専用クラスタの利用

専用クラスタは、特定のノードを専有できるサービスです。利用するには、専用クラスタコースを契約していただく必要があります。なお、専用クラスタではバッチのサービスは提供していません。

SSHの鍵認証で専用クラスタ用のログインノードにログインしてください。ホスト名(FQDN)は次の形式になっており、サービスの申請者および支払責任者にメールで通知しております。

グループ名.kudpc.kyoto-u.ac.jp

ログインの手順は、他のサービスと同様ですので、 システムへの接続方法 をご覧ください。

専用クラスタは、外部ネットワークに接続する1 ノードをログインノードとし、それ以外の計算ノードはログインノードを経由してアクセスします。計算ノードへはホストベース認証でログインすることが可能です。

最初に、 hostname コマンドでログインノードのホスト名を確認します。ホスト名の形式は cXX-YYYY で、XXがクラスタ固有の数字2桁、YYYYはクラスタ内の通し番号で、ログインノードが0001となっています。

$ hostname
c01-0001

計算ノードホスト名は、クラスタ内の通し番号（YYYYの部分）が 0002 から契約ノード数までの数字になります。例えば、ログインノードのホスト名が c01-0001 で8ノード契約の場合、計算ノードのホスト名は、 c01-0002 c01-0003 … c01-0008 となります。

専用クラスタのログインノードから、 ssh コマンドで計算ノードのホスト名を指定すると各々のノードにログインできます。

$ ssh c01-0002

MPIを実行するためのノードのホスト名を記述したファイルを作成します。以下の例では ~/hydra.hosts に作成しています。

$ cat ~/hydra.hosts
c01-0001
c01-0002
c01-0003
...
c01-0008

プログラムの実行は、 mpiexec.hyrda コマンドを使用します。
実行するホストを指定するには、-machinefile または -hostfile オプションにより、作成したhostsファイルを指定してください。

$ mpiexec.hydra -n 32 -machinefile ~/hydra.hosts ./a.out
rank= 6 machine=c01-0001 socket=0 start-core= 6 end-core= 6 size=32
.....

一時的なファイルの領域として/tmp をご利用いただけます。なお、10日間アクセスが無いファイルは削除されますのでご注意ください。