力してください。
23 
+6. 「Save private key」ボタンを押し、秘密鍵を保存します。秘密鍵が他人に渡ることのないよう、厳重に管理してください。
24 
+7. 公開鍵をコピーし、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) から登録してください。公開鍵は1行ですが、文字数が長いため折り返して表示されています。スクロールで隠れている分も含めて全てコピーして登録する必要があります。
25 
+![keygen_4](keygen_4.png?lightbox=80%&resize=500)
26 
+
27 
+## MobaXtermへの秘密鍵登録方法{#pubkey}
28 
+1. MobaXtermを起動します。
29 
+2. 「Setting」をクリックの後、「SSH」をクリックします。
30 
+![sshadd_1](sshadd_1.png?lightbox=80%&resize=500)
31 
+3. SSH Agentsで「Use internal SSH agent “MobAgent”」にチェックを入れます。
32 
+4. Load following keys at MobAgent startup 右側の「＋」をクリックし、鍵ペアの作成と公開鍵の登録で作成した秘密鍵を選択します。
33 
+5. 「OK」をクリックし、MobaXtermを再起動します。
34 
+![sshadd_2](sshadd_2.png?lightbox=80%&resize=500)
35 
+6. 起動時に秘密鍵のパスフレーズを入力し、「OK」をクリックします。<br>※以降、MobaXterm起動時に秘密鍵のパスフレーズを入力します。
36 
+
37 
+## 接続方法{#login}
38 
+1. 「Sessions」アイコンをクリックの後、「SSH」をクリックします。
39 
+2. Remote host の欄にログインするシステムに応じたホスト名を入力します。
40 
+3. 「Specify username」にチェックを入れ、ボックスにスーパーコンピュータシステムの利用者番号(ID)を入力します。
41 
+4. 「OK」をクリックします。
42 
+![ssh_1](ssh_1.png?lightbox=80%&resize=500)
43 
+5. \[ユーザ名@ホスト名 ~\] の形式のプロンプトが表示されればログイン成功です。
44 
+![ssh_2](ssh_2.png?lightbox=80%&resize=500)
45 
+
46 
+### X (GUI) を利用する場合{#gui}
47 
+[接続方法](#login) の手順でシステムに接続してください。特別な設定は必要ありません。
48 
+
49 
+<!--
50 
+## ポートフォワーディング設定方法{#portfowarding}
51 
+1. 「Tunneling」をクリックします。
52 
+2. 「New SSH tunnnel」をクリックします。
53 
+![portfowarding_1](portfowarding_1.png?lightbox=80%&resize=500)
54 
+3. 「Local port fowarding」にチェックを入れ、下記の値を入力します。
55 
+* <Fowarded port\>：5901
56 
+* <SSH server\>：app.kudpc.kyoto-u.ac.jp
57 
+* <SSH login\>：スーパーコンピュータシステムの利用者番号(ID)
58 
+* <SSH port\>：22
59 
+* <Remote server\>：localhost
60 
+* <Remote port\>：5901
61 
+4. 「Save」をクリックします。
62 
+![portfowarding_2](portfowarding_2.png?lightbox=80%&resize=500)
63 
+5. 鍵のマークをクリックし、鍵ペアの作成と公開鍵の登録で作成した秘密鍵を選択します。
64 
+6. Startボタンをクリックします。
65 
+![portfowarding_3](portfowarding_3.png?lightbox=60%&resize=500)
66 
+-->
67 
+
68 
+## ファイルの転送方法{#sftp}
69 
+1. 「Sessions」アイコンをクリックの後、「SFTP」をクリックします。
70 
+2. Remote host の欄にログインするシステムに応じたホスト名を入力します。
71 
+3. 「Username」ににスーパーコンピュータシステムの利用者番号(ID)を入力します。
72 
+4. 「OK」をクリックします。
73 
+![sftp_1](sftp_1.png?lightbox=80%&resize=500)
74 
+5. 成功すると、スーパーコンピュータ上の自分のホームディレクトリが表示されます。上矢印でスパコン上にアップロード、下矢印でローカルマシンにダウンロードできます。
75 
+![sftp_2](sftp_2.png?lightbox=80%&resize=500)
76 
+
77 
+## 接続先{#access}
78 
+システムごとのホスト名は以下の通りです。
79 
+
80 
+| システム名 | ホスト名 | 備考 |
81 
+| --- | --- | --- |
82 
+| ファイル転送サーバ | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のサーバで構成。時間制限のないSFTP、RSYNC専用のサーバ。 |
83 
+| システムB/クラウド | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
84 
+| システムC | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
85 
+| システムG | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで構成。 |
user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_1.png
History View file @452be89
0 86 
new file mode 100644
1 87 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_1.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_2.png
History View file @452be89
2 88 
new file mode 100644
3 89 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_2.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_3.png
History View file @452be89
4 90 
new file mode 100644
5 91 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_3.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_4.png
History View file @452be89
6 92 
new file mode 100644
7 93 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/keygen_4.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/portfowarding_1.png
History View file @452be89
8 94 
new file mode 100644
9 95 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/portfowarding_1.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/portfowarding_2.png
History View file @452be89
10 96 
new file mode 100644
11 97 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/portfowarding_2.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/portfowarding_3.png
History View file @452be89
12 98 
new file mode 100644
13 99 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/portfowarding_3.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/sftp_1.png
History View file @452be89
14 100 
new file mode 100644
15 101 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/sftp_1.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/sftp_2.png
History View file @452be89
16 102 
new file mode 100644
17 103 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/sftp_2.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/ssh_1.png
History View file @452be89
18 104 
new file mode 100644
19 105 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/ssh_1.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/ssh_2.png
History View file @452be89
20 106 
new file mode 100644
21 107 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/ssh_2.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/sshadd_1.png
History View file @452be89
22 108 
new file mode 100644
23 109 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/sshadd_1.png differ
user/pages/03.login/30.mobaxterm/sshadd_2.png
History View file @452be89
24 110 
new file mode 100644
25 111 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/30.mobaxterm/sshadd_2.png differ
user/pages/03.login/docs.en.md
History View file @452be89
26 112 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,122 @@
1 
+---
2 
+title: Access
3 
+media_order: 'login_flow_2022.png,system_2022.png,login_flow_2022_en.png,system_2022_en.png'
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## System Configurations {#system_configuration}
18 
+
19 
+Supercomputer systems of Kyoto University consist of five types of systems and storage.
20 
+For details, please refer to [Institute for Information Management and Communication, Kyoto University](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/services/comp/supercomputer/).
21 
+
22 
+![system_2022](system_2022.png?lightbox=100%&resize=600)
23 
+
24 
+## Flow of Login{#flow}
25 
+
26 
+Login to the supercomputer is limited to SSH (Secure SHell) key authentication.
27 
+You can login by generating a key pair and registering a public key from [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal).
28 
+<u>**You cannot log in with a password**</u>, so you must first register your public key.
29 
+
30 
+The flow of login is shown in the figure below. For specific instructions, please refer to [Access](/login/login).
31 
+
32 
+![](login_flow_2022_en.png?resize=600)
33 
+
34 
+### Host Name(FQDN){#fqdn}
35 
+
36 
+The host name for each system is as follows. Please log in with the login name (user ID) provided on the approval notice for supercomputer use and the private key corresponding to the public key registered on the [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
37 
+
38 
+|System Name | Host Name | Notes |
39 
+| --- | --- | --- |
40 
+| File Transfer Server | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two servers. Dedicated SFTP and RSYNC servers with no time limit.|
41 
+| SysB/Cloud | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of three login nodes. |
42 
+| SysC | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Connect to the laurel login node with the Cinnamon environment loaded. |
43 
+| SysG | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two login nodes. |
44 
+<!--
45 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | Consists of two login nodes. |
46 
+-->
47 
+
48 
+####  fingerprint
49 
+
50 
+The fingerprint for each system is as follows.Please use it to confirm the fingerprint that is displayed when you first login to the system via SSH.
51 
+
52 
+ | System     | Method | fingerprint
53 
+ | ------------ | ------- | -----------------------------
54 
+ | SysB/SysC/Cloud | RSA | **SHA256:** c3KPtVlPbgGW+jFM8VdGd4yob4HX/VPH7nR26JHS13M
55 
+ |   ''                  | ED25519 | **SHA256:** jt5nEfylQ+SjG5PUZtKqP1DXk56p+7ugwF8GHx8Nr/Q
56 
+ |   ''                 | ECDSA | **SHA256:** yJN7gkHzsrlRBwvYsTCiQkXnzEkdZmjMZLs9TO8YylU
57 
+ | SysG                  | RSA | **SHA256:** 7GWj0iRCCMpswAWWyIZC+FMX3xlQVRyFiP9hIUYl3rU
58 
+ |   ''                  | ED25519 | **SHA256:** 8uh/6B14HEz77F1yAq95CyQHLqKqr4DG2Xys7eQr0qk
59 
+ |   ''                 | ECDSA | **SHA256:** PJX5f4jPqjTM4Awpod8fedTEXknIBamdexYK3fAzl6U
60 
+ | File Transfer Server | RSA | **SHA256:** /ZeTSRgrxAo4Et1E9NouKs8xyhc/KAjgRpqaEgf37sM
61 
+ |   ''               | ED25519 | **SHA256:** v0ABGIXX735Ak2By6zq1IuwPAPwLmJC8IwEhzAlm7ds
62 
+ |   ''               | ECDSA | **SHA256:** RtD7xSYrSL/F6KZpZcjluDFlQ37CIVD6ij2GhEYOaO0
63 
+
64 
+## How to Login {#login}
65 
+
66 
+If you do not need the GUI, you can log in with [SSH Client](/login/login)<br>
67 
+You can also log in with [MobaXterm](/login/mobaxterm).
68 
+
69 
+## How to Login for using X (GUI){#login_eod}
70 
+[FastX](/login/fastx), [NiceDCV](/login/nicedcv) and [MobaXterm](/login/mobaxterm)(Windows Only) can be used.<br>
71 
+
72 
+## How to Transfer Files {#transfer}
73 
+
74 
+For file transfer to and from the supercomputer,  scp or sftp, which uses SSH function for file transfers are used. SCP is Secure Copy and SFTP is Secure FTP.
75 
+When transferring files, the private key corresponding to the public key registered in the User Portal must  be used.
76 
+
77 
+Please refer to [File transfer with SSH](/login/transfer) for file transfer using SSH client.
78 
+
79 
+## How to login in case of partial failure of the login node{#failure}
80 
+
81 
+There are three supercomputer login nodes in Systems B, C, and Cloud standard, and two in System G. They are operated by DNS round robin for load balancing. If a failure occurs on some of those nodes, login by DNS round robin may fail. Please follow the procedure below to login by specifying individual host names.
82 
+
83 
+| システム名         | ホスト名                         |
84 
+| ------------------ | ------------------------------   |
85 
+| SysB/Cloud         | `laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp`   |
86 
+| ''                 | `laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp`   |
87 
+| ''                 | `laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp`   |
88 
+| SysC               | `cinnamon32.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
89 
+| ''                 | `cinnamon32.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
90 
+| ''                 | `cinnamon33.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
91 
+| SysG               | `gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
92 
+| ''                 | `gardenia12.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
93 
+
94 
+
95 
+
96 
+
97 
+<!--
98 
+### 障害情報の通知{#announce}
99 
+障害等の情報は、[障害情報ページ](https://kudpc.viewer.kintoneapp.com/public/hpc-problems)でお知らせしています。一部のログインノードに障害が発生した場合、利用いただけないノードのホスト名をお知らせしますので、それ以外のホスト名を指定してログインしてください。なお、障害の発生の時間帯等によっては、お知らせまでに時間を要する場合がありますので、予めご承知おきください。
100 
+
101 
+### ログインノードのホスト名{#fqdn}
102 
+DNSラウンドロビン用のホスト名に対応するログインノード個別のホスト名は次の通りです。
103 
+
104 
+| システム | DNSラウンドロビン用のホスト名(FQDN)  | ログインノード個別のホスト名(FQDN) |
105 
+| --- | --- | --- |
106 
+| ファイル転送サーバ | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | hpcfs1.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>hpcfs2.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
107 
+| クラウド | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
108 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | camphor31.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>camphor31.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
109 
+| B | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
110 
+| C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
111 
+| G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>gardenia12.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>gardenia13.kudpc.kyoto-u.ac.jp<br>gardenia14.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
112 
+-->
113 
+
114 
+## Creating Strong Passwords and Passphrases{#password}
115 
+
116 
+In order to use the supercomputer system, users must strictly manage their own passwords for the user portal and passphrase for the private key for key authentication. When creating a password/passphrase, please make sure that it is a string of characters that cannot be easily guessed by a third party from the account information.
117 
+
118 
+Please refer to the following sites for tips on creating secure and strong passwords/passphrases.
119 
+
120 
+* [Create and use strong passwords](https://www.microsoft.com/ja-jp/safety/terms/password_whatis.aspx) (Microsoft)
121 
+* [Password Checker](https://www.microsoft.com/ja-jp/store/p/%E3%83%91%E3%82%B9%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%83%89%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%BC-%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AB%E3%83%BC/9p60xr97tj5k) (Microsoft)
122 
+* [Tips for creating secure passwords on your Mac](https://support.apple.com/ja-jp/guide/mac-help/mchlp1088/mac) (Apple)
user/pages/03.login/docs.ja.md
History View file @452be89
0 123 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,112 @@
1 
+---
2 
+title: システムへの接続方法
3 
+media_order: 'login_flow_2022.png,system_2022_en.png,login_flow_2022_en.png,system_2022_1.png,system_2022.png'
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## システム構成{#system_configuration}
17 
+
18 
+京大スパコンシステムは、5種のシステムとストレージにより構成されます.
19 
+詳細は[情報環境機構HP](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/supercomputer/)をご覧ください。
20 
+
21 
+![system_2022](system_2022.png?lightbox=100%&resize=600)
22 
+
23 
+## ログインまでの流れ{#flow}
24 
+
25 
+スーパーコンピュータへのログインは、SSH (Secure SHell) の鍵認証に限定しています。
26 
+鍵ペアを作成し、 [利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)から公開鍵の登録が完了するとログインできます。
27 
+<u>**パスワードでのログインはできません**</u>ので、必ず最初に公開鍵の登録が必要です。
28 
+
29 
+ログインまでの流れは下図のようになります。具体的な手順は、 [システムへの接続方法](/login/login)をご覧ください。
30 
+
31 
+![](login_flow_2022.png)
32 
+
33 
+### ホスト名(FQDN){#fqdn}
34 
+
35 
+システムごとのホスト名は以下の通りです。利用承認書に記載のログイン名 (利用者番号) と[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)で登録した公開鍵に対応する秘密鍵を使用して接続してください。
36 
+
37 
+| システム名 | ホスト名 | 備考 |
38 
+| --- | --- | --- |
39 
+| ファイル転送サーバ | hpcfs.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のサーバで構成。時間制限のないSFTP、RSYNC専用のサーバ。 |
40 
+| システムB/クラウド | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
41 
+| システムC | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
42 
+| システムG | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで構成。 |
43 
+<!--
44 
+| A | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 2台のログインノードで構成。 |
45 
+| B | laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 3台のログインノードで構成。 |
46 
+| C | cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp | laurelのログインノードに、Cinnamonの環境をロードした状態で接続します。 |
47 
+| G | gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp | 4台のログインノードで構成。 |
48 
+-->
49 
+
50 
+####  fingerprint
51 
+
52 
+システムごとのfingerprintは以下の通りです。システムに初めてSSH接続する際に表示されるfingerprintの確認にお使いください。
53 
+
54 
+ | システム名     | 方式 | fingerprint |
55 
+ | ------------ | ------- | ----------------------------- |
56 
+ | システムB/システムC/クラウド | RSA | **SHA256:** c3KPtVlPbgGW+jFM8VdGd4yob4HX/VPH7nR26JHS13M |
57 
+ |   ''                  | ED25519 | **SHA256:** jt5nEfylQ+SjG5PUZtKqP1DXk56p+7ugwF8GHx8Nr/Q |
58 
+ |   ''                 | ECDSA | **SHA256:** yJN7gkHzsrlRBwvYsTCiQkXnzEkdZmjMZLs9TO8YylU |
59 
+ | システムG | RSA | **SHA256:** 7GWj0iRCCMpswAWWyIZC+FMX3xlQVRyFiP9hIUYl3rU |
60 
+ |   '' | ED25519 | **SHA256:** 8uh/6B14HEz77F1yAq95CyQHLqKqr4DG2Xys7eQr0qk |
61 
+ |   '' | ECDSA | **SHA256:** PJX5f4jPqjTM4Awpod8fedTEXknIBamdexYK3fAzl6U |
62 
+ | ファイル転送サーバ | RSA | **SHA256:** /ZeTSRgrxAo4Et1E9NouKs8xyhc/KAjgRpqaEgf37sM |
63 
+ |   ''               | ED25519 | **SHA256:** v0ABGIXX735Ak2By6zq1IuwPAPwLmJC8IwEhzAlm7ds |
64 
+ |   ''               | ECDSA | **SHA256:** RtD7xSYrSL/F6KZpZcjluDFlQ37CIVD6ij2GhEYOaO0 |
65 
+
66 
+## ログイン手順{#login}
67 
+
68 
+GUIを必要としない場合、[SSHクライアント](/login/login)を使用してログインします。<br>
69 
+[MobaXterm](/login/mobaxterm)でログインすることも可能です。
70 
+
71 
+## X (GUI) を利用する場合のログイン手順{#using_gui}
72 
+[FastX](/login/fastx)や、[NiceDCV](/login/nicedcv)、[MobaXterm](/login/mobaxterm)(Windowsのみ)を
73 
+ご利用いただけます。
74 
+
75 
+
76 
+## ファイル転送の手順{#transfer}
77 
+
78 
+スーパーコンピュータとのファイル転送は、SSHの機能でファイル転送を行うscpまたはsftpを利用します。SCPは安全なコピー（Secure CoPy）、SFTPは安全なFTP（Secure FTP）です。ファイル転送を行う場合にも、 利用者ポータル で登録した公開鍵に対応する秘密鍵を使用して接続する必要があります。
79 
+
80 
+SSHクライアントを使用してファイル転送を行う手順は[SSHによるファイル転送](/login/transfer)をご覧ください。
81 
+
82 
+## ログインノードの一部障害時のログイン方法{#failure}
83 
+
84 
+スーパーコンピュータのログインノードは、システムB、C、クラウド共通で3台、システムGで2台あり、負荷分散のためにDNSラウンドロビンで運用しています。その内の一部のノードで障害が発生するとDNSラウンドロビンでのログインに失敗することがありますので、次の手順で個別のホスト名を指定してログインしてください。
85 
+
86 
+| システム名         | ホスト名                         |
87 
+| ------------------ | ------------------------------   |
88 
+| システムB/クラウド | `laurel31.kudpc.kyoto-u.ac.jp`   |
89 
+| ''                 | `laurel32.kudpc.kyoto-u.ac.jp`   |
90 
+| ''                 | `laurel33.kudpc.kyoto-u.ac.jp`   |
91 
+| システムC          | `cinnamon32.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
92 
+| ''                 | `cinnamon32.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
93 
+| ''                 | `cinnamon33.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
94 
+| システムG          | `gardenia11.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
95 
+| ''                 | `gardenia12.kudpc.kyoto-u.ac.jp` |
96 
+
97 
+
98 
+<!--
99 
+### 障害情報の通知{#announce}
100 
+障害等の情報は、[障害情報ページ](https://kudpc.viewer.kintoneapp.com/public/hpc-problems)でお知らせしています。一部のログインノードに障害が発生した場合、利用いただけないノードのホスト名をお知らせしますので、それ以外のホスト名を指定してログインしてください。なお、障害の発生の時間帯等によっては、お知らせまでに時間を要する場合がありますので、予めご承知おきください。
101 
+-->
102 
+
103 
+## 強力なパスワード・パスフレーズの作成について{#password}
104 
+
105 
+スーパーコンピュータシステムの利用にあたり、利用者ポータルのパスワード、および鍵認証における秘密鍵のパスフレーズを利用者自身で厳重に管理していただく必要があります。また、パスワード・パスフレーズの作成にあたっては、アカウント情報等から第三者が容易に推察できないような文字列を設定してください。
106 
+
107 
+安全性の高い、強力なパスワード・パスフレーズを作成するためのヒントとして、以下のサイトをご参考ください。
108 
+
109 
+
110 
+* [強力なパスワードを作成および使用する](https://www.microsoft.com/ja-jp/safety/terms/password_whatis.aspx) (Microsoft)
111 
+* [パスワードチェッカー](https://www.microsoft.com/ja-jp/store/p/%E3%83%91%E3%82%B9%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%83%89%E3%83%A1%E3%83%BC%E3%82%AB%E3%83%BC-%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AB%E3%83%BC/9p60xr97tj5k) (Microsoft)
112 
+* [Macで安全なパスワードを作成するためのヒント](https://support.apple.com/ja-jp/guide/mac-help/mchlp1088/mac) (Apple)
user/pages/03.login/login_flow_2022.png
History View file @452be89
0 113 
new file mode 100644
1 114 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/login_flow_2022.png differ
user/pages/03.login/login_flow_2022_en.png
History View file @452be89
2 115 
new file mode 100644
3 116 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/login_flow_2022_en.png differ
user/pages/03.login/system_2022.png
History View file @452be89
4 117 
new file mode 100644
5 118 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/system_2022.png differ
user/pages/03.login/system_2022_1.png
History View file @452be89
6 119 
new file mode 100644
7 120 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/system_2022_1.png differ
user/pages/03.login/system_2022_en.png
History View file @452be89
8 121 
new file mode 100644
9 122 
Binary files /dev/null and b/user/pages/03.login/system_2022_en.png differ
user/pages/04.migration/docs.en.md
History View file @452be89
10 123 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,210 @@
1 
+---
2 
+title: 'For Users of the Previous System'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+---
7 
+
8 
+This information is for users to migrate the previous system to the new system replaced in fiscal 2016.
9 
+
10 
+[toc]
11 
+
12 
+## Host Name and How to Log In{#login}
13 
+
14 
+There are no changes from the previous system in the host name (round robin) and how to log in. If you want to log in to the login node directly without going through the round robin, please refer to [how to connect to the system](/login#fqdn-1)  because the specific host name has been changed ( IP address is not changed).
15 
+
16 
+### If you encountered an error when login{#login_error}
17 
+
18 
+If you use the Portforwarder or PuTTY terminal and cannot connect to the supercomputer with the following message, you must delete the known_hosts information.
19 
+
20 
+```nohighlight
21 
+@@@  WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!   @@@
22 
+IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
23 
+Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
24 
+It is also possible that a host key has just been changed.
25 
+The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
26 
+c0:30:d6:93:b2:d8:06:4a:6f:9c:d5:00:cc:c5:69:58.
27 
+Please contact your system administrator.
28 
+Add correct host key in /home/xxx/.ssh/known_hosts to get rid of this
29 
+message.
30 
+Offending RSA key in /home/xxx/.ssh/known_hosts:3
31 
+RSA host key for laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp has changed and you have
32 
+requested strict checking.
33 
+Host key verification failed.
34 
+```
35 
+
36 
+Please delete the known_host information with the following instruction.
37 
+
38 
+
39 
+#### Windows
40 
+
41 
+** if you use Portforwarder **
42 
+
43 
+The known_hosts file exists in the directory the Portforwarder has been installed.
44 
+All you have to do is to delete the known_hosts file.
45 
+
46 
+** if you use PuTTY **
47 
+
48 
+The known_hosts information is in the registry.
49 
+You can delete the  known_hosts information by the accessory tool of PuTTY.
50 
+
51 
+* Open a command prompt window, then use cd command to move to the directory PuTTY has been installed.
52 
+* Type "putty -cleanup", then the known_hosts is deleted.
53 
+
54 
+
55 
+
56 
+#### Mac
57 
+
58 
+You can delete the known_hosts information with one of the following methods.
59 
+
60 
+ * ssh-keygen command: type the following commands on the terminal
61 
+
62 
+    ````nohighlight
63 
+        ssh-keygen -R camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
64 
+        ssh-keygen -R laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
65 
+    ````
66 
+
67 
+* edit known_hosts file
68 
+
69 
+    Open /Users/(user name)/.ssh/known_hosts by an editor app,  then delete the content.
70 
+
71 
+#### Linux
72 
+
73 
+You can delete the known_hosts information with one of the following methods.
74 
+
75 
+* ssh-keygen command: type the following commands one the terminal
76 
+
77 
+    ````nohighlight
78 
+        ssh-keygen -R camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
79 
+        ssh-keygen -R laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
80 
+    ````
81 
+
82 
+* edit known_hosts file
83 
+
84 
+    Open the known_hosts file by an editor app.  Usually the file exists on /home/(user name)/.ssh directory.  Then, delete the content.
85 
+
86 
+## Logging In With Exceed onDemand{#eod}
87 
+
88 
+When logging in to the system with Exceed onDemand, port number of port forwarding has been changed.
89 
+
90 
+For how to log in with Exceed onDemand, see [Logging In With Exceed onDemand](/login/eod)
91 
+
92 
+System|Previous port number|New port number
93 
+-|-|-
94 
+A|5500|5501
95 
+B,C|5500|5500 (Not changed)
96 
+Private Cluster|5500|5509
97 
+
98 
+
99 
+
100 
+## Data migration {#mv_data}
101 
+
102 
+
103 
+User data that had been saved in the previous system was migrated automatically and the absolute path was not changed.
104 
+
105 
+
106 
+In accordance with the system replacement, the capacity of the home directory and the large volume disk (LARGE) of the system E is increased.
107 
+
108 
+
109 
+Directory|Capacity of the previous system|Capacity of new system
110 
+---------|----------------|---------------
111 
+Home directory    |30GB            |100GB
112 
+Large volume disk(Personal Course)   |1TB|2TB
113 
+
114 
+The capacity of the large volume disk follows the following formula.
115 
+
116 
+**System A,B**
117 
+
118 
+Type      |Capacity of the previous system|Capacity of new system
119 
+----------|------------------|----------------
120 
+Third priority|1.2TB x  contract number of nodes|3.6TB x  contract number of nodes
121 
+Second priority  |2.0TB x  contract number of nodes|6.0TB x  contract number of nodes
122 
+Top priority  |2.0TB x  contract number of nodes|6.0TB x  contract number of nodes
123 
+
124 
+**System C**
125 
+
126 
+Type      |Capacity of the previous system|Capacity of new system
127 
+----------|------------------|----------------
128 
+Third priority|1.2TB x  contract number of nodes|14.4TB x  contract number of nodes
129 
+Second priority  |2.0TB x  contract number of nodes|24TB x  contract number of nodes
130 
+
131 
+For the configuration of the file system of the new system, see [Using File System](/filesystem).
132 
+
133 
+
134 
+## Process Limit of Login Nodes{#process_limit}
135 
+
136 
+The limit of CPU time and memory amount in the login nodes are extended to reduce a possibility of unintentional abortion of file transaction, etc.
137 
+
138 
+
139 
+System  | CPU Time(normal) | CPU Time(maximum) | Memory(normal)
140 
+-------- | ------------- | ------------- | -------------
141 
+Previous system | 1 hour        | 20 hours       | 2GB
142 
+New system | 4 hour        | 24 hours        | 4GB
143 
+
144 
+## System Compatibility{#compatibility_incompatibility}
145 
+
146 
+
147 
+<!-- in preparation
148 
+### Application Software{#application}
149 
+The new system has made the following changes to the application software.
150 
+
151 
+
152 
+#### **Newly provided application software**
153 
+
154 
+
155 
+* [Allinea MAP/DDT](/compilers/allinea-map-ddt)
156 
+-->
157 
+
158 
+### Compilers and Libraries{#compiler}
159 
+
160 
+* The compiler continue to provide Cray, Intel, PGI and GNU.
161 
+
162 
+* In the new system, ACML library is not available.
163 
+
164 
+* Since the new system does not support GPU, GPU-related CUDA C, CUDA Fortran and OpenACC are not available.
165 
+
166 
+
167 
+
168 
+### Batch Job Scheduler{#lsf}
169 
+
170 
+#### Comparisons of Job Script Options
171 
+
172 
+Purpose| LSF | PBS
173 
+:--------------:|:-------------:|:-------------:
174 
+Specify the queue for submitting a job.|-q _QUEUENAME_ |Not changed　
175 
+Specify the execution group. | -ug _GROUPNAME_ | Not changed
176 
+Specify running elapse time for batch-requests | -W _HOUR_ : _MIN_ | Not changed
177 
+\* Establish per-request Vnodes limits <br>\* Establish per-vnode thread limit <br>\* Establish per-vnode CPUS limit  <br>\* Establish per-vnode/per-cpu normal_page memory limits |-A p=_X_:t=_X_:c=_X_:m=_X_ | Not changed
178 
+ Direct stdout output to the stated destination  | -o _FILENAME_ | Not changed
179 
+ Direct stderr output to the stdout destination| -e _FILENAME_| Not changed
180 
+Merge stderr output and stdout output |-o | **-j oe(output to STDOUT) / eo(output to STDERR)**
181 
+Send mail |-B/-N| **-m a(in job abortion) / b(in beginning job) / e(in ending job)**
182 
+Send mail for the batch request to the stated user |-u _MAILADDR_|**-M** _MAILADDR_
183 
+ Declare that batch request is not re-runnable |-rn | **-r n (A space character is needed between r and n.)**
184 
+
185 
+
186 
+
187 
+#### Comparisons of Job Commands
188 
+
189 
+Purpose| LSF | PBS
190 
+:-----------------------:|:-----------------------------:|:-----------------------------:
191 
+Check available queues  | qstat|**qstat -q**
192 
+Submit a job | qsub |Not changed
193 
+Check job status  |qjobs | **qstat**
194 
+Cancel a submitted job  | qkill| **qdel**
195 
+View a user’s own Job |qs | Not changed
196 
+
197 
+
198 
+#### Comparisons of Environment Variables
199 
+
200 
+Purpose | LSF| PBS
201 
+:--------------------------:|:------------------------------------------:|:--------------------------------------:
202 
+Job request identifier  | LSB_JOBID |**QSUB_JOBID**
203 
+Batch queue name | LSB_QUEUE | **QSUB_QUEUE**
204 
+Current directory of job submission | LSB_SUBCWD |**QSUB_WORKDIR**
205 
+Number of assigned processes when submitting a job|LSB_PROCS| **QSUB_PROCS**
206 
+Number of threads per assigned process when submitting a job | LSB_THREADS| **QSUB_THREADS**
207 
+Number of CPUs per assigned process when submitting a job | LSB_CPUS | **QSUB_CPUS**
208 
+Memory limit per assigned process  |LSB_MEMORY | **QSUB_MEMORY**
209 
+Number of processes per node when executing jobs | LSB_PPN | **QSUB_PPN**
210 
+
user/pages/04.migration/docs.ja.md
History View file @452be89
0 211 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,239 @@
1 
+---
2 
+title: 前システムからの移行
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+2022年度に更新されたシステムへ、それ以前のシステムから移行する方向けの情報です。
17 
+
18 
+## ホスト名、ログイン方法{#login}
19 
+
20 
+ホスト名（ラウンドロビン）およびログイン方法は、前システムから変更はありません。
21 
+なお、ログインノードへラウンドロビンを経由せず直接ログインする場合は、個別のホスト名が変更となっておりますので[システムへの接続方法](/login)を参照してください。
22 
+
23 
+### ログイン時にエラーで入れない場合{#login_error}
24 
+下記のようなメッセージが出て接続できない場合は、known_hosts情報を削除する必要があります。
25 
+
26 
+```nohighlight
27 
+@@@  WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!   @@@
28 
+IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
29 
+Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
30 
+It is also possible that a host key has just been changed.
31 
+The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
32 
+c0:30:d6:93:b2:d8:06:4a:6f:9c:d5:00:cc:c5:69:58.
33 
+Please contact your system administrator.
34 
+Add correct host key in /home/xxx/.ssh/known_hosts to get rid of this
35 
+message.
36 
+Offending RSA key in /home/xxx/.ssh/known_hosts:3
37 
+RSA host key for laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp has changed and you have
38 
+requested strict checking.
39 
+Host key verification failed.
40 
+```
41 
+
42 
+known_host情報の削除は下記のいずれかの手順で行います。
43 
+#### ターミナル{#terminal}
44 
+* ssh-keygenコマンドを使う<br>
45 
+(例) laurel の known_hosts を削除する
46 
+```nohighlight
47 
+$ ssh-keygen -R laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
48 
+```
49 
+* known_hostファイルを直接編集する
50 
+1. エディタなどで`%homepath%\.ssh\known_hosts`(Windows)、`/Users/(ユーザ名)/.ssh/known_hosts`(Mac、Linux)ファイルを開きます
51 
+2. 中身を消去して保存します
52 
+
53 
+#### MobaXterm{#mobaxterm}
54 
+1. MobaXtermを終了します。
55 
+2. エディタなどで`%appdata%\MobaXterm\MobaXterm.ini`を開きます
56 
+3. [SSH_Hostkeys] の該当のホストの情報を削除します。
57 
+```nohighlight
58 
+ssh-ed25519@22:laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp=0xd152edcd(以下略)
59 
+```
60 
+4. MobaXtermを起動します。
61 
+
62 
+## $HOME/.bashrcの初期化方法{#bashrc}
63 
+前システムからモジュールの構成やアプリケーションの配置場所、環境変数などが変更となっています。前システムで.bashrcをカスタマイズしてご利用いただいていた方は、必要に応じて.bashrcの修正をお願いします。<br>
64 
+また、以下のように /etc/skel/.bashrc を ホームディレクトリにコピーすることで、.bashrcを初期化することができます。<br>
65 
+なお、ログインができない状態の場合は、[お問合せフォーム](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult)よりその旨お知らせいただけましたら、管理者権限でシェルの設定ファイルを初期化いたします。
66 
+* ホームディレクトリに/etc/skel/.bashrcをコピーする場合
67 
+```nohighlight
68 
+$ cp /etc/skel/.bashrc $HOME
69 
+```
70 
+
71 
+## $HOME/.sshディレクトリについて{#ssh}
72 
+現システムより、SSHの公開鍵を利用者ポータルで一括して管理する運用に変更しました。これに伴い、ホームディレクトリ（$HOME）の.sshディレクトリは$HOME/DOTFILES_20221108/ 以下に移動しました。不要であれば削除してください。
73 
+
74 
+## データ移行{#mv_data}
75 
+
76 
+前システムに保存されていたユーザーデータは、全て自動で移行されています。
77 
+
78 
+<!--
79 
+ホームディレクトリの容量は100GBです。パーソナル/グループ/専用クラスタの容量は、2022年度は前システムの容量を継承します。2023年度以降は大型計算機システム利用負担金規程の通りです。
80 
+
81 
+ディレクトリ|前システムの容量|新システムの容量
82 
+---------|----------------|---------------
83 
+ホームディレクトリ    |100GB            |100GB
84 
+大容量ストレージ(パーソナルコース)   |3TB|8TB
85 
+
86 
+グループコースの大容量ストレージの容量は、以下の計算式に従います。
87 
+
88 
+**システムA,B**
89 
+
90 
+タイプ     |前システムの容量   |新システムの容量
91 
+----------|------------------|----------------
92 
+準々優先 | - | 6.4TB x 契約ノード数
93 
+準優先  　|3.6TB x 契約ノード数|9.6TB x 契約ノード数
94 
+優先　    |6.0TB x 契約ノード数|16.0TB x 契約ノード数
95 
+占有　    |6.0TB x 契約ノード数|16.0TB x 契約ノード数
96 
+
97 
+**システムC**
98 
+
99 
+タイプ     |前システムの容量   |新システムの容量
100 
+----------|------------------|----------------
101 
+準々優先 | - | 6.4 x 契約ノード数
102 
+優先　    |24TB x 契約ノード数|16TB x 契約ノード数
103 
+
104 
+**システムG**
105 
+
106 
+タイプ     |前システムの容量   |新システムの容量
107 
+----------|------------------|----------------
108 
+準々優先 | - | 6.4 x 契約ノード数
109 
+優先　    | - |16TB x 契約ノード数
110 
+-->
111 
+### 大容量ストレージ（LARGE）について{#large}
112 
+/LARGE2は/LARGE0に、/LARGE3は/LARGE1に集約されました。/LARGE2は/LARGE0へ、/LARGE3は/LARGE1へリンクを貼り、従来のパスでアクセスできるように設定しますが、将来的に設定は削除しますので、パスの更新を行ってください。
113 
+
114 
+また、大容量ストレージのquota管理がGroup QuotaからProject Quotaに変更になりました。
115 
+これに伴い、容量管理はファイルが所属するグループではなく、大容量ストレージの
116 
+グループのパス単位で行われます。
117 
+
118 
+新システムのファイルシステム構成の詳細については、 [ファイルシステムの利用](/filesystem) をご覧ください。
119 
+
120 
+## ログインノードのプロセスリミット{#process_limit}
121 
+
122 
+PCへのファイル転送中の中断などが起きにくいよう配慮し、各システムのログインノードのCPU時間とメモリ量を拡張しています。
123 
+
124 
+システム  | CPU時間(標準) | CPU時間(最大) | メモリ量(標準)
125 
+-------- | ------------- | ------------- | -------------
126 
+前システム | 4時間        | 24時間        | 8GB
127 
+新システム | 4時間 | 24時間 | 16GB
128 
+
129 
+## 変更点{#compatibility_incompatibility}
130 
+
131 
+### OS
132 
+OSがCLE/RHEL 7からRHEL 8に変更になります。
133 
+
134 
+### コンパイラ・ライブラリ{#compiler}
135 
+
136 
+コンパイラは、Intel、NVIDIA HPC SDK、GNUを提供します。Crayコンパイラは提供されなくなります。
137 
+
138 
+### バッチジョブスケジューラ{#lsf}
139 
+
140 
+ジョブスケジューラがPBSからSlurmに変更になります。
141 
+
142 
+#### ジョブスクリプトのオプション比較
143 
+
144 
+動作| PBS | Slurm
145 
+:--------------:|:-------------:|:-------------:
146 
+ ジョブを投入するキューを指定する|-q _QUEUENAME_ | -p _QUEUENAME_
147 
+ジョブの実行グループを指定する | -ug _GROUPNAME_ | 不要になりました
148 
+ 経過時間上限値を指定する | -W _HOUR_ : _MIN_ | -t _HOUR_:_MIN_
149 
+・ プロセス数を指定する <br>・ プロセスあたりスレッド数を指定する<br>・ プロセスあたりCPUコア数を指定する<br>・ プロセスあたりメモリサイズを指定する |-A p=_X_:t=_X_:c=_X_:m=_X_ | --rsc p=_X_:t=_X_:c=_X_:m=_X_
150 
+ 標準出力ファイル名を指定する | -o _FILENAME_ | 変更なし
151 
+ 標準エラー出力ファイル名を指定する| -e _FILENAME_| 変更なし
152 
+標準出力・エラー出力をまとめる | -j oe(標準出力に出力) / eo(標準エラーに出力) | 変更なし　
153 
+メール送信|-m a(ジョブ中断時) / b(開始時) / e(終了時) | --mail-type=BEGIN(開始時)/END(終了時)/FAIL(ジョブ中断時)/REQUEUE(再実行時)/ALL(全て)
154 
+メールアドレスを指定する|-M _MAILADDR_ | --mail-user=_MAILADDR_
155 
+ 障害発生時のジョブ再実行の禁止を指定 | -r n | --no-requeue
156 
+
157 
+
158 
+
159 
+#### ジョブ関連コマンド比較
160 
+
161 
+動作| PBS | Slurm
162 
+:-----------------------:|:-----------------------------:|:-----------------------------:
163 
+ジョブを投入できるキューを確認する | qstat -q | spartition
164 
+ジョブをキューに投入する| qsub | sbatch
165 
+ジョブの状態を確認する |qstat | squeue
166 
+投入したジョブをキャンセルする | qdel | scancel
167 
+ジョブの詳細情報を確認する|qs | sacct -l
168 
+
169 
+
170 
+
171 
+
172 
+#### 環境変数比較
173 
+
174 
+内容 | PBS | Slurm
175 
+:--------------------------:|:------------------------------------------:|:--------------------------------------:
176 
+ ジョブID | QSUB_JOBID | SLURM_JOBID
177 
+ ジョブを投入したキューの名称| QSUB_QUEUE | SLURM_JOB_PARTITION
178 
+ ジョブを投入したカレントディレクトリ| QSUB_WORKDIR | SLURM_SUBMIT_DIR
179 
+ ジョブ実行時の割当プロセス数|QSUB_PROCS | SLURM_DPC_NPROCS
180 
+ ジョブ実行時のプロセスあたりの割当スレッド数| QSUB_THREADS | SLURM_DPC_THREADS
181 
+ ジョブ実行時のプロセスあたりの割当CPUコア数| QSUB_CPUS | SLURM_DPC_CPUS
182 
+ ジョブ実行時のプロセスあたりの割当メモリ量上限値 |QSUB_MEMORY|ー
183 
+ ジョブ実行時のノード当たり配置プロセス数 | QSUB_PPN | ー
184 
+
185 
+## ジョブスクリプト変換{#pbs2slurm}
186 
+**pbs2slurm** コマンドを利用することで、PBSの環境で使用していたジョブスクリプトのコマンドやオプションをSlurm向けに変換することができます。
187 
+
188 
+#### 書式
189 
+```nohighlight
190 
+pbs2slurm input_script [output_script]
191 
+```
192 
+
193 
+#### 実行例
194 
+```nohighlight
195 
+[b59999@camphor1 script]$ cat pbs.sh
196 
+#!/bin/bash
197 
+#======Option========
198 
+#QSUB -q gr19999b
199 
+#QSUB -A p=1:t=1:c=1:m=1G
200 
+#QSUB -W 12:00
201 
+#QSUB -r n
202 
+#QSUB -M kyodai.taro.1a@kyoto-u.ac.jp
203 
+#QSUB -m be
204 
+#====Shell Script====
205 
+mpiexec.hydra ./a.out
206 
+
207 
+[b59999@camphor1 script]$ pbs2slurm pbs.sh slurm.sh
208 
+
209 
+[b59999@camphor1 script]$ cat slurm.sh
210 
+#!/bin/bash
211 
+#======Option========
212 
+#SBATCH -p gr19999b
213 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1:m=1G
214 
+#SBATCH -t 12:00
215 
+#SBATCH --no-requeue
216 
+#SBATCH --mail-user=kyodai.taro.1a@kyoto-u.ac.jp
217 
+#SBATCH --mail-type=BEGIN,END
218 
+#====Shell Script====
219 
+srun ./a.out
220 
+```
221 
+
222 
+#### 変換に対応するオプション
223 
+pbs2slurmコマンドでは、以下のオプションの変換に対応しています。
224 
+以下に含まれていないオプションについては、個別に修正をお願いします。
225 
+
226 
+| 変換前 | 変換後 | 内容   |
227 
+|------- | ------ | -------|
228 
+|#QSUB -q | #SBATCH -p | キューの指定 |
229 
+|#QSUB -A | #SBATCH --rsc | リソースの指定|
230 
+|#QSUB -W | #SBATCH -t | 経過時間の指定|
231 
+|#QSUB -N | #SBATCH -J | ジョブ名の指定|
232 
+|#QSUB -o | #SBATCH -o | 標準出力の書き出し先の指定|
233 
+|#QSUB -e | #SBATCH -e | 標準エラー出力の書き出し先の指定|
234 
+|#QSUB -m | #SBATCH --mail-type | メールの送信タイミングの指定|
235 
+|#QSUB -M | #SBATCH --mail-user | メールの送信先の指定|
236 
+|#QSUB -r n | #SBATCH --no-requeue | ジョブの再実行禁止|
237 
+|#QSUB -J | #SBATCH -a | アレイジョブの指定|
238 
+|mpiexec | srun | MPIの実行(オプションがある場合は手動で削除が必要です)|
239 
+|mpiexec.hydra | srun | MPIの実行(オプションがある場合は手動で削除が必要です)|
user/pages/05.config/01.modules/docs.ja.md
History View file @452be89
0 240 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,216 @@
1 
+---
2 
+title: 環境設定ツール (modules)
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## 概要{#overview}
18 
+
19 
+Modulesソフトウェアパッケージは、コンパイラ・ライブラリ・アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。
20 
+異なるバージョンのコンパイラ・ライブラリ・アプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。
21 
+
22 
+## 利用方法{#usage}
23 
+
24 
+
25 
+### moduleコマンドの基本操作{#basic}
26 
+| コマンド                         | 説明                                 |
27 
+|---                               |---                                   |
28 
+| module list                      | ロード済みmoduleファイルの一覧表示   |
29 
+| module avail                     | 使用できる全moduleファイルの一覧表示 |
30 
+| module show [module_file_name]   | moduleファイルの設定内容の表示       |
31 
+| module load [module_file_name]   | moduleファイルのロード               |
32 
+| module unload [module_file_name] | moduleファイルのアンロード           |
33 
+| module switch [module_file_name1] [module_file_name2] |moduleファイルの切り替え（module_file_name1→module_file_name2） |
34 
+
35 
+### モジュールファイルの依存関係を無視した強制変更
36 
+
37 
+モジュールファイル間の依存関係により module load / unload / switch のエラーが発生する場合があります。
38 
+依存関係に異常が生じる可能性をご理解の上であれば、-f オプションを使うことで、強制的にモジュールファイルのロードやスイッチをすることができます。
39 
+
40 
+```bash
41 
+## ログイン直後の状態
42 
+$ module list
43 
+Currently Loaded Modulefiles:
44 
+ 1) slurm/2022   2) SysB/2022   3) intel/2022.3(default)   4) intelmpi/2022.3(default)   5) PrgEnvIntel/2022(default)
45 
+
46 
+## intelコンパイラを 2018.4 に切り替えようとしてもエラーになる
47 
+$ module switch intel/2018.4
48 
+Unloading intel/2022.3
49 
+  ERROR: intel/2022.3 cannot be unloaded due to a prereq.
50 
+    HINT: Might try "module unload PrgEnvIntel/2022" first.
51 
+
52 
+Switching from intel/2022.3 to intel/2018.4
53 
+  ERROR: Unload of switched-off intel/2022.3 failed
54 
+
55 
+
56 
+## -f オプションを使用した強制的な切り替え
57 
+$ module switch intel/2018.4 -f
58 
+Unloading intel/2022.3
59 
+  WARNING: Dependent 'PrgEnvIntel/2022' is loaded
60 
+
61 
+## 変更後の状況
62 
+$ module list
63 
+Currently Loaded Modulefiles:
64 
+ 1) slurm/2022   2) SysB/2022   3) intelmpi/2022.3(default)   4) PrgEnvIntel/2022(default)   5) intel/2018.4
65 
+
66 
+```
67 
+
68 
+
69 
+### コンパイラ・ライブラリの利用方法{#compiler}
70 
+
71 
+#### ロードされているmoduleファイルの確認
72 
+
73 
+各プログラミング環境利用のための包括的なModulesファイルセットとして、以下の3種を用意しています。
74 
+これらのモジュールファイルにより、コンパイラの環境とMPIの環境の初期設定が行われます。
75 
+
76 
+-  Intelプログラミング環境 (システムA/B/C/D/Eの標準環境) : PrgEnvIntel
77 
+-  NVIDIA HPC SDKプログラミング環境 (システムGの標準環境) : PrgEnvNvidia
78 
+-  GNUプログラミング環境 : PrgEnvGCC
79 
+
80 
+現在のモジュール環境を確認するには `module list` コマンドを使用してください。
81 
+
82 
+```bash
83 
+$ module list
84 
+Currently Loaded Modulefiles:
85 
+  1) XXX
86 
+```
87 
+
88 
+#### プログラミング環境の切り替え
89 
+
90 
+ログイン時はシステムのメインコンパイラ環境になっています。
91 
+以下にプログラミング環境を切り替える例を記載しています。
92 
+
93 
+**例　Intel環境からNVIDIA環境に切り替える場合**
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+$ module switch PrgEnvIntel PrgEnvNvidia
97 
+```
98 
+
99 
+#### コンパイラバージョンの切り替え方法
100 
+
101 
+複数バージョンが利用可能な場合、利用するコンパイラバージョンを切り替えることができます。
102 
+以下にintelコンパイラの場合の操作方法を例示しています。
103 
+
104 
+**例 用意されているプログラミング環境を切り替える場合**
105 
+
106 
+```nohighlight
107 
+$ module switch PrgEnvIntel/2022 PrgEnvIntel/2018
108 
+```
109 
+
110 
+**例 Intelコンパイラの別バージョンを追加でロードする場合(後からロードしたほうが優先されます)**
111 
+```nohighlight
112 
+$ module load intel/Y.Y
113 
+```
114 
+
115 
+**例 Intelコンパイラのバージョンを個別に切り替える場合(-fが必要)**
116 
+```nohighlight
117 
+$ module switch intel/X.X intel/Y.Y -f
118 
+```
119 
+
120 
+現在ロードしているバージョンの記述(上記例のintel/X.X)は省略することもできます。
121 
+
122 
+```nohighlight
123 
+$ module switch intel/Y.Y -f
124 
+```
125 
+
126 
+### アプリケーションの利用方法{#application}
127 
+
128 
+**MATLABを利用する場合の例**
129 
+
130 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
131 
+
132 
+```nohighlight
133 
+$ module load matlab/R2020b
134 
+```
135 
+
136 
+MATLABの起動コマンドを実行することができるようになります。
137 
+
138 
+```nohighlight
139 
+$ matlab
140 
+```
141 
+
142 
+**MALABのバージョンを切り替える場合（R2020b→R2021a）**
143 
+
144 
+moduleコマンドを実行し、環境設定の変更を行います。
145 
+
146 
+```nohighlight
147 
+$ module unload matlab/R2020b
148 
+$ module load matlab/R2021a
149 
+または
150 
+$ module switch matlab/R2021a
151 
+```
152 
+
153 
+他のアプリケーションでの使い方は、[利用可能なソフトウェア](/software)のページをご確認ください。
154 
+
155 
+## moduleファイルの作成と追加{#add_module}
156 
+
157 
+moduleファイルをユーザ自身で作成し、利用することができます。
158 
+作成方法については、 [man page](http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html) をご覧ください。
159 
+作成したmoduleファイルを利用するためには、module use コマンドにmoduleファイルを格納したディレクトリを指定し、パスを追加してください。
160 
+一度追加したパスを削除したい場合は、module unuseコマンドを実行してください。
161 
+moduleファイルのパスは環境変数MODULEPATHで確認できます。
162 
+
163 
+**例 moduleファイルパスの確認**
164 
+
165 
+```nohighlight
166 
+## 作成したmoduleファイルを利用できるようにする(x12345ユーザの場合)
167 
+$ module use /home/x/x12345/mymodule
168 
+
169 
+## moduleファイルのパスを確認する
170 
+$ echo $MODULEPATH
171 
+/home/x/x12345/mymodule:/opt/app/modulefiles/common:
172 
+/opt/system/app/env/intel/isv:
173 
+/opt/system/app/env/intel/oss:
174 
+
175 
+## 追加したパスを削除する
176 
+$ module unuse /home/x/x12345/mymodule
177 
+
178 
+## 作成したmoduleファイルを、元のパスより優先度を低くして利用できるようにする
179 
+$ module use -a /home/x/x12345/mymodule
180 
+
181 
+## moduleファイルのパスを確認する
182 
+$ echo $MODULEPATH
183 
+/opt/app/modulefiles/common:/opt/system/app/env/intel/isv:
184 
+/opt/system/app/env/intel/oss:
185 
+/home/x/x12345/mymodule:
186 
+```
187 
+
188 
+**例 moduleファイルの追加と利用**
189 
+
190 
+```nohighlight
191 
+## 作成したmoduleファイルを確認する
192 
+$ ls -F /home/x/x12345/mymodule
193 
+ruby/
194 
+$ ls -F /home/x/x12345/mymodule/ruby
195 
+1.8.7  1.9.3  2.1.2
196 
+
197 
+## 作成したmoduleファイルを利用できるようにする
198 
+$ module use /home/x/x12345/mymodule
199 
+
200 
+## 作成したmoduleファイルが表示されることを確認する
201 
+$ module avail
202 
+--------------------------- /home/x/x12345/mymodule/ ---------------------------
203 
+ruby/1.8.7 ruby/1.9.3 ruby/2.1.2
204 
+------------------------- /opt/system/app/intel/ --------------------------
205 
+PrgEnvIntel/2022          intel/2022.3
206 
+（略）
207 
+
208 
+## 作成したmoduleファイルをロードする
209 
+$ module load ruby/2.1.2e
210 
+```
211 
+
212 
+## リンク{#link}
213 
+
214 
+[Welcome to the Environment Modules Project](http://modules.sourceforge.net/)
215 
+[Man page of Modulefile](http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html)
216 
+
user/pages/05.config/docs.en.md
History View file @452be89
0 217 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,198 @@
1 
+---
2 
+title: 'Setup of the login node '
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+---
7 
+
8 
+[toc]
9 
+
10 
+
11 
+## Login Shell{#login_shell}
12 
+
13 
+The default login shell is set to bash.
14 
+The basic PATH settings are automatically loaded, but to create a personalized startup file, prepare a shell such as .bashrc (for bash).
15 
+
16 
+! Please do not delete the following contents in the home .bashrc, as they are necessary for setting up the bash environment.
17 
+
18 
+```nohighlight
19 
+# Source global definitions
20 
+if [ -f /etc/bashrc ]; then
21 
+        . /etc/bashrc
22 
+fi
23 
+```
24 
+
25 
+### Change of the Login Shell{#change_shell}
26 
+You can change the login shell from the [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/).
27 
+1. Log in to the User Portal.
28 
+2. Select **Change Login Shell** from the left menu.
29 
+3. Select the login shell that you want to change from the pull-down menu and press **SUBMIT**.
30 
+
31 
+### Notes on creating shell startup files{#precautions_shell}
32 
+
33 
+If you want to execute startup commands only on a particular system, you can write a conditional statement according to the result of the hostname command, as shown in the following example.
34 
+
35 
+**For .bashrc – bash**
36 
+
37 
+```nohighlight
38 
+case `hostname` in
39 
+    camphor*)
40 
+        #Processing for system A
41 
+    ;;
42 
+    laurel*)
43 
+        #Processing for System B, C and Cloud
44 
+    ;;
45 
+    gardenia*)
46 
+        #Processing for System G
47 
+    ;;
48 
+esac
49 
+```
50 
+
51 
+**For .tcshrc – tcsh**
52 
+
53 
+```nohighlight
54 
+switch(`hostname`)
55 
+    case camphor*:
56 
+        #Processing for system A
57 
+        breaksw
58 
+    case laurel*:
59 
+        #Processing for System B, C and Cloud
60 
+        breaksw
61 
+    case gardenia*:
62 
+        #Processing for System G
63 
+        breaksw
64 
+endsw
65 
+```
66 
+
67 
+## Use of software (Modules) to change the setup {#modules}
68 
+
69 
+Modules is a software that allows you to set up the necessary environment settings for using compilers, libraries, and applications on each system at once. Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
70 
+
71 
+### Default environment in FY2023 (as of 2023-04-01)
72 
+
73 
+Each login node has a different module environment that is automatically loaded at login.
74 
+The batch processing environment and the compiler environment in the following table are loaded.
75 
+
76 
+When the fiscal year changes or the system configuration changes, we review the environment and version to be loaded.
77 
+
78 
+| login node                 | System Environment      | Batch Processing Environment | Compile Environment
79 
+|----------                    | ---------------- | -------------  | ---------------
80 
+| laurel.kudpc.kyoto-u.acjp    |  SysB            | slurm          | intel,   intelmpi,   PrgEnvIntel
81 
+| cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp |  SysC            | slurm          | intel,   intelmpi,   PrgEnvIntel
82 
+| gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp |  SysG            | slurm          | nvhpc,   openmpi,    PrgEnvNvidia
83 
+
84 
+If you want to switch from the login environment to the cloud system environment, you can switch with the following command.
85 
+
86 
+```bash
87 
+$ module switch SysCL
88 
+```
89 
+
90 
+
91 
+## Notification Email from the System{#notification_mail}
92 
+
93 
+Notification emails from the system, such as Slurm error notifications, are sent to the local email addresses of system A, B, C, and E.　You can check this email with the **mutt** command, but we recommend that you create a .forward file in your home directory and forward it to your regular email address so that you can check it as soon as possible.
94 
+
95 
+#### Example of creating forward file.
96 
+
97 
+```nohighlight
98 
+## Set up to forward email to foo@example.com
99 
+$ echo "foo@example.com" > ~/.forward
100 
+```
101 
+
102 
+## Translating Messages into Japanese{#message_japanese}
103 
+
104 
+To translate command output and compiler translation messages into Japanese, set **ja_JP.UTF-8** to  the environment variable LANG as well as set the character encoding of your SSH client (e.g. PuTTY) to **UTF-8**.
105 
+
106 
+```nohighlight
107 
+## Set environment variable LANG (for bash)
108 
+$ export LANG=ja_JP.UTF-8
109 
+
110 
+## Set environment variable LANG (for tcsh)
111 
+$ setenv LANG  ja_JP.UTF-8
112 
+
113 
+## The man command is displayed in Japanese.
114 
+$ man man
115 
+
116 
+man(1)                                                                  man(1)
117 
+
118 
+Name
119 
+       man - Format and display online manual pages.
120 
+       manpath - Determine the search path for manual pages for each user.
121 
+
122 
+Format
123 
+       man  [-adfhktwW]  [-m  system]  [-p string] [-C config_file] [-M path] [-P
124 
+       pager] [-S section_list] [section] name ...
125 
+```
126 
+
127 
+<!--
128 
+## cronの設定{#cron_setting}
129 
+
130 
+定期的な処理を自動で実行させたい場合などは、cronを使用します。
131 
+
132 
+複数台で構成されているログインノードのうち、システムAではcamphor1、システムB、Cではlaurel1のみ設定が可能です。cronの設定が可能なログインノードにログインする場合は、 [システム内でsshを行うための鍵ペア作成](#key) を行っている必要があります。
133 
+
134 
+**cronの設定(システムAの場合)**
135 
+
136 
+```nohighlight
137 
+## cron設定が可能なcamphor1にログイン
138 
+$ ssh camphor1.kudpc.kyoto-u.ac.jp
139 
+
140 
+## cronの設定内容を確認する
141 
+$ crontab -l
142 
+
143 
+## cronの設定(エディタが開く)
144 
+$ crontab -e
145 
+```
146 
+-->
147 
+## Process Limits{#limit}
148 
+
149 
+Since the login node is shared by many users, CPU and memory utilization is limited.
150 
+CPU time limit can be extended with the commands described below. Please extend as necessary.
151 
+
152 
+ |  Item                          | Initial Value | Maximum Value
153 
+ | -                             | -      | -
154 
+ | CPU Time / Process  | 4 hours  | 24 hours
155 
+ | Number of CPU cores / user              | 4 cores  | same as on the left
156 
+ | Memory size / user         | 16GB   | same as on the left
157 
+
158 
+### For bash{#limit_bash}
159 
+If you are using bash, use the ulimit command.
160 
+
161 
+**Check the current settings**
162 
+
163 
+```nohighlight
164 
+$ ulimit -a
165 
+...
166 
+cpu time               (seconds, -t) 14400
167 
+...
168 
+```
169 
+
170 
+**Extend to maximum value**
171 
+
172 
+```nohighlight
173 
+$ ulimit -t 86400    # Extend CPU TIME to the maximum value
174 
+$ ulimit -a          # Check
175 
+...
176 
+cpu time               (seconds, -t) 86400
177 
+...
178 
+```
179 
+
180 
+### For tcsh{#limit_tcsh}
181 
+If you are using tcsh, you can use the limit and unlimit commands to check the settings and extend to the maximum value.
182 
+
183 
+**Check the current settings**
184 
+
185 
+```nohighlight
186 
+$ limit
187 
+cputime      4:00:00
188 
+...
189 
+```
190 
+
191 
+**Extend to maximum value**
192 
+
193 
+```nohighlight
194 
+$ unlimit  # Extend
195 
+$ limit    # Check
196 
+cputime      24:00:00
197 
+...
198 
+```
user/pages/05.config/docs.ja.md
History View file @452be89
0 199 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,203 @@
1 
+---
2 
+title: ログインノードの環境設定
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## ログインシェル{#login_shell}
18 
+
19 
+標準のログインシェルはbashに設定しています。
20 
+基本的なPATHの設定等は自動的に読み込まれるようになっていますが、個人用の起動ファイルを作成するには、.bashrc （bashの場合）等を用意してください。
21 
+
22 
+! ホームの.bashrc に最初から記述されている以下の内容は、bash環境の設定に必要ですので、消さないでください。
23 
+
24 
+```nohighlight
25 
+# Source global definitions
26 
+if [ -f /etc/bashrc ]; then
27 
+        . /etc/bashrc
28 
+fi
29 
+```
30 
+
31 
+### ログインシェルの変更{#change_shell}
32 
+ログインシェルの変更は、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)から行います。
33 
+1. 利用者ポータルにログインします。
34 
+2. 左メニューの**ログインシェル変更**を選択してください。
35 
+3. プルダウンメニューから変更したいログインシェルを選択し、**送信**を押します。
36 
+
37 
+### シェルの起動ファイル作成時の注意点{#precautions_shell}
38 
+
39 
+特定のシステムだけで行いたい処理がある場合は、以下の例のようにhostnameコマンドの結果に応じた条件文を記述することで実現可能です。
40 
+
41 
+**.bashrc – bashの場合**
42 
+
43 
+```nohighlight
44 
+case `hostname` in
45 
+    camphor*)
46 
+        #システムAの場合の処理
47 
+    ;;
48 
+    laurel*)
49 
+        #システムB、C、クラウドの場合の処理
50 
+    ;;
51 
+    gardenia*)
52 
+        #システムGの場合の処理
53 
+    ;;
54 
+esac
55 
+```
56 
+
57 
+**.tcshrc – tcshの場合**
58 
+
59 
+```nohighlight
60 
+switch(`hostname`)
61 
+    case camphor*:
62 
+        #システムAの場合の処理
63 
+        breaksw
64 
+    case laurel*:
65 
+        #システムB、C、クラウドの場合の処理
66 
+        breaksw
67 
+    case gardenia*:
68 
+        #システムGの場合の処理
69 
+        breaksw
70 
+endsw
71 
+```
72 
+
73 
+## 環境設定切り替えソフトウェア（Modules）の利用{#modules}
74 
+
75 
+modulesは、各システムでコンパイラ・ライブラリ・アプリケーションを利用する際に必要な環境設定を一括で行うことができるソフトウェアです。詳しい利用方法は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
76 
+
77 
+### 2023年度デフォルト環境 (2023-04-01時点)
78 
+
79 
+ログインノードごとに、ログイン時に自動でロードされるモジュール環境が異なります。
80 
+それぞれ次の表のバッチ処理の環境と、コンパイラの環境がロードされます。
81 
+
82 
+年度が替わる際やシステム構成が変わる際に、ロードする環境やバージョンの見直しを行います。
83 
+
84 
+| ログインノード               | システム環境     | バッチ処理環境 | コンパイル環境
85 
+|----------                    | ---------------- | -------------  | ---------------
86 
+| laurel.kudpc.kyoto-u.acjp    |  SysB            | slurm          | intel,   intelmpi,   PrgEnvIntel
87 
+| cinnamon.kudpc.kyoto-u.ac.jp |  SysC            | slurm          | intel,   intelmpi,   PrgEnvIntel
88 
+| gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp |  SysG            | slurm          | nvhpc,   openmpi,    PrgEnvNvidia
89 
+
90 
+ログイン後の環境から、 クラウドシステムの環境に切り替えたい場合は次のコマンドで切り替えることができます。
91 
+```bash
92 
+$ module switch SysCL
93 
+```
94 
+
95 
+
96 
+## システムからの通知メール{#notification_mail}
97 
+
98 
+Slurmのエラー通知など、システムからの通知メールはシステムA、B、C、Eのローカルメールアドレス宛てに送信されます。このメールは **mutt** コマンドでも確認できますが、いち早く閲覧できるようホームディレクトリに .forward ファイルを作成し、普段利用しているメールアドレスに転送されることをお勧めしています。
99 
+
100 
+#### .forwardファイルの作成例
101 
+
102 
+```nohighlight
103 
+## foo@example.com にメールを転送するよう設定
104 
+$ echo "foo@example.com" > ~/.forward
105 
+```
106 
+
107 
+## メッセージの日本語化{#message_japanese}
108 
+
109 
+コマンドの出力や、コンパイラ翻訳時のメッセージを日本語化するには、環境変数LANGに **ja_JP.UTF-8** を設定してください。また、ご利用のSSHクライアント(PuTTYなど)の文字コードも **UTF-8** に設定してください。
110 
+
111 
+```nohighlight
112 
+## 環境変数LANGを設定(bashの場合)
113 
+$ export LANG=ja_JP.UTF-8
114 
+
115 
+## 環境変数LANGを設定(tcshの場合)
116 
+$ setenv LANG  ja_JP.UTF-8
117 
+
118 
+## manコマンドの表示が日本語になる
119 
+$ man man
120 
+
121 
+man(1)                                                                  man(1)
122 
+
123 
+名前
124 
+       man - オンラインマニュアルページを整形し表示する。
125 
+       manpath - ユーザー個々のマニュアルページの検索パスを決める。
126 
+
127 
+書式
128 
+       man  [-adfhktwW]  [-m  system]  [-p string] [-C config_file] [-M path] [-P
129 
+       pager] [-S section_list] [section] name ...
130 
+```
131 
+
132 
+<!--
133 
+## cronの設定{#cron_setting}
134 
+
135 
+定期的な処理を自動で実行させたい場合などは、cronを使用します。
136 
+
137 
+複数台で構成されているログインノードのうち、システムAではcamphor1、システムB、Cではlaurel1のみ設定が可能です。cronの設定が可能なログインノードにログインする場合は、 [システム内でsshを行うための鍵ペア作成](#key) を行っている必要があります。
138 
+
139 
+**cronの設定(システムAの場合)**
140 
+
141 
+```nohighlight
142 
+## cron設定が可能なcamphor1にログイン
143 
+$ ssh camphor1.kudpc.kyoto-u.ac.jp
144 
+
145 
+## cronの設定内容を確認する
146 
+$ crontab -l
147 
+
148 
+## cronの設定(エディタが開く)
149 
+$ crontab -e
150 
+```
151 
+-->
152 
+## プロセスリミット{#limit}
153 
+
154 
+ログインノードは多数のユーザで共用するため、CPU、メモリの利用に制限を設けています。
155 
+CPU時間については、後述するコマンドで拡張が可能です。必要に応じて実施してください。
156 
+
157 
+ | 項目                          | 初期値 | 最大値
158 
+ | -                             | -      | -
159 
+ | CPU時間(CPU Time) / プロセス  | 4時間  | 24時間
160 
+ | CPUコア数 / ユーザ            | 4コア  | 同左
161 
+ | メモリサイズ / ユーザ         | 16GB   | 同左
162 
+
163 
+### bashの場合{#limit_bash}
164 
+bashを利用している場合、ulimitコマンドを使用します。
165 
+
166 
+**現在の設定を確認**
167 
+
168 
+```nohighlight
169 
+$ ulimit -a
170 
+...
171 
+cpu time               (seconds, -t) 14400
172 
+...
173 
+```
174 
+
175 
+**最大値まで拡張**
176 
+
177 
+```nohighlight
178 
+$ ulimit -t 86400    # CPU TIMEを最大値まで拡張
179 
+$ ulimit -a          # 確認
180 
+...
181 
+cpu time               (seconds, -t) 86400
182 
+...
183 
+```
184 
+
185 
+### tcshの場合{#limit_tcsh}
186 
+tcshを利用している場合、limitコマンド、unlimitコマンドを使用して設定の確認と最大値へ拡張ができます。
187 
+
188 
+**現在の設定を確認**
189 
+
190 
+```nohighlight
191 
+$ limit
192 
+cputime      4:00:00
193 
+...
194 
+```
195 
+
196 
+**最大値まで拡張**
197 
+
198 
+```nohighlight
199 
+$ unlimit  # 拡張を実施
200 
+$ limit    # 確認
201 
+cputime      24:00:00
202 
+...
203 
+```
user/pages/06.filesystem/cross_mount.png
History View file @452be89
0 204 
new file mode 100644
1 205 
Binary files /dev/null and b/user/pages/06.filesystem/cross_mount.png differ
user/pages/06.filesystem/docs.en.md
History View file @452be89
2 206 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,154 @@
1 
+---
2 
+title: 'Use of Storage'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+---
7 
+
8 
+[toc]
9 
+
10 
+## Home Directory and Large Volume Disk (LARGE){#home_and_large}
11 
+
12 
+All users can use each home directory. Users of the Personal Course, Group Course, and Private Cluster Course can use large volume disk (LARGE).
13 
+If you deal with a large-scale data in the Personal Course, Group Course, and Private Cluster Course, please use large volume disk (LARGE).
14 
+
15 
+## Home Directory{#home}
16 
+
17 
+The home directory path is shown below:
18 
+You can also use it as a location to install software for your own use.
19 
+
20 
+![](filesystem_05.png?resize=400)
21 
+
22 
+- The available capacity is 100 GB. (User Quota)]
23 
+- The "b" part in the path is the first letter of the user number.
24 
+- We save backups on a regular basis, approximately once a week.
25 
+
26 
+##  Large Volume Disk（LARGE）{#large}
27 
+
28 
+Large volume disk (LARGE) is available for the Personal Course, Group Course, and Private Cluster Course.
29 
+Since the system has high performance by being configured with a large number of storage drives, please use large volume disk for file access with large volume files or parallel computing.
30 
+
31 
+! The storage capacity limits during the FY2022 trial operation are inherited from the limits in the first half of FY2022.
32 
+
33 
+### For Personal Course{#personal}
34 
+
35 
+LARGE configuration for personal course is shown below.
36 
+
37 
+![](filesystem_06.png?resize=300)
38 
+
39 
+- The total available capacity is 3 TB.
40 
+- It is configured with two separate file systems.
41 
+- By default, /LARGE1 is used as backup area.
42 
+
43 
+### For Group Course and Private Cluster Course{#group}
44 
+LARGE configuration for group course and private cluster course is shown below.
45 
+Please make a directory for each user under the group directory.
46 
+![](filesystem_07.png?resize=300)
47 
+
48 
+- The available capacity will be allocated according to the storage capacity and the additional computing resources　you request.
49 
+- It is configured with two separate file systems.
50 
+- By default, /LARGE1 is used as backup area.
51 
+
52 
+### Backup Settings {#large_backup}
53 
+Users of the personal course or payment manager of the group course can change the backup settings for large volume disk.
54 
+If you emphasize data redundancy, enable backup; if you emphasize available capacity, disable backup.
55 
+The frequency of backups is targeted to be about once a week for small-scale use and once a month for larger groups with tens of millions of files.
56 
+
57 
+Please refer to  [Backup Settings](/group#group_backup) for the setup procedure.
58 
+
59 
+### Changes from the previous system {#old_large}
60 
+The previous system consisted of four LARGES of /LARGE0, /LARGE1, /LARGE2, and /LARGE3, however this system have been changed to two LARGES of  /LARGE0 and /LARGE1.
61 
+Data in /LARGE2 is put together in /LARGE0 and data in /LARGE3 is put together in /LARGE1, however symbolic link is also set so that you can access files with conventional paths.
62 
+
63 
+Please note that the symbolic links may be deleted in the future, so please update your paths accordingly.
64 
+
65 
+```bash
66 
+$ ls -ld /LARGE?
67 
+drwxr-xr-x 201 root root 12288 Nov 18 11:46 /LARGE0
68 
+drwxr-xr-x 202 root root 12288 Nov  7 18:17 /LARGE1
69 
+lrwxrwxrwx   1 root root     7 Nov  8 10:30 /LARGE2 -> /LARGE0
70 
+lrwxrwxrwx   1 root root     7 Nov  8 10:31 /LARGE3 -> /LARGE1
71 
+```
72 
+
73 
+## Confirmation of the usage status (quota command){#quota_command}
74 
+
75 
+You can check the current usage status of the disk with the **quota** command.
76 
+
77 
+- kbytes: File capacity in use（KB）
78 
+-  quota: File capacity/Limit of the file number (soft limit)
79 
+-  limit: File capacity/Absolute limit of the file number (hard limit)
80 
+-  grace: Allowable period over the limit  (over the soft limit)
81 
+-  files: Number of files in use
82 
+
83 
+### Usage status of HOME directory{#user_quota}
84 
+```nohighlight
85 
+$ quota -u b59999
86 
+Disk quotas for user b59999 (uid 59999):
87 
+  Filesystem       kbytes         quota         limit grace    files     quota     limit grace
88 
+       /home     17859980     100000000     110000000     -    69218   1000000   1100000     -
89 
+```
90 
+
91 
+### Confirmation of the usage status of large-volume disk (LARGE){#group_quota}
92 
+LARGE limits the capacity with Project Quota. Specify the -p option to the quota command and execute.
93 
+
94 
+```nohighlight
95 
+$  quota -p
96 
+Disk quotas for project gr19999 (pid 19999):
97 
+  Filesystem       kbytes        quota        limit grace    files    quota    limit grace
98 
+     /LARGE0   2088651052   8000000000   8050000000     -    90543 16000000 16100000     -
99 
+     /LARGE1   1967559464   8000000000   8050000000     -    90544 16000000 16100000     -
100 
+```
101 
+
102 
+<!--
103 
+### グループコースでのファイル作成について{#group_permission}
104 
+
105 
+グループコースでは、大容量ディスクの使用量を、グループ所有権が当該グループ名に設定されているファイルをカウントすることで算出しています。
106 
+一方、ユーザが作るファイルのグループ所有権は、デフォルトではユーザ名となっています。
107 
+この状態では、グループのファイルとしてはカウントされません。
108 
+利便性のために、この状態でも大容量ディスクにファイルを作成できますが、全ユーザに一律で容量制限(1TB)をかけております。
109 
+
110 
+大容量ディスクでグループ所有権がユーザ名となっているファイルの総量を確認するには、`quota -p`コマンドを使用します。
111 
+
112 
+```nohighlight
113 
+$ quota -p
114 
+(中略)
115 
+Disk quotas for grp b59999 (gid 59999):
116 
+  Filesystem       blocks        quota        limit grace    files    quota    limit grace
117 
+       /home      6758940            0            0     -    87549        0        0     -
118 
+     /LARGE0   1112134124   1000000000   1050000000     -     3018  1000000  1100000     -
119 
+```
120 
+
121 
+この例では、w00001ユーザについて、グループ所有権がユーザ名となっているファイルがLARGE0にどれだけ置かれているかが表示されています。
122 
+blocksが既にquotaを超過しているため、これ以上グループ所有権がユーザ名のファイルは置けない状況です。
123 
+-->
124 
+
125 
+<!---
126 
+
127 
+## ファイルI/O{#file_io}
128 
+
129 
+### Lustreストライピングの設定{#stripe}
130 
+Lustreは並列のファイルシステムで、複数のディスクデバイスやI/Oサーバを論理的に束ねて、ひとつのファイルシステムを構成しています。デフォルトの状態では、ストライピングは行わない設定になっています。ストライピングの設定を行うことで、シングルプロセス―シングルファイルI/Oで、複数のディスクデバイスに分散させることで高速化できる場合があります。
131 
+
132 
+**ストライプ設定**
133 
+
134 
+・例）st04（ファイル名）のストライピング設定変更（4WAYストライピング）
135 
+
136 
+```nohighlight
137 
+$ lfs setstripe -s 1048576 -o -1 -c 4 st04
138 
+```
139 
+
140 
+|オプション名 |説明|
141 
+|-|-|
142 
+|-c |ストライプ数、ストライプ幅を指定します。|
143 
+|-o |オフセットを指定します。|
144 
+|-s |ストライピングサイズを指定します。|
145 
+
146 
+**ストライプ設定表示**
147 
+
148 
+・例）st04（ファイル名）のストライピング設定表示
149 
+
150 
+```nohighlight
151 
+$ lfs getstripe -v st04
152 
+```
153 
+
154 
+-->
user/pages/06.filesystem/docs.ja.md
History View file @452be89
0 155 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,153 @@
1 
+---
2 
+title: ストレージの利用
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+media_order: 'cross_mount.png,filesystem_02.png,filesystem_03.png,filesystem_04.png,file_access.jpg,filesystem_05.png,filesystem_06.png,filesystem_07.png'
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## ホームディレクトリと大容量ストレージ{#home_and_large}
12 
+
13 
+すべてのユーザーは、各々のホームディレクトリを利用できます。また、パーソナル、グループ、専用クラスタコースを利用の方は、大容量ストレージを利用できます。
14 
+パーソナル、グループ、専用クラスタコースで計算に大規模なファイルを扱う場合は、大容量ストレージをご利用ください。
15 
+
16 
+## ホームディレクトリ{#home}
17 
+
18 
+ホームディレクトリのパスは、次の構成になっています。
19 
+自身で利用するソフトウェアのインストール先としてもご利用いただけます。
20 
+
21 
+![](filesystem_05.png?resize=400)
22 
+
23 
+- 利用可能な容量は100GBです。(User Quota)
24 
+- 「b」の部分は利用者番号の先頭のアルファベットが入ります。
25 
+- 週に1回程度の頻度で定期的にバックアップを取得しています。
26 
+
27 
+## 大容量ストレージ（LARGE）{#large}
28 
+
29 
+パーソナル、グループ、専用クラスタコースでは、大容量ストレージを利用できます。
30 
+多数のストレージドライブで構成することで高い性能を有していますので、大容量のファイルや並列計算におけるファイルアクセスは大容量ストレージをご利用ください。
31 
+
32 
+! 2022年度の試験運転中のストレージ容量の上限値は、2022年度前期の制限値を継承しています。
33 
+
34 
+### パーソナルコースの場合{#personal}
35 
+
36 
+パーソナルコースで利用可能な大容量ストレージは、次の構成になっています。
37 
+![](filesystem_06.png?resize=300)
38 
+
39 
+- 利用可能な容量は全部で3TBになります。
40 
+- 2つのファイルシステムに分割して構成しています。
41 
+- 初期設定では、/LARGE1 をバックアップ領域としています。
42 
+
43 
+### グループコース、専用クラスタの場合{#group}
44 
+グループコース、専用クラスタで利用可能な大容量ストレージは次の構成になっています。グループ用のディレクトリの配下にユーザごとのディレクトリを作成するなどしてお使いください。
45 
+![](filesystem_07.png?resize=300)
46 
+
47 
+- 利用可能な容量はお申し込みの計算資源やストレージの追加容量に応じたサイズになります。
48 
+- 2つのファイルシステムに分割して構成しています。
49 
+- 初期設定では、/LARGE1 をバックアップ領域としています。
50 
+
51 
+### バックアップ設定 {#large_backup}
52 
+パーソナルコースの利用者本人またはグループコースのグループ管理者であれば、大容量ストレージのバックアップ設定を変更することが可能です。
53 
+データの冗長性を重視する場合は、バックアップを有効にし、使える容量を重視する場合はバックアップを無効に設定してください。
54 
+バックアップの頻度は、小規模な利用であれば週1回程度、数千万ファイルを持つような大規模なグループの場合は月1回程度を目標としています。
55 
+
56 
+設定手順は [バックアップ設定](/group#group_backup) をご覧ください。
57 
+
58 
+### 前システムからの変更点 {#old_large}
59 
+前システムでは、/LARGE0, /LARGE1, /LARGE2, /LARGE3 の4つで構成していましたが、今回のシステムでは /LARGE0, /LARGE1 の2つに変更になりました。
60 
+/LARGE2のデータは/LARGE0 に、/LARGE3のデータは/LARGE1 に集約しておりますが、従来のパスでファイルアクセスが可能なようにシンボリックも設定しています。
61 
+
62 
+将来的にシンボリックリンクを削除する可能性がありますので、適宜パスの更新を行ってください。
63 
+
64 
+```bash
65 
+$ ls -ld /LARGE?
66 
+drwxr-xr-x 201 root root 12288 Nov 18 11:46 /LARGE0
67 
+drwxr-xr-x 202 root root 12288 Nov  7 18:17 /LARGE1
68 
+lrwxrwxrwx   1 root root     7 Nov  8 10:30 /LARGE2 -> /LARGE0
69 
+lrwxrwxrwx   1 root root     7 Nov  8 10:31 /LARGE3 -> /LARGE1
70 
+```
71 
+
72 
+## 使用状況の確認（quotaコマンド）{#quota_command}
73 
+
74 
+現在のディスク使用状況は **quota** コマンドで確認できます。
75 
+
76 
+- kbytes: 使用中のファイル容量（KB）
77 
+-  quota: ファイル容量／数の制限値（ソフトリミット）
78 
+-  limit: ファイル容量／数の絶対的制限値（ハードリミット）
79 
+-  grace: 制限値越え（ソフトリミット超過）の許容期間
80 
+-  files: 使用中のファイル数
81 
+
82 
+### HOMEディレクトリの使用状況{#user_quota}
83 
+```nohighlight
84 
+$ quota -u b59999
85 
+Disk quotas for user b59999 (uid 59999):
86 
+  Filesystem       kbytes         quota         limit grace    files     quota     limit grace
87 
+       /home     17859980     100000000     110000000     -    69218   1000000   1100000     -
88 
+```
89 
+
90 
+### 大容量ストレージ（LARGE）の使用状況確認{#group_quota}
91 
+LARGEはProject Quotaで容量を制限しています。 quota コマンドに -p オプションを指定して実行してください。
92 
+
93 
+```nohighlight
94 
+$  quota -p
95 
+Disk quotas for project gr19999 (pid 19999):
96 
+  Filesystem       kbytes        quota        limit grace    files    quota    limit grace
97 
+     /LARGE0   2088651052   8000000000   8050000000     -    90543 16000000 16100000     -
98 
+     /LARGE1   1967559464   8000000000   8050000000     -    90544 16000000 16100000     -
99 
+```
100 
+
101 
+<!--
102 
+### グループコースでのファイル作成について{#group_permission}
103 
+
104 
+グループコースでは、大容量ディスクの使用量を、グループ所有権が当該グループ名に設定されているファイルをカウントすることで算出しています。
105 
+一方、ユーザが作るファイルのグループ所有権は、デフォルトではユーザ名となっています。
106 
+この状態では、グループのファイルとしてはカウントされません。
107 
+利便性のために、この状態でも大容量ディスクにファイルを作成できますが、全ユーザに一律で容量制限(1TB)をかけております。
108 
+
109 
+大容量ディスクでグループ所有権がユーザ名となっているファイルの総量を確認するには、`quota -p`コマンドを使用します。
110 
+
111 
+```nohighlight
112 
+$ quota -p
113 
+(中略)
114 
+Disk quotas for grp b59999 (gid 59999):
115 
+  Filesystem       blocks        quota        limit grace    files    quota    limit grace
116 
+       /home      6758940            0            0     -    87549        0        0     -
117 
+     /LARGE0   1112134124   1000000000   1050000000     -     3018  1000000  1100000     -
118 
+```
119 
+
120 
+この例では、w00001ユーザについて、グループ所有権がユーザ名となっているファイルがLARGE0にどれだけ置かれているかが表示されています。
121 
+blocksが既にquotaを超過しているため、これ以上グループ所有権がユーザ名のファイルは置けない状況です。
122 
+-->
123 
+
124 
+<!---
125 
+
126 
+## ファイルI/O{#file_io}
127 
+
128 
+### Lustreストライピングの設定{#stripe}
129 
+Lustreは並列のファイルシステムで、複数のディスクデバイスやI/Oサーバを論理的に束ねて、ひとつのファイルシステムを構成しています。デフォルトの状態では、ストライピングは行わない設定になっています。ストライピングの設定を行うことで、シングルプロセス―シングルファイルI/Oで、複数のディスクデバイスに分散させることで高速化できる場合があります。
130 
+
131 
+**ストライプ設定**
132 
+
133 
+・例）st04（ファイル名）のストライピング設定変更（4WAYストライピング）
134 
+
135 
+```nohighlight
136 
+$ lfs setstripe -s 1048576 -o -1 -c 4 st04
137 
+```
138 
+
139 
+|オプション名 |説明|
140 
+|-|-|
141 
+|-c |ストライプ数、ストライプ幅を指定します。|
142 
+|-o |オフセットを指定します。|
143 
+|-s |ストライピングサイズを指定します。|
144 
+
145 
+**ストライプ設定表示**
146 
+
147 
+・例）st04（ファイル名）のストライピング設定表示
148 
+
149 
+```nohighlight
150 
+$ lfs getstripe -v st04
151 
+```
152 
+
153 
+-->
user/pages/06.filesystem/file_access.jpg
History View file @452be89
0 154 
new file mode 100644
1 155 
Binary files /dev/null and b/user/pages/06.filesystem/file_access.jpg differ
user/pages/06.filesystem/filesystem_05.png
History View file @452be89
2 156 
new file mode 100644
3 157 
Binary files /dev/null and b/user/pages/06.filesystem/filesystem_05.png differ
user/pages/06.filesystem/filesystem_06.png
History View file @452be89
4 158 
new file mode 100644
5 159 
Binary files /dev/null and b/user/pages/06.filesystem/filesystem_06.png differ
user/pages/06.filesystem/filesystem_07.png
History View file @452be89
6 160 
new file mode 100644
7 161 
Binary files /dev/null and b/user/pages/06.filesystem/filesystem_07.png differ
user/pages/07.run/01.batch/docs.en.md
History View file @452be89
8 162 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,200 @@
1 
+---
2 
+title: 'Batch Processing'
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## Flow of Job Execution{#execute_flow}
8 
+1. [Creation of Job script](#jobscript)
9 
+2. [Job Submission](#submit)
10 
+3. (If necessary) [Confirmation of the job status](#squeue)
11 
+4. (If necessary) [Job Cancellation](#jobcancel)
12 
+
13 
+## Job script{#jobscript}
14 
+A job script is the same format as the shell script.
15 
+A job script consists of an option area describing Slurm job submission options and a user program area describing the program to be executed.
16 
+Please refer to  [here](/run/tips#env_val) for environment variables that are automatically set when a job is executed.
17 
+
18 
+### Example of hybrid parallelism with 4 processes x 8 threads
19 
+
20 
+An example of a job script is shown below, so you can see the script to keep in perspective.
21 
+More detailed information for each is given in the next section.
22 
+
23 
+```nohighlight
24 
+#!/bin/bash
25 
+#============ Slurm Options ===========
26 
+#SBATCH -p gr19999b　# Specify the job queue (partition). It must be changed to the queue name which you want to submit.
