前システムからの移行

2016年度に更新されたシステムへ、それ以前のシステムから移行する方向けの情報です.

ホスト名(ラウンドロビン)およびログイン方法は,前システムから変更はありません. なお,ログインノードへラウンドロビンを経由せず直接ログインする場合は,個別のホスト名が変更となっておりますのでシステムへの接続方法を参照してください(IPアドレスは変更ありません).

ターミナルやPortforwarderで,下記のようなメッセージが出て接続できない場合は,known_hosts情報を削除する必要があります.

@@@  WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!   @@@
IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
It is also possible that a host key has just been changed.
The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
c0:30:d6:93:b2:d8:06:4a:6f:9c:d5:00:cc:c5:69:58.
Please contact your system administrator.
Add correct host key in /home/xxx/.ssh/known_hosts to get rid of this
message.
Offending RSA key in /home/xxx/.ssh/known_hosts:3
RSA host key for laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp has changed and you have
requested strict checking.
Host key verification failed.

known_host情報の削除は下記の手順で行えます.

Portforwarderの場合

Portforwarderのインストールディレクトリにknown_hostsファイルがありますので,それを削除すれば完了です.

PuTTYの場合

known_hosts情報はレジストリにありますので,下記手順でPuTTY付属のツールにより削除します.

  1. コマンドプロンプトを開き,cdコマンドでPuTTYのインストールディレクトリに移動します.
  2. putty -cleanupコマンドを実行すると、known_hosts情報が削除されます.

下記のいずれかの方法で対処できます.

  1. ssh-keygenコマンドを使う ターミナルで下記のコマンドを打ちます.
    ssh-keygen -R camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
    ssh-keygen -R laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
  2. known_hostファイルを直接編集する
    • エディタなどで/Users/(ユーザ名)/.ssh/known_hostsファイルを開きます
    • 中身を消去して保存します

下記のいずれかの方法で対処できます.

  1. ssh-keygenコマンドを使う ターミナルで下記のコマンドを打ちます.
    ssh-keygen -R camphor.kudpc.kyoto-u.ac.jp
    ssh-keygen -R laurel.kudpc.kyoto-u.ac.jp
  2. known_hostファイルを直接編集する
    • エディタなどでknown_hostsファイルを開きます.一般的に/home/(ユーザ名)/.sshディレクトリにあります
    • 中身を消去して保存します

Exceed onDemandでログインする際の,ポートフォワーディングのポート番号が変更になります. Exceed onDemandでの接続方法は,Exceed onDemandでのログインを参照してください.

システム 変更前のポート番号 変更後のポート番号
A 5500 5501
B,C 5500 5500 (変わらず)
専用クラスタ 5500 5509

継続申請で旧システムから移られた方の保存されていたユーザーデータは,全て自動で移行されており,絶対パスも変更ありません.

ディレクトリ 前システムの容量 新システムの容量
ホームディレクトリ 30GB 100GB
大容量ディスク(パーソナルコース) 1TB 3TB

グループコースの大容量ディスク容量は,以下の計算式に従います.

システムA,B

タイプ 前システムの容量 新システムの容量
準優先   1.2TB x 契約ノード数 3.6TB x 契約ノード数
優先  2.0TB x 契約ノード数 6.0TB x 契約ノード数
占有  2.0TB x 契約ノード数 6.0TB x 契約ノード数

システムC

タイプ 前システムの容量 新システムの容量
準優先   1.2TB x 契約ノード数 14.4TB x 契約ノード数
優先  2.0TB x 契約ノード数 24TB x 契約ノード数

新システムでのファイルシステムの構成は, ファイルシステムの利用 をご覧ください.

PCへのファイル転送中の中断などが起きにくいよう配慮し,各システムのログインノードのCPU時間とメモリ量を拡張しています.

システム CPU時間(標準) CPU時間(最大) メモリ量(標準)
前システム 1時間 20時間 2GB
新システム 4時間 24時間 4GB

  • コンパイラは,前システムに引き続き,Cray,Intel,PGI,GNUを提供します.
  • 新システムでは, ACMLライブラリは利用できません.
  • また,新システムではGPU演算をサポートしませんので,GPU演算関連のCUDA C,CUDA Fortran,OpenACCは利用できません.

動作 LSF PBS
ジョブを投入するキューを指定する -q QUEUENAME 変更なし 
ジョブの実行グループを指定する -ug GROUPNAME 変更なし
経過時間上限値を指定する -W HOUR : MIN 変更なし
・ プロセス数を指定する
・ プロセスあたりスレッド数を指定する
・ プロセスあたりCPUコア数を指定する
・ プロセスあたりメモリサイズを指定する
-A p=X:t=X:c=X:m=X 変更なし
標準出力ファイル名を指定する -o FILENAME 変更なし
標準エラー出力ファイル名を指定する -e FILENAME 変更なし
標準出力・エラー出力をまとめる -o のみを指定する -j oe(標準出力に出力) / eo(標準エラーに出力)  
メール送信 -B/-N -m a(ジョブ中断時) / b(開始時) / e(終了時) 
メールアドレスを指定する -u MAILADDR -M MAILADDR
障害発生時のジョブ再実行の禁止を指定 -rn -r n (rとnの間にスペースが必要です)

動作 LSF PBS
ジョブを投入できるキューを確認する qstat qstat -q
ジョブをキューに投入する qsub 変更なし
ジョブの状態を確認する qjobs qstat
投入したジョブをキャンセルする qkill qdel
ジョブの詳細情報を確認する qs 変更なし

内容 LSF PBS
ジョブID LSB_JOBID QSUB_JOBID
ジョブを投入したキューの名称 LSB_QUEUE QSUB_QUEUE
ジョブを投入したカレントディレクトリ LSB_SUBCWD QSUB_WORKDIR
ジョブ実行時の割当プロセス数 LSB_PROCS QSUB_PROCS
ジョブ実行時のプロセスあたりの割当スレッド数 LSB_THREADS QSUB_THREADS
ジョブ実行時のプロセスあたりの割当CPUコア数 LSB_CPUS QSUB_CPUS
ジョブ実行時のプロセスあたりの割当メモリ量上限値 LSB_MEMORY QSUB_MEMORY
ジョブ実行時のノード当たり配置プロセス数 LSB_PPN QSUB_PPN


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