HPCI利用に関する情報

このページでは,HPCIで京都大学学術情報メディアセンターを利用される方向けに利用方法を説明します.

利用登録を完了された方には,利用者番号 および 初期パスワード を記載した「大型計算機システム利用承認書」を郵送しています.

「大型計算機システム利用承認書」でお知らせした利用者番号は,下表の用途に使用します. なお,両方の区分に該当する場合もあります. プライマリセンターならびに計算資源については,HPCI申請支援システム で確認できます.

区分 利用者番号の用途
京都大学をプライマリセンターに指定の方 証明書の発行など,WEB認証が必要な際に HPCIアカウント として使用します.
京都大学の計算資源を利用の方 京都大学の計算資源内でのみ有効なログインIDです.HPCIの利用において意識する必要性は低いですが,直接SSH接続することも可能です.

パスワードの変更は,利用者ポータル から可能です. 「大型計算機システム利用承認書」で通知した初期パスワードは,変更してから利用してください.

  1. 利用者ポータル にアクセスし,ユーザ名(利用者番号),パスワードを入力して loginを押してください.
  2. 左メニューから パスワード変更 をクリックし,表示された画面で 現在のパスワード新しいパスワード(確認も含めて2回) を入力し 送信 を押してください. パスワード変更はこれで完了です.

なお,京都大学の計算資源を利用される方については,スーパーコンピュータへログイン後に passwd コマンドで変更することも可能です.

電子証明書の発行ならびにログインの手順は,HPCIから提供されているマニュアル をご覧ください. 京都大学の計算資源を使用する場合のホスト名は,以下の通りです. なお,電子証明書発行後にログインを許可する登録処理を行いますので,15分程度時間を空けてログインしてください.

システム名 ホスト名
システムA(Cray XC40) camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp

HPCIでは電子証明書を使用して,GSI認証 (Grid Security Infrastructure)によるSSH(GSI-SSH)により資源提供機関にログインします.

京都大学の計算資源には,GSI-SSHに必要となる gsissh コマンドおよび myproxy-logon コマンドを用意してあります.

京都大学の計算資源を利用可能な方は こちら のページを参考にログインいただくと, HPCI用の環境構築を行わなくとも,京都大学の計算資源経由で他のシステム構成機関にログインすることが可能です. その場合は,以下のように myproxy-logon(代理証明書の取得)および gsissh コマンドを利用してください.

## 代理証明書の取得 (hpci00XXXX は 自身のHPCI-IDに置き換え)
$ myproxy-logon -s portal.hpci.nii.ac.jp -l hpci00XXXX

## 他の資源提供機関へのログイン{#login_of_other_facility}
$ gsissh host01.example.jp 

システムの利用方法は,システムへの接続方法 などをご覧ください. HPCIで利用できるシステムはシステムA(Cray XC40)となっています.

HPCIの計算資源を利用するには,バッチでのジョブ投入時に以下のキュー名を指定する必要があります. バッチシステムの詳しい利用方法は,バッチ処理(システムA) をご覧ください. キュー名に含まれるHPCI課題IDは初回採択時課題IDが利用されます.

分類 システム 種別 キュー名 ノード数(2021年度) 備考
HPCI A 通期利用 hpa 310 ノード HPCIの利用者で共有します.複数の課題で共有して使用しますので,長期間の占有利用は控えてください.
HPCI-JHPCN A 通期利用 jha 114 ノード HPCI-JHPCNの利用者で共有します.複数の課題で共有して使用しますので,長期間の占有利用は控えてください.
集中利用 jhXXXXXXa 64〜128 ノード 「jhXXXXXX」は課題IDに置き換えてください.利用期間は課題代表者に個別に通知します.

京都大学では,HPCIで複数課題に採択された場合でも同じのログインID(利用者番号)を使用します. バッチでのジョブ投入時に,キュー名およびグループ名を明示的に指定することで課題を切り替えてください.

下の例はバッチジョブの投入に必要となるジョブスクリプトのシステムAでのサンプルです. 「#QSUB -ug 」でグループ名にhp189999を指定しています.グループ名のHPCI課題IDには初回採択時課題IDが利用されます.

$ cat sample.sh  
#!/bin/bash 
#============ PBS Options ============ 
#QSUB -q hpa
#QSUB -ug hp189999 
#QSUB -W 2:00 
#QSUB -A p=4:t=8:c=8:m=1800M  
#============ Shell Script ============ 
aprun -n $QSUB_PROCS -d $QSUB_THREADS -N $QSUB_PPN ./a.out

HPCIの課題で利用できる京都大学のストレージのパスは以下の通りです. /LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 のどちらかの組み合わせを利用いただけます. 利用可能なLARGE領域は課題代表者及び連絡責任者の方にメールで通知しています.

課題あたりに利用可能な容量は以下の通りです.

課題 利用可能な容量
HPCIのシステムA利用課題 資源提供通知の大容量ディスク欄に記載 (/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 に半分ずつ割当)
HPCI-JHPCNのシステムA利用課題 資源提供通知の大容量ディスク欄に記載 (/LARGE0, /LARGE1 または /LARGE2, /LARGE3 に半分ずつ割当)

/LARGE1および/LARGE3は,初期状態で/LARGE0 ならびに /LARGE2のバックアップ先となっています. /LARGE1および3はバックアップを解除することで利用可能になります. バックアップ設定の変更は,お問い合わせフォーム よりご依頼ください.

この他にホームディレクトリが,100GBまで利用できます. ストレージの詳しい利用方法は,ファイルシステムの利用 をご覧ください.

HPCI共用ストレージの利用が可能な課題の利用者向けのマウントポイントは以下の通りです. 詳しい利用方法は,HPCI共用ストレージ利用マニュアル をご覧ください.

マウントポイント
/gfarm/課題ID/利用者番号

利用者ポータル にログインし, 上部メニューの統計情報から,左メニューのHPCI統計をクリックすると利用状況が確認できます.

コア経過時間(秒)の値を3600で割って単位を「時間」にし,68(システムAのノード当たりコア数) で割っていただければ, 利用可能枠のノード時間に対する利用実績を算出することができます. なお,このページではキューを利用可能な全ユーザの情報が表示されますので,それらを合計した値と課題割当時間を比較していただく必要があります.

HPCIの利用者に対して,各システム構成機関からの利用者向け情報発信ならびに,課題参加者が課題内でドキュメントを共有するための管理システムを運用しておりますのでご活用ください.


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