27 
+#SBATCH -t 1:0:0  # Specify the elapsed time (example of specifying 1 hour)
28 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G　# Specify requested resources
29 
+#SBATCH -o %x.%j.out　# Specify the standard output file for the job
30 
+## %x is replaced by the job name and %j is replaced by the job ID.
31 
+#============ Shell Script ============
32 
+
33 
+# (Optional) Specify set -x to keep track of the execution progress of the job script.
34 
+set -x
35 
+
36 
+# Environment variables such as the number of MPI processes and OMP_NUM_THREADS are automatically set based on the value of the --rsc option.
37 
+# If necessary, it is possible to specify overwrite within the range of resources allocated by the srun command argument or environment variables.
38 
+srun ./a.out
39 
+
40 
+## Notes on job scripts ##
41 
+# Lines beginning with '#' or after '#' in a line are treated as comments. Only lines beginning with #SBATCH are exceptionally recognised as slurm option specifications.
42 
+# The current directory at the job execution is automatically moved to the current directory at the job submission.
43 
+# Environment variables set at the job submission are inherited during job execution.
44 
+```
45 
+
46 
+
47 
+### Sample script
48 
+A sample job script is available for your reference.
49 
+
50 
+| Execution Type                    | Sample File|
51 
+| ------------------------- | --------------- |
52 
+| Non-parallelism                  | [Download](./sample_normal.txt)
53 
+| Thread parallelism              | [Download](./sample_thread.txt)
54 
+| Process parallelism(Intel MPI)   | [Download](./sample_process.txt)
55 
+| Hybrid parallelism          | [Download](./sample_hybrid.txt)
56 
+
57 
+### Slurm Option
58 
+Specify in the Slurm Options part of the job script followed by "#SBATCH".
59 
+#### Major options
60 
+| Option | Meaning | Example |
61 
+| --- | --- | --- |
62 
+| -p _QUEUE_ | Specify the queue **(required item)** | -p gr19999b |
63 
+| -t _HOUR:MINUTES:SECONDS_ |  Set the upper limit of execution time | -t 24:0:0 |
64 
+| --rsc p=_PROCS_:t=_THREADS_:c=_CORES_:m=_MEMORY_ <br> or <br> --rsc g=_GPU_ | Specify the resources. For more details [click here](/run/resource#resource) | --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G <br> or <br> --rsc g=1|
65 
+| -o _FILENAME_ | Specify the destination to save for standard output. Refer to  [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_%3CB%3Efilename-pattern%3C/B%3E) for the available special characters. | -o result.out |
66 
+| -e _FILENAME_ | Specify the designation to save for standard error output. Refer to [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_%3CB%3Efilename-pattern%3C/B%3E) for the available special characters. | -e result.err |
67 
+| -J _JOBNAME_ | Specify the job name. | -J ReplaceJobName |
68 
+| --comment=_Comment_ | Specify the Comments. | --comment=ThisIsComment |
69 
+| -a _ARRAY\_SPEC_ | Specify the array job. For more details [click here](/run/tips/#arrayjob) | -a 1-5 |
70 
+| -d _TYPE:JOBID_ | Specify the order of job execution. For more details [click here](/run/tips/#dependency) | -d afterok:999999 |
71 
+| --no-requeue | Declare that batch request is not re-runnable | --no-requeue |
72 
+| --mail-user=_MAILADDR_ | Specify the e-mail address | --mail-user=bar@sample.com |
73 
+| --mail-type=_TYPE_ | Specify the event notification<br>Specify BEGIN, END, FAIL, REQUEUE, and ALL if necessary | --mail-type=BEGIN,END |
74 
+
75 
+Please refer to the [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/sbatch.html) for other options and details on options.
76 
+Also, please check [Options not available when submitting jobs](/run/tips#sbatch_ignore) if necessary.
77 
+
78 
+### How to execute the program (important){#srun}
79 
+In order to execute a program on a computing node, you **must**  use the _**srun**_ command at the point where you execute the program of the job script whether it is a sequential program or an MPI program.
80 
+
81 
+The following is a typical list of options for the srun command.
82 
+Please refer to the [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/srun.html#SECTION_OPTIONS) for other options and details on options.
83 
+
84 
+#### **Basic Options** {#basic_options}
85 
+
86 
+Option         |Function
87 
+    :--------------------:|-----------------------
88 
+         -n=_PROCS_      |  Specify the number of processes to be started. If not specified, the value of p in the --rsc option is used.
89 
+         -c=_CORES_      |  Specify the number of CPU cores to be secured per process. If not specified, the value of c in the --rsc option is used.
90 
+     --ntasks-per-node=_PROCS\_PER\_NODE_ |    Specify the number of processes per node. If not specified, they will be scheduled to execute on a small number of nodes.
91 
+
92 
+
93 
+## Confirmation of available queues{#queue}
94 
+To check the queue of jobs available for submission, use the spartition command.
95 
+
96 
+### spartition command {#spartition}
97 
+Displays the queue name, Rmin/Rstd/Rmax, and standard and maximum elapsed time values for jobs that can be submitted.
98 
+For more information on [Rmin/Rstd/Rmax](/run/resource#resources)
99 
+
100 
+```nohighlight
101 
+$ spartition
102 
+Partition  State   Rmin  Rstd  Rmax    DefTime     MaxTime
103 
+gr19999g   UP         0    64    64   01:00:00  1-00:00:00
104 
+```
105 
+
106 
+## Job Submission{#submit}
107 
+
108 
+To submit a job to the queue, use the sbatch command.
109 
+
110 
+### sbatch Command{#sbatch}
111 
+
112 
+```nohighlight
113 
+$ sbatch sample.sh
114 
+Submitted batch job 20
115 
+```
116 
+* Enter the job script file you created followed by the end of the command.
117 
+* The execution of the job script is requested to the system and the job ID is displayed.
118 
+* If option is specified when a job is submitted, the option in the job script will be overwritten.
119 
+
120 
+#### Message when a job is submitted{#message}
121 
+```nohighlight
122 
+$ sbatch sample.sh
123 
+sbatch: cli_filter/accms_resource_req: convert_rsc_option: Updated the number of cores from c=10 to c=40 based on memory size request
124 
+Submitted batch job 21
125 
+```
126 
+The message above is that the number of cores has been changed based on the requested memory size. This is not an error and the job will be submitted.
127 
+
128 
+## Confirmation of the job status{#squeue}
129 
+To display information on submitted jobs, use the squeue or sacct command.
130 
+
131 
+### squeue Command
132 
+
133 
+Displays information about jobs currently registered in the queue.
134 
+
135 
+```nohighlight
136 
+$ squeue
137 
+JOBID PARTITION     NAME     USER ST   TIME  NODES NODELIST(REASON)
138 
+    1  gr19999b interact   b59999  R   0:33      1 no0001
139 
+```
140 
+* Information is displayed only during job execution.
141 
+* Please refer to the [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/squeue.html#SECTION_OPTIONS) for options.
142 
+
143 
+#### Notes on job execution(REASON)
144 
+If a job is waiting for execution, the reason is indicated in NODELIST(REASON).
145 
+Typical examples are shown below.
146 
+For other reasons, please refer to  [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/squeue.html#SECTION_JOB-REASON-CODES)
147 
+for more information.
148 
+
149 
+| REASON | Meaning |
150 
+| ------ | -----|
151 
+| Resources | There are no available resources at this time. |
152 
+| QOSJobLimit | The maximum number of concurrent executions has been reached.|
153 
+
154 
+### sacct Command
155 
+
156 
+Displays information about jobs in the accounting database. Information about past jobs can also be displayed.
157 
+Please refrain from repeating the command mechanically  because it overloads the system.
158 
+
159 
+```nohighlight
160 
+$ sacct -X
161 
+JobID           JobName  Partition    Account  AllocCPUS      State ExitCode
162 
+------------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------
163 
+1               test.sh   gr19999b     b59999          8  COMPLETED      0:0
164 
+2               test.sh   gr19999b     b59999          8  COMPLETED      0:0
165 
+```
166 
+* By default, a list of jobs executed on the day the command was issued is displayed.
167 
+
168 
+#### Main options
169 
+| Option | Meaning | Examples |
170 
+| ---------- | -----|--------|
171 
+| -j         | Display statistics for the specified job.| sacct -j 1234556 |
172 
+| -X         | Display only statistics related to the job assignment itself, without considering the job steps.| sacct -X |
173 
+| -l         | Display all information about the job.| sacct -l / sacct -Xl |
174 
+| -S         | Displays jobs after the specified time.| sacct -S 2022-10-01 |
175 
+For other options, please refer to the [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/sacct.html#SECTION_OPTIONS).
176 
+
177 
+## Job Cancellation{#jobcancel}
178 
+To cancel a submitted job, use the scancel command.
179 
+
180 
+### scancel Command{#scancel}
181 
+
182 
+```nohighlight
183 
+$ scancel 20
184 
+```
185 
+* Specify the job ID as an argument.
186 
+* Please refer to the [Official Manual](https://slurm.schedmd.com/scancel.html#SECTION_OPTIONS) for options.
187 
+
188 
+### How to cancel all submitted jobs
189 
+You can cancel all submitted jobs with an instruction below.
190 
+```nohighlight
191 
+## How to delete by specifying a user name.
192 
+$ scancel -u b59999
193 
+
194 
+## How to delete by specifying a queue name.
195 
+$ scancel -p gr19999b
196 
+
197 
+## How to delete by specifying a running status.
198 
+$ scancel -t pending
199 
+```
200 
+
user/pages/07.run/01.batch/docs.ja.md
History View file @452be89
0 201 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,198 @@
1 
+---
2 
+title: バッチ処理
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## ジョブ実行の流れ{#execute_flow}
8 
+1. [ジョブスクリプトの作成](#jobscript)
9 
+2. [ジョブの投入](#submit)
10 
+3. (必要であれば)[ジョブの状態の確認](#squeue)
11 
+4. (必要であれば)[ジョブのキャンセル](#scancel)
12 
+
13 
+## ジョブスクリプト{#jobscript}
14 
+ジョブスクリプトは、原則的にシェルスクリプトと同じ形式です。
15 
+ジョブスクリプトはSlurmのジョブ投入オプションを記述したオプション領域と、実行するプログラムを記述したユーザプログラム領域から構成されます。
16 
+ジョブ実行時に自動的に設定される環境変数については[こちら](/run/tips#env_val)をご参照ください。
17 
+
18 
+### 4プロセスx 8スレッドのハイブリッド並列の例
19 
+
20 
+ジョブスクリプトの一例を以下に示しますので、まずはスクリプトの内容を見て全体像を把握してください。
21 
+次節以降に、それぞれのより詳細な情報を記載しています。
22 
+
23 
+```nohighlight
24 
+#!/bin/bash
25 
+#============ Slurm Options ===========
26 
+#SBATCH -p gr19999b             # ジョブキュー(パーティション)の指定。投入したいキュー名に適宜変更が必要。
27 
+#SBATCH -t 1:00:00              # 経過時間の指定(1時間を指定する例)。
28 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G  # 要求リソースの指定(4プロセスx8スレッドのハイブリッド並列の例)。
29 
+#SBATCH -o %x.%j.out            # ジョブの標準出力ファイルの指定。%xはジョブ名、%j はジョブIDに置換されます。
30 
+#============ Shell Script ============
31 
+
32 
+# (任意) set -x を指定するとジョブスクリプトの実行経過を把握しやすくなります。
33 
+set -x
34 
+
35 
+# MPIのプロセス数やOMP_NUM_THREADS等の環境変数は--rscオプションの値を元に自動で設定されます。
36 
+# 必要に応じてsrun コマンドの引数や環境変数により確保したリソースの範囲で上書き指定が可能です。
37 
+srun ./a.out
38 
+
39 
+## ジョブスクリプトに関する補足 ##
40 
+# 「#」で始まる行あるいは、行中の「#」以降は、コメントとして扱われます。#SBATCH で始まる行のみ例外的にslurmのオプション指定として認識されます。
41 
+# ジョブ実行時のカレントディレクトリは、ジョブ投入時のカレントディレクトリに自動で移動します。
42 
+# ジョブ投入時に設定されている環境変数は、ジョブ実行時に継承されます。
43 
+```
44 
+
45 
+### サンプルスクリプト
46 
+ジョブスクリプトのサンプルを公開していますので、参考にしてください。
47 
+
48 
+| 実行種別                  | サンプルファイル|
49 
+| ------------------------- | --------------- |
50 
+| 逐次実行                  | [ダウンロード](./sample_normal.txt)
51 
+| スレッド並列              | [ダウンロード](./sample_thread.txt)
52 
+| プロセス並列(Intel MPI)   | [ダウンロード](./sample_process.txt)
53 
+| ハイブリッド並列          | [ダウンロード](./sample_hybrid.txt)
54 
+
55 
+### Slurmオプション
56 
+ジョブスクリプトの Slurm Options の部分で「#SBATCH」に続けて指定します。
57 
+#### 主要なオプション
58 
+| オプション | 意味 | 指定例 |
59 
+| --- | --- | --- |
60 
+| -p _QUEUE_ | キューの指定 **(必須項目)** | -p gr19999b |
61 
+| -t _HOUR:MINUTES:SECONDS_ |  実行時間の上限設定 | -t 24:0:0 |
62 
+| --rsc p=_PROCS_:t=_THREADS_:c=_CORES_:m=_MEMORY_ <br> or <br> --rsc g=_GPU_ | リソースの指定。詳細は[こちら](/run/resource#resource) | --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G <br> or <br> --rsc g=1 |
63 
+| -o _FILENAME_ | 標準出力の保存先の指定。指定可能な特殊文字は[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_%3CB%3Efilename-pattern%3C/B%3E)を参照。| -o result.out |
64 
+| -e _FILENAME_ | 標準エラー出力の保存先の指定。指定可能な特殊文字は[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/sbatch.html#SECTION_%3CB%3Efilename-pattern%3C/B%3E)を参照。| -e result.err |
65 
+| -J _JOBNAME_ | ジョブ名の指定。<br>指定しない場合は、ジョブスクリプト名がジョブ名になります。 | -J ReplaceJobName |
66 
+| --comment=_Comment_ | コメントの指定 | --comment=ThisIsComment |
67 
+| -a _ARRAY\_SPEC_ | アレイジョブの指定。詳しくは[こちら](/run/tips/#arrayjob) | -a 1-5 |
68 
+| -d _TYPE:JOBID_ | ジョブの実行順序の指定。詳しくは[こちら](/run/tips/#dependency) | -d afterok:999999 |
69 
+| --no-requeue | 障害発生時のジョブ再実行の禁止を指定 | --no-requeue |
70 
+| --mail-user=_MAILADDR_ | メールアドレスの指定 | --mail-user=bar@sample.com |
71 
+| --mail-type=_TYPE_ | イベント通知の指定<br>BEGIN, END, FAIL, REQUEUE, ALLを必要に応じて指定 | --mail-type=BEGIN,END |
72 
+
73 
+その他のオプションや、オプションの詳細は [公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/sbatch.html) をご参照ください。
74 
+また、[ジョブ投入する際に使用できないオプション](/run/tips#sbatch_ignore)についても、必要に応じてご確認ください。
75 
+
76 
+### プログラムの実行方法（重要）{#srun}
77 
+プログラムを計算ノード上で動作させるためには、逐次プログラム、MPIプログラムに関わらず、ジョブスクリプトのプログラムを
78 
+実行する箇所に **必ず**  _**srun**_ コマンドを使用する必要があります。
79 
+
80 
+srunコマンドのオプションのうち、代表的なものを以下に示します。
81 
+その他のオプションや、オプションの詳細は、[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/srun.html#SECTION_OPTIONS)をご参照下さい。
82 
+
83 
+#### **基本オプション** {#basic_options}
84 
+
85 
+オプション         |機能
86 
+    :--------------------:|-----------------------
87 
+         -n=_PROCS_      |  起動するプロセス数を指定する。指定がない場合は、--rscオプションの pの値が使用されます。
88 
+         -c=_CORES_      |  プロセスあたり確保するCPUコア数を指定する。指定がない場合は、--rscオプションの cの値が使用されます。
89 
+     --ntasks-per-node=_PROCS\_PER\_NODE_ |    ノードあたりのプロセス数を指定する。他のパラメータと合わせて、ノード当たりのプロセス数を制御したい場合に使用して下さい。
90 
+
91 
+
92 
+## 使用可能なキューの確認{#queue}
93 
+投入可能なジョブのキューを確認するためには、spartitionコマンドを使用します。
94 
+
95 
+### spartitionコマンド{#spartition}
96 
+投入可能なジョブのキュー名、Rmin/Rstd/Rmax、経過時間の標準値/上限値を表示します。Rmin/Rstd/Rmaxについては、[こちら](/run/resource#resources) をご参照ください。
97 
+
98 
+```nohighlight
99 
+$ spartition
100 
+Partition  State   Rmin  Rstd  Rmax    DefTime     MaxTime
101 
+gr19999g   UP         0    64    64   01:00:00  1-00:00:00
102 
+```
103 
+
104 
+## ジョブの投入{#submit}
105 
+
106 
+キューにジョブを投入するためには、sbatchコマンドを使用します。
107 
+
108 
+### sbatchコマンド{#sbatch}
109 
+
110 
+```nohighlight
111 
+$ sbatch sample.sh
112 
+Submitted batch job 20
113 
+```
114 
+* 作成したジョブスクリプトファイルを、コマンドの最後に続けて入力します
115 
+* ジョブスクリプトの実行がシステムに依頼され、ジョブIDが表示されます
116 
+* ジョブ投入時にオプションを指定した場合、ジョブスクリプト内のオプションは上書きされます
117 
+
118 
+#### ジョブ投入時メッセージ{#message}
119 
+```nohighlight
120 
+$ sbatch sample.sh
121 
+sbatch: cli_filter/accms_resource_req: convert_rsc_option: Updated the number of cores from c=10 to c=40 based on memory size request
122 
+Submitted batch job 21
123 
+```
124 
+上記のメッセージは、要求されたメモリサイズに基づき、コア数を変更したというメッセージです。エラーではないので、ジョブは投入されます。
125 
+
126 
+## ジョブの状態の確認{#squeue}
127 
+投入したジョブの情報を表示するためには、squeueコマンドもしくはsacctコマンドを使用します。
128 
+
129 
+### squeueコマンド
130 
+
131 
+現在キューに登録されているジョブの情報を表示します。
132 
+
133 
+```nohighlight
134 
+$ squeue
135 
+JOBID PARTITION     NAME     USER ST   TIME  NODES NODELIST(REASON)
136 
+    1  gr19999b interact   b59999  R   0:33      1 no0001
137 
+```
138 
+* ジョブ実行中のみ情報が表示されます。
139 
+* オプションについては、[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/squeue.html#SECTION_OPTIONS)をご参照下さい。
140 
+
141 
+#### ジョブ実行に関する備考(REASON)
142 
+ジョブが実行待ち状態の場合は、NODELIST(REASON)にその理由が表示されています。
143 
+代表的なものを以下に示します。
144 
+その他の理由については、[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/squeue.html#SECTION_JOB-REASON-CODES)
145 
+をご参照下さい。
146 
+
147 
+| REASON | 意味 |
148 
+| ------ | -----|
149 
+| Resources | 現在空きリソースがありません |
150 
+| QOSJobLimit | 同時実行可能数の上限に達しています|
151 
+
152 
+### sacctコマンド
153 
+
154 
+アカウンティングデータベースにあるジョブの情報を表示します。過去のジョブの情報も表示することができます。
155 
+システムへの負荷が高いコマンドであるため、機械的な繰り返しの実行は控えてください。
156 
+
157 
+```nohighlight
158 
+$ sacct -X
159 
+JobID           JobName  Partition    Account  AllocCPUS      State ExitCode
160 
+------------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------
161 
+1               test.sh   gr19999b     b59999          8  COMPLETED      0:0
162 
+2               test.sh   gr19999b     b59999          8  COMPLETED      0:0
163 
+```
164 
+* 標準ではコマンド発行日に実行されたジョブの一覧が表示されます。
165 
+
166 
+#### 主要なオプション
167 
+| オプション | 意味 | 指定例 |
168 
+| ---------- | -----|--------|
169 
+| -j         | 指定したジョブの統計情報を表示する。| sacct -j 1234556 |
170 
+| -X         | ジョブステップを考慮せず、ジョブの割り当て自体に関連する統計のみを表示する| sacct -X |
171 
+| -l         | ジョブに関するすべての情報を表示する。| sacct -l / sacct -Xl |
172 
+| -S         | 指定した時刻以降のジョブを表示する。| sacct -S 2022-10-01 |
173 
+その他のオプションは、[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/sacct.html#SECTION_OPTIONS)をご参照下さい。
174 
+
175 
+## ジョブのキャンセル{#jobcancel}
176 
+投入したジョブをキャンセルするためには、scancelコマンドを使用します。
177 
+
178 
+### scancel コマンド{#scancel}
179 
+
180 
+```nohighlight
181 
+$ scancel 20
182 
+```
183 
+* ジョブIDを引数に指定します。
184 
+* オプションは、[公式マニュアル](https://slurm.schedmd.com/scancel.html#SECTION_OPTIONS)をご参照下さい。
185 
+
186 
+### 投入したジョブを全てキャンセルする方法
187 
+投入したすべてのジョブをキャンセルする場合は、以下の方法でキャンセルすることができます
188 
+```nohighlight
189 
+## ユーザ名を指定して削除する場合
190 
+$ scancel -u b59999
191 
+
192 
+## キュー名を指定して削除する場合
193 
+$ scancel -p gr19999b
194 
+
195 
+## 実行中のステータスを指定して削除する場合
196 
+$ scancel -t pending
197 
+```
198 
+
user/pages/07.run/01.batch/sample_hybrid.txt
History View file @452be89
0 199 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,12 @@
1 
+#!/bin/bash
2 
+#============ Slurm Options ===========
3 
+#SBATCH -p gr19999a
4 
+#SBATCH -t 1:00:00
5 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8
6 
+#SBATCH -o %x.%j.out
7 
+
8 
+#============ Shell Script ============
9 
+set -x
10 
+
11 
+srun ./a.out
12 
+
user/pages/07.run/01.batch/sample_normal.txt
History View file @452be89
0 13 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,12 @@
1 
+#!/bin/bash
2 
+#============ Slurm Options ===========
3 
+#SBATCH -p gr19999b
4 
+#SBATCH -t 1:00:00
5 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1
6 
+#SBATCH -o %x.%j.out
7 
+
8 
+#============ Shell Script ============
9 
+set -x
10 
+
11 
+srun ./a.out
12 
+
user/pages/07.run/01.batch/sample_process.txt
History View file @452be89
0 13 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,12 @@
1 
+#!/bin/bash
2 
+#============ Slurm Options ===========
3 
+#SBATCH -p gr19999b
4 
+#SBATCH -t 1:00:00
5 
+#SBATCH --rsc p=4:t=1:c=1
6 
+#SBATCH -o %x.%j.out
7 
+
8 
+#============ Shell Script ============
9 
+set -x
10 
+
11 
+srun ./a.out
12 
+
user/pages/07.run/01.batch/sample_thread.txt
History View file @452be89
0 13 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,12 @@
1 
+#!/bin/bash
2 
+#============ Slurm Options ===========
3 
+#SBATCH -p gr19999b
4 
+#SBATCH -t 1:00:00
5 
+#SBATCH --rsc p=1:t=8:c=8:m=8G
6 
+#SBATCH -o %x.%j.out
7 
+
8 
+#============ Shell Script ============
9 
+set -x
10 
+
11 
+srun ./a.out
12 
+
user/pages/07.run/02.interactive/docs.en.md
History View file @452be89
0 13 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,125 @@
1 
+---
2 
+title: 'Interactive Processing'
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## Commands for Interactive execution{#command}
8 
+
9 
+Interactive execution is performed using Slurm's interactive batch function. The _**tssrun**_ command is provided as a tool for simple execution. You can execute jobs by specifying program and arguments to be executed after the command.
10 
+Please refer to [here](/run/tips#env_val) for environment variables that are automatically set when a job is executed.
11 
+
12 
+Command                       |          Description          |       Examples        |                 Notes
13 
+:-----------------------------------------------:|:--------------------:|:----------------:|------------------------------------------------------------
14 
+                    tssrun                     |    Execute the program on the computing node   |   tssrun ./a.out |
15 
+
16 
+### Command Option{#option}
17 
+Option                     |           Description                                               |          Examples
18 
+:-----------------------------:|:-------------------------------------------------------------:|:---------------------:
19 
+-p _QUEUENAME_                 | Specify the queue for batch processing         | tssrun -p gr19999b ./a.out
20 
+-t _HOURS_:_MINUTES_:_SECONDS_     | Specify the upper limit of elapsed time (unit: hours:minutes:seconds)             | tssrun -p gr19999b -t 1:0:0 ./a.out
21 
+--rsc p=_PROCS_:t=_THREADS_:c=_CORES_:m=_MEMORY_ <br> or <br> --rsc g=_GPU_ | Specify the amount of job-allocated resources. For more details, [click here](/run/resource#resouce) | tssrun -p gr19999b --rsc p=4:t=8:c=8:m=2G ./a.out <br> or <br> tssrun -p gr19999b --rsc g=1 ./a.out
22 
+--x11                          | Execute GUI program on computing nodes        | tssrun -p gr19999b --x11 xeyes
23 
+
24 
+* Wen you enter the command, several messages are displayed, then the program begins execution and the results are displayed.
25 
+* If the computing nodes for interactive execution are congested, execution may not start immediately after the message is displayed.
26 
+* Interactive execution with queue for personal and group courses is also available.
27 
+
28 
+## Job Submission
29 
+
30 
+**Example 1:**  For MPI program in System B
31 
+
32 
+```nohighlight
33 
+$ tssrun -p gr19999b --rsc p=4 ./a.out
34 
+salloc: Granted job allocation 102362
35 
+salloc: Waiting for resource configuration
36 
+salloc: Nodes cnode3 are ready for job
37 
+My name is cnode3. My rank is 1.
38 
+My name is cnode3. My rank is 2.
39 
+My name is cnode3. My rank is 3.
40 
+My name is cnode3. My rank is 0.
41 
+salloc: Relinquishing job allocation 102362
42 
+
43 
+exit code: 0
44 
+```
45 
+**Example 2:** When executing GUI programs
46 
+
47 
+
48 
+```nohighlight
49 
+$ tssrun -p gr10001b --x11 xeyes
50 
+salloc: Granted job allocation 102366
51 
+salloc: Waiting for resource configuration
52 
+salloc: Nodes <Computing Node name> are ready for job
53 
+（X application starts）
54 
+```
55 
+
56 
+<!--
57 
+## Limitations on Interactive Execution{#limit}
58 
+
59 
+**The following restrictions are applied to **Interactive  Executions that do not use personal course queues or group course queues.
60 
+If you have applied for a service course other than an entry course, you can avoid the following restrictions by specifying a queue with reference to [-p option](#option).
61 
+
62 
+#### Node Sharing
63 
+Nodes for interactive execution are prepared for each system (each system A, B, and C is associated with a queue called ta, tb, and tc), and all users share each node.
64 
+Program execution occupies CPU cores for exclusive execution, so it may take some time before execution starts during busy times.
65 
+
66 
+#### Number of simultaneous job executions
67 
+**One user can only RUN** one job at a time.
68 
+The second and subsequent jobs will be PEND.
69 
+
70 
+#### Available resource limit
71 
+The number of CPU cores and amount of memory that one use can use at the same time is limited.
72 
+You can increase the number of CPU cores and the amount of memory up to the limit by specifying [--rsc option](#option).
73 
+
74 
+System      |  A    |  B    |  C     |  G   | cloud
75 
+:------------:|:-----:|:-----:|:------:|:----:|:------:
76 
+Standard number of CPU cores | 1     | 1     | 1      | 1    | 1
77 
+Upper limit of CPU cores | 112   | 112   | 112    | 36   | 36
78 
+Standard amount of memory  | 1024M |4096MB |18432MB |7168MB|13312MB
79 
+Upper limit of memory  | 120G  |500G   |2030G   |500G  |500G
80 
+
81 
+
82 
+#### Program elapsed time limit
83 
+
84 
+When the program is executed in interactive mode, if the elapsed time exceeds the standard limit, the program is forced to terminate.
85 
+You can increase the time limit to the maximum by specifying [-t option](#option).
86 
+
87 
+
88 
+System                   |   A   |   B   |   C   |   G   | Cloud
89 
+:------------------------: |:-----:|:-----:|:-----:|:-----:|:-----:
90 
+Standard elapsed time (hour:minute)  |  1:00 |  1:00 |  1:00 |  1:00 |  1:00
91 
+Upper limit of elapsed time (hour:minute)  | 24:00 | 24:00 | 24:00 | 24:00 | 24:00
92 
+-->
93 
+
94 
+## Confirmation of job information{#report}
95 
+
96 
+You can confirm the job information with an interactive execution by tssrun command.
97 
+
98 
+Command                       |          Option          |       Description        |               Example
99 
+:------:|:-----:|:----------------------:|:------------------:
100 
+sacct   | -j _JOBID_   |  Display job information for interactive execution  |  sacct -j 102362
101 
+
102 
+You must specify the job ID followed by the command and options.
103 
+The job ID is the XXXXXXX part of `salloc: Granted job allocation XXXXXXXX` that is displayed when the tssrun command is executed.
104 
+
105 
+If more than 24 hours elapsed after the interactive execution ends, it can not be displayed.
106 
+
107 
+#### Message when interactive execution terminates abnormally
108 
+
109 
+If an interactive execution terminates abnormally, the reason for the termination is displayed in the job information.
110 
+
111 
+* Termination due to memory limitation (due to pressure on overall node memory)
112 
+
113 
+
114 
+    ```nohighlight
115 
+    Can't malloc: Cannot allocate memory
116 
+    ```
117 
+
118 
+
119 
+* Termination due to elapsed time limit
120 
+
121 
+
122 
+    ```nohighlight
123 
+    slurmstepd: error: *** STEP 102368.0 ON <computing node name> CANCELLED AT 2022-11-04T15:34:36 DUE TO TIME LIMIT ***
124 
+    ```
125 
+
user/pages/07.run/02.interactive/docs.ja.md
History View file @452be89
0 126 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,125 @@
1 
+---
2 
+title: 会話型処理
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## 会話型実行のためのコマンド{#command}
8 
+
9 
+会話型実行はSlurmのインタラクティブバッチ機能を使用して行います。簡易に実行するためのツールとして _**tssrun**_ コマンドを用意しています。
10 
+tssrun コマンドの後ろに実行したいプログラムおよび引数を指定することでジョブを実行することが可能です。
11 
+ジョブ実行時に自動的に設定される環境変数については[こちら](/run/tips#env_val)をご参照ください。
12 
+
13 
+コマンド                       |          説明          |       実行例        |                              備考
14 
+:-----------------------------------------------:|:--------------------:|:----------------:|------------------------------------------------------------
15 
+                    tssrun                     |    計算ノードでプログラムを実行する  |   tssrun ./a.out |
16 
+
17 
+### コマンドオプション{#option}
18 
+オプション                     |            説明                                               |          指定例
19 
+:-----------------------------:|:-------------------------------------------------------------:|:---------------------:
20 
+-p _QUEUENAME_                 | バッチ処理用キューの指定                                      | tssrun -p gr19999b ./a.out
21 
+-t _HOURS_:_MINUTES_:_SECONDS_     | 経過時間上限値の指定（単位は時：分：秒）                      | tssrun -p gr19999b -t 1:0:0 ./a.out
22 
+--rsc p=_PROCS_:t=_THREADS_:c=_CORES_:m=_MEMORY_ <br> or <br> --rsc g=_GPU_ | ジョブ割当リソース量の指定。詳細は[こちら](/run/resource#resouce) | tssrun -p gr19999b --rsc p=4:t=8:c=8:m=2G ./a.out <br> or <br> tssrun -p gr19999b --rsc g=1 ./a.out
23 
+--x11                          | 計算ノードでGUIプログラムを実行する                           | tssrun -p gr19999b --x11 xeyes
24 
+
25 
+* 指定例に、*gr19999b* と記載の部分はご自身のキュー名に変更していただく必要があります。
26 
+* コマンドを入力すると、いくつかのメッセージが表示された後、プログラムの実行が開始されて結果が表示されます。
27 
+* 会話型実行用の計算ノードが混雑している場合、メッセージ表示後すぐに実行が開始されないことがあります。
28 
+* パーソナルコース、グループコース用のキューで会話型実行を行うことも可能です。
29 
+
30 
+## ジョブの投入
31 
+
32 
+**実行例1:**  システムBのMPIプログラムの場合
33 
+
34 
+```nohighlight
35 
+$ tssrun -p gr19999b --rsc p=4 ./a.out
36 
+salloc: Granted job allocation 102362
37 
+salloc: Waiting for resource configuration
38 
+salloc: Nodes cnode3 are ready for job
39 
+My name is cnode3. My rank is 1.
40 
+My name is cnode3. My rank is 2.
41 
+My name is cnode3. My rank is 3.
42 
+My name is cnode3. My rank is 0.
43 
+salloc: Relinquishing job allocation 102362
44 
+
45 
+exit code: 0
46 
+```
47 
+**実行例2:** GUIプログラムを実行する場合
48 
+
49 
+
50 
+```nohighlight
51 
+$ tssrun -p gr19999b --x11 xeyes
52 
+salloc: Granted job allocation 102366
53 
+salloc: Waiting for resource configuration
54 
+salloc: Nodes <計算ノード名> are ready for job
55 
+（Xアプリケーションが起動する）
56 
+```
57 
+
58 
+<!--
59 
+## 会話型実行における制限{#limit}
60 
+
61 
+**パーソナルコースキューやグループコースキューを利用しない**会話型実行においては、以下のような制限が適用されます。
62 
+エントリコース以外のサービスコースを申し込まれている方は、[-pオプション](#option)を参考にキューを指定することで、以下の制限を回避することができます。
63 
+
64 
+#### ノードの共有
65 
+会話型実行用のノードはシステムごと（システムA,B,Cそれぞれta, tb, tcと呼ばれるキューに紐づけ）に用意されており、すべてのユーザがそれぞれのノードを共有して利用する形態となります。プログラム実行時はCPUコアを占有して排他的に実行するため、混雑時は実行が開始されるまでに時間がかかる場合があります。
66 
+
67 
+
68 
+#### ジョブの同時実行件数
69 
+**ひとりのユーザは同時に1個のジョブのみ実行(RUN)** できます。
70 
+2個目以降のジョブは待ち(PEND)になります。
71 
+
72 
+#### 利用可能なリソース上限
73 
+1ユーザが同時に利用できるCPUコア数、メモリ量には制限がかかっています。
74 
+[--rscオプション](#option)を指定することでCPUコア数やメモリ量を上限まで増やすことができます。
75 
+
76 
+システム      |  A    |  B    |  C     |  G   | cloud
77 
+:------------:|:-----:|:-----:|:------:|:----:|:------:
78 
+CPUコア数標準 | 1     | 1     | 1      | 1    | 1
79 
+CPUコア数上限 | 112   | 112   | 112    | 36   | 36
80 
+メモリ量標準  | 1024M |4096MB |18432MB |7168MB|13312MB
81 
+メモリ量上限  | 120G  |500G   |2030G   |500G  |500G
82 
+
83 
+
84 
+#### プログラムの経過時間制限
85 
+
86 
+会話型でプログラムを実行する場合、経過時間が標準の制限を超えると、プログラムは強制終了されます。 [-tオプション](#option) を指定することで、時間を上限まで増やすことができます。
87 
+
88 
+
89 
+システム                   |   A   |   B   |   C   |   G   | Cloud
90 
+:------------------------: |:-----:|:-----:|:-----:|:-----:|:-----:
91 
+経過時間標準(hour:minute)  |  1:00 |  1:00 |  1:00 |  1:00 |  1:00
92 
+経過時間上限(hour:minute)  | 24:00 | 24:00 | 24:00 | 24:00 | 24:00
93 
+-->
94 
+
95 
+## ジョブ情報の確認{#report}
96 
+
97 
+tssrunコマンドによる会話型実行では、ジョブ情報を確認することが可能です。
98 
+
99 
+コマンド  |　オプション |            説明           |        実行例
100 
+:------:|:-----:|:----------------------:|:------------------:
101 
+sacct   | -j _JOBID_   |  会話型実行のジョブ情報を表示する  |  sacct -j 102362
102 
+
103 
+コマンドとオプションに続けて、ジョブIDを指定する必要があります。ジョブIDは、tssrunコマンド実行時に表示される `salloc: Granted job allocation XXXXXX`のXXXXXXの部分です。
104 
+
105 
+会話型実行の終了後、24時間以上経過したものについては表示できません。
106 
+
107 
+#### 会話型実行が異常終了した場合のメッセージ
108 
+
109 
+会話型実行が異常終了した場合、ジョブ情報中に終了理由が表示されます。
110 
+
111 
+* メモリ制限による終了 (ノード全体のメモリの圧迫によるもの)
112 
+
113 
+
114 
+    ```nohighlight
115 
+    Can't malloc: Cannot allocate memory
116 
+    ```
117 
+
118 
+
119 
+* 経過時間制限による終了
120 
+
121 
+
122 
+    ```nohighlight
123 
+    slurmstepd: error: *** STEP 102368.0 ON <計算ノード名> CANCELLED AT 2022-11-04T15:34:36 DUE TO TIME LIMIT ***
124 
+    ```
125 
+
user/pages/07.run/03.resource/docs.en.md
History View file @452be89
0 126 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,174 @@
1 
+---
2 
+title: 'Allocation of Computing Resources'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## Computing resources allocated to the queue{#resources}
18 
+
19 
+The supercomputer system provides a queue for each service course you have applied for, and you can specify the queue to execute the jobs.
20 
+
21 
+All queues have three limits of computing resources for minimum, standard and maximum and the amount of computing resources available in the queue is determined.
22 
+
23 
+Contents   |               Meaning
24 
+:-------:|:------------------------------:
25 
+Minimum Resources(Rmin) |   Number of CPU cores always secured for the queue
26 
+Standard Resources(Rstd) |   Maximum number of CPU cores that can use jobs submitted to the queue
27 
+Maximum Resources(Rmax) |    Maximum number of CPU cores available in the entire queue
28 
+
29 
+
30 
+### Minimum Resources{#rmin}
31 
+
32 
+The minimum resources are the number of CPU cores that are always secured for the queue and is also called the minimum guaranteed resources.
33 
+During regular system operation, the number of CPU cores set as the minimum resources are guaranteed, regardless of system congestion.
34 
+
35 
+
36 
+### Standard Resources{#rstd}
37 
+
38 
+The standard resources are the maximum number of CPU cores that a submitted job to the queue can use.
39 
+You can specify the amount of resources to be allocated to a job by using the --rsc option when a job is submitted, but an error will occur if the resources which exceed standard resources are requested.
40 
+
41 
+
42 
+```nohighlight
43 
+$ sbatch --rsc p=400 ./jobscript.sh
44 
+Too many processors requested. Job not submitted.
45 
+```
46 
+
47 
+### Maximum Resources{#rmax}
48 
+
49 
+The maximum resources are the maximum number of CPU cores available in the entire queue. When system resources are available, jobs submitted to the queue are executed sequentially, and multiple jobs may be in the execution state at the same time.
50 
+However, the sum of the number of cores used by all jobs in the queue cannot exceed the maximum amount of resources. When the number of CPU cores used by the entire queue reaches the maximum resources, the job will be in the waiting state even if the system resources are available.
51 
+
52 
+<!--
53 
+### How to check the setting values{#view}
54 
+
55 
+You can check each limit value set for a queue with the **qgroup** command.
56 
+The values in the MIN/STD/ MAX columns of the displayed results correspond to the minimum resources / standard resources / maximum resource, respectively.
57 
+
58 
+
59 
+```nohighlight
60 
+$ qgroup
61 
+ QUEUE    SYS |   RUN  PEND OTHER | ALLOC ( MIN/ STD/ MAX) | READY
62 
+----------------------------------------------------------------
63 
+ gr19999a  A  |     1     0     0 |    64 (  68/ 136/ 272) | 64
64 
+ gr19999a  A  |     0     0     0 |     0 ( 136/ 272/ 544) | 192
65 
+```
66 
+-->
67 
+
68 
+## Initial value of computing resources and the maximum value that can be specified with the --rsc option{#resouce}
69 
+
70 
+| Option | Description | SystemD<br>Initial Value | <br>Maximum Value | SystemE<br>Initial Value | <br>Maximum Value | SystemG<br>Initial Value | <br>Maximum Value | Cloud<br>Initial Value |<br>Maximum Value |
71 
+| --- | --- | --- | --- |
72 
+| p | Number of processes | 1     |  [Standard Resources](/run/resource#group)<br>(When c=1) | 1      |  [Standard Resources](/run/resource#group)<br>(When c=1)    | 1   |  [Standard Resources](/run/resource#group)<br>(When c=1)    | 1  | 1   |
73 
+| t | Number of threads per process                | 1     | 112  | 1      | 112   | 1   | 36   | 1  | 36  |
74 
+| c | Number of cores per process                  | 1     | 112  | 1      | 112   | 1   | 36   | 1  | 36  |
75 
+| m | Amount of memory per process<br>(Unit：M, G) | 4571M | 512G | 18392M | 2060G | 8000M  | 512G |14222M | 512G|
76 
+| g | Number of GPUs                               | - | - | - | - |1      | [Standard Resources](/run/resource#group) | - | - |
77 
+<!--
78 
+| Option | Description | SysA<br>Initial Value |<br>Maximum Value  | SysB<br>Initial Value |<br>Maximum Value| SysC<br>Initial Value |<br>Maximum Value | SysG<br>Initial Value |<br>Maximum Value | Cloud<br>Initial Value |<br>Maximum Value |
79 
+| --- | --- | --- | --- |
80 
+|            |      | Initial Value | Maximum Value | Initial Value | Maximum Value | Initial Value | Maximum Value | Initial Value | Maximum Value | Initial Value | Maximum Value |
81 
+| p | Number of processes | 1 | [Standard Resources](/run/resource#group) | 1 | [Standard Resources](/run/resource#group) | 1 | [Standard Resources](/run/resource#group) | 1 | [Standard Resources](/run/resource#group) | 1 | 1 |
82 
+| t | Number of threads per process | 1 | 112 |  1 | 112 | 1 | 112 | 1 | 36 | 1 | 36 |
83 
+| c | Number of cores per process | 1 | 112 | 1 | 112 | 1 | 112 | 1 | 36 | 1 | 36 |
84 
+| m | Amount of memory per process<br>(Unit：M, G) | 1G | 120G | 4G | 500G | 18G | 2030G | 7G | 500G | 13G | 500G|
85 
+| g | Number of GPUs per process | - | - | - | - | - | - | None | [Standard Resources](/run/resource#group) | - | - |
86 
+-->
87 
+
88 
+
89 
+## Computing resources for group course queues{#group}
90 
+
91 
+A group course queue is an individual queue for a group that have applied for a group course.
92 
+
93 
+The amount of minimum resources, standard resources, and maximum resources are determined as follows
94 
+
95 
+Contents   |         Value
96 
+:----------:|:------------------------:
97 
+ Minimum Resources |   Value calculated from course type and standard resources
98 
+ Standard Resources |   Value indicated in the application form
99 
+ Maximum Resources |  Varies in the range of 1 to 2 times of the standard resources
100 
+
101 
+## Computing resources for large-scale job course queues{#large}
102 
+
103 
+The large-scale job course queue is an individual queue for those who have applied for the large-scale job course.
104 
+
105 
+The amount of minimum resources, standard resources, and maximum resources are determined as follows.
106 
+
107 
+Contents   |     Value
108 
+:-------:|:------------:
109 
+ Minimum Resources |   Same value as the standard resources
110 
+ Standard Resources |   Value indicated in the application form
111 
+ Maximum Resources |   Same value as the standard resources
112 
+
113 
+## Specific examples of options (--rsc) to secure resources
114 
+
115 
+We explain the function of the --rsc option with an example.
116 
+It is the same not only for the batch jobs but also for the --rsc option specified with tssrun.
117 
+
118 
+#### Precondition
119 
+
120 
+We assume system B here, but the rule of the --rsc option is the same for other systems.
121 
+
122 
+* Specifications per node for system B
123 
+  * CPU：112 Core
124 
+  * Memory：4096M per core (500G for entire node)
125 
+  * Hyper-Threading：Up to 2 threads per core
126 
+
127 
+#### Each parameter of the --rsc option
128 
+
129 
+* p : Number of MPI processes. Default 1
130 
+* t : Number of OpenMP threads per process. Default 1
131 
+* c : Number of cores per process. Default 1
132 
+* m : Amount of memory per process. Default 4096M
133 
+
134 
+
135 
+#### Example 1: Execute computation of OpenMP 4 threads
136 
+
137 
+```nohighlight
138 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=8G
139 
+```
140 
+* It allocate one threads per physical core of the CPU and execute.
141 
+* The available memory is 8 GB.
142 
+
143 
+#### Example 2: Execute computation of MPI 60 parallels
144 
+
145 
+```nohighlight
146 
+#SBATCH --rsc p=60:t=1:c=1
147 
+```
148 
+* It allocate one process per physical core of the CPU and execute.
149 
+* The available memory for each process is 4096M (default value) since the amount of memory per process is not specified.
150 
+
151 
+
152 
+#### Example 3: Hybrid parallel requiring MPI 6 parallels, OpenMP 4 threads per process, and 20G of memory
153 
+
154 
+
155 
+```nohighlight
156 
+#SBATCH --rsc p=6:t=4:c=4:m=20G
157 
+```
158 
+* It allocate one process per four cores of the CPU and allocate one thread per physical core of the CPU and execute.
159 
+* Please note the following process to allocate computing resources.
160 
+ * Our center manages memory in the form of tying memory to CPU cores, and in the case of system B, one CPU core must be allocated for every 4096 MB.
161 
+ * In this example, the amount of memory per process is specified as 20GB (m=20G), and from 20,000M/4,096M=4.88 cores, at least 5 cores must be allocated per process.
162 
+ * The larger value of the number of CPU cores specified by the --rsc option or the number of CPU cores required to allocate memory is used for the CPU cores allocated by the job scheduler.
163 
+ In this example, the number of CPU cores required to allocate memory exceeds the number of cores specified by the --rsc option, so the resources are allocated that the number of CPU cores used by one process is 5 cores.
164 
+ Please note that the process allocation is based on the values of c=4 and t=4 described in the --rsc option, so the remaining one core becomes an idle resource and is not actually used.
165 
+
166 
+#### Example 4: Execute OpenMP 224 parallels using hyper-threading
167 
+
168 
+```nohighlight
169 
+#SBATCH --rsc p=1:t=224:c=112:m=500G
170 
+```
171 
+* Allocate 112 physical cores on one node from p=1,c=112 and start 2 threads on one physical core from t=224.
172 
+* All memory available in one node (500 GB) is allocated from m=500G.
173 
+* Please note that if the value of m is not specified, the available memory will be the default of 4096 MB.
174 
+
user/pages/07.run/03.resource/docs.ja.md
History View file @452be89
0 175 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,206 @@
1 
+---
2 
+title: 計算資源の割り当て
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## キューに割り当てられる計算資源{#resources}
18 
+
19 
+スーパーコンピュータシステムでは、お申し込み頂いたサービスコースごとにキューを用意しており、そのキューを指定してジョブを実行いただけます。
20 
+
21 
+すべてのキューには、最小資源量、標準資源量、最大資源量の3つの制限値が設定されており、キューで利用できる計算資源の量が決められています。
22 
+
23 
+制限項目   |               意味
24 
+:-------:|:------------------------------:
25 
+ 最小資源量(Rmin) |       キューに対して常に確保されるCPUコア数
26 
+ 標準資源量(Rstd) |   キューに投入されたジョブが利用できるCPUコア数の最大値
27 
+ 最大資源量(Rmax) |      キュー全体で利用できるCPUコア数の最大値
28 
+
29 
+
30 
+### 最小資源量{#rmin}
31 
+
32 
+最小資源量は、キューに対して常に確保されるCPUコア数のことで、最低保証資源量ともよばれます。
33 
+システム定常稼働時には、システムの混雑状況によらず、最小資源量として設定された数のCPUコアを利用できることが保証されます。
34 
+
35 
+
36 
+### 標準資源量{#rstd}
37 
+
38 
+標準資源量は、キューに投入されたジョブが利用できるCPUコア数の最大値です。
39 
+ジョブ投入時に --rsc オプションを使うことでジョブに割り当てるリソース量を指定できますが、標準資源量を超えるリソース量を要求した場合にはエラーが発生します。
40 
+
41 
+
42 
+```nohighlight
43 
+$ sbatch --rsc p=400 ./jobscript.sh
44 
+Too many processors requested. Job not submitted.
45 
+```
46 
+
47 
+### 最大資源量{#rmax}
48 
+
49 
+最大資源量は、キュー全体で利用できるCPUコア数の最大値です。
50 
+システムの資源に空きがある場合、キューに投入されたジョブは順次実行され、複数のジョブが同時に実行状態となることもあります。しかし、キュー内のすべてのジョブの使用コア数の総和が最大資源量を超えることはできません。キュー全体で利用しているCPUコア数が最大資源量の値に達すると、たとえシステムの資源に空きがあったとしても、ジョブは実行待ち状態となります。
51 
+
52 
+<!--
53 
+### 設定値の確認方法{#view}
54 
+
55 
+キューに設定された各制限値は **qgroup** コマンドで確認できます。
56 
+表示された結果の MIN/ STD/ MAX列の値が、それぞれ、最小資源量/ 標準資源量/ 最大資源量に対応します。
57 
+
58 
+
59 
+```nohighlight
60 
+$ qgroup
61 
+ QUEUE    SYS |   RUN  PEND OTHER | ALLOC ( MIN/ STD/ MAX) | READY
62 
+----------------------------------------------------------------
63 
+ gr19999a  A  |     1     0     0 |    64 (  68/ 136/ 272) | 64
64 
+ gr19999a  A  |     0     0     0 |     0 ( 136/ 272/ 544) | 192
65 
+```
66 
+-->
67 
+
68 
+## 計算資源の初期値と--rscオプションで指定可能な最大値{#resouce}
69 
+
70 
+| オプション | 説明 | システムB<br>初期値 | <br>最大値 | システムC<br>初期値 | <br>最大値 | システムG<br>初期値 | <br>最大値 | クラウド<br>初期値 |<br>最大値 |
71 
+| --- | --- | --- | --- |
72 
+| p | プロセス数                               | 1     |  [標準資源量](/run/resource#group)<br>(c=1の場合) | 1      |  [標準資源量](/run/resource#group)<br>(c=1の場合)    | 1   |  [標準資源量](/run/resource#group)<br>(c=1の場合)    | 1  | 1   |
73 
+| t | プロセスあたりのスレッド数               | 1     | 112(224)   | 1      | 112(224)   | 1   | 64(128)   | 1  | 36(72)  |
74 
+| c | プロセスあたりのコア数                   | 1     | 112   | 1      | 112   | 1   | 64   | 1  | 36  |
75 
+| m | プロセスあたりのメモリ量<br>(単位：M, G) | 4571M | 512G | 18392M | 2060G | 8000M  | 512G |14222M | 512G|
76 
+| g | GPU数                                    |  - | - | - | - | 1    | [標準資源量](/run/resource#group) | - | - |
77 
+
78 
+* tの（）内は、ハイパースレッディングを有効にする場合の最大値です。なお、ハイパースレッディングを有効にする場合は、t=c✕2 となるように指定してください。
79 
+* mの値を指定しない場合は、プロセスあたりのメモリ量の初期値✕プロセスあたりのコア数が自動的に設定されます。
80 
+* mの値を指定した場合、それに比例してコア数を要求したと見なされます。具体的には以下のとおりです。
81 
+  * システムBを使用するジョブで、p=1:t=4:c=4:m=9142M (初期値4571M x2)と指定した場合、cオプションが4コア、mオプションが2コアを要求します。この時より多くのコアを確保するオプションのコア数がcの値として採用されるため、1プロセスあたり4コアのジョブとなります。なお、1プロセスあたり4コアを使用するジョブとなりますが、メモリは指定した資源量(9142M)が最大値となります。
82 
+  * システムBを使用するジョブで、p=1:t=2:c=2:m=13713M (初期値4571M x3)と指定した場合、cオプションが2コア、mオプションが3コアを要求します。この場合は、cオプションで要求したコア数よりも、mオプションで要求されるコア数のほうが大きいため、1プロセスあたり3コアのジョブとなります。
83 
+* システムGを利用する場合は、ptcmの各オプション または gオプションの何れかで資源を要求することができます。
84 
+ * ptcmの各オプションで資源を要求する場合は、16コアあたり1GPUが自動的に確保されます。
85 
+ * gオプションを用いてGPUを要求する場合は、以下のような挙動になります。
86 
+      * g=1とした場合は、1GPUの確保と同時に、p=1:c=16:m=128000M と同様のパラメータが自動的に設定されます。
87 
+      * g=2とした場合は、2GPUの確保と同時に、p=2:c=16:m=128000M と同様のパラメータが自動的に設定されます。1プロセスで2GPUを使用する場合は、ジョブスクリプトに記載するsrunコマンドに、-n 1 オプションを指定することで実現できます。(例: srun -n 1 ./a.out) 逆にプロセス数を増やしたい場合は、srun の -c オプションでプロセスあたりのコア数も併せて調整してください。(例: srun -n 9 -c 1 ./a.out)
88 
+
89 
+<!--
90 
+| オプション | 説明 | SysA<br>初期値 |<br>最大値  | SysB<br>初期値 |<br>最大値 | SysC<br>初期値 |<br>最大値 | SysG<br>初期値 |<br>最大値 | クラウド<br>初期値 |<br>最大値 |
91 
+| --- | --- | --- | --- |
92 
+|            |      | 初期値 | 最大値 | 初期値 | 最大値 | 初期値 | 最大値 | 初期値 | 最大値 | 初期値 | 最大値 |
93 
+| p | プロセス数 | 1 | [標準資源量](/run/resource#group) | 1 | [標準資源量](/run/resource#group) | 1 | [標準資源量](/run/resource#group) | 1 | [標準資源量](/run/resource#group) | 1 | 1 |
94 
+| t | プロセスあたりのスレッド数 | 1 | 112 |  1 | 112 | 1 | 112 | 1 | 36 | 1 | 36 |
95 
+| c | プロセスあたりのコア数 | 1 | 112 | 1 | 112 | 1 | 112 | 1 | 36 | 1 | 36 |
96 
+| m | プロセスあたりのメモリ量<br>(単位：M, G) | 1G | 120G | 4G | 500G | 18G | 2030G | 7G | 500G | 13G | 500G|
97 
+| g | プロセスあたりのGPU数 | - | - | - | - | - | - | なし | [標準資源量](/run/resource#group) | - | - |
98 
+-->
99 
+
100 
+## グループコースキューの計算資源{#group}
101 
+
102 
+
103 
+グループコースキューは、グループコースを申し込み頂いた方のグループに個別に用意されるキューです。
104 
+
105 
+最小資源量、標準資源量、最大資源量は以下のように決められます。
106 
+
107 
+制限項目   |          設定値
108 
+:-------:|:---------------------:
109 
+ 最小資源量 |   コースタイプと標準資源量から算出された値
110 
+ 標準資源量 |        申請書に記載された値
111 
+ 最大資源量 |       標準資源量の1倍〜2倍の範囲で変動
112 
+
113 
+<!--
114 
+## パーソナルコースキューの計算資源{#personal}
115 
+
116 
+
117 
+パーソナルコースキュー（pa、pb、pc）は、パーソナルコースを申し込み頂いた方のみが利用できる専用のキューです。パーソナルコースのキューについては、最小資源量、標準資源量、最大資源量ではなく、ユーザ当たりの利用CPUコア数で割り当て資源を設定しています。
118 
+
119 
+
120 
+キュー  | 1人のユーザが利用できるCPUコア数
121 
+:----:|:------------------:
122 
+ pa |         272
123 
+ pb |         144
124 
+ pc |         72
125 
+-->
126 
+
127 
+
128 
+## 大規模ジョブコースキューの計算資源{#large}
129 
+
130 
+
131 
+大規模ジョブコースキューは、大規模ジョブコースを申し込み頂いた方に個別に用意されるキューです。
132 
+
133 
+最小資源量、標準資源量、最大資源量は以下のように決められます。
134 
+
135 
+制限項目   |     設定値
136 
+:-------:|:------------:
137 
+ 最小資源量 |   標準資源量と同じ値
138 
+ 標準資源量 |   申請書に記載された値
139 
+ 最大資源量 |   標準資源量と同じ値
140 
+
141 
+## リソースを確保するオプション (--rsc) の具体例 {#rscoption}
142 
+
143 
+ここでは、--rsc オプションの働きを、例示しながら説明します。
144 
+なお、バッチジョブに限らず、tssrun で指定する --rsc オプションでも同様です。
145 
+
146 
+#### 前提
147 
+
148 
+ここではシステムBを想定しますが、他のシステムでも--rscオプションの法則は同様です。
149 
+
150 
+* システムBの1ノード当たりのスペック
151 
+  * CPU：112コア
152 
+  * メモリ：1コアあたり4096M (ノード全体では 500G)
153 
+  * ハイパースレッディング：1コアあたり2スレッドまで
154 
+
155 
+#### --rscオプションの各パラメータ
156 
+
157 
+* p : MPIプロセス数。デフォルト1
158 
+* t : プロセスごとのOpenMPスレッド数。デフォルト1
159 
+* c : プロセスごとのコア数。デフォルト1
160 
+* m : プロセスごとのメモリ量。デフォルト4096M
161 
+
162 
+
163 
+#### 例1：OpenMP 4スレッドの計算を実行
164 
+
165 
+```nohighlight
166 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=8G
167 
+```
168 
+* CPUの物理コアに1スレッドずつ割り付けて実行します。
169 
+* 使用できるメモリ量は8GBとなります。
170 
+
171 
+#### 例2：MPI 60並列の計算を実行
172 
+
173 
+```nohighlight
174 
+#SBATCH --rsc p=60:t=1:c=1
175 
+```
176 
+* CPUの物理コアに1プロセスずつ割り付けて実行します。
177 
+* プロセスあたりのメモリ量の指定がされていないため、各プロセスの利用できるメモリは4096M(初期値)となります。
178 
+
179 
+
180 
+#### 例3：MPI 6並列かつ1プロセスあたりOpenMP 4スレッド、メモリ20Gを必要とするハイブリッド並列
181 
+
182 
+```nohighlight
183 
+#SBATCH --rsc p=6:t=4:c=4:m=20G
184 
+```
185 
+* CPU4コアに1プロセスずつ割り付け、CPUの物理コアに1スレッドずつ割り付けて実行します。
186 
+* ただし、計算資源の確保としては以下のような動きとなりますのでご注意ください。
187 
+ * 本センターでは、CPUコアにメモリを紐付ける形で管理をしており、システムBの場合は4096MB毎にCPU1コアを
188 
+確保する必要があります。
189 
+ * この例では、プロセスあたりのメモリ量を20GB(m=20G)と指定しており、20,000M/4,096M=4.88 コア から、
190 
+1プロセスあたり最低5コアを割り当てる必要があります。
191 
+ * ジョブスケジューラが確保するCPUコアは、--rscオプションで指定するCPUコア数と、メモリを確保するために
192 
+必要となるCPUコア数の何れか大きい値が採用されます。
193 
+この例の場合、メモリを確保するために必要なCPUコア数が、--rscオプションで指定するコア数を上回っており、
194 
+1プロセスで使用するCPUコア数は5コアとして資源確保が行われます。
195 
+なお、プロセスの割付は、--rscオプションで記載した、c=4,t=4の値を元に行われますので、残りの1コアは
196 
+遊休資源となり、実際に使われることはありません。
197 
+
198 
+#### 例4：ハイパースレッディングを利用してOpenMP 224並列を実行する
199 
+
200 
+```nohighlight
201 
+#SBATCH --rsc p=1:t=224:c=112:m=500G
202 
+```
203 
+* p=1,c=112により1ノードの112物理コアを確保し、t=224により1個の物理コアに2スレッドを起動します。
204 
+* m=500Gにより、1ノードで利用できる全メモリ（500GB）を確保しています。
205 
+* なお、mの値を指定しないと、利用できるメモリはデフォルトの4096MBになってしまいます。
206 
+
user/pages/07.run/04.tips/docs.en.md
History View file @452be89
0 207 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,286 @@
1 
+---
2 
+title: 'Tips for Job Execution'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Variables{#env_val}
17 
+### Setting and Reference of the Environment Variables
18 
+Use export command to set environment variables and add "$" at the beginning of variable names to refer to the environment variables.
19 
+
20 
+* Setting of the Environment Variables
21 
+```nohighlight
22 
+#Format　Environment Variable Name=Value; export Environment Variable Name
23 
+LANG=en_US.UTF-8; export LANG
24 
+```
25 
+
26 
+* Referene of the Environment Variables
27 
+```nohighlight
28 
+echo $LANG
29 
+```
30 
+
31 
+### Environment variables set when executing jobs
32 
+|Environment Variable Name|Meaning|
33 
+| ---           |--- |
34 
+|$SLURM_CPUS_ON_NODE|the number of Cores/Node|
35 
+|$SLURM_CPUS_PER_TASK|the number of Cores per task|
36 
+|$SLURM_JOB_ID|Job ID (Use $SLURM_ARRAY_JOB_ID for array jobs)|
37 
+|$SLURM_ARRAY_JOB_ID|Parent job ID when executing array job|
38 
+|$SLURM_ARRAY_TASK_ID|Task ID when executing array job|
39 
+|$SLURM_JOB_NAME|Job name|
40 
+|$SLURM_JOB_NODELIST|Name of nodes allocated to the job|
41 
+|$SLURM_JOB_NUM_NODES|Number of nodes allocated to the job|
42 
+|$SLURM_LOCALID|Index of executing node in node|
43 
+|$SLURM_NODEID|Index relative to the node allocated to the job|
44 
+|$SLURM_NTASKS|Number of processes for the job|
45 
+|$SLURM_PROCID|Index of tasks for the job|
46 
+|$SLURM_SUBMIT_DIR|Submit directory|
47 
+|$SLURM_SUBMIT_HOST|Source host|
48 
+
49 
+## Options not available when submitting jobs{#sbatch_ignore}
50 
+
51 
+Please note that the following options cannot be specified following #SBATCH in the job script.
52 
+
53 
+|Option | | | | |
54 
+| --- | --- | --- | --- | --- |
55 
+| --batch | --clusters(-M) | --constraint(-C) | --contiguous | --core-spec(-S) |
56 
+| --cores-per-socket | --cpus-per-gpu | --cpus-per-task(-c) | --distribution(-m) | --exclude(-x) |
57 
+| --exclusive | --gpu-bind | --gpus(-G) | --gpus-per-node | --gpus-per-socket |
58 
+| --gres | --gres-flags | --mem | --mem-bind | --mem-per-cpu |
59 
+| --mem-per-gpu | --mincpus | --nodefile(-F) | --nodelist(-w) | --nodes(-N) |
60 
+| --ntasks(-n) | --ntasks-per-core | --ntasks-per-gpu | --ntasks-per-node | --ntasks-per-socket |
61 
+| --overcommit(-O) | --oversubscribe(-s) | --qos(-q) | --sockets-per-node | --spread-job |
62 
+| --switches | --thread-spec | --threads-per-core | --use-min-nodes | |
63 
+| --get-user-env | --gid | --priority | --reboot | --uid |
64 
+
65 
+
66 
+## /tmp Area
67 
+
68 
+The /tmp area can be used as a temporary data write destination on our supercomputer system. In some cases, programs with detail file I/O can be processed faster by using /tmp.
69 
+
70 
+/tmp is a private area for each job so that files are not mixed with those of other jobs.
71 
+ Please take advantage of this feature to avoid mixing files with those of other jobs.
72 
+
73 
+Please note that the /tmp area is automatically deleted at the end of the job. To keep the files written to /tmp, you must include a description to copy the files to /home or /LARGE0,/LARGE1 in the job script . Please note that the deleted files cannot be retrieved later.
74 
+
75 
+### Specific Examples of using /tmp
76 
+
77 
+* Specify /tmp as the write destination of the file if programmatically possible to specify.
78 
+* Place files to be read repeatedly in /tmp before program execution starts.
79 
+* Place programs and input files that access files by relative PATH in /tmp and execute.
80 
+
81 
+### Available /tmp capacity
82 
+
83 
+/tmp capacity available for each system is calculated from
84 
+`Number of processes x number of cores per process x capacity per core per system (see the following table)`
85 
+
86 
+|System Name | Capacity per core |
87 
+|---------- | -----------------|
88 
+|System B  |   8.9G           |
89 
+|System C  |   8.9G           |
90 
+|System G  |   15.6G          |
91 
+|Cloud   |   94G            |
92 
+<!--
93 
+|System A  |   2.4G           |
94 
+|System B  |   8.9G           |
95 
+|System C  |   8.9G           |
96 
+|System G  |   15.6G          |
97 
+-->
98 
+
99 
+For example, if a job with 4 processes (8 cores per process) is submitted on System B,
100 
+from `4 x 8 x 8.9`, **284.8GB** will be allocated.
101 
+
102 
+## Specify the order of the job execution{#dependency}
103 
+It is possible to control the timing of the job execution start to be submitted according to the execution status of jobs that have already been submitted. Specifically, it is available by adding the following information to the job submission options column.
104 
+
105 
+```nohighlight
106 
+#SBATCH -d <Commands specifying the execution order>:<Job ID already submitted>
107 
+```
108 
+For example, if job script A has been successfully completed execution and you wish to continue executing job script B, you can use the following procedure.
109 
+
110 
+1. Submit job script A to the job.
111 
+2. If the job ID of the job submitted in 1. is "200", job script B will be as follows.
112 
+*
113 
+```nohighlight
114 
+#!/bin/bash
115 
+#============ SBATCH Directives =======
116 
+#SBATCH -p gr19999b
117 
+#SBATCH -t 2:0:0
118 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G
119 
+#SBATCH -d afterok:200
120 
+#SBATCH -o %x.%j.out
121 
+#============ Shell Script ============
122 
+srun ./a.out
123 
+```
124 
+
125 
+3. Submit job script B to the job.
126 
+
127 
+You can select the specified command of the execution order from the following four options.
128 
+
129 
+|Specified commands of the execution order| Meaning|
130 
+|--- | --- |
131 
+|after | Execute the job after the start of the specified job.|
132 
+|afterany|Execute the job after the specified job ends.|
133 
+|afterok|Execute the job when the specified job ends normally. If the specified job ends abnormally, it will ends without being executed. |
134 
+|afternotok|Execute the job when the specified job ends abnormally. If the specified job ends normally, it will ends without being executed .|
135 
+
136 
+## Execution of array jobs{#arrayjob}
137 
+
138 
+You can execute  multiple jobs with different parameters in a single job script with the function of the array job.
139 
+Specifically, it is available by adding the following information to the job submission options column.
140 
+```nohighlight
141 
+#SBATCH -a <start_num>-<end_num>[option]
142 
+```
143 
+For example, you can execute a job to transfer 1.data, 2.data, and 3.data placed in the same directory as the job script to ./a.out and analyze by writing a following job script.
144 
+
145 
+```nohighlight
146 
+#!/bin/bash
147 
+#============ SBATCH Directives =======
148 
+#SBATCH -p gr19999b
149 
+#SBATCH -t 2:0:0
150 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G
151 
+#SBATCH -a 1-3
152 
+#SBATCH -o %x.%A_%a.out
153 
+## %x is replaced by the job name, %A by the array job ID, and %a by the array task ID.
154 
+#============ Shell Script ============
155 
+srun ./a.out ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.data
156 
+```
157 
+The following options can be set in the [option] field.
158 
+
159 
+|Description in [option] |Execution details|
160 
+|---  | ---    |
161 
+|:[0-9] | Execute every specified number. For example, if you specify "1-5:2", 1,3,5 will be executed.|
162 
+|%[0-9] | The specified number is set as the maximum number of the concurrent executions.For example, if  you specify "%2", the maximum number of concurrent executions will be "2". |
163 
+
164 
+## How to execute multiple programs concurrently on a single computing node{#multirun}
165 
+
166 
+You can use computing resources effectively by executing multiple programs concurrently as a single job.
167 
+You can execute multiple programs concurrently as a single job by describing multiple execution commands in a shell script and executing the shell script.
168 
+
169 
+※This method is for a sequential program or a program that is thread-parallelized by OpenMP or automatic parallelization functions.
170 
+※It is not possible to execute multiple MPI programs concurrently as a single job.
171 
+
172 
+An example of each script is shown below.
173 
+
174 
+#### Sequential Execution (1 thread per program)
175 
+
176 
+** Job scripts to be executed by sbatch command (sequential) **
177 
+
178 
+※The following script is a sample of executing four programs concurrently.
179 
+
180 
+```nohighlight
181 
+#!/bin/bash
182 
+#============ SBATCH Directives =======
183 
+#SBATCH -p gr19999b
184 
+#SBATCH --rsc p=4:t=1:c=1:m=3G
185 
+#SBATCH -o %x.%j.out
186 
+#============ Shell Script ============
187 
+srun ./multiprocess.sh
188 
+```
189 
+
190 
+* Specify the queue with the -p option.
191 
+* Specify the resource to be used with the --rsc option as follows.
192 
+    * The argument p is the number of processes to be used.
193 
+       * Specify the number of programs you wish to execute concurrently. In this case, the number is 4.
194 
+    * The argument c is the number of cores to be used per process (program).
195 
+        * Since the program is a single-threaded execution, specify 1.
196 
+    * The argument t is the number of threads to be used per process (program).
197 
+        * Since the program is a single-threaded execution, specify 1.
198 
+    * The argument m is the amount of memory per memory process (program) to be used.
199 
+* Describe the path of the **shell script** to be executed following the srun command.
200 
+
201 
+** Shell scripts to be executed in job scripts (sequential)  **
202 
+
203 
+```nohighlight
204 
+#!/bin/bash
205 
+case $SLURM_PROCID in
206 
+    0) ./a1.out ;;
207 
+    1) ./a2.out ;;
208 
+    2) ./a3.out ;;
209 
+    3) ./a4.out ;;
210 
+
211 
+esac
212 
+```
213 
+
214 
+* When resources are allocated, a rank number is assigned to each process.
215 
+* When the process is executed, it is possible to read the assigned rank number from the environment variable SLURM_PROCID.
216 
+* By creating shell scripts that use rank numbers to branch processing, it is possible to separate the programs to be executed by process.
217 
+This allows multiple programs to be executed concurrently as a single job.
218 
+
219 
+#### OpenMP Execution
220 
+
221 
+** Job script to be executed by sbatch command (OpenMP) **
222 
+
223 
+※The following script is a sample to execute 8 programs with 4 threads execution concurrently.
224 
+
225 
+```nohighlight
226 
+#!/bin/bash
227 
+#============ SBATCH Directives =======
228 
+#SBATCH -p gr19999b
229 
+#SBATCH -t 2:0:0
230 
+#SBATCH --rsc p=8:t=4:c=4:m=3G
231 
+#SBATCH -o %x.%j.out
232 
+#============ Shell Script ============
233 
+srun ./multiprocess.sh
234 
+```
235 
+
236 
+* Specify the queue with the -p option.
237 
+* Specify the resource to be used with the --rsc option as follows.
238 
+    * The argument p is the number of processes to be used.
239 
+         * Specify the number of programs you wish to execute concurrently. In this case, the number is 8.
240 
+    * The argument c is the number of cores to be used per process (program) .
241 
+         * The program is a 4-thread execution, so 4 is specified.
242 
+    * The argument t is the number of threads to be used per process (program) used.
243 
+         * The program is a 4-thread execution, so 4 is specified.
244 
+    * The argument m is the amount of memory per process (program) to be used.
245 
+* Describe the path of the **shell script** to be executed following the srun command.
246 
+
247 
+
248 
+** Shell scripts (OpenMP) to be executed in job scripts **
249 
+
250 
+```nohighlight
251 
+#!/bin/bash
252 
+case $SLURM_PROCID in
253 
+    0)  ./aaa.out ;;
254 
+    1)  ./bbb.out ;;
255 
+    2)  ./ccc.out ;;
256 
+    3)  ./ddd.out ;;
257 
+    4)  ./eee.out ;;
258 
+    5)  ./fff.out ;;
259 
+    6)  ./ggg.out ;;
260 
+    7)  ./hhh.out ;;
261 
+
262 
+esac
263 
+```
264 
+
265 
+* When resources are allocated, a rank number is assigned to each process.
266 
+* When the process is executed, it is possible to read the assigned rank number from the environment variable SLURM_PROCID.
267 
+* By creating shell scripts that use rank numbers to branch processing, it is possible to separate the programs to be executed by process. This allows multiple programs to be executed concurrently as a single job.
268 
+
269 
+By specifying "\#SBATCH --rsc t=4" in the job script, the job scheduler is automatically configured to use 4 threads per process. Therefore, in the above shell script, each program is executed with 4 threads.
270 
+
271 
+If you want to vary the number of threads per process, define ** OMP_NUM_THREADS={number of threads you want to use} ** for each process as follows.
272 
+
273 
+```nohighlight
274 
+#!/bin/bash
275 
+case $SLURM_PROCID in
276 
+    0) export OMP_NUM_THREADS=1; ./aaa.out ;;
277 
+    1) export OMP_NUM_THREADS=2; ./bbb.out ;;
278 
+    2) export OMP_NUM_THREADS=2; ./ccc.out ;;
279 
+    3) export OMP_NUM_THREADS=3; ./ddd.out ;;
280 
+    4) export OMP_NUM_THREADS=3; ./eee.out ;;
281 
+    5) export OMP_NUM_THREADS=4; ./fff.out ;;
282 
+    6) export OMP_NUM_THREADS=4; ./ggg.out ;;
283 
+    7) export OMP_NUM_THREADS=4; ./hhh.out ;;
284 
+
285 
+esac
286 
+```
user/pages/07.run/04.tips/docs.ja.md
History View file @452be89
0 287 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,294 @@
1 
+---
2 
+title: ジョブ実行のヒント
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 環境変数{#env_val}
17 
+### 環境変数の設定と参照
18 
+環境変数の設定にはexportコマンドを使用し、環境変数を参照する場合は変数名の先頭に「$」を付与して記述します。
19 
+
20 
+* 環境変数の設定
21 
+```nohighlight
22 
+#書式　環境変数名=値; export 環境変数名
23 
+LANG=en_US.UTF-8; export LANG
24 
+```
25 
+
26 
+* 環境変数の参照
27 
+```nohighlight
28 
+echo $LANG
29 
+```
30 
+
31 
+### ジョブ実行時に設定される環境変数
32 
+|環境変数名|意味|
33 
+| ---           |--- |
34 
+|$SLURM_CPUS_ON_NODE|コア数/ノード|
35 
+|$SLURM_CPUS_PER_TASK|タスクごとのコア数|
36 
+|$SLURM_JOB_ID|ジョブID (アレイジョブの場合は $SLURM_ARRAY_JOB_ID を使用してください)|
37 
+|$SLURM_ARRAY_JOB_ID|アレイジョブ実行時の親となるジョブID|
38 
+|$SLURM_ARRAY_TASK_ID|アレイジョブ実行時のタスクID|
39 
+|$SLURM_JOB_NAME|ジョブ名|
40 
+|$SLURM_JOB_NODELIST|ジョブに割り当てられたノード|
41 
+|$SLURM_JOB_NUM_NODES|ジョブに割り当てられているノード数|
42 
+|$SLURM_LOCALID|ノード内の実行中のノードのインデックス|
43 
+|$SLURM_NODEID|ジョブに割り当てられたノードに対する相対的なインデックス|
44 
+|$SLURM_NTASKS|ジョブのプロセス数|
45 
+|$SLURM_PROCID|ジョブに対するタスクのインデックス|
46 
+|$SLURM_SUBMIT_DIR|サブミットディレクトリ|
47 
+|$SLURM_SUBMIT_HOST|送信元ホスト|
48 
+
49 
+## ジョブ投入時に使用できないオプション{#sbatch_ignore}
50 
+
51 
+以下のオプションはsbatchコマンドおよびジョブスクリプトの #SBATCH の指示文で指定できませんのでご注意ください。
52 
+
53 
+|オプション | | | | |
54 
+| --- | --- | --- | --- | --- |
55 
+| --batch | --clusters(-M) | --constraint(-C) | --contiguous | --core-spec(-S) |
56 
+| --cores-per-socket | --cpus-per-gpu | --cpus-per-task(-c) | --distribution(-m) | --exclude(-x) |
57 
+| --exclusive | --gpu-bind | --gpus(-G) | --gpus-per-node | --gpus-per-socket |
58 
+| --gres | --gres-flags | --mem | --mem-bind | --mem-per-cpu |
59 
+| --mem-per-gpu | --mincpus | --nodefile(-F) | --nodelist(-w) | --nodes(-N) |
60 
+| --ntasks(-n) | --ntasks-per-core | --ntasks-per-gpu | --ntasks-per-node | --ntasks-per-socket |
61 
+| --overcommit(-O) | --oversubscribe(-s) | --qos(-q) | --sockets-per-node | --spread-job |
62 
+| --switches | --thread-spec | --threads-per-core | --use-min-nodes | |
63 
+| --get-user-env | --gid | --priority | --reboot | --uid |
64 
+
65 
+
66 
+## /tmp 領域について
67 
+
68 
+本センターのスーパーコンピュータシステムでは、/tmpの領域を一時的なデータの書き込み先として利用できます。
69 
+細かいファイルI/Oを伴うプログラムは、/tmpを利用したほうが高速に処理できるケースがあります。
70 
+
71 
+/tmpはジョブごとにプライベートな領域として用意しますので、他のジョブとファイルが
72 
+混在しないように作りこんでありますので、ぜひご活用ください。
73 
+
74 
+なお、/tmp の領域は、ジョブの終了時に自動で削除されますので、/tmpに書き込んだファイルを
75 
+残すためには、ジョブスクリプトに /homeや/LARGE0,/LARGE1 にファイルをコピーする
76 
+記述を含めて頂く必要があります。あとから取り出すことはできませんので、ご注意ください。
77 
+
78 
+### /tmpを使用する具体例
79 
+
80 
+* プログラムで指定が可能な場合は、ファイルの書き込み先を /tmp に指定する。
81 
+* 繰り返し読み込むファイルをプログラム実行開始前に /tmp に配置する。
82 
+* 相対PATHでファイルにアクセスするプログラムや入力ファイルを、/tmp に配置したうえで実行する。
83 
+
84 
+### 利用可能な/tmpの容量
85 
+
86 
+各システムで利用可能な/tmpの容量は、
87 
+`プロセス数 x プロセスあたりのコア数 x システム毎のコアあたりの容量(次表参照)`
88 
+で求めることができます。
89 
+
90 
+|システム名 | コアあたりの容量 |
91 
+|---------- | -----------------|
92 
+|システムB  |   8.9G           |
93 
+|システムC  |   8.9G           |
94 
+|システムG  |   15.6G          |
95 
+|クラウド   |   94G            |
96 
+<!--
97 
+|システムA  |   2.4G           |
98 
+|システムB  |   8.9G           |
99 
+|システムC  |   8.9G           |
100 
+|システムG  |   15.6G          |
101 
+-->
102 
+
103 
+例えば、システムBで4プロセス(1プロセスあたり 8コア) のジョブを投入した場合は
104 
+`4 x 8 x 8.9` から、**284.8GB** の割当が行われます。
105 
+
106 
+## ジョブの実行順序を指定する{#dependency}
107 
+すでに投入されたジョブの実行状況に合わせて、これから投入するジョブの実行開始のタイミングを制御することができます。
108 
+具体的には、ジョブ投入オプション欄に以下の内容を追記することで、実現することができます。
109 
+```nohighlight
110 
+#SBATCH -d <実行順序の指定コマンド>:<すでに投入済みのジョブID>
111 
+```
112 
+
113 
+例えば、ジョブスクリプトAの実行が正常に終了した場合に、ジョブスクリプトBを続けて実行したい場合は、
114 
+以下の手順で実現することができます。
115 
+
116 
+1. ジョブスクリプトAをジョブに投入します。
117 
+2. 1.で投入したジョブのジョブIDが「200」の場合、ジョブスクリプトBは以下のようになります。
118 
+*
119 
+```nohighlight
120 
+#!/bin/bash
121 
+#============ SBATCH Directives =======
122 
+#SBATCH -p gr19999b
123 
+#SBATCH -t 2:0:0
124 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G
125 
+#SBATCH -d afterok:200
126 
+#SBATCH -o %x.%j.out
127 
+#============ Shell Script ============
128 
+srun ./a.out
129 
+```
130 
+
131 
+3. ジョブスクリプトBをジョブに投入します。
132 
+
133 
+
134 
+なお、実行順序の指定は以下の4つから選ぶことができます。
135 
+
136 
+|実行順序の指定コマンド| 意味|
137 
+|--- | --- |
138 
+|after | 指定したジョブの開始後にジョブを実行する。|
139 
+|afterany|指定したジョブの終了後にジョブを実行する。|
140 
+|afterok|指定したジョブが正常終了した場合にジョブを実行する。なお、指定したジョブが異常終了した場合は実行されずに終了します。|
141 
+|afternotok|指定したジョブが異常終了した場合にジョブを実行する。なお、指定したジョブが正常終了した場合は実行されずに終了します。|
142 
+
143 
+## アレイジョブの実行{#arrayjob}
144 
+アレイジョブ機能を用いることで、パラメータが異なる複数のジョブを1つのジョブスクリプトで実行することができます。
145 
+具体的には、ジョブ投入オプション欄に以下の内容を追記することで、実現することができます。
146 
+```nohighlight
147 
+#SBATCH -a <start_num>-<end_num>[option]
148 
+```
149 
+
150 
+例えば、./a.out に ジョブスクリプトと同一ディレクトリに配置した、1.data, 2.data, 3.data を渡して解析を行う
151 
+ジョブを実行したい場合は、以下のようなジョブスクリプトを書くことによって、実現することができます。
152 
+```nohighlight
153 
+#!/bin/bash
154 
+#============ SBATCH Directives =======
155 
+#SBATCH -p gr19999b
156 
+#SBATCH -t 2:0:0
157 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G
158 
+#SBATCH -a 1-3
159 
+#SBATCH -o %x.%A_%a.out
160 
+## %xはジョブ名、%AはアレイジョブID、%aはアレイタスクIDに置換されます。
161 
+#============ Shell Script ============
162 
+srun ./a.out ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}.data
163 
+```
164 
+
165 
+なお、[option] には以下オプションを設定することができます。
166 
+
167 
+|[option]に記載する内容|実行内容|
168 
+|---  | ---    |
169 
+|:[0-9] | 指定した数値毎に実行する。例えば 「1-5:2」とした場合は、1,3,5が実行される。|
170 
+|%[0-9] | 指定した数値が同時実行数の最大値として設定される。例えば「%2」とした場合は、同時実行数の最大値は「2」となる。|
171 
+
172 
+## 1台の計算ノードで複数のプログラムを同時に実行する方法{#multirun}
173 
+
174 
+1つのジョブの中で、複数のプログラムを同時に実行させることによって、計算資源を有効に利用することができます。
175 
+複数のプログラムを1つのジョブとして同時に実行させるためには、シェルスクリプト中に複数の実行コマンドを記載し、そのシェルスクリプトを実行するようにします。
176 
+
177 
+※本手法の対象は、逐次プログラムもしくはOpenMPや自動並列化機能でスレッド並列化したプログラムです。
178 
+※複数のMPIプログラムを1つのジョブとして同時に実行させることはできません。
179 
+
180 
+各スクリプトの例を以下に記します。
181 
+
182 
+#### 逐次実行(1プログラムあたり1スレッド)
183 
+
184 
+** sbatchコマンドで実行するジョブスクリプト(逐次) **
185 
+
186 
+※下記のスクリプトは、プログラムを4つ同時に実行する場合のサンプルです
187 
+
188 
+```nohighlight
189 
+#!/bin/bash
190 
+#============ SBATCH Directives =======
191 
+#SBATCH -p gr19999b
192 
+#SBATCH --rsc p=4:t=1:c=1:m=3G
193 
+#SBATCH -o %x.%j.out
194 
+#============ Shell Script ============
195 
+srun ./multiprocess.sh
196 
+```
197 
+
198 
+* キューを -p オプションで指定します。
199 
+* 使用するリソースを --rsc オプションで下記の通り指定します。
200 
+    * 引数pには使用するプロセス数。
201 
+       * 同時に実行したいプログラム数を指定してください。ここでは4となります。
202 
+    * 引数cには利用するプロセス（プログラム）あたりに使用するコア数。
203 
+        * プログラムはシングルスレッド実行ですので、1を指定します。
204 
+    * 引数tには利用するプロセス（プログラム）あたりに使用するスレッド数。
205 
+        * プログラムはシングルスレッド実行ですので、1を指定します。
206 
+    * 引数mには利用するメモリプロセス（プログラム）辺りの容量。
207 
+* srunコマンドに続けて実行する**シェルスクリプト**のパスを記載します。
208 
+
209 
+** ジョブスクリプト中で実行するシェルスクリプト（逐次） **
210 
+
211 
+```nohighlight
212 
+#!/bin/bash
213 
+case $SLURM_PROCID in
214 
+    0) ./a1.out ;;
215 
+    1) ./a2.out ;;
216 
+    2) ./a3.out ;;
217 
+    3) ./a4.out ;;
218 
+
219 
+esac
220 
+```
221 
+
222 
+* リソースを確保すると、それぞれのプロセスごとにランク番号が付与されます。
223 
+* プロセスが実行されると、環境変数 SLURM_PROCID から割り当てられたランク番号を読み出すことが可能となります。
224 
+* ランク番号を用いて処理分岐を行うシェルスクリプトを作成することで、実行するプログラムをプロセスごとに分けることが可能となります。
225 
+これによって、複数のプログラムを1つのジョブとして同時に実行する事が可能となります。
226 
+
227 
+#### OpenMP実行
228 
+
229 
+** sbatchコマンドで実行するジョブスクリプト(OpenMP) **
230 
+
231 
+※下記のスクリプトは、4スレッド実行のプログラムを8つ同時に実行する場合のサンプルです
232 
+
233 
+```nohighlight
234 
+#!/bin/bash
235 
+#============ SBATCH Directives =======
236 
+#SBATCH -p gr19999b
237 
+#SBATCH -t 2:0:0
238 
+#SBATCH --rsc p=8:t=4:c=4:m=3G
239 
+#SBATCH -o %x.%j.out
240 
+#============ Shell Script ============
241 
+srun ./multiprocess.sh
242 
+```
243 
+
244 
+* キューを -p オプションで指定します。
245 
+* 使用するリソースを --rsc オプションで下記の通り指定します。
246 
+    * 引数pには使用するプロセス数。
247 
+         * 同時に実行したいプログラム数を指定してください。ここでは8となります。
248 
+    * 引数cには利用するプロセス（プログラム）あたりに使用するコア数。
249 
+         * プログラムは４スレッド実行ですので、4を指定します。
250 
+    * 引数tには利用するプロセス（プログラム）あたりに使用するスレッド数。
251 
+         * プログラムは4スレッド実行ですので、4を指定します。
252 
+    * 引数mには利用するメモリのプロセス（プログラム）辺りの容量。
253 
+* srunコマンドに続けて実行する**シェルスクリプト**のパスを記載します。
254 
+
255 
+
256 
+** ジョブスクリプト中で実行するシェルスクリプト（OpenMP） **
257 
+
258 
+```nohighlight
259 
+#!/bin/bash
260 
+case $SLURM_PROCID in
261 
+    0)  ./aaa.out ;;
262 
+    1)  ./bbb.out ;;
263 
+    2)  ./ccc.out ;;
264 
+    3)  ./ddd.out ;;
265 
+    4)  ./eee.out ;;
266 
+    5)  ./fff.out ;;
267 
+    6)  ./ggg.out ;;
268 
+    7)  ./hhh.out ;;
269 
+
270 
+esac
271 
+```
272 
+
273 
+* リソースを確保すると、それぞれのプロセスごとにランク番号が付与されます。
274 
+* プロセスが実行されると、環境変数 SLURM_PROCID から割り当てられたランク番号を読み出すことが可能となります。
275 
+* ランク番号を用いて処理分岐を行うシェルスクリプトを作成することで、実行するプログラムをプロセスごとに分けることが可能となります。  これによって、複数のプログラムを1つのジョブとして同時に実行する事が可能となります。
276 
+
277 
+ジョブスクリプトで「\#SBATCH --rsc t=4」 を指定したことで、ジョブスケジューラによって1プロセスあたり4スレッド使用する設定が自動的に行われます。  そのため、上記シェルスクリプトでは各プログラムを4スレッドで実行されます。
278 
+
279 
+プロセスごとにスレッド数を変化させたい場合は、下記のように ** OMP_NUM_THREADS={使用したいスレッド数} ** をプロセスごとに定義します。
280 
+
281 
+```nohighlight
282 
+#!/bin/bash
283 
+case $SLURM_PROCID in
284 
+    0) export OMP_NUM_THREADS=1; ./aaa.out ;;
285 
+    1) export OMP_NUM_THREADS=2; ./bbb.out ;;
286 
+    2) export OMP_NUM_THREADS=2; ./ccc.out ;;
287 
+    3) export OMP_NUM_THREADS=3; ./ddd.out ;;
288 
+    4) export OMP_NUM_THREADS=3; ./eee.out ;;
289 
+    5) export OMP_NUM_THREADS=4; ./fff.out ;;
290 
+    6) export OMP_NUM_THREADS=4; ./ggg.out ;;
291 
+    7) export OMP_NUM_THREADS=4; ./hhh.out ;;
292 
+
293 
+esac
294 
+```
user/pages/07.run/05.cloud/docs.en.md
History View file @452be89
0 295 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,185 @@
1 
+---
2 
+title: 'Use of Cloud System'
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+This page explains how to use the Cloud System.
