Gaussian16 / GaussView6

Modulesソフトウェアパッケージは，アプリケーションの利用に必要な環境設定をmoduleコマンドを実行することで，動的に切り替えて設定することができます．また，異なるバージョンのアプリケーション を切り替えて利用する際に，簡単に環境設定を変更することができます．詳細は Modules をご覧ください．

module avail コマンドにて，利用できるモジュールファイル一覧が確認できます．

並列実行はノード内並列のみサポートします。

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB/C/G クラウドシステム
Gaussian16 Rev C.02 (default) gaussian16/c02 + + -

バージョン モジュールファイル名 システムA システムB/C/G クラウドシステム
GaussView6 Rev 6.1.1 (default) gaussian16/c02 + + -

+ ： すべてのユーザが利用可能
AU ： 学術研究機関限定で利用可能
KU ： 京都大学構成員限定で利用可能
- ： 利用不可

Gaussianをご利用いただくには、利用者ポータル から利用登録が必要です。

電子構造モデリング・プログラムであるGaussianは、量子力学の基本法則から、さまざまな条件における分子や反応の特性を研究・予測することが可能です。実験による観測が困難や不可能な特性の研究に利用できます。

Gaussian では、バージョンアップごとに、ONIOM法の機能拡張、溶媒和モデルの機能拡張、新しい汎関数の追加など多くの新機能が追加され、また、並列計算機能の強化などがはかられています。詳しくは、以下のOfficial Gaussian Web Siteの情報を参照ください。

  • シングルポイントエネルギー計算
    • 分子系のエネルギー計算、分子軌道の計算、多極子モーメントと原子電荷の予測
  • 構造最適化
    • ポテンシャルエネルギー、最適化と収斂条件、最小化、遷移構造の探索
  • 振動数計算
    • 振動数の計算、基準振動の解釈、停留点のキャラクタリゼーション
  • ONIOMに関する機能
    • 高精度のレイヤーでのモデリングプロセス
    • 分子力学力場のカスタマイズ及び、効率的なONIOM計算
    • 電気特性、電磁特性のONIOM計算

  • 化学
  • 化学工学
  • 生物化学
  • 物理学など

moduleコマンドを実行し、環境設定を行います。（利用したいバージョンのmoduleファイルをロードします）

$ module load gaussian16

ノード内4並列で実行するバッチジョブスクリプトの例です。バッチの利用方法は バッチ処理 をご覧ください。

#!/bin/bash
#============ Slurm Options ===========
#SBATCH -p gr19999b
#SBATCH -t 1:00:00
#SBATCH --rsc p=1:t=4:c=4:m=120G
#============ Shell Script ============
set -x

srun g16 test0000.com

ノード内並列実行する場合は、入力ファイルにも %NprocShared= を記述し、並列数を明示する必要があります。また、使用するメモリ量は入力ファイルにも %Mem= で明示する必要があります。なお、Gaussianのメモリ使用量は、%Memを厳密に守らずオーバーすることがあるため、%Memはジョブスクリプトで指定したメモリ量より若干少なめに指定して下さい。

  • 例：4並列、メモリ12GB使用したい場合 
    %NprocShared=4
%Mem=12GB

subgコマンドは、キュー名、入力ファイルなどを指定し、バッチジョブを投入するコマンドです。ジョブスクリプトを書くよりも簡易にバッチジョブ投入が行えます。

$ subg16 queue_name input_file [slurm_command_option ...]

$ subg16 gr19999b water.com --rsc p=1:t=4:c=4:m=30G -t 1:00:00

Gaussianでは、ウォールタイム制限などで途中で終了した計算を途中から続けることができます。

次のようにオプションを指定します。「チェックポイントファイル名」には、任意のファイル名を指定してください。

%CHK=チェックポイントファイル名.chk
#OPT=RESTART

特別な操作は不要です。 入力ファイルに %CHK=チェックポイントファイル名.chk のオプションがある場合、計算が中断されるとchkファイルが生成されます。 次回実行時、入力ファイルに #OPT=RESTART がある場合、chkファイルを読み込んで、前回計算が中断したところから再開されます。

$ tssrun --x11 gview.sh

なお、GaussViewはGUIアプリケーションのため、MobaXterm または FastXを利用してスパコンに接続してください。

GaussView の起動時に -soft オプションを加えてソフトウェアレンダリングを有効にして実行すると、動作することがあります。

$ tssrun --x11 gview.sh -soft

提供なし