専用クラスタの利用

専用クラスタは,特定のノードを専有できるサービスです.利用するには,専用クラスタコースを契約していただく必要があります.なお,専用クラスタではバッチのサービスは提供していません.

SSHの鍵認証で専用クラスタ用のログインノードにログインしてください.ホスト名(FQDN)は次の形式になっており,サービスの申請者および支払責任者にメールで通知しております.

グループ名.kudpc.kyoto-u.ac.jp

ログインの手順は,他のサービスと同様ですので, システムへの接続方法 をご覧ください.

専用クラスタは,外部ネットワークに接続する1 ノードをログインノードとし,それ以外の計算ノードはログインノードを経由してアクセスします.計算ノードへはホストベース認証でログインすることが可能です.

最初に, hostname コマンドでログインノードのホスト名を確認します.ホスト名の形式は cXX-YYYY で,XXがクラスタ固有の数字2桁,YYYYはクラスタ内の通し番号で,ログインノードが0001となっています.

$ hostname
c01-0001

計算ノードホスト名は,クラスタ内の通し番号(YYYYの部分)が 0002 から契約ノード数までの数字になります.例えば,ログインノードのホスト名が c01-0001 で8ノード契約の場合,計算ノードのホスト名は, c01-0002 c01-0003 … c01-0008 となります.

専用クラスタのログインノードから, ssh コマンドで計算ノードのホスト名を指定すると各々のノードにログインできます.

$ ssh c01-0002

MPIを実行するためのノードのホスト名を記述したファイルを作成します.以下の例では ~/hydra.hosts に作成しています.

$ cat ~/hydra.hosts
c01-0001
c01-0002
c01-0003
...
c01-0008

プログラムの実行は, mpiexec.hyrda コマンドを使用します.
実行するホストを指定するには,-machinefile または -hostfile オプションにより,作成したhostsファイルを指定してください.

$ mpiexec.hydra -n 32 -machinefile ~/hydra.hosts ./a.out
rank= 6 machine=c01-0001 socket=0 start-core= 6 end-core= 6 size=32
.....

一時的なファイルの領域として/tmp をご利用いただけます.なお,10日間アクセスが無いファイルは削除されますのでご注意ください.


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