16 
+
17 
+[toc]
18 
+
19 
+## Overview{#overview}
20 
+The cloud system consists of a small computing cluster using a commercial cloud service.
21 
+It is a system that can execute jobs in the same way as the supercomputer system installed at our Center by connecting to the storage and job scheduler of the supercomputer system installed at our Center.
22 
+
23 
+Anyone who has a user ID of the supercomputer system can use the cloud system.
24 
+
25 
+## System Configurations{#configration}
26 
+The specifications of the computers used in the cloud system are as follows.
27 
+The number of nodes in the cloud system varies depending on the demand.
28 
+
29 
+### Specifications of the Computation Node{#specification}
30 
+
31 
+#### Currently available nodes
32 
+
33 
+The following bare metal instances will be used for the time being from April 1, 2023.
34 
+A maximum of 30 nodes are expected to be available until around October 2023, when system A is scheduled to start operation.
35 
+
36 
+
37 
+|Item                    |        Content                       |
38 
+|--------------         |------------------------------------|
39 
+|Number of nodes               | Variability                              |
40 
+|Processor Name             | Intel Xeon Gold 6154 3.0GHz 18 cores |
41 
+|Number of Processors (cores)  | 2 (36 cores/nodes)                  |
42 
+|Architecture        | x86-64                             |
43 
+|Performance            | 3.45TFlops/nodes                  |
44 
+|Memory Capacity             | 384GByte                           |
45 
+|Network           | 25Gbps Ethernet                    |
46 
+
47 
+
48 
+#### Nodes used in the past
49 
+
50 
+The following bare metal instances were used from November 2022 to the end of March.
51 
+The following resources have been temporarily suspended due to the situation where cloud-side resources tend to be used up.
52 
+We will revert to the following resources once we have confirmed an improvement in the supply.
53 
+
54 
+|Item                    |        Content                  |
55 
+|--------------         |------------------------------------|
56 
+|Number of nodes               | Variability                              |
57 
+|Processor Name           | Intel Xeon Gold 6354 3.0GHz 18 cores |
58 
+|Number of Processors (cores)  | 2 (36 cores/nodes)                  |
59 
+|Architecture         | x86-64                             |
60 
+|Performance               | 3.45TFlops/nodes                     |
61 
+|Memory Capacity              | 512GByte                           |
62 
+|Network           | 50Gbps Ethernet                    |
63 
+
64 
+
65 
+## How to Use{#login}
66 
+
67 
+After logging into the supercomputer login node, jobs can be submitted to the cloud system by switching to the environment using the cloud system with the following module command.
68 
+
69 
+```nohighlight
70 
+$ module switch SysCL
71 
+```
72 
+
73 
+## Job Execution{#sbatch}
74 
+
75 
+You can use the same program without recompilation since the program is executed on a node with the same Xeon processor as system A/B/C.
76 
+You can use the the same usability except for the differences in the configuration of job queues (partitions), number of cores per node and memory capacity.
77 
+
78 
+For details,  please refer to [Program Execution](/run).
79 
+
80 
+
81 
+### Queue configuration for cloud system{#queue}
82 
+
83 
+The cloud system has the following queue configuration.
84 
+The eo queue is limited to short duration jobs for debugging.
85 
+The so queue can run small jobs.
86 
+Large queues may be offered depending on the situation.
87 
+
88 
+
89 
+#### Example of job script of non-parallelized program
90 
+```bash
91 
+#!/bin/bash
92 
+#============ Slurm Options ===========
93 
+#SBATCH -p eo              # Specify the job queue  (partitions). You need to change to the name of the queue which you want to submit to.
94 
+#SBATCH -t 1:00:00         # Specify the elapsed time (e.g. specifying an hour).
95 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1  # Specify the request resource
96 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # Specify the standard output file for the job.
97 
+#============ Shell Script ============
98 
+set -x
99 
+
100 
+srun ./a.out
101 
+```
102 
+
103 
+#### Example of job script of MPI program (8 process)
104 
+```bash
105 
+#!/bin/bash
106 
+#============ Slurm Options ===========
107 
+#SBATCH -p eo              # Specify the job queue  (partitions). You need to change to the name of the queue which you want to submit to.
108 
+#SBATCH -t 1:00:00         # Specify the elapsed time (e.g. specifying an hour).
109 
+#SBATCH --rsc p=8:t=1:c=1  # Specify the request resource
110 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # Specify the standard output file for the job.
111 
+#============ Shell Script ============
112 
+set -x
113 
+
114 
+srun ./a.out
115 
+```
116 
+
117 
+#### Available queues{#available}
118 
+|Queue name | Available users|
119 
+|-----    | -------------   |
120 
+| eo      | all users|
121 
+| so      | Users belonging to personal courses, group courses and private cluster courses|
122 
+
123 
+#### Available computing resources per queue{#resource}
124 
+| Description | eo queue<br>Initial value |<br>Maximum value  | so queue<br>Initial value |<br>Maximum value |
125 
+| --- | --- | --- |
126 
+| Number of processes( --rsc p=_X_ ) | 1 | 36 | 1 | 36 |
127 
+| Number of threads per process ( --rsc t=_X_ ) | 1 | 36 |  1 | 36 |
128 
+| Number of cores per process ( --rsc c=_X_ )  | 1 | 36 | 1 | 36 |
129 
+| Amount of memory per process( --rsc m=_X_ ) <br>(Unit：M, G) | 13G | 500G | 13G | 500G |
130 
+| Elapsed time  ( -t ) | 1 hour | 1 hour |1 hour | 7 days|
131 
+| Number of concurrent executions per user  | 1 | 1 | 1 | 1 |
132 
+
133 
+### /tmp area{#tmp}
134 
+
135 
+The /tmp area can be used as a temporary data write destination on our supercomputer system.
136 
+In some cases, programs with few file I/O can be processed faster by using /tmp.
137 
+
138 
+/tmp is a private area for each job, so that files are not mixed with those of other jobs.
139 
+Please take advantage of this feature.
140 
+
141 
+Please note that the /tmp area is automatically deleted at the end of the job, so it is necessary to include a description in the job script that copies the files to /home and /LARGE0,/LARGE1 to keep the files written to /tmp. Please note that the deleted files cannot be retrieved later.
142 
+
143 
+#### Specific examples of using /tmp
144 
+{#tmp_example}
145 
+
146 
+* If the file can be specified programmatically, specify /tmp as the file's write destination.
147 
+* Place files to be read repeatedly in /tmp before program execution starts.
148 
+* Run programs and input files that access files with a relative PATH after placed in /tmp.
149 
+
150 
+#### Available /tmp capacity{#tmp_available}
151 
+
152 
+Available /tmp capacity in the cloud system is obtained by `Number of processes x Number of cores per process x 94GB`.
153 
+
154 
+For example, if you submit a job with 4 processes (8 cores per process), you will be allocated **3,008GB** from `4 x 8 x 94`.
155 
+
156 
+## Supplemental information on storage access for cloud system
157 
+{#supplemental}
158 
+
159 
+### Access to home directories and large volume storage{#storage}
160 
+In the cloud system, the files can be accessed with the same PATH since the home directory ($HOME) and large volume storage (/LARGE) are mounted in the same way as on-premise systems such as system B.
161 
+
162 
+However, network distance and bandwidth constraints between the cloud system and the storage at our university prevent full storage performance.
163 
+
164 
+For programs with few I/O, there is little difference in usability from System B. However, for programs with many I/O,  please take advantage of /tmp as described in the previous section.
165 
+
166 
+### Handling of Large Files{#large}
167 
+If  you write huge files to /home or /LARGE0/1, it tends to cause poor response, so please transfer files efficiently.
168 
+Below is an example of a tar command that combines the following specific directories into a single file.
169 
+
170 
+```bash
171 
+## Example commands of rsyn(With compression(-z))
172 
+$ rsync -za /tmp/target-dir/ /LARGE0/gr19999/remote-dir/
173 
+
174 
+## Example commands of tar+gzip
175 
+$ cd /tmp
176 
+$ tar -zcvf target-dir archive-name.tar.gz; cp archive-name.tar.gz /LARGE0/gr19999/archive-name.tar.gz
177 
+
178 
+## Example commands of tar+zst (Faster and higher compression than gzip)
179 
+$ cd /tmp
180 
+$ tar -Izstd -cvf target-dir archive-name.tar.zst; cp archive-name.tar.gz /LARGE0/gr19999/archive-name.tar.zst
181 
+```
182 
+
183 
+### MPI performance between nodes{#mpi}
184 
+The 50 Gbps Ethernet between nodes is not very high as supercomputer performance.
185 
+As there are not many computing resources available, the number of nodes per job is limited to one node.
user/pages/07.run/05.cloud/docs.ja.md
History View file @452be89
0 186 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,194 @@
1 
+---
2 
+title: クラウドシステムの利用
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+このページでは、クラウドシステムの利用方法について説明します。
16 
+
17 
+[toc]
18 
+
19 
+## 概要{#overview}
20 
+クラウドシステムは、商用のクラウドサービスを用いて小規模な計算機クラスタを構成し、
21 
+本センターに設置したスーパーコンピュータシステムのストレージやジョブスケジューラと
22 
+接続することで、本センターに設置したスーパーコンピュータシステムと同様にジョブの
23 
+実行を行うことが可能なシステムです。
24 
+
25 
+スーパーコンピュータシステムの利用者番号をお持ちであればどなたでもご利用いただけます。
26 
+
27 
+## システム構成{#configration}
28 
+クラウドシステムで使用する計算機の仕様は以下のとおりです。
29 
+なお、クラウドシステムのノード数は需要に応じて変動します。
30 
+
31 
+### 計算ノード仕様{#specification}
32 
+
33 
+#### 現在使用可なノード
34 
+
35 
+2023年4月1日より当面の間は以下のベアメタルインスタンスを使用します。
36 
+システムAが稼働する予定の2023年10月頃までは最大30ノード程度は利用できる見込みです。
37 
+
38 
+
39 
+|項目                   |        内容                        |
40 
+|--------------         |------------------------------------|
41 
+|ノード数               | 変動                               |
42 
+|プロセッサ             | Intel Xeon Gold 6154 3.0GHz 18コア |
43 
+|プロセッサ数 (コア数)  | 2 (36コア/ノード)                  |
44 
+|アーキテクチャ         | x86-64                             |
45 
+|演算性能               | 3.45TFlops/ノード                  |
46 
+|メモリ容量             | 384GByte                           |
47 
+|ネットワーク           | 25Gbps Ethernet                    |
48 
+
49 
+
50 
+#### 過去に使用していたノード
51 
+
52 
+2022年11月～3月末までは、以下のベアメタルインスタンスを使用していました。
53 
+クラウド側のリソースが枯渇しがちな状況のため、一次的に以下のリソースの使用を停止しています。
54 
+の供給状況の改善が確認できましたら、以下のリソースに戻す予定です。
55 
+
56 
+|項目                   |        内容                        |
57 
+|--------------         |------------------------------------|
58 
+|ノード数               | 変動                               |
59 
+|プロセッサ             | Intel Xeon Gold 6354 3.0GHz 18コア |
60 
+|プロセッサ数 (コア数)  | 2 (36コア/ノード)                  |
61 
+|アーキテクチャ         | x86-64                             |
62 
+|演算性能               | 3.45TFlops/ノード                  |
63 
+|メモリ容量             | 512GByte                           |
64 
+|ネットワーク           | 50Gbps Ethernet                    |
65 
+
66 
+
67 
+## 利用方法{#login}
68 
+
69 
+スーパーコンピュータのログインノードにログインした後、以下のmodule コマンドでクラウドシステムを利用する環境に切り替えることでクラウドシステムへのジョブ投入が可能です。
70 
+
71 
+```nohighlight
72 
+$ module switch SysCL
73 
+```
74 
+
75 
+## ジョブ実行{#sbatch}
76 
+
77 
+システムA/B/C と同じXeonプロセッサを搭載したノードでプログラムを実行するため、再コンパイルすることなく、同じプログラムを利用することが可能です。
78 
+ジョブキュー（パーティション）の構成や、ノード当たりのコア数、メモリ容量に違いはありますが、それ以外は同じ使い勝手でご利用いただけます。
79 
+
80 
+詳細な情報は、[プログラムの実行](/run)をご参照ください。
81 
+
82 
+### クラウドシステムのキュー構成{#queue}
83 
+
84 
+クラウドシステムは以下のようなキュー構成としています。
85 
+eoキューはデバッグ用として短時間のジョブに限定しています。
86 
+soキューは小規模なジョブを実行することが可能です。
87 
+大規模なキューについては、状況に応じて提供することがあります。
88 
+
89 
+
90 
+#### 逐次プログラムのジョブスクリプトの例
91 
+```bash
92 
+#!/bin/bash
93 
+#============ Slurm Options ===========
94 
+#SBATCH -p eo              # ジョブキュー(パーティション)の指定。投入したいキュー名に適宜変更が必要。
95 
+#SBATCH -t 1:00:00         # 経過時間の指定(1時間を指定する例)
96 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1  # 要求リソースの指定
97 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # ジョブの標準出力ファイルの指定
98 
+#============ Shell Script ============
99 
+set -x
100 
+
101 
+srun ./a.out
102 
+```
103 
+
104 
+#### MPIプログラムのジョブスクリプトの例 (8プロセス)
105 
+```bash
106 
+#!/bin/bash
107 
+#============ Slurm Options ===========
108 
+#SBATCH -p eo              # ジョブキュー(パーティション)の指定。投入したいキュー名に適宜変更が必要。
109 
+#SBATCH -t 1:00:00         # 経過時間の指定 (1時間を指定する例)
110 
+#SBATCH --rsc p=8:t=1:c=1  # 要求リソースの指定
111 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # ジョブの標準出力ファイルの指定
112 
+#============ Shell Script ============
113 
+set -x
114 
+
115 
+srun ./a.out
116 
+```
117 
+
118 
+#### 利用可能なキュー{#available}
119 
+|キュー名 | 利用可能なユーザ|
120 
+|-----    | -------------   |
121 
+| eo      | 全ユーザ|
122 
+| so      | パーソナルコース，グループコース，専用クラスタコースに所属するユーザ|
123 
+
124 
+#### キュー毎の利用可能な計算資源{#resource}
125 
+| 説明 | eoキュー<br>初期値 |<br>最大値  | soキュー<br>初期値 |<br>最大値 |
126 
+| --- | --- | --- |
127 
+| プロセス数 ( --rsc p=_X_ ) | 1 | 36 | 1 | 36 |
128 
+| プロセスあたりのスレッド数 ( --rsc t=_X_ ) | 1 | 36 |  1 | 36 |
129 
+| プロセスあたりのコア数 ( --rsc c=_X_ )  | 1 | 36 | 1 | 36 |
130 
+| プロセスあたりのメモリ量( --rsc m=_X_ ) <br>(単位：M, G) | 13G | 500G | 13G | 500G |
131 
+| 経過時間 ( -t ) | 1時間 | 1時間 | 1時間 | 7日 |
132 
+| ユーザあたりの同時実行数 | 1 | 1 | 1 | 1 |
133 
+
134 
+### /tmp 領域について{#tmp}
135 
+
136 
+本センターのスーパーコンピュータシステムでは、/tmpの領域を一時的なデータの書き込み先として利用できます。
137 
+細かいファイルI/Oを伴うプログラムは、/tmpを利用したほうが高速に処理できるケースがあります。
138 
+
139 
+/tmpはジョブごとにプライベートな領域として用意しますので、他のジョブとファイルが
140 
+混在しないように作りこんでありますので、ぜひご活用ください。
141 
+
142 
+なお、/tmp の領域は、ジョブの終了時に自動で削除されますので、/tmpに書き込んだファイルを
143 
+残すためには、ジョブスクリプトに /homeや/LARGE0,/LARGE1 にファイルをコピーする
144 
+記述を含めて頂く必要があります。あとから取り出すことはできませんので、ご注意ください。
145 
+
146 
+#### /tmpを使用する具体例{#tmp_example}
147 
+
148 
+* プログラムで指定が可能な場合は、ファイルの書き込み先を /tmp に指定する。
149 
+* 繰り返し読み込むファイルをプログラム実行開始前に /tmp に配置する。
150 
+* 相対PATHでファイルにアクセスするプログラムや入力ファイルを、/tmp に配置したうえで実行する。
151 
+
152 
+#### 利用可能な/tmpの容量{#tmp_available}
153 
+
154 
+クラウドシステムで利用可能な/tmpの容量は、
155 
+`プロセス数 x プロセスあたりのコア数 x 94GB`
156 
+で求めることができます。
157 
+
158 
+例えば、4プロセス(1プロセスあたり 8コア) のジョブを投入した場合は
159 
+`4 x 8 x 94` から、**3,008GB** の割当が行われます。
160 
+
161 
+## クラウドシステムの利用に関する補足{#supplemental}
162 
+
163 
+### ホームディレクトリや大容量ストレージへのアクセスについて{#storage}
164 
+クラウドシステムにおいても、システムB等のオンプレミスのシステムと同様に、ホームディレクトリ($HOME)や
165 
+大容量ストレージ(/LARGE)をマウントしていますので、同じPATHでファイルにアクセスすることができます。
166 
+
167 
+しかし、クラウドシステムと大学にあるストレージとの間には、ネットワークの距離や帯域の制約
168 
+があるため、ストレージ性能を完全に引き出すことはできません。
169 
+
170 
+I/Oが少ないプログラムについては、システムBとの使い勝手の差は少ないと思いますが、
171 
+I/Oが多いプログラムは、前節で紹介した/tmpを有効活用してください。
172 
+
173 
+### 巨大ファイルの扱いについて{#large}
174 
+巨大なファイルを/homeや/LARGE0/1に書き込むと、応答が悪くなりやすいため、
175 
+効率的なファイル転送をお願いします。
176 
+
177 
+以下に、特定のディレクトリは以下を1つのファイルにまとめるtarコマンドの例を紹介します。
178 
+
179 
+```bash
180 
+## rsyncコマンドの例(圧縮あり(-z))
181 
+$ rsync -za /tmp/target-dir/ /LARGE0/gr19999/remote-dir/
182 
+
183 
+## tar+gzip のコマンド例
184 
+$ cd /tmp
185 
+$ tar -zcvf target-dir archive-name.tar.gz; cp archive-name.tar.gz /LARGE0/gr19999/archive-name.tar.gz
186 
+
187 
+## tar+zst のコマンド例(多くの場合gzipよりも高速かつ高圧縮)
188 
+$ cd /tmp
189 
+$ tar -Izstd -cvf target-dir archive-name.tar.zst; cp archive-name.tar.gz /LARGE0/gr19999/archive-name.tar.zst
190 
+```
191 
+
192 
+### ノード間のMPI性能について{#mpi}
193 
+ノード間は50Gbps のEthernet のため、スーパーコンピュータの性能として考えるとあまり高くはありません。
194 
+確保できる計算リソースも多くないため、ジョブ当たりのノードを1ノードに限定しています。
user/pages/07.run/docs.en.md
History View file @452be89
0 195 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,38 @@
1 
+---
2 
+title: 'Program Execution'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Job Scheduler
17 
+Supercomputer systems (hereafter referred to as "supercomputers") execute user programs in units of "jobs".
18 
+The supercomputer at our center uses a job scheduler called [Slurm](https://slurm.schedmd.com/overview.html) to control jobs.
19 
+Please note that there are slight differences in usability from the standard Slurm since some functions are customized.
20 
+
21 
+The job scheduler manages jobs in a virtual container called a queue, and when requesting batch processing to the system, a queue must be specified (submit jobs to the queue).
22 
+We prepares a queue for each service course you have applied for, and you will use the queue to execute your jobs.
23 
+
24 
+In addition, the amount of computing resources available is determined by the service course you have applied for. Please refer to the [Allocation of computing resources](/run/resource)  for details.
25 
+
26 
+## Format of the Job Execution {#summary}
27 
+
28 
+There are two types of job execution: [Interactive processing](/run/interactive) and [Batch processing](/run/batch). Please refer to the each page for how to submit jobs.
29 
+
30 
+* [Interactive processing](/run/interactive)
31 
+ * It is used to execute programs that require interactive input / output or GUI operations.
32 
+ * To execute a job, the shell must be running at all times when the job is submitted.
33 
+
34 
+* [Batch processing](/run/batch)
35 
+ * It is used to execute programs that do not require interactive input/output operations.
36 
+ * Please use batch processing especially for programs with long execution times or large parallel     numbers
37 
+ * It is necessary to create a "[job script](/run/batch#jobscript)" that describes the series of processes to be executed.
38 
+
user/pages/07.run/docs.ja.md
History View file @452be89
0 39 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,38 @@
1 
+---
2 
+title: プログラムの実行
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## ジョブスケジューラについて
17 
+スーパーコンピュータシステム(以下、スパコン)は、ユーザのプログラムを「ジョブ」という単位で実行します。
18 
+本センターのスパコンでは、[Slurm](https://slurm.schedmd.com/overview.html) というジョブスケジューラを用いて、ジョブの制御を行っています。
19 
+一部機能をカスタマイズしているため、標準的なSlurmとは使い勝手に若干の差異がありますので、ご注意ください。
20 
+
21 
+ジョブスケジューラは、「キュー」と呼ばれる仮想的な入れ物でジョブを管理しており、システムにバッチ処理を依頼する際にはキューを指定する必要があります（キューにジョブを投入する）。
22 
+スパコンでは、お申し込み頂いたサービスコースごとにキューを用意しておりますので、そのキューを使用してジョブを実行いただくことになります。
23 
+Slurm の公式マニュアルでは、キューのことをパーティションと表現されていますが、本マニュアルではキューで統一致します。
24 
+
25 
+また、申し込みいただいたサービスコースによって利用できる計算資源の量が決められています。詳細は [計算資源の割当](/run/resource) のページをご覧ください。
26 
+
27 
+## ジョブの実行形式について{#summary}
28 
+
29 
+ジョブを実行する形式として、「[会話型処理](/run/interactive)」と「[バッチ処理](/run/batch)」があります。具体的なジョブの投入方法は個別ページをご覧ください。
30 
+
31 
+* [会話型処理](/run/interactive)
32 
+ * インタラクティブ(会話的)な入出力操作や、GUI操作を必要とするプログラムを利用する場合に使用します。
33 
+ * ジョブの実行にあたっては、ジョブ投入時のシェルが常時起動している必要があります。
34 
+
35 
+* [バッチ処理](/run/batch)
36 
+ * インタラクティブな入出力操作を必要としないプログラムを実行する場合に使用します。
37 
+ * 特に、実行時間の長いものや、並列数が大きいプログラムはバッチ処理を利用してください。
38 
+ * 実行したい一連の処理を記述した「[ジョブスクリプト](/run/batch#jobscript)」を作成する必要があります。
user/pages/08.compilers/01.intel_classic/docs.ja.md
History View file @452be89
0 39 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,159 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intelコンパイラ クラシック'
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## 利用環境{#enviroment}
8 
+
9 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
10 
+
11 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
12 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
13 
+2022.3 | intel/2022.3 | + | - | + | 2022年11月導入
14 
+
15 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
16 
+\- ： 利用不可
17 
+
18 
+システムB、C、クラウドでは、システムにログインした時点でIntelコンパイラがデフォルトで設定されています。システムGではIntelコンパイラは使えません。
19 
+
20 
+```nohighlight
21 
+$ module list
22 
+Currently Loaded Modulefiles:
23 
+x) slurm x) SysB/2022  x) intel/2022.3 x) PrgEnvIntel/2022
24 
+```
25 
+
26 
+<!--
27 
+コンパイラのバージョンは、上表に記載のデフォルトのバージョンが設定されています。
28 
+Intelコンパイラのバージョンを切り替えたい場合は、PrgEnvIntel がロードされている状態で、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
29 
+
30 
+```nohighlight
31 
+$ module switch intel/2022 intel/2019
32 
+```
33 
+
34 
+ログイン時に自動で環境設定を行いたい場合は、ログインシェルの起動ファイルに必要なmoduleコマンドを記述してください。詳細は [環境設定](/config) をご覧ください。
35 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
36 
+-->
37 
+## コンパイル方法{#usage}
38 
+
39 
+### コマンド{#command}
40 
+| 言語  | コマンド  | 実行形式 |
41 
+| - | - | - |
42 
+| C  | icc  | icc [オプション] ファイル名 |
43 
+| C++  | icpc  | icpc [オプション] ファイル名 |
44 
+| Fortran | ifort | ifort [オプション] ファイル名 |
45 
+
46 
+### オプション{#option}
47 
+|オプション名 |説明|
48 
+|-|-|
49 
+|-o FILENAME |オブジェクトファイルの名前を指定します。|
50 
+|-mcmodel=medium |2Gbyteを超えてメモリを利用できるようになります。|
51 
+|-shared-intel |インテルが提供するライブラリをすべて動的にリンクします。 |
52 
+|-fpic |位置に依存しないコードを生成します。|
53 
+|-qopenmp |OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。|
54 
+|-parallel | 自動並列化を行います。 |
55 
+|-O0/-O1/-O2/-O3 |最適化のレベルを指定します（デフォルトは-O2）。|
56 
+|-fast |プログラムの実行速度が最大になるように最適化します。-fast オプションにより、次のオプションが付与されます。<br>`-ipo, -O3, -no-prec-div, -static, -fp-model fast=2 -xHost `|
57 
+|-ip |単一ファイル内で、手続き間の処理を最適化します。 |
58 
+|-ipo |複数ファイル間で、手続き間の処理を最適化します。|
59 
+|-qopt-report |実施した最適化についての情報を表示します。|
60 
+
61 
+####     2GB以上のメモリを使う場合のオプション
62 
+
63 
+2GB以上のメモリを使うプログラムをコンパイルする場合は、以下のオプションを指定してください。 <br>
64 
+`-mcmodel=medium -shared-intel`
65 
+
66 
+## コンパイル例{#sample}
67 
+
68 
+### 逐次プログラム{#serial}
69 
+```nohighlight
70 
+$ icc test.c      # C言語の例
71 
+$ icpc test.cpp   # C++の例
72 
+$ ifort test.f90      # Fortranの例
73 
+$ tssrun ./a.out  # 実行
74 
+```
75 
+
76 
+### 自動並列化の利用{#auto_parallel}
77 
+```nohighlight
78 
+$ ifort -parallel test.f90
79 
+$ tssrun --rsc p=1:t=4:c=4 ./a.out # 並列数4を指定して実行
80 
+```
81 
+
82 
+### OpenMPの利用{#openmp}
83 
+
84 
+OpenMPは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。
85 
+ソースコードに#pragma ompで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、コンパイラに自動で並列化を行わせることができます。
86 
+
87 
+OpenMPへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-qopenmpオプションをつけます。
88 
+
89 
+```nohighlight
90 
+$ icc -qopenmp test.c
91 
+```
92 
+
93 
+コンパイルしたプログラムを実行する際、--rscオプションでtとcに並列数を指定すると、その並列数でプログラムが実行されます。
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+$ tssrun --rsc p=1:t=8:c=8 ./a.out # 並列数8を指定して実行
97 
+```
98 
+
99 
+## コンパイル時メッセージ{#compile_message}
100 
+Intel コンパイラは、プログラムの誤りや通知すべき情報があるときに、以下に示す形式でメッセージを出力します。
101 
+### C/C++{#message_c}
102 
+```nohighlight
103 
+ファイル名（行番号）: XXX #YYY: メッセージ本文
104 
+ソースコードの該当行の内容
105 
+^
106 
+```
107 
+- XXX　：　メッセージ種別（error/warning)
108 
+- YYY　：　メッセージの通し番号
109 
+- ポインタ(^)　：　ソースコードの該当行でエラーが発見された正確な場所
110 
+
111 
+**出力例**
112 
+
113 
+```nohighlight
114 
+sample.c(27): warning #175: subscript out of range
115 
+    printf(" %d , %d\n",c[1][0],c[1][10]);
116 
+                                    ^
117 
+```
118 
+
119 
+### Fortran{#message_fortran}
120 
+```nohighlight
121 
+ファイル名（行番号）: XXX #YYY: メッセージ本文
122 
+ソースコードの該当行の内容
123 
+--------------^
124 
+```
125 
+- XXX　：　メッセージ種別（error/warning)
126 
+- YYY　：　メッセージの通し番号
127 
+- ポインタ(^)　：　ソースコードの該当行でエラーが発見された正確な場所
128 
+
129 
+**出力例**
130 
+```nohighlight
131 
+sample.f90(26): error #5560: Subscript #2 of the array C has value 20 which is greater than the upper bound of 2
132 
+print *, c(1,1),",", c(1,20)
133 
+-----------------------^
134 
+compilation aborted for sample.f90 (code 1)
135 
+```
136 
+
137 
+## 利用可能なライブラリ{#library}
138 
+
139 
+### MPIライブラリ{#mpi_library}
140 
+Intel MPIライブラリが利用できます。MPIプログラムのコンパイル、リンク、実行方法については、[Intel MPIライブラリ](/compilers/intelmpi) をご覧ください。
141 
+
142 
+### 数値計算ライブラリ{#numerical_library}
143 
+Intelコンパイラを利用する場合、以下の数値計算ライブラリを利用できます。各ライブラリの利用方法については、個別のページをご覧ください。
144 
+
145 
+ライブラリ  | システムA   | システムB   | システムC  | システムG | クラウド
146 
+- | -
147 
+[MKLライブラリ](/software/mkl)  | + | + | + | - | +
148 
+<!--
149 
+[NAGライブラリ](/compilers/nag)  | AU
150 
+[IMSLライブラリ](/compilers/imsl)  | AU
151 
+-->
152 
+
153 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
154 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
155 
+\- ： 利用不可
156 
+
157 
+## マニュアル{#manual}
158 
+- [Intel C++ Compiler Classic Developer Guide and Reference](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/cpp-compiler-developer-guide-and-reference/top.html)
159 
+- [Intel Fortran Compiler Classic and Intel Fortran Compiler Developer Guide and Reference](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/fortran-compiler-oneapi-dev-guide-and-reference/top.html)
user/pages/08.compilers/02.intel/docs.ja.md
History View file @452be89
0 160 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,162 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel oneAPI コンパイラ'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+published: false
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
19 
+
20 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
21 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
22 
+2022.3 | intel/2022.3 | + | - | + | 2022年11月導入
23 
+
24 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
25 
+\- ： 利用不可
26 
+
27 
+システムB、C、クラウドでは、システムにログインした時点で、Intelコンパイラがデフォルトで設定されています。システムGではIntelコンパイラは使えません。
28 
+
29 
+```nohighlight
30 
+$ module list
31 
+Currently Loaded Modulefiles:
32 
+x) SysB/2022   x) PrgEnvIntel/2022  x) intel/2022
33 
+```
34 
+
35 
+<!--
36 
+コンパイラのバージョンは、上表に記載のデフォルトのバージョンが設定されています。
37 
+Intelコンパイラのバージョンを切り替えたい場合は、PrgEnvIntel がロードされている状態で、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
38 
+
39 
+```nohighlight
40 
+$ module switch intel/2022 intel/2019
41 
+```
42 
+
43 
+ログイン時に自動で環境設定を行いたい場合は、ログインシェルの起動ファイルに必要なmoduleコマンドを記述してください。詳細は [環境設定](/config) をご覧ください。
44 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
45 
+-->
46 
+
47 
+## コンパイル方法{#usage}
48 
+
49 
+### コマンド{#command}
50 
+
51 
+| 言語  | コマンド  | 実行形式 |
52 
+| - | - | - |
53 
+| C | icx | icx [オプション] ファイル名 |
54 
+| C++ | icpx | icpx [オプション] ファイル名 |
55 
+| Fortran | ifx | ifx [オプション] ファイル名 |
56 
+<!--
57 
+| DPC++ | dpcpp | dpcpp [オプション] ファイル名 |
58 
+-->
59 
+
60 
+
61 
+### オプション{#option}
62 
+|オプション名 |説明|
63 
+|-|-|
64 
+|-o FILENAME |オブジェクトファイルの名前を指定します。|
65 
+|-mcmodel=medium |2Gbyteを超えてメモリを利用できるようになります。<br>※SYCLでは使用できません。|
66 
+|-shared-intel |インテルが提供するライブラリをすべて動的にリンクします。<br>指定した GPU へのオフロードを有効にするには、-fopenmp-targets を併せて使用します。 |
67 
+|-fpic |位置に依存しないコードを生成します。|
68 
+|-qopenmp |OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。|
69 
+|-O0/-O1/-O2/-O3 |最適化のレベルを指定します（デフォルトは-O2）。|
70 
+|-fast |プログラムの実行速度が最大になるように最適化します。-fast オプションにより、次のオプションが付与されます。<br>`-ipo, -O3, -no-prec-div, -static, -fp-model fast=2 -xHost （ifx）` <br>`-ipo, -O3, -static, -fp-model fast=2 （dpcpp, icx, icpx）`|
71 
+|-ipo |複数ファイル間で、手続き間の処理を最適化します。|
72 
+|-qopt-report |実施した最適化についての情報をYAMLで表示します。|
73 
+<!--
74 
+(\*1) dpc++, icx, icpx, ifx で使用可
75 
+-->
76 
+(\*1) icx, icpx, ifx で使用可
77 
+
78 
+## コンパイル例{#sample}
79 
+
80 
+### 逐次プログラム{#serial}
81 
+```nohighlight
82 
+$ icx test.c      # C言語の例
83 
+$ icpx test.cpp   # C++の例
84 
+$ ifx test.f90   # Fortranの例
85 
+$ tssrun ./a.out  # 実行
86 
+```
87 
+<!-- $ dpcpp test.cpp # dpc++の例
88 
+-->
89 
+### OpenMPの利用{#openmp}
90 
+
91 
+OpenMPは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。
92 
+ソースコードに#pragma ompで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、コンパイラに自動で並列化を行わせることができます。
93 
+
94 
+OpenMPへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-qopenmpオプションをつけます。
95 
+
96 
+```nohighlight
97 
+$ icx -qopenmp test.c
98 
+```
99 
+
100 
+コンパイルしたプログラムを実行する際、--rscオプションでtとcに並列数を指定すると、その並列数でプログラムが実行されます。
101 
+
102 
+```nohighlight
103 
+$ tssrun --rsc p=1:t=8:c=8 ./a.out # 並列数8を指定して実行
104 
+```
105 
+
106 
+## コンパイル時メッセージ{#compile_message}
107 
+Intel コンパイラは、プログラムの誤りや通知すべき情報があるときに、以下に示す形式でメッセージを出力します。
108 
+* Intel oneAPI DPC++/C++コンパイラ クラシック
109 
+```nohighlight
110 
+ファイル名（行番号）: XXX #YYY: メッセージ本文
111 
+ソースコードの該当行の内容
112 
+^
113 
+```
114 
+* Fortranコンパイラ
115 
+```nohighlight
116 
+ファイル名（行番号）: XXX #YYY: メッセージ本文
117 
+ソースコードの該当行の内容
118 
+--------------^
119 
+```
120 
+
121 
+  - XXX　：　メッセージ種別（error/warning)
122 
+  - YYY　：　メッセージの通し番号
123 
+  - ポインタ(^)　：　ソースコードの該当行でエラーが発見された正確な場所
124 
+
125 
+**出力例**
126 
+* Intel oneAPI DPC++/C++コンパイラ クラシック
127 
+```nohighlight
128 
+sample.c(27): warning #175: subscript out of range
129 
+    printf(" %d , %d\n",c[1][0],c[1][10]);
130 
+                                    ^
131 
+```
132 
+* Fortranコンパイラ
133 
+```nohighlight
134 
+sample.f90(26): error #5560: Subscript #2 of the array C has value 20 which is greater than the upper bound of 2
135 
+print *, c(1,1),",", c(1,20)
136 
+-----------------------^
137 
+compilation aborted for sample.f90 (code 1)
138 
+```
139 
+
140 
+## 利用可能なライブラリ{#library}
141 
+
142 
+### MPIライブラリ{#mpi_library}
143 
+Intel MPIライブラリが利用できます。MPIプログラムのコンパイル、リンク、実行方法については、[Intel MPIライブラリ](/compilers/intelmpi) をご覧ください。
144 
+
145 
+### 数値計算ライブラリ{#numerical_library}
146 
+Intelコンパイラを利用する場合、以下の数値計算ライブラリを利用できます。各ライブラリの利用方法については、個別のページをご覧ください。
147 
+
148 
+ライブラリ  | システム
149 
+- | -
150 
+[MKLライブラリ](/compilers/mkl)  | +
151 
+<!--
152 
+[NAGライブラリ](/compilers/nag)  | AU
153 
+[IMSLライブラリ](/compilers/imsl)  | AU
154 
+-->
155 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
156 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
157 
+\- ： 利用不可
158 
+
159 
+
160 
+## マニュアル{#manual}
161 
+* [Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler Developer Guide and Reference](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/oneapi-dpcpp-cpp-compiler-dev-guide-and-reference/top.html)
162 
+* [Intel Fortran Compiler Classic and Intel Fortran Compiler Developer Guide and Reference](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/fortran-compiler-oneapi-dev-guide-and-reference/top.html)
0 163 
\ No newline at end of file
user/pages/08.compilers/03.nvidia/docs.ja.md
History View file @452be89
1 164 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,155 @@
1 
+---
2 
+title: 'NVIDIA HPC SDKコンパイラ'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+published: true
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
23 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
24 
+2022.3 | nvhpc/22.9 | - | + | - | 2023年1月導入
25 
+
26 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
27 
+\- ： 利用不可
28 
+
29 
+システムGでは、システムにログインした時点で、NVIDIA HPC SDKコンパイラがデフォルトで設定されています。システムB、C、クラウドではNVIDIA HPC SDKコンパイラは使えません。
30 
+
31 
+ログイン時に自動で環境設定を行いたい場合は、ログインシェルの起動ファイルに必要なmoduleコマンドを記述してください。詳細は [環境設定](/config) をご覧ください。
32 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
33 
+
34 
+#### cudaについて{#cuda}
35 
+
36 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
37 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
38 
+11.7.1 | cuda/11.7.1 | - | + | - | 2023年1月導入
39 
+9.2 | cuda/9.2 | - | + | - | 2023年1月導入
40 
+
41 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
42 
+\- ： 利用不可
43 
+
44 
+NVIDIA HPC SDKコンパイラのモジュールファイルをダウンロードするだけでcudaもロードされます。
45 
+cudaのデフォルトバージョンは11.7ですが、バージョンを切り替えたい場合は、PrgEnvNvidia がロードされている状態で、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
46 
+
47 
+```nohighlight
48 
+$ module load cuda/9.2
49 
+```
50 
+
51 
+## コンパイル方法{#usage}
52 
+### コマンド{#command}
53 
+ | 言語  | コマンド  | 実行形式
54 
+ | - | - | -
55 
+ | Fortran  | nvfortran  | nvfortran [オプション] ファイル名
56 
+ | C  | nvc  | nvc [オプション] ファイル名
57 
+ | C++  | nvc++  | nvc++ [オプション] ファイル名
58 
+
59 
+
60 
+### オプション{#option}
61 
+- 主要オプション（並列化、最適化など）
62 
+
63 
+| オプション名         | 説明
64 
+| ---                  | ---
65 
+| -o FILENAME          | オブジェクトファイルの名前を指定します。
66 
+| -mcmodel=medium      | 2Gbyteを超えるメモリを使用できるようになります。
67 
+| -mp                  | OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。
68 
+| -Mconcur             | 自動並列化を行います。
69 
+| -O0/-O1/-O2/-O3/-O4  | 最適化のレベルを指定します
70 
+| -fast                | 一般的な最適化機能を有効にします。
71 
+| -Mipa=fast           | 手続き間の解析処理を最適化します。**(注意事項) ** 現在のバージョンでは使用できなくなりました。
72 
+
73 
+- メッセージ出力とデバッグのオプション
74 
+
75 
+|オプション名 |説明|
76 
+|-|-|
77 
+|-Mlist |リスティングファイルを作成します。|
78 
+|-Minform=inform |すべてのエラーメッセージを表示します。|
79 
+|-Minfo[=OPTION]|標準エラー出力に情報を表示します。<br>表示する情報はオプションで指定します。|
80 
+|-Mneginfo[=OPTION]|実施されなかった最適化についての情報を表示します。|
81 
+
82 
+- Fortran言語固有オプション
83 
+
84 
+|オプション名 |説明|
85 
+|-|-|
86 
+|-Mfixed |プログラムが固定形式で記述されていることを指示します。|
87 
+|-Mfree |プログラムが自由形式で記述されていることを指示します。|
88 
+|-Mstandard | ANSI規格準拠でない構文を警告します。|
89 
+|-Mdclchk |暗黙の型宣言を警告します。|
90 
+|-C | プログラム実行時に、配列の領域外参照を検出します。|
91 
+
92 
+- GPU関連のオプション
93 
+
94 
+| オプション名 | 説明 |
95 
+| --- | --- |
96 
+| -gpu | GPUに関する設定を指定します。-acc、-cuda、-mp、-stdparオプションと併せて使用します。<br>（例）-gpu=cc80 -acc<br>※ccは[compute capability](https://developer.nvidia.com/cuda-gpus)を意味します。システムGに搭載のGPUはA100ですので、ccを指定する場合は、cc80としてください。|
97 
+| -acc | OpenACCを有効にします。 |
98 
+| -cuda | CUDAを有効にします。 |
99 
+| -Minfo=accel | GPU関連のコンパイル情報を出力します。 |
100 
+
101 
+## コンパイル例{#sample}
102 
+
103 
+### 逐次プログラム{#serial}
104 
+```nohighlight
105 
+$ nvfortran test.f90    # Fortranの例
106 
+$ nvc test.c       # C言語の例
107 
+$ nvc++ test.cpp     # C++の例
108 
+$ tssrun ./a.out    # 実行
109 
+```
110 
+
111 
+### 自動並列化の利用{#auto_parallel}
112 
+```nohighlight
113 
+$ nvfortran -Mconcur test.f90
114 
+$ tssrun --rsc p=1:t=4:c=4 ./a.out # 並列数4を指定して実行
115 
+```
116 
+
117 
+### OpenMPの利用{#openmp}
118 
+
119 
+OpenMPは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。
120 
+ソースコードに#pragma omp(C/C++)もしくは!$ompで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、コンパイラに自動で並列化を行わせることができます。
121 
+
122 
+OpenMPへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-mpオプションをつけます。
123 
+
124 
+```nohighlight
125 
+$ nvc -mp test.c
126 
+```
127 
+
128 
+コンパイルしたプログラムを実行する時、--rscオプションでtとcに並列数を指定すると、その並列数でプログラムが実行されます。
129 
+
130 
+```nohighlight
131 
+$ tssrun --rsc p=1:t=8:c=8 ./a.out # 並列数8を指定して実行
132 
+```
133 
+
134 
+### OpenACCの利用{#openacc}
135 
+
136 
+OpenACCは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。
137 
+ソースコードに#pragma acc(C/C++)もしくは!$accで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、GPU上で動作する実行コードを生成します。
138 
+
139 
+OpenACCへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-accオプションをつけます。
140 
+
141 
+```nohighlight
142 
+$ nvfortran -acc test.f90
143 
+```
144 
+
145 
+## 利用可能なライブラリ{#library}
146 
+
147 
+### MPIライブラリ{#mpi_library}
148 
+OpenMPIライブラリが利用できます。MPIプログラムのコンパイル、リンク、実行方法については、 [OpenMPIライブラリ](/compilers/openmpi) をご覧ください。
149 
+
150 
+## マニュアル{#manual}
151 
+
152 
+### Version 22.9
153 
+
154 
+- [NVIDIA HPC Compilers User's Guide](https://docs.nvidia.com/hpc-sdk/archive/22.9/compilers/hpc-compilers-user-guide/index.html)
155 
+- [NVIDIA HPC Compilers Reference Guide](https://docs.nvidia.com/hpc-sdk/archive/22.9/compilers/hpc-compilers-ref-guide/index.html)
user/pages/08.compilers/04.gnu/docs.ja.md
History View file @452be89
0 156 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,124 @@
1 
+---
2 
+title: GNUコンパイラ
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+published: false
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
19 
+
20 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
21 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
22 
+12.2.0 | gcc/12.2.0 | + | + | + | 2022年11月導入
23 
+
24 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
25 
+\- ： 利用不可
26 
+
27 
+システムにログインした時点では、IntelコンパイラもしくはNVIDIA HPC SDKコンパイラがデフォルトで利用できるようになっています。以下のようにmoduleコマンドを実行し、コンパイラを切り替えてください。コンパイラのバージョンは、上表に記載のデフォルトのバージョンが設定されます。
28 
+
29 
+```nohighlight
30 
+（システムB、C、クラウド）
31 
+$ module switch PrgEnvIntel PrgEnvGCC
32 
+（システムG）
33 
+$ module switch PrgEnvNvidia PrgEnvGCC
34 
+```
35 
+
36 
+<!--
37 
+GNUコンパイラのバージョンを切り替えたい場合は、PrgEnvGCC がロードされている状態で、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
38 
+
39 
+```nohighlight
40 
+$ module switch gcc/4.8.2 gcc/4.6.2
41 
+```
42 
+
43 
+ログイン時に自動で環境設定を行いたい場合は、ログインシェルの起動ファイルに必要なmoduleコマンドを記述してください。詳細は [環境設定](/config) をご覧ください。
44 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
45 
+-->
46 
+
47 
+## コンパイル方法{#usage}
48 
+
49 
+### コマンド{#command}
50 
+
51 
+言語       |  コマンド      | 実行形式
52 
+--------- | --------- | ----------------------------
53 
+Fortran |  gfortran |  gfortran オプション ファイル名
54 
+C |        gcc    |    gcc オプション ファイル名
55 
+C++ |      g++     |   g++ オプション ファイル名
56 
+
57 
+### オプション{#option}
58 
+
59 
+* **主要オプション（並列化、最適化など）**
60 
+
61 
+オプション名                                 |  説明
62 
+--------------------------------------- | --------------------------------
63 
+-o _FILENAME_ | オブジェクトファイルの名前を指定します。
64 
+-mcmodel=medium                         | 2Gbyteを超えるメモリをサポートします。
65 
+-fopenmp                                |  OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。
66 
+-O0/-O1/-O2/-O3                        |  最適化のレベルを指定します（デフォルトは-O0）。
67 
+
68 
+* **メッセージ出力とデバッグのオプション**
69 
+
70 
+オプション名 |  説明
71 
+------- | ------------------
72 
+-Wall   | すべての警告メッセージを表示します。
73 
+
74 
+* **Fortran言語固有オプション**
75 
+
76 
+オプション名         |  説明
77 
+--------------- | ----------------------------
78 
+-ffixed-form | プログラムが固定形式で記述されていることを指示します。
79 
+-ffree-form    |  プログラムが自由形式で記述されていることを指示します。
80 
+-pedantic       | Fortran拡張の利用を警告します。
81 
+-fimplicit-none | 暗黙の型宣言を警告します。
82 
+
83 
+## コンパイル例{#sample}
84 
+
85 
+### 逐次プログラム{#serial}
86 
+
87 
+```nohighlight
88 
+$ gfortran test.f90    # Fortranの例
89 
+$ gcc test.c           # C言語の例
90 
+$ g++ test.cpp         # C++の例
91 
+$ tssrun ./a.out       # 実行
92 
+```
93 
+
94 
+### OpenMPの利用{#openmp}
95 
+
96 
+OpenMPは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。
97 
+ソースコードに#pragma ompで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、コンパイラに自動で並列化を行わせることができます。
98 
+
99 
+OpenMPへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-fopenmpオプションをつけます。
100 
+
101 
+```nohighlight
102 
+$ gcc -fopenmp test.c
103 
+```
104 
+
105 
+コンパイルしたプログラムを実行する時、-Aオプションでtとcに並列数を指定すると、その並列数でプログラムが実行されます。
106 
+
107 
+```nohighlight
108 
+$ tssrun --rsc p=1:t=8:c=8 ./a.out # 並列数8を指定して実行
109 
+```
110 
+
111 
+## 利用可能なライブラリ{#library}
112 
+
113 
+### MPIライブラリ{#mpi_library}
114 
+
115 
+OpenMPIライブラリが利用できます。MPIプログラムのコンパイル、リンク、実行方法については、 [OpenMPIライブラリ](/compilers/openmpi) をご覧ください。
116 
+
117 
+## マニュアル{#manual}
118 
+
119 
+* [GCC online documentation](http://gcc.gnu.org/onlinedocs/)
120 
+
121 
+
122 
+## リンク{#link}
123 
+
124 
+* [GCC, the GNU Compiler Collection](http://gcc.gnu.org/)
user/pages/08.compilers/06.intelmpi/docs.ja.md
History View file @452be89
0 125 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,169 @@
1 
+---
2 
+title: ' Intel MPIライブラリ'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## 利用環境{#enviroment}
16 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
17 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
18 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
19 
+2022.3 | intelmpi/2022.3 | + | - | + | 2022年11月導入
20 
+
21 
+<!--
22 
+注：Intel CompilerとIntel MPIのバージョンは一致しない場合があります
23 
+-->
24 
+
25 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
26 
+\- ： 利用不可
27 
+
28 
+<!--
29 
+コンパイラとして、 [Intelコンパイラ](/compilers/intel) または [GNUコンパイラ](/compilers/gnu) を利用します。システムにログインした時点では、Intelコンパイラがデフォルトで利用できるようになっています。GNUコンパイラを利用される場合は、以下のようにmoduleコマンドを実行し、コンパイラを切り替えてください。
30 
+
31 
+```nohighlight
32 
+$ module switch PrgEnvIntel PrgEnvGCC
33 
+```
34 
+
35 
+Intel MPIライブラリのバージョンを切り替えたい場合は、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
36 
+
37 
+```nohighlight
38 
+$ module switch impi/4.1.0 impi/4.0.3
39 
+```
40 
+
41 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
42 
+-->
43 
+
44 
+### スレッド並列サポートレベル{#threadsafe}
45 
+
46 
+Intel MPIで提供可能なスレッド並列サポートレベルは、MPI_THREAD_MULTIPLEです。各スレッドから自由にMPI関数を呼び出すことができます。
47 
+
48 
+## コンパイル・実行方法{#usage}
49 
+
50 
+### コンパイル{#compile}
51 
+
52 
+**コンパイルコマンド（Intelコンパイラ）**
53 
+
54 
+言語       |  コマンド      | 実行形式
55 
+--------- | --------- | ----------------------------
56 
+ Fortran |  mpiifort |  mpiifort オプション ファイル名
57 
+ C |        mpiicc |    mpiicc オプション ファイル名
58 
+ C++ |      mpiicpc |   mpiicpc オプション ファイル名
59 
+
60 
+**コンパイルコマンド（GNUコンパイラ）**
61 
+
62 
+言語       |  コマンド     | 実行形式
63 
+--------- | -------- | --------------------------
64 
+ Fortran 95 |  mpif90  |  mpif90 オプション ファイル名
65 
+ Fortran 77 | mpif77 | mpif77 オプション ファイル名
66 
+ C |        mpigcc |    mpicc オプション ファイル名
67 
+ C++ |      mpigcxx |   mpicxx オプション ファイル名
68 
+
69 
+**コンパイル例**
70 
+
71 
+```nohighlight
72 
+$ mpiifort -O3 -parallel sample_mpi.f90
73 
+```
74 
+<!--
75 
+### オプション{#option}
76 
+
77 
+Intel MPI のコンパイラでは、 [Intelコンパイラのオプション](/compilers/intel#option) を利用することができます。ただし、オプション -static については利用できません。
78 
+
79 
+* **主要オプション（並列化、最適化など）**
80 
+
81 
+    オプション名      |  説明
82 
+    ------------ | -------------------
83 
+    -static_mpi |  MPIライブラリを静的にリンクします。
84 
+-->
85 
+
86 
+### 実行{#exec}
87 
+
88 
+コンパイルしたMPIプログラムを実行するためには、 会話型処理では **tssrun** コマンドを、バッチ処理では **srun** コマンドを使用します。会話型実行、バッチ実行ともに、並列数は --rsc オプションの引数 p で指定します。詳細は、 [サンプル](#sample) をご覧ください。
89 
+
90 
+**実行例（会話型）**
91 
+```nohighlight
92 
+$ tssrun --rsc p=2 ./a.out
93 
+```
94 
+
95 
+## サンプル{#sample}
96 
+### 会話型でのMPIプログラム実行{#tss}
97 
+会話型実行の詳細については、 [会話型処理](/run/interactive) のページをご覧ください。
98 
+
99 
+* **8並列で実行**
100 
+
101 
+```nohighlight
102 
+$ tssrun --rsc p=8 ./a.out
103 
+```
104 
+
105 
+* **スレッド並列と組み合わせて実行（MPI 4並列、OpenMP 8並列）**
106 
+
107 
+```nohighlight
108 
+$ tssrun --rsc p=4:t=8:c=8 ./a.out
109 
+```
110 
+
111 
+### バッチでのMPIプログラム実行{#slurm}
112 
+バッチ実行の詳細については、 [バッチ処理](/run/batch) のページをご覧ください。
113 
+
114 
+* **8並列で実行**
115 
+
116 
+```nohighlight
117 
+$ cat sample.sh
118 
+#!/bin/bash
119 
+#============ SBATCH Directives =======
120 
+#SBATCH -p gr19999b
121 
+#SBATCH -t 1:0:0
122 
+#SBATCH --rsc p=8
123 
+#SBATCH -o %x.%A.out
124 
+
125 
+#============ Shell Script ============
126 
+srun ./a.out
127 
+$ sbatch sample.sh
128 
+```
129 
+
130 
+* **スレッド並列と組み合わせて実行（MPI 4並列、OpenMP 8並列）**
131 
+
132 
+```nohighlight
133 
+$ cat sample.sh
134 
+#!/bin/bash
135 
+#============ SBATCH Directives =======
136 
+#SBATCH -p gr19999b
137 
+#SBATCH -t 1:0:0
138 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G
139 
+#SBATCH -o %x.%A.out
140 
+
141 
+#============ Shell Script ============
142 
+srun ./a.out
143 
+$ sbatch sample.sh
144 
+```
145 
+
146 
+## マニュアル{#manual}
147 
+* [Intel MPI Library Developer Guide for Linux* OS Developer Guide](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/mpi-developer-guide-linux/top.html)
148 
+* [Intel MPI Library Developer Guide for Linux* OS Developer Reference](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/mpi-developer-reference-linux/top.html)
149 
+
150 
+<!--
151 
+### Ver 5.1
152 
+
153 
+* [Intel MPI Library for Linux OS Reference Manual](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Intel_MPI_5.1/Reference_Manual.pdf)
154 
+* [Intel MPI Library for Linux OS User Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Intel_MPI_5.1/User_Guide.pdf)
155 
+
156 
+### Ver 2018
157 
+
158 
+* [Intel MPI Library for Linux OS Developer Reference](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Intel_MPI_2018/intelmpi-2018-developer-reference-linux.pdf)
159 
+* [Intel MPI Library for Linux OS Developer Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Intel_MPI_2018/intelmpi-2018-developer-guide-linux.pdf)
160 
+
161 
+### Ver 2019
162 
+
163 
+* [Intel MPI Library for Linux OS Developer Reference](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/intel_parallel_studio_xe_2019_3/en/mpi/mpi_dev_reference_lin/index.htm)
164 
+* [Intel MPI Library for Linux OS Developer Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/intel_parallel_studio_xe_2019_3/en/mpi/mpi_dev_guide_lin/index.htm)
165 
+-->
166 
+
167 
+## リンク{#link}
168 
+
169 
+* [Intel MPI Library](https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/mpi-library.html)
user/pages/08.compilers/07.openmpi/docs.ja.md
History View file @452be89
0 170 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,145 @@
1 
+---
2 
+title: OpenMPIライブラリ
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#environment}
18 
+
19 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
20 
+
21 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
22 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
23 
+4.0.5 | openmpi/4.0.5 | - | + | - | 2022年11月導入
24 
+
25 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
26 
+\- ： 利用不可
27 
+
28 
+<!--
29 
+OpenMPIは[NVIDIA HPC SDKコンパイラ](/compilers/nvidia)、[GNUコンパイラ](/compilers/gnu)で利用できます。
30 
+-->
31 
+OpenMPIは[NVIDIA HPC SDKコンパイラ](/compilers/nvidia)で利用できます。
32 
+
33 
+<!--
34 
+コンパイラは、
35 
+[Intelコンパイラ](/compilers/intel) 、  [NVIDIA HPC SDKコンパイラ](/compilers/nvidia)  、  [GNUコンパイラ](/compilers/gnu) を利用できます。利用するコンパイラに合わせて、以下のようにmoduleコマンドを実行し、OpenMPIが利用できるように環境を設定します。
36 
+
37 
+```nohighlight
38 
+（Intelコンパイラを利用する場合）
39 
+$ module switch PrgEnv(現在ロード中の環境) PrgEnvIntel
40 
+$ module load openmpi/4.1.4_intel-17.0
41 
+（PGIコンパイラを利用する場合）
42 
+$ module switch  PrgEnv(現在ロード中の環境) PrgEnvNvidia
43 
+$ module load openmpi/4.1.4_nvidia-16.10
44 
+（GNUコンパイラを利用する場合）
45 
+$ module switch PrgEnv(現在ロード中の環境) PrgEnvGCC
46 
+$ module load openmpi/4.1.4_gnu-4.8
47 
+```
48 
+
49 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
50 
+-->
51 
+### スレッド並列サポートレベル{#threadsafe}
52 
+
53 
+OpenMPIで提供可能なスレッド並列サポートレベルは、MPI_THREAD_MULTIPLEです。各スレッドから自由にMPI関数を呼び出すことができます。
54 
+
55 
+## コンパイル・実行方法{#usage}
56 
+
57 
+### コンパイル{#compile}
58 
+
59 
+**コンパイルコマンド**
60 
+
61 
+言語       |  コマンド     | 実行形式
62 
+--------- | -------- | --------------------------
63 
+ Fortran |  mpifort  |  mpifort オプション ファイル名
64 
+ C |        mpicc |    mpicc オプション ファイル名
65 
+ C++ |      mpic++ |   mpic++ オプション ファイル名
66 
+
67 
+**コンパイル例**
68 
+
69 
+```nohighlight
70 
+$ mpifort -O3 sample_mpi.f90
71 
+```
72 
+
73 
+### 実行{#exec}
74 
+
75 
+コンパイルしたMPIプログラムを実行するためには、 会話型処理では **tssrun** コマンドを、バッチ処理では **srun** コマンドを使用します。会話型実行、バッチ実行ともに、並列数は --rsc オプションの引数 p で指定します。詳細は、 [サンプル](#sample) をご覧ください。
76 
+<!--
77 
+また、OpenMPなどのスレッド並列と組み合わせて実行する場合は、1ノードあたりに起動するプロセス数を --ntasks-per-node オプションで指定します。
78 
+-->
79 
+**実行例（会話型）**
80 
+
81 
+```nohighlight
82 
+$ tssrun --rsc p=2 ./a.out
83 
+```
84 
+
85 
+## サンプル{#sample}
86 
+
87 
+### 会話型でのMPIプログラム実行{#tss}
88 
+
89 
+会話型実行の詳細については、 [会話型処理](/run/interactive) のページをご覧ください。
90 
+
91 
+* **8並列で実行**
92 
+
93 
+```nohighlight
94 
+$ tssrun --rsc p=8 ./a.out
95 
+```
96 
+
97 
+* **スレッド並列と組み合わせて実行（MPI 4並列、OpenMP 8並列）**
98 
+
99 
+```nohighlight
100 
+$ tssrun --rsc p=4:t=8:c=8 ./a.out
101 
+```
102 
+
103 
+### バッチでのMPIプログラム実行{#slurm}
104 
+
105 
+バッチ実行の詳細については、 [バッチ処理](/run/batch) のページをご覧ください。
106 
+
107 
+* **8並列で実行**
108 
+
109 
+```nohighlight
110 
+$ cat sample.sh
111 
+#!/bin/bash
112 
+#============ SBATCH Directives =======
113 
+#SBATCH -p gr19999b
114 
+#SBATCH -t 1:0:0
115 
+#SBATCH --rsc p=8
116 
+#SBATCH -o %x.%A.out
117 
+
118 
+#============ Shell Script ============
119 
+srun ./a.out
120 
+$ sbatch sample.sh
121 
+```
122 
+
123 
+* **スレッド並列と組み合わせて実行（MPI 4並列、OpenMP 8並列）**
124 
+
125 
+```nohighlight
126 
+$ cat sample.sh
127 
+#!/bin/bash
128 
+#============ SBATCH Directives =======
129 
+#SBATCH -p gr19999b
130 
+#SBATCH -t 1:0:0
131 
+#SBATCH --rsc p=4:t=8:c=8:m=8G
132 
+#SBATCH -o %x.%A.out
133 
+
134 
+#============ Shell Script ============
135 
+srun  ./a.out
136 
+$ sbatch sample.sh
137 
+```
138 
+
139 
+## マニュアル{#manual}
140 
+
141 
+* [Open MPI v4.0 documentation](https://www.open-mpi.org/doc/v4.0/)
142 
+
143 
+## リンク{#link}
144 
+
145 
+* [Open MPI: Open Source High Performance Computing](http://www.open-mpi.org/)
user/pages/08.compilers/18.intel_debugger/docs.ja.md
History View file @452be89
0 146 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,182 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel Debugger'
3 
+published: false
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+
18 
+## 利用環境{#enviroment}
19 
+
20 
+
21 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
22 
+
23 
+バージョン                                   |   システムA  |  システムB  |  システムC
24 
+---------------------------------------  |  -----  |  -----  |  -----
25 
+Intel Debugger Version 14.0             |   ―      |  +      |  +
26 
+
27 
+
28 
+
29 
+\+ ： 利用可能
30 
+― ： 利用不可
31 
+
32 
+
33 
+### 環境設定{#modules}
34 
+
35 
+バージョン                |  moduleファイル名
36 
+------------------------ | --------------
37 
+ Version 14.0 (default) |   intel/14.0.0
38 
+
39 
+[Intelコンパイラ](/compilers/intel) の環境設定を行うと Intel Debuggerが利用できます。
40 
+
41 
+
42 
+#### システムB、C
43 
+
44 
+システムB、Cにログインした時点で、 [Intelコンパイラ](/compilers/intel) が利用できるようになっています。モジュールファイルをアンロードした場合などは、以下のようにmoduleコマンドを実行します。
45 
+
46 
+
47 
+```nohighlight
48 
+$ module load intel
49 
+```
50 
+
51 
+
52 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
53 
+
54 
+
55 
+## 利用方法{#usage}
56 
+
57 
+
58 
+### コマンド{#command}
59 
+
60 
+コマンド  |  説明
61 
+------ | --------------------------------
62 
+ idb  |   GUI版のIntel Debuggerを起動します。
63 
+ idbc |   コマンドライン版のIntel Debuggerを起動します。
64 
+
65 
+
66 
+### デバッグ情報のレベル指定{#debug_level}
67 
+
68 
+Intel Debugger でデバッグを行う場合、 [Intelコンパイラ](/compilers/intel) でのコンパイル時に **-debug** オプションでデバッグ情報のレベルを指定する必要があります。
69 
+
70 
+オプション            |  説明
71 
+----------------- | ----------------------------------
72 
+ -debug          |   最適化されていないコードのシンボル情報を生成します。
73 
+ -debug extend   |  最適化されたコートの拡張シンボル情報を生成します。
74 
+ -debug parallel |  スレッド並列のプログラムをデバッグするための追加情報を生成します。
75 
+ -debug none     |   デバッグ情報を生成しません（デフォルト）.
76 
+
77 
+
78 
+### MPIプログラムのデバッグ{#debug_mpi}
79 
+
80 
+MPIプログラムのデバッグを行う場合は、 **MPIEXEC_DEBUG** の環境変数を設定する必要があります。なお、MPIプログラムのデバッグはコマンドライン版の **idbc** コマンドでのみ可能です。
81 
+
82 
+
83 
+#### tcshの場合
84 
+
85 
+
86 
+```nohighlight
87 
+$ setenv MPIEXEC_DEBUG
88 
+```
89 
+
90 
+
91 
+
92 
+#### bashの場合
93 
+
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+$ export MPIEXEC_DEBUG
97 
+```
98 
+
99 
+
100 
+
101 
+## 利用例{#sample}
102 
+
103 
+
104 
+### GUIでの利用例{#sample_gui}
105 
+
106 
+
107 
+#### 1。コンパイル
108 
+
109 
+Intel Debuggerを使用する場合、 **-debug** を指定してコンパイルを行ってください。
110 
+
111 
+
112 
+```nohighlight
113 
+#システムB、CでC言語のソースファイルtest.cをコンパイル
114 
+$ icc -debug test.c
115 
+```
116 
+
117 
+
118 
+
119 
+#### 2. Intel Debugger の起動
120 
+
121 
+[Exceed onDemand](/login/eod) で、 **xrun idb** コマンドを実行するとIntel Debuggerが起動します。
122 
+
123 
+
124 
+```nohighlight
125 
+$ xrun idb  ./a.out
126 
+```
127 
+
128 
+
129 
+**xrun** コマンドは計算ノードでGUIプログラムを実行するコマンドです。詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
130 
+
131 
+下図では、 **sum.cc** の17行目にブレークポイントを設定し、デバッグを開始しています。
132 
+
133 
+![](idb01.png)
134 
+
135 
+
136 
+### CUIでの利用例{#sample_cui}
137 
+
138 
+
139 
+#### 1。コンパイル
140 
+
141 
+Intel Debuggerを使用する場合、 **-debug** を指定してコンパイルを行ってください。
142 
+
143 
+
144 
+```nohighlight
145 
+#システムB、CでC言語のソースファイルtest.cをコンパイル
146 
+$ icc -debug test.c
147 
+```
148 
+
149 
+
150 
+
151 
+#### 2. Intel Debugger の起動
152 
+
153 
+CUI版のIntel Debuggerは **idbc** コマンドで利用できます。
154 
+
155 
+
156 
+```nohighlight
157 
+$ tssrun idbc ./a.out
158 
+Intel(R) Debugger for applications running on Intel(R) 64, Version 12.1, Build [77.329.14]
159 
+------------------
160 
+object file name: ./a.out
161 
+Reading symbols from /home/b/b59999/a.out...done.
162 
+(idb) list 15
163 
+10		gethostname(host,sizeof(host));
164 
+11		printf("ホスト名: %s\n", host);
165 
+12		//std::cin >> max;
166 
+13		max=100;
167 
+14		sum=0;
168 
+15		for (i=0; i<=max;i++)
169 
+16		{
170 
+17			sum+=i;
171 
+18		}
172 
+19		std::cout<<sum<<std::endl;
173 
+(idb) break sum.cc:17
174 
+Breakpoint 1 at 0x4003c6: file /home/b/b59999/sum.cc, line 17.
175 
+(idb)
176 
+```
177 
+
178 
+
179 
+
180 
+## マニュアル{#manual}
181 
+
182 
+* [IDB Command Reference](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Cray_Manual/idb_command_reference.pdf)
user/pages/08.compilers/20.intelpython/docs.ja.md
History View file @452be89
0 183 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,113 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel distribution python '
3 
+published: false
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## Intel distribution pythonとは{#summary}
18 
+
19 
+Intel distribution pythonは、Intelが配布するPythonインタプリタです。
20 
+高速化のチューニングを施された実行エンジンと、Intel MPIやIntel MKLの利用により、pythonプログラムの高速な実行を実現します。
21 
+
22 
+Intel distribution pythonは、現在Python 2.7.3, 3.5.3 に対応しています。
23 
+また、Intel distribution pythonには、以下のモジュールが含まれています。
24 
+
25 
+** ※mpi4pyの動作は現在検証中です **
26 
+
27 
+```nohighlight
28 
+NumPy, SciPY, scikit-learn, pandas, Matplotlib, Numba, Intel® Threading Building Blocks, pyDAAL, Jupyter, mpi4py, and others.
29 
+```
30 
+
31 
+
32 
+## 利用環境{#enviroment}
33 
+
34 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
35 
+
36 
+バージョン     |    システムA  |  システムB  |  システムC
37 
+-----------  |  -----  |  -----  |  -----
38 
+3.5.3        |    ―    |    +    |  +
39 
+2.7.3        |    ―    |  +      |   +
40 
+
41 
+
42 
+\+ ： 利用可能
43 
+― ： 利用不可
44 
+
45 
+
46 
+### 環境設定{#modules}
47 
+
48 
+バージョン           |  moduleファイル名
49 
+------------------- | -------------------
50 
+3.5.3 |   intel-python/3.5.3_2017.3
51 
+2.7.3 |  intel-python/2.7.3_2017.3
52 
+
53 
+
54 
+以下のようにmoduleコマンドを実行し、利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします。moduleファイル中のスラッシュとバージョンを省略した場合は、上表に記載のデフォルトのバージョンが設定されます。
55 
+
56 
+
57 
+```nohighlight
58 
+$ module load intel-python
59 
+```
60 
+
61 
+
62 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
63 
+
64 
+
65 
+## 利用方法{#usage}
66 
+
67 
+- moduleファイルの項目にあるいずれかのモジュールファイルをロードしてください。<br>
68 
+  ここで、 2.7.13, 3.5.3 といった番号は python 自体のバージョン番号で、2017.3 といった番号は intel distributed python のバージョン番号 ('2017 update 3) になります。
69 
+- 利用方法 (3.5.3 の場合)
70 
+  ```nohighlight
71 
+  $ module load intel-python/3.5.3_2017.3
72 
+  $ python  # python の起動など
73 
+  ```
74 
+
75 
+  <!--
76 
+  ```nohighlight
77 
+  $ module load intel-python/3.5.3_2017.3
78 
+  $ source activate <環境名>  (環境名が与えられない場合は、 root となり、intel python の用意した default の環境になります。)
79 
+  $ python  # python の起動など
80 
+  ```
81 
+  -->
82 
+
83 
+  バッチジョブ内では、
84 
+
85 
+  ```nohighlight
86 
+  python <スクリプト名>
87 
+  ```
88 
+
89 
+  としてください。 mpi4py をご利用の場合は、
90 
+
91 
+  ```nohighlight
92 
+  mpiexec.hydra python <スクリプト名>
93 
+  ```
94 
+
95 
+  などとしてご利用いただけます。
96 
+
97 
+<!--
98 
+  python 環境から抜ける場合は、
99 
+
100 
+  ```nohighlight
101 
+  > source deactivate
102 
+    ```
103 
+
104 
+  を実行してください。
105 
+-->
106 
+
107 
+## マニュアル{#manual}
108 
+
109 
+intel-pythonモジュールのロード後、manコマンドで説明を参照できます。
110 
+
111 
+```nohighlight
112 
+man python
113 
+```
user/pages/08.compilers/21.oneapi_dpc/docs.ja.md
History View file @452be89
0 114 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,67 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel oneAPI DPC++/C++コンパイラ'
3 
+visible: false
4 
+---
5 
+
6 
+[toc]
7 
+
8 
+## 利用環境{#enviroment}
9 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
10 
+バージョン  | システムA   | システムB   | システムC  | システムG | クラウド  | 備考
11 
+--------    | ----------- | ----------- | -----------  | ---- | ----- | ----- | -----
12 
+2022.1.2 | + | + | + | - | + | Intel oneAPI 2022
13 
+### 環境設定{#modules}
14 
+| バージョン | moduleファイル名 |
15 
+| --- | --- |
16 
+| 2022.1.2 (default) | intel/2022 |
17 
+システムにログインした時点で、Intelコンパイラがデフォルトで設定されています。
18 
+```nohighlight
19 
+$ module list
20 
+Currently Loaded Modulefiles:
21 
+x) SysB/2022   x) PrgEnvIntel/2022  x) intel/2022
22 
+```
23 
+ログイン時に自動で環境設定を行いたい場合は、ログインシェルの起動ファイルに必要なmoduleコマンドを記述してください。詳細は[環境設定](/config)をご覧ください。 moduleコマンドの詳細は[Modules](/config/modules)をご覧ください。
24 
+
25 
+## コンパイル方法
26 
+### コマンド
27 
+| 言語 | コマンド | 実行形式 |
28 
+| --- | --- | --- |
29 
+| DPC++ | dpcpp | dpcpp [オプション] ファイル名 |
30 
+| C | icx | icx [オプション] ファイル名 |
31 
+| C++ | icpx | icpx [オプション] ファイル名 |
32 
+### オプション
33 
+| オプション名 | 説明 |
34 
+| --- | --- |
35 
+| -o FILENAME | オブジェクトファイルの名前を指定します。 |
36 
+| -mcmodel=medium | 2Gbyteを超えてメモリを使用できるようになります。<br>※SYCLでは使用できません。 |
37 
+| -shared-intel | インテルが提供するライブラリをすべて動的にリンクします。 |
38 
+| -fpic | 位置に依存しないコードを生成します。 |
39 
+| -qopenmp | OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。<br>指定した GPU へのオフロードを有効にするには、-fopenmp-targets を併せて使用します。 |
40 
+| -O0/-O1/-O2/-O3 | 最適化のレベルを指定します(デフォルトは-O2) |
41 
+| -fast | プログラムの実行速度が最大になるように最適化します。-fastオプションにより、次のオプションが付与されます。<br>-ipo, -O3, -static, -fp-model fast=2 |
42 
+| -ipo | 複数ファイル間で、手続き間の処理を最適化します。 |
43 
+| -qopt-report | 実施した最適化についての情報をYAMLで出力します。 |
44 
+| -qopt-report-file=KEYWORD | 実施した最適化についての情報を、ファイル(filename) / 標準エラー出力(stderr) / 標準出力(stdout)に出力します。 |
45 
+
46 
+## コンパイル例{#sample}
47 
+### 逐次プログラム{#serial}
48 
+```nohighlight
49 
+$ dpcpp test.cpp  # dpc++の例
50 
+$ icx test.c           # C言語の例
51 
+$ icpx test.cpp     # C++の例
52 
+$ tssrun ./a.out    # プログラムの実行
53 
+```
54 
+### OpenMPの利用{#openmp}
55 
+OpenMPは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。 ソースコードに#pragma ompで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、コンパイラに自動で並列化を行わせることができます。
56 
+
57 
+OpenMPへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-qopenmpオプションをつけます。
58 
+```nohighlight
59 
+$ icx -qopenmp test.c
60 
+```
61 
+
62 
+コンパイルしたプログラムを実行する際、-Aオプションでtとcに並列数を指定すると、その並列数でプログラムが実行されます。
63 
+```nohighlight
64 
+$ tssrun -A p=1:t=8:c=8 ./a.out # 並列数8を指定して実行
65 
+```
66 
+
67 
+## マニュアル{#manual}
user/pages/08.compilers/22.fortran/docs.ja.md
History View file @452be89
0 68 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,105 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel Fortran コンパイラ & Intel Fortran コンパイラ クラシック'
3 
+visible: false
4 
+---
5 
+
6 
+[toc]
7 
+
8 
+## 利用環境{#environment}
9 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
10 
+バージョン  | システムA   | システムB   | システムC  | システムG | クラウド  | 備考
11 
+--------    | ----------- | ----------- | -----------  | ---- | ----- | ----- | -----
12 
+2022.1.2 | + | + | + | - | + | Intel oneAPI 2022
13 
+### 環境設定{#modules}
14 
+| バージョン | moduleファイル名 |
15 
+| --- | --- |
16 
+| 2022.1.2 (default) | intel/2022 |
17 
+システムにログインした時点で、Intelコンパイラがデフォルトで設定されています。
18 
+```nohighlight
19 
+$ module list
20 
+Currently Loaded Modulefiles:
21 
+x) SysB/2022   x) PrgEnvIntel/2022  x) intel/2022
22 
+```
23 
+ログイン時に自動で環境設定を行いたい場合は、ログインシェルの起動ファイルに必要なmoduleコマンドを記述してください。詳細は[環境設定](/config)をご覧ください。 moduleコマンドの詳細は[Modules](/config/modules)をご覧ください。
24 
+
25 
+## コンパイル方法{#usage}
26 
+### コマンド{#command}
27 
+| コンパイラ | コマンド | 実行形式 |
28 
+| --- | --- | --- |
29 
+| Intel Fortran コンパイラ クラシック | ifort | ifort [オプション] ファイル名 |
30 
+| Intel Fortran コンパイラ | ifx | ifx [オプション] ファイル名 |
31 
+### 主なオプション{#option}
32 
+| オプション名 | 説明 |
33 
+| --- | --- |
34 
+| -o FILENAME | オブジェクトファイルの名前を指定します。 |
35 
+| -mcmodel=medium | 2Gbyteを超えてメモリを利用できるようになります。 |
36 
+| -shared-intel | インテルが提供するライブラリをすべて動的にリンクします。 |
37 
+| -fpic | 位置に依存しないコードを生成します。 |
38 
+| -qopenmp | OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。<br>指定した GPU へのオフロードを有効にするには、-fopenmp-targets (\*1) を併せて使用します。 |
39 
+| -parallel (\*2) | 自動並列化を行います。 |
40 
+| -O0/-O1/-O2/-O3 | 最適化のレベルを指定します（デフォルトは-O2）。 |
41 
+| -fast | プログラムの実行速度が最大になるように最適化します。-fast オプションにより、次のオプションが付与されます。<br>```-ipo, -O3, -no-prec-div,-static, -fp-model fast=2, and -xHost``` |
42 
+| -ip (\*2) | 単一ファイル内で、手続き間の処理を最適化します。 |
43 
+| -ipo | 複数ファイル間で、手続き間の処理を最適化します。 |
44 
+| -qopt-report | 実施したすべての最適化についての情報を表示します。(\*2)<br>実施した最適化についての情報をYAMLで出力します。(\*1) |
45 
+| -qopt-report-file=KEYWORD | 実施した最適化についての情報を、ファイル(filename) / 標準エラー出力(stderr) / 標準出力(stdout)に出力します。このオプションを使用する場合、オプション -qopt-report を指定する必要はありません。 |
46 
+| -free/-nofixed | プログラムが自由形式で記述されていることを明示します。 |
47 
+| -nofree/-fixed | プログラムが固定形式で記述されていることを明示します。 |
48 
+| -warn all | すべての警告メッセージを表示します。declarations,alignments等を指定することも可能です。 |
49 
+| -check all | すべての実行時診断機能を有効にします。bounds,uninit等を指定することも可能です。 |
50 
+
51 
+(\*1) ifx でのみ使用可<br>
52 
+(\*2) ifort でのみ使用可
53 
+
54 
+## コンパイル例{#sample}
55 
+### 逐次プログラム{#serial}
56 
+```nohighlight
57 
+$ ifort test.f90   # ifortの例
58 
+$ ifx test.f90     # ifxの例
59 
+```
60 
+### 自動並列化の利用{#auto_parallel}
61 
+```nohighlight
62 
+$ ifort -parallel test.f90
63 
+$ tssrun -A p=1:t=4:c=4 ./a.out # 並列数4を指定して実行
64 
+```
65 
+※ifxでは使用不可
66 
+### OpenMPの利用{#openmp}
67 
+OpenMPは、プログラムの並列化のためのオープン規格です。 ソースコードに#pragma ompで始まる指示を書き込み、所定のオプションをつけてコンパイルするだけで、コンパイラに自動で並列化を行わせることができます。
68 
+
69 
+OpenMPへの指示を書き込んだソースコードをコンパイルするには、-qopenmpオプションをつけます。
70 
+```nohighlight
71 
+$ icx -qopenmp test.c
72 
+```
73 
+
74 
+コンパイルしたプログラムを実行する際、-Aオプションでtとcに並列数を指定すると、その並列数でプログラムが実行されます。
75 
+```nohighlight
76 
+$ tssrun -A p=1:t=8:c=8 ./a.out # 並列数8を指定して実行
77 
+```
78 
+
79 
+## コンパイル時メッセージ{#message}
80 
+Intel Fortran コンパイラは、プログラムの誤りや通知すべき情報があるときに、以下に示す形式でメッセージを出力します。
81 
+```nohighlight
82 
+ファイル名（行番号）: XXX #YYY: メッセージ本文
83 
+ソースコードの該当行の内容
84 
+--------------^
85 
+```
86 
+
87 
+- XXX　：　メッセージ種別（error/warning)
88 
+- YYY　：　メッセージの通し番号
89 
+- ポインタ(—-^)　：　ソースコードの該当行でエラーが発見された正確な場所
90 
+
91 
+**出力例**
92 
+
93 
+```nohighlight
94 
+sample.f90(26): error #5560: Subscript #2 of the array C has value 20 which is greater than the upper bound of 2
95 
+print *, c(1,1),",", c(1,20)
96 
+-----------------------^
97 
+compilation aborted for sample.f90 (code 1)
98 
+
99 
+```
100 
+
101 
+## 利用可能なライブラリ{#library}
102 
+### MPIライブラリ{#mpi_library}
103 
+### 数値計算ライブラリ{#numerical_library}
104 
+
105 
+## マニュアル{#manual}
user/pages/08.compilers/docs.ja.md
History View file @452be89
0 106 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,83 @@
1 
+---
2 
+title: 'コンパイラ / MPIライブラリ'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+
17 
+## コンパイラ{#compiler}
18 
+
19 
+\+ ： 利用可能
20 
+\- ： 利用不可
21 
+
22 
+コンパイラ  | システムB/C | システムG | クラウドシステム
23 
+- | - | - | -
24 
+[Intel](/compilers/intel_classic)  | + | - | +
25 
+[NVIDIA HPC SDK](/compilers/nvidia)  | - | + | -
26 
+
27 
+## ライブラリ{#library}
28 
+
29 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
30 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
31 
+\- ： 利用不可
32 
+
33 
+### メッセージ通信ライブラリ（MPI）{#mpi}
34 
+
35 
+コンパイラ  | システムB/C | システムG | クラウドシステム
36 
+- | - | - | - | - | -
37 
+[Intel MPI](/compilers/intelmpi)  |  + | - | +
38 
+[OpenMPI](/compilers/openmpi)  |  - |  + | -
39 
+
40 
+### 数値計算ライブラリ{#sci}
41 
+
42 
+コンパイラ  | システムB/C | システムG | クラウドシステム
43 
+- | - | - | - | - | -
44 
+[Intel oneMKL](/software/mkl)  | + | - | +
45 
+[NAG](/software/nag)  | AU  | - | -
46 
+[IMSL](/software/imsl)  | AU | -  | -
47 
+
48 
+<!--
49 
+### データ解析ライブラリ
50 
+### マルチスレッドライブラリ
51 
+### ビデオ処理ライブラリ
52 
+### コレクティブコミュニケーションライブラリ
53 
+### ディープニューラルネットワークライブラリ
54 
+-->
55 
+<!--
56 
+## プログラミング支援ツール{#tool}
57 
+
58 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
59 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
60 
+\- ： 利用不可
61 
+
62 
+### プロファイラ{#profiler}
63 
+
64 
+プロファイラ  | システムA  | システムB  | システムC
65 
+- | - | - | -
66 
+[Intel VTune Amplifier](/compilers/intel_vtune)  | -  | +  | +
67 
+[Intel Trace Analyzer/ Collector](/compilers/intel_traceanalyzer)  | ―  | +  | +
68 
+[Intel Advisor](/compilers/intel_advisor)  | -  | +  | +
69 
+
70 
+### デバッグ支援ツール{#debugger}
71 
+
72 
+ツール  | システムA  | システムB  | システムC
73 
+- | - | - | -
74 
+[TotalView](/compilers/totalview)  | AU  | AU  | AU
75 
+[Intel Inspector](/compilers/intel_inspector)  | -  | +  | +
76 
+[Allinea MAP/DDT](/compilers/allinea-map-ddt)  | +  | +  | +
77 
+-->
78 
+
79 
+<!--
80 
+## オープンソースライブラリ{#oss}
81 
+
82 
+[オープンソースソフトウェア・ライブラリ](/oss)を参照してください。
83 
+-->
user/pages/08.compilers/intel_traceanalyzer_16/docs.ja.md
History View file @452be89
0 84 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,170 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel Trace Analyzer / Collector'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## 利用環境{#enviroment}
16 
+
17 
+
18 
+
19 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
20 
+
21 
+バージョン                    |  システムA  |  システムB  |  システムC
22 
+----------------------------  |  -----      |  -----      |  -----
23 
+Trace Analyzer 2022 (default) |   ―         |  +          |  +
24 
+Trace Analyzer 2021           |   ―         |  +          |  +
25 
+
26 
+
27 
+\+ ： 利用可能
28 
+― ： 利用不可
29 
+
30 
+
31 
+### 環境設定{#modules}
32 
+
33 
+バージョン                   |  moduleファイル名
34 
+------------------------ | ---------------
35 
+ 2022                 |   iutils/xe2022
36 
+ 2021                 |   iutils/xe2021
37 
+
38 
+
39 
+[Intelコンパイラ](/compilers/intel) が利用できる状態で、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
40 
+
41 
+
42 
+```nohighlight
43 
+$ module load iutils
44 
+```
45 
+
46 
+
47 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
48 
+
49 
+Intel Trace Analyzer / Collector を使用してプログラムを実行すると、計算ノードのテンポラリ領域（/tmp）に生成されたデータが出力されます。計算ノードの /tmp の容量には限りがあるため、データが溢れてしまい、プログラムの実行結果に影響が出る場合があります。データの出力先を、環境変数TMPDIRで指定したディレクトリに変更できますので、LARGE領域などを出力先として利用してください。
50 
+
51 
+**（設定例）**
52 
+
53 
+
54 
+```nohighlight
55 
+（tcsh の場合）
56 
+$ setenv TMPDIR /LARGE0/gr19999/b59999/output
57 
+（bash の場合）
58 
+$ export TMPDIR=/LARGE0/gr19999/b59999/output
59 
+```
60 
+
61 
+
62 
+
63 
+## 利用方法{#usage}
64 
+
65 
+
66 
+
67 
+### コマンド{#command}
68 
+
69 
+コマンド           |  説明
70 
+--------------- | -----------------------
71 
+ traceanalyzer |   Trace Analyzerを起動します。
72 
+
73 
+
74 
+## 利用例{#sample}
75 
+
76 
+
77 
+
78 
+### コンパイル時にトレースファイルの取得を指示する方法{#sample_compile}
79 
+
80 
+
81 
+1. コンパイル
82 
+Intel Trace Analyzer / Collectorを使用する場合、 **-trace** オプションを指定してコンパイルを行ってください。
83 
+
84 
+    ```nohighlight
85 
+    $ mpiicc  test.c -trace
86 
+    ```
87 
+
88 
+2. 実行
89 
+**-trace** オプションを指定してコンパイルしたプログラムを実行すると、トレース情報が記録された **stfファイル** が作成されます。以下の例では、tssrun コマンドを使用して、会話型で実行しています。
90 
+
91 
+    ```nohighlight
92 
+    $ tssrun -A p=4 mpiexec.hydra ./a.out
93 
+    Job <582271> is submitted to queue <tb>.
94 
+    <<Waiting for dispatch ...>>
95 
+    <<Starting on gb-0004>>
96 
+    [0] Intel(R) Trace Collector INFO: Writing tracefile a.out.stf in /home/b/b59999/
97 
+    ```
98 
+
99 
+2. Intel Trace Analyzer / Collector でのトレース結果確認
100 
+[Exceed onDemand](/login/eod) など X（GUI）が利用できる環境で、出力された **stfファイル** を指定して **traceanalyzer** コマンドを実行するとIntel Trace Analyzerが起動します。
101 
+
102 
+    ```nohighlight
103 
+    $ traceanalyzer a.out.stf
104 
+    ```
105 
+
106 
+下図は、 **Charts** => **Event Timeline** でタイムライン表示を行った例です。
107 
+
108 
+![](traceanalyzer_01.png)
109 
+
110 
+
111 
+### 実行時にトレースファイルの取得を指示する方法{#sample_exec}
112 
+
113 
+1. コンパイル
114 
+通常と同じ手順でコンパイルを行ってください。
115 
+
116 
+    ```nohighlight
117 
+    $ mpiicc  test.c
118 
+    ```
119 
+
120 
+2. 実行
121 
+**-trace** オプションを指定して実行すると、トレース情報が記録された **stfファイル** が作成されます。以下の例では、tssrun コマンドを使用して、会話型で実行しています。
122 
+
123 
+    ```nohighlight
124 
+    $ tssrun -A p=4 mpiexec.hydra -trace ./a.out
125 
+    Job <582271> is submitted to queue <tb>.
126 
+    <<Waiting for dispatch ...>>
127 
+    <<Starting on gb-0004>>
128 
+    [0] Intel(R) Trace Collector INFO: Writing tracefile a.out.stf in /home/b/b59999/
129 
+    ```
130 
+
131 
+2. Intel Trace Analyzer / Collector でのトレース結果確認
132 
+[Exceed onDemand](/login/eod) など X（GUI）が利用できる環境で、出力された **stfファイル** を指定して **traceanalyzer** コマンドを実行するとIntel Trace Analyzerが起動します。
133 
+
134 
+    ```nohighlight
135 
+    $ traceanalyzer a.out.stf
136 
+    ```
137 
+
138 
+
139 
+
140 
+## マニュアル{#manual}
141 
+
142 
+<!-- no longer supprted
143 
+### バージョン8.0{#8_0}
144 
+
145 
+* [IntelR Trace Analyzer and Collector for Linux* OS Getting Started Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_0/Getting_Started.html)
146 
+* IntelR Trace Analyzer Reference Guide [HTML](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_0/html/) / [PDF](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_0/ITA_Reference_Guide.pdf)
147 
+* [IntelR Trace Collector Reference Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_0/ITC_Reference_Guide.pdf)
148 
+* [Frequently Asked Questions for the IntelR Trace Analyzer and Collector](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_0/FAQ.pdf)
149 
+
150 
+
151 
+### バージョン8.1{#8_1}
152 
+
153 
+* [IntelR Trace Analyzer and Collector for Linux* OS Getting Started Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_1/Getting_Started.html)
154 
+* IntelR Trace Analyzer Reference Guide [HTML](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_1/ITA_Reference_Guide.htm)  / [PDF](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_1/ITA_Reference_Guide.pdf)
155 
+* IntelR Trace Collector Reference Guide [HTML](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_1/ITC_Reference_Guide.htm) / [PDF](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_1/ITC_Reference_Guide.pdf)
156 
+* [Frequently Asked Questions for the IntelR Trace Analyzer and Collector](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_8_1/FAQ.pdf)
157 
+
158 
+
159 
+### バージョン9.1{#9_1}
160 
+* [IntelR Trace Analyzer and Collector for Linux](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_9_1/Doc_Index.htm)
161 
+-->
162 
+
163 
+### Ver.2018
164 
+
165 
+* [Intel Trace Analyzer and Collector for Linux](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/Trace_Analyzer_and_Collector_2018/intel-trace-analyzer-2018-user-and-reference-guide.pdf)
166 
+
167 
+### Ver.2019
168 
+
169 
+* [Intel Trace Analyzer for Linux Reference Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/intel_parallel_studio_xe_2019_3/en/itac/ita_user_reference_guide.htm)
170 
+* [Intel Trace Collector for Linux Reference Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/intel_parallel_studio_xe_2019_3/en/itac/itc_user_reference_guide.htm)
user/pages/08.compilers/intel_traceanalyzer_16/traceanalyzer_01.png
History View file @452be89
0 171 
new file mode 100644
1 172 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_traceanalyzer_16/traceanalyzer_01.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe01.png
History View file @452be89
2 173 
new file mode 100644
3 174 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe01.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe02.png
History View file @452be89
4 175 
new file mode 100644
5 176 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe02.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe03.png
History View file @452be89
6 177 
new file mode 100644
7 178 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe03.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe04.png
History View file @452be89
8 179 
new file mode 100644
9 180 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe04.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe05.png
History View file @452be89
10 181 
new file mode 100644
11 182 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe05.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe06.png
History View file @452be89
12 183 
new file mode 100644
13 184 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe06.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe07.png
History View file @452be89
14 185 
new file mode 100644
15 186 
Binary files /dev/null and b/user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/amplxe07.png differ
user/pages/08.compilers/intel_vtune_15/docs.ja.md
History View file @452be89
16 187 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,241 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel VTune Amplifier'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## 利用環境{#enviroment}
16 
+
17 
+
18 
+
19 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
20 
+
21 
+バージョン                        |   システムA  |  システムB  |  システムC
22 
+--------------------------------  |  -----       |  -----      |  -----
23 
+VTune Amplifier XE 2022 (default) |    ―         |  +          |  +
24 
+
25 
+
26 
+
27 
+
28 
+\+ ： 利用可能
29 
+― ： 利用不可
30 
+
31 
+
32 
+### 環境設定{#modules}
33 
+
34 
+バージョン                     |  moduleファイル名
35 
+-------------------------- | ---------------
36 
+ 2022            |   iutils/xe2022
37 
+
38 
+
39 
+
40 
+
41 
+[Intelコンパイラ](/compilers/intel) が利用できる状態で、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
42 
+
43 
+
44 
+```nohighlight
45 
+$ module load iutils
46 
+```
47 
+
48 
+
49 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
50 
+
51 
+
52 
+## 利用方法{#usage}
53 
+
54 
+
55 
+
56 
+### コマンド{#command}
57 
+
58 
+#### 2020以降
59 
+
60 
+コマンド        |  説明
61 
+------------ | ---------------------------------
62 
+ vtune-gui |   GUI版のVTune Amplifierを起動します。
63 
+ vtune |    コマンドライン版のVTune Amplifierを起動します。
64 
+
65 
+
66 
+#### 2019以前
67 
+
68 
+コマンド        |  説明
69 
+------------ | ---------------------------------
70 
+amplxe-gui |   GUI版のVTune Amplifierを起動します。
71 
+amplxe-cl |    コマンドライン版のVTune Amplifierを起動します。
72 
+
73 
+
74 
+### オプション{#option}
75 
+
76 
+
77 
+#### amplxe-cl の主なオプション
78 
+
79 
+オプション                     |  説明
80 
+-------------------------- | ---------------------
81 
+ -collect=_string_         |  分析を行うタイプを指定します。
82 
+ -app-working-dir=_string_ |  ワーキングディレクトリを指定します。
83 
+ -r, -result-dir=_string_  |  結果を保存するディレクトリを指定します。
84 
+
85 
+
86 
+#### amplxe-clの-collectで指定可能な主なタイプ
87 
+
88 
+タイプ                   |  説明
89 
+---------------------- | ----------------------------
90 
+ concurrency          |   マルチスレッドの並列性を表示します。
91 
+ hotspots             |   ホットスポットを分析します。
92 
+ lightweight-hotspots |  ホットスポットを高速に分析します。
93 
+ locksandwaits        |   ロックとウェイトを分析します。
94 
+ snb_memory-access     |  Sandy Bridgeでメモリアクセスを分析します。
95 
+
96 
+
97 
+## 利用例{#sample}
98 
+
99 
+
100 
+
101 
+### GUIでの利用例{#sample_gui}
102 
+
103 
+
104 
+1. コンパイル
105 
+Intel VTune Amplifierを使用する場合、デバッグオプション **-g -O2** を指定してコンパイルを行ってください。コンパイルオプションについては [こちら](http://software.intel.com/en-us/articles/compiler-switches-for-intel-vtune-amplifier-xe-for-linux/)も参考にしてください。
106 
+
107 
+    ```nohighlight
108 
+    $ icc -g -O2 test.c
109 
+    ```
110 
+
111 
+2. VTune Amplifier の起動
112 
+[Exceed onDemand](/login/eod) で、 **amplxe-gui** コマンドを実行するとVTune Amplifierが起動します。 **xrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
113 
+
114 
+    ```nohighlight
115 
+    $ xrun amplxe-gui
116 
+    ```
117 
+
118 
+    ![](amplxe01.png)
119 
+3. プロジェクトを作成する
120 
+**File** => **New** => **Project** を選択すると以下のような画面が表示されますので、適切な **Project name** を入力して、 **Create Project** を押してください。
121 
+
122 
+    ![](amplxe02.png)
123 
+
124 
+4. プロジェクトの設定
125 
+続いて、Project Properties の画面が表示されますので、対象とするプログラムを **Application** で指定して **OK** を押してください。引数等が必要な場合はここで指定します。
126 
+
127 
+    ![](amplxe03.png)
128 
+
129 
+5. 新しい分析の設定
130 
+プロジェクトのプロパティ設定が完了すると、下図の画面に戻りますので 三角マークの **New Analysis** を押してください。
131 
+
132 
+    ![](amplxe04.png)
133 
+
134 
+5. 分析開始
135 
+Choose Analysis Type の画面が表示されますので、チェックの対象を指定した上で、 **Start**
136 
+を押してください。
137 
+
138 
+    ![](amplxe05.png)
139 
+
140 
+6. 分析結果の確認
141 
+しばらく待つと、VTune Amplifierでの分析結果が表示されます。この例では、grid_intersect関数がCPU時間を多く使用していることが分かります。
142 
+
143 
+    ![](amplxe06.png)
144 
+
145 
+
146 
+#### OpenMPプログラムの解析
147 
+
148 
+GUI版はOpenMPプログラムの解析に対応しています。
149 
+xrun コマンドで起動時に、-A オプションでスレッド数を指定します。
150 
+
151 
+例：8スレッド実行
152 
+```nohighlight
153 
+xrun -A t=8:c=8 amplxe-gui
154 
+```
155 
+
156 
+VTuneの起動後、「Advanced Hotspots」を選び、「Analyze OpenMP Regions」を選択して「Start」を押せば、スレッド8並列での解析が行われます。
157 
+
158 
+![](amplxe07.png)
159 
+
160 
+なお、MPIプログラムの解析は、CUI版をご利用ください。
161 
+
162 
+### CUIでの利用例{#sample_cui}
163 
+
164 
+1. コンパイル
165 
+Intel VTune Ampliferを使用する場合、デバッグオプション **-g -O2** を指定してコンパイルを行ってください。コンパイルオプションについては [こちら](http://software.intel.com/en-us/articles/compiler-switches-for-intel-vtune-amplifier-xe-for-linux/)も参考にしてください。
166 
+
167 
+    ```nohighlight
168 
+    $ icc -g -O2 test.c
169 
+    ```
170 
+
171 
+2. チェックの実行
172 
+CUI版のVTune Amplifierは **amplxe-cl** コマンドで利用できます。この例では、結果を出力するディレクトリの指定して、hotspotsの分析をしています。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
173 
+
174 
+    ```nohighlight
175 
+    $ tssrun amplxe-cl -collect hotspots  -r=./result ./a.out
176 
+    Parser returned a non-zero error code reading dat/balls.dat
177 
+    Aborting Render...
178 
+    Using result path `/home/b/b59999/intel/amplxe/samples/tachyon/result'
179 
+    Executing actions 75 % Generating a report
180 
+    Summary
181 
+    -------
182 
+    　
183 
+    Elapsed Time:  0.101
184 
+    CPU Time:      0
185 
+    Executing actions 100 % done
186 
+    ```
187 
+
188 
+3. 結果の確認
189 
+[Exceed onDemand](/login/eod) など X（GUI）が利用できる環境で、 **amplxe-gui** コマンドを実行し、GUI版のVTune Amplifierで結果を確認してください。 **xrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
190 
+
191 
+    ```nohighlight
192 
+    $ xrun amplxe-gui ./result/result.amplxe
193 
+    ```
194 
+
195 
+    ![](amplxe06.png)
196 
+
197 
+#### 並列プログラムの解析{#parallel}
198 
+
199 
+CUI版はMPIおよびOpenMPプログラムの解析に対応しています。
200 
+tssrunでVTuneを実行の際、-A オプションで並列数を指定します。
201 
+また、mpiexec.hydra の付加が必要です。
202 
+
203 
+例：MPI4並列で解析
204 
+
205 
+```nohighlight
206 
+$ tssrun -A p=4 mpiexec.hydra amplxe-cl -collect hotspots  -r=./result ./a.out
207 
+qsub: waiting for job 1258261.jb to start
208 
+qsub: job 1258261.jb ready
209 
+
210 
+amplxe: Analyzing data in the node-wide mode. The hostname (nb-0041) will be added to the result path/name.
211 
+amplxe: Collection started.
212 
+Hello world from processor nb-0041, rank 2 out of 4 processors
213 
+Hello world from processor nb-0041, rank 3 out of 4 processors
214 
+Hello world from processor nb-0041, rank 0 out of 4 processors
215 
+Hello world from processor nb-0041, rank 1 out of 4 processors
216 
+amplxe: Collection stopped.
217 
+amplxe: Using result path `/home0/w/w00001/mpitest/b/result.nb-0041'
218 
+amplxe: Executing actions 19 % Resolving information for `libtmip_psm2.so'
219 
+amplxe: Warning: Cannot locate debugging symbols for file `/opt/app/intel/impi/2017.2.174/intel64/lib/libtmip_psm2.so'.
220 
+amplxe: Executing actions 75 % Generating a report
221 
+amplxe: Executing actions 100 % done
222 
+
223 
+Collection start time     07:23:49 19/12/2017 UTC
224 
+Collection stop time      07:23:50 19/12/2017 UTC
225 
+
226 
+Summary
227 
+-------
228 
+Elapsed Time:       0.553
229 
+Paused Time:        0.0
230 
+CPU Time:           0.310
231 
+Average CPU Usage:  0.435
232 
+
233 
+qsub: job 1258261.jb completed
234 
+```
235 
+
236 
+
237 
+## マニュアル{#manual}
238 
+
239 
+* [Intel VTune Amplifier XE 2016 Documentation](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/VTune_Amplifier_XE_2016/en/documentation_amplifier.htm)
240 
+* [Intel VTune Amplifier XE 2018 Help](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/VTune_Amplifier_XE_2018/index.htm)
241 
+* [Intel® VTune™ Amplifier 2019 User Guide](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/Compiler_Manual/Intel/intel_parallel_studio_xe_2019_3/en/vtune_amplifier/help/index.htm)
user/pages/09.software/10.mkl/docs.en.md
History View file @452be89
0 242 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,68 @@
1 
+---
2 
+title: ' Intel Math Kernel Library'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## What Is MKL?{#summary}
16 
+
17 
+The MKL library provides linear algebra routines, fast Fourier transforms, vector mass library functions and random number generation functions for developers of engineering, scientific and financial software.
18 
+All these routines and functions are optimised for Intel processors. Other x86 processors are also supported and work without problems.
19 
+
20 
+## Environment Settings{#enviroment}
21 
+### Software Version and System Requirements {#version}
22 
+
23 
+Version  | Module file name | System B/C | System G | Cloud System | Notes
24 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
25 
+2022.3 | intel/2022.3 | + | - | + | Introduced in November 2022.
26 
+
27 
+\+ ： Available
28 
+\- ： Not available
29 
+
30 
+**Just load the module file of [Intel compiler](/compilers/intel) and MKL will also be loaded.**
31 
+You do not need to load modules specifically for MKL.
32 
+
33 
+If you want to use the MKL library, you need to use the Intel compiler. Please refer to [Intel compilers](/compilers/intel#modules) for the setups.
34 
+<!--
35 
+以下のようにmoduleコマンドを実行し、利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします。moduleファイル中のスラッシュとバージョンを省略した場合は、上表に記載のデフォルトのバージョンが設定されます。
36 
+
37 
+```nohighlight
38 
+$ module load mkl
39 
+```
40 
+
41 
+MKLライブラリのバージョンを切り替えたい場合は、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
42 
+
43 
+```nohighlight
44 
+$ module switch mkl/10.3.9 mkl/11.0.0
45 
+```
46 
+-->
47 
+Please refer to  [Modules](/config/modules) for details on the module command.
48 
+
49 
+## How to Use{#usage}
50 
+
51 
+The -qmkl option is granted at compile time.
52 
+
53 
+```nohighlight
54 
+$ icc sample.c -qmkl          # Example of C language
55 
+$ icpc sample.cpp -qmkl    # Example of C++
56 
+$ ifort sample.f90 -qmkl　  # Example of Fortran
57 
+```
58 
+
59 
+## Manual{#manual}
60 
+* [Developer Reference for Intel oneAPI Math Kernel Library - C](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-developer-reference-c/top.html)
61 
+* [Developer Reference for Intel oneAPI Math Kernel Library - Fortran](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-developer-reference-fortran/top.html)
62 
+* [Developer Guide for Intel oneAPI Math Kernel Library for Linux*](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-linux-developer-guide/top.html)
63 
+
64 
+## Advisor{#advisor}
65 
+* [Link Line Advisor](https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/onemkl-link-line-advisor.html)
66 
+
67 
+## Link{#link}
68 
+* [Intel oneAPI Math Kernel Library](https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/onemkl.html)
user/pages/09.software/10.mkl/docs.ja.md
History View file @452be89
0 69 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,67 @@
1 
+---
2 
+title: 'Intel MKLライブラリ'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## MKLライブラリとは{#summary}
16 
+
17 
+MKLライブラリは、工学、科学、金融系ソフトウェアの開発者向けに、線形代数ルーチン、高速フーリエ変換、ベクトル・マス・ライブラリー関数、乱数生成関数を提供します。これらのルーチンや関数はすべて、Intelプロセッサ用に最適化されています。また、その他のx86プロセッサにも対応しており、問題なく動作します。
18 
+
19 
+## 利用環境{#enviroment}
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
23 
+--- | --- | --- | --- | --- | ---
24 
+2022.3 | intel/2022.3 | + | - | + | 2022年11月導入
25 
+
26 
+\+ ： 利用可能
27 
+\- ： 利用不可
28 
+
29 
+**[Intelコンパイラ](/compilers/intel)のモジュールファイルをロードするだけでMKLもロードされます。**
30 
+MKLのために特にモジュールをロードする必要はありません。
31 
+
32 
+MKLライブラリを利用する場合は、Intelコンパイラを利用する必要があります。環境設定については、 [Intelコンパイラ](/compilers/intel#modules) をご覧ください。
33 
+<!--
34 
+以下のようにmoduleコマンドを実行し、利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします。moduleファイル中のスラッシュとバージョンを省略した場合は、上表に記載のデフォルトのバージョンが設定されます。
35 
+
36 
+```nohighlight
37 
+$ module load mkl
38 
+```
39 
+
40 
+MKLライブラリのバージョンを切り替えたい場合は、以下のようにmoduleコマンドを実行してください。
41 
+
42 
+```nohighlight
43 
+$ module switch mkl/10.3.9 mkl/11.0.0
44 
+```
45 
+-->
46 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
47 
+
48 
+## 利用方法{#usage}
49 
+
50 
+コンパイル時に、 -qmkl オプションを付与します。
51 
+
52 
+```nohighlight
53 
+$ icc sample.c -qmkl          # C言語の例
54 
+$ icpc sample.cpp -qmkl    # C++の例
55 
+$ ifort sample.f90 -qmkl　  # Fortranの例
56 
+```
57 
+
58 
+## マニュアル{#manual}
59 
+* [Developer Reference for Intel oneAPI Math Kernel Library - C](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-developer-reference-c/top.html)
60 
+* [Developer Reference for Intel oneAPI Math Kernel Library - Fortran](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-developer-reference-fortran/top.html)
61 
+* [Developer Guide for Intel oneAPI Math Kernel Library for Linux*](https://www.intel.com/content/www/us/en/develop/documentation/onemkl-linux-developer-guide/top.html)
62 
+
63 
+## アドバイザー{#advisor}
64 
+* [Link Line Advisor](https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/onemkl-link-line-advisor.html)
65 
+
66 
+## リンク{#link}
67 
+* [Intel oneAPI Math Kernel Library](https://www.intel.com/content/www/us/en/developer/tools/oneapi/onemkl.html)
user/pages/09.software/11.nag/docs.en.md
History View file @452be89
0 68 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,97 @@
1 
+---
2 
+title: 'NAG Library'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+published: true
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## What is NAG Library?{#summary}
12 
+
13 
+NAG Library is a software library of high-reliability scientific computing and statistical computing, contains more than 1000 functions. The NAG Fortran SMP Library for SMP and the NAG Parallel Library for MPI distributed memory parallelization are both available.
14 
+
15 
+## Environment Settings{#enviroment}
16 
+
17 
+### Software Version and System Requirements{#version}
18 
+
19 
+Version                   | Module Filename  | System B/C  | System G/Cloud
20 
+---------------------------  | ------                | -----        | -----
21 
+ SMP version Mark 26 (default)     | nag_fortran/26        | AU           | -
22 
+ MPI version Release 3 (default)   | nag_paralell/3        | AU           | -
23 
+
24 
+AU ： Available for academic users only
25 
+\- ： Unavailable
26 
+
27 
+### Library Settings{#modules}
28 
+
29 
+If you want to use NAG Libraries, you need to use the Intel compiler. Please refer to [Intel compilers](/compilers/intel#modules) for setting up the environment.
30 
+
31 
+Execute the module command as follows to load the version of the module file you want to use.
32 
+
33 
+```nohighlight
34 
+## When using the SMP version
35 
+$ module load nag_fortran
36 
+--
37 
+## When using the MPI version
38 
+$ module load nag_parallel
39 
+```
40 
+You can not set up the environment of the SMP version and the MPI version at the same time.
41 
+
42 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details on the module command.
43 
+
44 
+## How to Use{#usage}
45 
+
46 
+The environment settings set the commands and options required for compilation as environment variables. Please use these environment variables to link the NAG library when translating.
47 
+
48 
+Type               | Environment Variables     | Notes
49 
+--------           | ---------    | -----
50 
+Compile Commands | $fcompile    | Environment variables contain commands and compilation options required for compilation.
51 
+Link options   | $flink       | Environment variables contain libraries required for a link.
52 
+
53 
+* **Example of Compilation & linking **
54 
+
55 
+```nohighlight
56 
+$ $fcompile  sample.f90a  $flink
57 
+```
58 
+
59 
+* **Example of Execution**
60 
+
61 
+```nohighlight
62 
+$ tssrun ./a.out
63 
+```
64 
+
65 
+## Sample Program{#sample}
66 
+
67 
+Sample programs are available for almost all routines in the NAG library. Please copy and use the files under the directories shown in the table.
68 
+
69 
+#### SMP version
70 
+
71 
+Sample files | File Paths
72 
+---------        | ---------------------------------------------------
73 
+Source Code    | /opt/system/app/nag_fortran/26/fsl6i26dcl/examples/source
74 
+Input data       | /opt/system/app/nag_fortran/26/fsl6i26dcl/examples/data
75 
+Results       | /opt/system/app/nag_fortran/26/fsl6i26dcl/examples/results
76 
+
77 
+#### MPI version
78 
+
79 
+Sample files | File Paths
80 
+---------        | ------------------------------------------------
81 
+Source Code   | /opt/system/app/nag_parallel/3/fdl6i03dcl/examples/source
82 
+Input data        | /opt/system/app/nag_parallel/3/fdl6i03dcl/examples/data
83 
+Results          | /opt/system/app/nag_parallel/3/fdl6i03dcl/examples/results
84 
+
85 
+## Manuals{#manual}
86 
+
87 
+### SMP
88 
+
89 
+* [NAG Library Manual（MARK 26）](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/nag/nagdoc_fl26/index.html)
90 
+
91 
+### MPI
92 
+
93 
+* [NAG Library Manual（Release 3）](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/nag/nagdoc_pl3/fd/html/genint/libconts_fd03.html)
94 
+
95 
+##  Links{#link}
96 
+
97 
+* [Numerical Algorithms Group（NAG）](http://www.nag-j.co.jp/index.htm)
user/pages/09.software/11.nag/docs.ja.md
History View file @452be89
0 98 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,103 @@
1 
+---
2 
+title: ' NAGライブラリ'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+published: true
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## NAGライブラリとは{#summary}
18 
+
19 
+NAGライブラリは、1000種類以上の機能をもち、非常に信頼性が高い科学技術計算および統計計算のライブラリです。SMP向けに並列化されたライブラリである NAG Fortran SMP Library (SMP版)とともに、分散メモリ環境で並列科学技術計算を行うための NAG Parallel Library(MPI版)が利用できます。
20 
+
21 
+## 利用環境{#enviroment}
22 
+
23 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
24 
+
25 
+バージョン                   | モジュールファイル名  | システムB/C  | システムG/クラウド
26 
+---------------------------  | ------                | -----        | -----
27 
+ SMP版 Mark 26 (default)     | nag_fortran/26        | AU           | -
28 
+ MPI版 Release 3 (default)   | nag_paralell/3        | AU           | -
29 
+
30 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
31 
+\- ： 利用不可
32 
+
33 
+### 環境設定{#modules}
34 
+
35 
+NAGライブラリを利用する場合は、Intelコンパイラを利用する必要があります。環境設定については、 [Intelコンパイラ](/compilers/intel#modules) をご覧ください。
36 
+
37 
+以下のようにmoduleコマンドを実行し、利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします。
38 
+
39 
+```nohighlight
40 
+## SMP版を利用する場合
41 
+$ module load nag_fortran
42 
+--
43 
+## MPI版を利用する場合
44 
+$ module load nag_parallel
45 
+```
46 
+SMP版とMPI版の環境を同時に設定することはできません。
47 
+
48 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
49 
+
50 
+## 利用方法{#usage}
51 
+
52 
+環境設定により、コンパイルに必要なコマンドおよびオプションが環境変数に設定されます。この環境変数を使い、翻訳時にNAGライブラリをリンクしてご利用下さい。
53 
+
54 
+種類                 | 環境変数     | 備考
55 
+--------             | ---------    | -----
56 
+コンパイルオプション | $NAGFLAGS    | 環境変数にコンパイルに必要なコンパイルオプションが含まれています。
57 
+リンクオプション     | $NAGLINK     | 環境変数にリンクが必要なライブラリが含まれています。
58 
+
59 
+* **コンパイル＆リンク例**
60 
+
61 
+```nohighlight
62 
+$ ifort $NAGFLAGS  sample.f90  $NAGLINK
63 
+```
64 
+
65 
+* **実行例**
66 
+
67 
+```nohighlight
68 
+$ tssrun ./a.out
69 
+```
70 
+
71 
+## サンプルプログラム{#sample}
72 
+
73 
+NAGライブラリのほぼすべてのルーチンに対して、サンプルのプログラムが用意されています。表に示すディレクトリ配下のファイルをコピーしてご利用ください。
74 
+
75 
+#### SMP版
76 
+
77 
+サンプルファイル | ファイルパス
78 
+---------        | ---------------------------------------------------
79 
+プログラム本体   | /opt/system/app/nag_fortran/26/fsl6i26dcl/examples/source
80 
+入力データ       | /opt/system/app/nag_fortran/26/fsl6i26dcl/examples/data
81 
+出力結果例       | /opt/system/app/nag_fortran/26/fsl6i26dcl/examples/results
82 
+
83 
+#### MPI版
84 
+
85 
+サンプルファイル | ファイルパス
86 
+---------        | ------------------------------------------------
87 
+プログラム本体   | /opt/system/app/nag_parallel/3/fdl6i03dcl/examples/source
88 
+入力データ       | /opt/system/app/nag_parallel/3/fdl6i03dcl/examples/data
89 
+出力結果例       | /opt/system/app/nag_parallel/3/fdl6i03dcl/examples/results
90 
+
91 
+## マニュアル{#manual}
92 
+
93 
+### SMP
94 
+
95 
+* [NAGライブラリマニュアル（MARK 26）](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/nag/nagdoc_fl26/index.html)
96 
+
97 
+### MPI
98 
+
99 
+* [NAGライブラリマニュアル（Release 3）](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/nag/nagdoc_pl3/fd/html/genint/libconts_fd03.html)
100 
+
101 
+## リンク{#link}
102 
+
103 
+* [日本NAG](http://www.nag-j.co.jp/index.htm)
user/pages/09.software/12.imsl/docs.en.md
History View file @452be89
0 104 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,60 @@
1 
+---
2 
+title: 'IMSL Library'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+published: true
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+##  What Is IMSL Library?{#summary}
12 
+
13 
+IMSL Fortran library is a Fortran subroutine library for scientific computing, and contains over 1000 functions of numerical calculation, statistical analysis, and special functions. It provides a comprehensive set of algorithms of IMSL products for Fortran, including IMSL F90 library, IMSL FORTRAN 77 library, and IMSL parallel processing features. It delivers an easy-to-operate interface provided by LAPACK, ScaLAPACK, and SuperLU.
14 
+
15 
+A time-consuming algorithm such as matrix operations, linear system, eigensystem analysis, or fast fourier transform(FFT) is processed in parallel on all sorts of SMP systems. And it makes a great enhancement to a large-scale problem.
16 
+
17 
+## Environment Settings{#enviroment}
18 
+
19 
+### Software Version and System Requirements{#version}
20 
+
21 
+Version  | Module File Name  | System B/C  | System G/Cloud
22 
+------      | -----                 | -----        | ---
23 
+2022.1.0    | imsl/fnl-2022.1.0     | AU           | -
24 
+
25 
+AU ： Available for academic users only
26 
+\- ： Not available
27 
+
28 
+
29 
+###  Library Setting{#modules}
30 
+
31 
+If you want to use the IMSL library, you need to use the Intel compiler. Execute the module command as follows.
32 
+
33 
+```nohighlight
34 
+$ module load imsl/fnl2021-intel
35 
+```
36 
+Please refer to  [Modules](/config/modules) for details on the module command.
37 
+
38 
+## How to Use{#usage}
39 
+
40 
+The environment settings set the link options required for compilation as environment variables. Please use these environment variables to compile.
41 
+
42 
+
43 
+Type                 | Environment Variables  | Description
44 
+-----------------   | ----------- | ----------------------------
45 
+Compiler          | $FC         | Fortran Compiler
46 
+Compile Option| $F90FLAGS   | Compile Option for Fortran90
47 
+Link Option    | $LINK_FNL   | Static library (Non-parallelized)
48 
+〃                  | $LINK_MPIS  | Static library (MPI parallelized)
49 
+
50 
+* **Example of compiling and linking**
51 
+
52 
+```nohighlight
53 
+$ ifort $F90FLAGS sample.f90 $LINK_FNL　　　（Non-parallelized System B,C）
54 
+$ mpiifort $F90FLAGS sample.f90 $LINK_MPIS　（MPI parallelized System B,C）
55 
+```
56 
+
57 
+##  Links{#link}
58 
+
59 
+* [IMSL](https://www.imsl.com/)
60 
+* [IMSL FORTRAN NUMERICAL LIBRARY ](https://help.imsl.com/fortran/)
user/pages/09.software/12.imsl/docs.ja.md
History View file @452be89
0 61 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,65 @@
1 
+---
2 
+title: IMSLライブラリ
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+published: true
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## IMSLライブラリとは{#summary}
18 
+
19 
+「IMSL Fortran ライブラリ」とは、1000以上の数値計算、特殊関数、統計解析用の関数を含む、科学計算用の Fortranサブルーチンライブラリです。LAPACK, ScaLAPACK 及びSuperLU を取り込んでおり、ユーザが使い易いようにインターフェースが整備されています。
20 
+
21 
+線形システムと行列操作、固有システム解析、高速フーリエ変換 (FFT) などの計算時間が掛かるアルゴリズムは、各種のSMPシステム上で並列処理され、性能向上を図ることができます。
22 
+
23 
+## 利用環境{#enviroment}
24 
+
25 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
26 
+
27 
+バージョン  | モジュールファイル名  | システムB/C  | システムG/クラウド
28 
+------      | -----                 | -----        | ---
29 
+2022.1.0    | imsl/fnl-2022.1.0     | AU           | -
30 
+
31 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
32 
+\- ： 利用不可
33 
+
34 
+### 環境設定{#modules}
35 
+
36 
+IMSLライブラリを利用する場合は、Intelコンパイラを利用する必要があります。以下のようにmoduleコマンドを実行します。
37 
+
38 
+```nohighlight
39 
+$ module load imsl/fnl2021-intel
40 
+```
41 
+
42 
+moduleコマンドの詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
43 
+
44 
+## 利用方法{#usage}
45 
+
46 
+環境設定により、コンパイルに必要なリンクオプションが環境変数として設定されます。この環境変数を使い、コンパイルを行ってください。
47 
+
48 
+種類                | い環境変数  | 説明
49 
+-----------------   | ----------- | ----------------------------
50 
+コンパイラ          | $FC         | Fortran コンパイラ
51 
+コンパイルオプション| $F90FLAGS   | Fortran90用コンパイルオプション
52 
+リンクオプション    | $LINK_FNL   | 静的ライブラリ（逐次）
53 
+〃                  | $LINK_MPIS  | 静的ライブラリ（MPI）
54 
+
55 
+* **コンパイル＆リンク例**
56 
+
57 
+```nohighlight
58 
+$ ifort $F90FLAGS sample.f90 $LINK_FNL　　　（逐次　システムB,C）
59 
+$ mpiifort $F90FLAGS sample.f90 $LINK_MPIS　（MPI　システムB,C）
60 
+```
61 
+
62 
+## リンク{#link}
63 
+
64 
+* [IMSL](https://www.imsl.com/)
65 
+* [IMSL FORTRAN NUMERICAL LIBRARY ](https://help.imsl.com/fortran/)
user/pages/09.software/21.python/docs.en.md
History View file @452be89
0 66 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,68 @@
1 
+---
2 
+title: Python
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## Environment Settings{#enviroment}
8 
+
9 
+### Software Version and System Requirements{#version}
10 
+
11 
+The pythons listed in the table below are available.
12 
+As they are all provided as packages that come with the operating system, you do not need to set up the environment with module files.
13 
+
14 
+|Version  |  Module File Name  | System B/C | System G | Cloud System | Notes
15 
+|---        | ---                  | ---         | ---       | ---              | ---
16 
+|2.7        | none                 | +           | +         | +                | Command Name: python2.7, pip2.7
17 
+|3.6        | none                 | +           | +         | +                | Command Name: python3.6, pip3.6
18 
+|3.8        | none                 | +           | +         | +                | Command Name: python3.8, pip3.8
19 
+
20 
+\+ ： Available for all users
21 
+\- ： Not available
22 
+
23 
+
24 
+### Available Libraries{#library}
25 
+
26 
+You can check the libraries installed by default with the pip command.
27 
+If you need additional packages, you can use the pip command to install additional packages in your HOME directory.
28 
+
29 
+```
30 
+##When you display a list of installed packages in a python 3.8 environment
31 
+$ pip3.8 list
32 
+Package                      Version
33 
+---------------------------- ----------
34 
+absl-py                      1.3.0
35 
+asgiref                      3.6.0
36 
+astunparse                   1.6.3
37 
+...
38 
+```
39 
+
40 
+### Machine Learning/Deep Learning
41 
+
42 
+The following Python packages have been installed in a specific python environment in advance.
43 
+以下のPythonパッケージは予め特定のpython環境にインストールしてあります。
44 
+You need to load the module file to use.
45 
+
46 
+| Python    | System| Type   | Package  |  Version | Library | Module File                       | Notes
47 
+|---        |---          |---     | ---         | ---         | ---        | ---                                      | ---
48 
+| python3.8 | D/E         | CPU    | TensorFlow  |  2.11.0     | MKL 2022.3 | tensorflow/2.11.0.py38_intel-2022.3      | Intel Optimized AVX512 version
49 
+| python3.8 | D/E         | CPU    | MXNet       |  1.6.0      | MKL 2022.3 | mxnet/1.6.0.py38_intel-2022.3            | MKL-compliant version
50 
+| python3.8 | D/E         | CPU    | PyTorch     |  1.13.1     | MKL 2022.3 | pytorch/1.13.1.py38_intel-2022.3         | intel extension for pytorch Available
51 
+| python3.8 | G           | GPU    | TensorFlow  |  2.11.0     | CUDA 11.2  | tensorflow/2.11.0.py38_cuda-11.2         | GPU version_TensorRT Available
52 
+| python3.8 | G           | GPU    | MXNet       |  1.9.1      | CUDA 11.7  | mxnet/1.9.1.py38_cuda-11.7               | GPU version
53 
+| python3.8 | G           | GPU    | PyTorch     |  1.13.1     | CUDA 11.7  | pytorch/1.13.1.py38_cuda-11.7            | GPU version
54 
+
55 
+
56 
+#### Intel Extension for PyTorch
57 
+* [Documentation](https://intel.github.io/intel-extension-for-pytorch/cpu/latest/index.html)
58 
+* [Examples](https://intel.github.io/intel-extension-for-pytorch/cpu/latest/tutorials/examples.html)
59 
+
60 
+## ANACONDA DISTRIBUTION
61 
+
62 
+ANACONDA DISTRIBUTION, Python packages available, is installed.
63 
+If you prefer ANACONDA DISTRIBUTION instead of the standard python, you can use it by loading the following module file.
64 
+
65 
+| DISTRIBUTION      | Python    | Module File |
66 
+|---                |---        |---                 |
67 
+| anaconda3 2022.10 | python3.9 | anaconda3/2022.10  |
68 
+
user/pages/09.software/21.python/docs.ja.md
History View file @452be89
0 69 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,67 @@
1 
+---
2 
+title: Python
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## 利用環境{#enviroment}
8 
+
9 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
10 
+
11 
+以下の表に示すpython を利用することができます。
12 
+いずれもOSに付属するパッケージとして提供されているため、モジュールファイルによる環境設定は不要です。
13 
+
14 
+|バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
15 
+|---        | ---                  | ---         | ---       | ---              | ---
16 
+|2.7        | none                 | +           | +         | +                | コマンド名: python2.7, pip2.7
17 
+|3.6        | none                 | +           | +         | +                | コマンド名: python3.6, pip3.6
18 
+|3.8        | none                 | +           | +         | +                | コマンド名: python3.8, pip3.8
19 
+
20 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
21 
+\- ： 利用不可
22 
+
23 
+
24 
+### 利用可能なライブラリ{#library}
25 
+
26 
+標準でインストールされているライブラリは pip コマンドで確認できます。
27 
+パッケージの追加が必要な場合は pipコマンドでご自身のHOMEディレクトリ等に追加インストールが可能です。
28 
+
29 
+```
30 
+## python3.8 環境のインストール済みパッケージ一覧を表示する場合
31 
+$ pip3.8 list
32 
+Package                      Version
33 
+---------------------------- ----------
34 
+absl-py                      1.3.0
35 
+asgiref                      3.6.0
36 
+astunparse                   1.6.3
37 
+...
38 
+```
39 
+
40 
+### 機械学習/深層学習
41 
+
42 
+以下のPythonパッケージは予め特定のpython環境にインストールしてあります。
43 
+利用するにはモジュールファイルのロードが必要です。
44 
+
45 
+| Python    | 対象システム| 種別   | パッケージ  |  バージョン | ライブラリ | モジュールファイル                       | 補足事項
46 
+|---        |---          |---     | ---         | ---         | ---        | ---                                      | ---
47 
+| python3.8 | D/E         | CPU    | TensorFlow  |  2.11.0     | MKL 2022.3 | tensorflow/2.11.0.py38_intel-2022.3      | Intel Optimized AVX512版
48 
+| python3.8 | D/E         | CPU    | MXNet       |  1.6.0      | MKL 2022.3 | mxnet/1.6.0.py38_intel-2022.3            | MKL対応版
49 
+| python3.8 | D/E         | CPU    | PyTorch     |  1.13.1     | MKL 2022.3 | pytorch/1.13.1.py38_intel-2022.3         | intel extension for pytorch あり
50 
+| python3.8 | G           | GPU    | TensorFlow  |  2.11.0     | CUDA 11.2  | tensorflow/2.11.0.py38_cuda-11.2         | GPU版 TensorRT利用可
51 
+| python3.8 | G           | GPU    | MXNet       |  1.9.1      | CUDA 11.7  | mxnet/1.9.1.py38_cuda-11.7               | GPU版
52 
+| python3.8 | G           | GPU    | PyTorch     |  1.13.1     | CUDA 11.7  | pytorch/1.13.1.py38_cuda-11.7            | GPU版
53 
+
54 
+
55 
+#### Intel Extension for PyTorch
56 
+* [Documentation](https://intel.github.io/intel-extension-for-pytorch/cpu/latest/index.html)
57 
+* [Examples](https://intel.github.io/intel-extension-for-pytorch/cpu/latest/tutorials/examples.html)
58 
+
59 
+## ANACONDA DISTRIBUTION
60 
+
61 
+Pythonのパッケージ群が利用可能なANACONDA DISTRIBUTION をインストールしています。
62 
+標準のpythonではなく、ANACONDA DISTRIBUTION がお好みの場合は以下のモジュールファイルをロードすることで利用できます。
63 
+
64 
+| DISTRIBUTION      | Python    | モジュールファイル |
65 
+|---                |---        |---                 |
66 
+| anaconda3 2022.10 | python3.9 | anaconda3/2022.10  |
67 
+
user/pages/09.software/31.avs/avs_example1.png
History View file @452be89
0 68 
new file mode 100644
1 69 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/31.avs/avs_example1.png differ
user/pages/09.software/31.avs/docs.en.md
History View file @452be89
2 70 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,139 @@
1 
+---
2 
+title: AVS/Express
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command. The module command allows you to easily change environment settings for each different versions of applications.Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
18 
+
19 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
20 
+
21 
+
22 
+Version         | Module File | System B/C/G     | Cloud System
23 
+--------------    | -------------------- | ---------------  | -----
24 
+ 8.5.1 (default)  | avs/8.5.1            | AU               | -
25 
+
26 
+AU ： Available for academic users only
27 
+\- ： Not available
28 
+
29 
+### Available number of licenses{#license_limit}
30 
+
31 
+The available number of users at the same time is two licenses.
32 
+
33 
+## Software overview{#overview}
34 
+
35 
+
36 
+In AVS/Express, various functions are provided as components called modules. Combining the modules with the mouse allows you to visualize at will. You can also add functions by creating modules independently. AVS/Express is not only to visualize, but also to create the visualization application.
37 
+
38 
+
39 
+
40 
+### Software Features{#functions}
41 
+
42 
+* Support visualization in a wide range of fields.
43 
+* Structural analysis: visualization of numerical analysis data including fluid analysis.
44 
+* Medical analysis: image processing such as CT and MRI.
45 
+* Experimental and observation: data visualization of map data and others.
46 
+* Creation of visualization applications that meet user needs.
47 
+* Creation of user-defined visualization flows by interactively combining modules. (visualization functional unit)
48 
+* Inheritance of resources of AVS, the industry standard of visualization systems.
49 
+
50 
+
51 
+### Areas of Application{#app_area}
52 
+
53 
+* Visualization feature
54 
+* Creation of a contour line and surface, an isosurface, and a vector field with arrows.
55 
+* Streamline, particle tracing, and cross-sectional slicing.
56 
+* Element shrink, volume rendering.
57 
+* Visual programming.
58 
+* Network editor.
59 
+* Object orientation.
60 
+* Graphics display.
61 
+
62 
+
63 
+
64 
+## How to Use{#usage}
65 
+
66 
+Since AVS/Express is a GUI application, it requires an X Window environment.
67 
+
68 
+Login to the system using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or using SSH client software that supports X11 Forwarding (e.g. [MobaXterm](/login/mobaxterm)) and X11 servers available on Windows, which can start GUI applications.
69 
+
70 
+
71 
+### Environment settings（Executing the module command）{#env_set}
72 
+
73 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
74 
+
75 
+
76 
+```nohighlight
77 
+$ module load avs
78 
+```
79 
+
80 
+### How to Start Up AVS{#start}
81 
+
82 
+You can start AVS by  executing the following command in the environment where GUI is available.
83 
+
84 
+#### When starting on a computing node
85 
+
86 
+It is possible to start a process on the computing node with the tssrun command and transfer only the GUI screen to the login node.
87 
+
88 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
89 
+
90 
+```nohighlight
91 
+$ tssrun --x11 xp
92 
+```
93 
+
94 
+#### When starting on an application server
95 
+
96 
+Start directly on the node after logging in to the GPU-equipped application server, app.kudpc.kyoto-u.ac.jp.
97 
+Please use NiceDCV if you want to use server-side rendering with a GPU on the server.
98 
+
99 
+
100 
+```nohighlight
101 
+$ xp
102 
+```
103 
+
104 
+![](avs_example1.png)
105 
+
106 
+
107 
+## References {#references}
108 
+
109 
+
110 
+
111 
+### References in Japanese{#ref_ja}
112 
+
113 
+#### Version 8.5
114 
+
115 
+* [デベロッパーズ・ガイド第1部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/DevGuide85_1.pdf)
116 
+* [デベロッパーズ・ガイド第2部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/DevGuide85_2.pdf)
117 
+* [モジュール・リファレンス第1部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/ModGuide85_1.pdf)
118 
+* [モジュール・リファレンス第2部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/ModGuide85_2.pdf)
119 
+* [チュートリアル・ガイド](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/TutorGuide85.pdf)
120 
+* [ユーザーズ・ガイド](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/UsersGuide85.pdf)
121 
+
122 
+### References in English{#ref_en}
123 
+
124 
+None
125 
+
126 
+
127 
+## Links{#link}
128 
+
129 
+### External Links{#ex_link}
130 
+
131 
+* [AVS 汎用可視化システム（サイバネット）](http://www.cybernet.co.jp/avs/)
132 
+* [AVS （Advanced Visual Systems Inc.）](http://www.avs.com/)
133 
+
134 
+
135 
+<!--
136 
+## 講習会{#seminar}
137 
+
138 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています．講習会資料を配布していますので，ご利用ください．
139 
+-->
user/pages/09.software/31.avs/docs.ja.md
History View file @452be89
0 140 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,139 @@
1 
+---
2 
+title: AVS/Express
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+
21 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
22 
+
23 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
24 
+
25 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
26 
+
27 
+バージョン        | モジュールファイル名 | システムB/C/G    | クラウドシステム
28 
+--------------    | -------------------- | ---------------  | -----
29 
+ 8.5.1 (default)  | avs/8.5.1            | AU               | -
30 
+
31 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
32 
+\- ： 利用不可
33 
+
34 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
35 
+
36 
+同時に利用可能なユーザ数は2ライセンスです。
37 
+
38 
+## 機能概要{#overview}
39 
+
40 
+
41 
+AVS/Expressでは，様々な機能がモジュールと呼ばれる部品として提供されています．モジュール同士をマウス操作で組み合わせるだけで，意のままの可視化を簡単に実現します．ユーザーが独自にモジュールを作成することによって機能を追加することも可能です．また，単なる可視化処理にとどまらず，可視化アプリケーションを作成するための機能も持ち備えています．
42 
+
43 
+
44 
+### 機能{#functions}
45 
+
46 
+* 幅広い分野の可視化をサポート
47 
+* 構造解析：流体解析などの数値解析データの可視化
48 
+* 医療解析：ＣＴ／ＭＲＩなどの画像処理
49 
+* 実験／観測データ：地図情報データなどの可視化
50 
+* ニーズに合わせた可視化アプリケーションの構築
51 
+* モジュール（可視化機能単位）を対話的に組み合わせて、独自の可視化フローを作成
52 
+* 可視化システムの業界標準ＡＶＳの資産を継承
53 
+
54 
+
55 
+### 利用分野{#app_area}
56 
+
57 
+* ビジュアリゼーション機能
58 
+* 線・面コンター表示、等値面生成、矢印によるベクトル表示
59 
+* 流線、パーティクルトレース、任意断面スライス
60 
+* 要素シュリンク、ボリュームレンダリング
61 
+* ビジュアルプログラミング
62 
+* ネットワークエディタ
63 
+* オブジェクト指向
64 
+* グラフィックス表示機能
65 
+
66 
+
67 
+## 利用方法{#usage}
68 
+
69 
+AVS/Express はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
70 
+
71 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
72 
+
73 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
74 
+
75 
+moduleコマンドを実行し，環境設定を行います．（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
76 
+
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ module load avs
80 
+```
81 
+
82 
+### 起動方法{#start}
83 
+
84 
+GUIをお使いいただける環境で次のコマンドを実行するとAVSが起動します。
85 
+
86 
+#### 計算ノードで起動する場合
87 
+
88 
+tssrun コマンドで計算ノード上でプロセスを起動し、GUI画面のみログインノードに転送することが可能です。
89 
+tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください．
90 
+
91 
+```nohighlight
92 
+$ tssrun --x11 xp
93 
+```
94 
+
95 
+#### アプリケーションサーバで起動する場合
96 
+
97 
+GPUを搭載したアプリケーションサーバである app.kudpc.kyoto-u.ac.jp にログインした後に、ノード上で直接起動してください。
98 
+サーバ上のGPUを使用したサーバーサイドレンダリングを使用する場合は、NiceDCVをご利用ください。
99 
+
100 
+```nohighlight
101 
+$ xp
102 
+```
103 
+
104 
+![](avs_example1.png)
105 
+
106 
+
107 
+## 参考資料{#references}
108 
+
109 
+
110 
+
111 
+### 日本語{#ref_ja}
112 
+
113 
+#### バージョン 8.5
114 
+
115 
+* [デベロッパーズ・ガイド第1部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/DevGuide85_1.pdf)
116 
+* [デベロッパーズ・ガイド第2部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/DevGuide85_2.pdf)
117 
+* [モジュール・リファレンス第1部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/ModGuide85_1.pdf)
118 
+* [モジュール・リファレンス第2部](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/ModGuide85_2.pdf)
119 
+* [チュートリアル・ガイド](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/TutorGuide85.pdf)
120 
+* [ユーザーズ・ガイド](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/avs/85/UsersGuide85.pdf)
121 
+
122 
+### 英語{#ref_en}
123 
+
124 
+提供なし
125 
+
126 
+
127 
+## リンク{#link}
128 
+
129 
+### 外部リンク{#ex_link}
130 
+
131 
+* [AVS 汎用可視化システム（サイバネット）](http://www.cybernet.co.jp/avs/)
132 
+* [AVS （Advanced Visual Systems Inc.）](http://www.avs.com/)
133 
+
134 
+
135 
+<!--
136 
+## 講習会{#seminar}
137 
+
138 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています．講習会資料を配布していますので，ご利用ください．
139 
+-->
user/pages/09.software/31.avs/photo-win10.png
History View file @452be89
0 140 
new file mode 100644
1 141 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/31.avs/photo-win10.png differ
user/pages/09.software/32.envi/docs.en.md
History View file @452be89
2 142 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,267 @@
1 
+---
2 
+title: ENVI/IDL
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
18 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
19 
+
20 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
21 
+
22 
+
23 
+#### ENVI
24 
+Version                 | Module File Name |  System B/C/G | Cloud System
25 
+:-----------------------: | -------------------- | :-----:       | :-----:
26 
+ENVI 5.6.3 (default)      | envi/5.6.3           | AU            | -
27 
+
28 
+#### IDL
29 
+Version       | Module File Name | System B/C/G | Cloud System
30 
+:-----------------------: | -------------------  | :-----:       | :-----:
31 
+IDL 8.8.3 (default)       | idl/8.8.3            | AU            |  -
32 
+
33 
+AU ： Available for academic users only
34 
+\- ： Not available
35 
+
36 
+Older versions that are no longer supported may no longer be offered at the timing of the maintenance at the end of the fiscal year.
37 
+
38 
+### Available number of licenses{#license_limit}
39 
+
40 
+The number of users available at the same time is approximately 10 licenses for ENVI/IDL combined.
41 
+
42 
+
43 
+### License Service{#license}
44 
+
45 
+We provide license service available to install and use ENVI/IDL on your own computer.
46 
+Please refer to  [ENVI/IDL（License Service）](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/license/use/envi.html)  for details.
47 
+
48 
+### User Registration{#regist}
49 
+
50 
+You need to register from the [User Portal](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/other/portal.html) to use ENVI/IDL.
51 
+You are required to understand and agree to the relevant laws and regulations when you register.
52 
+
53 
+
54 
+#### To ENVI/IDL users:
55 
+
56 
+With regard to ENVI/IDL, the distributor, Harris Geospatial Ltd. request to make the software available only to users who agree to the contents of the [End User License Agreement](https://www.l3harrisgeospatial. com/Company/Legal/EULA) and [Export Classification](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal#export).
57 
+Since this software is subject to U.S. export control laws and regulations, including the U.S. Export Administration Regulations (EAR).
58 
+
59 
+Please understand the relevant laws and regulations before using this software.
60 
+
61 
+These software products may not be downloaded, exported or re-exported to any country or national or resident  to which the United States has imposed export restrictions.
62 
+Please note that the U.S. Export Administration Regulations state that to disclose technology information or source code created by the U.S. to those persons who do not have Japanese nationality (except for permanent residents), in Japan, is deemed to be a re-export to the home country of the foreign national( "deemed re-export").
63 
+
64 
+ ##  Software Overview{#resume}
65 
+
66 
+### Software Features{#function}
67 
+
68 
+#### ENVI
69 
+
70 
+ENVI is an integrated software application that analyzes and visualizes remote sensing data such as satellite pictures, air photos, radar images, and hyperspectral image. Functions such as reading various generic sensor data, image processing such as filtering, data classification, and altitude data analysis are available. The IDL also allows users to add their own algorithms to ENVI.
71 
+
72 
+In ENVI 5.0, the menus and options are consolidated into one interface. Thus, the GUI of ENVI 5.0 has been greatly changed from the previous version.
73 
+The GUI format of ENVI 4.8 or older version are available as ENVI-Classic.
74 
+
75 
+
76 
+#### IDL
77 
+
78 
+IDL is software used for measurement, experiment, numerical calculation, statistical analysis, simulation, and visualization, and used for data analysis, visualization, and application development. It can read data in various formats and more than 600 different processing functions/libraries are available. You can implement applications in IDL and distribute the implementation source code to other users.
79 
+
80 
+### Options{#option}
81 
+
82 
+
83 
+#### ENVI option module
84 
+
85 
+No optional modules available.
86 
+
87 
+<!--
88 
+* 大気補正機能オプション「Atmospheric Correction Module」
89 
+
90 
+　今までのMODTRAN4+をベースとしたFLAASH機能に加えて、Quick Atmospheric Correction（QUAC）機能の両方が利用できる大気補正機能オプションです。
91 
+
92 
+　大気中の水蒸気、酸素、二酸化炭素、メタン、オゾン、エアロゾルなどの影響を補正したイメージを簡単に計算することができます。
93 
+
94 
+
95 
+* DEM作成オプション 「DEM Extraction Module」
96 
+
97 
+
98 
+    <acronym title="数値標高モデル">DEM</acronym>をペア画像から容易に抽出することが出来るツールです。
99 
+
100 
+    2枚の同地域衛星画像からDEM作成ができ、今までDEMデータが取得されていない地域でもDEMを使用した地形解析が行えます。
101 
+
102 
+
103 
+* GISユーザー向け画像処理パッケージ「ENVI EX」
104 
+    ENVI EXは主にGISユーザ向けに、リモセンデータを簡単に利用できるようイメージ処理とArcGISとのリンク機能に特化したパッケージです。
105 
+
106 
+    データへのアクセス・可視化・処理・解析をワークフローで簡単に操作することができます。
107 
+
108 
+ENVI5.0からは、「Feature Extraction(Fx)5.0」に名称変更となり、オブジェクト分類機能に特化した製品になりました。
109 
+ただし、オブジェクト分類機能以外でEXに搭載されていた処理機能は、ENVIのGUI改良に伴い、ENVI5.0標準機能として搭載されています。
110 
+
111 
+-->
112 
+
113 
+### Areas of Application{#field}
114 
+
115 
+
116 
+#### ENVI
117 
+
118 
+Meteorology and oceanography, environment and forestry, agriculture, geomorphology  and geology, natural resource exploration, aerospace, etc.
119 
+
120 
+#### IDL
121 
+
122 
+Remote sensing, space science, medical imaging, meteorology, etc.
123 
+
124 
+## How to Use{#usage}
125 
+
126 
+### Prerequisite{#prerequisite}
127 
+
128 
+ENVI and IDL are GUI applications, therefore require an X Window environment.
129 
+
130 
+Log in using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or SSH client software supporting X11 Forwarding available on Windows (for example [MobaXterm](/login/ mobaxterm)) and X11 servers and log in to the system in a way that allows GUI applications to be started.
131 
+
132 
+### ENVI{#usage-envi}
133 
+
134 
+
135 
+#### Environment settings（Executing the module command.）
136 
+
137 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
138 
+
139 
+
140 
+```nohighlight
141 
+$ module load envi
142 
+```
143 
+
144 
+#### When you start on a computing node
145 
+It is possible to start a process on the computing node with the tssrun command and transfer only the GUI screen to the login node.
146 
+Please refer to [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
147 
+
148 
+```nohighlight
149 
+$ tssrun --x11 envi
150 
+```
151 
+
152 
+#### When you start on an application server
153 
+
154 
+Start directly on the node after logging in to the GPU-equipped application server, app.kudpc.kyoto-u.ac.jp.
155 
+Pelase use NiceDCV if you want to use server-side rendering using a GPU on the server.
156 
+
157 
+```nohighlight
158 
+$ envi
159 
+```
160 
+
161 
+#### Start-up screen and how to exit
162 
+If the start-up is successful, the following screen is displayed.
163 
+
164 
+![](envi_example_06.png)
165 
+
166 
+ENVI will be terminated by executing the following command in the command window of ENVI.
167 
+
168 
+```nohighlight
169 
+$ exit
170 
+```
171 
+
172 
+
173 
+Or click on 'Exit' in 'File' in the 'Menu bar' and select 'Yes' in 'Terminate this ENVI Session?' to exit the ENVI.
174 
+
175 
+Please note that the ENVI Classic UI can be started with the following command.
176 
+
177 
+
178 
+```nohighlight
179 
+$ tssrun --x11 envi -classic
180 
+```
181 
+
182 
+
183 
+### IDL{#idl}
184 
+
185 
+
186 
+#### Environment settings（Executing the module command.）
187 
+
188 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
189 
+
190 
+```nohighlight
191 
+$ module load idl
192 
+```
193 
+
194 
+
195 
+#### IDL（GUI）
196 
+
197 
+#### When you start on a computing node
198 
+t is possible to start a process on the computing node with the tssrun command and transfer only the GUI screen to the login node.
199 
+Please refer to [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
200 
+
201 
+
202 
+```nohighlight
203 
+$ tssrun -x11 idlde
204 
+```
205 
+
206 
+#### When you start on an application server
207 
+
208 
+Start directly on the node after logging in to the GPU-equipped application server, app.kudpc.kyoto-u.ac.jp.
209 
+Pelase use NiceDCV if you want to use server-side rendering using a GPU on the server.
210 
+
211 
+```nohighlight
212 
+$ idlde
213 
+```
214 
+
215 
+#### Start-up screen and how to exit
216 
+If the start-up is successful, the following screen is displayed.
217 
+
218 
+![](envi_example_04.png)
219 
+
220 
+Click on 'Exit' in 'File' in the 'Menu bar' to exit the IDL.
221 
+
222 
+#### IDL（CUI）
223 
+
224 
+To start the CUI version of IDL, enter the following command. Please refer to [Interactive Processing](/run/interactive) for details on **tssrun** .
225 
+
226 
+$ tssrun idl
227 
+
228 
+
229 
+```nohighlight
230 
+$ tssrun idl
231 
+```
232 
+
233 
+
234 
+To exit IDL, enter the following command.
235 
+
236 
+```nohighlight
237 
+> exit
238 
+```
239 
+
240 
+
241 
+
242 
+#### IDL Online Help
243 
+
244 
+To start the IDL online help, enter the following command on the IDL console.
245 
+
246 
+```nohighlight
247 
+> idlhelp
248 
+```
249 
+
250 
+
251 
+Click on 'Quit' in the 'File' menu bar to exit the IDL online help.
252 
+
253 
+
254 
+## Link{#link}
255 
+
256 
+### External Links{#ex_link}
257 
+
258 
+* [Harris Geospatial Solutions](https://www.harrisgeospatial.co.jp/)
259 
+* [Harris Geospatial Solutions: End User License Agreement](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal/EULA)
260 
+* [Harris Geospatial Solutions: Export Classification](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal#export)
261 
+
262 
+
263 
+<!--
264 
+## 講習会{#seminar}
265 
+
266 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
267 
+-->
user/pages/09.software/32.envi/docs.ja.md
History View file @452be89
0 268 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,282 @@
1 
+---
2 
+title: ENVI/IDL
3 
+media_order: 'envi_example_02.png,envi_example_03.png,envi_example_04.png,envi_example_05.jpg,envi_example_06.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+
21 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
22 
+
23 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション
24 
+を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
25 
+
26 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
27 
+
28 
+#### ENVI
29 
+バージョン                | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
30 
+:-----------------------: | -------------------- | :-----:       | :-----:
31 
+ENVI 5.6.3 (default)      | envi/5.6.3           | AU            | -
32 
+
33 
+#### IDL
34 
+バージョン                | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
35 
+:-----------------------: | -------------------  | :-----:       | :-----:
36 
+IDL 8.8.3 (default)       | idl/8.8.3            | AU            |  -
37 
+
38 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
39 
+\- ： 利用不可
40 
+
41 
+
42 
+サポートの終了した古いバージョンの公開は年度末の保守のタイミングで提供終了することがあります。
43 
+
44 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
45 
+
46 
+同時に利用可能なユーザ数はENVI/IDL合わせて約10ライセンスです。
47 
+
48 
+
49 
+### ライセンスサービス{#license}
50 
+
51 
+ENVI/IDL を手持ちのパソコンにインストールして利用できるライセンスサービスの提供を行っています。
52 
+詳細は、 [ENVI/IDL（ライセンスサービス）](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/license/use/envi.html) をご覧ください。
53 
+
54 
+
55 
+### 利用登録{#regist}
56 
+
57 
+ENVI/IDLをご利用いただくには、 [利用者ポータル](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/other/portal.html) から利用登録が必要です。
58 
+なお利用登録の際、関係法令等を理解した上で同意していただく必要があります。
59 
+
60 
+
61 
+#### ENVI/IDLの利用について
62 
+
63 
+ENVI/IDL につきまして、販売元のHarris Geospatial株式会社より、
64 
+本ソフトウエアはU.S. Export Administration Regulations(EAR)を含む米国の輸出管理に関する法令の規制対象であり、[End User License Agreement](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal/EULA) および [Export Classification](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal#export)
65 
+の内容に合意した利用者のみ利用可能にするよう依頼がありました。
66 
+
67 
+利用者の皆様におかれましては、関係法令等を理解した上でご利用いただきますよう、お願い致します。
68 
+
69 
+本ソフトウェアは、米国が輸出制限措置を講じている国もしくはその国民・居住者においてダウンロードし、またはこれらの国もしくはその国民・居住者に向けて輸出もしくは再輸出できません。
70 
+米国輸出管理法では、日本国内においても米国原産の技術情報やソースコードを日本以外の国籍者(永住権を持つ者を除く）に開示する場合には、その外国籍者の本国への再輸出(「みなし再輸出」）とみなされますので、ご注意ください。
71 
+
72 
+## 機能概要{#resume}
73 
+
74 
+### 機能{#function}
75 
+
76 
+#### ENVI
77 
+
78 
+ENVIは衛星画像、航空写真、レーダ、ハイパースペクトルなどのリモートセンシングデータの解析および可視化を行う統合アプリケーションソフトです。様々な汎用的センサー・データの読み込み、フィルタリング等の画像処理、データ分類、標高データ解析などの機能が利用できます。また、IDLを利用する事で、ENVIにユーザー独自のアルゴリズムを追加することが可能です。
79 
+
80 
+ENVI5.0では、メニューやオプションを一つのインターフェース内に統合されたため、GUIに大きな変更があります。
81 
+ENVI4.8以前と同じGUI形式は、ENVI-Classicとして利用することが出来ます。
82 
+
83 
+
84 
+#### IDL
85 
+
86 
+IDLは計測・実験、数値計算、統計解析、シミュレーション、ビジュアライゼーションなどで使用されているソフトウェアで、データ解析、可視化、アプリケーション開発に利用されています。様々なファイル形式のデータを読み込む事ができ、600種類以上の各種処理関数／ライブラリが利用できます。また、IDL言語でアプリケーションを作成し、コードをほかのユーザーに配布する事が可能です。
87 
+
88 
+
89 
+### オプション{#option}
90 
+
91 
+
92 
+#### ENVIオプションモジュール
93 
+
94 
+ご利用いただけるオプションモジュールはありません。
95 
+
96 
+<!--
97 
+* 大気補正機能オプション「Atmospheric Correction Module」
98 
+
99 
+　今までのMODTRAN4+をベースとしたFLAASH機能に加えて、Quick Atmospheric Correction（QUAC）機能の両方が利用できる大気補正機能オプションです。
100 
+
101 
+　大気中の水蒸気、酸素、二酸化炭素、メタン、オゾン、エアロゾルなどの影響を補正したイメージを簡単に計算することができます。
102 
+
103 
+
104 
+* DEM作成オプション 「DEM Extraction Module」
105 
+
106 
+
107 
+    <acronym title="数値標高モデル">DEM</acronym>をペア画像から容易に抽出することが出来るツールです。
108 
+
109 
+    2枚の同地域衛星画像からDEM作成ができ、今までDEMデータが取得されていない地域でもDEMを使用した地形解析が行えます。
110 
+
111 
+
112 
+* GISユーザー向け画像処理パッケージ「ENVI EX」
113 
+    ENVI EXは主にGISユーザ向けに、リモセンデータを簡単に利用できるようイメージ処理とArcGISとのリンク機能に特化したパッケージです。
114 
+
115 
+    データへのアクセス・可視化・処理・解析をワークフローで簡単に操作することができます。
116 
+
117 
+ENVI5.0からは、「Feature Extraction(Fx)5.0」に名称変更となり、オブジェクト分類機能に特化した製品になりました。
118 
+ただし、オブジェクト分類機能以外でEXに搭載されていた処理機能は、ENVIのGUI改良に伴い、ENVI5.0標準機能として搭載されています。
119 
+
120 
+-->
121 
+
122 
+### 利用分野{#field}
123 
+
124 
+
125 
+#### ENVI
126 
+
127 
+気象・海洋分野、環境・森林分野、農業分野、地形・地質学、自然資源探索、航空宇宙分野　など
128 
+
129 
+
130 
+#### IDL
131 
+
132 
+リモートセンシング、宇宙科学、医用画像、気象　など
133 
+
134 
+
135 
+## 利用方法{#usage}
136 
+
137 
+### 前提条件{#prerequisite}
138 
+
139 
+ENVI および IDL はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
140 
+
141 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))お
142 
+よびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
143 
+
144 
+### ENVI{#usage-envi}
145 
+
146 
+
147 
+#### 環境設定（moduleコマンドの実行）
148 
+
149 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
150 
+
151 
+
152 
+```nohighlight
153 
+$ module load envi
154 
+```
155 
+
156 
+#### 計算ノードで起動する場合
157 
+tssrun コマンドで計算ノード上でプロセスを起動し、GUI画面のみログインノードに転送することが可能です。
158 
+tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください．
159 
+
160 
+```nohighlight
161 
+$ tssrun --x11 envi
162 
+```
163 
+
164 
+#### アプリケーションサーバで起動する場合
165 
+
166 
+GPUを搭載したアプリケーションサーバである app.kudpc.kyoto-u.ac.jp にログインした後に、ノード上で直接起動してください。
167 
+サーバ上のGPUを使用したサーバーサイドレンダリングを使用する場合は、NiceDCVをご利用ください。
168 
+
169 
+```nohighlight
170 
+$ envi
171 
+```
172 
+
173 
+#### 起動画面及び終了方法
174 
+起動に成功すると次のような画面が表示されます。
175 
+
176 
+![](envi_example_06.png)
177 
+
178 
+
179 
+ENVI内のコマンドウィンドウで次のコマンドを実行するとENVIが終了します。
180 
+
181 
+
182 
+```nohighlight
183 
+$ exit
184 
+```
185 
+
186 
+
187 
+または、「メニューバー」の「File」内にある「Exit」をクリックし、「Terminate this ENVI Session?」で「Yes」を選択するとENVIが終了します。
188 
+
189 
+なお、ENVI Classic UIは下記のコマンドで起動できます。
190 
+
191 
+
192 
+```nohighlight
193 
+$ tssrun --x11 envi -classic
194 
+```
195 
+
196 
+
197 
+### IDL{#idl}
198 
+
199 
+
200 
+#### 環境設定（moduleコマンドの実行）
201 
+
202 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
203 
+
204 
+
205 
+```nohighlight
206 
+$ module load idl
207 
+```
208 
+
209 
+
210 
+#### IDL（GUI）
211 
+
212 
+#### 計算ノードで起動する場合
213 
+tssrunコマンドで計算ノード上でプロセスを起動し、GUI画面のみログインノードに転送することが可能です。
214 
+**tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください．
215 
+
216 
+
217 
+```nohighlight
218 
+$ tssrun -x11 idlde
219 
+```
220 
+
221 
+#### アプリケーションサーバで起動する場合
222 
+
223 
+GPUを搭載したアプリケーションサーバである app.kudpc.kyoto-u.ac.jp にログインした後に、ノード上で直接起動してください。
224 
+サーバ上のGPUを使用したサーバーサイドレンダリングを使用する場合は、NiceDCVをご利用ください。
225 
+
226 
+```nohighlight
227 
+$ idlde
228 
+```
229 
+
230 
+#### 起動画面及び終了方法
231 
+起動に成功すると次のような画面が表示されます。
232 
+
233 
+![](envi_example_04.png)
234 
+
235 
+「メニューバー」の「File」内にある「Exit」をクリックしするとIDLが終了します。
236 
+
237 
+#### IDL（CUI）
238 
+
239 
+次のコマンドを実行するとCUI版のIDLを起動することができます。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
240 
+
241 
+
242 
+```nohighlight
243 
+$ tssrun idl
244 
+```
245 
+
246 
+
247 
+次のコマンドを実行するとIDLが終了します。
248 
+
249 
+
250 
+```nohighlight
251 
+> exit
252 
+```
253 
+
254 
+
255 
+
256 
+#### IDLオンラインヘルプ
257 
+
258 
+IDLのコンソールで、次のコマンドを実行するとIDLオンラインヘルプが起動します。
259 
+
260 
+
261 
+```nohighlight
262 
+> idlhelp
263 
+```
264 
+
265 
+
266 
+メニューバーの「File」内にある「Quit」をクリックしするとIDLオンラインヘルプが終了します。
267 
+
268 
+
269 
+## リンク{#link}
270 
+
271 
+### 外部リンク{#ex_link}
272 
+
273 
+* [Harris Geospatial Solutions](https://www.harrisgeospatial.co.jp/)
274 
+* [Harris Geospatial Solutions: End User License Agreement](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal/EULA)
275 
+* [Harris Geospatial Solutions: Export Classification](https://www.l3harrisgeospatial.com/Company/Legal#export)
276 
+
277 
+
278 
+<!--
279 
+## 講習会{#seminar}
280 
+
281 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
282 
+-->
user/pages/09.software/32.envi/envi_example_02.png
History View file @452be89
0 283 
new file mode 100644
1 284 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/32.envi/envi_example_02.png differ
user/pages/09.software/32.envi/envi_example_03.png
History View file @452be89
2 285 
new file mode 100644
3 286 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/32.envi/envi_example_03.png differ
user/pages/09.software/32.envi/envi_example_04.png
History View file @452be89
4 287 
new file mode 100644
5 288 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/32.envi/envi_example_04.png differ
user/pages/09.software/32.envi/envi_example_05.jpg
History View file @452be89
6 289 
new file mode 100644
7 290 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/32.envi/envi_example_05.jpg differ
user/pages/09.software/32.envi/envi_example_06.png
History View file @452be89
8 291 
new file mode 100644
9 292 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/32.envi/envi_example_06.png differ
user/pages/09.software/33.tecplot/docs.en.md
History View file @452be89
10 293 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,151 @@
1 
+---
2 
+title: Tecplot360
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Settings{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### Software Version and System Requirements{#version}
21 
+
22 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
23 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
24 
+
25 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
26 
+
27 
+Version             | Module File Name  | System B/C/G  | Cloud System
28 
+------------------  | -------------------- | -----          | -----
29 
+ 2022 R1 (default)  |  tecplot360/2022R1   | KU             | -
30 
+
31 
+KU ： Available for Kyoto University members only
32 
+\- ： Not available
33 
+
34 
+### Available number of licenses{#license_limit}
35 
+
36 
+The number of users available at the same time is three licenses.
37 
+
38 
+
39 
+
40 
+## Software Overview{#overview}
41 
+
42 
+
43 
+Tecplot 360, a visualization tool for numerical simulation and CFD, allows you to easily and flexibly create plots and animations from various scientific and engineering data. Tecplot 360 automates routine tasks of data analysis and plotting to ease your work load and time cost with its various capabilities including analysis and search of complex data, creation of charts that combine plot types of XY, 2D, and 3D, exchange of research results, creation of high-resolution images.
44 
+
45 
+
46 
+
47 
+## How to Use{#usage}
48 
+
49 
+Since Tecplot360 is a GUI application, it requires an X Window environment.
50 
+
51 
+Login to the system using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or using SSH client software that supports X11 Forwarding (e.g. [MobaXterm](/login/mobaxterm)) and X11 servers available on Windows, which can start GUI applications.
52 
+
53 
+
54 
+### Environment settings（Executing the module command）{#env-set}
55 
+
56 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
57 
+
58 
+
59 
+```nohighlight
60 
+$ module load tecplot360
61 
+```
62 
+
63 
+### How to Start{#start}
64 
+
65 
+#### When you start on a computing node
66 
+It is possible to start a process on the computing node with the tssrun command and transfer only the GUI screen to the login node.
67 
+Please refer to [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
68 
+
69 
+```nohighlight
70 
+$ tssrun --x11 tec360
71 
+```
72 
+
73 
+#### When you start on an application server
74 
+
75 
+Start directly on the node after logging in to the GPU-equipped application server, app.kudpc.kyoto-u.ac.jp.
76 
+Pelase use NiceDCV if you want to use server-side rendering using a GPU on the server.
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ tec360
80 
+```
81 
+
82 
+#### Start-up screen and how to exit
83 
+If the start-up is successful, the following screen is displayed.
84 
+
85 
+![](tecplot_example_01.png)
86 
+
87 
+Click on 'Exit' in 'File' in the 'Menu bar' to exit the tecplot.
88 
+
89 
+
90 
+### When Dealing With A Large-Scale Data With Tecplot {#tmp_dir}
91 
+
92 
+Tecplot outputs a temporary file during processing. By default, a directory named “tecplot_[USER NAME]” is generated in “/tmp”, and it includes the temporary file.
93 
+When dealing with a large-scale data of several tens GB or more, the default /tmp directory capacity may not be enough, and it may cause an abnormal termination. Thus, a storage that has enough space such as the LARGE disk space must be specified.
94 
+
95 
+You can change the saving location of the temporary file to the LARGE disk space by using the following commands.
96 
+
97 
+
98 
+#### In the case of tcsh
99 
+
100 
+
101 
+```nohighlight
102 
+$ setenv TMPDIR /LARGE0/gr19999/b59999
103 
+```
104 
+
105 
+
106 
+
107 
+#### In the case of bash/zsh
108 
+
109 
+
110 
+```nohighlight
111 
+$ export TMPDIR=/LARGE0/gr19999/b59999
112 
+```
113 
+
114 
+
115 
+
116 
+### When Tecplot Does Not Work Normally{#error}
117 
+
118 
+If the following errors occur, tecplot sometimes works normally by using -mesa option on startup.
119 
+
120 
+* Tecplot does not start up. (The prompt says “Failed to create OpenGL Context.”)
121 
+* The error occurs when exporting to TIFF or BMP.
122 
+
123 
+The -mesa option emulates the features of OpenGL graphics library through the software. Thus, it decreases the rendering speed a little.
124 
+
125 
+If the transparency display of exported images is not correct, it may work correctly if the settings are changed according to the following procedure.
126 
+
127 
+1.  Select Options => Performance in the top menu to open the settings screen.
128 
+2. Change Image Export Options to 'Fast'.
129 
+3.  OK button to reflect changes.
130 
+
131 
+## References{#references}
132 
+
133 
+
134 
+
135 
+### In Japanese{#ref_ja}
136 
+
137 
+* [Tecplot 日本語ガイド （HULINKS, Inc.）](http://www.hulinks.co.jp/support/tecplot/guide.html)
138 
+* [Tecplot Tips （HULINKS, Inc.）](http://www.hulinks.co.jp/support/tecplot/tips.html)
139 
+
140 
+
141 
+### In English{#ref_en}
142 
+
143 
+* [Tecplot 360 Support Product Documentation（Tecplot, Inc.）](http://www.tecplot.com/support/360/docs.aspx)
144 
+
145 
+
146 
+## Links{#link}
147 
+
148 
+### External Links{#ex_link}
149 
+
150 
+* [Tecplot（Tecplot, Inc.）](http://www.tecplot.com/)
151 
+* [Tecplot（HULINKS）](http://www.hulinks.co.jp/software/tecplot/)
user/pages/09.software/33.tecplot/docs.ja.md
History View file @452be89
0 152 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,150 @@
1 
+---
2 
+title: Tecplot360
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション
23 
+を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
24 
+
25 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
26 
+
27 
+バージョン          | モジュールファイル名 | システムB/C/G  | クラウドシステム
28 
+------------------  | -------------------- | -----          | -----
29 
+ 2022 R1 (default)  |  tecplot360/2022R1   | KU             | -
30 
+
31 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
32 
+\- ： 利用不可
33 
+
34 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
35 
+
36 
+同時に利用可能なユーザ数は3ライセンスです。
37 
+
38 
+
39 
+
40 
+## 機能概要{#overview}
41 
+
42 
+
43 
+数値シミュレーションとＣＦＤの可視化機能ツールであるTecplot360は、科学や、工学のあらゆるデータを素早く思い通りにプロットやアニメーションに作成することができます。複雑なデータの分析や探索、XY、2D、3D タイプの各種プロットを組み合わせた図表の作成、研究結果の情報交換、高画質出力などの多彩なタスクをこなし、データ分析やプロットの定型作業は、自動化することで手間と時間を節減します。
44 
+
45 
+
46 
+## 利用方法{#usage}
47 
+
48 
+Tecplot360  はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
49 
+
50 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
51 
+
52 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env-set}
53 
+
54 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
55 
+
56 
+
57 
+```nohighlight
58 
+$ module load tecplot360
59 
+```
60 
+
61 
+### 起動方法{#start}
62 
+
63 
+#### 計算ノードで起動する場合
64 
+tssrun コマンドで計算ノード上でプロセスを起動し、GUI画面のみログインノードに転送することが可能です。
65 
+tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
66 
+
67 
+
68 
+```nohighlight
69 
+$ tssrun --x11 tec360
70 
+```
71 
+
72 
+#### アプリケーションサーバで起動する場合
73 
+
74 
+GPUを搭載したアプリケーションサーバである app.kudpc.kyoto-u.ac.jp にログインした後に、ノード上で直接起動してください。
75 
+サーバ上のGPUを使用したサーバーサイドレンダリングを使用する場合は、NiceDCVをご利用ください。
76 
+
77 
+```nohighlight
78 
+$ tec360
79 
+```
80 
+
81 
+#### 起動画面及び終了方法
82 
+起動に成功すると次のような画面が表示されます。
83 
+
84 
+![](tecplot_example_01.png)
85 
+
86 
+「メニューバー」の「File」内にある「Exit」を選択するとtecplotが終了します。
87 
+
88 
+
89 
+### Tecplotで大規模データを取り扱う場合{#tmp_dir}
90 
+
91 
+Tecplotは処理中にテンポラリファイルを出力します。デフォルト設定では、/tmp に「tecplot_ユーザ名」という名前のディレクトリを作成し、テンポラリファイルを置くよう設定しています。
92 
+数十GB以上の大規模データを取り扱う場合には、デフォルトの/tmpディレクトリでは容量が足りずに異常終了する可能性がありますので、LARGEディスク領域などの十分に余裕のある保存領域を指定してください。
93 
+
94 
+以下のコマンドにて、テンポラリファイルの保存先をLARGEディスク領域に変更できます。
95 
+
96 
+
97 
+#### tcshの場合
98 
+
99 
+
100 
+```nohighlight
101 
+$ setenv TMPDIR /LARGE0/gr19999/b59999
102 
+```
103 
+
104 
+
105 
+
106 
+#### bash/zshの場合
107 
+
108 
+
109 
+```nohighlight
110 
+$ export TMPDIR=/LARGE0/gr19999/b59999
111 
+```
112 
+
113 
+
114 
+
115 
+### Tecplotが正常に動作しない場合{#error}
116 
+
117 
+以下の現象が発生した場合、tecplot の起動時に -mesa オプションを加えて実行すると、正常に動作することがあります。
118 
+
119 
+* Tecplotが起動できない（Failed to create OpenGL Contextと表示される）
120 
+* TIFFやBMPにエクスポートしようとするとエラーになる
121 
+
122 
+なお、-mesa オプションはOpenGL グラフィック・ライブラリーの機能をソフトでエミュレーションするものです。そのため、描画速度が少し遅くなります。
123 
+
124 
+また、エクスポートした画像の透過表示がおかしくなる場合、下記の手順で設定を変更すると、正常に動作することがあります。
125 
+
126 
+1.  上部メニューの Options => Performance を選択し、設定画面を開く
127 
+2. Image Export Options を 「Fast」に変更
128 
+3.  OKボタンで変更を反映
129 
+
130 
+## 参考資料{#references}
131 
+
132 
+
133 
+
134 
+### 日本語{#ref_ja}
135 
+
136 
+* [Tecplot 日本語ガイド （HULINKS, Inc.）](http://www.hulinks.co.jp/support/tecplot/guide.html)
137 
+* [Tecplot Tips （HULINKS, Inc.）](http://www.hulinks.co.jp/support/tecplot/tips.html)
138 
+
139 
+
140 
+### 英語{#ref_en}
141 
+
142 
+* [Tecplot 360 Support Product Documentation（Tecplot, Inc.）](http://www.tecplot.com/support/360/docs.aspx)
143 
+
144 
+
145 
+## リンク{#link}
146 
+
147 
+### 外部リンク{#ex_link}
148 
+
149 
+* [Tecplot（Tecplot, Inc.）](http://www.tecplot.com/)
150 
+* [Tecplot（HULINKS）](http://www.hulinks.co.jp/software/tecplot/)
user/pages/09.software/33.tecplot/tecplot_example_01.png
History View file @452be89
0 151 
new file mode 100644
1 152 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/33.tecplot/tecplot_example_01.png differ
user/pages/09.software/34.gaussian16/docs.en.md
History View file @452be89
2 153 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,189 @@
1 
+---
2 
+title: 'Gaussian16 / GaussView6'
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Settings{#enviroment}
17 
+
18 
+### Software Version and System Requirements{#version}
19 
+
20 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
21 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
22 
+
23 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
24 
+
25 
+
26 
+#### Gaussian
27 
+Only inter-node parallel execution is supported.
28 
+
29 
+Version                     | Module File Name |  System B/C/G  | Cloud System
30 
+------------------------      | -------------------- | -----           | ---
31 
+Gaussian16 Rev C.02 (default) | gaussian16/c02       | +               | -
32 
+
33 
+#### GaussView
34 
+
35 
+Version                      | Module File Name |  System B/C/G | Cloud System
36 
+------------------------       | -------------------- | -----          | ---
37 
+GaussView6 Rev 6.1.1 (default) | gaussian16/c02       | +              | -
38 
+
39 
+\+ ： Available for all users
40 
+AU ： Available for academic users only
41 
+KU ： Available for Kyoto University members only
42 
+\- ： Not available
43 
+
44 
+
45 
+### User Registration{#regist}
46 
+
47 
+You need to register from the [User Portal](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/other/portal.html) to use Gaussian.
48 
+
49 
+## Software Overview{#overview}
50 
+
51 
+Gaussian is an electronic structure modeling program. It allows users to investigate and estimate characteristics of molecules and reactions in various conditions from the basic formula of quantum mechanics. Gaussian can be used for investigating characteristics which are impossible or difficult to make observations by the experimentation.
52 
+
53 
+### Software Features{#functions}
54 
+
55 
+On every updates, Gaussian is reinforced by functional expansion of the ONIOM method and the solvation model, addition of new functions, and many other new features. It is also consolidated in its parallel computation capability. For more details, please refer to the information at [Official Gaussian Website](http://www.gaussian.com/).
56 
+
57 
+* Single point energy calculation
58 
+    * Energy calculation of molecular systems, Molecular Orbital Method Calculation, and prediction of multiple moments and atomic charges
59 
+* Structure optimization
60 
+    * Potential energy, optimization and convergence criteria, minimization, and transition structure search
61 
+* Calculation of vibration frequency
62 
+    * Calculation of vibration frequency, interpretation of normal vibration, and characterization of stationary point
63 
+* ONIOM functions
64 
+    * Modeling process on a high accuracy layer
65 
+    * Customization and efficient ONIOM calculation of molecular mechanics
66 
+    * ONIOM calculation of electric and electromagnetic properties
67 
+
68 
+
69 
+### Areas of Application{#app_area}
70 
+
71 
+* Chemistry
72 
+* Chemical engineering
73 
+* Biochemistry
74 
+*  Physics, etc.
75 
+
76 
+## How to Use（Gaussian）{#usage_gaussian}
77 
+
78 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#env_set}
79 
+
80 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
81 
+
82 
+#### Example
83 
+```nohighlight
84 
+$ module load gaussian16
85 
+```
86 
+
87 
+### Executing utility{#utility}
88 
+
89 
+#### Using batchjob
90 
+
91 
+Example of a batch job script that runs in 4 parallel in node.
92 
+
93 
+
94 
+```nohighlight
95 
+#!/bin/bash
96 
+#============ Slurm Options ===========
97 
+#SBATCH -p gr19999b
98 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=120G
99 
+#============ Shell Script ============
100 
+set -x
101 
+
102 
+srun g16 test0000.com
103 
+```
104 
+
105 
+#### Specifying the number of parallels and memory in the input file{#infile}
106 
+
107 
+For inter-node parallel execution, you need to describe `%NprocShared=` in the input file to specify the number of parallels. And you need to describe `%Mem=` to specify the amount of memory to be used in the input file. Please note that the %Mem should be slightly less than the amount of memory specified in the job script, as Gaussian memory usage may exceed the %Mem.
108 
+
109 
+* Example：If you want to use 4 parallel and 12 GB of memory.
110 
+```nohighlight
111 
+%NprocShared=4
112 
+%Mem=12GB
113 
+```
114 
+
115 
+
116 
+### Submitting Batch Job by the subg Command{#batchjob}
117 
+
118 
+The subg command is used for submitting batch jobs by specifying queue names, input files, etc. It is simpler to submit batch jobs than to write job scripts.
119 
+
120 
+#### Format
121 
+
122 
+```nohighlight
123 
+$ subg16 queue_name input_file [qsub_command_option ...]
124 
+```
125 
+
126 
+#### Example Specifying 4 parallels in a node and a total of 30 G bytes of memory in gr19999b.
127 
+
128 
+```nohighlight
129 
+$ subg16 gr19999b water.com --rsc p=1:t=4:c=4:m=30G
130 
+```
131 
+
132 
+
133 
+### How to resume an interrupted job {#resume}
134 
+
135 
+Gaussian allows calculations that have been interrupted in the middle of a calculation, due to a wall-time limit etc, to resume from the middle of the calculation.
136 
+
137 
+#### Input data
138 
+Specify the options as follows. Specify any file name for 'Checkpoint file name'.
139 
+
140 
+```nohighlight
141 
+%CHK='Checkpoint file name'.chk
142 
+#OPT=RESTART
143 
+```
144 
+
145 
+#### Execution
146 
+
147 
+No special operations are required.
148 
+If the input file has the option %CHK=checkpoint-filename.chk, a chk file is generated when the calculation is interrupted.
149 
+When you execute next time, if the input file has #OPT=RESTART, the chk file is read and the calculation is resumed from where it was interrupted.
150 
+
151 
+## How to Use（GaussView）{#usage_gaussview}
152 
+
153 
+### Starting GaussView{#gaussview}
154 
+
155 
+```nohighlight
156 
+$ tssrun --x11 gview.sh
157 
+```
158 
+Please note that GaussView is a GUI application, so please use [MobaXterm](/login/mobaxterm) or [FastX](/login/fastx) to connect to the supercomputer.
159 
+
160 
+
161 
+#### If GaussView Does Not Work Normally
162 
+
163 
+GaussView sometimes works normally by adding -soft option and enabling software rendering at startup.
164 
+
165 
+```nohighlight
166 
+$ tssrun --x11 gview.sh -soft
167 
+```
168 
+
169 
+## References{#references}
170 
+
171 
+### In Japanese{#ref_ja}
172 
+None.
173 
+
174 
+### In English{#ref_en}
175 
+
176 
+* [Gaussian 16 User Refenrence （Gaussian, Inc.）](https://gaussian.com/man/)
177 
+
178 
+## Links{#link}
179 
+
180 
+### External Links{#ex_link}
181 
+
182 
+* [Official Gaussian Website （Gaussian, Inc）](https://www.gaussian.com/)
183 
+
184 
+
185 
+<!--
186 
+## 講習会{#seminar}
187 
+
188 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
189 
+-->
user/pages/09.software/34.gaussian16/docs.ja.md
History View file @452be89
0 190 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,234 @@
1 
+---
2 
+title: 'Gaussian16 / GaussView6'
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
19 
+
20 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション
21 
+を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
22 
+
23 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
24 
+
25 
+#### Gaussian
26 
+並列実行はノード内並列のみサポートします。
27 
+
28 
+バージョン                    | モジュールファイル名 |  システムB/C/G  | クラウドシステム
29 
+------------------------      | -------------------- | -----           | ---
30 
+Gaussian16 Rev C.02 (default) | gaussian16/c02       | +               | -
31 
+
32 
+#### GaussView
33 
+
34 
+バージョン                     | モジュールファイル名 |  システムB/C/G | クラウドシステム
35 
+------------------------       | -------------------- | -----          | ---
36 
+GaussView6 Rev 6.1.1 (default) | gaussian16/c02       | +              | -
37 
+
38 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
39 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
40 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
41 
+\- ： 利用不可
42 
+
43 
+
44 
+### 利用登録{#regist}
45 
+
46 
+Gaussianをご利用いただくには、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) から利用登録が必要です。
47 
+
48 
+## 機能概要{#overview}
49 
+
50 
+電子構造モデリング・プログラムであるGaussianは、量子力学の基本法則から、さまざまな条件における分子や反応の特性を研究・予測することが可能です。実験による観測が困難や不可能な特性の研究に利用できます。
51 
+
52 
+### 機能{#functions}
53 
+
54 
+Gaussian では、バージョンアップごとに、ONIOM法の機能拡張、溶媒和モデルの機能拡張、新しい汎関数の追加など多くの新機能が追加され、また、並列計算機能の強化などがはかられています。詳しくは、以下のOfficial Gaussian Web Siteの情報を参照ください。
55 
+
56 
+* シングルポイントエネルギー計算
57 
+    * 分子系のエネルギー計算、分子軌道の計算、多極子モーメントと原子電荷の予測
58 
+* 構造最適化
59 
+    * ポテンシャルエネルギー、最適化と収斂条件、最小化、遷移構造の探索
60 
+* 振動数計算
61 
+    * 振動数の計算、基準振動の解釈、停留点のキャラクタリゼーション
62 
+* ONIOMに関する機能
63 
+    * 高精度のレイヤーでのモデリングプロセス
64 
+    * 分子力学力場のカスタマイズ及び、効率的なONIOM計算
65 
+    * 電気特性、電磁特性のONIOM計算
66 
+
67 
+
68 
+### 利用分野{#app_area}
69 
+
70 
+* 化学
71 
+* 化学工学
72 
+* 生物化学
73 
+* 物理学など
74 
+
75 
+
76 
+## 利用方法（Gaussian）{#usage_gaussian}
77 
+
78 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
79 
+
80 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
81 
+
82 
+#### 例
83 
+```nohighlight
84 
+$ module load gaussian16
85 
+```
86 
+
87 
+### 実行{#utility}
88 
+
89 
+#### バッチジョブの利用{#cpu_batchjob}
90 
+
91 
+ノード内4並列で実行するバッチジョブスクリプトの例です。
92 
+```nohighlight
93 
+#!/bin/bash
94 
+#============ Slurm Options ===========
95 
+#SBATCH -p gr19999b
96 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=120G
97 
+#============ Shell Script ============
98 
+set -x
99 
+
100 
+srun g16 test0000.com
101 
+```
102 
+
103 
+#### 入力ファイルでの並列数やメモリの指定{#infile}
104 
+
105 
+ノード内並列実行する場合は、入力ファイルにも `%NprocShared=` を記述し、並列数を明示する必要があります。また、使用するメモリ量は入力ファイルにも `%Mem=` で明示する必要があります。なお、Gaussianのメモリ使用量は、%Memを厳密に守らずオーバーすることがあるため、%Memはジョブスクリプトで指定したメモリ量より若干少なめに指定して下さい。
106 
+
107 
+* 例：4並列、メモリ12GB使用したい場合
108 
+```nohighlight
109 
+%NprocShared=4
110 
+%Mem=12GB
111 
+```
112 
+
113 
+
114 
+### subgコマンドでのバッチジョブ実行{#batchjob}
115 
+
116 
+subgコマンドは、キュー名、入力ファイルなどを指定し、バッチジョブを投入するコマンドです。ジョブスクリプトを書くよりも簡易にバッチジョブ投入が行えます。
117 
+
118 
+#### 形式
119 
+
120 
+```nohighlight
121 
+$ subg16 queue_name input_file [qsub_command_option ...]
122 
+```
123 
+
124 
+#### 例 gr19999b のキューでノード内4並列、メモリ合計30Gバイトを指定
125 
+
126 
+```nohighlight
127 
+$ subg16 gr19999b water.com --rsc p=1:t=4:c=4:m=30G
128 
+```
129 
+
130 
+### GPUを用いたバッチジョブ実行{#gpu_batchjob}
131 
+システムGでGPUを用いた計算を行う場合、ジョブスクリプト内で、-g オプションを指定します。
132 
+```nohighlight
133 
+srun g16 -c={CPUリスト} -g={GPUリスト}={制御CPU} test0001.com
134 
+```
135 
+CPUリストには、制御用CPUが含まれている必要があります。
136 
+
137 
+#### 1GPU利用の場合
138 
+```nohighlight
139 
+#!/bin/bash
140 
+#============ Slurm Options ===========
141 
+#SBATCH -p gr19999g
142 
+#SBATCH --rsc g=1
143 
+#============ Shell Script ============
144 
+set -x
145 
+
146 
+srun g16 -c=0 -g=0=0 test0001.com
147 
+```
148 
+
149 
+#### 複数GPU利用の場合
150 
+* 例：2GPU利用の場合
151 
+
152 
+```nohighlight
153 
+#!/bin/bash
154 
+#============ Slurm Options ===========
155 
+#SBATCH -p gr19999g
156 
+#SBATCH --rsc g=2
157 
+#============ Shell Script ============
158 
+set -x
159 
+
160 
+srun -n 1 g16 -c=0-127 -g=0-1=24,8 test0001.com
161 
+```
162 
+
163 
+* 例：3GPU利用の場合
164 
+
165 
+```nohighlight
166 
+#!/bin/bash
167 
+#============ Slurm Options ===========
168 
+#SBATCH -p gr19999g
169 
+#SBATCH --rsc g=3
170 
+#============ Shell Script ============
171 
+set -x
172 
+
173 
+srun -n 1 g16 -c=0-127 -g=0-2=24,8,56 test0001.com
174 
+```
175 
+制御用GPUは、nvidia-smiで確認できます。*** 後で修正 ***
176 
+
177 
+### 計算の途中再開 {#resume}
178 
+
179 
+Gaussianでは、ウォールタイム制限などで途中で終了した計算を途中から続けることができます。
180 
+
181 
+#### 入力データ
182 
+次のようにオプションを指定します。「チェックポイントファイル名」には、任意のファイル名を指定してください。
183 
+
184 
+```nohighlight
185 
+%CHK=チェックポイントファイル名.chk
186 
+#OPT=RESTART
187 
+```
188 
+
189 
+#### 実行
190 
+
191 
+特別な操作は不要です。
192 
+入力ファイルに %CHK=チェックポイントファイル名.chk のオプションがある場合、計算が中断されるとchkファイルが生成されます。
193 
+次回実行時、入力ファイルに #OPT=RESTART がある場合、chkファイルを読み込んで、前回計算が中断したところから再開されます。
194 
+
195 
+## 利用方法（GaussView）{#usage_gaussview}
196 
+
197 
+### GaussViewの起動{#gaussview}
198 
+
199 
+```nohighlight
200 
+$ tssrun --x11 gview.sh
201 
+```
202 
+
203 
+なお、GaussViewはGUIアプリケーションのため、[MobaXterm](/login/mobaxterm) または [FastX](/login/fastx)を利用してスパコンに接続してください。
204 
+
205 
+
206 
+#### GaussViewが正常に動作しない場合
207 
+
208 
+GaussView の起動時に -soft オプションを加えてソフトウェアレンダリングを有効にして実行すると、動作することがあります。
209 
+
210 
+```nohighlight
211 
+$ tssrun --x11 gview.sh -soft
212 
+```
213 
+
214 
+## 参考資料{#references}
215 
+
216 
+### 日本語{#ref_ja}
217 
+提供なし
218 
+
219 
+### 英語{#ref_en}
220 
+
221 
+* [Gaussian 16 User Refenrence （Gaussian, Inc.）](https://gaussian.com/man/)
222 
+
223 
+## リンク{#link}
224 
+
225 
+### 外部リンク{#ex_link}
226 
+
227 
+* [Official Gaussian Website （Gaussian, Inc）](https://www.gaussian.com/)
228 
+
229 
+
230 
+<!--
231 
+## 講習会{#seminar}
232 
+
233 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
234 
+-->
user/pages/09.software/35.gaussian09/docs.en.md
History View file @452be89
0 235 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,129 @@
1 
+---
2 
+title: Gaussian09
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Settings{#enviroment}
17 
+
18 
+### Software Version and System Requirements{#version}
19 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
20 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
21 
+
22 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
23 
+
24 
+**GaussView5 is not available due to system incompatibility**
25 
+
26 
+#### Gaussian09
27 
+
28 
+Version                 | Module File Name  |  System B/C/G   |  Cloud System
29 
+------------------------  |  -----  |  -----  |  -----
30 
+Gaussian09 Rev E.01(default)  |  gaussian09/e01   |  +     |  -
31 
+
32 
+\+ ： Available for all users
33 
+AU ： Available for academic users only
34 
+KU ： Available for Kyoto University members only
35 
+\- ： Not available
36 
+
37 
+### User Registration{#regist}
38 
+
39 
+You need to register from the [User Portal](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/other/portal.html) to use Gaussian.
40 
+
41 
+## Software Overview{#overview}
42 
+
43 
+Gaussian is an electronic structure modeling program. It allows users to investigate and estimate characteristics of molecules and reactions in various conditions from the basic formula of quantum mechanics. Gaussian can be used for investigating characteristics which are impossible or difficult to make observations by the experimentation.
44 
+
45 
+### Software Features{#functions}
46 
+
47 
+On every updates, Gaussian is reinforced by functional expansion of the ONIOM method and the solvation model, addition of new functions, and many other new features. It is also consolidated in its parallel computation capability. For more details, please refer to the information at [Official Gaussian Website](http://www.gaussian.com/).
48 
+
49 
+* Single point energy calculation
50 
+    * Energy calculation of molecular systems, Molecular Orbital Method Calculation, and prediction of multiple moments and atomic charges
51 
+* Structure optimization
52 
+    * Potential energy, optimization and convergence criteria, minimization, and transition structure search
53 
+* Calculation of vibration frequency
54 
+    * Calculation of vibration frequency, interpretation of normal vibration, and characterization of stationary point
55 
+* ONIOM functions
56 
+    * Modeling process on a high accuracy layer
57 
+    * Customization and efficient ONIOM calculation of molecular mechanics
58 
+    * ONIOM calculation of electric and electromagnetic properties
59 
+
60 
+### Areas of Application{#app_area}
61 
+
62 
+* Chemistry
63 
+* Chemical engineering
64 
+* Biochemistry
65 
+*  Physics, etc.
66 
+
67 
+
68 
+## How to Use（Gaussian 09）{#usage_gaussian}
69 
+
70 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#env_set}
71 
+
72 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
73 
+
74 
+```nohighlight
75 
+$ module load gaussian09
76 
+```
77 
+
78 
+### Executing utility{#utility}
79 
+
80 
+#### Using batchjob{#batch}
81 
+
82 
+Example of a batch job script.
83 
+```nohighlight
84 
+#!/bin/bash
85 
+#============ Slurm Options ===========
86 
+#SBATCH -p gr10001d     #Speciry Job queue (partition)
87 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=1G
88 
+#============ Shell Script ============
89 
+set -x
90 
+
91 
+export OMP_PROC_BIND=true
92 
+
93 
+srun g09 test0000.com
94 
+```
95 
+
96 
+#### Specifying the number of parallels and memory in the input file{#infile}
97 
+
98 
+For inter-node parallel execution, you need to describe `%NprocShared=` in the input file to specify the number of parallels. And you need to describe `%Mem=` to specify the amount of memory to be used in the input file. Please note that the %Mem should be slightly less than the amount of memory specified in the job script, as Gaussian memory usage may exceed the %Mem.
99 
+
100 
+* Example：If you want to use 4 parallel and 12 GB of memory.
101 
+```nohighlight
102 
+%NprocShared=4
103 
+%Mem=12GB
104 
+```
105 
+
106 
+### Submitting Batch Job by the subg09 Command{#batchjob}
107 
+
108 
+The subg command is used for submitting batch jobs by specifying queue names, input files, etc. It is simpler to submit batch jobs than to write job scripts.
109 
+
110 
+#### Format{#subg09_format}
111 
+```nohighlight
112 
+subg09 queue_name input_file  [-scrdir dir] [qsub_command_option ...]
113 
+```
114 
+
115 
+#### Example Specifying 4 parallels in a node and a total of 30G bytes of memory in gr19999b.{#subg09_example}
116 
+```nohighlight
117 
+$ subg09 gr19999b water.com --rsc p=1:t=4:c=4:m=30G
118 
+```
119 
+
120 
+## Links{#link}
121 
+
122 
+### External Links{#ex_link}
123 
+
124 
+* [Official Gaussian Website （Gaussian, Inc）](https://gaussian.com/)
125 
+
126 
+<!--
127 
+## 講習会{#seminar}
128 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています．講習会資料を配布していますので，ご利用ください．
129 
+-->
0 130 
\ No newline at end of file
user/pages/09.software/35.gaussian09/docs.ja.md
History View file @452be89
1 131 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,128 @@
1 
+---
2 
+title: Gaussian09
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
19 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
20 
+
21 
+module avail コマンドにて、利用できるモジュールファイル一覧が確認できます。
22 
+
23 
+**GaussView5はシステム非対応のため、利用できません。**
24 
+
25 
+#### Gaussian09
26 
+
27 
+バージョン             | モジュールファイル名  |  システムB/C/G  |  クラウドシステム
28 
+------------------------  |  -----  |  -----  |  -----
29 
+Gaussian09 Rev E.01(default)  |  gaussian09/e01   |  +     |  -
30 
+
31 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
32 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
33 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
34 
+\- ： 利用不可
35 
+
36 
+### 利用登録{#regist}
37 
+
38 
+Gaussianをご利用いただくには、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) から利用登録が必要です。
39 
+
40 
+## 機能概要{#overview}
41 
+
42 
+電子構造モデリング・プログラムであるGaussianは、量子力学の基本法則から、さまざまな条件における分子や反応の特性を研究・予測することが可能です。実験による観測が困難や不可能な特性の研究に利用できます。
43 
+
44 
+### 機能{#functions}
45 
+
46 
+Gaussianでは、バージョンアップごとに、ONIOM法の機能拡張，溶媒和モデルの機能拡張、新しい汎関数の追加など多くの新機能が追加され、また、並列計算機能の強化などがはかられています。詳しくは、以下のOfficial Gaussian Web Siteの情報を参照ください。
47 
+
48 
+* シングルポイントエネルギー計算
49 
+    * 分子系のエネルギー計算、分子軌道の計算、多極子モーメントと原子電荷の予測
50 
+* 構造最適化
51 
+    * ポテンシャルエネルギー、最適化と収斂条件、最小化、遷移構造の探索
52 
+* 振動数計算
53 
+    * 振動数の計算、基準振動の解釈、停留点のキャラクタリゼーション
54 
+* ONIOMに関する機能
55 
+    * 高精度のレイヤーでのモデリングプロセス
56 
+    * 分子力学力場のカスタマイズ及び、効率的なONIOM計算
57 
+    * 電気特性、電磁特性のONIOM計算
58 
+
59 
+### 利用分野{#app_area}
60 
+
61 
+* 化学
62 
+* 化学工学
63 
+* 生物化学
64 
+* 物理学など
65 
+
66 
+
67 
+## 利用方法（Gaussian 09）{#usage_gaussian}
68 
+
69 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
70 
+
71 
+moduleコマンドを実行し，環境設定を行います．（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
72 
+
73 
+```nohighlight
74 
+$ module load gaussian09
75 
+```
76 
+
77 
+### 実行{#utility}
78 
+
79 
+#### バッチジョブの利用{#batch}
80 
+
81 
+バッチジョブスクリプトの例です。
82 
+```nohighlight
83 
+#!/bin/bash
84 
+#============ Slurm Options ===========
85 
+#SBATCH -p gr10001d     #ジョブキュー(パーティション)の指定
86 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=1G
87 
+#============ Shell Script ============
88 
+set -x
89 
+
90 
+export OMP_PROC_BIND=true
91 
+
92 
+srun g09 test0000.com
93 
+```
94 
+
95 
+#### 入力ファイルでの並列数やメモリの指定{#infile}
96 
+
97 
+ノード内並列実行する場合は，入力ファイルにも `%NprocShared=` を記述し，並列数を明示する必要があります．また，使用するメモリ量は入力ファイルにも `%Mem=` で明示する必要があります．なお，Gaussianのメモリ使用量は，%Memを厳密に守らずオーバーすることがあるため，%Memはジョブスクリプトで指定したメモリ量より若干少なめに指定して下さい．
98 
+
99 
+* 例：4並列，メモリ12GB使用したい場合
100 
+```nohighlight
101 
+%NprocShared=4
102 
+%Mem=12GB
103 
+```
104 
+
105 
+### subg09コマンドでのバッチジョブ実行{#batchjob}
106 
+
107 
+subg09コマンドは、キュー名、入力ファイルなどを指定し、バッチジョブを投入するコマンドです。ジョブスクリプトを書くよりも簡易にバッチジョブ投入が行えます。
108 
+
109 
+#### 形式{#subg09_format}
110 
+```nohighlight
111 
+subg09 queue_name input_file  [-scrdir dir] [qsub_command_option ...]
112 
+```
113 
+
114 
+#### 例 gr19999b のキューでノード内4並列、メモリ合計30Gバイトを指定{#subg09_example}
115 
+```nohighlight
116 
+$ subg09 gr19999b water.com --rsc p=1:t=4:c=4:m=30G
117 
+```
118 
+
119 
+## リンク{#link}
120 
+
121 
+### 外部リンク{#ex_link}
122 
+
123 
+* [Official Gaussian Website （Gaussian, Inc）](https://gaussian.com/)
124 
+
125 
+<!--
126 
+## 講習会{#seminar}
127 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています．講習会資料を配布していますので，ご利用ください．
128 
+-->
0 129 
\ No newline at end of file
user/pages/09.software/36.maple/docs.en.md
History View file @452be89
1 130 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,131 @@
1 
+---
2 
+title: Maple
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+
18 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
19 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
20 
+
21 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
22 
+
23 
+Version                      | Module File Name | System B/C/G | Cloud System
24 
+---------------------   | ------------------   | -----         | -----
25 
+ Maple 2022.0 (default) | maple/2022.0         | KU            | -
26 
+
27 
+KU ： Available for Kyoto University members only
28 
+\- ：  Not available
29 
+
30 
+<!--
31 
+#### サポートされるバージョンについて
32 
+
33 
+Mapleは、サポートされるバージョンが過去3バージョンまでとなったため,現在提供しているバージョンのうち,2016,2017,2018を 非推奨とさせて頂きます.
34 
+これらのバージョンは,2021年3月末で提供終了とさせて頂く予定です.
35 
+-->
36 
+
37 
+## Software Overview{#overview}
38 
+
39 
+
40 
+Maple is a formula manipulation software product equipped with various mathematical commands and graphics functions.
41 
+
42 
+
43 
+### Software Features{#functions}
44 
+
45 
+* Formula manipulation and Algebraic operations
46 
+* Display of 2D- or 3D-plotted graphs
47 
+* Simple operation to use advanced and universal formula calculation functions
48 
+* Management of calculation know-how by reproducible technical documents
49 
+* Over 4000 calculation functions are provided as default
50 
+
51 
+
52 
+### Areas of Application{#app_area}
53 
+
54 
+* Visualization feature
55 
+* Display of a line and surface contour, creation of  isosurface, and a vector display with arrows.
56 
+* Streamline, particle tracing, and cross-sectional slicing.
57 
+* Element shrink, volume rendering
58 
+* Visual programming
59 
+* Network editor
60 
+* Object orientation
61 
+* Graphics display
62 
+
63 
+
64 
+## How to Use{#usage}
65 
+
66 
+
67 
+
68 
+### Environment settings（Executing the module command）{#env_set}
69 
+
70 
+Execute the **module** command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
71 
+
72 
+
73 
+```nohighlight
74 
+$ module load maple
75 
+```
76 
+
77 
+### GUI Mode{#gui}
78 
+
79 
+You can start maple by executing the following command in an environment where a GUI with the X Window System is available.
80 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
81 
+
82 
+```nohighlight
83 
+$ tssrun --x11 xmaple
84 
+```
85 
+
86 
+
87 
+![](maple_example_01.png)
88 
+
89 
+You can operate interactively in the **worksheet** screen shown in the center of the operation screen. The operation screen contains**Menu Bar**,  **Toolbar**, and **Context Bar** other than the**worksheet**.
90 
+To exit maple, select the **File** menu in the menu bar, then click **Exit**.
91 
+
92 
+
93 
+### CUI Mode{#cui}
94 
+
95 
+You can start maple by executing the following command.
96 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
97 
+
98 
+```nohighlight
99 
+$ tssrun maple
100 
+```
101 
+
102 
+You can exit maple by executing the following command.
103 
+
104 
+
105 
+```nohighlight
106 
+$ quit
107 
+```
108 
+
109 
+
110 
+## References{#references}
111 
+
112 
+
113 
+
114 
+### In Japanese{#ref_ja}
115 
+
116 
+* [Command Reference（Cybernet Systems）](http://www.cybernet.co.jp/maple/support/cmd_refer/index.html)
117 
+
118 
+
119 
+### In English{#ref_en}
120 
+
121 
+None
122 
+
123 
+
124 
+## Links{#link}
125 
+
126 
+
127 
+
128 
+### External Links{#ex_link}
129 
+
130 
+* [Maple（Cybernet Systems）](http://www.cybernet.co.jp/maple/)
131 
+* [Maple Application Center（Maplesoft）](http://www.maplesoft.com/applications/)
user/pages/09.software/36.maple/docs.ja.md
History View file @452be89
0 132 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,138 @@
1 
+---
2 
+title: Maple
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション
23 
+を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
24 
+
25 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
26 
+
27 
+バージョン              | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
28 
+---------------------   | ------------------   | -----         | -----
29 
+ Maple 2022.0 (default) | maple/2022.0         | KU            | -
30 
+
31 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
32 
+\- ： 利用不可
33 
+
34 
+<!--
35 
+#### サポートされるバージョンについて
36 
+
37 
+Mapleは、サポートされるバージョンが過去3バージョンまでとなったため,現在提供しているバージョンのうち,2016,2017,2018を 非推奨とさせて頂きます.
38 
+これらのバージョンは,2021年3月末で提供終了とさせて頂く予定です.
39 
+-->
40 
+
41 
+## 機能概要{#overview}
42 
+
43 
+
44 
+Mapleは、多くの数学コマンドとグラフィック機能を備えた数式処理ソフトウェアです。
45 
+
46 
+
47 
+### 機能{#functions}
48 
+
49 
+* 数式処理、代数演算
50 
+* ２次元、３次元プロットのグラフ表示
51 
+* 高度で汎用性のある数式計算機能をシンプルな操作で利用
52 
+* 計算ノウハウを再現性のある技術文章として管理
53 
+* 4000種を超える計算機能が標準で用意
54 
+
55 
+
56 
+### 利用分野{#app_area}
57 
+
58 
+* ビジュアリゼーション機能
59 
+* 線・面コンター表示、等値面生成、矢印によるベクトル表示
60 
+* 流線、パーティクルトレース、任意断面スライス
61 
+* 要素シュリンク、ボリュームレンダリング
62 
+* ビジュアルプログラミング
63 
+* ネットワークエディタ
64 
+* オブジェクト指向
65 
+* グラフィックス表示機能
66 
+
67 
+
68 
+## 利用方法{#usage}
69 
+
70 
+
71 
+
72 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
73 
+
74 
+**module** コマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
75 
+
76 
+
77 
+```nohighlight
78 
+$ module load maple
79 
+```
80 
+
81 
+### GUIモード{#gui}
82 
+
83 
+X Window SystemによるGUIを利用可能な環境で、次のコマンドを実行するとmapleが起動します。
84 
+tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
85 
+
86 
+
87 
+```nohighlight
88 
+$ tssrun --x11 xmaple
89 
+```
90 
+
91 
+
92 
+![](maple_example_01.png)
93 
+
94 
+処理画面の中央にある画面 **ワークシート** で会話形式で処理が行えます。処理画面は、 **ワークシート** 以外に画面の上から **メニューバー** 、 **ツールバー** 、 **コンテキストバー** で構成されています。
95 
+
96 
+終了は、 **メニューバー** の **File** 内にある **Exit** をクリックします。
97 
+
98 
+
99 
+### CUIモード{#cui}
100 
+
101 
+次のコマンドを実行するとmapleが起動します。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
102 
+
103 
+
104 
+```nohighlight
105 
+$ tssrun maple
106 
+```
107 
+
108 
+
109 
+次のコマンドを実行するとmapleが終了します。
110 
+
111 
+
112 
+```nohighlight
113 
+$ quit
114 
+```
115 
+
116 
+
117 
+## 参考資料{#references}
118 
+
119 
+
120 
+
121 
+### 日本語{#ref_ja}
122 
+
123 
+* [コマンドリファレンス（サイバネット）](http://www.cybernet.co.jp/maple/support/cmd_refer/index.html)
124 
+
125 
+
126 
+### 英語{#ref_en}
127 
+
128 
+提供なし
129 
+
130 
+
131 
+## リンク{#link}
132 
+
133 
+
134 
+
135 
+### 外部リンク{#ex_link}
136 
+
137 
+* [Maple（サイバネットシステム）](http://www.cybernet.co.jp/maple/)
138 
+* [Maple Application Center（Maplesoft）](http://www.maplesoft.com/applications/)
user/pages/09.software/36.maple/maple_example_01.png
History View file @452be89
0 139 
new file mode 100644
1 140 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/36.maple/maple_example_01.png differ
user/pages/09.software/37.mathematica/docs.en.md
History View file @452be89
2 141 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,134 @@
1 
+---
2 
+title: Mathematica
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Settings{#enviroment}
17 
+
18 
+### Software Version and System Requirements{#version}
19 
+
20 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
21 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
22 
+
23 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
24 
+
25 
+
26 
+Version           |  Module File Name |  System B/C/G  |  Cloud System
27 
+--------------    |  -----                |  -----          |  -----
28 
+ 13.1.0 (default) |  mathematica/13.1.0   |  KU             |  -
29 
+
30 
+KU ： Available for Kyoto University members only
31 
+\- ： Not available
32 
+
33 
+
34 
+### Available number of licenses{#license_limit}
35 
+
36 
+The number of users available at the same time is approximately 3 licenses.
37 
+
38 
+## Software Overview{#overview}
39 
+Mathematica is a system that integrates mathematical formula processing and numerical computation functionality, as well as excellent graphical functionality. It can also be programmed in the same way as a mathematical concept and provides interactive calculation results. Mathematica allows users to run single tasks such as data analysis and solution of a complex differential equation, as well as to develop comprehensive solutions, prototypes, and applications.
40 
+
41 
+
42 
+### Software Features{#functions}
43 
+
44 
+* Thousands of advanced symbolic computation
45 
+* Solution of equations, differential equations and numerical and symbolic optimization of problems
46 
+* Numeric modeling and simulation is possible
47 
+* RAD (Rapid Application Development) environment
48 
+* Interactive creation of technical reports and electronic or printable documents
49 
+* Creation of technical documents containing formulas
50 
+
51 
+
52 
+### Areas of Application{#app_area}
53 
+
54 
+Engineering, mathematics, finance, physics, chemistry, biology, etc.
55 
+
56 
+
57 
+
58 
+## How to Use{#usage}
59 
+
60 
+
61 
+
62 
+### Environment settings（Executing the module Command）{#env_set}
63 
+
64 
+Execute the **module**  command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
65 
+
66 
+
67 
+```nohighlight
68 
+$ module load mathematica
69 
+```
70 
+
71 
+
72 
+
73 
+### GUI Mode{#gui}
74 
+
75 
+Login using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or use SSH client software that supports X11 Forwarding available on Windows (e.g. [MobaXterm](/login/ mobaxterm))
76 
+and X11 servers available on Windows, and log in to the system in a way that GUI applications can be started.
77 
+
78 
+You can start Mathematica by executing the following command.  Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
79 
+
80 
+```nohighlight
81 
+$ tssrun --x11 mathematica
82 
+```
83 
+
84 
+
85 
+![](mathematica_example_02.png)
86 
+
87 
+After start-up, select Notebook from the menu on the left side of the screen to open the Notebook screen. In the notebook screen, write programs (formula, equation) for calculation.
88 
+
89 
+
90 
+![](mathematica_example_01.png)
91 
+
92 
+On the Notebook screen, click **Quit** in **File** in the **Menubar** to exit Mathematica.
93 
+
94 
+###  CUI Mode{#cui}
95 
+
96 
+You can start Mathematica by executing the following command.
97 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
98 
+
99 
+
100 
+```nohighlight
101 
+$ tssrun math
102 
+```
103 
+
104 
+You can exit Mathematica by executing the following command.
105 
+
106 
+
107 
+```nohighlight
108 
+$ Quit
109 
+```
110 
+
111 
+
112 
+
113 
+##  References{#references}
114 
+
115 
+
116 
+
117 
+### In Japanese{#ref_ja}
118 
+
119 
+* [Documentation Center （Wolfram Research, Inc.）](http://reference.wolfram.com/mathematica/guide/Mathematica.html)
120 
+
121 
+
122 
+### In English{#ref_en}
123 
+
124 
+None
125 
+
126 
+
127 
+## Links{#link}
128 
+
129 
+
130 
+
131 
+### External Links{#ex_link}
132 
+
133 
+* [Wolfram Mathematica（HULINKS）](http://www.hulinks.co.jp/software/mathematica/)
134 
+* [Wolrram Research：Mathematica（WOLFRAM）](http://www.wolfram.com/)
user/pages/09.software/37.mathematica/docs.ja.md
History View file @452be89
0 135 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,132 @@
1 
+---
2 
+title: Mathematica
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
19 
+
20 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション
21 
+を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
22 
+
23 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
24 
+
25 
+バージョン        |  モジュールファイル名 |  システムB/C/G  |  クラウドシステム
26 
+--------------    |  -----                |  -----          |  -----
27 
+ 13.1.0 (default) |  mathematica/13.1.0   |  KU             |  -
28 
+
29 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
30 
+\- ： 利用不可
31 
+
32 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
33 
+
34 
+同時に利用可能なユーザ数は3ライセンスです。
35 
+
36 
+## 機能概要{#overview}
37 
+
38 
+Mathematicaは、数式処理、数値計算の機能に加え、優れたグラフィック機能を統合的に扱えるシステムです。また、数学の考え方と同じ感覚でプログラミングすることができ、インタラクティブに計算結果が得られます。 Mathematicaを使えばデータ解析や複雑な微分方程式の解を求めるような単一のタスクから、包括的なソリューションやプロトタイプ、アプリケーションの開発まで果たすことができます。
39 
+
40 
+
41 
+### 機能{#functions}
42 
+
43 
+* 数百・数千にもおよぶ高度な記号計算
44 
+* 方程式の解、微分方程式、問題の数値的・記号的な最適化
45 
+* 数値的なモデリングやシミュレーションが可能
46 
+* RAD (迅速なアプリケーション開発) 環境
47 
+* インタラクティブな技術レポートや電子又は印刷用の文書の作成
48 
+* 数式表現を使った技術文書の作成
49 
+
50 
+
51 
+### 利用分野{#app_area}
52 
+
53 
+工学、数学、金融、物理、化学、生物など
54 
+
55 
+
56 
+## 利用方法{#usage}
57 
+
58 
+
59 
+
60 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
61 
+
62 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
63 
+
64 
+
65 
+```nohighlight
66 
+$ module load mathematica
67 
+```
68 
+
69 
+
70 
+
71 
+### GUIモード{#gui}
72 
+
73 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))
74 
+およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
75 
+
76 
+次のコマンドを実行するとMathematicaが起動します。**tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ tssrun --x11 mathematica
80 
+```
81 
+
82 
+
83 
+![](mathematica_example_02.png)
84 
+
85 
+起動後、画面左のメニューより、Notebookを選択すると、ノートブック画面が立ち上がります。ノートブック画面でプログラム（数式、計算式）を書き込んで計算させます。
86 
+
87 
+![](mathematica_example_01.png)
88 
+
89 
+ノートブック画面で、 **メニューバー** の **File** 内にある **Quit** をクリックするとMathematicaが終了します。
90 
+
91 
+
92 
+### CUIモード{#cui}
93 
+
94 
+次のコマンドを実行するとMathematicaが起動します。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
95 
+
96 
+
97 
+```nohighlight
98 
+$ tssrun math
99 
+```
100 
+
101 
+
102 
+次のコマンドを実行するとMathematicaが終了します。
103 
+
104 
+
105 
+```nohighlight
106 
+$ Quit
107 
+```
108 
+
109 
+
110 
+
111 
+## 参考資料{#references}
112 
+
113 
+
114 
+
115 
+### 日本語{#ref_ja}
116 
+
117 
+* [Documentation Center （Wolfram Research, Inc.）](http://reference.wolfram.com/mathematica/guide/Mathematica.html)
118 
+
119 
+
120 
+### 英語{#ref_en}
121 
+
122 
+提供なし
123 
+
124 
+
125 
+## リンク{#link}
126 
+
127 
+
128 
+
129 
+### 外部リンク{#ex_link}
130 
+
131 
+* [Wolfram Mathematica（HULINKS）](http://www.hulinks.co.jp/software/mathematica/)
132 
+* [Wolrram Research：Mathematica（WOLFRAM）](http://www.wolfram.com/)
user/pages/09.software/37.mathematica/mathematica_example_01.png
History View file @452be89
0 133 
new file mode 100644
1 134 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/37.mathematica/mathematica_example_01.png differ
user/pages/09.software/37.mathematica/mathematica_example_02.png
History View file @452be89
2 135 
new file mode 100644
3 136 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/37.mathematica/mathematica_example_02.png differ
user/pages/09.software/38.matlab/docs.en.md
History View file @452be89
4 137 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,206 @@
1 
+---
2 
+title: MATLAB
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Settings{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### Software Version and System Requirements{#version}
21 
+
22 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
23 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
24 
+
25 
+
26 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
27 
+
28 
+Version                | Module File Name | System B/C/G   | Cloud System
29 
+--------------------  | -------------------- | -----          | -----
30 
+ 2023a                | matlab/R2023a        | KU             | -
31 
+ 2022b (default)      | matlab/R2022b        | KU             | -
32 
+
33 
+
34 
+KU ： Available for Kyoto University members only
35 
+\- ： Not available
36 
+
37 
+## Software Overview{#overview}
38 
+
39 
+MATLAB is a high-performance language for technical computation that integrates computation, visualization, and programming capability. It supports various types of vector and matrix calculation, which are fundamental for solving engineering and science technology problems. MATLAB allows you to use various mathematical functions of linear algebra, partial differential equation, and others for data analysis. It is equipped with 2D and 3D graphics functions that visualize data. It allows subroutines of other languages such as C, C++, and Fortran to be called as if they are built-in functions.
40 
+
41 
+MATLAB widens its application area by Toolbox, which is an assortment of non-basic MATLAB functions for special class problems.
42 
+
43 
+
44 
+### Options{#option}
45 
+
46 
+* **Simulink**
47 
+
48 
+ Simulink is a platform for multi-domain simulation, dynamic system, and model base design of embedded systems. Its interactive graphical environment and block libraries allow you to design, simulate, implement, and test time-dependent systems in fields such as communication, control, motion picture processing, and still image processing.
49 
+
50 
+
51 
+
52 
+### Areas of Application{#app-area}
53 
+
54 
+* Signal/image processing
55 
+* Communication system design
56 
+* Control system design
57 
+* Experimental measurement
58 
+* Modeling and analysis in computational finance
59 
+* Biotechnology computing, etc.
60 
+
61 
+
62 
+### Available Toolboxes{#toolbox}
63 
+
64 
+Matlab which is offered by our supercomputer system is shared its license with the MATLAB users group of Kyoto university. For information on available toolboxes, please visit the website of the [MATLAB users group of Kyoto university](http://matlab.chase-dream.com/group/toolbox.html) (Japanese version only).
65 
+
66 
+
67 
+## How to Use{#usage}
68 
+
69 
+
70 
+
71 
+### Environment settings（Executing the module Command）{#env_set}
72 
+
73 
+Execute the **module** command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
74 
+
75 
+
76 
+```nohighlight
77 
+$ module load matlab
78 
+```
79 
+
80 
+### MATLAB{#matlab}
81 
+
82 
+
83 
+#### GUI Mode
84 
+
85 
+You can start MATLAB by executing the following command in an environment where FastX, NiceDCV with the X Window System is available.
86 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
87 
+
88 
+
89 
+```nohighlight
90 
+$ tssrun --x11 matlab
91 
+```
92 
+
93 
+To exit MATLAB, select the **File** menu in the menu bar, then click **Exit MATLAB**.
94 
+![](matlab_example_01.png)
95 
+
96 
+The following login screen will be displayed when you start up the system for the first time.
97 
+If you are a Kyoto University member, please enter your university address (@kyoto-u.ac.jp or @st.kyoto-u.ac.jp).
98 
+![](matlab_initial_login.png)
99 
+
100 
+
101 
+#### CUI Mode
102 
+
103 
+You can start MATLAB by specifying the option and executing the following command.
104 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
105 
+
106 
+
107 
+
108 
+```nohighlight
109 
+$ tssrun matlab -nodesktop -nosplash
110 
+```
111 
+
112 
+You can exit MATLAB by executing the following command.
113 
+
114 
+```nohighlight
115 
+>> quit
116 
+```
117 
+
118 
+
119 
+
120 
+### Simulink{#simulink}
121 
+
122 
+Simulink is integrated with MATLAB and can be activated by entering the following command in the Command Window of MATLAB.
123 
+
124 
+
125 
+
126 
+```nohighlight
127 
+>> simulink
128 
+```
129 
+
130 
+
131 
+![](matlab_example_02.png)
132 
+
133 
+Execute the following command to exit Simulink.
134 
+
135 
+To exit Simulink, select the **File** menu in the menu bar, then click **Close**.
136 
+
137 
+
138 
+### MATLAB Compiler{#matlab_comp}
139 
+
140 
+You can create a stand-alone executable file by converting a MATLAB m file into a C or C++ source file and then compiling it.
141 
+
142 
+
143 
+#### How to compile
144 
+
145 
+To compile a source file, run MATLAB and enter the following command in the Command Window.
146 
+
147 
+
148 
+```nohighlight
149 
+>> mcc -m input_filename
150 
+```
151 
+
152 
+
153 
+
154 
+#### Input/Output files
155 
+
156 
+The input file name should be suffixed with m, e.g. xxxxxxxxxxx.m.
157 
+The output file will be generated as follows.
158 
+
159 
+
160 
+```nohighlight
161 
+「xxxxxxxx 」…executable file
162 
+「run_xxxxxxxx.sh」…Scripts for running executable files.
163 
+「xxxxxxxx_mcc_component_data.c」
164 
+「xxxxxxxx.prj」
165 
+「xxxxxxxx_main.c」
166 
+「mccExcludedFiles.log」
167 
+「readme.txt」
168 
+```
169 
+
170 
+
171 
+
172 
+### Calling  External Program From MATLAB{#matlab_excall}
173 
+
174 
+C or Fortran subroutines can be called from MATLAB like built-in functions by creating a MEX file.．
175 
+
176 
+To compile a source file, run MATLAB and enter the following command in the Command Window.
177 
+
178 
+
179 
+
180 
+```nohighlight
181 
+>> mex file_name
182 
+```
183 
+
184 
+
185 
+
186 
+## References{#references}
187 
+
188 
+
189 
+
190 
+### References in Japanese{#ref_ja}
191 
+
192 
+* [製品ドキュメンテーション（The MathWorks, Inc.）](http://www.mathworks.co.jp/access/helpdesk_ja_JP/help/helpdesk.html)
193 
+
194 
+
195 
+### References in English{#ref_en}
196 
+
197 
+* [Documentation Center （MathWorks, Inc.）](http://www.mathworks.co.jp/help/documentation-center.html)
198 
+
199 
+
200 
+## Links{#link}
201 
+
202 
+
203 
+
204 
+### External Links{#ex_link}
205 
+
206 
+* [The MathWorks, Inc.（The MathWorks, Inc.）](http://www.mathworks.co.jp/)
user/pages/09.software/38.matlab/docs.ja.md
History View file @452be89
0 207 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,202 @@
1 
+---
2 
+title: MATLAB
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション
23 
+を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください．
24 
+
25 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
26 
+
27 
+バージョン            | モジュールファイル名 | システムB/C/G  | クラウドシステム
28 
+--------------------  | -------------------- | -----          | -----
29 
+ 2023a                | matlab/R2023a        | KU             | -
30 
+ 2022b (default)      | matlab/R2022b        | KU             | -
31 
+
32 
+
33 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能<br>
34 
+\- ： 利用不可
35 
+
36 
+## 機能概要{#overview}
37 
+
38 
+
39 
+MATLABは、計算、可視化、プログラミング機能を統合した技術計算のための高性能言語です。エンジニアリングや科学技術問題の基本であるベクトルとマトリックスの演算をサポートしています。線形代数をはじめ偏微分方程式など、様々な数学的関数をデータ解析に利用でき、データ可視化のための 2次元／3次元画像関数を備えています。また、C、C++、Fortran といった他の言語のサブルーチンを組み込み関数のように呼び出すことができます。
40 
+
41 
+MATLABでは、基本機能以外に特別なクラスの問題に対応できるように拡張されMATLAB関数を集めたToolboxを用いることにより幅広い分野に対応できるようになっています。
42 
+
43 
+
44 
+### オプション{#option}
45 
+
46 
+* **Simulink**
47 
+
48 
+Simulink はマルチドメインシミュレーションやダイナミックシステム、および組込みシステムのモデルベースデザインのためのプラットフォームです。対話型グラフィカル環境およびブロックライブラリ群により、通信、制御、動画像処理、静止画像処理を含め、時間依存システムの設計、シミュレーション、実装、テストが可能です。
49 
+
50 
+
51 
+
52 
+### 利用分野{#app-area}
53 
+
54 
+* 信号・画像処理
55 
+* 通信システム設計
56 
+* 制御系設計
57 
+* 実験計測
58 
+* 金融工学におけるモデリングと解析
59 
+* コンピュータを利用した生命工学 など
60 
+
61 
+
62 
+### 利用可能なツールボックス{#toolbox}
63 
+
64 
+MATLAB起動後に、コマンドウィンドウで `ver` コマンドを入力することで確認いただけます。
65 
+
66 
+## 利用方法{#usage}
67 
+
68 
+
69 
+
70 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
71 
+
72 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
73 
+
74 
+
75 
+```nohighlight
76 
+$ module load matlab
77 
+```
78 
+
79 
+### MATLAB{#matlab}
80 
+
81 
+
82 
+#### GUIモード
83 
+
84 
+FastX, NiceDCV等X Window Systemが利用可能な環境でログインした後に、次のコマンドを実行するとMATLABが起動します。
85 
+tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
86 
+
87 
+
88 
+```nohighlight
89 
+$ tssrun --x11 matlab
90 
+```
91 
+
92 
+**メニューバー** の **File** 内にある **Exit MATLAB** をクリックするとMATLABが終了します。
93 
+![](matlab_example_01.png)
94 
+
95 
+
96 
+なお、初回起動時は以下のようなログイン画面が表示されます。京都大学構成員の方は全学アドレス
97 
+(@kyoto-u.ac.jp または @st.kyoto-u.ac.jp)を入力してください。
98 
+![](matlab_initial_login.png)
99 
+
100 
+
101 
+#### CUIモード
102 
+
103 
+次のオプションを指定し、コマンドを実行するとMATLABが起動します。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
104 
+
105 
+
106 
+```nohighlight
107 
+$ tssrun matlab -nodesktop -nosplash
108 
+```
109 
+
110 
+
111 
+次のコマンドを実行するとMATLABが終了します。
112 
+
113 
+
114 
+```nohighlight
115 
+>> quit
116 
+```
117 
+
118 
+### Simulink{#simulink}
119 
+
120 
+SimulinkはMATLAB環境と統合されており、MATLABの Command Window から以下のコマンドを入力することで、起動できます。
121 
+
122 
+
123 
+```nohighlight
124 
+>> simulink
125 
+```
126 
+
127 
+
128 
+![](matlab_example_02.png)
129 
+
130 
+次のコマンドを実行するとSimulinkが終了します。
131 
+
132 
+「メニューバー」の「File」内にある「Close」をクリックしするとSimulinkが終了します。
133 
+
134 
+
135 
+### MATLAB Compiler{#matlab_comp}
136 
+
137 
+MATLABのmファイルをC/C++のソースファイルに変換してコンパイルし、スタンドアローンで実行可能なファイルを作成することができます。
138 
+
139 
+
140 
+#### コンパイル方法
141 
+
142 
+MATLABを起動し、 Command Window から以下のコマンドを入力することで、コンパイルできます。
143 
+
144 
+
145 
+```nohighlight
146 
+>> mcc -m 入力ファイル名
147 
+```
148 
+
149 
+
150 
+
151 
+#### 入出力ファイル
152 
+
153 
+入力ファイル名は、xxxxxxxx.m のように、サフィックスに m を付けます。
154 
+出力ファイルは以下のようなものが生成されます。
155 
+
156 
+
157 
+```nohighlight
158 
+「xxxxxxxx 」…実行ファイル
159 
+「run_xxxxxxxx.sh」…実行ファイルを起動するためのスクリプト
160 
+「xxxxxxxx_mcc_component_data.c」
161 
+「xxxxxxxx.prj」
162 
+「xxxxxxxx_main.c」
163 
+「mccExcludedFiles.log」
164 
+「readme.txt」
165 
+```
166 
+
167 
+
168 
+
169 
+### MATLABからの外部プログラムの呼び出し{#matlab_excall}
170 
+
171 
+MEX-ファイルを作成することで、MATLABからCまたはFortranのサブルーチンを組み込み関数のように呼び出すことができます。
172 
+
173 
+MATLABを起動し、 Command Window から以下のコマンドを入力することで、コンパイルできます。
174 
+
175 
+
176 
+```nohighlight
177 
+>> mex ファイル名
178 
+```
179 
+
180 
+
181 
+
182 
+## 参考資料{#references}
183 
+
184 
+
185 
+
186 
+### 日本語{#ref_ja}
187 
+
188 
+* [製品ドキュメンテーション（The MathWorks, Inc.）](http://www.mathworks.co.jp/access/helpdesk_ja_JP/help/helpdesk.html)
189 
+
190 
+
191 
+### 英語{#ref_en}
192 
+
193 
+* [Documentation Center （MathWorks, Inc.）](http://www.mathworks.co.jp/help/documentation-center.html)
194 
+
195 
+
196 
+## リンク{#link}
197 
+
198 
+
199 
+
200 
+### 外部リンク{#ex_link}
201 
+
202 
+* [マスワークス公式日本語サイト（The MathWorks, Inc.）](http://www.mathworks.co.jp/)
user/pages/09.software/38.matlab/matlab_example_01.png
History View file @452be89
0 203 
new file mode 100644
1 204 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/38.matlab/matlab_example_01.png differ
user/pages/09.software/38.matlab/matlab_example_02.png
History View file @452be89
2 205 
new file mode 100644
3 206 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/38.matlab/matlab_example_02.png differ
user/pages/09.software/38.matlab/matlab_initial_login.png
History View file @452be89
4 207 
new file mode 100644
5 208 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/38.matlab/matlab_initial_login.png differ
user/pages/09.software/40.adams/adams_example_01.png
History View file @452be89
6 209 
new file mode 100644
7 210 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/40.adams/adams_example_01.png differ
user/pages/09.software/40.adams/adams_graphics.png
History View file @452be89
8 211 
new file mode 100644
9 212 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/40.adams/adams_graphics.png differ
user/pages/09.software/40.adams/adams_parallel.png
History View file @452be89
10 213 
new file mode 100644
11 214 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/40.adams/adams_parallel.png differ
user/pages/09.software/40.adams/docs.en.md
History View file @452be89
12 215 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,196 @@
1 
+---
2 
+title: MSC Adams
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Environment Settings{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### Software Version and System Requirements{#version}
21 
+
22 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
23 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
24 
+
25 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
26 
+
27 
+Version             | Module File Name | System B/C/G | Cloud System
28 
+-----------------   | -----                | -----          | -----
29 
+ 2022.3.1 (default) | adams/2022.3.1       | AU             | -
30 
+
31 
+\+ ： Available for all users
32 
+AU ： Available for academic users only
33 
+\- ： Not available
34 
+
35 
+### Available number of licenses{#license_limit}
36 
+
37 
+The number of parallels/users available at the same time has a limit.
38 
+If an error due to insufficient licenses occur, we may request you to cooperate with the use of your licenses.
39 
+
40 
+## Software Overview{#overview}
41 
+
42 
+Adams is a mechanism analysis software. By defining the initial conditions for the multi-body system(MBS) that is consists of multiple body elements(parts) and binding elements(joints), it simulates the energy or kinematic motion of each body element in chronological order.
43 
+Adams 2012 has integrated with MD Adams to supports MD Adams features.
44 
+
45 
+
46 
+
47 
+
48 
+### Software Features{#functions}
49 
+
50 
+Adams consists of general-purpose basic products and plugins that respond to analysis needs.
51 
+
52 
+* Basic applications for mechanism analysis
53 
+
54 
+
55 
+    * Adams Solver（a solver for mechanistic model analysis）
56 
+    * Adams View（a GUI for creating the mechanistic model）
57 
+    * Adams Exchange（a function of CAD reading （intermediate） ）
58 
+* Plugin for interdisciplinary area analysis
59 
+
60 
+    * Adams Control（a function of co-simulation with control system model）
61 
+    * Adams Flex（an interface for creating an elastic body (available for entering the MSC Nastran Master DB）)
62 
+    * Adams Linear（a solver for eigenvalue computation (available for outputting the MSC Nastran BDF) ）
63 
+    * Adams Vibration（a solver for frequency response computing of mechanistic model）
64 
+    * Adams Durability（stress recovery function plus a interface for MSC Fatigue）
65 
+* Plugin for automotive design
66 
+
67 
+    * Adams Car（running car analysis function）
68 
+    * Adams Tire FTire（a tire for riding quality analysis）
69 
+    * Adams Leafspring Toolkit（special tools for leaf spring design）
70 
+* Plugin for mechanical design
71 
+
72 
+    * Adams Gear Advanced Technology Toolkit（special tools for elastic gear design）
73 
+    * Adams Bearing Advanced Technology Toolkit（special tools for elastic bearing design）
74 
+
75 
+
76 
+## How to Use{#usage}
77 
+
78 
+### Prerequisite {#prerequisite}
79 
+
80 
+Adams is a GUI application and therefore requires an X Window environment.
81 
+
82 
+Login to the system using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or use SSH client software that supports X11 Forwarding (e.g. [MobaXterm](/login/mobaxterm)) and X11 servers available on Windows, which is available to start GUI applications.
83 
+
84 
+
85 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#envset}
86 
+
87 
+Set up the environment by executing the module command. (Load the version of the module file which you want to use.)
88 
+
89 
+
90 
+```nohighlight
91 
+$ module load adams
92 
+```
93 
+
94 
+### How to Start{#start}
95 
+
96 
+To start Adams, execute the following command. Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
97 
+
98 
+
99 
+```nohighlight
100 
+$ tssrun --x11 mdi
101 
+```
102 
+
103 
+
104 
+![](adams_example_01.png)
105 
+
106 
+
107 
+#### Use of threaded parallel computing{#parallel}
108 
+
109 
+**※If you have a personal course queue or group course queue, please use the application with the aforementioned queues when using parallel calculations.**
110 
+
111 
+When executing the tssrun command, specify the number of thread parallels with the --rsc option.
112 
+
113 
+Example 1:  4 parallel execution...Specify a value of t and c  as 4.
114 
+
115 
+```nohighlight
116 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4 mdi
117 
+```
118 
+
119 
+Example 2: When you want to increase the available memory... specify the value of m (if not specified, the value will be 3413 MB).
120 
+
121 
+```nohighlight
122 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4:m=10G mdi
123 
+```
124 
+
125 
+After starting Adams View from the Adams toolbar and before running the analysis, specify the number of parallels by making the following settings.
126 
+
127 
+[Simulation]→[gear mark（Simulation Control）]→[Simulation
128 
+Settings]→[More]→Set [Category]  to "Executable" →Set [Thread Count] （Enter 4 if you want to execute 4 in parallel.）
129 
+
130 
+![](adams_parallel.png)
131 
+
132 
+### Setting Up Graphics Library{#env-graphics}
133 
+
134 
+Please change the setting of graphics library to X11 by following the steps below:
135 
+
136 
+1.  Right-click the **MSC** button on the Adams tool bar, then click “**Start Registry Editor**” to display the **Registry Editor** dialog box.
137 
+2.  In the **Registry Editor** dialog box, select “**Aview**” > “**Preferences**” > “**Graphics**” from the left menu.
138 
+3.  In the right of the dialog, select “**X11**” for “**Graphics_Driver**”, then click “**OK**”.
139 
+
140 
+![](adams_graphics.png)
141 
+
142 
+
143 
+### Displaying Menus in Japanese{#japanese}
144 
+
145 
+Menus of **Adams/View** can be viewed in Japanese by setting an environment variable below when start up Adams.
146 
+
147 
+
148 
+#### In the case of tcsh
149 
+
150 
+
151 
+```nohighlight
152 
+$ setenv ADAMS_GUI_LOCALE japanese
153 
+$ setenv MDI_GUI_FONT_FAMILY -dt-gothic-bold-i-normal
154 
+```
155 
+
156 
+
157 
+
158 
+#### In the case of bash
159 
+
160 
+
161 
+```nohighlight
162 
+$ export ADAMS_GUI_LOCALE=japanese
163 
+$ export MDI_GUI_FONT_FAMILY=-dt-gothic-bold-i-normal
164 
+```
165 
+
166 
+Please note that even though Japanese display is successfully completed, a warning message is displayed about text font of Message Window.
167 
+
168 
+
169 
+## References{#references}
170 
+
171 
+
172 
+
173 
+### References In Japanese{#ref_ja}
174 
+
175 
+[Adams ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=15M9BU&channel=DOCUMENTATION)
176 
+
177 
+
178 
+### References In English{#ref_en}
179 
+
180 
+[Adams Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=15M9BU&channel=DOCUMENTATION)
181 
+
182 
+
183 
+## Links{#link}
184 
+
185 
+
186 
+
187 
+### External Links{#ex_link}
188 
+
189 
+[Adams （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/adams/)
190 
+
191 
+<!--
192 
+
193 
+## 講習会{#seminar}
194 
+
195 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
196 
+-->
user/pages/09.software/40.adams/docs.ja.md
History View file @452be89
0 197 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,197 @@
1 
+---
2 
+title: MSC Adams
3 
+media_order: 'adams_example_01.png,adams_graphics.png,adams_parallel.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+
21 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
22 
+
23 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
24 
+
25 
+module avail コマンドにて、利用できるモジュールファイル一覧が確認できます。
26 
+
27 
+バージョン          | モジュールファイル名 | システムB/C/G  | クラウドシステム
28 
+-----------------   | -----                | -----          | -----
29 
+ 2022.3.1 (default) | adams/2022.3.1       | AU             | -
30 
+
31 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
32 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
33 
+\- ： 利用不可
34 
+
35 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
36 
+
37 
+同時に利用可能な並列数/ユーザ数には上限があります。
38 
+ライセンスの不足によるエラーが生じた場合は、ライセンスの利用に関してご協力を依頼することがあります。
39 
+
40 
+
41 
+## 機能概要{#overview}
42 
+
43 
+
44 
+Adamsは、複数のボディ要素（部品）と拘束要素（ジョイント）で構成されたMBS（Multi Body System）に初期条件を定義することで、各部品に発生する力や運動を時系列にてシミュレートすることができる機構解析ソフトウェアです。
45 
+なお、Adams 2012 以降では、MD Adams との製品統合が行われ、MD Adamsの機能が使えるようになりました。
46 
+
47 
+
48 
+### 機能{#functions}
49 
+
50 
+Adamsは、汎用的に使用できる基本プロダクトと解析ニーズに対応したプラグインにより構成されています。
51 
+
52 
+* 機構解析用基本アプリケーション
53 
+
54 
+    * Adams Solver（機構モデル解析用ソルバー）
55 
+    * Adams View（機構モデル作成用GUI）
56 
+    * Adams Exchange（CADデータ読込機能（中間形式） ）
57 
+* 複合領域解析向けプラグイン
58 
+
59 
+    * Adams Control（制御系モデルとのCo-Simulation 機能）
60 
+    * Adams Flex（弾性体作成インターフェース（MSC Nastran Master DB 入力も可能））
61 
+    * Adams Linear（固有値計算ソルバー（MSC Nastran BDF 出力も可能） ）
62 
+    * Adams Vibration（機構モデルの周波数応答計算ソルバー）
63 
+    * Adams Durability（応力リカバリ機能+MSC Fatigue用インターフェース）
64 
+* 自動車設計向けプラグイン
65 
+
66 
+    * Adams Car（車両走行解析機能）
67 
+    * Adams Tire FTire（乗心地解析用タイヤ）
68 
+    * Adams Leafspring Toolkit（リーフスプリング設計専用ツール）
69 
+* 機械設計向けプラグイン
70 
+
71 
+    * Adams Gear Advanced Technology Toolkit（弾性体ギア設計専用ツール）
72 
+    * Adams Bearing Advanced Technology Toolkit（弾性体ベアリング設計専用ツール）
73 
+
74 
+
75 
+## 利用方法{#usage}
76 
+
77 
+### 前提条件 {#prerequisite}
78 
+
79 
+Adams はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
80 
+
81 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
82 
+
83 
+
84 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#envset}
85 
+
86 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
87 
+
88 
+
89 
+```nohighlight
90 
+$ module load adams
91 
+```
92 
+
93 
+### 起動方法{#start}
94 
+
95 
+
96 
+次のコマンドを実行するとAdamsが起動します。 tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
97 
+
98 
+
99 
+```nohighlight
100 
+$ tssrun --x11 mdi
101 
+```
102 
+
103 
+
104 
+![](adams_example_01.png)
105 
+
106 
+
107 
+#### スレッド並列計算の利用{#parallel}
108 
+
109 
+**※パーソナルコースキューやグループコースキューをお持ちの方は、並列計算をご利用の際は前述のキューでアプリをご利用ください。**
110 
+
111 
+tssrun コマンドを実行の際に、 --rsc オプションでスレッド並列数を指定します。
112 
+
113 
+例1：4並列実行... t,cの値を4に指定します
114 
+
115 
+```nohighlight
116 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4 mdi
117 
+```
118 
+
119 
+例2：利用可能メモリも増量する場合... mの値も指定します（何も指定しないと3413MBとなります）
120 
+
121 
+```nohighlight
122 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4:m=10G mdi
123 
+```
124 
+
125 
+AdamsツールバーからAdams Viewを起動後、解析の実行前に下記の設定を行って、並列数を指定してください。
126 
+
127 
+[Simulation]→[ギアマーク（Simulation Control）]→[Simulation
128 
+Settings]→[More]→[Category] を "Executable" に→[Thread Count] を設定（4並列で実行したければ4を入力）
129 
+
130 
+![](adams_parallel.png)
131 
+
132 
+### グラフィックスライブラリの設定{#env-graphics}
133 
+
134 
+以下の手順によりグラフィックスライブラリの設定をX11に切り替えてください。
135 
+
136 
+1.  AdamsツールバーのMSCボタンを右クリックし、 **Start Registry Editor** を選択します。
137 
+2.  **Registry Editor** ダイアログが表示されますので、左側のツリーで、 **AView** => **Preferences** => **Graphics** を選択します。
138 
+3.  右側の設定画面で、 **Graphics_Driver** を **X11** に設定し、 **OK** ボタンを押します。
139 
+
140 
+![](adams_graphics.png)
141 
+
142 
+
143 
+### メニューの日本語化{#japanese}
144 
+
145 
+以下の環境変数を設定した上で、Adamsを起動すると、 **Adams/View** のメニューを日本語化することができます。
146 
+
147 
+
148 
+#### tcshの場合
149 
+
150 
+
151 
+```nohighlight
152 
+$ setenv ADAMS_GUI_LOCALE japanese
153 
+$ setenv MDI_GUI_FONT_FAMILY -dt-gothic-bold-i-normal
154 
+```
155 
+
156 
+
157 
+
158 
+#### bashの場合
159 
+
160 
+
161 
+```nohighlight
162 
+$ export ADAMS_GUI_LOCALE=japanese
163 
+$ export MDI_GUI_FONT_FAMILY=-dt-gothic-bold-i-normal
164 
+```
165 
+
166 
+
167 
+なお、日本語表示に成功した場合でも、Adams/View の Message Window にフォントに関する WARNING が表示されます。
168 
+
169 
+
170 
+## 参考資料{#references}
171 
+
172 
+
173 
+
174 
+### 日本語{#ref_ja}
175 
+
176 
+[Adams ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=15M9BU&channel=DOCUMENTATION)
177 
+
178 
+
179 
+### 英語{#ref_en}
180 
+
181 
+[Adams Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=15M9BU&channel=DOCUMENTATION)
182 
+
183 
+
184 
+## リンク{#link}
185 
+
186 
+
187 
+
188 
+### 外部リンク{#ex_link}
189 
+
190 
+[Adams （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/adams/)
191 
+
192 
+<!--
193 
+
194 
+## 講習会{#seminar}
195 
+
196 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
197 
+-->
user/pages/09.software/41.nastran/docs.en.md
History View file @452be89
0 198 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,154 @@
1 
+---
2 
+title: 'MSC Nastran'
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
18 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
19 
+
20 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
21 
+
22 
+Version           | Module File Name | System B/C/G   |  Cloud System
23 
+-----------------  | -----                | -----          | -----
24 
+ 2022.3 (default)  | nastran/2022.3       | AU             | -
25 
+
26 
+
27 
+\+ ： Available for all users
28 
+AU ： Available for academic users only
29 
+\- ： Not available
30 
+
31 
+### Available number of licenses{#license_limit}
32 
+
33 
+The number of parallels/users available at the same time has a limit.
34 
+If an error due to insufficient licenses occur, we may request you to cooperate with the use of your licenses.
35 
+
36 
+
37 
+## Software Overview{#overview}
38 
+
39 
+MSC Nastran is a general purpose structural analysis program that allows users to analyze a wide range of data of a part to the whole. In addition to the existing analysis capabilities, the composite area simulation capability is able to conduct simulations in the area of high-standard implicit non-linear analysis including traditional linear static analysis, various dynamic analysis, design optimization analysis, thermal analysis, and 3D contact, as well as explicit non-linear analysis for high-speed phenomena such as collision and shock analysis and drop analysis.
40 
+
41 
+
42 
+### Software Features{#functions}
43 
+
44 
+* Linear and non-linear analysis, static and dynamic analysis
45 
+* Real eigenvalue analysis
46 
+* Frequency response analysis
47 
+* Transient response analysis
48 
+* Random response analysis
49 
+* Acoustic-structure coupled analysis
50 
+* Impact analysis
51 
+* Optimization analysis
52 
+* Combining with Marc
53 
+* Combining with Adams, etc.
54 
+
55 
+
56 
+## How to Use{#usage}
57 
+
58 
+
59 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#env-set}
60 
+
61 
+Set up the environment by executing the module command. (Load the version of the module file which you want to use.)
62 
+
63 
+```nohighlight
64 
+$ module load nastran
65 
+```
66 
+
67 
+
68 
+
69 
+### Running in Interactive Mode{#tss}
70 
+
71 
+
72 
+#### Format
73 
+
74 
+To start the program, execute the following command.
75 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
76 
+
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ tssrun nast input file [option ...] batch=no
80 
+```
81 
+
82 
+### Submitting Batch Job by the subnastran Command{#subnastran}
83 
+
84 
+
85 
+The subnastran command is provided to make job execution simpler.
86 
+This allows you to run a batch job without writing an job script.
87 
+
88 
+#### Format
89 
+
90 
+
91 
+```nohighlight
92 
+$ subnastran queue_name input_file  [qsub option ...] [Nastran option ...]
93 
+     Nastran option
94 
+       smp=(The number of parallels)    Shared Memory Parallel (default:  smp=1)
95 
+```
96 
+
97 
+#### Example
98 
+
99 
+
100 
+```nohighlight
101 
+$ subnastran eb d0307.dat smp=4
102 
+```
103 
+
104 
+After the completion of the job execution, a new execution result file is generated in addition to the input file, as follows.
105 
+
106 
+
107 
+* Job processing result file
108 
+
109 
+    * B072615.o443917 ---- Standard output file
110 
+    * B072615.e443917 ---- Error file
111 
+*  Output file（Created with the same name as the input file name）
112 
+
113 
+    * d0307.f04 ----Execution summary file
114 
+    * d0307.log ----Log file
115 
+    * d0307.f06 ----Analysis result file
116 
+
117 
+(Note) Please note that if you execute the job several times with the same input file name, a number of files numbered as follows will be created for each execution result files.  If you execute a job four consecutive times, the file names will be shown as follows:
118 
+
119 
+* Result file
120 
+
121 
+    * d0307.f06 （the fourth job, the latest）
122 
+    * d0307.f06.1（the first job, the oldest）
123 
+    * d0307.f06.2（the second job）
124 
+    * d0307.f06.3（the third job）
125 
+
126 
+
127 
+## References{#references}
128 
+
129 
+
130 
+
131 
+### References In Japanese{#ref_ja}
132 
+
133 
+* [MSC Nastran ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MSC__MD_NASTRAN_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
134 
+
135 
+
136 
+### References In English{#ref_en}
137 
+
138 
+* [MSC Nastran Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MSC__MD_NASTRAN_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
139 
+
140 
+
141 
+## Links{#link}
142 
+
143 
+
144 
+
145 
+### External Links{#ex_link}
146 
+
147 
+* [MSC.Nastran （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/nastran/)
148 
+
149 
+
150 
+<!--
151 
+## 講習会{#seminar}
152 
+
153 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
154 
+-->
user/pages/09.software/41.nastran/docs.ja.md
History View file @452be89
0 155 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,157 @@
1 
+---
2 
+title: 'MSC Nastran'
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
23 
+
24 
+module avail コマンドにて、利用できるモジュールファイル一覧が確認できます。
25 
+
26 
+バージョン         | モジュールファイル名 | システムB/C/G  | クラウドシステム
27 
+-----------------  | -----                | -----          | -----
28 
+ 2022.3 (default)  | nastran/2022.3       | AU             | -
29 
+
30 
+
31 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
32 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
33 
+\- ： 利用不可
34 
+
35 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
36 
+
37 
+同時に利用可能な並列数/ユーザ数には上限があります。
38 
+ライセンスの不足によるエラーが生じた場合は、ライセンスの利用に関してご協力を依頼することがあります。
39 
+
40 
+
41 
+## 機能概要{#overview}
42 
+
43 
+
44 
+MSC Nastranは、部品レベルから複雑な構造物全体まで、幅広い解析を行うことができる汎用構造解析プログラムです。基本解析機能に加えて、複合領域シミュレーション機能により、従来の線形静解析、様々な動解析、設計最適化解析、熱解析、3D接触を含む高度な陰解法非線形解析、衝突・衝撃解析、さらに落下解析などの高速現象のための陽解法非線形解析などの領域のシミュレーションを行えます。
45 
+
46 
+
47 
+### 機能{#functions}
48 
+
49 
+* 線形・非線形、静的・動的解析
50 
+* 実固有値解析
51 
+* 周波数応答解析
52 
+* 過渡応答解析
53 
+* ランダム応答解析
54 
+* 音響-構造連成解析
55 
+* 衝撃・衝突解析
56 
+* 最適化解析
57 
+* Marcとの連成
58 
+* Adamsとの連成  など
59 
+
60 
+
61 
+## 利用方法{#usage}
62 
+
63 
+
64 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env-set}
65 
+
66 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
67 
+
68 
+
69 
+```nohighlight
70 
+$ module load nastran
71 
+```
72 
+
73 
+
74 
+
75 
+### 会話型での実行{#tss}
76 
+
77 
+
78 
+#### 形式
79 
+
80 
+次のコマンドでプログラムを起動することが可能です。
81 
+tssrun コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
82 
+
83 
+```nohighlight
84 
+$ tssrun nast 入力ファイル [オプション ...] batch=no
85 
+```
86 
+
87 
+### subnastranコマンドでのバッチジョブ実行{#subnastran}
88 
+
89 
+ジョブ投入を簡略化するために、subnastranコマンドを用意しています。ジョブスクリプトを記述せずに、バッチ実行を行えます。
90 
+
91 
+#### 形式
92 
+
93 
+
94 
+```nohighlight
95 
+$ subnastran キュー名 入力ファイル [qsub option ...] [Nastran option ...]
96 
+     Nastran option
97 
+       smp=(並列数)    Shared Memory Parallel (default:  smp=1)
98 
+```
99 
+
100 
+#### 例
101 
+
102 
+
103 
+```nohighlight
104 
+$ subnastran eb d0307.dat smp=4
105 
+```
106 
+
107 
+
108 
+ジョブの実行が終了後は、入力ファイル以外に新たに以下のような実行結果ファイルが生成されます。
109 
+
110 
+* ジョブ処理結果ファイル
111 
+
112 
+    * B072615.o443917 ---- 標準出力ファイル
113 
+    * B072615.e443917 ---- エラーファイル
114 
+* 出力ファイル（入力ファイル名と同じ名前で作成されます）
115 
+
116 
+    * d0307.f04 ----実行要約ファイル
117 
+    * d0307.log ----ログファイル
118 
+    * d0307.f06 ----解析結果ファイル
119 
+
120 
+（注意）同じ入力ファイル名で、ジョブを何度も実行すれば、実行結果ファイル毎に以下のように番号が付与されたファイルがいくつも作成されるのでご注意ください。ジョブを続けて4件実行した場合のファイル名との関係を以下に示します。
121 
+
122 
+* 結果ファイル
123 
+
124 
+    * d0307.f06 （4件目実行ジョブ。最新ジョブ）
125 
+    * d0307.f06.1（1件目実行ジョブ。最も古いジョブ）
126 
+    * d0307.f06.2（2件目実行ジョブ）
127 
+    * d0307.f06.3（3件目実行ジョブ）
128 
+
129 
+
130 
+## 参考資料{#references}
131 
+
132 
+
133 
+
134 
+### 日本語{#ref_ja}
135 
+
136 
+* [MSC Nastran ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MSC__MD_NASTRAN_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
137 
+
138 
+
139 
+### 英語{#ref_en}
140 
+
141 
+* [MSC Nastran Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MSC__MD_NASTRAN_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
142 
+
143 
+
144 
+## リンク{#link}
145 
+
146 
+
147 
+
148 
+### 外部リンク{#ex_link}
149 
+
150 
+* [MSC.Nastran （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/nastran/)
151 
+
152 
+
153 
+<!--
154 
+## 講習会{#seminar}
155 
+
156 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
157 
+-->
user/pages/09.software/42.patran/docs.en.md
History View file @452be89
0 158 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,136 @@
1 
+---
2 
+title: MSC Patran
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+### Software Version and System Requirements{#version}
14 
+
15 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
16 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
17 
+
18 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
19 
+
20 
+Version         |  Module File Name  |  System B/C/G    |  Cloud System
21 
+-----------------  |  -----                 |  -----          |  -----
22 
+ 2022.3 (default)  |  patran/2022.3         |  AU             |  -
23 
+
24 
+\+ ： Available for all users
25 
+AU ： Available for academic users only
26 
+\- ： Not available
27 
+
28 
+### Available number of licenses{#license_limit}
29 
+
30 
+The number of parallels/users available at the same time has a limit.
31 
+If an error due to insufficient licenses occur, we may request you to cooperate with the use of your licenses.
32 
+
33 
+
34 
+## Software Overview{#overview}
35 
+
36 
+Patran is a function-rich, integrated-environment CAE pre- and post-software, which is easy to use for engineers who conduct simulations. It imports CAD forms accurately through its direct interface that supports major 3D CAD systems.
37 
+It also has high-standard mesh creation and visualization functions, as well as flexible customization capability.
38 
+
39 
+
40 
+
41 
+### Areas of Application{#app_area}
42 
+
43 
+* Aerospace
44 
+* Automobile
45 
+* Shipbuilding
46 
+* Medical
47 
+
48 
+
49 
+## How to Use{#usage}
50 
+
51 
+Since Patran is a GUI application, it requires an X Window environment.
52 
+
53 
+Login to the system using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or using SSH client software that supports X11 Forwarding (e.g. [MobaXterm](/login/mobaxterm)) and X11 servers available on Windows, which can start GUI applications.
54 
+
55 
+
56 
+### Environment settings（Executing the module command）{#env_set}
57 
+
58 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
59 
+
60 
+
61 
+
62 
+```nohighlight
63 
+$ module load patran
64 
+```
65 
+
66 
+By configuring Patran, the job-management commands which are offered on the supercomputer system: **qstat** and **qkill** will compete with the Patran’s commands. Since the qstat and qkill are also offered as the **jobstat** and **jobkill**, please use the latter.
67 
+
68 
+
69 
+### How to Start up Patran{#start}
70 
+
71 
+You can start Patran by executing the following command.
72 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
73 
+
74 
+```nohighlight
75 
+$ tssrun --x11 patran
76 
+```
77 
+
78 
+
79 
+![](patran_example_01.png)
80 
+
81 
+Click on **Quit** in **File** in the **Menu bar** to exit the Patran.
82 
+
83 
+
84 
+#### Use of threaded parallel computing{#parallel}
85 
+
86 
+**※If you have a personal course queue or group course queue, please use the application with the aforementioned queues when using parallel calculations.**
87 
+
88 
+When executing the tssrun command, specify the number of thread parallels with the --rsc option.
89 
+
90 
+Example 1:  4 parallel execution...Specify a value of t and c  as 4.
91 
+
92 
+```nohighlight
93 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4 patran
94 
+```
95 
+
96 
+Example 2: When you want to increase the available memory... specify the value of m (if not specified, the value will be the default value for each system).
97 
+
98 
+```nohighlight
99 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4:m=10G patran
100 
+```
101 
+After starting the GUI and before running the analysis, make the following settings to specify the number of parallels. Please note that the parallelization is effective only for a fatigue calculation process. Therefore, if no fatigue calculation is performed (fatigue life calculation is not selected as output request for calculation results), the setting is ignored.
102 
+
103 
+[Analysis]→[Solution Type]→[Solution Parameters]→[Fatigue Parameters]→[Number of Threads] （Enter 4 if you want to execute 4 parallel.）
104 
+
105 
+![](patran_parallel.png)
106 
+
107 
+
108 
+
109 
+## References{#references}
110 
+
111 
+
112 
+
113 
+### References In Japanese{#ref_ja}
114 
+
115 
+[Patran ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=1OJD&channel=DOCUMENTATION)
116 
+
117 
+
118 
+### References In English{#ref_en}
119 
+
120 
+[Patran Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=PATRAN_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
121 
+
122 
+
123 
+## Links{#link}
124 
+
125 
+
126 
+
127 
+### External Links{#ex_link}
128 
+
129 
+[Patran （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/patran/)
130 
+
131 
+
132 
+<!--
133 
+## 講習会{#seminar}
134 
+
135 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
136 
+-->
user/pages/09.software/42.patran/docs.ja.md
History View file @452be89
0 137 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,140 @@
1 
+---
2 
+title: MSC Patran
3 
+media_order: 'patran_parallel.png,patran_example_01.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
20 
+
21 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
22 
+
23 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
24 
+
25 
+バージョン         |  モジュールファイル名  |  システムB/C/G  |  クラウドシステム
26 
+-----------------  |  -----                 |  -----          |  -----
27 
+ 2022.3 (default)  |  patran/2022.3         |  AU             |  -
28 
+
29 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
30 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
31 
+\- ： 利用不可
32 
+
33 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
34 
+
35 
+同時に利用可能な並列数/ユーザ数には上限があります。
36 
+ライセンスの不足によるエラーが生じた場合は、ライセンスの利用に関してご協力を依頼することがあります。
37 
+
38 
+
39 
+## 機能概要{#overview}
40 
+
41 
+
42 
+Patranはシミュレーションを行うエンジニアに使いやすく、豊富な機能を提供するCAE統合環境プリ・ポストソフトウェアです。主要な3次元CADシステムに対応するダイレクトインターフェイスを介して、正確なCAD形状のインポートを行います。さらに、高水準のメッシュ作成機能や可視化機能、柔軟なカスタマイゼーション機能などが利用できます。
43 
+
44 
+
45 
+### 利用分野{#app_area}
46 
+
47 
+* 航空宇宙
48 
+* 自動車
49 
+* 造船
50 
+* 医療
51 
+
52 
+
53 
+## 利用方法{#usage}
54 
+
55 
+Patran はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
56 
+
57 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
58 
+
59 
+
60 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
61 
+
62 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
63 
+
64 
+
65 
+```nohighlight
66 
+$ module load patran
67 
+```
68 
+
69 
+
70 
+Patranの環境設定を行うことにより、スーパーコンピュータシステムで提供しているジョブ管理用のコマンド **qstat** および **qkill** が、Patranのコマンドと競合します。これら2つのジョブ管理用コマンドについては、 **jobstat** および **jobkill** という名称でも提供していますので、別名の方をご利用ください。
71 
+
72 
+
73 
+### 起動方法{#start}
74 
+
75 
+次のコマンドを実行するとPatranが起動します。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
76 
+
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ tssrun --x11 patran
80 
+```
81 
+
82 
+
83 
+![](patran_example_01.png)
84 
+
85 
+**メニューバー** の **File** 内にある **Quit** をクリックするとPatranが終了します。
86 
+
87 
+
88 
+#### スレッド並列計算の利用{#parallel}
89 
+
90 
+**※パーソナルコースキューやグループコースキューをお持ちの方は、並列計算をご利用の際は前述のキューでアプリをご利用ください。**
91 
+tssrun コマンドを実行の際に、 --rsc オプションでスレッド並列数を指定します。
92 
+
93 
+例1：4並列実行... t,cの値を4に指定します
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4 patran
97 
+```
98 
+
99 
+例2：利用可能メモリも増量する場合... mの値も指定します（何も指定しないと各システムのデフォルト値となります）
100 
+
101 
+```nohighlight
102 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4:m=10G patran
103 
+```
104 
+
105 
+GUIの起動後、解析の実行前に下記の設定を行って、並列数を指定してください。なお、並列計算は疲労計算過程に対してのみ有効です。このため、疲労計算を行わない場合（計算結果の出力要求として疲労寿命を選択していない場合）は設定は無視されます。
106 
+
107 
+[Analysis]→[Solution Type]→[Solution Parameters]→[Fatigue Parameters]→[Number of Threads] （4並列で実行したければ4を入力）
108 
+
109 
+![](patran_parallel.png)
110 
+
111 
+
112 
+
113 
+## 参考資料{#references}
114 
+
115 
+
116 
+
117 
+### 日本語{#ref_ja}
118 
+
119 
+[Patran ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=1OJD&channel=DOCUMENTATION)
120 
+
121 
+
122 
+### 英語{#ref_en}
123 
+
124 
+[Patran Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=PATRAN_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
125 
+
126 
+
127 
+## リンク{#link}
128 
+
129 
+
130 
+
131 
+### 外部リンク{#ex_link}
132 
+
133 
+[Patran （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/patran/)
134 
+
135 
+
136 
+<!--
137 
+## 講習会{#seminar}
138 
+
139 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
140 
+-->
user/pages/09.software/42.patran/patran_example_01.png
History View file @452be89
0 141 
new file mode 100644
1 142 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/42.patran/patran_example_01.png differ
user/pages/09.software/42.patran/patran_parallel.png
History View file @452be89
2 143 
new file mode 100644
3 144 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/42.patran/patran_parallel.png differ
user/pages/09.software/43.marc/docs.en.md
History View file @452be89
4 145 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,205 @@
1 
+---
2 
+title: MSC Marc
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
18 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
19 
+
20 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
21 
+
22 
+Version               | Module File Name | System B/C/G | Cloud System
23 
+---------------    |  -----               |  -----        | -----
24 
+ 2022.3 (default)  |  marc/2022.3         |  AU           | -
25 
+
26 
+\+ ： Available for all users
27 
+AU ：Available for academic users only
28 
+\- ： Not available
29 
+
30 
+### Available number of licenses{#license_limit}
31 
+
32 
+The number of parallels/users available at the same time has a limit.
33 
+If an error due to insufficient licenses occur, we may request you to cooperate with the use of your licenses.
34 
+
35 
+
36 
+## Software Overview{#overview}
37 
+
38 
+MSC.Marc is a nonlinear common-use structural analysis program using the finite element method. This program performs numerical analysis such as structural analysis, heat conduction analysis, acoustic analysis, and static electric field analysis.
39 
+Its dedicated interactive pre- and post-processor [Msc.Marc Mentat](/apps/mentat) allows you to make finite element models and view analysis results.
40 
+
41 
+
42 
+### Software Features{#functions}
43 
+
44 
+Marc consists of the following libraries, and you can conduct various analysis by combining them.
45 
+
46 
+* Analysis library
47 
+    * Structural analysis library
48 
+    * Non-structural analysis library
49 
+    * Combined structure library
50 
+* Element library
51 
+* Material library
52 
+* Function library
53 
+
54 
+
55 
+
56 
+### Areas of Application{#app-area}
57 
+
58 
+* Aerospace
59 
+* Heavy industry
60 
+* Automobile
61 
+* Electronics, electron
62 
+* Construction
63 
+* Medical care, etc.
64 
+
65 
+
66 
+
67 
+## How to Use{#usage}
68 
+
69 
+
70 
+
71 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#env-set}
72 
+
73 
+Set up the environment by executing the module command. (Load the version of the module file which you want to use.)
74 
+
75 
+
76 
+```nohighlight
77 
+$ module load marc
78 
+```
79 
+
80 
+### Running in Interactive Mode{#tss}
81 
+
82 
+
83 
+#### Format
84 
+
85 
+
86 
+```nohighlight
87 
+$ tssrun run_marc -j 入力ファイル -b no （オプション指定）
88 
+```
89 
+
90 
+
91 
+#### Example　Interactive Operation (foreground)
92 
+
93 
+
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+$ tssrun run_marc -j sample.dat  -b no
97 
+```
98 
+
99 
+
100 
+
101 
+<!--
102 
+#### 例 MPIプロセス数 4で並列実行
103 
+
104 
+MPI並列で実行する場合、 **-nps** オプションで並列数を指定した上で、 **tssrun** コマンドを使用する必要があります。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
105 
+
106 
+
107 
+```nohighlight
108 
+$ tssrun --rsc p=4 run_marc -j sample -b no -nps 4
109 
+```
110 
+
111 
+-->
112 
+
113 
+#### Example Parallel execution with 4 threads
114 
+
115 
+To run in thread parallel, the number of threads must be specified with the **-nthread** option and the **tssrun** command must be used.
116 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the**tssrun** command.
117 
+
118 
+
119 
+
120 
+```nohighlight
121 
+$ tssrun --rsc t=4:c=4:m=20G run_marc -j sample -b no -nthread 4
122 
+```
123 
+
124 
+### Running in Batch Mode{#batch}
125 
+
126 
+Specify the **-q f -v n** option in addition to the input file specification by the **-j** option in the batch script.
127 
+Please refer to  [Batch Processing](/run/batch) for how to use batch.
128 
+
129 
+
130 
+<!--
131 
+#### バッチスクリプトの例 (MPI 4並列)
132 
+
133 
+
134 
+```nohighlight
135 
+#!/bin/bash
136 
+#============ LSF Options ============
137 
+#SBATCH -p gr19999b
138 
+#SBATCH -t 1:00:00
139 
+#SBATCH --rsc p=4:t=1:c=1:m=3413M
140 
+#============ Shell Script ============
141 
+module load marc
142 
+run_marc -j sample -b no -v n -nps $SLURM_NTASKS
143 
+```
144 
+-->
145 
+
146 
+#### Example of a batch script (SMP 4 parallel)
147 
+
148 
+
149 
+```nohighlight
150 
+#!/bin/bash
151 
+#============ LSF Options ============
152 
+#SBATCH -p gr19999b
153 
+#SBATCH -t 1:00:00
154 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=20G
155 
+#============ Shell Script ============
156 
+module load marc
157 
+run_marc -j sample -b no -v n -nthread $OMP_NUM_THREADS
158 
+```
159 
+
160 
+### Available Options{#option}
161 
+
162 
+Options              |  Description
163 
+---------------- | ----------------------------------------------------------------
164 
+ -j 　jid        |    Specifying the input file (\*.dat)
165 
+ -b  no          |   Specifying foreground
166 
+ -v 　{y,n}      |   Checking the input file
167 
+ -nthread num   |   the number of parallel threads
168 
+ -cpu sec       |    CPU time limit
169 
+ -prog progname |   Running the executable program “progname.marc” that was run in the previous job
170 
+ -user username |   Creating a new executable program “username.marc” using a user subroutine “username.f”
171 
+
172 
+
173 
+
174 
+<!--
175 
+ -np num        |   MPI(プロセス)並列数
176 
+ -nps num        |   MPI(プロセス)並列数 (for single input file)
177 
+-->
178 
+
179 
+## References{#references}
180 
+
181 
+
182 
+
183 
+### References in Japanese{#ref_ja}
184 
+
185 
+[Marc & Mentat Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=11OR46&channel=DOCUMENTATION)
186 
+
187 
+
188 
+### References in English{#ref_en}
189 
+
190 
+[Marc & Mentat Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MARC_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
191 
+
192 
+
193 
+## Links{#link}
194 
+
195 
+
196 
+
197 
+### External Links{#ex_link}
198 
+
199 
+[Marc （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/marc/)
200 
+
201 
+
202 
+## Programming Seminars{#seminar}
203 
+
204 
+We periodically held [programming seminars](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/services/comp/support/course/), and distribute the handouts.
205 
+
user/pages/09.software/43.marc/docs.ja.md
History View file @452be89
0 206 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,202 @@
1 
+---
2 
+title: MSC Marc
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
23 
+
24 
+module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．
25 
+
26 
+バージョン         | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
27 
+---------------    |  -----               |  -----        | -----
28 
+ 2022.3 (default)  |  marc/2022.3         |  AU           | -
29 
+
30 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
31 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
32 
+\- ： 利用不可
33 
+
34 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
35 
+
36 
+同時に利用可能な並列数/ユーザ数には上限があります。
37 
+ライセンスの不足によるエラーが生じた場合は、ライセンスの利用に関してご協力を依頼することがあります。
38 
+
39 
+
40 
+
41 
+## 機能概要{#overview}
42 
+
43 
+MSC.Marcは有限要素法による非線形汎用構造解析プログラムです。構造解析、熱伝導解析、音響解析、静電場解析などの解析処理を行なうことが出来ます。また、専用の会話型プリ・ポストプロセッサである [Marc Mentat](/apps/mentat) を利用すると、有限要素モデルの作成および解析結果の表示が可能です。
44 
+
45 
+
46 
+### 機能{#functions}
47 
+
48 
+Marcは、以下のようなライブラリで構成されており、これらを組み合わせることにより、様々な解析を行うことができます。
49 
+
50 
+* 解析ライブラリ
51 
+    * 構造解析ライブラリ
52 
+    * 非構造解析ライブラリ
53 
+    * 連成構造ライブラリ
54 
+* 要素ライブラリ
55 
+* 材料ライブラリ
56 
+* 機能ライブラリ
57 
+
58 
+
59 
+### 利用分野{#app-area}
60 
+
61 
+* 航空・宇宙
62 
+* 重工業
63 
+* 自動車
64 
+* 電気・電子
65 
+* 建設
66 
+* 医療関係　など
67 
+
68 
+
69 
+## 利用方法{#usage}
70 
+
71 
+
72 
+
73 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env-set}
74 
+
75 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
76 
+
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ module load marc
80 
+```
81 
+
82 
+### 会話型での実行{#tss}
83 
+
84 
+
85 
+#### 形式
86 
+
87 
+
88 
+```nohighlight
89 
+$ tssrun run_marc -j 入力ファイル -b no （オプション指定）
90 
+```
91 
+
92 
+
93 
+#### 例　会話型（フォアグラウンド）で実行
94 
+
95 
+
96 
+```nohighlight
97 
+$ tssrun run_marc -j sample.dat  -b no
98 
+```
99 
+
100 
+
101 
+
102 
+<!--
103 
+#### 例 MPIプロセス数 4で並列実行
104 
+
105 
+MPI並列で実行する場合、 **-nps** オプションで並列数を指定した上で、 **tssrun** コマンドを使用する必要があります。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
106 
+
107 
+
108 
+```nohighlight
109 
+$ tssrun --rsc p=4 run_marc -j sample -b no -nps 4
110 
+```
111 
+
112 
+-->
113 
+
114 
+#### 例 スレッド数4 で並列実行
115 
+
116 
+スレッド並列で実行する場合、 **-nthread** オプションで並列数を指定した上で、 **tssrun** コマンドを使用する必要があります。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
117 
+
118 
+
119 
+```nohighlight
120 
+$ tssrun --rsc t=4:c=4:m=20G run_marc -j sample -b no -nthread 4
121 
+```
122 
+
123 
+### バッチでの実行{#batch}
124 
+
125 
+バッチスクリプト内で、 **-j** オプションでの入力ファイルの指定に加えて、 **-b no -v n** オプションを指定してください。バッチの利用方法は [バッチ処理](/run/batch) をご覧ください。
126 
+
127 
+
128 
+<!--
129 
+#### バッチスクリプトの例 (MPI 4並列)
130 
+
131 
+
132 
+```nohighlight
133 
+#!/bin/bash
134 
+#============ LSF Options ============
135 
+#SBATCH -p gr19999b
136 
+#SBATCH -t 1:00:00
137 
+#SBATCH --rsc p=4:t=1:c=1:m=3413M
138 
+#============ Shell Script ============
139 
+module load marc
140 
+run_marc -j sample -b no -v n -nps $SLURM_NTASKS
141 
+```
142 
+-->
143 
+
144 
+#### バッチスクリプトの例 (SMP 4並列)
145 
+
146 
+
147 
+```nohighlight
148 
+#!/bin/bash
149 
+#============ LSF Options ============
150 
+#SBATCH -p gr19999b
151 
+#SBATCH -t 1:00:00
152 
+#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=20G
153 
+#============ Shell Script ============
154 
+module load marc
155 
+run_marc -j sample -b no -v n -nthread $OMP_NUM_THREADS
156 
+```
157 
+
158 
+### 指定可能オプション{#option}
159 
+
160 
+オプション           |  説明
161 
+----------------| ----------------------------------------------------------------
162 
+ -j jid         |   入力ファイル(\*.dat)の指定
163 
+ -b no          |   フォアグラウンド実行の指定
164 
+ -v {y,n}       |   入力ファイルチェック
165 
+ -nthread num   |   スレッド並列数
166 
+ -cpu sec       |   CPU制限時間
167 
+ -prog progname |   前回のジョブで実行した実行可能プログラム “progname.marc” を実行
168 
+ -user username |   ユーザーサブルーチン “username.f” を使用して、新しい実行可能プログラム “username.marc” を生成
169 
+
170 
+
171 
+<!--
172 
+ -np num        |   MPI(プロセス)並列数
173 
+ -nps num        |   MPI(プロセス)並列数 (for single input file)
174 
+-->
175 
+
176 
+## 参考資料{#references}
177 
+
178 
+
179 
+
180 
+### 日本語{#ref_ja}
181 
+
182 
+[Marc & Mentat Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=11OR46&channel=DOCUMENTATION)
183 
+
184 
+
185 
+### 英語{#ref_en}
186 
+
187 
+[Marc & Mentat Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MARC_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
188 
+
189 
+
190 
+## リンク{#link}
191 
+
192 
+
193 
+
194 
+### 外部リンク{#ex_link}
195 
+
196 
+[Marc （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/marc/)
197 
+
198 
+
199 
+## 講習会{#seminar}
200 
+
201 
+
202 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
user/pages/09.software/44.mentat/docs.en.md
History View file @452be89
0 203 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,146 @@
1 
+---
2 
+title: 'MSC Marc Mentat'
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
18 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
19 
+
20 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
21 
+
22 
+
23 
+Version        | Module File Name | System B/C/G  | Cloud System
24 
+---------------   | -----                | -----         | -----
25 
+ 2022.3 (default) | marc/2022.3          | AU            | -
26 
+
27 
+\+ ： Available for all users
28 
+AU ： Available for academic users only
29 
+KU ： Available for Kyoto University members only
30 
+\-： Not available
31 
+
32 
+### Available number of licenses{#license_limit}
33 
+
34 
+The number of parallels/users available at the same time has a limit.
35 
+If an error due to insufficient licenses occur, we may request you to cooperate with the use of your licenses.
36 
+
37 
+
38 
+
39 
+## Software Overview{#overview}
40 
+
41 
+Msc.Marc Mentat is an interactive pre- and post-processor dedicated to MSC.Marc. It can create finite element models and display their analysis results.
42 
+
43 
+
44 
+### Software Features{#functions}
45 
+
46 
+Marc Mentat allows users to interactively create and edit input data of Marc. It also displays analysis results of Marc.
47 
+
48 
+### Areas of Application{#app_area}
49 
+
50 
+* Aerospace
51 
+* Heavy industry
52 
+* Automobile
53 
+* Electronics, electron
54 
+* Construction
55 
+* Medical care, etc.
56 
+
57 
+
58 
+## How to Use{#usage}
59 
+
60 
+### Prerequisite  {#prerequisite}
61 
+
62 
+Mentat is a GUI application and therefore requires an X Window environment.
63 
+
64 
+Login to the system using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or use SSH client software that supports X11 Forwarding (e.g. [MobaXterm](/login/mobaxterm)) and X11 servers available on Windows, which is available to start GUI applications.
65 
+
66 
+
67 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#envset}
68 
+
69 
+Set up the environment by executing the module command. (Load the version of the module file which you want to use.)
70 
+
71 
+
72 
+```nohighlight
73 
+$ module load marc
74 
+```
75 
+
76 
+
77 
+
78 
+### How to Start{#start}
79 
+
80 
+You can start Marc Mentat by executing the following command. Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
81 
+
82 
+
83 
+```nohighlight
84 
+$ tssrun --x11 mentat
85 
+```
86 
+
87 
+
88 
+![](mentat_example_01.png)
89 
+
90 
+Click on **Quit** in **File** in the **Menu bar** and select **Yes** in **SAVE & QUIT** to exit Marc Mentat.
91 
+
92 
+
93 
+#### Use of threaded parallel computing{#parallel}
94 
+
95 
+**※If you have a personal course queue or group course queue, please use the application with the aforementioned queues when using parallel calculations.**
96 
+
97 
+When executing the tssrun command, specify the number of thread parallels with the --rsc option.
98 
+
99 
+Example 1:  4 parallel execution...Specify a value of t and c  as 4.
100 
+
101 
+
102 
+```nohighlight
103 
+$ tssrun --rsc t=4:c=4 mentat
104 
+```
105 
+
106 
+Example 2: When you want to increase the available memory... specify the value of m (if not specified, the value will be 3413MB).
107 
+
108 
+```nohighlight
109 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4:m=10G mentat
110 
+```
111 
+After starting the GUI and before running the analysis, specify the number of parallels.
112 
+
113 
+[Right-click on the job name]→[Run]→[Solver/Parallelization]→[Multiple Threads(two places)] （Enter 4 if you want to run 4 in parallel.）
114 
+
115 
+![](mentat_parallel.png)
116 
+
117 
+Please note that in the Multiple Threads in two places, parallelization is enabled for the following solver types in the "Matrix Solver" (lower part of the figure). If an unsupported solver type is specified, the relevant Multiple Threads cannot be specified.
118 
+
119 
+
120 
+* Multifrontal Sparse
121 
+* Casi Iterative
122 
+* Paradiso Direct Sparse
123 
+* Mumps Parallel Direct
124 
+
125 
+
126 
+## References{#references}
127 
+
128 
+
129 
+
130 
+### Reference in Japanese{#ref_ja}
131 
+
132 
+[Marc & Mentat ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=11OR46&channel=DOCUMENTATION)
133 
+
134 
+
135 
+### Reference in English{#ref_en}
136 
+
137 
+[Marc & Mentat Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MARC_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
138 
+
139 
+
140 
+## Links{#link}
141 
+
142 
+
143 
+
144 
+### External Links{#ex_link}
145 
+
146 
+[Marc （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/marc/)
user/pages/09.software/44.mentat/docs.ja.md
History View file @452be89
0 147 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,152 @@
1 
+---
2 
+title: 'MSC Marc Mentat'
3 
+media_order: 'mentat_parallel.png,mentat_example_01.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+
21 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
22 
+
23 
+アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。
24 
+また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
25 
+
26 
+module avail コマンドにて、利用できるモジュールファイル一覧が確認できます。
27 
+
28 
+バージョン        | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
29 
+---------------   | -----                | -----         | -----
30 
+ 2022.3 (default) | marc/2022.3          | AU            | -
31 
+
32 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
33 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
34 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
35 
+\-： 利用不可
36 
+
37 
+### 利用可能なライセンス数{#license_limit}
38 
+
39 
+同時に利用可能な並列数/ユーザ数には上限があります。
40 
+ライセンスの不足によるエラーが生じた場合は、ライセンスの利用に関してご協力を依頼することがあります。
41 
+
42 
+
43 
+
44 
+## 機能概要{#overview}
45 
+
46 
+Msc.Marc MentatはMSC.Marc専用の会話型プリ・ポストプロセッサです。有限要素モデルの作成および解析結果の表示が可能です。
47 
+
48 
+
49 
+### 機能{#functions}
50 
+
51 
+Marc Mentatは対話型操作にて、Marcの入力データ作成・編集を行うことができます。また、Marcで解析した結果を表示することも可能です。
52 
+
53 
+
54 
+### 利用分野{#app_area}
55 
+
56 
+* 航空・宇宙
57 
+* 重工業
58 
+* 自動車
59 
+* 電気・電子
60 
+* 建設
61 
+* 医療関係　など
62 
+
63 
+
64 
+## 利用方法{#usage}
65 
+
66 
+### 前提条件 {#prerequisite}
67 
+
68 
+Mentat はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
69 
+
70 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
71 
+
72 
+
73 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#envset}
74 
+
75 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
76 
+
77 
+
78 
+```nohighlight
79 
+$ module load marc
80 
+```
81 
+
82 
+
83 
+
84 
+### 起動方法{#start}
85 
+
86 
+次のコマンドを実行するとMarc Mentatが起動します。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
87 
+
88 
+
89 
+```nohighlight
90 
+$ tssrun --x11 mentat
91 
+```
92 
+
93 
+
94 
+![](mentat_example_01.png)
95 
+
96 
+**メニューバー** の **File** 内にある **Quit** をクリックし、 **SAVE & QUIT** で **Yes** を選択するとMarc Mentatが終了します。
97 
+
98 
+
99 
+#### スレッド並列計算の利用{#parallel}
100 
+
101 
+**※パーソナルコースキューやグループコースキューをお持ちの方は、並列計算をご利用の際は前述のキューでアプリをご利用ください。**
102 
+
103 
+まず、tssrunコマンドを実行の際に、--rsc オプションでスレッド並列数を指定します。
104 
+
105 
+例1：4並列実行... t,cの値を4に指定します
106 
+
107 
+```nohighlight
108 
+$ tssrun --rsc t=4:c=4 mentat
109 
+```
110 
+
111 
+例2：利用可能メモリも増量する場合... mの値も指定します（何も指定しないと3413MBとなります）
112 
+
113 
+```nohighlight
114 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4:m=10G mentat
115 
+```
116 
+
117 
+GUIの起動後、解析の実行前に下記の設定を行って、並列数を指定してください。
118 
+
119 
+[job名を右クリック]→[Run]→[Solver/Parallelization]→[Multiple Threads(2か所)] （4並列で実行したければ4を入力）
120 
+
121 
+![](mentat_parallel.png)
122 
+
123 
+なお、2か所のMultiple Threadsのうち、「Matrix Solver」の方（図の下の方）では、次のソルバータイプで並列計算が有効になります。対応していないソルバータイプを指定すると、当該Multiple Threadsの指定ができません。
124 
+
125 
+* Multifrontal Sparse
126 
+* Casi Iterative
127 
+* Paradiso Direct Sparse
128 
+* Mumps Parallel Direct
129 
+
130 
+
131 
+
132 
+## 参考資料{#references}
133 
+
134 
+
135 
+
136 
+### 日本語{#ref_ja}
137 
+
138 
+[Marc & Mentat ドキュメント （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=11OR46&channel=DOCUMENTATION)
139 
+
140 
+
141 
+### 英語{#ref_en}
142 
+
143 
+[Marc & Mentat Docs （MSC Software）](http://simcompanion.mscsoftware.com/infocenter/index?page=content&cat=MARC_DOCUMENTATION&channel=DOCUMENTATION)
144 
+
145 
+
146 
+## リンク{#link}
147 
+
148 
+
149 
+
150 
+### 外部リンク{#ex_link}
151 
+
152 
+[Marc （MSC Software）](http://www.mscsoftware.co.jp/products/marc/)
user/pages/09.software/44.mentat/mentat_example_01.png
History View file @452be89
0 153 
new file mode 100644
1 154 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/44.mentat/mentat_example_01.png differ
user/pages/09.software/44.mentat/mentat_parallel.png
History View file @452be89
2 155 
new file mode 100644
3 156 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/44.mentat/mentat_parallel.png differ
user/pages/09.software/45.lsdyna/docs.en.md
History View file @452be89
4 157 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,202 @@
1 
+---
2 
+title: LS-DYNA
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+---
8 
+
9 
+[toc]
10 
+
11 
+## Environment Settings{#enviroment}
12 
+
13 
+
14 
+
15 
+### Software Version and System Requirements{#version}
16 
+
17 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
18 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
19 
+
20 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
21 
+
22 
+Version                 | Module File Name  | System B/C/G | Cloud System
23 
+------------------------   | -----                | -----         | -----
24 
+ ls971d R13.1.1 (default)  | ls-dyna/R13.1.1      | AU            | -
25 
+
26 
+\+ ： Available for all users
27 
+AU ： Available for academic users only
28 
+\- ：  Not available
29 
+
30 
+
31 
+### Number of licenses available at the same time per user {#license_limitation}
32 
+
33 
+The number of processes available at the same time is 8 licenses.
34 
+We may limit the number of  licenses available at the same time per user depending on the situation.
35 
+
36 
+
37 
+<!--
38 
+そのため、一人で同時に5CPU以上の並列実行ができませんのでご注意ください。
39 
+バッチジョブを複数投入する場合も、利用するCPUの合計が同時に4を超えることはできません。
40 
+-->
41 
+
42 
+
43 
+### Pre and Post-Software{#prepost}
44 
+
45 
+LS-PrePost is a pre and post-software that processes the input/output data of LS-DYNA.
46 
+
47 
+#### Software Version and System Requirements
48 
+
49 
+Version                    |  Module File Name | System B/C/G  |  Cloud System
50 
+---------------------------- |  -----                | ---------      |  -----
51 
+ ls-prepost 4.9.10 (default) |  ls-prepost/4.9.10    | AU             |  -
52 
+
53 
+\+ ： Available for all users
54 
+AU ： Available for academic users only
55 
+\-： Not available
56 
+
57 
+#### How to Use
58 
+
59 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
60 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details on the module command.
61 
+
62 
+```nohighlight
63 
+$ module load ls-prepost
64 
+```
65 
+
66 
+It will start by executing the following command after logging in to an environment where the X Window System is available, such as [FastX](/login/fastx) or [NiceDCV](/login/nice-dcv).
67 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
68 
+
69 
+
70 
+```nohighlight
71 
+$ tssrun --x11 lsprepost
72 
+```
73 
+
74 
+We provide paper-based materials for the programming seminar on how to use LS-DYNA and LS-PREPOST for your reference at the counter of the Media Center North Building on a first-come, first-served basis. (Please note that the number of materials are limited.)
75 
+
76 
+
77 
+## Software Overview{#overview}
78 
+
79 
+LS-DYNA, nonlinear dynamic structural analysis software, performs explicit-method-based time-history simulation of large deformation, elasto-plasticity, and dynamic contact and behavior of structural objects.
80 
+LS-DYNA is an improvement of DYNA3D developed by Lawrence Livermore National Laboratory (LLNL) of the United States, and from Ver.950 on, it supports as its standard function implicit-method-based structural analysis, fluid analysis, and thermal analysis.
81 
+With its explicit and implicit methods, this software supports normal linear analysis and frequency responses, and can be used as a high-end universal structural analysis tool.
82 
+
83 
+### Software Features{#functions}
84 
+
85 
+* Phenomenon analysis :　The following phenomena can be analyzed
86 
+    *  Collision / shock（e.g., car collision）
87 
+    * Plastic forming（e.g., press forming）
88 
+    * Falling （e.g., falling of portable products）
89 
+    * Crack / burst（(e.g., chap）
90 
+    * Mechanism analysis involving distortion（e.g., conveyance by a rubber roller）
91 
+* Contact
92 
+　　　 LS-DYNA provides over 20 options for contact analysis. For contact surfaces, conditions including adherence, abrasion, contact, slip, and friction can be specified.　
93 
+* Material model
94 
+　　　　LS-DYNA provides over 100 metallic and nonmetallic material models, each of which has various elements such as spring, damper, rigid body, and weld.
95 
+* Interface
96 
+　　　　 Interfaces are provided for CAD data, other structural analysis software and simulation software.
97 
+
98 
+
99 
+### Areas of Application{#app_area}
100 
+
101 
+* Automobile
102 
+* Aerospace
103 
+* Defense
104 
+* Electric devices
105 
+* Construction and civil engineering
106 
+* Nuclear power, etc.
107 
+
108 
+
109 
+## How to Use{#usage}
110 
+
111 
+
112 
+
113 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#env_set}
114 
+
115 
+Execute the module command to set up the environment. (Load the version of the module file you want to use).
116 
+
117 
+
118 
+```nohighlight
119 
+$ module load ls-dyna
120 
+```
121 
+
122 
+
123 
+### Running in Interactive Mode{#tss}
124 
+
125 
+
126 
+#### Format
127 
+
128 
+```nohighlight
129 
+$ tssrun ls971_d i=[executable file]  ncpu=[Number of parallel CPUs("1" is set if not specified.)]
130 
+```
131 
+
132 
+You can specify the options in addition to the executable file and number of parallel. Please refer to the manual (LS-DYNA KEYWORD USER'S MANUAL) for details.
133 
+
134 
+
135 
+
136 
+#### Example: Running on two CPUs in parallel
137 
+
138 
+
139 
+
140 
+```nohighlight
141 
+$ tssrun ls971_d i=sample.dyn ncpu=2
142 
+**tssrun** Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the **tssrun** command.
143 
+```
144 
+
145 
+
146 
+####  Output files
147 
+
148 
+
149 
+```nohighlight
150 
+「d3hsp」…Analysis history output file
151 
+「messag」…Calculation execution message, error message output file
152 
+「status.out」…Analysis result output file
153 
+「d3plot」…File for outputting the 3D form of the model
154 
+「d3dump」…Data file required for restart
155 
+```
156 
+
157 
+
158 
+
159 
+### Running in Batch Job{#batch_job}
160 
+
161 
+You need to prepare a Batch file to run LS-DYNA by Batch job. Write a script of the same commands as you execute on the command line and submit the job by the **qsub**  command.
162 
+
163 
+```nohighlight
164 
+#!/bin/bash
165 
+#============ Slurm Options ============
166 
+#SBATCH -p gr19999b
167 
+#SBATCH -t 1:00:00
168 
+#SBATCH --rsc p=1:t=2:c=2:m=2G
169 
+#============ Shell Script ============
170 
+
171 
+module load ls-dyna
172 
+
173 
+ls971_d i=sample.dyn ncpu=$SLURM_CPUS_PER_TASK
174 
+```
175 
+
176 
+## Reference{#references}
177 
+
178 
+
179 
+
180 
+### Reference in Japanese{#ref_ja}
181 
+
182 
+* [LS-DYNA ver971 R5 テクニカルノート](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/App_Manual/LS-DYNA/LS-DYNA_ver971r5_TechnicalNote_201008.pdf)
183 
+
184 
+
185 
+### Reference in English{#ref_en}
186 
+
187 
+* [LS-DYNA KEYWORD USER’S MANUAL VOLUME I/II](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/App_Manual/LS-DYNA/ls-dyna_971_manual_k.pdf)
188 
+
189 
+
190 
+## Links{#link}
191 
+
192 
+
193 
+
194 
+### External Links{#ex_link}
195 
+
196 
+* [LS-DYNA "JSOL Corporation"](http://ls-dyna.jsol.co.jp/)
197 
+
198 
+
199 
+## Programming Seminars{#seminar}
200 
+
201 
+
202 
+We periodically held [programming seminars](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/services/comp/support/course/), and distribute the seminar materials.
user/pages/09.software/45.lsdyna/docs.ja.md
History View file @452be89
0 203 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,205 @@
1 
+---
2 
+title: LS-DYNA
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## 利用環境{#enviroment}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
21 
+
22 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
23 
+
24 
+module avail コマンドにて、利用できるモジュールファイル一覧が確認できます。
25 
+
26 
+バージョン                 | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
27 
+------------------------   | -----                | -----         | -----
28 
+ ls971d R13.1.1 (default)  | ls-dyna/R13.1.1      | AU            | -
29 
+
30 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
31 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
32 
+\- ： 利用不可
33 
+
34 
+
35 
+### 一人で同時に利用可能なライセンス数{#license_limitation}
36 
+
37 
+同時に利用可能なプロセス数は8ライセンスです。
38 
+
39 
+利用状況によってはユーザ当たりの同時利用可能なライセンス数を制限する場合があります。
40 
+
41 
+<!--
42 
+そのため、一人で同時に5CPU以上の並列実行ができませんのでご注意ください。
43 
+バッチジョブを複数投入する場合も、利用するCPUの合計が同時に4を超えることはできません。
44 
+-->
45 
+
46 
+
47 
+### プリポストソフトウェア{#prepost}
48 
+
49 
+LS-DYNAの入出力データを扱うプリポストソフトウェアとして、LS-PREPOSTがあります。
50 
+
51 
+#### 利用できるバージョン・システム
52 
+
53 
+バージョン                   |  モジュールファイル名 | システムB/C/G  |  クラウドシステム
54 
+---------------------------- |  -----                | ---------      |  -----
55 
+ ls-prepost 4.9.10 (default) |  ls-prepost/4.9.10    | AU             |  -
56 
+
57 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
58 
+AU ： 学術研究機関限定で利用可能
59 
+\-： 利用不可
60 
+
61 
+#### 利用方法
62 
+
63 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）。
64 
+moduleコマンドの詳細を知りたい方は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
65 
+
66 
+```nohighlight
67 
+$ module load ls-prepost
68 
+```
69 
+
70 
+[FastX](/login/fastx)、[NiceDCV](/login/nice-dcv) など、X Window Systemが利用可能な環境でログインした後に、次のコマンドを実行すると起動します。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
71 
+
72 
+```nohighlight
73 
+$ tssrun --x11 lsprepost
74 
+```
75 
+
76 
+なおLS-DYNA、LS-PREPOSTの使用方法の参考資料として、メディアセンター北館窓口で紙媒体の講習会資料を先着順で配布しています。（部数に限りがありますので、ご了承ください。）
77 
+
78 
+## 機能概要{#overview}
79 
+
80 
+
81 
+非線形動的構造解析ソフトウエアLS-DYNAは、陽解法により構造物の大変形、弾塑性、動的接触・挙動を時間履歴でシミュレーションするソフトウエアです。
82 
+LS-DYNAは、米国のローレンス・リバモア国立研究所（LLNL）の開発したDYNA3Dを改良したもので、Ver.950から標準機能として陰解法による構造解析や流体解析／熱解析も可能となりました。
83 
+陽解法・陰解法の搭載により、通常の線形解析や周波数応答にも対応し、ハイエンド汎用構造解析ソフトウェアとして活用できます。
84 
+
85 
+
86 
+### 機能{#functions}
87 
+
88 
+* 現象解析 :　下記のような現象に対する解析を行えます。
89 
+    * 衝突／衝撃（自動車の衝突等）
90 
+    * 塑性加工（プレス成形等）
91 
+    * 落下（携帯製品の落下等）
92 
+    * 亀裂／破壊（ひび割れ等）
93 
+    * 歪を伴う機構解析（ゴムローラーによる搬送等）
94 
+* 接触
95 
+　　　　LS-DYNAの接触解析は、20を超えるオプションが有効であり、接触面については固着、剥離、接触、滑り、摩擦などの条件が設定できます。
96 
+* 材料モデル
97 
+　　　　100を超す金属、非金属材料モデルが用意されており、材料モデル毎にバネ、ダンパー、剛体、溶接などのさまざまな要素が用意されています。
98 
+* インターフェース
99 
+　　　　CADデータや他の構造解析ソフト、その他のシミュレーションソフトとのインターフェースが用意されています。
100 
+
101 
+
102 
+
103 
+### 利用分野{#app_area}
104 
+
105 
+* 自動車
106 
+* 航空宇宙
107 
+* 防衛
108 
+* 電気機器
109 
+* 建設・土木
110 
+* 原子力　など
111 
+
112 
+
113 
+## 利用方法{#usage}
114 
+
115 
+
116 
+
117 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
118 
+
119 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
120 
+
121 
+
122 
+```nohighlight
123 
+$ module load ls-dyna
124 
+```
125 
+
126 
+
127 
+### 会話型での実行{#tss}
128 
+
129 
+
130 
+#### 形式
131 
+
132 
+```nohighlight
133 
+$ tssrun ls971_d i=[実行ファイル]  ncpu=[並列CPU数(指定しない時は"1")]
134 
+```
135 
+
136 
+実行ファイル、並列CPU数以外にもオプションの指定が可能です。詳細はマニュアル(LS-DYNA KEYWORD USER’S MANUAL)をご覧ください。
137 
+
138 
+
139 
+#### 例 2CPUの並列処理を行う
140 
+
141 
+
142 
+```nohighlight
143 
+$ tssrun ls971_d i=sample.dyn ncpu=2
144 
+**tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
145 
+```
146 
+
147 
+
148 
+####  出力ファイル
149 
+
150 
+
151 
+```nohighlight
152 
+「d3hsp」…解析計算履歴情報出力ファイル
153 
+「messag」…計算実行メッセージ、エラーメッセージ出力ファイル
154 
+「status.out」…解析結果出力ファイル
155 
+「d3plot」…モデルの３次元形状出力ファイル
156 
+「d3dump」…リスタート実行時必要データファイル
157 
+```
158 
+
159 
+
160 
+
161 
+### バッチジョブでの実行{#batch_job}
162 
+
163 
+バッチジョブで実行するためには、バッチファイルを用意する必要があります。スクリプト内でコマンドラインで実行するのと同様にコマンドを記述し、 **qsub** コマンドでジョブを投入します。
164 
+
165 
+
166 
+```nohighlight
167 
+#!/bin/bash
168 
+#============ Slurm Options ============
169 
+#SBATCH -p gr19999b
170 
+#SBATCH -t 1:00:00
171 
+#SBATCH --rsc p=1:t=2:c=2:m=2G
172 
+#============ Shell Script ============
173 
+
174 
+module load ls-dyna
175 
+
176 
+ls971_d i=sample.dyn ncpu=$SLURM_CPUS_PER_TASK
177 
+```
178 
+
179 
+## 参考資料{#references}
180 
+
181 
+
182 
+
183 
+### 日本語{#ref_ja}
184 
+
185 
+* [LS-DYNA ver971 R5 テクニカルノート](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/App_Manual/LS-DYNA/LS-DYNA_ver971r5_TechnicalNote_201008.pdf)
186 
+
187 
+
188 
+### 英語{#ref_en}
189 
+
190 
+* [LS-DYNA KEYWORD USER’S MANUAL VOLUME I/II](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/App_Manual/LS-DYNA/ls-dyna_971_manual_k.pdf)
191 
+
192 
+
193 
+## リンク{#link}
194 
+
195 
+
196 
+
197 
+### 外部リンク{#ex_link}
198 
+
199 
+* [LS-DYNA （株式会社JSOL）](http://ls-dyna.jsol.co.jp/)
200 
+
201 
+
202 
+## 講習会{#seminar}
203 
+
204 
+
205 
+[プログラム講習会](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/course/) を定期的に開催しています。講習会資料を配布していますので、ご利用ください。
user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_01.png
History View file @452be89
0 206 
new file mode 100644
1 207 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_01.png differ
user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_01b.png
History View file @452be89
2 208 
new file mode 100644
3 209 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_01b.png differ
user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_02.png
History View file @452be89
4 210 
new file mode 100644
5 211 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_02.png differ
user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_03.png
History View file @452be89
6 212 
new file mode 100644
7 213 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_03.png differ
user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_03b.png
History View file @452be89
8 214 
new file mode 100644
9 215 
Binary files /dev/null and b/user/pages/09.software/47.ansys/ansys_example_03b.png differ
user/pages/09.software/47.ansys/docs.en.md
History View file @452be89
10 216 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,264 @@
1 
+---
2 
+title: ANSYS
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+media_order: 'ansys_example_01.png,ansys_example_02.png,ansys_example_01b.png,ansys_example_03.png,ansys_example_03b.png'
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## Environment Settings{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+
21 
+### Software Version, System Requirements, and License Type{#version}
22 
+
23 
+The Modules software package can dynamically switch and set the environment settings required to use the application by executing the module command.  And you can change the environment settings easily when you switch to the different version of the application.
24 
+Please refer to [Modules](/config/modules) for details.
25 
+
26 
+You can check a list of available module files with the module avail command.
27 
+
28 
+Version            |  Module File Name  | System B/C/G  | Cloud System
29 
+---------------    | -----                | -----         |  -----
30 
+ 2022R2 (default)  | ansysmcfd/2022R2     |  KU           |  -
31 
+
32 
+\+ ： Available for all users
33 
+KU ： Available for academic users only
34 
+\- ： Not available
35 
+
36 
+**License Type**
37 
+* ANSYS Academic Research Mechanical and CFD
38 
+  * The license selection of the launcher should be [Ansys Mechanical Enterprise].
39 
+  * The product features are shown below. <br> [Product Features](https://www.ansys.com/-/media/ansys/corporate/files/pdf/product/academic/academic-products-features-table-2019-v2.pdf)
40 
+
41 
+## Software Overview{#overview}
42 
+
43 
+ANSYS is a multi-physics CAE. It allows you to conduct flexible and purpose-suited analysis of physical phenomena such as structure, vibration, heat transfer, electromagnetic field, electric voltage, acousmato, thermic fluid, and drop collision, as well as problems that combine the above.
44 
+
45 
+
46 
+
47 
+### Software Features{#functions}
48 
+
49 
+* Structural analysis
50 
+* Heat transfer analysis
51 
+* Electromagnetic field analysis
52 
+* Fluid analysis
53 
+* Fatigue analysis
54 
+* Acoustic analysis
55 
+* Drop and collision analysis
56 
+* Piezoelectric analysis
57 
+* Coupled analysis
58 
+* FSI analysis(fluid-solid coupled analysis)
59 
+
60 
+
61 
+### Areas of Application{#app_area}
62 
+
63 
+* Automobile
64 
+* Electrical and electronic
65 
+* Aerospace
66 
+* Energy
67 
+* Medical technology
68 
+* Construction and civil engineering, etc.
69 
+
70 
+
71 
+
72 
+## How to Use{#usage}
73 
+
74 
+
75 
+### User Registration{#regist}
76 
+
77 
+You need to register via the [user portal](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/en/services/comp/support/portal.html) to use ANSYS.
78 
+
79 
+
80 
+**※ANSYS is only available to Kyoto University members who are physically located within 50 miles(80.4 km) from Yoshida campus.**
81 
+
82 
+### Prerequisite {#prerequisite}
83 
+
84 
+Mentat is a GUI application and therefore requires an X Window environment.
85 
+
86 
+Login to the system using [FastX](/login/fastx), [NICE DCV](/login/nice-dcv) or use SSH client software that supports X11 Forwarding (e.g. [MobaXterm](/login/mobaxterm)) and X11 servers available on Windows, which is available to start GUI applications.
87 
+
88 
+
89 
+### Setting Up Environment（Executing the module Command）{#env_set}
90 
+
91 
+Set up the environment by executing the module command. (Load the version of the module file which you want to use.)
92 
+
93 
+
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+$ module load ansysmcfd
97 
+```
98 
+
99 
+
100 
+### How to use in the GUI{#gui}
101 
+
102 
+
103 
+
104 
+#### Starting the launcher
105 
+
106 
+The basic usage is to start various products via the launcher.
107 
+You can start the launcher by executing the following command.
108 
+
109 
+Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
110 
+
111 
+
112 
+
113 
+```nohighlight
114 
+$ tssrun --x11 launcher
115 
+※The ending of the execution command name (version number) differs depending on the version.
116 
+```
117 
+
118 
+
119 
+![](ansys_example_03.png)
120 
+
121 
+
122 
+If you want to use parallel computing in your simulation, specify the number of cores to allocate with the --rsc option when executing the tssrun command.
123 
+
124 
+例：4 Parallel computing
125 
+```nohighlight
126 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4 launcher170
127 
+```
128 
+
129 
+If you use parallel computing, you need to set  the value of Use Shared-Memory Parallel in the 'High Performance Computing Setup' tab in the 'Setting the Simulation Environment' described below.
130 
+
131 
+
132 
+#### Setting the Simulation Environment
133 
+
134 
+You can set the simulation environment after the launcher has started.
135 
+
136 
+And you can select a simulation environment from the following options. Here we explain the case ANSYS is selected.
137 
+
138 
+* ANSYS … ANSYS standard interface
139 
+* ANSYS Batch … Used for batch processing of analyses
140 
+
141 
+Settings for each simulation environment are made via the tab menu.
142 
+
143 
+
144 
+![](ansys_example_03b.png)
145 
+
146 
+**File Management Tab (File Management)**
147 
+
148 
+* Working directory(Working Directory)
149 
+    * The default save location of the file created while ANSYS is running.
150 
+* Job name(Job Name)
151 
+    * The default filename of the file created while ANSYS is running. Maximum 32 characters.
152 
+
153 
+**Customization and Preferences Tab (Customization/Preferences)**
154 
+
155 
+* Memory
156 
+    * Memory for analysis is automatically set, but it can also be set manually.
157 
+* Language selection (only English for Linux and UNIX)
158 
+* Graphic device
159 
+    * X11 … Default
160 
+    * X11c
161 
+    * 3D …need to support opengl
162 
+* Output To
163 
+    * Screen & File … Default
164 
+    * File Only ... If you are using version 2021R2 or 2022R1, please select File Only.
165 
+    * Screen Only
166 
+
167 
+**HPC Setup Tab (High Performance Computing Setup)**
168 
+
169 
+* How to Execute(Type of High Perfomance Computing Run)
170 
+    * None … Serial running
171 
+    * Use Shared-Memory Parallel (SMP) … Thread parallelization
172 
+        *  Set the same number as the number of parallels specified by the --rsc option of the tssrun command; up to 16 parallels are available.
173 
+
174 
+
175 
+#### Starting ANSYS
176 
+
177 
+After the settings are completed, click Run to start up ANSYS (selected simulation environment).
178 
+
179 
+
180 
+#### Setting After ANSYS Has Started
181 
+
182 
+**Changing the font size:**
183 
+
184 
+If the default font size is smaller or larger than you expect, you can change the font size through the following menu.
185 
+
186 
+
187 
+[MenuCtrls] ⇒ [Font Selection]
188 
+
189 
+![](ansys_example_02.png)
190 
+
191 
+
192 
+### How to Use in CUI{#cui}
193 
+
194 
+By default, ANSYS performs the processing interactively by using a GUI, but it can also execute on the command line. The command syntax and options are listed below. Please refer to  [Interactive Processing](/run/interactive) for details on the tssrun command.
195 
+
196 
+```nohighlight
197 
+$ tssrun ansys222 [options]  < input-file > output-file
198 
+※The ending of the execution command name (version number) differs depending on the version.
199 
+```
200 
+
201 
+
202 
+Options                        |  Description
203 
+----------------------------------- | --------------------------------
204 
+-j JobName                         |   Specifying a job name
205 
+-d Switch                          |  Specifying a device type(X11, X11c, 3D)
206 
+-m Size                            |  Specifying a memory: work space(unit: MB), it is automatically set by default.
207 
+-db Size                           |  Specifying a memory： database space(unit: MB), it is automatically set by default.
208 
+-p Prod                            |  Specifying a product
209 
+-g                                 |  Starts in a GUI mode
210 
+-np NCPUS | Number of process parallelization
211 
+-np NTHREAD | Number of threads parallelization
212 
+-dis                               |  MPI parallelization
213 
+-dir Dir                           |  Specifying a work directory
214 
+
215 
+
216 
+
217 
+### How to Use in Batch Job{#batch_job}
218 
+
219 
+You need to prepare an Batch file to run ANSYS by Batch job. Write a script of the same commands as you execute on the command line and submit the job by the qsub command.
220 
+
221 
+
222 
+```nohighlight
223 
+#!/bin/bash
224 
+#============ LSF Options ============
225 
+#SBATCH -q gr19999b
226 
+#SBATCH -t 1:00:00
227 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1
228 
+#============ Shell Script ============
229 
+module load ansys
230 
+ansys222 -j test_${SLURM_JOBID} -b -dis -np ${SLURM_DPC_NPROCS} -nt ${SLURM_DPC_THREADS} -i test.dat
231 
+```
232 
+※The ending of the execution command name (version number) differs depending on the version.
233 
+
234 
+## References{#references}
235 
+
236 
+### References in Japanese{#ref_ja}
237 
+
238 
+#### 2022R1{#ref2022_ja}
239 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 入門セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Beginner_2022R1.zip)
240 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 使いこなしセミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Mastering_2022R1.zip)
241 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 接触解析セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Contact_2022R1.zip)
242 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 動解析セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Dynamics_2022R1.zip)
243 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 材料非線形セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Materialnl_2022R1.zip)
244 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 伝熱解析セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Thermal_2022R1.zip)
245 
+* [ANSYS Fluent ベーシックセミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/Fluent_Basic_2022R1_.zip)
246 
+* [ANSYS CFX ベーシックセミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/CFD_Basic_2022R1_.zip)
247 
+
248 
+
249 
+<!--
250 
+### 英語{#ref_en}
251 
+
252 
+#### v18.0{#ref18_en}
253 
+
254 
+* [ANSYS Fluent Docs](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/ansysdocs/v18/ANSYS-Fluent-Doc-R18.zip)
255 
+
256 
+## リンク{#link}
257 
+-->
258 
+
259 
+
260 
+### External Links{#ex_link}
261 
+
262 
+* [ANSYS, inc.](http://ansys.com/)
263 
+* [アンシス・ジャパン株式会社](http://ansys.jp/)
264 
+* [汎用FEM連成解析ツール ANSYS：サイバネット](http://www.cybernet.co.jp/ansys/)
user/pages/09.software/47.ansys/docs.ja.md
History View file @452be89
0 265 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,261 @@
1 
+---
2 
+title: ANSYS
3 
+media_order: 'ansys_example_01.png,ansys_example_02.png,ansys_example_01b.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 利用環境{#enviroment}
18 
+
19 
+
20 
+
21 
+### 利用できるバージョン・システム・ライセンス{#version}
22 
+
23 
+Modulesソフトウェアパッケージは、アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで、動的に切り替えて設定することができます。また、異なるバージョンのアプリケーションを切り替えて利用する際に、簡単に環境設定を変更することができます。詳細は [Modules](/config/modules) をご覧ください。
24 
+
25 
+module avail コマンドにて、利用できるモジュールファイル一覧が確認できます。
26 
+
27 
+バージョン         | モジュールファイル名 | システムB/C/G | クラウドシステム
28 
+---------------    | -----                | -----         |  -----
29 
+ 2022R2 (default)  | ansysmcfd/2022R2     |  KU           |  -
30 
+
31 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
32 
+KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
33 
+\- ： 利用不可
34 
+
35 
+**提供ライセンス**
36 
+* ANSYS Academic Research Mechanical and CFD
37 
+  * ランチャーで選択するライセンスは、「Ansys Mechanical Enterprise」としてください。
38 
+  * 利用可能な機能は下のサイトからご確認ください <br> [Product Features](https://www.ansys.com/-/media/ansys/corporate/files/pdf/product/academic/academic-products-features-table-2019-v2.pdf)
39 
+
40 
+## 機能概要{#overview}
41 
+
42 
+ANSYSはマルチフィジックスCAEです。構造・振動・伝熱・電磁場・圧電・音響・熱流体・落下衝突などの物理現象や、それらを組み合わせた連成問題を、目的に合わせて柔軟に解析することが可能です。
43 
+
44 
+
45 
+### 機能{#functions}
46 
+
47 
+* 構造解析
48 
+* 伝熱解析
49 
+* 電磁場解析
50 
+* 流体解析
51 
+* 疲労解析
52 
+* 音響解析
53 
+* 落下・衝突解析
54 
+* 圧電解析
55 
+* 連成解析
56 
+* FSI 解析（流体-ソリッド連成解析）
57 
+
58 
+
59 
+### 利用分野{#app_area}
60 
+
61 
+* 自動車
62 
+* 電気電子
63 
+* 航空宇宙
64 
+* エネルギー
65 
+* 医療工学
66 
+* 建築・土木　など
67 
+
68 
+
69 
+## 利用方法{#usage}
70 
+
71 
+
72 
+### 利用登録{#regist}
73 
+
74 
+ANSYSを利用するには、 [利用者ポータル](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/portal.html) から申請いただく必要があります。
75 
+
76 
+**※ANSYSを利用できるのは、京都大学構成員、かつ吉田本部構内から50マイル（約80.4キロ）以内に物理的に居る方に限ります。**
77 
+
78 
+### 前提条件 {#prerequisite}
79 
+
80 
+Mentat はGUIアプリケーションであるため、X Windowの環境が必要です。
81 
+
82 
+[FastX](/login/fastx)、[NICE DCV](/login/nice-dcv)を使用してログインするか、Windowsでご利用いただけるX11 Forwarding に対応したSSHクライアントソフト(例えば[MobaXterm](/login/mobaxterm))およびX11サーバをご利用いただき、GUIアプリケーションが起動可能な方法でシステムにログインしてください。
83 
+
84 
+
85 
+
86 
+### 環境設定（moduleコマンドの実行）{#env_set}
87 
+
88 
+moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）
89 
+
90 
+
91 
+```nohighlight
92 
+$ module load ansysmcfd
93 
+```
94 
+
95 
+
96 
+### GUIでの利用方法{#gui}
97 
+
98 
+
99 
+
100 
+#### ランチャーの起動
101 
+
102 
+基本的な使い方として、ランチャー経由で各種プロダクトを起動します。
103 
+以下のコマンドを実行するとランチャーが起動します。
104 
+**tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
105 
+
106 
+
107 
+```nohighlight
108 
+$ tssrun --x11 launcher
109 
+※バージョンにより実行コマンド名の語尾(バージョン番号)が異なります。
110 
+```
111 
+
112 
+
113 
+![](ansys_example_03.png)
114 
+
115 
+
116 
+
117 
+シミュレーションで並列計算を利用したい場合は、tssrun コマンドを実行する際、確保するコア数を --rsc オプションで指定してください。
118 
+
119 
+例：4並列計算
120 
+```nohighlight
121 
+$ tssrun --x11 --rsc t=4:c=4 launcher170
122 
+```
123 
+
124 
+
125 
+なお、並列計算をご利用の場合は、下記で述べる「シミュレーション環境の設定」において、「High Performance Computing Setup」タブ内でUse Shared-Memory Parallelの値も設定する必要があります。
126 
+
127 
+
128 
+#### シミュレーション環境の設定
129 
+
130 
+ランチャーが起動したら、シミュレーション環境の設定を行います。
131 
+
132 
+シミュレーション環境(Simulation Enviroment)として、以下の3つが選択できます。ここでは、ANSYSを選択した場合について解説を進めていきます。
133 
+
134 
+* ANSYS … ANSYS標準インターフェイス
135 
+* ANSYS Batch … 解析をバッチ処理する場合に使用
136 
+
137 
+シミュレーション環境ごとの設定は、タブメニューより行います。
138 
+
139 
+
140 
+![](ansys_example_03b.png)
141 
+
142 
+**ファイル管理タブ (File Management)**
143 
+
144 
+* ワーキングディレクトリ(Working Directory)
145 
+    * ANSYS実行中に作成されるデフォルトのファイル保存先
146 
+* ジョブネーム(Job Name)
147 
+    * ANSYSを実行中に作成されるファイルのデフォルトファイル名。最大32文字
148 
+
149 
+**カスタマイゼーション/プリファレンスタブ (Customization/Preferences)**
150 
+
151 
+* メモリ
152 
+    * 解析中のメモリは自動で設定されるが、任意の値を設定することもできる
153 
+* 言語選択(Linux/UNIXでは英語のみ)
154 
+* グラフィックデバイス
155 
+    * X11 … デフォルト
156 
+    * X11c
157 
+    * 3D … openglに対応している必要がある
158 
+* 出力先
159 
+    * Screen & File … デフォルト
160 
+    * File Only ... バージョン2021R2, 2022R1を使う場合、File Onlyを選択してください。
161 
+    * Screen Only
162 
+
163 
+**HPCセットアップ (High Performance Computing Setup)**
164 
+
165 
+* 実行方法(Type of High Perfomance Computing Run)
166 
+    * None … シリアル実行
167 
+    * Use Shared-Memory Parallel (SMP) … スレッド並列実行
168 
+        * tssrun コマンドの --rsc オプションで指定した並列数と同じ数字を設定してください。16並列まで利用できます。
169 
+
170 
+
171 
+#### ANSYSの起動
172 
+
173 
+各種設定が終わったらRunボタンをクリックすることでANSYS（選択したシミュレーション環境）が起動します。
174 
+
175 
+
176 
+#### ANSYS起動後の設定
177 
+
178 
+**フォントサイズの変更:**
179 
+
180 
+デフォルトのメニューのフォントサイズが小さい（あるいは大きい）場合、フォントサイズを変更することが可能です。以下のメニューで変更することができます。
181 
+
182 
+[MenuCtrls] ⇒ [Font Selection]
183 
+
184 
+![](ansys_example_02.png)
185 
+
186 
+
187 
+### CUIでの利用方法{#cui}
188 
+
189 
+ANSYSは標準でGUIを利用して会話形式で処理を進めますが、コマンドラインで実行することも可能です。以下にコマンドシンタックスとオプションを記載しています。 **tssrun** コマンドの詳細は [会話型処理](/run/interactive) をご覧ください。
190 
+
191 
+
192 
+```nohighlight
193 
+$ tssrun ansys222 [options]  < input-file > output-file
194 
+※バージョンにより実行コマンド名の語尾(バージョン番号)が異なります。
195 
+```
196 
+
197 
+
198 
+オプション                              |  概要
199 
+----------------------------------- | --------------------------------
200 
+-j JobName                         |   ジョブ名を指定できます。
201 
+-d Switch                          |  デバイスタイプを指定します。 X11, X11c, 3D
202 
+-m Size                            |  メモリの指定：ワークスペース領域(単位:MB) 標準は自動設定
203 
+-db Size                           |  メモリの指定：データベース領域(単位:MB) 標準は自動設定
204 
+-p Prod                            |  プロダクトの指定
205 
+-g                                 |  GUIモードで起動
206 
+-np NCPUS | プロセス並列数
207 
+-np NTHREAD | スレッド並列数
208 
+-dis                               |  MPI並列
209 
+-dir Dir                           |  作業ディレクトリの指定
210 
+
211 
+
212 
+### バッチジョブでの利用方法{#batch_job}
213 
+
214 
+バッチジョブで実行するためには、バッチファイルを用意する必要があります。
215 
+スクリプト内でコマンドラインで実行するのと同様にコマンドを記述し、sbatch コマンドでジョブを投入します。
216 
+
217 
+
218 
+```nohighlight
219 
+#!/bin/bash
220 
+#============ LSF Options ============
221 
+#SBATCH -q gr19999b
222 
+#SBATCH -t 1:00:00
223 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1
224 
+#============ Shell Script ============
225 
+module load ansys
226 
+ansys222 -j test_${SLURM_JOBID} -b -dis -np ${SLURM_DPC_NPROCS} -nt ${SLURM_DPC_THREADS} -i test.dat
227 
+```
228 
+※バージョンにより実行コマンド名の語尾(バージョン番号)が異なります。
229 
+
230 
+
231 
+## 参考資料{#references}
232 
+
233 
+### 日本語{#ref_ja}
234 
+
235 
+#### 2022R1{#ref2022_ja}
236 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 入門セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Beginner_2022R1.zip)
237 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 使いこなしセミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Mastering_2022R1.zip)
238 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 接触解析セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Contact_2022R1.zip)
239 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 動解析セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Dynamics_2022R1.zip)
240 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 材料非線形セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Materialnl_2022R1.zip)
241 
+* [ANSYS Workbench Mechanical 伝熱解析セミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/AWM_Thermal_2022R1.zip)
242 
+* [ANSYS Fluent ベーシックセミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/Fluent_Basic_2022R1_.zip)
243 
+* [ANSYS CFX ベーシックセミナー](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/ansys/2022R1/CFD_Basic_2022R1_.zip)
244 
+
245 
+
246 
+<!--
247 
+### 英語{#ref_en}
248 
+
249 
+#### v18.0{#ref18_en}
250 
+
251 
+* [ANSYS Fluent Docs](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/ansysdocs/v18/ANSYS-Fluent-Doc-R18.zip)
252 
+
253 
+## リンク{#link}
254 
+-->
255 
+
256 
+
257 
+### 外部リンク{#ex_link}
258 
+
259 
+* [ANSYS, inc.](http://ansys.com/)
260 
+* [アンシス・ジャパン株式会社](http://ansys.jp/)
261 
+* [汎用FEM連成解析ツール ANSYS：サイバネット](http://www.cybernet.co.jp/ansys/)
user/pages/09.software/50.Apptainer/docs.en.md
History View file @452be89
0 262 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,141 @@
1 
+---
2 
+title: Apptainer
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## Environment Settings{#enviroment}
8 
+
9 
+### Software Version and System Requirements{#version}
10 
+
11 
+The Apptainer shown in the table below is available.
12 
+As it is provided as a package that comes with the operating system, there is no need to set the environment with module files.
13 
+
14 
+|Version   | Module File Name |  System B/C | System G | Cloud System | Note
15 
+|---        | ---                  | ---         | ---       | ---              | ---
16 
+|1.1.2      | none                 | +           | +         | +                | Former name:singularity
17 
+
18 
+\+ ： Available for all users
19 
+\- ： Not available
20 
+
21 
+## How to Use{#usage}
22 
+1. Create a job script (`test.sh`) to run a program (`a.out`) that performs hybrid parallelism, using a container image called `ubuntu.sif`.
23 
+```nohighlight
24 
+#!/bin/bash
25 
+#============ Slurm Options
26 
+#SBATCH -p gr19999b             # Specify the job queue (partition). The name of the queue to be submitted needs to be changed accordingly.
27 
+#SBATCH -t 1:00:00              # Specify the elapsed time (example: to specify one hour).
28 
+#SBATCH --rsc p=2:c=40          # Specifying the required resources (example: hybrid parallel using 2 processes and 40 cores).
29 
+#SBATCH -o %x.%j.out            # Specify the standard output file of the job. %x is replaced by the job name and %j by the job ID.
30 
+#============ Shell Script ============
31 
+set -x
32 
+## When you do not use GPU
33 
+srun apptainer exec --bind `pwd`,/opt/system,/usr/lib64 --env LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64 ubuntu.sif ./a.out
34 
+## When you use GPU (Adding --nv makes it GPU-compatible.)
35 
+srun apptainer exec --nv --bind `pwd`,/opt/system,/usr/lib64 --env LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64 ubuntu.sif ./a.out
36 
+```
37 
+
38 
+#### Main Option
39 
+|Option | Meaning | Example
40 
+|---------- | ----------- | ----------- |
41 
+| --bind _MOUNT\_DIR_   | Specify the to mount.| --bind /LARGE0,LARGE1,/opt/system,/usr/lib64 |
42 
+| --env  _ENVIRONMENT_   | Specify the environment variables | --env LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64 |
43 
+| --nv      | Add when you use GPU.| --nv |
44 
+
45 
+
46 
+2. Job submission using the job script created in 1.
47 
+```nohighlight
48 
+$ sbatch test.sh
49 
+Submitted batch job {jobid}
50 
+```
51 
+
52 
+3. Confirmation of execution results .
53 
+```nohighlight
54 
+$ cat test.sh.{jobid}.out
55 
+================ Slrum Info ================
56 
+DATE      = 2023-03-08T14:38:10+09:00
57 
+PARTITION = gr19999d
58 
+JOB_ID    = {jobid}
59 
+JOB_NAME  = test.sh
60 
+NNODES    = 1
61 
+RSC_OPT   = p=1:t=8:c=8:m=8G
62 
+============================================
63 
+ _________
64 
+< hello!! >
65 
+ ---------
66 
+        \   ^__^
67 
+         \  (oo)\_______
68 
+            (__)\       )\/\
69 
+                ||----w |
70 
+                ||     ||
71 
+```
72 
+
73 
+## How to create container images
74 
+### Create a new container image for Apptainer (Singurarity)
75 
+Here, we use the ubuntu22.04 docker image as the base package and create a container image of python3 and tensorflow installed.
76 
+
77 
+1. Create a recipe file to generate the container and save it as `ubuntu22_tensorflow.def`.
78 
+```nohighlight
79 
+Bootstrap: docker
80 
+From: ubuntu:22.04
81 
+　　
82 
+%post
83 
+    apt-get update
84 
+    apt-get install -y python3 python3-pip
85 
+    pip3 install tensorflow
86 
+```
87 
+
88 
+2. Execute a build of the container image using the recipe file (`ubunutu22_tensorflow.def`) generated in 1.The container image is saved as `ubuntu22_tensorflow.sif`.
89 
+```nohighlight
90 
+$  apptainer build --fakeroot {Container image storage location} {Recipe files for generating container images.}
91 
+　
92 
+(Example)
93 
+$ apptainer build --fakeroot ~/ubuntu22_tensorflow.sif ubuntu22_tensorflow.def
94 
+INFO:    Starting build...
95 
+Getting image source signatures
96 
+(snip)
97 
+INFO:    Creating SIF file...
98 
+INFO:    Build complete: ubuntu22_tensorflow.sif
99 
+```
100 
+* The destination of the container image should be set under the home directory.
101 
+If the destination is set to a large disk, the container image will fail to build.
102 
+
103 
+3. Operation Check
104 
+```nohighlight
105 
+## Start the container.
106 
+$ apptainer shell ~/ubuntu22_tensorflow.sif
107 
+　
108 
+## Launch the Python 3
109 
+Apptainer> python3
110 
+Python 3.10.6 (main, Nov 14 2022, 16:10:14) [GCC 11.3.0] on linux
111 
+Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
112 
+　
113 
+## Check the operation of Tensorflow
114 
+>>> import tensorflow as tf
115 
+>>> tf.__version__
116 
+'2.11.0'
117 
+```
118 
+
119 
+### Use the container images uploaded to DockerHub.
120 
+
121 
+1. Translate to the directory where the Apptainer container image is stored.
122 
+```nohighlight
123 
+$ cd container_image
124 
+```
125 
+
126 
+2. Download and build a container image from DockerHub
127 
+```nohighlight
128 
+$ apptainer build lolcow.sif docker://godlovedc/lolcow
129 
+INFO:    Starting build...
130 
+Getting image source signatures
131 
+(snip)
132 
+INFO:    Creating SIF file...
133 
+INFO:    Build complete: lolcow.sif
134 
+```
135 
+* If "Build failed", please try building again.
136 
+
137 
+3.Confirm that the container image has been created.
138 
+```nohighlight
139 
+$ ls lolcow.sif
140 
+lolcow.sif
141 
+```
user/pages/09.software/50.Apptainer/docs.ja.md
History View file @452be89
0 142 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,143 @@
1 
+---
2 
+title: Apptainer
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## 利用環境{#enviroment}
8 
+
9 
+### 利用できるバージョン・システム{#version}
10 
+
11 
+以下の表に示すApptainer を利用することができます。
12 
+OSに付属するパッケージとして提供されているため、モジュールファイルによる環境設定は不要です。
13 
+
14 
+|バージョン | モジュールファイル名 | システムB/C | システムG | クラウドシステム | 備考
15 
+|---        | ---                  | ---         | ---       | ---              | ---
16 
+|1.1.2      | none                 | +           | +         | +                | 旧名称:singularity
17 
+
18 
+\+ ： すべてのユーザが利用可能
19 
+\- ： 利用不可
20 
+
21 
+## 利用方法{#usage}
22 
+1. `ubuntu.sif` というコンテナイメージを用いて，ハイブリッド並列を行うプログラム(`a.out`)を実行するための，ジョブスクリプト(`test.sh`)を作成します
23 
+```nohighlight
24 
+#!/bin/bash
25 
+#============ Slurm Options ===========
26 
+#SBATCH -p gr19999b             # ジョブキュー(パーティション)の指定。投入したいキュー名に適宜変更が必要。
27 
+#SBATCH -t 1:00:00              # 経過時間の指定(1時間を指定する例)。
28 
+#SBATCH --rsc p=2:c=40          # 要求リソースの指定(2プロセス，40コアを使用するハイブリッド並列の例)。
29 
+#SBATCH -o %x.%j.out            # ジョブの標準出力ファイルの指定。%xはジョブ名、%j はジョブIDに置換されます。
30 
+#============ Shell Script ============
31 
+set -x
32 
+## GPUを使わない場合
33 
+srun apptainer exec --bind `pwd`,/opt/system,/usr/lib64 --env LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64 ubuntu.sif ./a.out
34 
+## GPUを使う場合(--nvを付加することでGPU対応になる)
35 
+srun apptainer exec --nv --bind `pwd`,/opt/system,/usr/lib64 --env LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64 ubuntu.sif ./a.out
36 
+```
37 
+
38 
+#### 主要なオプション
39 
+|オプション | 意味 | 実行例
40 
+|---------- | ----------- | ----------- |
41 
+| --bind _MOUNT\_DIR_   | マウントするディレクトリを指定| --bind /LARGE0,LARGE1,/opt/system,/usr/lib64 |
42 
+| --env  _ENVIRONMENT_   | 環境変数を指定 | --env LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64 |
43 
+| --nv      | GPUを使用する場合に追記| --nv |
44 
+
45 
+
46 
+2. 1.で作成したジョブスクリプトを用いてジョブ投入．
47 
+```nohighlight
48 
+$ sbatch test.sh
49 
+Submitted batch job {jobid}
50 
+```
51 
+
52 
+3. 実行結果確認．
53 
+```nohighlight
54 
+$ cat test.sh.{jobid}.out
55 
+================ Slrum Info ================
56 
+DATE      = 2023-03-08T14:38:10+09:00
57 
+PARTITION = gr19999d
58 
+JOB_ID    = {jobid}
59 
+JOB_NAME  = test.sh
60 
+NNODES    = 1
61 
+RSC_OPT   = p=1:t=8:c=8:m=8G
62 
+============================================
63 
+ _________
64 
+< hello!! >
65 
+ ---------
66 
+        \   ^__^
67 
+         \  (oo)\_______
68 
+            (__)\       )\/\
69 
+                ||----w |
70 
+                ||     ||
71 
+```
72 
+
73 
+## コンテナイメージの作成方法
74 
+### Apptainer(Singurarity)のコンテナイメージを新規作成
75 
+ここでは，ubuntu22.04のdockerイメージをベースパッケージとして
76 
+python3とtensorflowをインストールしたコンテナイメージを作ります．
77 
+
78 
+1. コンテナを生成するためのレシピファイルを作成し，`ubuntu22_tensorflow.def` として保存する．
79 
+```nohighlight
80 
+Bootstrap: docker
81 
+From: ubuntu:22.04
82 
+　　
83 
+%post
84 
+    apt-get update
85 
+    apt-get install -y python3 python3-pip
86 
+    pip3 install tensorflow
87 
+```
88 
+
89 
+2. 1.で生成したレシピファイル(`ubunutu22_tensorflow.def`)を使用して，コンテナイメージのビルドを実行する．コンテナイメージは．`ubuntu22_tensorflow.sif` として保存する．
90 
+```nohighlight
91 
+$  apptainer build --fakeroot {コンテナイメージの保存先} {コンテナイメージを生成するためのレシピファイル}
92 
+　
93 
+(例)
94 
+$ apptainer build --fakeroot ~/ubuntu22_tensorflow.sif ubuntu22_tensorflow.def
95 
+INFO:    Starting build...
96 
+Getting image source signatures
97 
+(中略)
98 
+INFO:    Creating SIF file...
99 
+INFO:    Build complete: ubuntu22_tensorflow.sif
100 
+```
101 
+* コンテナイメージの保存先は，ホームディレクトリ配下に設定して下さい．
102 
+保存先を大容量ディスクにするとコンテナイメージのビルドに失敗します．
103 
+
104 
+
105 
+3. 動作確認
106 
+```nohighlight
107 
+## コンテナを起動する
108 
+$ apptainer shell ~/ubuntu22_tensorflow.sif
109 
+　
110 
+## Python3を立ち上げる
111 
+Apptainer> python3
112 
+Python 3.10.6 (main, Nov 14 2022, 16:10:14) [GCC 11.3.0] on linux
113 
+Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
114 
+　
115 
+## Tensorflowの動作確認
116 
+>>> import tensorflow as tf
117 
+>>> tf.__version__
118 
+'2.11.0'
119 
+```
120 
+
121 
+### DockerHubにアップロードされているコンテナイメージを使用
122 
+
123 
+1. Apptainerのコンテナイメージを保存するディレクトリへ移動する
124 
+```nohighlight
125 
+$ cd container_image
126 
+```
127 
+
128 
+2. DockerHubからコンテナイメージをダウンロードし，ビルドする
129 
+```nohighlight
130 
+$ apptainer build lolcow.sif docker://godlovedc/lolcow
131 
+INFO:    Starting build...
132 
+Getting image source signatures
133 
+(中略)
134 
+INFO:    Creating SIF file...
135 
+INFO:    Build complete: lolcow.sif
136 
+```
137 
+* Build failed となった場合は，再度ビルドをお試しください．
138 
+
139 
+3. コンテナイメージが作成されていることを確認
140 
+```nohighlight
141 
+$ ls lolcow.sif
142 
+lolcow.sif
143 
+```
user/pages/09.software/docs.en.md
History View file @452be89
0 144 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,81 @@
1 
+---
2 
+title: Available Software
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## List of Numerical Libraries
16 
+* [Intel Math Kernel Library](mkl)
17 
+* [NAG Library](nag)
18 
+* [IMSL Library](imsl)
19 
+
20 
+## List of ISV Applications
21 
+
22 
+List of applications developed by software vendors.
23 
+The X11 environment is required for GUI applications.
24 
+
25 
+* [AVS/Express](avs)
26 
+* [ENVI/IDL](envi)
27 
+* [Tecplot360](tecplot)
28 
+* [Gaussian16 / GaussView6](gaussian16)
29 
+* [Maple](maple)
30 
+* [Mathematica](mathematica)
31 
+* [MATLAB](matlab)
32 
+* [MSC Adams](adams)
33 
+* [MSC Nastran](nastran)
34 
+* [MSC Patran](patran)
35 
+* [MSC Marc](marc)
36 
+* [MSC Marc Mentat](mentat)
37 
+* [LS-DYNA](lsdyna)
38 
+* [ANSYS](ansys)
39 
+
40 
+
41 
+## List of Available Software
42 
+
43 
+Available software and module file names for each system are listed.
44 
+Please note that it may be delay reflecting the latest information.
45 
+You can display the list by executing the module avail command on the login node.
46 
+
47 
+You can use software which Module File is set to "none" without additional installation.
48 
+For other cases, configuration with the module load command is required.
49 
+
50 
+* \+ ： Available (Please comply with each software license)
51 
+* AU ： Available for academic users only
52 
+* KU ： Available for Kyoto University Members only
53 
+* \- ： Not available
54 
+
55 
+<input type="text" id="myInput" onkeyup="myFunction()" placeholder="Search for names..">
56 
+
57 
+[ti=software.csv type=csv id=myTable raw="true"]
58 
+
59 
+<script>
60 
+function myFunction() {
61 
+  // Declare variables
62 
+  var input, filter, table, tr, td, i, txtValue;
63 
+  input = document.getElementById("myInput");
64 
+  filter = input.value.toUpperCase();
65 
+  table = document.getElementById("myTable");
66 
+  tr = table.getElementsByTagName("tr");
67 
+
68 
+  // Loop through all table rows, and hide those who don't match the search query
69 
+  for (i = 0; i < tr.length; i++) {
70 
+    td = tr[i].getElementsByTagName("td")[0];
71 
+    if (td) {
72 
+      txtValue = td.textContent || td.innerText;
73 
+      if (txtValue.toUpperCase().indexOf(filter) > -1) {
74 
+        tr[i].style.display = "";
75 
+      } else {
76 
+        tr[i].style.display = "none";
77 
+      }
78 
+    }
79 
+  }
80 
+}
81 
+</script>
user/pages/09.software/docs.ja.md
History View file @452be89
0 82 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,82 @@
1 
+---
2 
+title: 利用可能なソフトウェア
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## 数値計算ライブラリ一覧
16 
+
17 
+* [Intel MKLライブラリ](mkl)
18 
+* [NAGライブラリ](nag)
19 
+* [IMSLライブラリ](imsl)
20 
+
21 
+## ISVアプリケーション一覧
22 
+
23 
+ソフトウェアベンダーが開発しているアプリケーションの一覧です。
24 
+GUIアプリケーションを利用する際には、X11環境が必要になります。
25 
+
26 
+* [AVS/Express](avs)
27 
+* [ENVI/IDL](envi)
28 
+* [Tecplot360](tecplot)
29 
+* [Gaussian16 / GaussView6](gaussian16)
30 
+* [Maple](maple)
31 
+* [Mathematica](mathematica)
32 
+* [MATLAB](matlab)
33 
+* [MSC Adams](adams)
34 
+* [MSC Nastran](nastran)
35 
+* [MSC Patran](patran)
36 
+* [MSC Marc](marc)
37 
+* [MSC Marc Mentat](mentat)
38 
+* [LS-DYNA](lsdyna)
39 
+* [ANSYS](ansys)
40 
+
41 
+
42 
+## 利用可能なソフトウェア一覧
43 
+
44 
+システムごとに利用可能なソフトウェアの一覧とモジュールファイル名を掲載しています。
45 
+最新情報の反映が遅れる場合がありますのでご留意ください。
46 
+ログインノード上で module avail コマンドを実行することで、一覧を表示することも可能です。
47 
+
48 
+Module File が none となっているソフトウェアは、追加の設定なしにご利用いただけます。
49 
+それ以外については、module load コマンドで環境設定が必要です。
50 
+
51 
+* \+ ： 利用可能(ただし各ソフトウェアのライセンスを順守してください)
52 
+* AU ： 学術研究機関限定で利用可能
53 
+* KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
54 
+* \- ： 利用不可
55 
+
56 
+<input type="text" id="myInput" onkeyup="myFunction()" placeholder="Search for names..">
57 
+
58 
+[ti=software.csv type=csv id=myTable raw="true"]
59 
+
60 
+<script>
61 
+function myFunction() {
62 
+  // Declare variables
63 
+  var input, filter, table, tr, td, i, txtValue;
64 
+  input = document.getElementById("myInput");
65 
+  filter = input.value.toUpperCase();
66 
+  table = document.getElementById("myTable");
67 
+  tr = table.getElementsByTagName("tr");
68 
+
69 
+  // Loop through all table rows, and hide those who don't match the search query
70 
+  for (i = 0; i < tr.length; i++) {
71 
+    td = tr[i].getElementsByTagName("td")[0];
72 
+    if (td) {
73 
+      txtValue = td.textContent || td.innerText;
74 
+      if (txtValue.toUpperCase().indexOf(filter) > -1) {
75 
+        tr[i].style.display = "";
76 
+      } else {
77 
+        tr[i].style.display = "none";
78 
+      }
79 
+    }
80 
+  }
81 
+}
82 
+</script>
user/pages/09.software/software.csv
History View file @452be89
0 83 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,121 @@
1 
+Software Name, Version, Module File, System A, System B/C, System G, Cloud System, Note
2 
+
3 
+## rpm
4 
+GCC, 8.5.0, none, +, +, +, +, RHEL RPM
5 
+Python2, 2.7, none, +, +, +, +, <a href="software/python">Manual</a>
6 
+Python3, 3.6, none, +, +, +, +, <a href="software/python">Manual</a>
7 
+Python3, 3.8, none, +, +, +, +, <a href="software/python">Manual</a>
8 
+gnuplot, 5.2.4, none, +, +, +, +, RHEL RPM
9 
+CMake, 3.20, none, +, +, +, +, RHEL RPM
10 
+R, 4.2.1, none, +, +, +, +, EPEL RPM
11 
+Apptainer, 1.1.2, none, +, +, +, +, EPEL RPM (旧名称:singularity)
12 
+Paraview, 5.9.1, none, +, +, +, +, EPEL RPM
13 
+GMT, GMT-6.1.0, none, +, +, +, +, EPEL RPM
14 
+
15 
+## common
16 
+julia, 1.8.5, julia/1.8.5, +, +, +, +,
17 
+
18 
+## ISV
19 
+Gaussian16, c02, gaussian16/c02, +, +, +, -,
20 
+GaussView6, 6.1, gaussian16/c02, +, +, +, -,
21 
+ENVI, 5.6.3, envi/5.6.3, -, AU, AU, -,
22 
+IDL, 8.8.3, idl/8.8.3, -, AU, AU, -,
23 
+Tecplot360, 2022R1, tecplot360/2022R1, -, KU, KU, -,
24 
+Maple, 2022.0, maple/2022.0, -, KU, KU, -,
25 
+MATLAB, R2022b, matlab/R2022b, -, KU, KU, -,
26 
+MATLAB, R2023a, matlab/R2023a, -, KU, KU, -,
27 
+MSC Nastran, 2022.3, nastran/2022.3, -, AU, AU, -,
28 
+MSC Patran, 2022.3, patran/2022.3, -, AU, AU, -,
29 
+MSC Marc, 2022.3, marc/2022.3, -, AU, AU, -,
30 
+MSC Marc Mentat, 2022.3, marc/2022.3, -, AU, AU, -,
31 
+MSC Adams, 2022.3, adams/2022.3, -, AU, AU, -,
32 
+LS-DYNA, R13.1.1, ls-dyna/R13.1.1, -, AU, AU, -,
33 
+Mathematica, 13.1.0, mathematica/13.1.0, -, KU, KU, -,
34 
+ANSYS, 2022R2, ansysmcfd/2022R2, -, KU, KU, -,
35 
+
36 
+## Num Lib
37 
+NAG Fortran Library, Mark 26, nag_fortran/26, -, +, -, -,
38 
+NAG MPI Parallel Library, Release 3, nag_paralell/3, -, +, -, -,
39 
+IMSL FORTRAN NUMERICAL LIBRARY, 2022.1.0, imsl/fnl-2022.1.0, -, +, -, -,
40 
+
41 
+## compiler
42 
+Intel oneAPI, 2018.4, intel/2018.4, +, +, -, +,
43 
+Intel oneAPI, 2022.3, intel/2022.3, +, +, -, +,
44 
+Intel MPI, 2018.4, intelmpi/2018.4, +, +, -, +,
45 
+Intel MPI, 2022.3, intelmpi/2022.3, +, +, -, +,
46 
+#Intel VTune Profiler, 2018.4, vtune/2018.4, +, +, -, -,
47 
+Intel VTune Profiler, 2022.3, vtune/2022.3, +, +, -, -,
48 
+
49 
+
50 
+
51 
+## ML/DL
52 
+MXNet, 1.6.0, mxnet/1.6.0.py38_intel-2022.3, +, +, -, -, <a href="software/python">Manual</a>
53 
+PyTorch, 1.13.1, pytorch/1.13.1.py38_intel-2022.3, +, +, -, -, <a href="software/python">Manual</a>
54 
+TensorFlow, 2.11.0, tensorflow/2.11.0.py38_intel-2022.3, +, +, -, -, <a href="software/python">Manual</a>
55 
+
56 
+
57 
+## python
58 
+mpi4py, 3.1.4, mpi4py/3.1.4.py38_intel-2022.3-impi, +, +, -, -, <a href="software/python">Manual</a>
59 
+
60 
+## OSS
61 
+ARPACK, 3.9.0, arpack/3.9.0_intel-2022.3-impi, +, +, +, +,
62 
+CMake, 3.24.3, cmake/3.24.3_gnu-8.5.0, +, +, +, +,
63 
+FFTW, 3.3.10, fftw/3.3.10_intel-2022.3-impi, +, +, +, +,
64 
+HDF5, 1.12.2, hdf5/1.12.2_intel-2022.3, +, +, +, +,
65 
+HDF5+MPI, 1.12.2, hdf5/1.12.2_intel-2022.3-impi, +, +, +, +,
66 
+NETCDF, 4.9.0, netcdf/4.9.0_intel-2022.3, +, +, +, +,
67 
+NETCDF+MPI, 4.9.0, netcdf/4.9.0_intel-2022.3-impi, +, +, +, +,
68 
+Quantum Espresso, 7.1, qe/7.1_intel-2022.3-impi, +, +, +, +,
69 
+PETSc, 3.18.0, petsc/3.18.0_intel-2022.3-impi, +, +, -, +,
70 
+LAMMPS, 23Jun2022, lammps/23Jun2022_intel-2022.3-impi, +, +, -, +,
71 
+GAMESS, 2022.2, gamess/2022.2_intel-2022.3-impi, +, +, -, +,
72 
+PLASMA, 19.8.1, plasma/19.8.1_intel-2022.3-impi, +, +, -, +,
73 
+SuperLU, 5.3.0, superlu/5.3.0_intel-2022.3, +, +, -, +,
74 
+OpenMX, 3.9, openmx/3.9_intel-2022.3-impi, +, +, -, +,
75 
+Gromacs (double-precision), 2022.4, gromacs/2022.4_gnu-12.2.0-impi_dp_mpi, +, +, +, +, GCC+MPI
76 
+Gromacs (double-precision), 2022.4, gromacs/2022.4_gnu-12.2.0-impi_dp_smp, +, +, +, +, GCC+SMP
77 
+Gromacs (single-precision), 2022.4, gromacs/2022.4_gnu-12.2.0-impi_sp_mpi, +, +, +, +, GCC+MPI
78 
+Gromacs (single-precision), 2022.4, gromacs/2022.4_gnu-12.2.0-impi_sp_smp, +, +, +, +, GCC+SMP
79 
+Paraview, 5.11.0, paraview/5.11.0, +, +, +, +, binary distribution
80 
+VisIt, 3.3.1, visit/3.3.1_gnu-12.2.0, +, +, +, +,
81 
+grads, 2.0.2, grads/2.0.2_intel-2022.3, +, +, +, +,
82 
+grads, 2.2.1, grads/2.2.1_intel-2022.3, +, +, +, +,
83 
+NAMD, 2.14, namd/2.14_intel-2022.3-impi, +, -, +,
84 
+
85 
+#### System G
86 
+
87 
+## compiler
88 
+NVIDIA HPC SDK, 22.5, nvhpc/22.5, -, -, +, -,
89 
+NVIDIA HPC SDK, 22.9, nvhpc/22.9, -, -, +, -,
90 
+Open MPI, 4.0.5, openmpi/4.0.5_nvhpc-22.5, -, -, +, -,
91 
+Open MPI, 4.0.5, openmpi/4.0.5_nvhpc-22.9, -, -, +, -,
92 
+
93 
+## OSS
94 
+FFTW, 3.3.10, fftw/3.3.10_nvhpc-22.9-ompi, -, -, +, -,
95 
+HDF5, 1.12.2, hdf5/1.12.2_nvhpc-22.9, -, -, +, -,
96 
+HDF5+MPI, 1.12.2, hdf5/1.12.2_nvhpc-22.9-ompi, -, -, +, -,
97 
+NETCDF, 4.9.0, netcdf/4.9.0_nvhpc-22.9, -, -, +, -,
98 
+NETCDF+MPI, 4.9.0, netcdf/4.9.0_nvhpc-22.9-ompi, -, -, +, -,
99 
+Gromacs (single-precision), 2022.4, gromacs/2022.4_gnu-8.5.0_cuda-11.7_ompi_sp_smp, -, -, +, -, GCC+SMP+CUDA
100 
+Gromacs (double-precision), 2022.4, gromacs/2022.4_gnu-8.5.0_cuda-11.7_ompi_dp_smp, -, -, +, -, GCC+SMP+CUDA
101 
+
102 
+## cuda
103 
+CUDA, 9.2, cuda/9.2, -, -, +, -,
104 
+CUDA, 11.2.1, cuda/11.2.1, -, -, +, -,
105 
+CUDA, 11.7.1, cuda/11.7.1, -, -, +, -,
106 
+
107 
+## ML/DL
108 
+MXNet, 1.9.1, mxnet/1.9.1.py38_cuda-11.7, -, -, +, -, <a href="software/python">Manual</a>
109 
+PyTorch, 1.13.1, pytorch/1.13.1.py38_cuda-11.7, -, -, +, -, <a href="software/python">Manual</a>
110 
+TensorFlow, 2.11.0, tensorflow/2.11.0.py38_cuda-11.2, -, -, +, -, <a href="software/python">Manual</a>
111 
+
112 
+## python
113 
+mpi4py, 3.1.4, mpi4py/3.1.4.py38_nhvpc-22.9-ompi, -, -, +, -, <a href="software/python">Manual</a>
114 
+
115 
+cuDNN, 8.1.1.33, cudnn/8.1.1.33_cuda-11.2, -, -, +, -,
116 
+cuDNN, 8.6.0.163, cudnn/8.6.0.163_cuda-11.7, -, -, +, -,
117 
+NCCL, 2.8.4, nccl/2.8.4_cuda-11.2, -, -, +, -,
118 
+NCCL, 2.14.3, nccl/2.14.3_cuda-11.7, -, -, +, -,
119 
+TensorRT, 7.2.3.4, tensorrt/7.2.3.4_cuda-11.2, -, -, +, -,
120 
+
121 
+
user/pages/20.install/01.mobaxterm/docs.ja.md
History View file @452be89
0 122 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,11 @@
1 
+---
2 
+title: MobaXtermのインストール
3 
+---
4 
+
5 
+[toc]
6 
+
7 
+## MobaXtermとは
8 
+MobaXtermは、SSHクライアント、X11サーバ、ネットワークツール等を備えたWindows用拡張ターミナルです。
9 
+
10 
+## インストール
11 
+[MobaXtermのホームページ](https://mobaxterm.mobatek.net/) の「Download」より、Installer edition をダウンロードします。ダウンロードしたzipファイルを展開し、インストーラ (MobaXterm_installer_xx.msi) を実行します。※xxはバージョン番号です
0 12 
\ No newline at end of file
user/pages/20.install/05.hcp_tools/dialog_install_1.png
History View file @452be89
1 13 
new file mode 100644
2 14 
Binary files /dev/null and b/user/pages/20.install/05.hcp_tools/dialog_install_1.png differ
user/pages/20.install/05.hcp_tools/dialog_install_2.png
History View file @452be89
3 15 
new file mode 100644
4 16 
Binary files /dev/null and b/user/pages/20.install/05.hcp_tools/dialog_install_2.png differ
user/pages/20.install/05.hcp_tools/docs.ja.md
History View file @452be89
5 17 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,60 @@
1 
+---
2 
+title: 'Archaea(旧HCP Tools)のインストール'
3 
+media_order: 'hcp_client_install_1.png,hcp_client_install_2.png,dialog_install_1.png,dialog_install_2.png'
4 
+published: true
5 
+---
6 
+
7 
+[toc]
8 
+## Archaea(旧HCP Tools)とは{#hcp_tools}
9 
+高速なファイル転送ツールとして、Archaea(旧HCP Tools)を提供しています。
10 
+
11 
+Archaea(旧HCP Tools)は、HpFPというプロトコルを使用しているため、高速なファイル転送が可能です。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。
12 
+
13 
+※「HCP Tools」は「Bytrix Archaea tools」に名称が変更されました。
14 
+
15 
+## クライアントソフトについて{#client}
16 
+### バージョン{#current_version}
17 
+サーバにはArchea tools ver1.4がインストールされています。クライアントソフトをインストールする際は **Archaea tools ver.1.4** もしくは **Archaea dialog ver.1.0** をインストールしてください。
18 
+
19 
+### 対応OS{#os}
20 
+* Windows：10
21 
+* RHEL：7 / 8 / 9
22 
+* Ubuntu：1804 / 2004 / 2204
23 
+* Raspberry Pi OS：9 / 11
24 
+* openSUSE Leap：15.2 / 15.3 / 15.4
25 
+* macOS：12 / 13
26 
+
27 
+### クライアントソフトの入手{#download}
28 
+[ダウンロード【最新版】（CLEALINK TECHNOLOGY）](https://support.bytix.tech/latest/)
29 
+
30 
+### インストール方法{#install}
31 
+[ダウンロード【最新版】（CLEALINK TECHNOLOGY）](https://support.bytix.tech/latest/)のインストール方法をご覧ください。
32 
+
33 
+<!--
34 
+### Archea tools{#tools}
35 
+
36 
+#### インストール(Windows){#install_windows}
37 
+1. ダウンロードした BytixArchaeaToolsInstaller.msi を実行します.
38 
+2. セットアップ画面が開きますので、使用許諾契約書の内容を確認し、"使用許諾契約書に同意します"にチェックを入れ、インストール をクリックします。![](hcp_client_install_1.png?resize=500)
39 
+4. インストールするが終了すると完了画面が出ますので、完了 を押してください。インストールはこれで完了です。![](hcp_client_install_2.png?resize=500)
40 
+
41 
+#### インストール(RHEL,SLE){#install_rhel}
42 
+1. 必要なrpmパッケージをダウンロードします。
43 
+2. 以下のようなコマンドでインストールしてください。
44 
+```nohighlight
45 
+# rpm -ivh bytix-archaea-tools-1.4.2-13.el9.x86_64.rpm
46 
+```
47 
+
48 
+#### インストール(Ubuntu,Debian){#install_ubuntu}
49 
+1. 必要なrpmパッケージをダウンロードします。
50 
+2. 以下のようなコマンドでインストールしてください。
51 
+```nohighlight
52 
+# sudo dpkg -i bytix-archaea-tools_1.4.2-13_armhf.deb
53 
+```
54 
+
55 
+### Archea dialog{#dialog}
56 
+#### インストール(Windows){#dialog_windows}
57 
+1. ダウンロードした BytixArchaeaDialogInstaller.msi を実行します。
58 
+2. セットアップ画面が開きますので、使用許諾契約書の内容を確認し、"使用許諾契約書に同意します"にチェックを入れ、インストール をクリックします。![](dialog_install_1.png?resize=500)
59 
+3. インストールするが終了すると完了画面が出ますので、完了 を押してください。インストールはこれで完了です。![](dialog_install_2.png?resize=500)
60 
+-->
0 61 
\ No newline at end of file
user/pages/20.install/05.hcp_tools/hcp_client_install_1.png
History View file @452be89
1 62 
new file mode 100644
2 63 
Binary files /dev/null and b/user/pages/20.install/05.hcp_tools/hcp_client_install_1.png differ
user/pages/20.install/05.hcp_tools/hcp_client_install_2.png
History View file @452be89
3 64 
new file mode 100644
4 65 
Binary files /dev/null and b/user/pages/20.install/05.hcp_tools/hcp_client_install_2.png differ
user/pages/20.install/docs.ja.md
History View file @452be89
5 66 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,22 @@
1 
+---
2 
+title: 各種ツールのインストール
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    mode: active
11 
+    target: _blank
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## MobaXterm{#mobaxterm}
17 
+MobaXtermはSSHクライアント、X11サーバ、ネットワークツール等を備えたWindows用拡張ターミナルです。[MobaXtermのホームページ](https://mobaxterm.mobatek.net/)からダウンロードすることができます。<br>
18 
+インストール方法については、[MobaXtermのインストール](/install/mobaxterm)をご覧ください。
19 
+
20 
+## HCP Tools{#hcptools}
21 
+HCP Toolsは、HpFPというプロトコルを使用したファイル転送ツールです。専用のパッケージをインストールしていただくことでご利用いただけます。<br>
22 
+インストール方法については、[HCP Toolsクライアントソフトのインストール](/install/hcp_tools)をご覧ください。
user/pages/30.group/docs.ja.md
History View file @452be89
0 23 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,294 @@
1 
+---
2 
+title: グループ管理者向け情報
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+---
12 
+
13 
+[toc]
14 
+
15 
+## グループ管理者とは{#introduction}
16 
+
17 
+
18 
+グループ管理者とは、グループコース、専用クラスタコースの管理を行う権限を持った人を指します。
19 
+初期設定では、グループ管理者はサービスコースの申請者となっています。また、サービスコースの申請者はグループ管理者を追加/変更することも可能です。追加/変更は[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) から申請してください。
20 
+
21 
+グループ管理者は、グループを管理するためのコマンドを利用することができます。この管理者専用コマンドによって、グループメンバーやグループに割り当てられたキューやディスクを管理できます。
22 
+
23 
+<!--
24 
+## グループ管理者の確認（group_managers）{#group_managers}
25 
+
26 
+
27 
+**group_managers** コマンドで、現在のグループ管理者を確認できます。
28 
+
29 
+
30 
+```nohighlight
31 
+$ group_managers
32 
+Group: gr19999, Managers: a59990,a59992
33 
+```
34 
+-->
35 
+
36 
+
37 
+
38 
+##  グループメンバーの管理 {#group_members}
39 
+
40 
+グループのメンバーは、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal) にログインすることで、メンバーの確認および追加/削除が可能です。
41 
+
42 
+<!--
43 
+**group_members** コマンドで、グループメンバーの表示、追加ができます。メンバーはグループ専用キューへのジョブ投入やLARGEディスクスペースを利用することができます。
44 
+
45 
+**グループメンバーの表示**
46 
+
47 
+
48 
+```nohighlight
49 
+$ group_members -g gr19999 -l
50 
+gr19999:a59990,a59991,a59992,a59993,a59994
51 
+```
52 
+
53 
+
54 
+**グループメンバーの削除**
55 
+
56 
+
57 
+```nohighlight
58 
+$ group_members -g gr19999 -d b59999
59 
+deleting user b59999 from group gr19999
60 
+```
61 
+
62 
+
63 
+**グループメンバーの追加**
64 
+
65 
+
66 
+```nohighlight
67 
+$ group_members -g gr19999  -a b59999
68 
+adding user b59999 to group gr19999
69 
+```
70 
+
71 
+
72 
+* サービスコースの支払責任者配下の利用者は、自動的にグループのメンバーとして登録されています。
73 
+* このコマンドで追加したメンバーは、グループ用キューへのジョブ投入やLARGEディスクスペースを利用することができます。
74 
+* group_members コマンドでユーザの追加削除を行う場合は、-g オプションでグループ名を指定してください。指定しない場合、操作者のカレントグループが適用されます。そのため、カレントグループが操作者の利用者IDとなっていた場合、ご希望のグループではなく、当該利用者IDのグループにユーザが追加されてしまいます。
75 
+
76 
+#### グループに追加したメンバーのキュー利用に関する注意
77 
+
78 
+グループメンバーを新規追加しても、そのメンバーがグループ用キューを即座に利用できるようになるわけではありません。追加されたメンバーがキューにジョブを投入するためには、ジョブスケジューラシステムに設定変更が反映される必要があります。反映は設定変更の翌朝に行われます。お急ぎの場合は、プログラミング相談室 までご連絡ください。
79 
+
80 
+#### グループメンバーと負担金請求先について
81 
+
82 
+グループコースの無料の利用者追加枠の対象は、グループコースの支払責任者との予算による紐づきで判定します。無料の対象とするためには、利用申請書の提出が必要です。
83 
+group_members コマンドまたは利用者ポータルでグループメンバーを追加しただけでは対象となりませんので、ご注意ください。
84 
+
85 
+-->
86 
+
87 
+
88 
+## LARGEディスクスペースのバックアップ設定（group_backup）{#group_backup}
89 
+
90 
+
91 
+**group_backup** コマンドで、LARGEディスクスペースのバックアップの設定ができます。LARGEディスクスペースは、 _/LARGE0/グループ名_ ディレクトリと _/LARGE1/グループ名_ ディレクトリで構成されており、以下の2つの状態のどちらかを設定できます。
92 
+
93 
+設定状態    |   /LARGE0/グループ名    |    /LARGE1/グループ名
94 
+:----------:|:------------------:|:-------------------:
95 
+バックアップ使用  |    Safe（バックアップあり）  |    Backup （バックアップ先）
96 
+バックアップ未使用 |   Unsafe（バックアップなし） |   Unsafe（バックアップなし）
97 
+
98 
+このうち、設定がSafe または Unsafeとなっているディスクを利用できます。
99 
+
100 
+
101 
+**バックアップ設定の確認**
102 
+
103 
+対象とするグループは -g オプションで指定可能です。省略した場合は、コマンド実行時のカレントグループが対象となります。
104 
+
105 
+
106 
+```nohighlight
107 
+$ group_backup -g gr19999 -l
108 
+ Num  Filesystem             Status  Filesystem             Status
109 
+  1)  /LARGE0/gr19999  ... Safe    /LARGE1/gr19999    ... Backup　<- バックアップ使用状態
110 
+```
111 
+
112 
+
113 
+**バックアップ未使用に設定**
114 
+
115 
+
116 
+```nohighlight
117 
+$ group_backup -g gr19999 --unsafe 1
118 
+/LARGE0/gr19999: Safe   => UnSafe
119 
+/LARGE1/gr19999: Backup => UnSafe
120 
+```
121 
+
122 
+
123 
+**バックアップ設定の確認（変更後）**
124 
+
125 
+
126 
+```nohighlight
127 
+$ group_backup -g gr19999 -l
128 
+ Num  Filesystem             Status  Filesystem             Status
129 
+  1)  /LARGE0/gr19999    ... UnSafe  /LARGE1/gr19999    ... UnSafe  <- バックアップ未使用状態
130 
+```
131 
+
132 
+
133 
+**バックアップ使用状態に戻す**
134 
+
135 
+
136 
+```nohighlight
137 
+$ group_backup -g gr19999 --safe 1
138 
+/LARGE0/gr19999: Unsafe => Safe
139 
+/LARGE1/gr19999: Unsafe => Backup
140 
+```
141 
+
142 
+
143 
+
144 
+##  LARGEディスクスペースのファイル整理（group_trash）{#group_trash}
145 
+
146 
+
147 
+**group_trash** コマンドで、LARGEディスクスペースにあるファイルを削除(ゴミ箱へ移動)することができます。卒業などでいなくなった利用者のファイルなど、ファイルオーナーが存在しないファイルなどを削除することができます。もし誤って削除してしまった場合はゴミ箱から復元できますが、ゴミ箱は毎週月曜日に空になりますので注意してください。
148 
+
149 
+**group_trashコマンドで削除**
150 
+
151 
+対象とするグループを -g オプションで指定してください。省略した場合は、コマンド実行時のカレントグループでグループ管理者の権限を判定します。
152 
+
153 
+
154 
+```nohighlight
155 
+$ group_trash -g gr19999 /LARGE0/gr19999/file1
156 
+file1 to Trash (/LARGE0/gr19999/.DpcTrash/b59999/2009-04-10_1010)
157 
+```
158 
+## キュー利用メンバーの管理{#queue_members}
159 
+
160 
+Slurmのキューの権限の管理の単位として、ユーザとグループの2種類があります。ユーザは初期設定では空にしており、
161 
+グループには初期設定としてキュー名に対応するグループが最初から登録されています。
162 
+
163 
+複数のグループでキューを利用する場合や、グループに所属していない単一の利用者に対してキューの利用権限を付与したいと
164 
+いったご要望がありましたら、[問い合わせフォーム](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult) より
165 
+お問い合わせ下さい。
166 
+
167 
+##  キューのジョブスケジューリングポリシー{#queue_policy}
168 
+
169 
+本センターのジョブスケジューリングポリシーは、以下の3種類から選択することができます。
170 
+個別キュー(grXXXXXx)をご契約いただいている場合は、
171 
+申請者の方から、[問い合わせフォーム](https://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult) へ
172 
+ご希望のスケジューリングポリシーをご連絡いただくことで、変更することが可能です。
173 
+(エントリコースやパーソナルコースなどの共有キューについては、ご希望をお受けすることはできません)
174 
+
175 
+設定値     |   動作
176 
+:-------:|------
177 
+  pass   | あるジョブを実行するのに十分な計算資源がある場合、そのジョブよりも前に並んでいる実行待ちジョブを追い越して実行する。<br>効率的に計算資源を利用できるが、大規模なジョブがいつまでも実行されない可能性が生じる。**【初期設定値】**
178 
+  wait   | 計算資源に空きがある場合でも、ジョブ間の追越しは発生しない。
179 
+backfill | 各ジョブの実行時間制限（-t）をもとに計算を行い、他のジョブの実行開始時刻に影響を及ぼさない場合のみ、追越しが発生する。たとえば、大規模ジョブが開始されるまでの間に実行を完了できる小さなジョブを走らせることで資源を有効活用できる。
180 
+
181 
+
182 
+<!--
183 
+
184 
+##  キュー利用メンバーの管理（queue_acl_users, queue_acl_groups）{#queue_members}
185 
+
186 
+
187 
+**queue_acl_users** コマンドおよび**queue_acl_groups**コマンドで、キュー利用メンバーの表示、追加、削除ができます。登録されているメンバーはキューへジョブを投入することができます。
188 
+
189 
+PBSの権限の管理の単位として、acl_usersとacl_groupsの2種類があります。acl_usersは初期設定では空にしており、acl_groupsには初期設定としてキュー名に対応するグループが最初から登録されています。
190 
+
191 
+複数のグループでキューを利用する場合は queue_acl_groups コマンドでグループを追加してください。ユーザ個別に追加する場合も、ユーザ名と同名のグループを追加することで対応可能です。
192 
+
193 
+複雑な制御として、特定のグループの特定のユーザのみに利用権限を付与したい場合は、acl_groupsだけでなく、acl_users にユーザを追加することで、両方の条件を満たす方のみがジョブ投入できるように制御可能です。
194 
+
195 
+**キュー利用メンバーの表示(acl_groups)**
196 
+
197 
+
198 
+```nohighlight
199 
+$ queue_acl_groups -q gr19999a -l
200 
+Request: acl_groups: gr19999
201 
+PBS    : acl_groups: gr19999
202 
+```
203 
+
204 
+
205 
+**キュー利用メンバーの追加(acl_groups)**
206 
+
207 
+```nohighlight
208 
+$ queue_acl_groups -q gr19999a -a gr19999
209 
+```
210 
+
211 
+**キュー利用メンバーの削除(acl_groups)**
212 
+
213 
+
214 
+```nohighlight
215 
+$ queue_acl_groups -q gr19999a -d gr19999
216 
+```
217 
+
218 
+* どの操作についても、-qオプションによるキューの指定が必須となります。
219 
+* メンバーの追加や削除は、設定変更の翌日の朝にジョブスケジューラシステムに反映されます。（将来的に1時間に1回程度に改善する予定です）
220 
+
221 
+##  キュー利用メンバーの管理（queue_members）{#queue_members}
222 
+
223 
+
224 
+**queue_members** コマンドで、キュー利用メンバーの表示、追加、削除ができます。登録されているメンバーはキューへジョブを投入することができます。なお、グループコースキューには、初期設定として当該グループが最初から登録されています。
225 
+
226 
+**キュー利用メンバーの表示**
227 
+
228 
+
229 
+```nohighlight
230 
+$ queue_members -q gr19999a -l
231 
+gr19999
232 
+w12345
233 
+```
234 
+
235 
+
236 
+**キュー利用メンバーの追加**
237 
+
238 
+
239 
+```nohighlight
240 
+$ queue_members -q gr19999a -a b67890
241 
+```
242 
+
243 
+
244 
+**キュー利用メンバーの削除**
245 
+
246 
+
247 
+```nohighlight
248 
+$ queue_members -q gr19999a -d w12345
249 
+```
250 
+
251 
+
252 
+* どの操作についても、-qオプションによるキューの指定が必須となります。
253 
+* メンバーの追加や削除は、設定変更の翌日の朝にジョブスケジューラシステムに反映されます。
254 
+
255 
+
256 
+
257 
+##  キューのジョブスケジューリングポリシー設定（queue_policy）{#queue_policy}
258 
+
259 
+[オンライン相談室](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/contact.html#consult)にメールで依頼いただくことで、キューのジョブスケジューリングについてのポリシー設定ができます。キューに投入されたジョブの実行順序を決めるポリシー（SCHEDULING_POLICY）と、実行順序が自分より早いジョブを追い越して実行してもよいかを設定するポリシー（PASSING_POLICY）の2種類について設定が可能です。
260 
+
261 
+
262 
+* SCHEDULING_POLICY
263 
+
264 
+
265 
+
266 
+    設定値     |                                    動作
267 
+    :-----------:|:-------------------------------------------------------------------------:
268 
+    fcfs    |          キューに投入された順番でジョブを実行する先着順スケジューリング（First-Come, First-Served）。初期設定値。
269 
+    fairshare |   ユーザ間でリソースを公平に使用できるように動的優先順位を内部で計算し、優先順位の高いユーザのジョブから順に実行するフェアシェアスケジューリング。
270 
+
271 
+
272 
+* PASSING_POLICY
273 
+
274 
+
275 
+
276 
+    設定値     |   動作
277 
+    :----------:|:------:
278 
+           pass   |          あるジョブを実行するのに十分な計算資源がある場合、そのジョブよりも前に並んでいる実行待ちジョブを追い越して実行する。効率的に計算資源を利用できるが、大規模なジョブがいつまでも実行されない可能性が生じる。初期設定値。
279 
+           wait   |                                             計算資源に空きがある場合でも、ジョブ間の追越しは発生しない。
280 
+         backfill |   各ジョブの実行時間制限（-W）をもとに計算を行い、他のジョブの実行開始時刻に影響を及ぼさない場合のみ、追越しが発生する。たとえば、大規模ジョブが開始されるまでの間に実行を完了できる小さなジョブを走らせることで資源を有効活用できる。
281 
+
282 
+
283 
+
284 
+##  キュー内のジョブキャンセル（group_qdel）{#group_qdel}
285 
+
286 
+**group_qdel** コマンドで、管理するキュー内のジョブをキャンセルすることができます。グループ管理者は、自身が投入したジョブに限らず、キュー内のすべてのジョブをキャンセルすることができます。
287 
+
288 
+
289 
+```nohighlight
290 
+$ group_qdel 123444
291 
+qdel: Job <123444> has finished
292 
+```
293 
+
294 
+-->
user/pages/51.using_hpci/docs.ja.md
History View file @452be89
0 295 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,138 @@
1 
+---
2 
+title: HPCI利用に関する情報
3 
+media_order: 'hpci_statistics.png,portal_password_02.png,portal_password_01.png,portal_password_new_02.png,hpci_statistics_new.png,portal_password_new_01.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+このページでは、HPCIで京都大学学術情報メディアセンターを利用される方向けに利用方法を説明します。
18 
+
19 
+## 利用開始手続きについて{#usage_approval}
20 
+利用登録を完了された方には、Eメールにて登録完了通知を送付いたします。
21 
+登録完了通知を受け取ったら、[利用開始手続き](/misc/portal_init)を行ってください。
22 
+
23 
+### 利用者番号の用途{#usage_usernum}
24 
+「登録完了通知」でお知らせした利用者番号は、下表の用途に使用します。
25 
+なお、両方の区分に該当する場合もあります。
26 
+プライマリセンターならびに計算資源については、[HPCI申請支援システム](https://www.hpci-office.jp/entry/) で確認できます。
27 
+
28 
+| 区分 | 利用者番号の用途 |
29 
+|------------------------|---------------------------------------------------------------|
30 
+| 京都大学をプライマリセンターに指定の方 | 証明書の発行など、WEB認証が必要な際に **HPCIアカウント** として使用します。|
31 
+<!--
32 
+| 京都大学の計算資源を利用の方 | 京都大学の計算資源内でのみ有効なログインIDです。HPCIの利用において意識する必要性は低いですが、直接SSH接続することも可能です。|
33 
+-->
34 
+## システムの利用方法{#use_system}
35 
+### システムへのログイン方法{#system_login}
36 
+電子証明書の発行ならびにログインの手順は、[HPCIから提供されているマニュアル](https://www.hpci-office.jp/pages/hpci_info_manuals) をご覧ください。
37 
+<!--
38 
+京都大学の計算資源を使用する場合のホスト名は、以下の通りです。
39 
+なお、電子証明書発行後にログインを許可する登録処理を行いますので、15分程度時間を空けてログインしてください。
40 
+
41 
+| システム名 | ホスト名 |
42 
+|-------------------------------|-----------------------------------------|
43 
+| システムA(Cray XC40) | camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp |
44 
+-->
45 
+HPCIでは電子証明書を使用して、GSI認証 (Grid Security Infrastructure)によるSSH(GSI-SSH)により資源提供機関にログインします。
46 
+
47 
+<!--
48 
+### 京都大学の計算資源経由でHPCIを利用する場合{#hpci_via_kuresources}
49 
+京都大学の計算資源には、GSI-SSHに必要となる gsissh コマンドおよび myproxy-logon コマンドを用意してあります。
50 
+
51 
+京都大学の計算資源を利用可能な方は [こちら](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/login) のページを参考にログインいただくと、
52 
+HPCI用の環境構築を行わなくとも、京都大学の計算資源経由で他のシステム構成機関にログインすることが可能です。
53 
+その場合は、以下のように myproxy-logon(代理証明書の取得)および gsissh コマンドを利用してください。
54 
+
55 
+```nohighlight
56 
+## 代理証明書の取得 (hpci00XXXX は 自身のHPCI-IDに置き換え)
57 
+$ myproxy-logon -s portal.hpci.nii.ac.jp -l hpci00XXXX
58 
+
59 
+## 他の資源提供機関へのログイン{#login_of_other_facility}
60 
+$ gsissh host01.example.jp
61 
+```
62 
+
63 
+### システムの利用方法{#using_system}
64 
+システムの利用方法は、[システムへの接続方法](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/login) などをご覧ください。
65 
+HPCIで利用できるシステムはシステムA(Cray XC40)となっています。
66 
+
67 
+#### 計算資源の利用{#using_computing}
68 
+HPCIの計算資源を利用するには、バッチでのジョブ投入時に以下のキュー名を指定する必要があります。
69 
+バッチシステムの詳しい利用方法は、[バッチ処理(システムA)](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/run/systema) をご覧ください。
70 
+**キュー名に含まれるHPCI課題IDは初回採択時課題IDが利用されます。**
71 
+
72 
+| 分類 | システム | 種別 | キュー名 | ノード数(2022年度) | 備考|
73 
+|-----------|---------------|-----------------|-----------------|-------------------|---------------------|
74 
+| HPCI | A | 通期利用 | hpa | 200 ノード | HPCIの利用者で共有します。複数の課題で共有して使用しますので、長期間の占有利用は控えてください。|
75 
+| HPCI-JHPCN | A | 通期利用 | jha | 52 ノード | HPCI-JHPCNの利用者で共有します。複数の課題で共有して使用しますので、長期間の占有利用は控えてください。|
76 
+| HPCI-JHPCN | A | 集中利用 | jhXXXXXXa | 64 ノード | 「jhXXXXXX」は課題IDに置き換えてください。利用期間は課題代表者に個別に通知します。|
77 
+
78 
+#### 課題ID(グループ)の指定{#group_assign}
79 
+京都大学では、HPCIで複数課題に採択された場合でも同じのログインID(利用者番号)を使用します。
80 
+バッチでのジョブ投入時に、キュー名およびグループ名を明示的に指定することで課題を切り替えてください。
81 
+
82 
+下の例はバッチジョブの投入に必要となるジョブスクリプトのシステムAでのサンプルです。
83 
+「#QSUB -ug 」でグループ名にhp189999を指定しています。グループ名のHPCI課題IDには初回採択時課題IDが利用されます。
84 
+
85 
+```nohighlight
86 
+$ cat sample.sh
87 
+#!/bin/bash
88 
+#============ PBS Options ============
89 
+#QSUB -q hpa
90 
+#QSUB -ug hp189999
91 
+#QSUB -W 2:00
92 
+#QSUB -A p=4:t=8:c=8:m=1800M
93 
+#============ Shell Script ============
94 
+aprun -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN ./a.out
95 
+```
96 
+
97 
+### ストレージの利用{#use_storage}
98 
+#### 京都大学のストレージ{#ku_storage}
99 
+HPCIの課題で利用できる京都大学のストレージのパスは以下の通りです。
100 
+/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 のどちらかの組み合わせを利用いただけます。
101 
+利用可能なLARGE領域は課題代表者及び連絡責任者の方にメールで通知しています。
102 
+
103 
+課題あたりに利用可能な容量は以下の通りです。
104 
+
105 
+| 課題 | 利用可能な容量 |
106 
+|--------------------|------------------------------------------------|
107 
+|HPCIのシステムA利用課題| 資源提供通知の大容量ディスク欄に記載 (/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 に半分ずつ割当)|
108 
+|HPCI-JHPCNのシステムA利用課題| 資源提供通知の大容量ディスク欄に記載 (/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 に半分ずつ割当)|
109 
+
110 
+/LARGE1および/LARGE3は、初期状態で/LARGE0 ならびに /LARGE2のバックアップ先となっています。
111 
+/LARGE1および3はバックアップを解除することで利用可能になります。
112 
+バックアップ設定の変更は、[お問い合わせフォーム](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/inquiry/?q=consult) よりご依頼ください。
113 
+
114 
+この他にホームディレクトリが、100GBまで利用できます。
115 
+ストレージの詳しい利用方法は、[ファイルシステムの利用](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/filesystem) をご覧ください。
116 
+
117 
+#### 共用ストレージ{#shared_storage}
118 
+HPCI共用ストレージの利用が可能な課題の利用者向けのマウントポイントは以下の通りです。
119 
+詳しい利用方法は、[HPCI共用ストレージ利用マニュアル](https://www.hpci-office.jp/pages/hpci_info_manuals) をご覧ください。
120 
+
121 
+| マウントポイント |
122 
+| ----------------------- |
123 
+| /gfarm/課題ID/利用者番号 |
124 
+
125 
+#### 利用状況の確認{#check_using_status}
126 
+[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/) にログインし、
127 
+上部メニューの統計情報から、左メニューのHPCI統計をクリックすると利用状況が確認できます。
128 
+
129 
+![](hpci_statistics_new.png)
130 
+
131 
+コア経過時間(秒)の値を3600で割って単位を「時間」にし、68(システムAのノード当たりコア数) で割っていただければ、
132 
+利用可能枠のノード時間に対する利用実績を算出することができます。
133 
+なお、このページではキューを利用可能な全ユーザの情報が表示されますので、それらを合計した値と課題割当時間を比較していただく必要があります。
134 
+-->
135 
+
136 
+#### 情報共有CMS{#info_cms}
137 
+HPCIの利用者に対して、各システム構成機関からの利用者向け情報発信ならびに、課題参加者が課題内でドキュメントを共有するための管理システムを運用しておりますのでご活用ください。
138 
+* [情報共有CMSのご案内](https://www.hpci-office.jp/pages/info_cms)
user/pages/51.using_hpci/hpci_statistics.png
History View file @452be89
0 139 
new file mode 100644
1 140 
Binary files /dev/null and b/user/pages/51.using_hpci/hpci_statistics.png differ
user/pages/51.using_hpci/hpci_statistics_new.png
History View file @452be89
2 141 
new file mode 100644
3 142 
Binary files /dev/null and b/user/pages/51.using_hpci/hpci_statistics_new.png differ
user/pages/51.using_hpci/portal_password_01.png
History View file @452be89
4 143 
new file mode 100644
5 144 
Binary files /dev/null and b/user/pages/51.using_hpci/portal_password_01.png differ
user/pages/51.using_hpci/portal_password_02.png
History View file @452be89
6 145 
new file mode 100644
7 146 
Binary files /dev/null and b/user/pages/51.using_hpci/portal_password_02.png differ
user/pages/51.using_hpci/portal_password_new_01.png
History View file @452be89
8 147 
new file mode 100644
9 148 
Binary files /dev/null and b/user/pages/51.using_hpci/portal_password_new_01.png differ
user/pages/51.using_hpci/portal_password_new_02.png
History View file @452be89
10 149 
new file mode 100644
11 150 
Binary files /dev/null and b/user/pages/51.using_hpci/portal_password_new_02.png differ
user/pages/52.fx700/docs.ja.md
History View file @452be89
12 151 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,275 @@
1 
+---
2 
+title: FX700の利用方法
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+media_order: fx700_system.png
12 
+published: true
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 概要 {#overview}
18 
+
19 
+PRIMEHPC FX700は、富岳と同じCPUを搭載した最新のスーパーコンピュータです。京都大学学術情報メディアセンターでは、FX700を小規模な構成で保有しており、スーパーコンピュータシステムの利用者向けの評価環境として提供しています。
20 
+
21 
+利用するためには、[FX700「試用制度」及び「小ノード実行枠」](http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/support/kyodo/fx700_2021.html)に応募してください。試用制度であれば審査なし1か月間お使いいただけます。利用にかかる費用負担はありません。
22 
+
23 
+! 2023年4月より、ジョブスケジューラを PBS から Slurm に変更しました。
24 
+
25 
+## システム構成 {#system}
26 
+
27 
+Camphor3やLaurel3とは独立したネットワークに接続した小規模なPCクラスタ型の構成です。
28 
+ログインノードは、Intel Xeonプロセッサ（x86_64アーキテクチャ）のサーバのため、計算ノードのA64FXプロセッサ（aarch64アーキテクチャ）でプログラムを実行するためには、クロスコンパイルが必要となります。利便性を考えて、計算ノード fx-0001 でも対話的にネイティブコンパイルが可能な構成としています。
29 
+
30 
+![fx700_system](fx700_system.png?lightbox=100%&resize=600 "fx700_system")
31 
+
32 
+計算ノードCPU仕様
33 
+
34 
+| 項目 | 内容
35 
+| ------------ | --------------
36 
+| 名称 | A64FX
37 
+| 命令 | セット
38 
+| アーキテクチャー | Armv8.2-A SVE
39 
+| 演算コア数 | 48 コア
40 
+| クロック | 1.8 GHz
41 
+| 理論演算性能 | 2.7648 TFLOPS
42 
+
43 
+計算ノード仕様
44 
+
45 
+| 項目 | 内容
46 
+| ------------ | --------------
47 
+| アーキテクチャー | 1 CPU/ノード
48 
+| メモリ容量 | 32 GiB（HBM2, 4スタック）
49 
+| メモリバンド幅 | 1,024 GB/s
50 
+| インターコネクト | InfiniBand EDR
51 
+| 内蔵ストレージ |  M.2 SSD Type 2280 スロット（NVMe）
52 
+| OS | Red Hat Enterprise Linux 8
53 
+
54 
+[PRIMEHPC FX700の製品情報](https://www.fujitsu.com/jp/products/computing/servers/supercomputer/downloads/#anc-fx700)
55 
+
56 
+
57 
+### ログインノード {#login}
58 
+
59 
+FX700にログインするには、SSH公開鍵認証により次のホストに接続してください。
60 
+
61 
+```
62 
+fx-login.kudpc.kyoto-u.ac.jp
63 
+```
64 
+ - スパコンの利用者ポータルに登録済みの鍵でログインできます。（Camphor3, Laurel3のホームディレクトリにあるauthorized_keysに直接追加した鍵は利用できません）
65 
+ - クラスタ内部はホストベース認証で相互ログイン可能です。
66 
+
67 
+### 共有ストレージ {#storage}
68 
+
69 
+/home および /work を共有ストレージとして構成しています。/homeは fx-loginのローカルストレージですので、ログインノード上の操作に対する応答は高速ですが、負荷には強くありません。計算の実行には /work をご利用ください。
70 
+
71 
+```bash
72 
+[root@fx-0001 ~]# df -h /home/ /work/
73 
+Filesystem         Size  Used Avail Use% Mounted on
74 
+fx-login-ib:/home  399G   27G  373G   7% /home
75 
+armst-ib:/work     7.0T   25G  7.0T   1% /work
76 
+```
77 
+ - /home は fx-login:/home をマウントしています。 ** ユーザ当たり20GB の容量制限をかけています。**
78 
+ - /work は armst:/work をマウント。計算にはこちらを使ってください。 **ユーザ当たり 500GB の容量制限をかけています。**
79 
+ - /home, /workはautofsによりアクセス時に都度マウントする仕様です。
80 
+ - /work の容量が不足する場合はご相談ください。
81 
+ - ファイルサーバの応答が無い場合は管理者にお知らせください。ファイルサーバ側を再起動します。
82 
+ - 利用終了後にファイルは削除しますので、利用期間中にご自身でバックアップを実施してください。
83 
+
84 
+## コンパイル方法 {#compile}
85 
+
86 
+利用可能なコンパイラは Fujitsu compiler と GCC です.
87 
+
88 
+### Fujitsu コンパイラ {#fujitsu-compiler}
89 
+
90 
+**fx-login におけるクロスコンパイル用コマンド**
91 
+```bash
92 
+# fortran用
93 
+[b12345@fx-login ~]$ frtpx -v
94 
+frtpx: Fujitsu Fortran Compiler 4.4.0
95 
+使用法: frtpx [オプション] ファイル
96 
+
97 
+[b12345@fx-login ~]$ mpifrtpx -v
98 
+frtpx: Fujitsu Fortran Compiler 4.4.0
99 
+使用法: frtpx [オプション] ファイル
100 
+
101 
+# C言語用
102 
+[b12345@fx-login ~]$ fccpx -v
103 
+fccpx: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
104 
+simulating gcc version 6.1
105 
+
106 
+[b12345@fx-login ~]$ mpifccpx -v
107 
+fccpx: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
108 
+simulating gcc version 6.1
109 
+使用法: fccpx [オプション] ファイル
110 
+
111 
+# C++言語用
112 
+[b12345@fx-login ~]$ FCCpx  -v
113 
+FCCpx: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
114 
+simulating gcc version 6.1
115 
+使用法: FCCpx [オプション] ファイル
116 
+
117 
+[b12345@fx-login ~]$ mpiFCCpx -v
118 
+FCCpx: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
119 
+simulating gcc version 6.1
120 
+使用法: FCCpx [オプション] ファイル
121 
+```
122 
+
123 
+**fx-0001 におけるネイティブコンパイル用コマンド**
124 
+```bash
125 
+# fortran用
126 
+[b12345@fx-0001 ~]$ frt -v
127 
+frt: Fujitsu Fortran Compiler 4.4.0
128 
+使用法: frt [オプション] ファイル
129 
+
130 
+[b12345@fx-0001 ~]$ mpifrt -v
131 
+frt: Fujitsu Fortran Compiler 4.4.0
132 
+使用法: frt [オプション] ファイル
133 
+
134 
+# C言語用
135 
+[b12345@fx-0001 ~]$ fcc -v
136 
+fcc: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
137 
+simulating gcc version 6.1
138 
+使用法: fcc [オプション] ファイル
139 
+
140 
+[b12345@fx-0001 ~]$ mpifcc -v
141 
+fcc: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
142 
+simulating gcc version 6.1
143 
+使用法: fcc [オプション] ファイル
144 
+
145 
+# C++言語用
146 
+[b12345@fx-0001 ~]$ FCC -v
147 
+FCC: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
148 
+simulating gcc version 6.1
149 
+使用法: FCC [オプション] ファイル
150 
+
151 
+[b12345@fx-0001 ~]$ mpiFCC -v
152 
+FCC: Fujitsu C/C++ Compiler 4.4.0
153 
+simulating gcc version 6.1
154 
+使用法: FCC [オプション] ファイル
155 
+```
156 
+
157 
+代表的なコンパイルオプション
158 
+
159 
+| オプション名 | 説明
160 
+| ------------ | --------------
161 
+| -Kopenmp | OpenMP指示子を有効にしてコンパイルします。
162 
+| -Kparallel | 自動並列化を有効にします。
163 
+| -Kfast | ターゲットマシン上で高速に実行するオブジェクトプログラムを作成します。-O3 -Keval,fast_matmul,fp_contract,fp_relaxed,fz,ilfunc,mfunc,omitfp,simd_packed_promotion と等価です。
164 
+| -KA64FX | A64FXプロセッサ向けのオブジェクトファイルを出力するように指示します。
165 
+| -KSVE | Armv8-Aアーキテクチャの拡張であるSVEを利用するか否かを指示します。
166 
+
167 
+コンパイラの詳細は、マニュアルを参照してください。
168 
+
169 
+[富士通コンパイラマニュアル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/auth/manual/fcomp/lastest)
170 
+（アクセスにはスパコンのログインアカウントで認証が必要）
171 
+
172 
+### GCC
173 
+
174 
+fx-0001上でネイティブコンパイルしてください。
175 
+```bash
176 
+[b12345@fx-0001 ~]$ gfortran --version
177 
+GNU Fortran (GCC) 8.3.1 20191121 (Red Hat 8.3.1-5)
178 
+Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
179 
+This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
180 
+warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
181 
+
182 
+[b12345@fx-0001 ~]$ gcc --version
183 
+gcc (GCC) 8.3.1 20191121 (Red Hat 8.3.1-5)
184 
+Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
185 
+This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
186 
+warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
187 
+
188 
+[b12345@fx-0001 ~]$ g++ --version
189 
+g++ (GCC) 8.3.1 20191121 (Red Hat 8.3.1-5)
190 
+Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
191 
+This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
192 
+warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
193 
+```
194 
+
195 
+
196 
+## ジョブ投入方法 (Slurm) {#job}
197 
+
198 
+sbatchコマンドでジョブを投入してください。Camphor3, Laurel3 とはジョブスクリプトの記述方法が異なりますのでご注意ください。
199 
+Camphor3, Laurel3 はSlurm を独自仕様にカスタマイズしていますが、FX700は標準のSlurmの機能のみを使用します。
200 
+
201 
+
202 
+### バッチキュー {#queue}
203 
+
204 
+1ノードだけ割り当てたdebugキューと、10ノード割り当てた shortキューがあります。
205 
+debugキューでテストした後に、shortキューで本番のジョブを実行してください。
206 
+
207 
+```bash
208 
+$ sinfo -s
209 
+PARTITION AVAIL  TIMELIMIT   NODES(A/I/O/T) NODELIST
210 
+debug*       up   infinite         2/7/2/11 fx-[0002-0012]
211 
+short        up   infinite         2/7/2/11 fx-[0002-0012]
212 
+```
213 
+
214 
+### オプション
215 
+|オプション|説明|初期値|最大値|
216 
+|----------|----|------|------|
217 
+|#SBATCH -p _QUEUE_ | キュー名の指定 | -- | -- |
218 
+|#SBATCH -N _NODE_ |使用するノード数の指定|1|試用制度:1 / 小ノード実行枠:8|
219 
+|#SBATCH -n _PROCS_ |プロセス数の指定|1|試用制度:48 / 小ノード実行枠:384|
220 
+|#SBATCH --cpus-per-task=_CORES_|プロセスあたりのコア数の指定|1|48|
221 
+|#SBATCH --mem=_MEMORY_|プロセスあたりのメモリサイズの指定|650M|31200M|
222 
+|#SBATCH -t _HOUR_:_MINUTES_:_SECONDS_ | 実行時間の上限を指定 | 1:00:00(1時間) | 168:0:0(7日間)|
223 
+
224 
+### ジョブスクリプトの記述例 {#jobscript}
225 
+
226 
+ジョブスクリプト例1 (1コア8GBを確保した逐次ジョブ)
227 
+```bash
228 
+#!/bin/bash
229 
+#SBATCH -p debug
230 
+#SBATCH -N 1              # ノード数
231 
+#SBATCH -n 8              # プロセス数
232 
+#SBATCH --cpus-per-task=1 # プロセスあたりのコア数
233 
+#SBATCH --mem=8G          # ノード当たりのメモリサイズ
234 
+
235 
+srun ./a.out
236 
+```
237 
+
238 
+ジョブスクリプト例2 (16コア8GBを確保したOpenMPジョブ(16スレッド))
239 
+```bash
240 
+#!/bin/bash
241 
+#SBATCH -p debug
242 
+#SBATCH -N 1               # ノード数
243 
+#SBATCH -n 1               # プロセス数
244 
+#SBATCH --cpus-per-task=16 # プロセスあたりのコア数
245 
+#SBATCH --mem=8G           # ノード当たりのメモリサイズ
246 
+#SBATCH -t 1:00:00 # 経過時間の上限1時間
247 
+
248 
+srun ./a.out
249 
+```
250 
+
251 
+ジョブスクリプト例3 ((48コア、8GBメモリ) x 2ノードのMPIジョブ(96プロセス))
252 
+```bash
253 
+#!/usr/bin/bash
254 
+#SBATCH -p debug
255 
+#SBATCH -N 2               # ノード数
256 
+#SBATCH -n 96              # プロセス数
257 
+#SBATCH --cpus-per-task=1  # プロセスあたりのコア数
258 
+#SBATCH --mem=30G          # ノード当たりのメモリサイズ
259 
+#SBATCH -t 1:00:00 # 経過時間の上限1時間
260 
+
261 
+srun ./a.out
262 
+```
263 
+
264 
+ジョブスクリプト例4 ((48コア、30GBメモリ) x 2ノードのハイブリッドジョブ(24プロセス x 4スレッド))
265 
+```bash
266 
+#!/bin/bash
267 
+#SBATCH -p debug
268 
+#SBATCH -N 2               # ノード数
269 
+#SBATCH -n 24              # プロセス数
270 
+#SBATCH --cpus-per-task=4  # プロセスあたりのコア数
271 
+#SBATCH --mem=30G          # ノード当たりのメモリサイズ
272 
+#SBATCH -t 1:00:00 # 経過時間の上限1時間
273 
+
274 
+srun ./a.out
275 
+```
user/pages/52.fx700/fx700_system.png
History View file @452be89
0 276 
new file mode 100644
1 277 
Binary files /dev/null and b/user/pages/52.fx700/fx700_system.png differ
user/pages/53.s3/Cyberduck_FTPinit.png
History View file @452be89
2 278 
new file mode 100644
3 279 
Binary files /dev/null and b/user/pages/53.s3/Cyberduck_FTPinit.png differ
user/pages/53.s3/Cyberduck_S3Connect.png
History View file @452be89
4 280 
new file mode 100644
5 281 
Binary files /dev/null and b/user/pages/53.s3/Cyberduck_S3Connect.png differ
user/pages/53.s3/WinSCP_FTPinit.png
History View file @452be89
6 282 
new file mode 100644
7 283 
Binary files /dev/null and b/user/pages/53.s3/WinSCP_FTPinit.png differ
user/pages/53.s3/docs.en.md
History View file @452be89
8 284 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,217 @@
1 
+---
2 
+title: 'How to Use Network Storage Services'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    no_follow: true
9 
+    target: _blank
10 
+    mode: active
11 
+media_order: 'Cyberduck_S3Connect.png,portal_afterlogin.png,WinSCP_FTPinit.png,request_passwd.png,generate_passwd.png,Cyberduck_FTPinit.png'
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## Overview
17 
+We have started offering a network storage service on a trial basis to expand our research data storage environment and data collection infrastructure from May 2022.
18 
+You can start using the service by following the procedure from [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal).
19 
+Please note that the maintenance may be performed and service content may be revised without prior notice during the trial period.
20 
+
21 
+### Examples
22 
+*  Research data sharing by storage linkage with [GakuNin RDM](https://rdm.nii.ac.jp/)
23 
+*  Data collection for IoT devices, etc.
24 
+*  Back up of the storage of the supercomputer
25 
+
26 
+## System Configuration
27 
+Small network storage cluster connected to a network independent from the supercomputer system.
28 
+
29 
+Item | Content
30 
+-----|-------------
31 
+Device | DELL EMC isilon A200 x 4<br>DELL EMC PowerScale F200 x 4
32 
+Storage capacity | 260TB
33 
+Front-end network | 5Gbps
34 
+
35 
+##  Services Provided
36 
+If you have a user number/account of Large-scale computer system, you can use the following services free of charge.
37 
+**<span style="color:red">This service does not back up the user's data by the system administrator.</span>Please take measures such as backups as necessary to prepare for the loss of the registered data when using this service.
38 
+**
39 
+
40 
+Item | Content
41 
+-----| -------
42 
+Supported protocols |  FTPS and S3 (Amazon S3 compatible, path format)
43 
+Storage capacity | 100GB
44 
+Transfer capacity | Unlimited
45 
+FTP account | 1
46 
+S3 account | 1
47 
+Number of S3 Buckets | 1
48 
+Number of S3 requests | Unlimited
49 
+Number of S3 objects | Unlimited
50 
+Tine zone of Device | UTC
51 
+
52 
+## How to Start
53 
+1. Access the [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal)and log in with your user number of Large-scale computer system.　
54 
+2. Click "Network Storage Service" in the left column.
55 
+![portal_afterlogin](portal_afterlogin.png)
56 
+3. Select "Generate (Regenerate)" from the drop-down list surrounded by red when issuing a password used for FTP or blue when issuing a secret key for S3, and agree to the precautions. Then click the "Submit" button.
57 
+![request_passwd](request_passwd.png)
58 
+4. When the password/secret key is successfully issued, the password information will be displayed at the top of the screen. Please note that the password information is displayed only **once**.
59 
+![generate_passwd](generate_passwd.png)
60 
+
61 
+
62 
+## How to Connect (S3)
63 
+#### Connection Information
64 
+
65 
+Item|Content
66 
+-------| -----------------------------------
67 
+Access point | s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
68 
+Access key | Please check the user portal.
69 
+Secret key | Please check the user portal.
70 
+Bucket name | Please check the user portal.
71 
+
72 
+### When using awscli
73 
+
74 
+#### How to Install
75 
+Please refer to the [Official Manual](https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/cli/latest/userguide/getting-started-install.html).
76 
+The supercomputer system provides module files. Please see [here](../oss#awscli) for details.
77 
+#### Initial Setting
78 
+```nohighlight
79 
+$ aws configure --profile kudpc
80 
+AWS Access Key ID [None]:     ## Enter the access key issued by the User Portal
81 
+AWS Secret Access Key [None]: ## Enter the secret access key issued by the User Portal
82 
+Default region name [None]:   ## Enter without input
83 
+Default output format [None]: ## Enter without input
84 
+```
85 
+
86 
+#### How to Operate the File
87 
+```nohighlight
88 
+# Basic command system
89 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 [Command]
90 
+
91 
+## Obtain a list of files
92 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 ls s3://b59999
93 
+
94 
+## Upload Files
95 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 cp sample.sh s3://b59999
96 
+
97 
+##Download Files
98 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 cp s3://b59999/sample.sh ./
99 
+
100 
+## Delete files from network storage
101 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 rm s3://b59999/sample.sh
102 
+
103 
+## Synchronize local folders to network storage
104 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 sync ./ s3://b59999
105 
+```
106 
+
107 
+### When using s3fs
108 
+#### How to Install
109 
+Please refer to the [Official Manual](https://github.com/s3fs-fuse/s3fs-fuse/blob/master/README.md).
110 
+The supercomputer system can be used without loading the module.
111 
+
112 
+#### Initial Setting
113 
+```nohighlight
114 
+## Create directory to mount network storage
115 
+$ mkdir ./kudpc-s3
116 
+
117 
+## Create S3 authentication information
118 
+$ echo "{accesss key}:{secret key}" > ${HOME}/.passwd-s3fs
119 
+$ chmod 600 ${HOME}/.passwd-s3fs
120 
+```
121 
+
122 
+#### How to Connect
123 
+```nohighlight
124 
+## mount
125 
+$ s3fs b59999 ./kudpc-s3 -o use_path_request_style,url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp,uid=$(id -u),gid=$(id -g)
126 
+## unmount
127 
+$ fusermount -u ./kudpc-s3
128 
+```
129 
+
130 
+### When using Cyberduck
131 
+#### How to Install
132 
+Please download the file from [official website](https://cyberduck.io/).
133 
+#### How to Connect
134 
+1. Start Cyberduck.
135 
+2. Click "New Connection" at the top of the screen.
136 
+3. Enter the session information as shown in the table below and click the "Connect" button.
137 
+
138 
+Item | Content
139 
+---- | ---------
140 
+Protocol Selection Screen | Amazon S3
141 
+Server | s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
142 
+Port | 443
143 
+Access key ID | S3 access key
144 
+Secret access key | S3 secret key
145 
+![Cyberduck_S3Connect](Cyberduck_S3Connect.png)
146 
+
147 
+## How to Connect (FTP)
148 
+#### Connection Information
149 
+Item|Content
150 
+-------| -----------------------------------
151 
+Access point | s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
152 
+Account name | Please check the user portal.
153 
+Password |Please check the user portal.
154 
+
155 
+### When using WinSCP
156 
+#### How to Install
157 
+Please refer to [Installing WinSCP](../install/winscp).
158 
+
159 
+#### How to Connect
160 
+1. Start WinSCP.
161 
+2. Please enter your session information as shown in the table below and click the "Login" button.
162 
+
163 
+ Item | Content
164 
+-----| ----------
165 
+Transfer protocol|FTP
166 
+Encryption|Explicit TLS/SSL encryption
167 
+Host name|s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
168 
+Port number|21
169 
+User name| FTP account name
170 
+Password|  FTP Password
171 
+![WinSCP_FTPinit](WinSCP_FTPinit.png "WinSCP_FTPinit")
172 
+1. If successful, the WinSCP screen will be displayed and file transfer will be possible.
173 
+
174 
+### When using Cyberduck
175 
+#### How to Install
176 
+Please download the file from [official website](https://cyberduck.io/).
177 
+#### How to Connect
178 
+1. Start Cyberduck.
179 
+2. Click "New Connection" at the top of the screen.
180 
+3. Enter the session information as shown in the table below and click the "Connect" button.
181 
+
182 
+ Item | Content
183 
+-----| ----------
184 
+Protocol Selection Screen|FTP(File Transfer Protocol)
185 
+Server|s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
186 
+Port|21
187 
+User name| FTP account name
188 
+Password|FTP Password
189 
+![Cyberduck_FTPinit](Cyberduck_FTPinit.png "Cyberduck_FTPinit")
190 
+<!--
191 
+### When using FTP commands
192 
+#### How to Connect
193 
+```nohighlight
194 
+## Connection
195 
+$ ftp s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
196 
+Name (s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp:b59999): #Enter FTP account name
197 
+Password: #Enter FTP password
198 
+```
199 
+
200 
+#### How to operate the file
201 
+```nohighlight
202 
+## Obtain a list of files
203 
+> ls
204 
+
205 
+## Displays the current directory of the connecting terminal
206 
+> lcd
207 
+
208 
+## Upload Files
209 
+> put sample.sh ./
210 
+
211 
+## Download Files
212 
+> get sample.sh ./
213 
+
214 
+## Delete files from network storage
215 
+> delete sample.sh
216 
+```
217 
+-->
user/pages/53.s3/docs.ja.md
History View file @452be89
0 218 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,218 @@
1 
+---
2 
+title: ネットワークストレージサービス
3 
+published: true
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    no_follow: true
10 
+    target: _blank
11 
+    mode: active
12 
+media_order: 'portal_afterlogin.png,WinSCP_FTPinit.png,Cyberduck_FTPinit.png,generate_passwd.png,request_passwd.png,Cyberduck_S3Connect.png'
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 概要
18 
+2022年5月より、研究データの保存環境ならびにデータ収集基盤の拡充を目的として、ネットワークストレージサービスの試行を開始しました。
19 
+[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal) から利用開始処理を行っていただくことでご利用いただけます。
20 
+試行期間中は、予告なくメンテナンスの実施ならびにサービス内容の見直しを行うことがありますので、予めご了承ください。
21 
+
22 
+### 活用例
23 
+* [学認RDM](https://rdm.nii.ac.jp/)とのストレージ連携による研究データ共有
24 
+* IoT機器などのデータ収集
25 
+* スパコンストレージのバックアップ
26 
+
27 
+## システム構成
28 
+スーパーコンピュータシステムとは独立したネットワークに接続した小規模なネットワークストレージクラスタです。
29 
+
30 
+項目 | 内容
31 
+-----|-------------
32 
+機器 | DELL EMC isilon A200 x 4台<br>DELL EMC PowerScale F200 x 4台
33 
+ストレージ容量 | 260TB
34 
+フロントエンドネットワーク | 5Gbps
35 
+
36 
+## サービス提供内容
37 
+大型計算機システム利用者番号 (アカウント)をお持ちの方は、以下のサービスを無償でご利用いただけます。
38 
+**<span style="color:red">本サービスは、システム管理者による利用者のデータバックアップは行いません。</span>利用される際は、登録したデータの消失等に備え、バックアップ等の対策を必要に応じて実施してください。**
39 
+
40 
+項目 | 内容
41 
+-----| -------
42 
+対応プロトコル | FTPS ならびに S3 (Amazon S3互換、パス形式)
43 
+ストレージ容量 | 100GB
44 
+転送量 | 無制限
45 
+バックアップ | なし
46 
+FTPアカウント | 1つ
47 
+S3アカウント | 1つ
48 
+S3バケット数 | 1つ
49 
+S3リクエスト数 | 無制限
50 
+S3オブジェクト数 | 無制限
51 
+機器のタイムゾーン | UTC
52 
+
53 
+## 利用開始処理
54 
+1. [利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal) にアクセスし、大型計算機システム利用者番号でログインしてください。
55 
+1. 左カラムの「ネットワークストレージサービス」を押下してください。
56 
+![portal_afterlogin](portal_afterlogin.png)
57 
+1. FTPで使用するパスワードを発行する場合は赤色、S3のシークレットキーを発行する場合は青色で囲まれたドロップダウンリストから、「生成(再生成)する」を選択し、同意事項に同意いただいた上で、「送信」ボタンを押下してください。
58 
+![request_passwd](request_passwd.png)
59 
+1. 正常にパスワード/シークレットキーが発行されましたら、画面上部にパスワード情報が表示されます。パスワード情報は ** 1度しか表示されません ** ので、ご注意ください。
60 
+![generate_passwd](generate_passwd.png)
61 
+
62 
+
63 
+## 接続方法(S3)
64 
+#### 接続情報
65 
+
66 
+項目|内容
67 
+-------| -----------------------------------
68 
+接続先 | s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp:443
69 
+アクセスキー | 利用者ポータルをご確認ください
70 
+シークレットキー | 利用者ポータルをご確認ください
71 
+バケット名 | 利用者ポータルをご確認ください
72 
+
73 
+### awscliを使用する場合
74 
+
75 
+#### インストール方法
76 
+[公式マニュアル](https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/cli/latest/userguide/getting-started-install.html)をご覧ください。
77 
+なお、スーパーコンピュータシステムではモジュールファイルを用意しています。詳細は[こちら](../oss#awscli)をご覧ください。
78 
+#### 初期設定
79 
+```nohighlight
80 
+$ aws configure --profile kudpc
81 
+AWS Access Key ID [None]:     ## 利用者ポータルで発行したアクセスキーを入力
82 
+AWS Secret Access Key [None]: ## 利用者ポータルで発行したシークレットアクセスキーを入力
83 
+Default region name [None]:   ## 入力せずEnter
84 
+Default output format [None]: ## 入力せずEnter
85 
+```
86 
+
87 
+#### ファイルの操作方法
88 
+```nohighlight
89 
+# 基本的なコマンド体系
90 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 [Command]
91 
+
92 
+## ファイルの一覧を取得
93 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 ls s3://b59999
94 
+
95 
+## ファイルをアップロード
96 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 cp sample.sh s3://b59999
97 
+
98 
+## ファイルをダウンロード
99 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 cp s3://b59999/sample.sh ./
100 
+
101 
+## ファイルをネットワークストレージから削除
102 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 rm s3://b59999/sample.sh
103 
+
104 
+## ローカルのフォルダをネットワークストレージに同期させる場合
105 
+$ aws --profile kudpc --endpoint-url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp s3 sync ./ s3://b59999
106 
+```
107 
+
108 
+### s3fsを使用する場合
109 
+#### インストール方法
110 
+[公式マニュアル](https://github.com/s3fs-fuse/s3fs-fuse/blob/master/README.md)をご確認ください。
111 
+なお、スーパーコンピュータシステムではモジュールをロードすることなくご利用いただけます。
112 
+
113 
+#### 初期設定
114 
+```nohighlight
115 
+## ネットワークストレージをマウントするディレクトリを作成
116 
+$ mkdir ./kudpc-s3
117 
+
118 
+## S3の認証情報を作成
119 
+$ echo "{アクセスキー}:{シークレットキー}" > ${HOME}/.passwd-s3fs
120 
+$ chmod 600 ${HOME}/.passwd-s3fs
121 
+```
122 
+
123 
+#### 接続方法
124 
+```nohighlight
125 
+## マウント
126 
+$ s3fs b59999 ./kudpc-s3 -o use_path_request_style,url=https://s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp,uid=$(id -u),gid=$(id -g)
127 
+## アンマウント
128 
+$ fusermount -u ./kudpc-s3
129 
+```
130 
+
131 
+### Cyberduckを使用する場合
132 
+#### インストール方法
133 
+[公式サイト](https://cyberduck.io/)よりダウンロードしてご利用下さい。
134 
+#### 接続方法
135 
+1. Cyberduckを起動してください。
136 
+2. 画面上部の「新規接続」を押下してください。
137 
+3. 以下の表の通りセッション情報を入力し、「接続」ボタンを押下してください。
138 
+
139 
+項目 | 設定内容
140 
+---- | ---------
141 
+プロトコル選択画面 | Amazon S3
142 
+サーバ | s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
143 
+ポート | 443
144 
+アクセスキーID | S3のアクセスキー
145 
+シークレットアクセスキー | S3のシークレットキー
146 
+![Cyberduck_S3Connect](Cyberduck_S3Connect.png)
147 
+
148 
+## 接続方法(FTP)
149 
+#### 接続情報
150 
+項目|内容
151 
+-------| -----------------------------------
152 
+接続先 | s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
153 
+アカウント名 | 利用者ポータルをご確認ください
154 
+パスワード | 利用者ポータルをご確認ください
155 
+
156 
+### WinSCPを使用する場合
157 
+#### インストール方法
158 
+[WinSCPのインストール](../install/winscp)をご覧ください。
159 
+
160 
+#### 接続方法
161 
+1. WinSCPを起動してください。
162 
+1. 以下の表の通りセッション情報を入力し、「ログイン」ボタンを押下してください。
163 
+
164 
+ 項目 | 設定内容
165 
+-----| ----------
166 
+転送プロトコル|FTP
167 
+暗号化|明示的なTLS/SSL 暗号化
168 
+ホスト名|s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
169 
+ポート番号|21
170 
+ユーザ名| FTPのアカウント名
171 
+パスワード| FTPのパスワード
172 
+![WinSCP_FTPinit](WinSCP_FTPinit.png "WinSCP_FTPinit")
173 
+1. 成功するとWinSCPの画面が表示され、ファイル転送が可能になります。
174 
+
175 
+### Cyberduckを使用する場合
176 
+#### インストール方法
177 
+[公式サイト](https://cyberduck.io/)よりダウンロードしてご利用下さい。
178 
+#### 接続方法
179 
+1. Cyberduckを起動してください。
180 
+1. 画面上部の「新規接続」を押下してください。
181 
+1. 以下の表の通りセッション情報を入力し、「接続」ボタンを押下してください
182 
+
183 
+ 項目 | 設定内容
184 
+-----| ----------
185 
+プロトコル選択画面|FTP(ファイル転送プロトコル)
186 
+サーバ|s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
187 
+ポート|21
188 
+ユーザ名| FTPのアカウント名
189 
+パスワード|FTPのパスワード
190 
+![Cyberduck_FTPinit](Cyberduck_FTPinit.png "Cyberduck_FTPinit")
191 
+<!--
192 
+### FTPコマンドを使用する場合
193 
+#### 接続方法
194 
+```nohighlight
195 
+## 接続
196 
+$ ftp s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp
197 
+Name (s3.kudpc.kyoto-u.ac.jp:b59999): #FTPのアカウント名を入力
198 
+Password: #FTPのパスワードを入力
199 
+```
200 
+
201 
+#### ファイルの操作方法
202 
+```nohighlight
203 
+## ファイルの一覧を取得
204 
+#> ls
205 
+
206 
+## 接続元端末のカレントディレクトリを表示
207 
+#> lcd
208 
+
209 
+## ファイルをアップロード
210 
+#> put sample.sh ./
211 
+
212 
+## ファイルをダウンロード
213 
+#> get sample.sh ./
214 
+
215 
+## ファイルをネットワークストレージから削除
216 
+#> delete sample.sh
217 
+```
218 
+-->
user/pages/53.s3/generate_passwd.png
History View file @452be89
0 219 
new file mode 100644
1 220 
Binary files /dev/null and b/user/pages/53.s3/generate_passwd.png differ
user/pages/53.s3/portal_afterlogin.png
History View file @452be89
2 221 
new file mode 100644
3 222 
Binary files /dev/null and b/user/pages/53.s3/portal_afterlogin.png differ
user/pages/53.s3/request_passwd.png
History View file @452be89
4 223 
new file mode 100644
5 224 
Binary files /dev/null and b/user/pages/53.s3/request_passwd.png differ
user/pages/80.linux/348_901.jpg
History View file @452be89
6 225 
new file mode 100644
7 226 
Binary files /dev/null and b/user/pages/80.linux/348_901.jpg differ
user/pages/80.linux/348_902.jpg
History View file @452be89
8 227 
new file mode 100644
9 228 
Binary files /dev/null and b/user/pages/80.linux/348_902.jpg differ
user/pages/80.linux/348_903.jpg
History View file @452be89
10 229 
new file mode 100644
11 230 
Binary files /dev/null and b/user/pages/80.linux/348_903.jpg differ
user/pages/80.linux/348_904.jpg
History View file @452be89
12 231 
new file mode 100644
13 232 
Binary files /dev/null and b/user/pages/80.linux/348_904.jpg differ
user/pages/80.linux/348_905.jpg
History View file @452be89
14 233 
new file mode 100644
15 234 
Binary files /dev/null and b/user/pages/80.linux/348_905.jpg differ
user/pages/80.linux/348_907.jpg
History View file @452be89
16 235 
new file mode 100644
17 236 
Binary files /dev/null and b/user/pages/80.linux/348_907.jpg differ
user/pages/80.linux/docs.en.md
History View file @452be89
18 237 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,765 @@
1 
+---
2 
+title: 'Unix/Linux Basics'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+---
7 
+
8 
+[toc]
9 
+
10 
+
11 
+## File System{#system}
12 
+
13 
+
14 
+### File and Directory{#file}
15 
+
16 
+Various types of data that users create on UNIX are recorded as **files** , and be stored in containers that called **directories** . You can create a directory in a directory recursively, you can manage files hierarchically.
17 
+
18 
+![](348_901.jpeg)
19 
+
20 
+This file structure is called the tree structure because it looks like a tree with branches. In UNIX, the root of the tree is called the **root directory** and denoted by “/ (slash).” The directory that a user is working is called the **current directory**.
21 
+
22 
+
23 
+### Absolute Path and Relative Path{#path}
24 
+
25 
+The concept the **path** is needed to specify a file on the tree structure. You can specify a file in two methods: **absolute path** and **relative path**.
26 
+
27 
+* **Absolute path method**
28 
+
29 
+The method is to specify a file relative to the root directory.
30 
+
31 
+**Example**: the case of specifying the “report1.txt” in Figure 1.
32 
+
33 
+
34 
+```nohighlight
35 
+/home/a/b59999/report/report1.txt
36 
+```
37 
+
38 
+
39 
+* **Relative path method**
40 
+
41 
+The method is to specify a file relative to the current directory.
42 
+
43 
+**Example**: the case of specifying the “report1.txt” in Figure 1 relative to the current directory “/home/a/b59999.”
44 
+
45 
+
46 
+```nohighlight
47 
+report/report1.txt
48 
+```
49 
+
50 
+
51 
+
52 
+## Basic Commands {#command}
53 
+
54 
+
55 
+### `pwd` – Command for Displaying Current Directory{#pwd}
56 
+
57 
+
58 
+```nohighlight
59 
+pwd
60 
+```
61 
+
62 
+
63 
+**Example**
64 
+
65 
+
66 
+```nohighlight
67 
+[b59999@hx001 ~]$ pwd
68 
+```
69 
+
70 
+```nohighlight
71 
+/home/a/b59999    # The current directory is displayed
72 
+```
73 
+
74 
+
75 
+
76 
+### `ls` – Command for Displaying File List{#ls}
77 
+
78 
+
79 
+```nohighlight
80 
+ls [option] [filename] [directory]
81 
+```
82 
+
83 
+
84 
+**Important Command Line Options**
85 
+
86 
+Option |    Effect
87 
+--------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
88 
+  -l    |   Displays details of files
89 
+  -F    |   “/“ is appended to directories and “*” is appended to executables to make file types clear in the display
90 
+  -a    |   Files whose names starts with “.”, those for system use, are also displayed.
91 
+
92 
+
93 
+
94 
+**Example**
95 
+
96 
+
97 
+```nohighlight
98 
+[b59999@hx001 ~]$ ls
99 
+```
100 
+
101 
+```nohighlight
102 
+file1.txt file2.bmp dir1    # A filename is displayed
103 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -a
104 
+```
105 
+
106 
+```nohighlight
107 
+. .cshrc .tcshrc file1.txt dir1    # Filenames starting with “.” are also displayed
108 
+.. .login .bashrc file2.bmp
109 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
110 
+```
111 
+
112 
+```nohighlight
113 
+file1.txt file2.bmp dir1/    # "/" is appended to a directory
114 
+[b59999@hx001 ~]$
115 
+```
116 
+
117 
+
118 
+
119 
+### `cd` – Command for Changing Current Directory{#cd}
120 
+
121 
+
122 
+```nohighlight
123 
+cd [directory_name]
124 
+```
125 
+
126 
+
127 
+**Example**
128 
+
129 
+
130 
+```nohighlight
131 
+[b59999@hx001 ~]$ pwd
132 
+```
133 
+
134 
+```nohighlight
135 
+/home/a/b59999    # The current directory is /home/a/b59999
136 
+```
137 
+
138 
+```nohighlight
139 
+[b59999@hx001 ~]$ cd dir1    # Changing the current directory to dir1
140 
+[b59999@hx001 ~]$ pwd
141 
+```
142 
+
143 
+```nohighlight
144 
+/home/a/b59999/dir1    # The current directory has been changed to dir1
145 
+```
146 
+
147 
+
148 
+
149 
+### `cp` – Command for Copying Files and Directories{#cp}
150 
+
151 
+
152 
+```nohighlight
153 
+cp [options] [copy_source] [copy_destination]
154 
+```
155 
+
156 
+
157 
+**Important command line options**
158 
+
159 
+Option |    Effect
160 
+--------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
161 
+  -R    |   If the copy source is a directory, the entire tree structure under and including the directory is copied.
162 
+
163 
+
164 
+
165 
+**Example**
166 
+
167 
+
168 
+```nohighlight
169 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
170 
+file1.txt dir1/
171 
+```
172 
+
173 
+```nohighlight
174 
+[b59999@hx001 ~]$ cp file1.txt file2.txt    # Copying file1.txt as file2.txt
175 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
176 
+```
177 
+
178 
+```nohighlight
179 
+file1.txt file2.bmp dir1/    # file2.txt has been created
180 
+```
181 
+
182 
+```nohighlight
183 
+[b59999@hx001 ~]$ cp file2.txt dir1    # Copying file2.txt to dir1
184 
+[b59999@hx001 ~]$ ls dir1
185 
+```
186 
+
187 
+```nohighlight
188 
+file2.txt    # file2.txt has been copied to dir1
189 
+```
190 
+
191 
+```nohighlight
192 
+[b59999@hx001 ~]$ cp -R dir1 dir2    # dir1 is copied to dir2
193 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
194 
+```
195 
+
196 
+```nohighlight
197 
+file1.txt file2.txt dir1/ dir2/    # dir2 has been created
198 
+[b59999@hx001 ~]$ ls dir2
199 
+```
200 
+
201 
+```nohighlight
202 
+file2.txt    # dir1 has been copied to dir2 including the tree structure
203 
+[b59999@hx001 ~]$
204 
+```
205 
+
206 
+
207 
+
208 
+### `mkdir` – Command for Making New Directories{#mkdir}
209 
+
210 
+
211 
+```nohighlight
212 
+mkdir [directory_name]
213 
+```
214 
+
215 
+
216 
+**Example**
217 
+
218 
+
219 
+```nohighlight
220 
+[b59999@hx001 ~]$ ls
221 
+file1.txt file2.bmp
222 
+[b59999@hx001 ~]$ mkdir dir1
223 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
224 
+```
225 
+
226 
+```nohighlight
227 
+file1.txt file2.bmp dir1/    # dir1 has been created
228 
+[b59999@hx001 ~]$
229 
+```
230 
+
231 
+
232 
+
233 
+### `rm` – Command for Deleting Files and Directories{#rm}
234 
+
235 
+
236 
+```nohighlight
237 
+rm [option] [filename] [directory]
238 
+```
239 
+
240 
+
241 
+**Important command line options**
242 
+
243 
+Option |    Effect
244 
+--------- | ------------------------------------------------------------------------------------------------------
245 
+  -R    |   If the target is a directory, the entire tree structure under and including the directory is deleted.
246 
+
247 
+**Example**
248 
+
249 
+
250 
+```nohighlight
251 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
252 
+file1.txt file2.bmp dir1/
253 
+```
254 
+
255 
+```nohighlight
256 
+[b59999@hx001 ~]$ rm file1.txt    # Deleting  file1.txt
257 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
258 
+```
259 
+
260 
+```nohighlight
261 
+file2.bmp dir1/    # file1.txt has been deleted
262 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F dir1
263 
+```
264 
+
265 
+```nohighlight
266 
+dir2/    # dir2 is under dir1
267 
+```
268 
+
269 
+```nohighlight
270 
+[b59999@hx001 ~]$ rm -R dir1    # Deleting dir1
271 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
272 
+```
273 
+
274 
+```nohighlight
275 
+file2.bmp    # dir1 and its tree structure are deleted
276 
+```
277 
+
278 
+
279 
+
280 
+### `mv` – Command for Moving Files (for Changing Filenames){#mv}
281 
+
282 
+The mv command is used to move files and directories. This command can also be used to changing the filename, by moving a file to the same directory.
283 
+
284 
+
285 
+```nohighlight
286 
+mv [source_filename] [new_filename]
287 
+```
288 
+
289 
+
290 
+**Example**
291 
+
292 
+
293 
+```nohighlight
294 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
295 
+file1.txt file2.bmp dir1/
296 
+```
297 
+
298 
+```nohighlight
299 
+[b59999@hx001 ~]$ mv file1.txt dir1    # Moving file1.txt to dir1
300 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
301 
+```
302 
+
303 
+```nohighlight
304 
+file2.bmp dir1/    # file1.txt no longer exists
305 
+[b59999@hx001 ~]$ ls dir1
306 
+```
307 
+
308 
+```nohighlight
309 
+file1.txt    # Moved to dir1
310 
+```
311 
+
312 
+```nohighlight
313 
+[b59999@hx001 ~]$ mv file2.bmp file3.bmp    # Moving file2.bmp to file3.bmp
314 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
315 
+```
316 
+
317 
+```nohighlight
318 
+file3.bmp dir1/    # The filename has been changed to file3.bmp
319 
+```
320 
+
321 
+
322 
+
323 
+### `cat` – Command for Displaying File Contents on Screen{#cat}
324 
+
325 
+
326 
+```nohighlight
327 
+cat [filename]
328 
+```
329 
+
330 
+
331 
+**Example**
332 
+
333 
+
334 
+```nohighlight
335 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
336 
+file1.txt file2.bmp dir1/
337 
+[b59999@hx001 ~]$ cat file1.txt
338 
+```
339 
+
340 
+```nohighlight
341 
+abcdefghijklmnopqrstuvwxyz    # The content of file1.txt is shown
342 
+[b59999@hx001 ~]$
343 
+```
344 
+
345 
+
346 
+
347 
+### `more` and `less` – Commands for Displaying File Contents{#less}
348 
+
349 
+By using the more command and the less command instead of the cat command stops and waits for the next command after displaying each page in the case of a large file.
350 
+
351 
+
352 
+```nohighlight
353 
+more (or less) [filename]
354 
+```
355 
+
356 
+
357 
+**Example**
358 
+
359 
+
360 
+```nohighlight
361 
+[b59999@hx001 ~]$ more file3.c
362 
+#include <stdio.h>    /* The content of file3.c is shown */
363 
+#include <math.h>
364 
+#include <stdlib.h>
365 
+(…omission...)
366 
+  for(i=0; i<10; i++){
367 
+    a[i] = b[i]*c[i];
368 
+--More--(10%)    <-- Waiting for a command after displaying one page
369 
+            Pressing the space key advances the display one page.
370 
+```
371 
+
372 
+
373 
+
374 
+### `logout` – Command for Logout{#logout}
375 
+
376 
+
377 
+```nohighlight
378 
+logout
379 
+```
380 
+
381 
+
382 
+**Example**
383 
+
384 
+
385 
+
386 
+```nohighlight
387 
+[b59999@hx001 ~]$ logout    # Logging out
388 
+```
389 
+
390 
+
391 
+
392 
+### `man` – Command for Viewing Manual of Commands{#man}
393 
+
394 
+**Example: displaying the explanation of the ls command**
395 
+
396 
+
397 
+```nohighlight
398 
+[b59999@hx001 ~]$ man ls
399 
+```
400 
+
401 
+
402 
+To display man command messages in English, the environment variable LANG to C.
403 
+
404 
+**In the case of tcsh**
405 
+
406 
+
407 
+```nohighlight
408 
+[b59999@hx001 ~]$ setenv LANG C
409 
+```
410 
+
411 
+
412 
+**In the case of bash**
413 
+
414 
+
415 
+```nohighlight
416 
+[b59999@hx001 ~]$ export LANG=C
417 
+```
418 
+
419 
+
420 
+
421 
+## How to Use vi Editor{#vi}
422 
+
423 
+A UNIX family OS includes the vi Editor as standard. The vi Editor has an unique operational architecture, we explain in detail below.
424 
+
425 
+**How to Start vi Editor**
426 
+
427 
+
428 
+```nohighlight
429 
+vi [filename]
430 
+```
431 
+
432 
+
433 
+**Two Modes of vi Editor**
434 
+
435 
+The vi editor has two modes.
436 
+
437 
+* **Command mode**
438 
+
439 
+You make operations other than entering characters such as searching, replacing, saving a file,
440 
+and deleting a character or a line.
441 
+
442 
+* **Edit mode**
443 
+
444 
+you enter characters.
445 
+
446 
+The vi editor starts in the command mode when it opens. To enter the edit mode, press one of the following keys: `i` , `I` , `a` , `A` , `o` , `O` . To return to the command mode from the edit mode, press the ESC key.
447 
+
448 
+
449 
+### vi Command Reference{#vi}
450 
+
451 
+**Moving Cursor**
452 
+
453 
+Character Oriented Jump
454 
+------------------------ | ------------------------------------
455 
+ h, j, k, l             |   left, down, up, right (←, ↓, ↑, →)
456 
+
457 
+Text Oriented Jump
458 
+------------------- | --------------------------------
459 
+ w, W, b, B        |   Previous/next word
460 
+ e, E              |   End of word
461 
+ ), (              |   Top of previous/next sentence
462 
+ }, {              |   Top of previous/next paragraph
463 
+ ]], [[            |   Top of previous/next section
464 
+
465 
+Line Oriented Jump
466 
+------------------- | ----------------------------------------------------
467 
+ 0 (zero), $       |   Beginning/end of current line
468 
+ ^                 |   First character (other than space) of current line
469 
+ +, –              |   First character of next/previous line
470 
+_n_l               |  _n_’th character of current line
471 
+ H                 |   First line on the screen
472 
+ M                 |   Center line on the screen
473 
+ L                 |   Bottom line on the screen
474 
+_n_H               |  _n_’th line from the top
475 
+_n_L               |  _n_’th line from the bottom
476 
+
477 
+Screen Oriented Jump
478 
+----------------------------------------------------------------------- | --------------------------------------------------
479 
+CTRL + f, CTRL + b |   Scroll to next/previous screen
480 
+CTRL + d, CTRL + u |   Scroll downward/upward half screen
481 
+CTRL + e, CTRL + y |   Display another line at the top/bottom of window
482 
+ z RETURN                                     |  Show the line of cursor at the top of screen
483 
+ z. (zed dot)                                                          |   Show the line of cursor at the center of screen
484 
+ z- (zed hyphen)                                                      |    Show the line of cursor at the bottom of screen
485 
+CTRL + l, CTRL + r |   Refresh screen (no scroll)
486 
+
487 
+Search
488 
+----------- | ------------------------------------------------------------------------------------------
489 
+ /_pattern_ |  Search forward for pattern
490 
+ –_pattern_ |  Search backward for pattern
491 
+ n, N      |   Repeat previous search in the same/opposite direction
492 
+ /, –      |   Repeat previous search forward/backward
493 
+ f_x_       |  Jump forward from cursor position to next _x_ on current line.
494 
+ F_x_       |  Jump backward from cursor position to next _x_ on current line.
495 
+ t_x_       |  Jump forward from cursor position to the character followed by next _x_ on current line.
496 
+ T_x_       |  Jump backward from cursor position to the character following next _x_ on current line.
497 
+ ;         |   Repeat previous search on current line
498 
+,          |   Repeat previous search on current line in opposite direction
499 
+
500 
+Jump by Line Number
501 
+----------------------------------- | -----------------------------
502 
+CTRL + g |   Display current line number
503 
+_n_G                               |   Jump to line number _n_
504 
+ G                                 |   Jump to last line of file
505 
+ :_n_                               |  Jump to line number _n_
506 
+
507 
+Mark Position
508 
+------------- | --------------------------------------------------------------
509 
+ m_x_         |  Mark current position as _x_
510 
+ ‘_x_         |  Jump to _x_
511 
+ “           |   Return to previous mark or to the location prior to a search
512 
+ `_x_         |  Jump to start of a line containing _x_
513 
+ ``          |   Return to start of previous line containing the mark
514 
+
515 
+**Quitting Commands**
516 
+
517 
+Quitting Commands
518 
+----------------- | ------------------------------------------------------------------------
519 
+ ZZ              |   Quit vi writing (saving) the file
520 
+ :x              |   Quit vi writing (saving) the file
521 
+ :wq             |   Quit vi writing (saving) the file
522 
+ :w              |   Write (save) the file
523 
+ :w!             |   (Forcibly) write (save) the file
524 
+ :q              |   Quit editing
525 
+ :q!             |   Quit editing (canceling all edit)
526 
+ :e!             |   Return to the version of current file at the time of last write (save)
527 
+
528 
+**Editing Commands**
529 
+
530 
+Inserting
531 
+---------------------- | ----------------------------------------------------------
532 
+ i, a                 |   Append text before/after the cursor
533 
+ I, A                 |   Insert text at beginning/end of line
534 
+ o, O (Capitalized O) |   Open a new line for entering text below/above the cursor
535 
+
536 
+ Change
537 
+-------- | --------------------------------------------------
538 
+ r      |   Change character
539 
+ cw     |   Change word
540 
+ cc     |   Change current line
541 
+ C       |  Change text from current position to end of line
542 
+ R      |   Overwrite text
543 
+ s      |   Replace character with a text
544 
+ S      |   Replace current line with a text
545 
+
546 
+Moving and Deleting
547 
+-------------------- | -------------------------------------------------------------------------------------------
548 
+ x                  |   Delete character
549 
+ X                  |   Delete the character before cursor
550 
+ dw                 |   Delete a word
551 
+ dd                 |   Delete current line
552 
+ D                  |   Delete remainder of line
553 
+ p, P               |   Paste deleted text after/before cursor
554 
+ “_n_p              |   Paste the text of deletion buffer number _n_ after cursor (effective for last 9 deletion)
555 
+
556 
+Yank
557 
+-------- | ------------------------------------------
558 
+ yw     |   Yank (copy) word
559 
+ yy     |   Yank current line
560 
+ “_a_yy |   Yank current line to the buffer named _a_
561 
+ p, P   |   Paste yanked text after/before cursor
562 
+ “_a_p  |   Paste text of buffer “_a_” before cursor
563 
+
564 
+Other Commands
565 
+--------------- | --------------------------------------------
566 
+ . (dot)       |   Repeat the last editing command
567 
+ u, U          |   Undo the last edition/recover current line
568 
+ j             |   Concatenate two lines
569 
+
570 
+Using ex Command
571 
+---------------- | --------------------------------------------------
572 
+ :d             |   Delete a line
573 
+ :m             |   Move a line
574 
+ :co, :t        |   Copy a line
575 
+ /, –           |   Repeat previous search forward/backward
576 
+ :.,$d          |   Delete the text from current line to end of file
577 
+
578 
+
579 
+## How to Use Emacs{#emacs}
580 
+
581 
+
582 
+### What is Emacs– {#emacs_top}
583 
+
584 
+**Emacs** is a sophisticated highly customizable text editor often used on UNIX family OS.
585 
+Editing work using **Emacs** consists of reading the target file to the buffer, editing the content, and writing the edited buffer to the target file. In **Emacs** editing work, you can switch between multiple editing files, and each buffer is assigned with a name. The name of the buffer is usually inherited from the name of the target file.
586 
+
587 
+
588 
+### Starting Emacs{#emacs_boot}
589 
+
590 
+
591 
+```nohighlight
592 
+emacs [filename]
593 
+```
594 
+
595 
+
596 
+ If a filename is specified, an editing buffer having the same name is created and the file content is read to the buffer. If there is no file to read (the specified file does not exist), the editing buffer becomes empty. If a filename is not specified, an editing buffer named “scratch” is created.
597 
+
598 
+
599 
+
600 
+
601 
+### Emacs Screen {#emacs_display}
602 
+
603 
+If **Emacs** is executed in an environment with X (a window system), it starts as an X client opening a new window.
604 
+
605 
+![](348_902.jpeg)
606 
+
607 
+If it is executed in an environment without X, the following screen shows:
608 
+
609 
+![](348_903.jpeg)
610 
+
611 
+The **Emacs** screen consists of three sections.
612 
+
613 
+* **Text window**
614 
+
615 
+It is the largest section where input texts are displayed.
616 
+
617 
+* **Mode line**
618 
+
619 
+It is the black and white reversal line at the bottom of the text window. it shows status of the text window.
620 
+
621 
+![](348_904.jpeg)
622 
+
623 
+* **Echo line**
624 
+
625 
+It is the line below the mode line, and it shows messages of **Emacs**. It is also used to input **Emacs** operations.
626 
+
627 
+
628 
+### Basic Operations of Emacs{#emacs_use}
629 
+
630 
+Operations such as moving cursor are done by special key input. There are two ways of special key input as below.
631 
+
632 
+* Entering a character key with the CTRL key pressed down (in this page, this is denoted as **C-[character_key]** ).
633 
+* Entering a character key after pressing the ESC key and then releasing it (in this page, this is denoted as **M-[character_key]** ).
634 
+
635 
+**<ins>Opening a file ( <code>C-x</code>  <code>C-f</code> )</ins>**
636 
+
637 
+To read a file to a buffer after opening **Emacs**, enter `C-x`  `C-f` (enter x with CTRL pressed then enter f with CTRL pressed) on the keyboard, and you see the following message on the echo line.
638 
+
639 
+
640 
+```nohighlight
641 
+Find file: ~/
642 
+```
643 
+
644 
+
645 
+If you did not start the **Emacs** at the home directory, the path of the current directory is shown instead of ~/. Enter the name of the file you want to edit (“test.txt” in this example) next to the message, and press the Enter key.
646 
+
647 
+
648 
+```nohighlight
649 
+Find file: ~/test.txt
650 
+```
651 
+
652 
+
653 
+A buffer named test.txt is created, and the content of the file is read to the buffer. If the file does not exist, a message (New file) is shown on the echo line.
654 
+
655 
+![](348_905.jpeg)
656 
+
657 
+**<ins>Entering Text</ins>**
658 
+
659 
+Characters are input at the cursor position of the text window by typing them on the keyboard. To delete character, press the Delete key, not the Backspace key.
660 
+
661 
+**<ins>Japanese Input System</ins>**
662 
+
663 
+To enter Japanese text, you need to start a Japanese input system, by entering C-\(\ [backslash] with CTRL pressed). When the system is started, [あ] will be displayed in the left of the mode line, and the roman-letter-to-kana conversion will be available. To switch off the system, press C-\ again.
664 
+
665 
+Typing “kyoutodaigaku”on the keyboard displays the following characters converted from the romaji.
666 
+
667 
+
668 
+```nohighlight
669 
+| きょうとだいがく |
670 
+```
671 
+
672 
+
673 
+The vertical bars “|” on the both sides indicate that characters in between can be converted to kanji characters. Pressing the Space key to convert into kanji. The mark at the left corner is changed from [あ] to [漢] meaning kanji conversion.
674 
+
675 
+
676 
+```nohighlight
677 
+| 京都大学 |
678 
+```
679 
+
680 
+
681 
+And then press the Space key once more, the next candidate is displayed. To determine the conversion, press the Enter key or `C-l` . You can also change the length of a segment by pressing `C-i` or `C-o` . When you execute kanji conversion for one of the segments, move the cursor to the target segment and press the Space key. To cancel a kanji conversion, press `C-c` .
682 
+
683 
+**<ins>Moving Cursor</ins>**
684 
+
685 
+ How to move a cursor is as below.
686 
+
687 
+
688 
+col 1 | col 2
689 
+----- | -----------------------------------
690 
+`C-p` |  move up
691 
+`C-n` |  move down
692 
+`C-f` |  move right
693 
+`C-b` |  move left
694 
+`C-a` |  move to the beginning of the line
695 
+`C-e` |  move to the end of the line
696 
+
697 
+Each of the commands mean: p of `C-p` is previous, n of `C-n` is next, f of `C-f` is forward, b of `C-b` is backward, a of `C-a` is ahead, and e of `C-e` is end of line.
698 
+
699 
+col 1                                                                     | col 2
700 
+------------------------------------------------------------------------- | ----------------------------------------
701 
+`C-v`                                                                     |  scroll the screen to the next view
702 
+`M-v` （press ESC, release it, and then press v） |  scroll the screen to the previous view
703 
+`M-<`                                                                     |  move to the top of the buffer
704 
+`M->`                                                                     |  move to the bottom of the buffer
705 
+
706 
+![](348_907.jpeg)
707 
+
708 
+**<ins>Deletion and Copying</ins>**
709 
+
710 
+There are several ways to delete a character.
711 
+
712 
+
713 
+col 1        | col 2
714 
+------------ | --------------------------------------------------------------------------
715 
+ Delete key |   Deletes one character to the left.
716 
+`C-d`        |  Deletes one character to the right of the cursor.
717 
+`C-k`        |  Deletes characters from the right of the cursor to the end of the line.
718 
+
719 
+
720 
+
721 
+You can also delete a specified section of text. First, mark the cursor position as the base of the section by pressing `C-`@ . The message “Mark set” on the echo line indicates that the current cursor position has been marked.
722 
+Next, move the cursor to indicate the section that you want to delete and press `C-w` . This deletes the section that spans from the marked position to the current cursor position.
723 
+
724 
+Texts deleted by `C-k` and `C-w` are saved in the copy buffer, you can paste the deleted texts by pressing `C-y` . The copy buffer is overwritten every time `C-k` or `C-w` is pressed. Note that texts deleted by `C-d` and the Delete key are not saved in the copy buffer.
725 
+
726 
+**<ins>Canceling and Undoing Operations</ins>**
727 
+
728 
+To cancel the operation, press `C-g` . When this cancel command is accepted, the echo line shows the Quit message.
729 
+To cancel the last action you performed, press `C-x u` . The echo line shows the message “Undo!”
730 
+
731 
+**<ins>Saving File ( <code>C-x</code>  <code>C-s</code> )</ins>**
732 
+
733 
+ To save a buffer you are editing, press `C-x`  `C-s` . If you have been editing a **scratch** buffer, pressing `C-x`  `C-s` shows “File to save in: ~/” on the echo line. You specify a save destination filename.
734 
+
735 
+
736 
+
737 
+**<ins>Erasing Editing Buffer</ins>**
738 
+
739 
+ To erase an editing buffer, press `C-x k` . The echo line shows “Kill buffer: (default test.txt)”. Then you press the Enter key. If the editing buffer has not been edited, it is erased without any message. If the editing buffer has been edited, the echo line shows “Buffer test.txt modified; kill anyway– (yes or no).” To erase the buffer with the edited content canceled, enter “yes” and press the Enter key. To cancel the erasion of the editing buffer, enter “no” and then press the Enter key.
740 
+
741 
+
742 
+
743 
+
744 
+### Finishing Emacs {#emacs_end}
745 
+
746 
+To finish **Emacs**, press `C-x`  `C-c` . If there is an unsaved editing buffer, the echo line shows a message of the format as shown below. ( The following filename part is an example. )
747 
+
748 
+
749 
+```nohighlight
750 
+Save file /home/a/b59999/test.txt– (y, n, !, ., q, C-r or C-h)
751 
+```
752 
+
753 
+
754 
+To save the file before finishing **Emacs**, enter “y” and then press the Enter key. If you do not save the file, enter “n” and press the Enter key. A message shows again on the echo line as below. If you really want to finish without saving the file, enter “yes” and then press the Enter key. If you enter “no” and then press the Enter key, the quitting process is canceled.
755 
+
756 
+
757 
+```nohighlight
758 
+Modified buffers exist; exit anyway– (yes or no)
759 
+```
760 
+
761 
+
762 
+
763 
+### To Master Emacs{#emacs_master}
764 
+
765 
+**Emacs** provides a tutorial. Please try it if you want to master **Emacs** quickly. In the tutorial, you will learn a lot of other functions that are not introduced here. The tutorial starts by pressing `M-–`  `t` . The tutorial uses a buffer. Erase it by `C-x`  `k` when you finish the tutorial.
user/pages/80.linux/docs.ja.md
History View file @452be89
0 766 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,777 @@
1 
+---
2 
+title: 'UNIX / Linux の基礎知識'
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+external_links:
7 
+    process: true
8 
+    title: false
9 
+    no_follow: true
10 
+    mode: active
11 
+    target: _blank
12 
+---
13 
+
14 
+[toc]
15 
+
16 
+## ファイルシステム{#system}
17 
+
18 
+
19 
+
20 
+### ファイルとディレクトリ{#file}
21 
+
22 
+ユーザーが作成した様々なデータは、 **ファイル** という形で記録されます。そして、記録されたファイルを **ディレクトリ** と呼ばれる入れ物に入れて管理します。ディレクトリの中にディレクトリを作って、階層的にファイルを管理することも可能です。
23 
+
24 
+![](348_901.jpg)
25 
+
26 
+このようなファイル構造を、木の枝になぞらえてツリー構造と呼んでいます。 UNIX では、木の根っこに当たる部分を **ルートディレクトリ** と呼び、“ /（スラッシュ）”を使って表します。そして、ユーザーが作業を行なっているディレクトリを **カレントディレクトリ** と呼びます。
27 
+
28 
+
29 
+### 絶対パスと相対パス{#path}
30 
+
31 
+ツリー構造においては、ファイルを指定するための **パス** という概念が必要となります。パスの指定方法には、 **絶対パス** と **相対パス** の２種類があります。
32 
+
33 
+* **絶対パス**
34 
+
35 
+ルートディレクトリを基準にしてファイルを指定する方法です。
36 
+
37 
+（例）図1「report1.txt」を指定する場合。
38 
+
39 
+
40 
+```nohighlight
41 
+/home/a/b59999/report/report1.txt
42 
+```
43 
+
44 
+
45 
+* **相対パス**
46 
+
47 
+カレントディレクトリを基準にしてファイルを指定する方法です。
48 
+
49 
+ （例）カレントディレクトリ「/home/a/b59999」を基準にして、図1「report1.txt」 を指定する場合。
50 
+
51 
+
52 
+
53 
+
54 
+```nohighlight
55 
+report/report1.txt
56 
+```
57 
+
58 
+
59 
+
60 
+## 基本的なコマンド{#command}
61 
+
62 
+
63 
+UNIXでよく使われる基本的なコマンドを説明します。
64 
+
65 
+
66 
+### `pwd` －カレントディレクトリを表示する{#pwd}
67 
+
68 
+
69 
+```nohighlight
70 
+pwd
71 
+```
72 
+
73 
+
74 
+**実行例**
75 
+
76 
+
77 
+```nohighlight
78 
+[b59999@hx001 ~]$ pwd
79 
+```
80 
+
81 
+```nohighlight
82 
+/home/a/b59999          # カレントディレクトリが表示されている
83 
+```
84 
+
85 
+
86 
+
87 
+### `ls` －ファイルの一覧を表示する{#ls}
88 
+
89 
+
90 
+```nohighlight
91 
+ls [オプション] [ファイル名ディレクトリ名]
92 
+```
93 
+
94 
+
95 
+**主なオプション**
96 
+
97 
+オプション |  効果
98 
+------ | --------------------------------------------------------------
99 
+ -l   |  ファイルの詳しい情報を表示する
100 
+ -F   |  ディレクトリには “ /（スラッシュ）”、実行可能ファイルには“ *（アスタリスク）”等をつけて属性をわかりやすく表示する
101 
+ -a   |  システム等で使用される、“ .（ドット）”で始まるファイルも表示する
102 
+
103 
+
104 
+
105 
+**実行例**
106 
+
107 
+
108 
+```nohighlight
109 
+[b59999@hx001 ~]$ ls
110 
+```
111 
+
112 
+```nohighlight
113 
+file1.txt file2.bmp dir1          # ファイルが表示されている
114 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -a
115 
+```
116 
+
117 
+```nohighlight
118 
+. .cshrc .tcshrc file1.txt dir1   # '.' で始まるファイルも表示されている
119 
+.. .login .bashrc file2.bmp
120 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
121 
+```
122 
+
123 
+```nohighlight
124 
+file1.txt file2.bmp dir1/         # ディレクトリには '/' がついている
125 
+[b59999@hx001 ~]$
126 
+```
127 
+
128 
+
129 
+
130 
+### `cd` －カレントディレクトリを移動する{#cd}
131 
+
132 
+
133 
+```nohighlight
134 
+cd [ディレクトリ名]
135 
+```
136 
+
137 
+
138 
+**実行例**
139 
+
140 
+
141 
+```nohighlight
142 
+[b59999@hx001 ~]$ pwd
143 
+```
144 
+
145 
+```nohighlight
146 
+/home/a/b59999             # カレントディレクトリは /home/a/b59999
147 
+```
148 
+
149 
+```nohighlight
150 
+[b59999@hx001 ~]$ cd dir1  # カレントディレクトリを dir1 に移動する
151 
+[b59999@hx001 ~]$ pwd
152 
+```
153 
+
154 
+```nohighlight
155 
+/home/a/b59999/dir1        # カレントディレクトリが dir1 に移動した
156 
+```
157 
+
158 
+
159 
+
160 
+### `cp` －ファイルやディレクトリをコピーする{#cp}
161 
+
162 
+
163 
+```nohighlight
164 
+cp [オプション] [コピー元] [コピー先]
165 
+```
166 
+
167 
+
168 
+**主なオプション**
169 
+
170 
+オプション |  効果
171 
+------ | --------------------------------------------
172 
+ -R   |  コピー元がディレクトリだった場合、そのディレクトリ以下のツリー構造を含めてコピーします。
173 
+
174 
+
175 
+
176 
+**実行例**
177 
+
178 
+
179 
+```nohighlight
180 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
181 
+file1.txt dir1/
182 
+```
183 
+
184 
+```nohighlight
185 
+[b59999@hx001 ~]$ cp file1.txt file2.txt　# file1.txtをfile2.txtとしてコピーする
186 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
187 
+```
188 
+
189 
+```nohighlight
190 
+file1.txt file2.bmp dir1/              # file2.txt ができている
191 
+```
192 
+
193 
+```nohighlight
194 
+[b59999@hx001 ~]$ cp file2.txt dir1    # file2.txt を dir1 にコピーする
195 
+[b59999@hx001 ~]$ ls dir1
196 
+```
197 
+
198 
+```nohighlight
199 
+file2.txt         # file2.txt が dir1 にコピーされている
200 
+```
201 
+
202 
+```nohighlight
203 
+[b59999@hx001 ~]$ cp -R dir1 dir2      # dir1 を dir2 にコピーする
204 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
205 
+```
206 
+
207 
+```nohighlight
208 
+file1.txt file2.txt dir1/ dir2/        # dir2 ができている
209 
+[b59999@hx001 ~]$ ls dir2
210 
+```
211 
+
212 
+```nohighlight
213 
+file2.txt         # ツリー構造も含めて dir1 が dir2 にコピーされている
214 
+[b59999@hx001 ~]$
215 
+```
216 
+
217 
+
218 
+
219 
+### `mkdir` －ディレクトリを新規作成する{#mkdir}
220 
+
221 
+
222 
+```nohighlight
223 
+mkdir [ディレクトリ名]
224 
+```
225 
+
226 
+
227 
+**実行例**
228 
+
229 
+
230 
+```nohighlight
231 
+[b59999@hx001 ~]$ ls
232 
+file1.txt file2.bmp
233 
+[b59999@hx001 ~]$ mkdir dir1
234 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
235 
+```
236 
+
237 
+```nohighlight
238 
+file1.txt file2.bmp dir1/          # dir1 ができている
239 
+[b59999@hx001 ~]$
240 
+```
241 
+
242 
+
243 
+
244 
+### `rm` －ファイルやディレクトリを削除する{#rm}
245 
+
246 
+
247 
+```nohighlight
248 
+rm [オプション] [ファイル名ディレクトリ名]
249 
+```
250 
+
251 
+
252 
+**主なオプション**
253 
+
254 
+オプション |   効果
255 
+------- | ----------------------------------------
256 
+ -R    |  対象がディレクトリだった場合、そのディレクトリ以下のツリー構造を含めて削除する
257 
+
258 
+
259 
+
260 
+**実行例**
261 
+
262 
+
263 
+```nohighlight
264 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
265 
+file1.txt file2.bmp dir1/
266 
+```
267 
+
268 
+```nohighlight
269 
+[b59999@hx001 ~]$ rm file1.txt    # file1.txt を削除する
270 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
271 
+```
272 
+
273 
+```nohighlight
274 
+file2.bmp dir1/                   # file1.txt が削除されている
275 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F dir1
276 
+```
277 
+
278 
+```nohighlight
279 
+dir2/          # dir1 の下に dir2 がある
280 
+```
281 
+
282 
+```nohighlight
283 
+[b59999@hx001 ~]$ rm -R dir1      # dir1 を削除する
284 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
285 
+```
286 
+
287 
+```nohighlight
288 
+file2.bmp          # dir1 がそれ以下のツリー構造ごと削除されている
289 
+```
290 
+
291 
+
292 
+
293 
+### `mv` －ファイルを移動する（ファイル名を変更する）{#mv}
294 
+
295 
+`mv` コマンドは、ファイルやディレクトリを移動させる時に使用します。また、同じディレクトリに移動させることで、ファイル名を変更することもできます。
296 
+
297 
+
298 
+```nohighlight
299 
+mv [元のファイル名] [新しいファイル名]
300 
+```
301 
+
302 
+
303 
+**実行例**
304 
+
305 
+
306 
+```nohighlight
307 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
308 
+file1.txt file2.bmp dir1/　
309 
+```
310 
+
311 
+```nohighlight
312 
+[b59999@hx001 ~]$ mv file1.txt dir1         # file1.txt を dir1 に移動する
313 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
314 
+```
315 
+
316 
+```nohighlight
317 
+file2.bmp dir1/          # file1.txt が無くなっている
318 
+[b59999@hx001 ~]$ ls dir1
319 
+```
320 
+
321 
+```nohighlight
322 
+file1.txt          # dir1 に移動している
323 
+```
324 
+
325 
+```nohighlight
326 
+[b59999@hx001 ~]$ mv file2.bmp file3.bmp    # file2.bmp を file3.bmp に移動する
327 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
328 
+```
329 
+
330 
+```nohighlight
331 
+file3.bmp dir1/          # file3.bmp にファイル名が変わっている
332 
+```
333 
+
334 
+
335 
+
336 
+### `cat` －ファイルの中身を画面に表示する{#cat}
337 
+
338 
+
339 
+```nohighlight
340 
+cat [ファイル名]
341 
+```
342 
+
343 
+
344 
+**実行例**
345 
+
346 
+
347 
+```nohighlight
348 
+[b59999@hx001 ~]$ ls -F
349 
+file1.txt file2.bmp dir1/
350 
+[b59999@hx001 ~]$ cat file1.txt
351 
+```
352 
+
353 
+```nohighlight
354 
+abcdefghijklmnopqrstuvwxyz          # file1.txt の中身が表示されている
355 
+[b59999@hx001 ~]$
356 
+```
357 
+
358 
+
359 
+
360 
+### `more` と `less` －ファイルの中身を表示する{#less}
361 
+
362 
+`cat` コマンドに代わって `more` コマンド、 `less` コマンドを使用すると、ファイルが長い場合1ページごとに表示を止め、コマンド待ち状態になります。
363 
+
364 
+
365 
+```nohighlight
366 
+more（もしくは less ） [ファイル名]
367 
+```
368 
+
369 
+
370 
+**実行例**
371 
+
372 
+
373 
+```nohighlight
374 
+[b59999@hx001 ~]$ more file3.c
375 
+#include <stdio.h>    /* file3.c の中身が表示されている */
376 
+#include <math.h>
377 
+#include <stdlib.h>
378 
+（・・中略・・）
379 
+　　for(i=0; i<10; i++){
380 
+　　　　a[i] = b[i]*c[i];
381 
+--More--(10%)　　　← 1 ページ表示したところでコマンド待ち
382 
+ 　　　　　　　　 　　スペースを押すことで次の 1 ページに進む
383 
+```
384 
+
385 
+
386 
+
387 
+### `logout` －ログアウトする{#logout}
388 
+
389 
+
390 
+```nohighlight
391 
+logout
392 
+```
393 
+
394 
+
395 
+**実行例**
396 
+
397 
+
398 
+
399 
+```nohighlight
400 
+[b59999@hx001 ~]$ logout          # ログアウトする
401 
+```
402 
+
403 
+
404 
+
405 
+### `man` -マニュアルを表示する（各コマンドの説明を見る）{#man}
406 
+
407 
+**lsコマンドの説明を表示する**
408 
+
409 
+
410 
+```nohighlight
411 
+[b59999@hx001 ~]$ man ls
412 
+```
413 
+
414 
+
415 
+`man` コマンドのメッセージを日本語表示する場合は、sshクライアントの文字コードの設定をUTF-8に指定した上で、環境変数LANGにja_JP.UTF-8を設定してください。
416 
+
417 
+**tcshを使用している場合**
418 
+
419 
+
420 
+```nohighlight
421 
+[b59999@hx001 ~]$ setenv LANG ja_JP.UTF-8
422 
+```
423 
+
424 
+
425 
+**bashを使用している場合**
426 
+
427 
+
428 
+```nohighlight
429 
+[b59999@hx001 ~]$ export LANG=ja_JP.UTF-8
430 
+```
431 
+
432 
+
433 
+
434 
+## vi エディタの使い方{#vi}
435 
+
436 
+
437 
+vi エディタは、UNIX 系 OS に標準で組み込まれているテキストエディタです。操作体系が非常に特殊なので、以下に詳しく説明します。
438 
+
439 
+**vi エディタの起動**
440 
+
441 
+
442 
+```nohighlight
443 
+vi [ファイル名]
444 
+```
445 
+
446 
+
447 
+**2種類のエディットモード**
448 
+
449 
+vi エディタのエディットモードは、 **コマンドモード** と **エディットモード** の2種類に大きく分けられます。
450 
+
451 
+* **コマンドモード**
452 
+
453 
+検索や置換、ファイルの保存、文字や行の削除など、文字入力以外の作業を行ないます。
454 
+
455 
+* **エディットモード**
456 
+
457 
+実際に文字を入力します。
458 
+
459 
+エディタを起動すると、まずコマンドモードが立ち上がります。 `i` 、 `I` 、 `a` 、 `A` 、 `o` 、 `O` などの挿入コマンドでエディットモードに入ることができます。コマンドモードに復帰する時は、ESCキーを押してください。
460 
+
461 
+
462 
+### vi コマンドリファレンス{#vi}
463 
+
464 
+**カーソルの移動**
465 
+
466 
+文字指向のジャンプ　|
467 
+--------------- | --------------------------
468 
+ h , j , k , l |   左、下、上、右 （ ← , ↓ , ↑ , → ）
469 
+
470 
+テキスト指向のジャンプ |
471 
+--------------- | --------------
472 
+ w , W , b , B |   前/後の単語
473 
+ e , E         |   単語の末尾
474 
+ ) , (         |   次/前の文の先頭
475 
+ } , {         |   次/前の段落の先頭
476 
+ ]] , [[       |   次/前のセクションの先頭
477 
+
478 
+行指向のジャンプ   |
479 
+----------- | -------------------
480 
+ 0(ゼロ) , $ |   カレント行の先頭/末尾
481 
+ ^         |   カレント行の先頭（空白以外の）文字
482 
+ + , ?     |   次/前の行の先頭の文字
483 
+_n_l       |   カレント行の _n_ 文字目
484 
+ H         |   画面の最上行
485 
+ M         |   画面の中央行
486 
+ L         |   画面の最下行
487 
+_n_H       |   上から _n_ 行目の行
488 
+_n_L       |   下から _n_ 行目の行
489 
+
490 
+画面指向のジャンプ |
491 
+------------------------------------------------------------------------ | --------------------
492 
+CTRL + f , CTRL + b |   次/前の画面にスクロール
493 
+CTRL + d , CTRL + u |   上/下に半画面分スクロール
494 
+CTRL + e , CTRL + y |   ウィンドウの下/上にもう1行表示
495 
+ z RETURN                                      |  カーソルのある行を画面の一番上に表示
496 
+ z. （ゼット　ドット）                                                           |   カーソルのある行を画面中央に表示
497 
+ z- （ゼット　ハイフン）                                                          |   カーソルのある行を画面の一番下に表示
498 
+CTRL + l , CTRL + r |   画面の書き直し（スクロールなし）
499 
+
500 
+検索     |
501 
+------------ | --------------------------------------
502 
+ / _pattern_ |  パターンを順方向に検索
503 
+ ? _pattern_ |  パターンを逆方向に検索
504 
+ n , N      |   最後の検索を、同じ/反対の方向で繰り返す
505 
+ / , ?      |   直前の検索を、順方向/逆方向に繰り返す
506 
+ f_x_        |  カレント行内の、カーソル位置より後にある _x_ にジャンプ
507 
+ F_x_        |  カレント行内の、カーソル位置より前にある _x_ にジャンプ
508 
+ t_x_        |  カレント行内の、カーソル位置より後にある _x_ の直前の文字にジャンプ
509 
+ T_x_        |  カレント行内の、カーソル位置より前にある _x_ の直後の文字にジャンプ
510 
+ ;          |   直前のカレント行内検索を繰り返す
511 
+ ,          |   直前のカレント行内検索を反対方向で繰り返す
512 
+
513 
+行番号によるジャンプ   |
514 
+----------------------------------- | ---------------
515 
+CTRL + g |   カレント行の行番号を表示
516 
+_n_G                               |   行番号 _n_ にジャンプ
517 
+ G                                 |   ファイルの最終行にジャンプ
518 
+ :_n_                               |  行番号 _n_ にジャンプ
519 
+
520 
+位置のマーク |
521 
+------- | -----------------------
522 
+ m_x_   |  現在位置を _x_ としてマーク
523 
+ ‘_x_   | _x_ にジャンプ
524 
+ “     |   直前のマークまたは文脈に戻る
525 
+ `_x_   |  マークを _x_ を含む行の先頭にジャンプ
526 
+ ``    |   直前のマークを含む行の先頭に戻る
527 
+
528 
+**終了コマンド**
529 
+
530 
+終了コマンド |
531 
+------- | ---------------------------------
532 
+ ZZ    |   ファイルを書き込んで（保存）終了
533 
+ :x    |   ファイルを書き込んで（保存）終了
534 
+ :wq   |   ファイルを書き込んで（保存）終了
535 
+ :w    |   ファイルの書き込み（保存）
536 
+ :w!   |   （強制的な）ファイルの書き込み（保存）
537 
+ :q    |   ファイルの編集を終了
538 
+ :q!   |   ファイルの編集を終了（全ての変更を無効にする）
539 
+ :e!   |   現在のファイルを、最後に書き込んだ（保存した）時点の内容に戻す
540 
+
541 
+**編集コマンド**
542 
+
543 
+挿入    |
544 
+------------------- | ----------------------------
545 
+`i` , `a`           |  カーソルの前/後にテキストを挿入
546 
+`I` , `A`           |  行の先頭/末尾にテキストを挿入
547 
+`o` , `O` （大文字　オー） |   カーソルの下/上にテキスト入力用の新しい行をオープン
548 
+
549 
+変更  |
550 
+---- | ------------------
551 
+`r`  |  文字を変更
552 
+`cw` |  単語を変更
553 
+`cc` |  カレント行を変更
554 
+`C`  |  行末まで変更
555 
+`R`  |  文字列を重ね書きする
556 
+`s`  |  文字をテキストで置き換える
557 
+`S`  |  カレント行をテキストで置き換える
558 
+
559 
+移動、削除    |
560 
+--------- | --------------------------------------------------
561 
+`x`       |  文字の削除
562 
+`X`       |  カーソルの前にある文字の削除
563 
+`dw`      |  単語の削除
564 
+`dd`      |  カレント行の削除
565 
+`D`       |  行末まで削除
566 
+`p` , `P` |  削除したテキストをカーソルの後/前に挿入する
567 
+ “_n_p   |   カーソルの後に、削除バッファ番号 _n_ のテキストを挿入する（最新 9 回の削除について有効）
568 
+
569 
+ヤンク      |
570 
+--------- | -----------------------------
571 
+`yw`      |  単語のヤンク（コピー）
572 
+`yy`      |  カレント行のヤンク
573 
+ “_a_yy  |  _a_ という名前のバッファにカレント行をヤンク
574 
+`p` , `P` |  ヤンクしたテキストをカーソルの後/前に挿入する
575 
+ “_a_p   |   カーソルの前に、バッファ _a_ のテキストを挿入する
576 
+
577 
+その他のコマンド |
578 
+--------- | -----------------------------
579 
+ . （ドット） |   最後の編集コマンドの繰り返し
580 
+`u` , `U` |  最後の編集の取り消し（ undo ）/カレント行の復元
581 
+`j`       |  2 行の連結
582 
+
583 
+`ex` コマンドを使った場合 |
584 
+---------------- | ---------------------
585 
+ :d             |   行の削除
586 
+ :m             |   行の移動
587 
+ :co , :t       |   行のコピー
588 
+ / , ?          |   直前の検索を、順方向/逆方向に繰り返す
589 
+ :.,$d          |   カレント行からファイルの最終行まで削除
590 
+
591 
+
592 
+## Emacs の使い方{#emacs}
593 
+
594 
+
595 
+
596 
+### Emacs とは{#emacs_top}
597 
+
598 
+**Emacs** は、UNIX 系の OS でよく利用される、高機能でカスタマイズ性の高いテキストエディタです。
599 
+**Emacs** で編集を行う際は、バッファにファイルを読み込んで作業した後、編集したバッファをファイルに書き込む形になります。複数のバッファを立ち上げ、切り替えながら作業できるので、バッファごとに名前がついています。通常は、編集するファイル名がバッファの名前となっています。
600 
+
601 
+
602 
+### Emacs の起動{#emacs_boot}
603 
+
604 
+
605 
+```nohighlight
606 
+emacs [ファイル名]
607 
+```
608 
+
609 
+
610 
+起動時にファイル名を指定すると、その名前で編集バッファが用意され、該当ファイルが読み込まれます。（ファイルが存在しない場合は、バッファは空っぽのままです。）
611 
+ファイル名を省略して起動すると、バッファ名は自動的に **scratch** となります。
612 
+
613 
+
614 
+### Emacs の画面 {#emacs_display}
615 
+
616 
+X （ウィンドウシステム）が利用できる環境で起動すると、Xクライアントとして新規ウィンドウが立ち上がります。
617 
+
618 
+![](348_902.jpg)
619 
+
620 
+ウィンドウシステムが利用できない環境の場合は、次のような画面が表示されます。
621 
+
622 
+![](348_903.jpg)
623 
+
624 
+**Emacs** の画面は、大きく3つの部分に分かれています。
625 
+
626 
+* **テキストウィンドウ**
627 
+
628 
+一番大きいエリア。入力した文字が表示されます。
629 
+
630 
+* **モード行**
631 
+
632 
+テキストウィンドウの下にある反転した行。テキストウィンドウの状態などが表示されます。
633 
+モード行のおおよその意味は、次のとおりです。
634 
+
635 
+![](348_904.jpg)
636 
+
637 
+* **エコー行**
638 
+
639 
+モード行の下にある行。 **Emacs** からのメッセージが表示されます。入力もここで行います。
640 
+
641 
+
642 
+### Emacs の基本操作{#emacs_use}
643 
+
644 
+カーソル移動などの操作は、特殊なキー入力を使います。 キー入力の方法は次の二つです。
645 
+
646 
+* **CTRL キー** を押しながら文字キーを押す（ **C-文字キー** ）
647 
+
648 
+* **ESC キー** を押した後に文字キーを押す（ **M-文字キー** ）
649 
+
650 
+**<ins>ファイルを開く（ <code>C-x</code>  <code>C-f</code> ）</ins>**
651 
+
652 
+**Emacs**  起動後、新たにファイルを読み込みたい時は、 `C-x`  `C-f` （ CTRL を押しながら x 、続いて CTRL を押しながら f ）を押します。すると、エコー行に次のメッセージが表示されます。
653 
+
654 
+
655 
+    ```nohighlight
656 
+    Find file: ~/
657 
+    ```
658 
+
659 
+
660 
+**Emacs** をホームディレクトリ以外で起動した場合は、/~ ではなく、カレントディレクトリのパスが表示されます。
661 
+メッセージの後に続けて、開きたいファイル名（ 例　test.txt ）を入力し、Enter キーを押します。
662 
+
663 
+
664 
+```nohighlight
665 
+Find file: ~/test.txt
666 
+```
667 
+
668 
+
669 
+すると、test.txt という名前のバッファが用意され、ファイルの内容が編集バッファに読み込まれます。ファイルが存在しない場合は、次のように新規ファイルを意味する（ New file ）のメッセージがエコー行に表示されます。
670 
+
671 
+![](348_905.jpg)
672 
+
673 
+**<ins>文字の入力</ins>**
674 
+
675 
+文字は、テキストウィンドウ上のカーソル位置に入力されます。文字の削除は、Delete キーです。（Backspace キーは文字の削除には使用しません。）
676 
+
677 
+**<ins>日本語入力システム</ins>**
678 
+
679 
+日本語を入力する場合は、まず `C-￥` （ CTRL を押しながら ￥ [バックスラッシュ] ）で日本語入力システムを起動させてください。システムが起動するとモード行の左隅の表示が [ ? - ] から [ あ ] に切り替わり、ローマ字かな変換が可能となります。入力システムを元に戻す時は、ふたたび `C-￥` を押してください。
680 
+
681 
+日本語入力システムで、 k y o u t o d a i g a k u とタイプすると、次のように表示されます。
682 
+
683 
+
684 
+```nohighlight
685 
+| きょうとだいがく |
686 
+```
687 
+
688 
+
689 
+左右に表示される縦棒“ | ”は、この縦棒に挟まれた区間に、かな漢字変換が適用されることを意味しています。変換はSpace キーで行います。この時、左隅の表示は[あ] から [漢] に切り替わります。
690 
+
691 
+
692 
+```nohighlight
693 
+| 京都大学 |
694 
+```
695 
+
696 
+
697 
+続けて Space キーを押すと、次の変換候補が表示されます。Enter キーまたは `C-l` で入力を確定します。変換する文節を変えたい時は、 `C-i` または `C-o` を押してください。文節毎に変換を行なう場合は、文節にカーソルを移動してSpace キーを押します。漢字変換を取り消す際は `C-c` を押してください。
698 
+
699 
+**<ins>カーソルの移動</ins>**
700 
+
701 
+カーソル移動の方法は次のとおりです。
702 
+
703 
+col 1 | col 2
704 
+----- | ---------
705 
+`C-p` |  上方向に移動
706 
+`C-n` |  下方向に移動
707 
+`C-f` |  右に移動
708 
+`C-b` |  左に移動
709 
+`C-a` |  行の先頭に移動
710 
+`C-e` |  行の末尾に移動
711 
+
712 
+キーはそれぞれ previous、next、forward、backward、ahead、end of lineの略です。
713 
+
714 
+col 1                                               | col 2
715 
+--------------------------------------------------- | ------------
716 
+`C-v`                                               |  次の画面にスクロール
717 
+`M-v` （ ESC を押して離し v を押す） |  前の画面にスクロール
718 
+`M-<`                                               |  バッファの先頭に移動
719 
+`M->`                                               |  バッファの最後に移動
720 
+
721 
+![](348_907.jpg)
722 
+
723 
+**<ins>削除とコピー</ins>**
724 
+
725 
+文字の削除には、いくつか方法があります。
726 
+
727 
+col 1       | col 2
728 
+----------- | ---------------------
729 
+ Delete キー |   一文字戻って削除
730 
+`C-d`       |  カーソル位置にある文字を一文字削除
731 
+`C-k`       |  カーソル位置から行の末尾までを全て削除
732 
+
733 
+範囲を指定して削除することも可能です。まず指定したい範囲の先頭にカーソルを移動させ、 `C-`@ でマークを付けます。その際、エコー行に Mark set と表示されます。次に、範囲の最後にカーソルを移動させ `C-w` を押します。すると、現在のカーソル位置からマークを付けた範囲が全て削除されます。
734 
+
735 
+`C-k` や `C-w` で削除した文字はコピーバッファに保存されるため、 `C-y` でペーストすることができます。コピーバッファは、 `C-k` や `C-w` を実行する毎に書き換えられます。
736 
+ただし、 `C-d` や Delete キーで削除した文字は、コピーバッファに保存されませんので注意してください。
737 
+
738 
+**<ins>操作の取り消し</ins>**
739 
+
740 
+操作を取り止める時は `C-g` を押します。この時、エコー行には Quit と表示されます。直前の編集操作を取り消す時は、 `C-x`  `u` を押します。この時、エコー行には Undo! と表示されます。
741 
+
742 
+**<ins>ファイルの保存（ <code>C-x</code>  <code>C-s</code> ）</ins>**
743 
+
744 
+編集内容をファイルに保存する際は、 `C-x`  `C-s` を押します。この時、 **scratch** バッファで編集作業を行なっていた場合は、エコー行に File to save in: ~/ と表示されますので、ファイル名を指定して保存してください。
745 
+
746 
+**<ins>編集バッファの抹消</ins>**
747 
+
748 
+編集バッファを抹消する際は、 `C-x`  `k` を押します。
749 
+エコー行に Kill buffer: (default test.txt) と表示されますので、Enter キーを押してください。内容に変更がなければ、そのまま抹消されます。バッファの内容に変更があった場合は、さらに Buffer test.txt modified; kill anyway? (yes or no) のメッセージが表示されます。変更内容を無効にして抹消を実行する場合は yes を、抹消を取り止める場合は no を入力して Enter キーを押してください。
750 
+
751 
+
752 
+### Emacs の終了{#emacs_end}
753 
+
754 
+**Emacs** を終了する際は、 `C-x`  `C-c` を押します。
755 
+保存していない編集バッファがある場合、エコー行に次のようなメッセージが表示されます。
756 
+（ファイル名は一例です。）
757 
+
758 
+
759 
+```nohighlight
760 
+Save file /home/a/b59999/test.txt? (y, n, !, ., q, C-r or C-h)
761 
+```
762 
+
763 
+
764 
+ファイルを保存して終了する際は y を、保存せずに終了する場合は n を入力してEnterキーを押してください。
765 
+n の場合は、続いてエコー行に確認メッセージが表示されますので、本当に終了するなら yes 、終了を取り止めるなら no を入力してください。
766 
+
767 
+
768 
+```nohighlight
769 
+Modified buffers exist; exit anyway? (yes or no)
770 
+```
771 
+
772 
+
773 
+
774 
+### Emacs をマスターするために{#emacs_master}
775 
+
776 
+**Emacs** には、チュートリアル（個人指導）が用意されています。開始するには `M-?`  `t` を押します。ここで紹介していない数多くの機能を学習できるので、 **Emacs** を早くマスターしたい方にはおすすめです。
777 
+チュートリアルもまた一つのバッファで実行されますので、終了の際は、 `C-x`  `k` でバッファを抹消してください。
user/pages/80.linux/id.pl
History View file @452be89
0 778 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,113 @@
1 
+use strict;
2 
+use warnings;
3 
+
4 
+use File::Basename;
5 
+use utf8;
6 
+use Encode;
7 
+use open IN  => ":encoding(utf8)";
8 
+use open OUT => ":encoding(utf8)";
9 
+
10 
+
11 
+#ファイルオープン処理
12 
+my $in_file1 = $ARGV[0];
13 
+die "input file missing"
14 
+    unless ($in_file1);
15 
+my $in_file2 = $ARGV[1];
16 
+die "input file missing 2"
17 
+    unless ($in_file2);
18 
+my $out_file = $ARGV[2];
19 
+die "output filename missing"
20 
+    unless ($out_file);
21 
+
22 
+# ファイル名
23 
+my $filename1 = basename($in_file1);
24 
+my $filename2 = basename($in_file2);
25 
+
26 
+open my $file1, '<', $in_file1
27 
+    or die qq{Can't open in_file1: "$in_file1":$!};
28 
+open my $file2, '<', $in_file2
29 
+    or die qq{Can't open in_file2: "$in_file2":$!};
30 
+open my $outfile, '>', $out_file
31 
+    or die qq{Can't open out_file: "$out_file":$!};
32 
+
33 
+my $flag_index=0;
34 
+my %original;
35 
+while (my $line = <$file1>) {
36 
+  chomp($line);
37 
+  if($line =~ /\<h\d id=/){
38 
+    $line =~ /id=\"(.+)\"/;
39 
+    my $id = "$1";
40 
+    $id =~ s/\"\>.+ \(\<span class=\"caps//g;
41 
+    $line =~ /\"\>(.+)\<\/h\d\>/;
42 
+    my $title = $1;
43 
+    $title =~ s/\<span class=\"caps\"\>//g;
44 
+    $title =~ s/\<\/span\>//g;
45 
+    if($original{$title}){
46 
+      $original{$title} =~ /^(.+)\_\_\_(\d)$/;
47 
+      my $recur = $2;
48 
+      $recur++;
49 
+      $original{$title} = "$1___$recur";
50 
+      my $title2 = "${title}___$recur";
51 
+      $original{$title2} = "${id}___1";
52 
+    }
53 
+    else {
54 
+      $original{$title} = "${id}___1";
55 
+    }
56 
+  }
57 
+}
58 
+
59 
+print encode('MS932', "found original ids:\n");
60 
+foreach my $content (keys %original){
61 
+  print encode('MS932', "$original{$content} <> $content\n");
62 
+}
63 
+
64 
+my %new;
65 
+print encode('MS932', "\nfound new ids:\n");
66 
+while (my $line = <$file2>) {
67 
+  chomp($line);
68 
+  if($line =~ /^\s*#{2,3}([^#].+)/){
69 
+    print encode('MS932', "found: $line\n");
70 
+    my $flag_hit=0;
71 
+    my $line2 = $1;
72 
+    $line2 =~ s/^\s+//;
73 
+    $line2 =~ s/[\s　]+//g;
74 
+    $line2 =~ s/\（//g;
75 
+    $line2 =~ s/\(//g;
76 
+    $line2 =~ s/\）//g;
77 
+    $line2 =~ s/\)//g;
78 
+    $line2 =~ s/\`//g;
79 
+    if($new{$line2}){
80 
+      my $recur = $new{$line2};
81 
+      $recur++;
82 
+      my $recurline = "${line2}___$recur";
83 
+      $new{$recurline} = 1;
84 
+      $new{$line2} = $recur;
85 
+      $line2 = $recurline;
86 
+    }
87 
+    else {
88 
+      $new{$line2} = 1;
89 
+    }
90 
+    foreach my $title (keys %original){
91 
+      my $title_orig = $title;
92 
+      $title =~ s/[\s　]+//g;
93 
+      $title =~ s/\（//g;
94 
+      $title =~ s/\(//g;
95 
+      $title =~ s/\）//g;
96 
+      $title =~ s/\)//g;
97 
+#      print encode('MS932', "$line2 <> $title\n");
98 
+      if($line2 =~ /^$title$/i){
99 
+#        print encode('MS932', "$original{$title}\n");
100 
+        $original{$title_orig} =~ /^(.+)\_\_\_\d$/;
101 
+        my $id = $1;
102 
+#        print encode('MS932', "$id\n");
103 
+        $line = "$line\{\#$id\}";
104 
+        print encode('MS932', "-> added: $line\n");
105 
+        $flag_hit=1;
106 
+      }
107 
+    }
108 
+    if(!$flag_hit){
109 
+      $line = "$line\{#insert_plz\}";
110 
+    }
111 
+  }
112 
+  print $outfile "$line\n";
113 
+}
user/pages/90.misc/04.portal_init/docs.en.md
History View file @452be89
0 114 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,156 @@
1 
+---
2 
+title: '[Portal]  Procedure to Start the Service'
3 
+media_order: 'portal-init-01.png,portal-init-02.png,portal-init-03.png,portal-init-04.png,portal-init-05.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+When your supercomputer user number is issued, we will send you a Registration Completion Notice by email.
18 
+Once you receive the Registration Completion Notice, please follow the Procedure to Start the Service described below.
19 
+
20 
+If you have been using our service since the previous year, you are not required to follow these steps.
21 
+
22 
+## Flow of Procedure
23 
+
24 
+When you start the service for the first time, please follow the steps below.
25 
+On this page, we will describe the following 1 to 4 steps with specific images.
26 
+
27 
+Payment managers can start the service with the same procedure.
28 
+Please replace the "User Number" with the "Payment Manager Number"
29 
+and the "Approval Notice" with the "Registration Confirmation Notice".
30 
+
31 
+1. Receive the Registration Completion Notice by email and confirm the user number.
32 
+2. Request for the "Procedure to Start the Service" from the user portal
33 
+3. Open the one-time URL which is sent to your registered email address and download the Approval Notice and set the password.
34 
+4. After that, you can log in to the user portal by the password authentication (Continuously, please set the public key authentication, etc.)
35 
+
36 
+## 1. Receiving the Registration Completion Notice
37 
+
38 
+We are sending the following email to notify you of the completion of your registration.
39 
+Although some expressions are omitted, we will send you an email with both English and Japanese text.
40 
+The user number described in this email will be used to login to the user portal and the supercomputer.
41 
+Make sure not to forget the password.
42 
+
43 
+```nohighlight
44 
+Subject: [Supercomputer System of Kyoto University] Registration Completion Notice(FY20xx)
45 
+From: User Portal of Supercomputer System of Kyoto University
46 
+--------------------------------------------------------------------------------------------
47 
+The registration of your supercomputer account has been completed.
48 
+You can start the service by downloading the Approval Notice and setting the password from the following URL.
49 
+
50 
+User number： b59999
51 
+
52 
+URL of the Procedure to Start the Service：
53 
+https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/..."omitted"
54 
+
55 
+If you publish a paper or other publication of the research results which you have obtained using our supercomputer,
56 
+please report it in the manner described at the following URL.
57 
+http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/apply/report.html
58 
+
59 
+Supercomputer System User's Guide
60 
+https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/en
61 
+
62 
+----
63 
+Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University
64 
+Supercomputer Systems
65 
+```
66 
+
67 
+## 2. Request for  the Procedure to Start the Service
68 
+
69 
+### Access to the User Portal
70 
+
71 
+Start up your web browser and access the URL described in the email of the registration confirmation notice.
72 
+Or, from the top page of the User Portal ([https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)),
73 
+click on the "Procedure to Start the Service" button circled by the red square in the following image.
74 
+
75 
+! [](portal-init-01.png?lightbox=100%&resize=400)
76 
+
77 
+### Request for the Procedure to Start the Service
78 
+
79 
+When the following screen is displayed, enter your user number or payment manager number
80 
+described in the Registration Completion Notice and the email address
81 
+which you  filled in on your Application Form for Large-Scale Computer Systems.
82 
+One-time URL for the procedure to start the service will be sent to your email address.
83 
+
84 
+Please note that this procedure is performed online,
85 
+so it is available only with the email address issued by the institution which you belong.
86 
+If you have a problem with your registered email address, please contact our office.
87 
+
88 
+![](portal-init-02.png?lightbox=100%&resize=400)
89 
+
90 
+### The Email of the Procedure to Start the Service
91 
+
92 
+We will notify you of the URL containing a unique long string of characters as follows.
93 
+The URL is valid for one hour, so if it expires, please repeat the above procedure.
94 
+
95 
+```nohighlight
96 
+Subject: [Supercomputer System of Kyoto University] Procedure to Start the Service
97 
+From: User Portal of Supercomputer System of Kyoto University
98 
+--------------------------------------------------------------------------------------------
99 
+This is a notice regarding the Procedure to Start the Service of Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University.
100 
+
101 
+Please click the URL below to proceed with the procedure.
102 
+
103 
+Necessary procedure
104 
+・ Download of the Approval Notice or Registration Confirmation Notice
105 
+・ Password setting
106 
+
107 
+[URL]
108 
+https: //web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal / ... "omitted" ... / c2cxwupu6jobyn ... "omitted"
109 
+* The URL is valid for 1 hour.
110 
+* If you get an error when connecting, please apply again.
111 
+
112 
+-
113 
+Academic Center for Computing and Media Studies, Kyoto University.
114 
+Supercomputer system
115 
+User portal
116 
+`````
117 
+
118 
+## 3. Procedure to Start the Service
119 
+
120 
+Access the one-time URL described in the email which you received in the above step 2
121 
+and download the Approval Noticel or Registration Confirmation Notice.
122 
+You can set the password after downloading it.
123 
+
124 
+### Download of the Approval Notice
125 
+
126 
+When you access the one-time URL, the following screen will open.
127 
+You can download the Approval Notice (PDF) by clicking on the download button.
128 
+The registration information and the verification code to be used when you forget the password are described in the Approval Notice.
129 
+Make sure to keep it safe so that the information will not be leaked to others.
130 
+You can download it only once on this screen, but you can download it again after you log in to the user portal.
131 
+
132 
+Please refer to the supplementary explanation regarding the service usage at the bottom of the page although it is omitted in the image below.
133 
+
134 
+![](portal-init-03.png?lightbox=100%&resize=400)
135 
+
136 
+### Password Setting
137 
+
138 
+Then set your password. The password you set here will be the password used for services related to supercomputers.
139 
+
140 
+![](portal-init-04.png?lightbox=100%&resize=400)
141 
+
142 
+### Completion of the procedure
143 
+
144 
+Once the password setting is completed, the following screen will be displayed.
145 
+After that, you can log in to the user portal using your user number and the registered password.
146 
+In the User Portal, you can register your public key which is used in the supercomputer.
147 
+
148 
+![](portal-init-05.png?lightbox=100%&resize=400)
149 
+
150 
+## 4. Access to the supercomputer
151 
+
152 
+Please refer to the following pages to access to your supercomputer.
153 
+
154 
+[Access](../../login)
155 
+
156 
+
user/pages/90.misc/04.portal_init/docs.ja.md
History View file @452be89
0 157 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,151 @@
1 
+---
2 
+title: '[ポータル] 利用開始手続き'
3 
+media_order: 'portal-init-01.png,portal-init-02.png,portal-init-03.png,portal-init-04.png,portal-init-05.png'
4 
+published: true
5 
+taxonomy:
6 
+    category:
7 
+        - docs
8 
+external_links:
9 
+    process: true
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+
16 
+
17 
+[toc]
18 
+
19 
+スーパーコンピュータの利用者番号の発行が完了したら、Eメールにて登録完了通知を送付いたします。
20 
+登録完了通知を受け取ったら、以下の利用開始手続きを行ってください。
21 
+
22 
+なお、前年度から継続してご利用中の方は、本作業は不要です。
23 
+
24 
+## 手続きの流れ
25 
+
26 
+初回の利用開始時に以下の手順で利用開始手続きを実施してください。
27 
+このページでは、以下の１～４の作業について具体的な画面と共に説明します。
28 
+
29 
+支払責任者も同様な手順で利用開始が可能です。利用者番号を支払責任者番号に、利用承認書を登録確認通知書に置き換えてご確認をお願いします。
30 
+
31 
+1. Eメールによる登録完了通知を受領し、利用者番号を確認する
32 
+2. 利用者ポータルより、初回の利用開始の手続きを要求する
33 
+3. 登録Eメールアドレスに届いたワンタイムURLを開き、利用承認書のダウンロード、パスワードの設定を実施する
34 
+4. 以降、パスワード認証により利用者ポータルにログイン可能となる (引き続き、スパコンの公開鍵認証の設定等を実施)
35 
+
36 
+
37 
+## 1. 登録完了通知の受領
38 
+
39 
+登録完了通知として、下記のメールを送付しております。
40 
+一部表現は簡略化していますが、実際は日英併記のメールを送付いたします。
41 
+このメールに記載の利用者番号を利用者ポータルやスーパーコンピュータのログインに使用します。
42 
+忘れないようにしてください。
43 
+
44 
+```nohighlight
45 
+Subject: [京大スパコン] 継続登録完了のお知らせ (20xx 年度)
46 
+From: 京大スパコン利用者ポータル
47 
+--------------------------------------------------------------------------------------------
48 
+スーパーコンピュータのアカウントの登録が完了しました。
49 
+以下のURLより、利用承認書のダウンロード及びパスワード設定を
50 
+行うことで、利用開始することができます。
51 
+
52 
+利用者番号： b59999
53 
+
54 
+利用開始手続きURL：
55 
+https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/...略
56 
+
57 
+スーパーコンピュータを利用して得られた研究成果を論文等で発表された
58 
+場合は、以下のURLに記載の方法で報告してください。
59 
+http://www.iimc.kyoto-u.ac.jp/ja/services/comp/apply/report.html
60 
+
61 
+スーパーコンピュータシステムの使い方
62 
+https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja
63 
+
64 
+----
65 
+京都大学学術情報メディアセンター
66 
+スーパーコンピュータシステム
67 
+```
68 
+
69 
+
70 
+## 2. 利用開始手続きの要求
71 
+
72 
+### 利用者ポータルへの接続
73 
+
74 
+WEBブラウザを起動し、登録確認通知メールに記載のURLにアクセスしてください。
75 
+若しくは、利用者ポータル ([https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/)) のトップページより、以下の画像の赤四角で囲んだ利用開始手続きボタンを押下してください。
76 
+
77 
+![](portal-init-01.png?lightbox=100%&resize=400)
78 
+
79 
+### 利用開始手続きの要求
80 
+
81 
+以下の画面が表示されたら、登録完了通知に記載の利用者番号または支払責任者番号と、利用申請書に記載したEメールアドレスを入力してください。
82 
+利用開始手続きを実施するための、ワンタイムURLをEメールアドレスで送付いたします。
83 
+
84 
+なお、本手続きはオンラインで実施するため、所属機関が発行したEメールアドレスでなければ実施できません。
85 
+登録したEメールアドレスに問題がある場合は、申請窓口に相談してください。
86 
+
87 
+![](portal-init-02.png?lightbox=100%&resize=400)
88 
+
89 
+### 利用開始手続きのメール内容
90 
+
91 
+以下のようにユニークな長い文字列を含むURLを通知いたします。
92 
+1時間だけ有効なURLですので、失効した場合は上記手順を再度実行してください。
93 
+
94 
+```nohighlight
95 
+Subject: [京大スパコン] 利用開始手続きについて
96 
+From: 京大スパコン利用者ポータル
97 
+--------------------------------------------------------------------------------------------
98 
+京都大学学術情報メディアセンタースーパーコンピュータシステムの
99 
+利用開始手続きに関するお知らせです。
100 
+
101 
+手続きを進めるには、以下のURLをクリックし手続きを進めてください。
102 
+
103 
+必要な手続き
104 
+・利用承認書または登録確認通知書のダウンロード
105 
+・パスワード設定
106 
+
107 
+[URL]
108 
+https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/...略.../c2cxwupu6jobyn...略
109 
+* URLの有効期限は1時間です。
110 
+* 接続時にエラーが出た場合は、再度申込みの手続きをお願いします。
111 
+
112 
+--
113 
+京都大学学術情報メディアセンター
114 
+スーパーコンピュータシステム
115 
+利用者ポータル
116 
+```
117 
+
118 
+## 3. 利用開始手続き
119 
+
120 
+上記2の作業で届いたEメールに記載のワンタイムURLにアクセスし、利用承認書または登録確認通知書をダウンロードしてください。
121 
+ダウンロード後にパスワードの設定を行うことができます。
122 
+
123 
+### 承認書のダウンロード
124 
+
125 
+ワンタイムURLにアクセスすると、以下の画面が開きます。ダウンロードボタンを押下することで利用承認書（PDF）をダウンロードすることができます。
126 
+利用承認書には登録情報とパスワードを忘れた際に使用する照合コードを記載しています。他人に情報が漏れることが無いように安全に保管してください。
127 
+この画面ではダウンロードは1回しかできませんが、利用者ポータルにログインできるようになれば再度ダウンロードが可能です。
128 
+
129 
+以下の画像では省略していますが、ページの下方に利用に関する補足説明を記載していますのでご一読ください。
130 
+
131 
+![](portal-init-03.png?lightbox=100%&resize=400)
132 
+
133 
+### パスワードの設定
134 
+
135 
+続いてパスワードを設定してください。ここで設定するパスワードはスーパーコンピュータ関係のサービスで使用するパスワードとなります。
136 
+
137 
+![](portal-init-04.png?lightbox=100%&resize=400)
138 
+
139 
+### 手続きの完了
140 
+
141 
+パスワード設定が完了すると以下の画面に遷移します。
142 
+以降は、利用者番号と登録したパスワードを用いて利用者ポータルにログインすることが可能です。
143 
+利用者ポータルでは、スーパーコンピュータで利用する公開鍵の登録などを行うことができます。
144 
+
145 
+![](portal-init-05.png?lightbox=100%&resize=400)
146 
+
147 
+## 4.スーパーコンピュータへの接続
148 
+
149 
+以下のページを参考にスーパーコンピュータへの接続を行ってください。
150 
+
151 
+[システムへの接続方法](../../login)
user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-01.png
History View file @452be89
0 152 
new file mode 100644
1 153 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-01.png differ
user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-02.png
History View file @452be89
2 154 
new file mode 100644
3 155 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-02.png differ
user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-03.png
History View file @452be89
4 156 
new file mode 100644
5 157 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-03.png differ
user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-04.png
History View file @452be89
6 158 
new file mode 100644
7 159 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-04.png differ
user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-05.png
History View file @452be89
8 160 
new file mode 100644
9 161 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/04.portal_init/portal-init-05.png differ
user/pages/90.misc/05.short_course_login/docs.ja.md
History View file @452be89
10 162 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,15 @@
1 
+---
2 
+title: 講習会アカウントの有効化
3 
+published: true
4 
+login:
5 
+    visibility_requires_access: false
6 
+media_order: short_course_login.mov
7 
+---
8 
+
9 
+### 講習会アカウントの有効化について
10 
+講習会アカウントは、[https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/guest/short_course_activation](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal/guest/short_course_activation) から、ご自身で有効化いただく必要があります。<br>
11 
+講習会アカウントの発行・有効化には、プログラム講習会(Zoom Webiner)に参加した際にチャットでお知らせする **「照合コード」が必要** となります。<br>
12 
+※ Webブラウザは **Google Chromeを推奨**しております。
13 
+
14 
+### 講習会アカウントの有効化、システムへのログイン方法(動画マニュアル)
15 
+![short_course_login](short_course_login.mov?resize=960)
0 16 
\ No newline at end of file
user/pages/90.misc/05.short_course_login/short_course_login.mov
History View file @452be89
1 17 
new file mode 100644
2 18 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/05.short_course_login/short_course_login.mov differ
user/pages/90.misc/07.systemdeg/docs.en.md
History View file @452be89
3 19 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,241 @@
1 
+---
2 
+title: 'Systems available in FY2022'
3 
+published: false
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## Overview {#overview}
18 
+We will start the service of system D, system E and system G from 10:00 a.m. , January 13, 2023.
19 
+System D and system E will be equipped with Intel Xeon processors, and system G will be equipped with AMD EPYC processors and GPUs.
20 
+
21 
+System D/E is the same Xeon processor as the previous system B and C, and is available with Intel compilers.
22 
+You can use system D in place of system B, and system E  in place of system C, in a similar way as before.
23 
+
24 
+System G is equipped with four GPUs (NVIDIA A100 80GB SXM ) per node as accelerators, and it is suitable for running applications that utilize GPGPU, such as machine learning.
25 
+
26 
+<!--
27 
+システムD 及び システムEは、ハードウェアは若干古い世代になりますが、搭載しているIntel Xeonプロセッサは、最新のCPUの命令セットとも
28 
+概ね互換性があるため、同じ使用感でお使いいただけます。
29 
+
30 
+システムGは、AMD EPYCプロセッサを搭載し、演算加速器(NVIDIA A100 80GB SXM)を用いて計算いただくことが可能なシステムです。
31 
+-->
32 
+
33 
+User ID of a large-scale computer systems is required to use the system.
34 
+You can use the system without usage fees in FY2022 due to the trial operation period.
35 
+
36 
+##  System Configurations {#system}
37 
+The specifications of the system D/E/G are as follows.
38 
+
39 
+You can access the HOME and LARGE areas of storage from any system with the same PATH.
40 
+Please refer to [Using File System](/filesystem) for details on storage.
41 
+
42 
+<!--
43 
+システムDとEの違いはメモリサイズのみで、演算性能は同一となります。
44 
+また、ソフトウェア環境は、システムD/Eとクラウドシステムで共通となっています。
45 
+
46 
+一方、システムGは、CPUやコンパイラ、ソフトウェア環境が、他のシステムと異なる構成となっています。
47 
+-->
48 
+
49 
+![system_deg](system_deg.png?width=900)
50 
+
51 
+
52 
+## How to access the system {#login}
53 
+Login to the system is limited to SSH (Secure SHell) key authentication.
54 
+
55 
+[Generate a key pair](/login/pubkey#keygen)and [Register your public key](/login/pubkey#regist) from [User Portal](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal) and then you can login.
56 
+
57 
+Please refer to [Access](/login) for details on
58 
+
59 
+1. To log in to the system, access to the following hosts via SSH public key authentication.
60 
+```nohighlight
61 
+## When logging in to system D/E
62 
+$ ssh laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
63 
+--
64 
+## When logging in to system G
65 
+$ ssh gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp
66 
+```
67 
+
68 
+2. Switch to the module file for each system.
69 
+```nohighlight
70 
+## When switching to the system D environment
71 
+$ module switch SysD
72 
+--
73 
+## When switching to the system E environment
74 
+$ module switch SysE
75 
+--
76 
+## When switching to the system G environment
77 
+## (When you log in to gardenia, the system G environment is automatically set by default. Normally, there is no need to switch.)
78 
+$ module switch SysG
79 
+```
80 
+
81 
+3. Check your current environment if necessary. If system D and slurm are loaded, you can submit jobs to the system D environment.
82 
+```nohighlight
83 
+## For system D
84 
+$ module list
85 
+Currently Loaded Modulefiles:
86 
+ 1) slurm/2022   2) SysD/2022   3) intel/2022.3   4) intelmpi/2022.3   5) PrgEnvIntel/2022
87 
+```
88 
+
89 
+
90 
+## Login Environment{#env}
91 
+
92 
+The environmental settings such as programming environment and libraries are configured with the module command same as the previous system. However, the name of the module has been changed, you will need to review it if you are automatically loading it with .bashrc, etc when logging in.
93 
+
94 
+Please refer to the following pages for the login environment and changes from the previous system.
95 
+
96 
+* [For Users of the Previous System](/migration)
97 
+* [Setting up your Environment](/config)
98 
+* [Modules - a tool for setting up the environment](/config/modules)
99 
+
100 
+## How to Compile {#compile}
101 
+### System D/E
102 
+Intel compilers are available. It is set to automatically load the Intel compiler settings immediately after login.
103 
+
104 
+Please refer to [Compilers and Libraries](/compilers) for details.
105 
+
106 
+### System G
107 
+NVIDIA HPC SDK compilers are available. It is set to automatically load the NVIDIA HPC SDK compiler settings immediately after login.
108 
+
109 
+Please refer to [Compilers and Libraries](/compilers) for details.
110 
+
111 
+## Job Execution {#job}
112 
+Slurm is used as the job scheduler.
113 
+
114 
+Use the `spartition` command to check queues, the `squeue` command to check jobs, and the `sbatch` command to submit jobs.
115 
+
116 
+In addition to the standard slurm options, the --rsc option is added as a customized option specific to our center. You can specify the required computing resources with the same syntax used in the previous system's job scheduler (PBS) as the -A option.
117 
+
118 
+In principle, please add the srun command before the program to be executed when executing a job by slurm. It is used instead of the mpiexec command. Parameters such as the number of parallels are obtained automatically from the --rsc option and can be omitted. Although it can be omitted in the sequential program, it is recommended to add.
119 
+
120 
+Please refer to [Program Execution](/run) for details.
121 
+
122 
+#### Example of job script for a sequential program
123 
+```nohighlight
124 
+#!/bin/bash
125 
+#============ Slurm Options ===========
126 
+#SBATCH -p gr19999d        # Specify job queue name (partition name). Check the available queue names with the spartition command.
127 
+#SBATCH -t 1:00:00         # Specify a maximum elapsed time limit of 1 hour. It is easier to be scheduled if a lean limit is specified.
128 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1  # Specify the requested resource.
129 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # Specify the standard output/error output file for the job. %x is replaced by the job name (job script name) and %j is replaced by the job ID.
130 
+#============ Shell Script ============
131 
+set -x
132 
+
133 
+srun ./a.out
134 
+```
135 
+
136 
+#### Example of a job script for an MPI program (8 Process)
137 
+```nohighlight
138 
+#!/bin/bash
139 
+#============ Slurm Options ===========
140 
+#SBATCH -p gr19999d        # Specify job queue name (partition name).
141 
+#SBATCH -t 1:00:00         # Specify an elapsed time.
142 
+#SBATCH --rsc p=8:t=1:c=1  # Specify the requested resource.
143 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # Specify the standard output/error output file for the job.
144 
+#============ Shell Script ============
145 
+set -x
146 
+
147 
+srun ./a.out
148 
+```
149 
+
150 
+#### Example of a job script for a sequential program using a GPU
151 
+```nohighlight
152 
+#!/bin/bash
153 
+#============ Slurm Options ===========
154 
+#SBATCH -p gr19999g        # Specify job queue (partition).
155 
+#SBATCH -t 1:00:00         # Specify an elapsed time.
156 
+#SBATCH --rsc g=1          # Specify the requested resource.
157 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # Specify the standard output/error output file for the job.
158 
+#============ Shell Script ============
159 
+set -x
160 
+
161 
+srun ./a.out
162 
+```
163 
+
164 
+### Queue Configuration{#queue}
165 
+
166 
+The following table shows the queue configuration during the 2022 trial operation period.
167 
+The available job queue is allocated according to the status of applications in the first half of FY2022.
168 
+
169 
+Since the amount of computing resources is not yet sufficient compared to the previous system, the number of nodes per job available is approximately 25% to 40% of the previous system.
170 
+
171 
+We apologize for any inconvenience until the system will be the final configuration.
172 
+
173 
+Although many job queues are listed in the table, you can check queues authorized to submit with `spartition` command.
174 
+
175 
+```bash
176 
+## Example of command display
177 
+$ spartition
178 
+Partition  State   Rmin  Rstd  Rmax    DefTime     MaxTime
179 
+ed         UP         0    40  5000   01:00:00    01:00:00
180 
+pd         UP         0    40  5000   01:00:00  7-00:00:00
181 
+s2d        UP         0    80  5000   01:00:00  7-00:00:00
182 
+```
183 
+
184 
+
185 
+#### Available queues in system D{#queue-sysd}
186 
+
187 
+Authorization is granted primarily to those who used system A/B from April to July 2022.
188 
+Depending on the system congestion, elapsed time limits, etc. may be adjusted.
189 
+
190 
+| Queue name    | Maximum number of nodes per job | Elapsed time limit  | Available Users|
191 
+|-----        | ---                    | --------------   | -------------    |
192 
+| ed          | 1 node                | 1:00:00 (1 hour)  |  All users (entry course)  |
193 
+| pd          | 1node                | 7-00:00:00 (7 days) |Personal course of previous system B |
194 
+| s2d         | 2 nodes                | 7-00:00:00 (7 days) | Group of previous system B/Group applied for 1 to 4 nodes for the private cluster|
195 
+| s4d         | 4 nodes                | 7-00:00:00 (7 days) |  Group of previous system B/Group applied for 5 to 8 nodes for the private cluster|
196 
+| s8d         | 8 nodes                | 7-00:00:00 (7 days) |  Group of previous system B/Group applied for 9 to 16 nodes for the private cluster |
197 
+| s16d        | 16 nodes               | 7-00:00:00 (7 days) |  Group of previous system B/Group applied for 17 to 32 nodes for the private cluster|
198 
+| s32d        | 32 nodes               | 7-00:00:00 (7 days) |  Group of previous system B/Group applied for 32 and more nodes for the private cluster |
199 
+| Individual queue  | Individual                | 7-00:00:00 (7 days) |  Large-scale group, users such as Organization Fixed Rate, etc. (set usage authorization according to the usage of  the first half of FY2022)
200 
+| l64d        | 64 nodes              | 2-00:00:00 (2 days) |  Large-scale group of 32 or more nodes of the previous system B application |
201 
+
202 
+
203 
+#### Available queues in system E{#queue-syse}
204 
+
205 
+Authorization is granted primarily to those who used system C from April to July 2022.
206 
+Depending on the system congestion, elapsed time limits, etc. may be adjusted.
207 
+
208 
+| Queue name | Maximum number of nodes per job | Elapsed time limit  | Available Users|
209 
+|-----        | ---                    | --------------   | -------------    |
210 
+| pe          | 1 node     | 7-00:00:00 (7 days) |  Personal course of previous system C |
211 
+| s1e         | 1 node                | 7-00:00:00 (7 days) |  Group course of previous system C，Private Cluster Course |
212 
+| Individual queue  | Individual    | 7-00:00:00 (7 days) |  Large-scale group course, users such as Organization Fixed Rate, etc. (set usage authorization according to the usage of  the first half of FY2022) |
213 
+
214 
+#### Available queues in system G{#queue-sysg}
215 
+
216 
+Authorization is granted primarily to those who used system C from April to July 2022.
217 
+Depending on the system congestion, elapsed time limits, etc. may be adjusted.
218 
+
219 
+| Queue name | Maximum number of nodes per job | Elapsed time limit  | Available Users|
220 
+|-----        | ---                    | --------------   | -------------    |
221 
+| eg          | 1 node(4GPU)          | 1:00:00 (1 hour)  |  All users (entry course)  |
222 
+| Individual queue  | Individual                 | 7-00:00:00 (7 days) |  Group course, some users of Private Cluster Course |
223 
+
224 
+#### Supplemental available computing resources per queue{#rscnote}
225 
+Due to the hardware configuration restriction of the physical node, the --rsc option of the job script has the following restrictions. The maximum number of nodes per job available in each queue cannot be exceeded.
226 
+
227 
+|  Description                                                  | System D<br>Initial value |<br>Maximum value          | System E<br>Initial value |<br>Maximum value          | System G<br>Initial value |<br>Maximum value           |
228 
+| ---                                                      | ---                 | ---                | ---                 | ---                | ---                 | ---                 |
229 
+| Number of Process ( --rsc p=_X_ )                               | 1                   | 40 cores x Number of nodes | 1                   | 40 cores x Number of nodes  | 1   　 　 　 　 　  | 64 cores x Number of nodes  |
230 
+| Number of threads per process ( --rsc t=_X_ )               | 1                   | 40 or 80(Logical core)  | 1                   | 40 or 80(Logical core)  | 1   　 　 　 　 　  | 64 or 128(Logical core)  |
231 
+| Number of cores per process( --rsc c=_X_ )                   | 1                   | 40 cores            | 1                   | 40 cores          | 1    　 　 　 　 　 | 64 cores           |
232 
+| Amount of memory per process( --rsc m=_X_ ) <br>(Unit：M, G) | 4750M               | 185G               | 19250G              | 751G               | 8000M   　 　 　 　 | 500G  |
233 
+| Number of GPUs   　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　  | -    　 　 　 　 　 | -   　 　 　 　 　 | -   　 　 　 　 　　| -   　 　 　 　　　| 1                   | 4 x Number of nodes        |
234 
+
235 
+
236 
+### Job Submission{#submit}
237 
+
238 
+You can submit Jobs by specifying a job script as the argument to the `sbatch` command.
239 
+
240 
+Please refer to [Batch Processing](/run/batch) for details.
241 
+
user/pages/90.misc/07.systemdeg/docs.ja.md
History View file @452be89
0 242 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,247 @@
1 
+---
2 
+title: 2022年度に利用可能なシステムについて
3 
+published: false
4 
+taxonomy:
5 
+    category:
6 
+        - docs
7 
+external_links:
8 
+    process: true
9 
+    title: false
10 
+    no_follow: true
11 
+    target: _blank
12 
+    mode: active
13 
+---
14 
+
15 
+[toc]
16 
+
17 
+## 概要 {#overview}
18 
+2023年1月13日10時より、システムD、システムE 及びシステムGの提供を開始します。
19 
+システムD 及び システムEは、Intel Xeonプロセッサを、システムGは AMD EPYCプロセッサおよびGPUを搭載したシステムとなります。
20 
+
21 
+システムD/Eは、前システムのシステムB、システムCとの同じXeonプロセッサであり、Intelコンパイラが利用可能です。
22 
+システムDはシステムBの代わりに、システムEはシステムCの代わりとして、これまでと似た使用感でお使いいただくことが可能です。
23 
+
24 
+システムGには、演算加速器としてGPU(NVIDIA A100 80GB SXM )を1ノードあたり4基搭載しており、機械学習などGPGPUを活用するアプリケーションの実行に適しています。
25 
+
26 
+<!--
27 
+システムD 及び システムEは、ハードウェアは若干古い世代になりますが、搭載しているIntel Xeonプロセッサは、最新のCPUの命令セットとも
28 
+概ね互換性があるため、同じ使用感でお使いいただけます。
29 
+
30 
+システムGは、AMD EPYCプロセッサを搭載し、演算加速器(NVIDIA A100 80GB SXM)を用いて計算いただくことが可能なシステムです。
31 
+-->
32 
+
33 
+利用するためには、大型計算機システム利用者番号が必要です。
34 
+2022年度は試験運転期間のため利用にかかる費用負担はありません。
35 
+
36 
+## システム構成 {#system}
37 
+システムD/E/G の計算機の仕様は以下のとおりです。
38 
+
39 
+ストレージは、どのシステムからもHOME領域、LARGE領域に対して同一のPATHでアクセス可能です。
40 
+ストレージに関する詳細は、[ストレージの利用](/filesystem)をご参照ください。
41 
+
42 
+<!--
43 
+システムDとEの違いはメモリサイズのみで、演算性能は同一となります。
44 
+また、ソフトウェア環境は、システムD/Eとクラウドシステムで共通となっています。
45 
+
46 
+一方、システムGは、CPUやコンパイラ、ソフトウェア環境が、他のシステムと異なる構成となっています。
47 
+-->
48 
+
49 
+![system_deg](system_deg.png?width=900)
50 
+
51 
+
52 
+## システムへの接続方法 {#login}
53 
+システムへのログインは、SSH (Secure SHell) の鍵認証に限定しています。
54 
+
55 
+[鍵ペアを作成](/login/pubkey#keygen)し、[利用者ポータル](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/portal)から
56 
+[公開鍵の登録](/login/pubkey#regist)が完了するとログインできます。
57 
+
58 
+詳細は、[システムへの接続方法](/login)をご参照ください。
59 
+
60 
+1. システムにログインするには、SSH公開鍵認証により次のホストに接続してください。
61 
+```nohighlight
62 
+## システムD/E にログインする場合
63 
+$ ssh laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
64 
+--
65 
+## システムG にログインする場合
66 
+$ ssh gardenia.kudpc.kyoto-u.ac.jp
67 
+```
68 
+2. それぞれのシステム用のモジュールファイルにスイッチします。
69 
+```nohighlight
70 
+## システムDの環境に切り替える場合
71 
+$ module switch SysD
72 
+--
73 
+## システムEの環境に切り替える場合
74 
+$ module switch SysE
75 
+--
76 
+## システムGの環境に切り替える場合
77 
+## (gardeniaにログインすると、初期状態でSysGの環境が自動設定されていいます。通常切り替える必要はありません)
78 
+$ module switch SysG
79 
+```
80 
+3. 必要に応じて現在の環境を確認してください。SysDおよびslurmがロードされていれば、システムDの環境にジョブ投入することが可能です。
81 
+```nohighlight
82 
+## システムDの場合
83 
+$ module list
84 
+Currently Loaded Modulefiles:
85 
+ 1) slurm/2022   2) SysD/2022   3) intel/2022.3   4) intelmpi/2022.3   5) PrgEnvIntel/2022
86 
+```
87 
+
88 
+
89 
+## ログイン環境について{#env}
90 
+
91 
+プログラミング環境やライブラリ等の環境設定は、前システムと同様に module コマンドで行います。
92 
+ただし、module の名前が変更されていますので、.bashrc等でログイン時に自動で load している場合は、見直していただく必要があります。
93 
+
94 
+ログイン環境や、前システムからの変化に関しては次のページも併せてご参照ください。
95 
+
96 
+* [前システムからの移行](/migration)
97 
+* [ログイン環境](/config)
98 
+* [環境設定ツール](/config/modules)
99 
+
100 
+## コンパイル方法 {#compile}
101 
+### システムD/E
102 
+Intelコンパイラが利用可能です。ログイン直後の状態で自動的にIntelコンパイラの設定をロードするように設定しています。
103 
+
104 
+詳細は、[コンパイラ・ライブラリ](/compilers)をご参照ください。
105 
+
106 
+### システムG
107 
+NVIDIA HPC SDKコンパイラが利用可能です。ログイン直後の状態で自動的にNVIDIA HPC SDKコンパイラの設定をロードするように設定しています。
108 
+
109 
+詳細は、[コンパイラ・ライブラリ](/compilers)をご参照ください。
110 
+
111 
+## ジョブ実行 {#job}
112 
+ジョブスケジューラとしてSlurmを採用しています。
113 
+
114 
+キューの確認は `spartition` コマンド、ジョブの確認は `squeue`コマンド、ジョブ投入は、`sbatch`コマンド
115 
+をご利用ください。
116 
+
117 
+slurmの標準オプションに加えて、--rsc オプションを本センター固有のカスタマイズオプションとして追加しています。
118 
+前システムのジョブスケジューラ(PBS)では、-A オプションとしてご利用いただいていたものと同じ構文で、
119 
+必要な計算リソースを指定することが可能です。
120 
+
121 
+また、slurmによるジョブ実行の際には、原則、実行したいプログラムの前には srun コマンドを付与してください。
122 
+mpiexec コマンドの代わりに使用します。並列数等のパラメータは--rscオプションから自動で取得しますので省略可能です。
123 
+なお、逐次プログラムでは省略することもできますが、付与することを推奨しています。
124 
+
125 
+より詳細な情報は、[プログラムの実行](/run)をご参照ください。
126 
+
127 
+#### 逐次プログラムのジョブスクリプトの例
128 
+```nohighlight
129 
+#!/bin/bash
130 
+#============ Slurm Options ===========
131 
+#SBATCH -p gr19999d        # ジョブキュー名（パーティション名）の指定。利用可能なキュー名は spartition コマンドで確認してください。
132 
+#SBATCH -t 1:00:00         # 経過時間の上限を1時間に指定。無駄のない上限を指定したほうがスケジューリングされやすくなります。
133 
+#SBATCH --rsc p=1:t=1:c=1  # 要求リソースの指定。
134 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # ジョブの標準出力/エラー出力ファイルの指定。%xはジョブ名(ジョブスクリプト名)、%j はジョブIDに置換されます。
135 
+#============ Shell Script ============
136 
+set -x
137 
+
138 
+srun ./a.out
139 
+```
140 
+
141 
+#### MPIプログラムのジョブスクリプトの例 (8プロセス)
142 
+```nohighlight
143 
+#!/bin/bash
144 
+#============ Slurm Options ===========
145 
+#SBATCH -p gr19999d        # ジョブキュー(パーティション)の指定。
146 
+#SBATCH -t 1:00:00         # 経過時間の指定
147 
+#SBATCH --rsc p=8:t=1:c=1  # 要求リソースの指定
148 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # ジョブの標準出力/エラー出力ファイルの指定
149 
+#============ Shell Script ============
150 
+set -x
151 
+
152 
+srun ./a.out
153 
+```
154 
+
155 
+#### GPUを使用する逐次プログラムのジョブスクリプトの例
156 
+```nohighlight
157 
+#!/bin/bash
158 
+#============ Slurm Options ===========
159 
+#SBATCH -p gr19999g        # ジョブキュー(パーティション)の指定。
160 
+#SBATCH -t 1:00:00         # 経過時間の指定
161 
+#SBATCH --rsc g=1          # 要求リソースの指定
162 
+#SBATCH -o %x.%j.out       # ジョブの標準出力/エラー出力ファイルの指定
163 
+#============ Shell Script ============
164 
+set -x
165 
+
166 
+srun ./a.out
167 
+```
168 
+
169 
+### キュー構成{#queue}
170 
+
171 
+2022年度の試験運転期間中のキュー構成は以下の表の通りです。
172 
+2022年度の前期の申請状況に応じて利用できるジョブキューを振り分けています。
173 
+
174 
+前システムと比較し、計算資源の物量がまだ十分ではないため、
175 
+ご利用いただけるジョブあたりのノード数については、前システムの概ね25%から40%程度となっています。
176 
+
177 
+システムが最終構成になるまではご不便をおかけしますが、ご理解の程よろしくお願いいたします。
178 
+
179 
+ジョブキューを表に多数記載していますが、実際に投入権限のあるキューの確認は
180 
+`spartition` コマンドでご確認の上ご利用ください。
181 
+
182 
+```bash
183 
+## コマンド表示例
184 
+$ spartition
185 
+Partition  State   Rmin  Rstd  Rmax    DefTime     MaxTime
186 
+ed         UP         0    40  5000   01:00:00    01:00:00
187 
+pd         UP         0    40  5000   01:00:00  7-00:00:00
188 
+s2d        UP         0    80  5000   01:00:00  7-00:00:00
189 
+```
190 
+
191 
+
192 
+#### システムDで利用可能なキュー{#queue-sysd}
193 
+
194 
+主に、2022年4月～7月にシステムA/Bをご利用された方に利用権限を付与しています。
195 
+システムの混雑具合によっては経過時間の上限などを調整する可能性があります。
196 
+
197 
+| キュー名    | ジョブ毎の上限ノード数 | 経過時間上限     |  利用可能なユーザ|
198 
+|-----        | ---                    | --------------   | -------------    |
199 
+| ed          | 1ノード                | 1:00:00 (1時間)  |  全ユーザ(エントリコース) |
200 
+| pd          | 1ノード                | 7-00:00:00 (7日) |  前システムBのパーソナルコース |
201 
+| s2d         | 2ノード                | 7-00:00:00 (7日) |  前システムBのグループ/専用クラスタの申請が 1～4ノードのグループ |
202 
+| s4d         | 4ノード                | 7-00:00:00 (7日) |  前システムBのグループ/専用クラスタの申請が 5～8ノードのグループ |
203 
+| s8d         | 8ノード                | 7-00:00:00 (7日) |  前システムBのグループ/専用クラスタの申請が 9～16ノードのグループ |
204 
+| s16d        | 16ノード               | 7-00:00:00 (7日) |  前システムBのグループ/専用クラスタの申請が 17～32ノードのグループ |
205 
+| s32d        | 32ノード               | 7-00:00:00 (7日) |  前システムBのグループ/専用クラスタの申請が 32以上ノードのグループ |
206 
+| 個別キュー  | 個別                   | 7-00:00:00 (7日) |  大規模なグループコース、機関・部局定額等のユーザ(前期の利用規模に応じた利用権限を設定) |
207 
+| l64d        | 64ノード               | 2-00:00:00 (2日) |  前システムBの申請が32ノード以上の大規模グループ |
208 
+
209 
+
210 
+#### システムEで利用可能なキュー{#queue-syse}
211 
+
212 
+主に、2022年4月～7月にシステムCをご利用された方に利用権限を付与しています。
213 
+システムの混雑具合によっては経過時間の上限などを調整する可能性があります。
214 
+
215 
+| キュー名    | ジョブ毎の上限ノード数 | 経過時間上限     |  利用可能なユーザ|
216 
+|-----        | ---                    | --------------   | -------------    |
217 
+| pe          | 1ノード                | 7-00:00:00 (7日) |  前システムCのパーソナルコース |
218 
+| s1e         | 1ノード                | 7-00:00:00 (7日) |  前システムCのグループコース，専用クラスタコース |
219 
+| 個別キュー  | 個別                   | 7-00:00:00 (7日) |  大規模なグループコース、機関・部局定額等のユーザ(前期の利用規模に応じた利用権限を設定) |
220 
+
221 
+#### システムGで利用可能なキュー{#queue-sysg}
222 
+
223 
+主に、2022年4月～7月に本センターのシステムをご利用された方に利用権限を付与しています。
224 
+システムの混雑具合によっては経過時間の上限などを調整する可能性があります。
225 
+
226 
+| キュー名    | ジョブ毎の上限ノード数 | 経過時間上限     |  利用可能なユーザ|
227 
+|-----        | ---                    | --------------   | -------------    |
228 
+| eg          | 1ノード(4GPU)          | 1:00:00 (1時間)  |  全ユーザ(エントリコース) |
229 
+| 個別キュー  | 個別                   | 7-00:00:00 (7日) |  グループコース、機関・部局定額等の一部ユーザ |
230 
+
231 
+#### キュー毎の利用可能な計算資源の補足{#rscnote}
232 
+物理ノードのハードウェア構成制約から、ジョブスクリプトの --rsc オプションには以下の制約があります。また、各キューで利用可能なジョブ当たりの上限ノード数を超えることはできません。
233 
+
234 
+
235 
+| 説明                                                     | システムD<br>初期値 |<br>最大値          | システムE<br>初期値 |<br>最大値          | システムG<br>初期値 |<br>最大値           |
236 
+| ---                                                      | ---                 | ---                | ---                 | ---                | ---                 | ---                 |
237 
+| プロセス数 ( --rsc p=_X_ )                               | 1                   | 40コア x ノード数  | 1                   | 40コア x ノード数  | 1   　 　 　 　 　  | 64コア x ノード数   |
238 
+| プロセスあたりのスレッド数 ( --rsc t=_X_ )               | 1                   | 40 or 80(論理コア) | 1                   | 40 or 80(論理コア) | 1   　 　 　 　 　  | 64 or 128(論理コア) |
239 
+| プロセスあたりのコア数 ( --rsc c=_X_ )                   | 1                   | 40コア             | 1                   | 40コア             | 1    　 　 　 　 　 | 64コア              |
240 
+| プロセスあたりのメモリ量( --rsc m=_X_ ) <br>(単位：M, G) | 4750M               | 185G               | 19250G              | 751G               | 8000M   　 　 　 　 | 500G                |
241 
+| GPU数   　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　  | -    　 　 　 　 　 | -   　 　 　 　 　 | -   　 　 　 　 　　| -   　 　 　 　　　| 1                   | 4 x ノード数        |
242 
+
243 
+### ジョブ投入{#submit}
244 
+
245 
+`sbatch` コマンドの引数にジョブスクリプトを指定することでジョブ投入が可能です。
246 
+
247 
+詳細は、[バッチ処理](/run/batch) をご参照ください。
user/pages/90.misc/07.systemdeg/system_deg.png
History View file @452be89
0 248 
new file mode 100644
1 249 
Binary files /dev/null and b/user/pages/90.misc/07.systemdeg/system_deg.png differ
user/pages/90.misc/docs.ja.md
History View file @452be89
2 250 
new file mode 100644
... ... 
@@ -0,0 +1,18 @@
1 
+---
2 
+title: その他
3 
+taxonomy:
4 
+    category:
5 
+        - docs
6 
+content:
7 
+    items: '@self.children'
8 
+process:
9 
+    markdown: true
10 
+    twig: true
11 
+twig_first: true
12 
+---
13 
+
14 
+本章では、システムの利用に関する各種情報を掲載します。
15 
+
16 
+{% for p in page.collection %}
17 
+* [{{ p.title|e }}](https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp{{p.link}})
18 
+{% endfor %}